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1.
（接上期）
四、寄生虫学研究进展
（一）分子寄生虫学
1．基因组全序列：2002年发表疟原虫基因组全序列．此外对利什曼、锥虫、弓形虫、贾第虫、阿米巴、血吸虫的基因组序列研究工作已开展。 相似文献
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基因组测序计划以及有关的转录组和蛋白质组图谱计划已经给寄生虫学的研究带来了一场革命。随着越来越多种类的寄生虫基因组序列被测定,通过系统的比较和分析基因的序列使得预测基因和功能验证的准确性越来越高,也为人们认知寄生虫的生物学特征、为人类和兽医筛选新的候选疫苗和药物靶标提供了重要数据。本文就寄生虫基因组研究进展作一简单综述。 相似文献
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全基因组重测序(whole genome resequencing, WGRS)是对已知参考基因组序列的物种进行不同个体间的全基因组水平的测序,具有检测变异类型丰富、高性价比、应用广泛等优点。随着测序成本的降低和畜禽基因组测序工作的完成,全基因组重测序技术已成为畜禽遗传变异研究的重要工具。全基因组重测序技术可获得大量基因变异信息,包括单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism, SNP)、插入缺失(insertion/deletion, InDel)、结构变异(structural variation, SV)和拷贝数变异(copy number variation, CNV)等,丰富了现有的基因组序列,形成的大量数据集为探索畜禽表型性状和遗传改良提供了一个基因组信息库,以促进对畜禽遗传资源的深入研究与利用。作者概述了全基因组重测序技术及其关键影响因素(测序深度、序列比对和变异检测),重点综述了该技术在重要畜禽(牛、羊、猪、鸡)研究领域的应用进展,并对将来侧重于整合分析重测序数据、精准表型记录和多组学信息的研究趋势进行了展望。 相似文献
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《畜牧兽医学报》2020,(4)
本研究旨在明确塞内卡病毒A(Senecavirus A, SVA)FJLY株的基因组特性及其与其他毒株的同源性关系,并了解SVA-FJLY株的致病性。以分离自福建省某养殖场中的一株SVA-FJLY株为研究对象,参照其原型毒株SVV-001(GenBank No.DQ641257.1)全基因组序列设计5对引物,通过RT-PCR扩增、测序、拼接,获得SVA-FJLY株全基因组序列并进行序列分析;并通过滴鼻攻毒3～4周龄仔猪。结果表明,SVA-FJLY株基因组全长7 275 bp(不包括PolyA),SVA-FJLY株基因组存在一个多聚蛋白、VP1蛋白和VP2蛋白。SVA-FJLY株与参考毒株之间的基因组一级结构有较高的相似性,与HeB01-2017株(MF967574.1)相似性最高,达98.5%;而与SVA原型毒株SVV-001株(DQ641257.1)的相似性较低,为93.9%。SVA-FJLY株与国内几个毒株属于同一个分支,与国内的HeB01-2017株亲缘关系最近,同时与国外Colombia-2016株(KX857728.1)的亲缘关系最近。通过动物试验发现试验组猪攻毒10 d后,试验组2/3发病,对照组3/3正常,未出现仔猪死亡。通过全基因组序列测定获得了SVA-FJLY株全基因组序列并进行序列分析,明确SVA-FJLY株的基因组特性及其与其他毒株的相似性关系,了解了SVA-FJLY株的致病性,为SVA的反向遗传学和疫苗的研制提供参考依据,同时也丰富了SVA的基因组信息数据库。 相似文献
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为了解我国牛病毒性腹泻(BVD)的分子流行病学情况,本研究对分离的3株牛病毒性腹泻病毒基因2型(BVDV-2)代表株全基因组进行序列分析,应用RT-PCR法分段扩增3株BVDV-2(XJ-04、SD-09和QH-09)的全基因组序列,共分为18个片段:A～Q以及5'-UTR和3'-UTR的部分序列。除5'-UTR和3'-UTR部分序列外,A～Q基因片段末端相互重叠。经序列拼接获得3株全基因组序列,全长均为12 284 bp。将测序结果与GenBank登录的瘟病毒科代表毒株序列、自我裂解酶(Npro)、结构蛋白(C、Erns、E1、E2)以及标准株BVDV-1 NADL和BVDV-2 890进行核苷酸以及氨基酸序列同源性分析。结果表明:XJ-04、SD-09和QH-09的全基因组序列同源性高于99.6%,3株BVDV-2分离株与890和NewYork93株亲缘关系最近,属于BVDV-2a亚型。在致细胞病变型的XJ-04、SD-09、QH-09株的NS2/3基因上无外源基因的插入。本研究分离的BVDV-2株为国内首次鉴定国内分离株全基因组序列,为我国BVD的分子流行病调查提供依据。 相似文献
