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1.
利用8个微卫星标记分析7个鸭群体的遗传多样性 总被引：1，自引：0，他引：1
研究应用8个微卫星标记对7个鸭群体进行了遗传多样性检测。利用等位基因频率计算了各群体的基因杂合度、多态信息含量及群体间的遗传距离,并根据遗传距离进行了聚类分析。结果表明:8个微卫星标记中除SMO13(PIC=0.480)和APL83(PIC=0.372)为中度多态外,其余标记均为高度多态,可作为有效的遗传标记用于鸭群体间遗传多样性分析和系统发生关系分析。7个鸭群体在微卫星座位的平均杂合度在0.514～0.646,最高的莆田黑鸭为0.646,最低的康贝尔鸭为0.514。从聚类分析结果来看,北京鸭与中型母本、小型母本聚为一类;康贝尔鸭和金定鸭聚为一类;莆田黑鸭与山麻鸭聚为一类。 相似文献
2.
为系统地评价、保护凤头白鸭资源的遗传多样性,进一步对其开发利用,本研究利用12个微卫星位点(STR分型技术)对凤头白鸭与连城白鸭(各60只)2个群体的遗传多样性参数进行检测和计算。结果表明:除位点AJ272578以外,凤头白鸭群体在APL2、AJ272577、AJ272579、AJ515884、APH01、AY493256、AY4932898、CMO11等8个STR位点上的等位基因多于连城白鸭,在AJ515887、AJ515893、AY493313等3个位点上与连城白鸭相等;凤头白鸭群体的有效等位基因数(Ne)、期望杂合度(He)、观察杂合度(Ho)、多态信息含量(PIC)均大于连城白鸭;2个群体的群体内近交系数(Fis)分别为-0.02、0.09,凤头白鸭群体表现为杂合子过剩。综上,凤头白鸭群体的遗传多样性较连城白鸭更为丰富。 相似文献
3.
分别采用23对微卫星引物分析了我国两个地方品种北京油鸡和北京鸭在不同保种场的保种效果。检测了北京油鸡和北京鸭共计240个个体的基因型,通过计算等位基因数量、遗传杂合度(H)、多态信息含量(PIC)、F统计量和Nei氏遗传距离分析了北京油鸡和北京鸭群体内与群体间的变异,比较了两个品种不同保种场的保种效果。在所检测的4个群体中,各群体均有较高的多态性,其杂合度均超过了0.5,除微卫星座位APL82(北京鸭Ⅱ)为纯合位点外,各位点等位基因数量为2~16个。结果表明,4个保种场均较好地保存了这些品种的遗传多样性,但同一品种保种场间保种群体已经发生了分化。 相似文献
4.
文章旨在阐明兴义鸭的遗传多样性,为其保种与开发利0用提供参考依据。采用20对引物扩增兴义鸭的微卫星片段和判型,计算每个微卫星座位的有效等位基因数(Ne)、等位基因频率(P)、基因杂合度(H)及多态信息含量(PIC)。结果显示:20对微卫星引物在兴义鸭群体中均检测到多态,共检测到85个等位基因,平均每个微卫星基因座等位基因数4.2500个,群体平均杂合度H=0.6850,平均多态含量PIC=0.6284,平均有效等位基因数Ne=3.4449个,其中AJ272578、AJ515883、AJ515889、AJ515895、AJ515897、AJ515900表现为中度多态,剩下的14个位点均表现出高度多态性,试验结果表明,在兴义鸭具有丰富的遗传多样性,具有重要的保种价值和选育开发潜能。 相似文献
5.
为研究北京鸭群体的遗传结构及遗传多样性,实验分别采集北京鸭F_0(120只)、F_1(100只)和F_2世代(100只)的血液样本,采用荧光标记毛细管电泳方法对北京鸭11个微卫星座位进行分析。结果表明:11个微卫星座位在北京鸭F_0、F_1和F_2世代的平均等位基因/有效等位基因数量分别为4.6/2.5、3.5/1.9和4.5/2.2个;平均多态信息含量分别为0.441 3、0.303 8和0.415 0;平均期望杂合度分别为0.487 7、0.363 3和0.454 2;北京鸭3个世代间的遗传变异指标差异不显著。近交系数及基因流分析结果表明,北京鸭群体3个世代近交系数较低,群体内近交系数为0.086 9,微卫星位点的平均基因流为0.934 1。总体来看,北京鸭群体遗传分化程度低,保持了北京鸭群体遗传多样性。 相似文献
6.
