2013-2015年福建省PRRSV ORF3基因亚型遗传变异分析     

魏春华  刘建奎  戴爱玲  谢莹  杨小燕 《中国兽医学报》2018,(1):17-24

为了研究2013-2015年福建省猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)的流行特点及变异规律,收集福建多个地区的26株PRRSV分离株,应用RT-PCR方法对其ORF3基因进行克隆及序列分析,从而了解福建地区PRRSV的遗传变异性。结果表明,26株毒株中24株为美洲型毒株(NA genotype,type 2),2株为欧洲型毒株(EU genotype,type 1)。26株PRRSVORF3核苷酸同源性为63.1%~100%,与VR2332的同源性为64.8%~99.5%,与HPPRRSV代表毒株JXA1、WuH1和TJ同源性为63.7%~99.8%,与NADC30同源性为66.1%~95.8%,与欧洲代表毒株LV的同源性为63.6%~90.9%。24株美洲型ORF3遗传进化树表明,福建地区PRRSV出现了2个新的亚群,3亚群(2株处于独立的分支)和4亚群(3株为类NADC30PRRSV)。欧洲型PRRSV ORF3遗传进化树表明,福建地区流行的毒株为泛亚1型毒株。综上所述,福建地区PRRSV存在2种血清型毒株,美洲型流行毒株呈现遗传变异多样性。  相似文献   

2010年-2011年广东地区PRRSV Nsp2和ORF5基因的遗传变异分析     

彭海滨  苏润环  潘永飞  宋延华  李玉谷 《动物医学进展》2012,33(7):43-48

为了解2010年-2011年广东地区猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)流行毒株的遗传变异情况,采用RT-PCR方法扩增所分离的16株PRRSV的Nsp2和ORF5的基因,应用DNA Star、ClustalX2和MEGA5等对所得序列进行比对及遗传变异分析。16株PRRSV的Nsp2和ORF5基因的推导氨基酸序列同源性分别为75.3%～100%和87.5%～100%,与国内高致病性PRRSV代表毒株JXA1的氨基酸同源性分别为74.2%～98.2%和87.5%～99%。Nsp2遗传进化分析显示,这16株PRRSV均属于美洲型毒株,其中15株病毒与以JXA1为代表的国内流行毒株处于同一分支,属美洲亚群Ⅰ;另外1株病毒与VR-2332和疫苗株MLV处在同一分支,属美洲亚群Ⅱ。2010年-2011年广东地区流行毒株仍为高致病性PRRSV,且存在经典疫苗毒株MLV。  相似文献   

猪繁殖与呼吸综合征病毒的分离及ORF5基因的序列分析     

温海燕 《中国动物检疫》2013,30(10):66-69

采集菏泽地区某猪场PRRS疑似病料,在Marc-145细胞上进行病毒分离,得到一株病毒HZ0622,通过免疫荧光试验初步鉴定分离病毒为PRRSV。对ORF5基因进行克隆和测序,并利用DNAStar软件将测定序列与国内外代表性毒株进行同源性比较,结果表明：分离株HZ0622 ORF5基因与美洲型代表毒株VR-2332的同源性为89.55%,与LV株同源性为61.17%,与中国高致病性PRRSV毒株JXA1、HEB1、SY0608、SD-4的同源性分别为98.84%、98.34%、99.00%、99.34%;进化树分析结果表明,分离株HZ0622和高致病性PRRSV在同一进化分支,且与2007年分离的SD-4有更近的亲缘关系。HZ0622分离株属于美洲型毒株,可能属于高致病性PRRSV。  相似文献   

高致病性PRRSV河北地方株的分离鉴定及部分Nsp2基因变异分析     

王金凤  张岭岭  王娇  赵泽坤  孙继国  袁万哲 《动物医学进展》2010,31(Z1)

从唐山某猪场患高热病病料中分离到1株病毒,该病毒能在Marc-145细胞上增殖,产生细胞病变。经RT-PCR鉴定证明,该病毒为美洲型PRRSV,将其命名为TS02。应用设计的特异性引物扩增TS02株的Nsp2基因,并与国内外PRRSV分离株的Nsp2基因序列进行了比较。结果表明,TS02株Nsp2基因推导的氨基酸序列出现30个不连续的缺失,与PRRSV高致病性毒株JXA1、GD、WUH1、Jiangxi-3的核苷酸序列同源性分别为97.7%、97.7%、96.5%和97.1%。  相似文献   