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为了解目前我国猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)流行株基因组特征，本实验室于2020年从山东某养殖集团不同场区采集7份疑似感染PRRSV的组织样品，进行RT-PCR检测，将阳性样品接种猪肺泡巨噬细胞(PAM)分离病毒，利用间接免疫荧光试验(IFA)对分离病毒进行鉴定，经PCR对分离株全基因组序列分段扩增，采用生物信息学软件对分离株的ORF5基因及全基因组序列的同源性、NSP2氨基酸序列缺失特征和ORF5氨基酸变异位点及糖基化位点、ORF5基因与全因因组遗传演化关系分析以及全基因组的重组分析。结果显示：7份组织样品均呈PRRSV阳性，其中有6份阳性样品接种猪原代肺泡巨噬细胞(PAM)后产生细胞病变，且通过荧光显微镜可观察到特异性绿色荧光，表明分离到6株PRRSV；对6株PRRSV的全基因组序列扩增、测序、拼接，通过全基因组序列同源性对比发现6株PRRSV全基因序列之间的同源性约99.4%～100%，表明6株PRRSV是同一来源，选择其中1株(SDlz0720株)进行后续分析。序列分析结果显示：SDlz0720株NSP2氨基酸序列均具有“111+1+19aa”的缺失特征，与NADC30-... 相似文献
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对1株Ⅰ类新城疫病毒分离株NDV08-046进行了全基因组序列测定和遗传进化分析.结果表明,该分离株基因组长度为15 198 nt,符合"六碱基原则".与Ⅱ类新城疫病毒的基因组序列相比,该分离株在基因组P基因的2 381～2 382 nt的位置(根据La Sota株的基因组序列,包含15 186 nt)有12 nt的插入(TGGGAGACGGGG).NDV08-046株F蛋白裂解位点的序列为112-ERQERL-117,具有典型的新城疫弱毒株特征.全基因组的遗传进化分析显示,所有的新城疫毒株能够被分为2个明显不同的分支,即Ⅰ类和Ⅱ类,NDV08-046分离株在分类地位上属于Ⅰ类新城疫病毒基因2型. 相似文献
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本研究于2010年8月从河北省某鸡场鸡群中分离一株病毒,通过对分离株进行电子显微镜观察、鸡胚致病性试验、血凝特性试验等生物学特性及鸡传染性支气管炎病毒(IBV)核蛋白基因RT-PCR方法鉴定,结果表明分离株为IBV,命名为ck/CH/LHB/100801.根据GenBank中登录的IBV基因组序列,设计扩增病毒全基因组的19对引物,并扩增病毒基因组,采用3-RACE和5-RACE技术,扩增得到该病毒全部基因组序列.通过与已发表的参考病毒株全基因组序列比较表明,该分离株基因组全长为27 675bp,共有10个开放阅读框,其基因排序为:5'-cap-Replicase-S-3a-3b-3c-M-5a-5b-N-poly(A)-3',纤突蛋白裂解位点为534RRFRR538.序列分析表明ck/CH/LHB/100801与台湾分离株TW2296/95的结构蛋白序列相似性高达99.8%,进化亲缘关系最近,推测两分离株间可能具有相同的进化来源. 相似文献
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为了得到驯鹿Ghrelin基因组DNA的全序列,试验根据驯鹿Ghrelin DNA外显子1~4序列设计特异性引物,利用PCR技术对驯鹿的Ghrelin基因进行扩增,经基因组染色体步移和克隆技术获得Ghrelin基因组DNA全序列,并分析其序列结构特点。结果表明:成功克隆出全长为4 076 bp的驯鹿Ghrelin基因组DNA全序列(GenBank accession No.KX857495),其由4个外显子和3个内含子构成,4个外显子片段大小分别为154,114,109,148 bp,3个内含子片段大小分别为198,2 868,485 bp。 相似文献