中国地方鸭品种资源的分子遗传多样性 总被引：14，自引：3，他引：14
通过筛选的28个多态性较好的微卫星标记，检测了我国24个地方鸭品种的遗传多样性。利用等位基因频率计算了各群体的遗传参数和群体间的遗传距离，采用邻接法构建了聚类图，并进行了系统发生分析。结果表明：28个微卫星座位在我国家鸭群体中的多态信息含量除APL23和APL79为中度多态外，其他座位均为高度多态座位，可以作为有效的遗传标记用于鸭种之间遗传多样性分析和系统发生关系的分析；我国所有家鸭群体平均杂合度（0．569）低于国内的家鸡和家鹅，其遗传多样性相对贫乏；聚类结果分析表明了各家鸭品种的分子系统发生关系与其育成史、分化及地理分布比较一致。 相似文献
7.
前期研究中选取了198个与基因突变和疾病相关的小鼠微卫星不稳定性位点,经对转基因和基因突变小鼠研究,发现有41个位点具有不稳定性.为了进一步确认这些位点与基因改变的相关性,本试验应用这41个微卫星位点对29种C57BL/6J基因敲除小鼠进行了检测,并将野生型C57BL/6J和129品系小鼠(ES供体)作为对照.通过PCR扩增,STR扫描和直接测序的方法检测微卫星的不稳定性.在41个微卫星位点中有10个位点在11种基因敲除小鼠中呈现不稳定性(24.4％,10/41).核心序列为三核苷酸的D3Mit22在9号基因敲除小鼠中显示不稳定性,其余40个位点的核心序列均为二核苷酸,有9个位点呈现不稳定性(22.5％,9/40);另一方面,29种基因敲除小鼠有11种出现了不稳定性(37.9％,11/29);(TG)n为核心序列的二核苷酸表现不稳定性的比率最大(50％,2/4),依次为(GT)n(27.27％,3/11)和(AG)n(25％,1/4),重复序列(CA)n、(CT)n分别为23.08％(3/13)和20％(1/5).克隆测序的结果显示,6种基因敲除小鼠呈现核心序列片段的插入,1种基因敲除小鼠则为缺失.有2个位点(D13Mit3和D14Mit102)在2种基因敲除小鼠中出现不稳定性,9号基因敲除小鼠在2个位点(D3Mit22和D13Mit3)呈现不稳定性.结果显示基因敲除小鼠出现了微卫星不稳定性. 相似文献
8.
为揭示我国部分地方鸭种的亲缘关系及其起源,选取12对荧光标记微卫星引物,对12个地方鸭种及2个野鸭品种进行遗传多样性检测。利用Microsatellite-Toolkit软件将数据结果导入FSTAT和Dispan软件计算标准遗传距离DS、DA遗传距离,并对12个地方鸭群体与2个野鸭品种之间的遗传距离进行方差分析,最后基于标准遗传距离DS与DA遗传距离对14个鸭品种通过构建UPGMA系统发生树进行聚类分析。结果表明:该12个地方鸭种与绿头野鸭、斑嘴鸭之间的DA遗传距离(配对试验均数差异t检验)差异极显著(P<0.01),基于DS与DA遗传距离构建的UPGMA系统发生树都将14个品种聚为3类,并且斑嘴鸭单独聚为一类;可初步判定这12个地方鸭种起源于绿头野鸭,而与斑嘴鸭的遗传距离相对较远。 相似文献
9.
微卫星分子标记的研究进展 总被引：2，自引：0，他引：2
微卫星是指以少数几个核苷酸(一般1～6个)为单位多次串联重复的DNA序列，是1974年Skinner在研究寄居蟹的卫星DNA时发现的。微卫星广泛均匀地分布在基因组上，其重复数和重复单位序列都是可变的，故多态信息含量大。但由于微卫星无位点特异性，无法确切定位。因此以微卫星核心序列为中心，两侧各加上1个侧翼序列，形成所谓的序列示踪微卫星位点(STMS)。由于侧翼序列在基因组中是单拷贝的，具有位点特异性，而微卫星本身又使STMS具有多态性，只需根据微卫星侧翼序列设计一对PCR引物，通过PCR反应从模板DNA中将该位点扩增出来，然后用聚丙烯酰胺凝胶电泳分离，溴乙锭或银染法显色进行研究。 相似文献
10.