猪繁殖与呼吸综合征病毒GX1001株和GX1002株全基因组分子特征分析     

林昌华  施开创  陶春爱  钟诚  莫胜兰  李刚 《中国畜牧兽医》2013,40(4):1-9

为了解广西地区猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)的变异情况及分子遗传特征,采用RT-PCR分段扩增2010年PRRSV广西地方分离株GX1001株和GX1002株基因片段,经克隆、测序、拼接,获得2个分离株的全基因序列。结果显示,不包括Poly(A)尾,GX1001株、GX1002株基因组全长分别为15329和15318 bp。同源性分析结果表明,2个分离株间全基因组核苷酸序列同源性为99.3%,与国内外北美洲型代表毒株间的全基因组核苷酸序列同源性为84.9%~99.5%,与欧洲型代表毒株间的同源性为61.5%~61.9%。序列分析结果表明,2个分离株的NSP2编码区均存在第481和533-561位,共30个氨基酸的不连续缺失,具有PRRSV高致病性变异毒株(HP-PRRSV)的遗传特征,但分别在不同区域出现新的突变、缺失及插入等变异现象。遗传进化分析结果表明,所有美洲型毒株可分为4个亚群,GX1001株和GX1002株均属于以高致病性JXA1株为代表的第4亚群。上述结果表明,本研究获得的PRRSV广西地方分离株GX1001株和GX1002株均属于HP-PRRSV,但其基因组在不同区域发生了新的遗传变异现象。  相似文献   

猪繁殖与呼吸综合征病毒GX1003株全基因序列测定与分析   总被引：1，自引：0，他引：1  

施开创  林昌华  张步娴  官家明  李军  钟诚 《动物医学进展》2013,34(2):30-36

为了解广西省猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)的遗传变异情况,采用RT-PCR对PRRSV广西地方分离株GX1003株全基因组进行分段扩增、测序与分析。结果表明,不包括Poly(A)尾,GX1003株基因组全长为15 320nt。同源性分析表明,GX1003株与比对的国内外PRRSV美洲型毒株全基因核苷酸及其推导氨基酸序列的同源性分别为85.0%～99.4%和82.1%～99.1%,与欧洲型代表株LV株的同源性分别为60.6%和51.3%。序列分析表明,GX1003株的NSP2编码区存在第481位aa和第533～561aa发生30个氨基酸的不连续缺失,具有高致病性PRRSV(HP-PRRSV)的遗传特征;同时,在不同编码区出现与HP-PRRSV代表株JXA1株不同的遗传变异现象。遗传进化分析表明,比对的所有美洲型毒株可以分为4个亚群,GX1003株分布在以JXA1株为代表的亚群4中。表明PRRSV广西地方分离株GX1003株属于HP-PRRSV,但其基因组在不同区域发生了新的遗传变异。  相似文献   

猪繁殖与呼吸综合征病毒江苏分离株ORF5及Nsp2基因部分序列分析     

迟兰  崔盟  王寿利  吴艳涛  刘秀梵 《中国兽医学报》2010,30(2)

对2006—2007年分离于江苏省部分发病猪场的PRRSV,采用RT-PCR技术,进行ORF5基因序列以及Nsp2基因部分序列的扩增、克隆并测序。应用DNAStar软件将测序结果与已发表的国内外参考毒株进行比对分析。结果表明,分离的21株病毒ORF5基因大小均为603bp;与国内分离株之间同源性为87.7%～97.0%,与国外美洲型分离株同源性为85.6%～90.5%;21株PRRSV分离株与欧洲型毒株之间的同源性仅为54.1%～56.6%。14株用于扩增Nsp2基因部分序列的PRRSV在全基因组第2778～2780位及第2947～3033位分别缺3个和87个碱基,其中的2个江苏扬州分离株在第2747～2836位又缺失了90个碱基;14个毒株之间同源性为93.2%～99.0%,与VR-2332相比同源性为74.9%～78.5%,与国内河北、河南等地2006年的PRRSV分离株相比同源性为94.1%～99.1%。  相似文献   

2014年-2016年广西地区猪繁殖与呼吸综合征病毒Nsp2和ORF5基因的遗传多样性分析     

施开创  许心婷  尹彦文  龙飞翔  屈素洁  陈汉忠 《动物医学进展》2017,38(1)