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为了解进口美国种猪中获取的猪圆环病毒3型(PCV3)毒株全基因组序列及遗传变异情况,根据GenBank中收录的PCV3基因组序列,设计2对特异性引物,对确诊感染PCV3的病死猪组织进行全基因组序列扩增、拼接、测序和序列分析。结果显示,获得的PCV3美国毒株(命名为PCV3_USA2021,GenBank登录号OL799306)全基因组序列长度约为2000 bp,与国内外不同地区的38个PCV3参考毒株同源性为98.7%~99.8%。其中,PCV3_USA2021株开放阅读框ORF1和ORF2与国内外38个参考毒株同源性分别为99.1%~99.9%和98.0%~100%。构建的全基因组系统进化树显示,该毒株为PCV3a亚型,与美国毒株(PCV3-US_SD2016)亲缘关系最近。本研究为PCV3的遗传变异、流行病学分析提供了参考,也为相关疫苗的研制打下了基础。 相似文献
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猪繁殖与呼吸综合征病毒强毒株HUB2株全基因组序列分析 总被引：1，自引：1，他引：0
从湖北省暴发猪"高热病"的猪场分离出1株猪繁殖与呼吸综合征病毒(Porcine reproductive and respiratory syndrome virus,PRRSV),并命名为HUB2株.根据GenBank上已发表的PRRSV全基因序列设计引物进行RTPCR扩增,获得PRRSV HUB2株全基因组cDNA序列.测序结果表明PRRSV HUB2株基因组全长15 320 bp(不包括PolyA尾).分析结果显示该毒株与PRRSV美洲型标准株(VR-2332)和欧洲型标准株(LV)全基因核苷酸同源性分别为89.6%和50.3%.说明HUB2属于美洲型毒株.与VR-2332相比,HUB2株非结构蛋白(Nsp2)存在2处不连续的缺失(共缺失30个氨基酸),其缺失位点位于推定氨基酸序列的第481位和532～560位.此次新出现的强毒株全基因组序列特性的揭示为科学防治猪高致病性蓝耳病奠定了理论基础. 相似文献
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通过对福建地区规模化猪场猪繁殖与呼吸综合征病毒(porcine reproductive and respiratory syndrome virus, PRRSV)进行病毒分离及全基因组序列分析，从而了解PRRSV流行情况及基因组特征，为猪场防控PRRS提供理论基础。2017—2021年从福建地区规模化猪场采集疑似感染PRRSV的组织病料和血清，进行病毒分离鉴定，采用RT-PCR方法对PRRSV分离株进行全基因组序列扩增，应用DNAstar 7.0软件进行序列分析，使用MEGA 7.0软件邻近法进行遗传演化分析，并利用生物软件SimPlot 3.51和RDP4.10对PRRSV基因组序列进行重组分析。成功分离得到32株PRRSV-2,其全基因组大小为14 938～15 439 bp(不包括ployA),32株PRRSV之间基因组核苷酸相似性为82.4%～99.4%,与PRRSV-2代表毒株(VR-2332、JXA1、NADC30、QYYZ)和PRRSV-1代表毒株(LV)之间核苷酸相似性分别为81.4%～99%和59.8%～60.6%。分别基于PRRSV全基因组与ORF5基因构建的遗... 相似文献
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《中国预防兽医学报》2017,(1)
为研究山羊地方性鼻内肿瘤病毒(ENTV)Shaanxi株前病毒全基因组序列,本研究根据Gen Bank中收录的ENTV前病毒基因组序列设计5对引物,通过PCR方法从肿瘤组织中分段扩增获得了ENTV前病毒全基因组的5个片段,测序并分析。结果显示该病毒基因组全长7 275 bp,包含相互重叠的gag-pro-pol-env编码区及5'端非编码区;ENTV Shaanxi株基因组全序列与NC004994.2、AY197548.2、ENTV-SC株(HM104174.1)核苷酸同源性分别为89%、89%、99%。本研究为ENTV的分子生物学特性研究提供资料,为进一步研究其检测方法与致病机理奠定了基础。 相似文献