绿头野鸭与我国主要地方鸭品种遗传多样性研究 总被引：5，自引：0，他引：5
利用17个微卫星标记,采用PCR扩增,8%非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳、银染,对绿头野鸭种群和我国9个主要地方鸭品种的遗传多样性进行了检测,统计了各群体的平均有效等位基因(Ne)、平均遗传杂合度(H)、多态信息含量(PIC)、群体间的遗传距离(Ds)和相似系数(I)。采用UPGMA和NJ法构建系统发生树。结果表明:17个微卫星座位在绿头野鸭种群和我国9个主要地方鸭品种中的多态信息含量均为高度多态,所有鸭种的平均PIC、H、Ne分别为0.6506、0.6896、4.1±1.5,基因多态性和遗传多样性相对较高;家鸭各品种间的遗传距离在0.1631~0.6844范围内,绿头野鸭与家鸭品种间的遗传距离分别在0.3096~0.8219之间。根据系统发育树推断中国主要地方鸭品种不是单一起源于绿头野鸭。中国主要地方鸭品种大致可以分为5支。一支为北京鸭、荆江鸭,一支为中山鸭、建昌鸭及高邮鸭,一支为靖西大麻鸭和金定鸭,连城鸭为一支,绍兴鸭为另一支。 相似文献
11.
为了构建北京奶牛中心荷斯坦种公牛个体及亲子鉴定DNA数据库,本研究从联合国粮农组织(FAO)和国际动物遗传学会(ISAG)推荐的具有高度多态性的微卫星标记中选取11个常染色体微卫星标记(BM1824、BM2113、ETH3、ETH10、ETH225、INRA023、SPS115、TGLA53、TGLA122、TGLA126和TGLA227),采用荧光引物PCR和ABI3730XL遗传分析仪,对229头荷斯坦种公牛个体基因型进行了检测,并探讨其用于牛个体识别和亲子鉴定的可行性。研究结果表明,11个微卫星标记平均杂合度为0.733,平均多态信息含量为0.695,其中TGLA122标记平均多态信息含量最高为0.866,SPS115标记最低为0.506,均属于高多态性标记。11个标记累积个体识别能力为99.99%,累积非父排除率达到99.99%,随机个体一致性概率为1.59×10-17。研究结果表明上述11个微卫星标记进行个体识别和亲子鉴定的效力与可靠性均很高,同时初步建立了北京奶牛中心荷斯坦种公牛DNA数据库。 相似文献
12.
种公牛个体识别与鉴定方法研究 总被引：1，自引：0，他引：1
本研究采用正交试验法摸索出适于multiple-primer PCR的反应体系中物质成分及其浓度和采用排列组合方法排除干扰引物。结果表明,在10×Buffer(Tris-HCl 100 mmol/L和KCl 500 mmol/L,pH=9.7) 2.5 μL、DDT为8 mmol/L、dNTP为0.8 mmol/L、MgCl2为2.6 mmol/L、5%甘油、0.25%二甲亚砜和0.5%甲酰胺,Taq酶10 U的25 μL的反应体系中,能够成功为总量为32 pmol/L的11对互不影响的微卫星引物进行multiple-primer PCR。通过这种方法,多个微卫星位点可以同时进行PCR,极大地提高了种公牛个体识别与鉴定的工作效率。 相似文献
13.
溶质载体家族11成员A1(SLC11A1)基因与抗传染病有关。试验对6个品种427只山羊进行染色体定位、相应的功能结构域和3′非翻译区(3′-UTR)微卫星的遗传变异研究。通过双色荧光原位杂交,将SLC11A1定位于山羊2号染色体上;同时运用单链构型多态性筛查了SLC11A1外显子2、10和15的多态性。结果发现,在各山羊品种中,SH3结合基序、蛋白激酶C磷酸化位点或2个N-连接糖基化位点没有变异。外显子15的变异是由于存在两个微卫星多态性。山羊3′-UTR的上游GT重复(GTn)的基因分型结果显示有8个等位基因(GT11、GT12、GT14-GT19),但缺失GT13(牛中存在)。大多数山羊都有等位基因GT16,但没有等位基因是一个品种独有的。遗传分化系数为0.084。微卫星在山羊的遗传连锁分析中是DNA的信息标记。 相似文献
14.