为了解广西地区猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)流行毒株的遗传进化情况,对2014年-2016年来自广西各地的部分PRRSV阳性病料进行Nsp2和ORF5基因的扩增和测序分析.结果获得34个Nsp2基因序列和45个ORF5基因序列,均属于美洲型毒株.Nsp2基因间核苷酸序列的同源性为91.8％~100％,与PRRSV美洲型毒株VR-2332、CH-1a、JXA1及NADC30株核苷酸序列的同源性分别为81.3％~84.3％、88.9％~92.1％、94.3％~99.3％和73.5％~75.1％,而与PRRSV欧洲型毒株LV株核苷酸序列的同源性为51.5％~53.2％.ORF5基因间核苷酸序列的同源性为82.8％~100％,与PRRSV美洲型毒株VR-2332、CH-1a、JXA1及NADC30株核苷酸序列的同源性分别为83.7％~99.5％、85％~95％、83.8％~99.7％和83.2％~86.4％,而与PRRSV欧洲型毒株LV株核苷酸序列的同源性为62.4％~64.5％.基于Nsp2和ORF5基因推导的氨基酸序列绘制的遗传进化树中,广西地区的毒株主要分布在以JXA1为代表的Ⅳ亚群.表明当前广西PRRSV流行毒株以JXA1株为代表的高致病性美洲型毒株为主,各毒株Nsp2和ORF5基因序列存在一定的差异,尚未发现欧洲型毒株和美洲型NADC30类毒株.  相似文献   

河北省猪繁殖与呼吸综合征病毒遗传变异分析     

董李学  袁万哲  左玉柱  王建昌  王金凤 《中国动物检疫》2018,35(6):89-93

为了解河北省猪群中猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)的流行情况及毒株遗传变异趋势,应用RTPCR方法,对河北省10个地区的18个发病猪场进行调查,分别扩增出23株缺失部分NSP2基因和完整ORF5基因的毒株。序列分析结果显示,23株PRRSV NSP2基因均缺失了不连续的30个氨基酸,从而证实河北省存在美洲型PRRSV变异株的流行。23株PRRSV ORF5核苷酸序列与国内外已发表的基因序列绘制的遗传进化树表明:20个毒株与JXA1形成一个基因亚群;而另3个毒株与NADC30毒株形成一个基因亚群,并且变异最大,是以后的主要临床研究对象。推导编码氨基酸的比较结果表明,河北省流行的PRRSV毒株ORF5基因编码蛋白已发生较大变异,需在今后临床诊断与疫苗防控中引起重视。  相似文献   

PRRSV河北分离株ORF5与NSP2基因遗传变异分析     

《中国兽医学报》2015,(10):1578-1583

从河北省新乐市某猪场采集疑似感染猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)的病料,通过Marc-145细胞培养,RT-PCR检测等方法鉴定,确认分离到1株PRRSV,暂命名为HB-XL株。进一步对其ORF5与NSP2基因克隆测序,经同源性比较及系统进化树等分析,表明该毒株ORF5与NSP2基因与国内流行的缺失变异株遗传关系较近,与国内外经典美洲型毒株及基因重组毒株QYYZ遗传关系较远且与欧洲型LV毒株处于不同分支;ORF5基因编码的200个氨基酸的第13、151位均为具有强毒特性的精氨酸(R),第137位为具有野毒特性的丝氨酸(S);与经典美洲株相比,该毒株NSP2基因分别发生3个碱基和87个碱基的不连续缺失。说明HB-XL株属于美洲型PRRSV并存在不断变异的趋势。  相似文献   

猪繁殖与呼吸综合征病毒HS株结构蛋白基因的克隆与序列分析   总被引：1，自引：0，他引：1  

马朝志  肖少波  宁娟  江云波  方六荣  陈焕春 《动物医学进展》2007,28(6):1-4

根据GenBank中猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)美洲株(VR-2332)基因序列,设计合成了ORF2a、ORF3、ORF4、ORF5、ORF6和ORF7基因的引物.利用RT-PCR扩增出PRRSV HS株各基因的cDNA片段,将扩增的各cDNA片段克隆入pMD18-T载体并测序.应用DNA Man软件,将测序结果与国内外已发表野毒株和疫苗株(VR-2332、Resp MLV、16244B、HN1、BJ-4、CH1-a、HB-1、HB-2、LV)的相应基因进行序列比较,并绘制系统进化树.结果表明,PRRSV HS株与美洲型的相应基因核苷酸同源性为83.6%～99.7%,与LV株的相应基因核苷酸同源性为38.9%～49%;推导的氨基酸与美洲型相应基因的同源性为86.6%～99.6%,与LV株的同源性为54.2%～78.2%.系统进化树表明,PRRSV HS株属于美洲型,与HN1、VR-2332、RespMLV、16244B、BJ-4亲缘关系较近.  相似文献   