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旨在解析我国牛流行热病毒(BEFV)分离株HN1/2012的基因组特征,为阐明我国BEFV毒株的演化规律提供数据。根据GenBank中收录的BEFV毒株的全基因组信息,设计引物,以RT-PCR扩增11段相互部分重叠的DNA片段,克隆至pGEM T-easy载体,分别进行测序,利用DNAStar软件进行序列拼接获得HN1/2012株的全基因组序列。根据BEFV编码基因的转录起始(TI)和转录终止/多聚腺苷酸化(TTP)序列分析获得各基因序列及其开放阅读框(ORF),与参考毒株比对序列相似性,并以G基因序列构建系统发生树,分析其遗传演化关系。结果显示:HN1/2012株基因组全长为14 899nt,包含前导序列(50nt)、N基因(1 328nt)、P基因(858nt)、M基因(691nt)、G基因(1 896nt)、GNS基因(1 785nt)、α1α2基因(638nt)、β基因(459nt)、γ基因(400nt)、L基因(6 470nt)和尾随序列(70nt)。病毒9个基因分别由26、43、47、53、37、39、30、-21nt的基因间隔区(IGR)连接。在全基因组水平,HN1/2012株与我国2002年浙江分离株JT02L的相似性最高,但G基因与同期分离株LYC11、LS11相似性最高。重组分析表明HN1/2012株未发生基因重组。HN1/2012株的演化可能与免疫选择压力导致的基因突变有关。本研究测定了HN1/2012株的基因组序列,为我国BEFV分离株的全基因组分子演化研究奠定了基础。 相似文献
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为研究当前流行的新城疫病毒(Newcastle disease virus,NDV)基因型、致病性及其与传统新城疫病毒疫苗株(La Sota等)的核苷酸差异,试验从某发病鸡场病死鸡体内分离到1株疑似NDV毒株,经红细胞凝集试验(HA)和红细胞凝集抑制试验(HI)初步确定为鸡源NDV。参照GenBank公布的NDV F基因部分片段(登录号:JF950510.1)设计1对引物,通过RT-PCR技术扩增分离株的F基因并克隆、测序,测序结果与NCBI中NDVF基因序列进行比对,构建系统进化树并分析其基因型;通过测定鸡胚平均致死时间(MDT)、1日龄鸡脑内致病指数(ICPI)和6周龄鸡静脉致病指数(IVPI)判断病毒致病性;参照GenBank公布的NDV全基因组序列(登录号:JF950510.1)设计9对引物对分离株进行全基因组序列测定,并分析其基因组结构。结果表明,RT-PCR扩增得到F基因长约500bp,基于F基因构建的系统进化树显示分离株为基因Ⅶ型NDV;MDT、ICPI和IVPI分别为52.8h、1.675和2.46,表明分离株属于强毒株。全基因组序列分析显示,分离株全基因组全长15 192bp,与传统La Sota株基因组相比,序列多出6个碱基,核苷酸序列同源性82.8%。本研究成功分离到1株基因Ⅶ型NDV强毒株,且与传统疫苗毒株La Sota的核苷酸序列同源性差异较大。 相似文献
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犬副流感病毒CC-14株全基因组测序及分析 总被引：1，自引：0，他引：1
《中国预防兽医学报》2015,(10)
为研究犬副流感病毒(CPIV)CC-14株全基因组序列特征,本研究参照猴病毒5型全基因组序列设计了覆盖CPIV CC-14株基因组全长的14对引物,对CPIV CC-14株进行RT-PCR分段扩增,扩增产物分别克隆于p MD18-T载体中,以通用引物进行序列测定、拼接并分析。结果显示,CPIV CC-14株全基因组序列大小为15246 nt(KP893891)。以高度保守的1 530 bp NP基因序列对现有的CPIV进行系统发生分析,同源比对结果显示,CPIV CC-14株与其他17株参考序列的核苷酸同源性为97.25%~99.80%,推导氨基酸同源性为98.62%~99.80%;系统发生分析显示,CC-14株与长春牛源PV5-BC14株同属一个分支。 相似文献
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《畜牧兽医学报》2017,(3)
本研究旨在获得四川麻鸭线粒体DNA基因组全序列(mtDNA),为该遗传资源的保护与利用提供参考。研究参照近缘物种线粒体基因组序列,用Primer 6.0设计引物16对,采用PCR克隆测序技术获得四川麻鸭mtDNA基因组序列。结果表明,四川麻鸭mtDNA基因组全长16 604bp,碱基组成为A(29.19%)、C(32.82%)、G(15.79%)、T(22.20%),包含22个tRNA基因、2个rRNA基因、13个蛋白质编码基因和1个非编码控制区(Dloop区)。使用在线软件tRNAscan-SE1.21和RNA structure5.6分析发现,22个tRNA基因是标准的4个恒定臂的三叶草二级结构。对四川麻鸭mtDNA基因组D-loop区序列分析发现含有Poly(c)、TAS、E-box、F-box、D-box、Bird-similarity box及CXB1保守框。用MEGA6.0,采用N-J法基于线粒体D-loop区和全序列做进化树,发现四川麻鸭与隆盛鸭血缘关系最近。 相似文献