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《中国兽医学报》2016,(1):172-174
检测了125只塞北兔在6个微卫星座位的基因型,分析了等位基因数、基因频率、杂合度和多态信息含量等参数值,并对塞北兔在6个微卫星座位Hardy-Weinberg平衡检验。结果显示:塞北兔在6个微卫星座位共检测到的等位基因30个,每个基因座位为4~6个,等位基因大小在129~244bp之间,塞北兔除了在SOL03基因座位呈中度多态性变异以外,在SOL33、SOL44、7L1B10、L7C11和SAT12等5个微卫星座位呈高度多态性变异;除了在基因座位SOL33和SAT12以外,塞北兔在其他4个基因座位SOL03、SOL44、7L1B10、L7C11均处于Hardy-Weinberg平衡状态。 相似文献
16.
利用微卫星标记检测金定鸭小群保种效果 总被引：5，自引：1，他引：4
以国家水禽种质资源基因库保存的金定鸭为素材,用12个微卫星标记对3个世代小群保种群进行遗传检测,通过分析世代间遗传差异来检测小群保种效果。结果表明：12个微卫星标记在金定鸭3个世代保种群中共检测到66个等位基因,其中60个为3个世代保种群所共有,2个为0世代所特有,各座位平均等位基因数在5个以上;3个世代的平均杂合度在0.7129~0.7298之间,平均多态信息含量在0.6658~0.6871之间,反映了金定鸭群体遗传多样性丰富,2个指标随世代增加呈现下降趋势。结果表明金定鸭采用小群保种方法是可行的。 相似文献
17.
利用微卫星DNA多态性预测半番鸭的杂种优势 总被引：1，自引：0，他引：1
为探究微卫星DNA多态性与鸭肉用性能杂种优势的相关关系,选取10对微卫星标记对金定鸭、樱桃谷鸭、F1(樱桃谷鸭×金定鸭)和番鸭进行遗传多样性检测。利用ONEDscan、GENEPOP、Mstools软件对目的基因进行分型,计算遗传多样性参数以及群体间标准遗传距离,并测定半番鸭各杂交组合F1代体重杂种优势。结果表明:在4个鸭群体共检测到52个等位基因,金定鸭、F1(樱桃谷鸭×金定鸭)、樱桃谷鸭与番鸭群体间标准遗传距离分别为0.57678、0.52220、0.46356,樱桃谷鸭与金定鸭遗传距离为0.38949。并根据遗传距离,采用对数曲线模型对半番鸭体重杂种优势进行了预测,χ2检验结果显示,预测结果与实验测定结果无显著性差异,表明本研究建立的根据微卫星DNA多态性预测半番鸭部分生长阶段体重杂种优势是可行的。 相似文献
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以国家水禽种质资源基因库保存的金定鸭为素材,用10个微卫星标记对金定鸭3个世代小群保种群进行遗传检测,通过分析世代间遗传差异来检测小群保种效果。结果表明:10个微卫星标记在金定鸭3个世代保种群中共检测到56个等位基因,其中53个为3个世代保种群所共有,各座位平均等位基因数在5个以上;3个世代的平均杂合度在0.7315~0.7433之间,平均多态信息含量在0.6901~0.7049之间,反映了金定鸭群体遗传多样性丰富,2个指标随世代增加呈现下降趋势,但是无显著差异。结果表明金定鸭采用小群保种方法是可行的。 相似文献
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微卫星技术是20世纪80年代末期发展起来的能有效区别不同物种、不同群体及不同基因型个体的分子标记,可作为第二代分子标记。微卫星标记广泛分布于各真核生物基因组中,且随机分布。微卫星DNA(Microsatellite)是一类以1~6 bp的核苷酸为基本单位,呈串联重复状散在分布于整个基因组的重复序列,具有数量多,分布广且均匀,多态性丰富和 相似文献