猪繁殖与呼吸综合征病毒柳州地方株NSP2和ORF5基因变异分析     

韦正吉  陈强  严斯刚 《中国动物检疫》2011,28(11):35-38

为了给广西柳州预防和控制猪繁殖与呼吸综合症提供理论数据,本研究对利用RT-PCR方法扩增了该地区流行株LZ5和LZ6的NSP2和ORF5基因并进行测序分析,然后与GenBank中已发表的PRRSV毒株的NSP2和ORF5基因序列进行比较。结果显示,2株柳州地方流行株均属于美洲型,在NSP2基因第483位和535~563位氨基酸均存在30个氨基酸的不连续缺失,其NSP2和ORF5基因的核苷酸同源性分别为99.5%和99.7%,推导的氨基酸同源性分别为100%和99.5%;与近几年国内流行的高致病性蓝耳病代表性毒株之间的NSP2、ORF5基因核苷酸同源性分别为94.7%~96.2%和97.2%~98.0%,其推导的氨基酸同源性分别为92.0%~95.5%和94.5%~97.0%。序列分析结果表明此次柳州流行的PRRSV与2006年夏高热病引起的基因序列高度同源,在基因序列上并未显示出新的特性,在国内也缺乏明显的地域性差异。  相似文献   

两株高致病性PRRSV湖北分离株ORF5与Nsp2基因序列分析     

杨雷  谢红玲 《中国兽药杂志》2014,48(2):1-6

2013年从湖北两个发病猪场采集疑似猪繁殖与呼吸综合征病料,接种Marc-145细胞,可致明显细胞病变,各分离到1株猪繁殖与呼吸综合征病毒(HBHS株和HBXN株)。采用RTPCR方法,对ORF5基因序列和Nsp2基因部分序列进行扩增并测序,并用DNA MAN软件将测序结果与国内外发表的13株参考毒株进行比对分析。结果显示,2株分离株Nsp2基因与国内高致病性JXA1、GD2007、GD2008毒株的氨基酸同源性很高,介于98.5%~99.5%;且该基因与国内其他变异株有完全一致的缺失特征;ORF5基因与国内高致病性毒株的氨基酸同源性为98.1%~99.5%,且系统进化树遗传距离很近,同处一个基因群中,而与CH-1a等经典毒株较远。这两株分离株均属于PRRSV美洲型变异株,此结论为该病的防治及疫苗的设计奠定了基础。  相似文献   

2株猪繁殖与呼吸综合征病毒的分离、鉴定及遗传进化分析     

孙龙  刘宇  黄震 《中国畜牧兽医》2014,41(3):33-38

Two strains of porcine reproductive and respiratory syndrome viruses (PRRSV) were isolated from serum of some pig farms in Guangdong province and showed PRRSV positive in RT-PCR testing. The two viruses could passage stably and cause typical cenotaphic effect, they were named as LZ-GD and LB-GD. The analysis of variable region sequences of ORF5 and Nsp2 of the two viruses showed that LZ-GD and LB-GD strains were far to Europe strain Lelystad, the homology of nuclear nucleotide sequence were 63.5% and 63.8%, respectively, with classic American strain VR-2332 were 88.7% and 89.1%, respectively, and that with highly pathogenic JXA-1 strain were 99.2% and 99.3%, respectively. There were 30 amino acids deletion in Nsp2. It shared the deletion with JXA-1, HUN4 and other pathogenic variant. Thus, the two strains of PRRSV belonged to highly pathogenic American type.  相似文献   

2018年广东部分地区猪繁殖与呼吸综合征病毒流行毒株ORF5基因变异分析     

陈盛楠  张海龙  谢博  黄良宗  顾万军 《动物医学进展》2020,(1):50-56

为了解广东省猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)流行毒株ORF5基因遗传变异情况,采用RT-PCR对2018年采自广东部分地区疑似患有PRRS的猪肺组织样品进行PRRSV ORF5基因扩增以及克隆测序,并进行生物信息学分析。结果表明,成功扩增出18株PRRSV流行毒株的ORF5基因片段。ORF5基因序列分析表明,18株PRRSV流行毒株ORF5基因核苷酸同源性为83.7%~99.8%,PRRSV流行毒株与参考毒株的同源性为62.1%~99.8%。基于ORF5基因的遗传进化树分析表明,18株PRRSV流行株均为美洲型毒株。其中,10株与以JXA1为代表的高致病性毒株亲缘较近,2株与新型高致病性毒株FZ16A相似;1株与以NT1为代表的疫苗返强毒株亲缘较近,1株与以R98为代表的疫苗毒株亲缘性较近,4株与广东新报道的GM2和QYYZ毒株亲缘性较近。DNA推导氨基酸序列分析表明,18株流行株的氨基酸序列与国内已报道的代表株相比发生不同程度的变异,GP5抗原表位上存在着差异。研究结果揭示了广东地区PRRSV有新型强毒株、重组毒株以及疫苗返强毒株的流行,提示养殖者谨慎、合理使用疫苗,防止疫苗毒株返强和毒株重组,为该地区防控PRRS提供参考。  相似文献   

杂交野猪猪繁殖与呼吸综合征病毒分离及其ORF6、ORF7基因的序列分析     

李冰  卢赫  冯方周  丁壮 《中国畜牧兽医》2014,41(12):102-108

试验旨在研究杂交野猪猪繁殖与呼吸综合征病毒(porcine reproductive and respiratory syndrome virus, PRRSV) 辽宁分离株的遗传变异情况及分子生物学特征.用Marc-145细胞从辽宁某杂交野猪场疑似猪繁殖与呼吸综合征(porcine reproductive and respiratory syndrome, PRRS)病猪血液中分离到1株病毒,该分离毒株经Marc-145细胞6次传代后出现稳定的细胞病变,采用RT-PCR方法对分离病毒进行ORF6和ORF7基因的扩增、克隆和测序,并与已知序列毒株的相应片段进行同源性比对.结果表明,分离毒株的ORF6、ORF7基因与国内外美洲型毒株的核苷酸同源性分别为96.0%～100.0%、94.5%～99.4%;氨基酸同源性分别为89.6%～100.0%、87.3%～98.7%;与欧洲型代表毒株LV的ORF6、ORF7基因差异较大,核苷酸同源性分别为70.4%、70.1%,氨基酸同源性分别为48.8%、49.7%.推测辽宁杂交野猪体内分离毒株在基因型上属于美洲型毒株.  相似文献   

两株高致病性PRRSV ORF6和ORF7基因克隆及序列分析     

时建立  李俊  徐绍建  赵鸿雁  张秀美  王金宝 《中国畜牧兽医》2008,35(1):39-43

应用RT PCR方法从实验室分离的两株高致病性PRRSV SX、ZQ株中扩增出ORF6和ORF7,将其分别克隆、测序。用DNAStar 软件分析所测序列,并与VR 2332株、LV株、周边国家及国内分离株进行核苷酸和推导氨基酸同源性比较,并绘制系统进化树,结果ORF6、ORF7核苷酸与北美洲型的同源性为91.1％～100％,与欧洲型的同源性为66.2％～70.7％,推导氨基酸与北美洲型的同源性为91.2％～100％,与欧洲型的同源性为62.3％～82.3％。证明新分离到的PRRSV SX株、ZQ株仍属北美洲型。SX株ORF6、ORF7核苷酸与国内新分离到的高致病性PRRSV JXA1株同源性分别为99.8%、100%;ZQ株ORF6、ORF7核苷酸与国内新分离到的高致病性PRRSV JXA1株同源性分别为99.6%、99.7%。  相似文献   

猪繁殖与呼吸综合征病毒山西分离株ORF5基因的序列分析     

刘文俊  姚敬明  吴忻  王娟萍  孟帆  韩一超  樊振华  米瑞娟  罗甜甜 《中国畜牧兽医》2013,40(2):10-13

采用RT-PCR方法对2009—2011年山西省疑似猪繁殖与呼吸综合征(PRRS)阳性病料进行克隆和测序,获得5个ORF5基因片段,并对其基因序列和推导的氨基酸序列与国内外毒株进行了同源性分析。序列分析结果表明,5个ORF5基因序列之间核苷酸同源性为97.7%～98.5%,与欧洲型代表株LV、美洲型代表株VR-2332、2006—2007年国内分离的PRRSV变异株(JXA1、HuN、HUN4、HUB1)、2006年以前中国分离毒株(CH-1a、HB-1(sh)、HB-2(sh))和2个疫苗株(Resp PRRS MLV、MLV RespPRRS/Repro)核苷酸同源性分别为63.5%～64.0%、88.7%～89.2%、97.7%～99.3%、88.1%～96.7%和88.6%～89.1%;氨基酸同源性分别为56.1%～56.6%、87.8%～88.8%、96.6%～98.5%、85.9%～93.2%、86.8%～87.9%。结果表明山西地区的PRRSV流行毒株均属于美洲型,且毒株同源性很高,亲缘关系紧密。  相似文献   

山东PRRSV流行株ORF5、ORF6、ORF7基因序列的分子特征   总被引：1，自引：0，他引：1  

李俊  徐绍建  时建立  吴家强  温建新  王金宝 《家畜生态学报》2009,30(4):76-80

采用RT-PCR技术对2001～2007年分离自山东地区10株(ShanDong-3、SD-JN、SD-ZQ、SD1、SD2、SD3、SD4、SD5、SD6和SD7)猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)进行ORF5、ORF6和ORF7基因的扩增、克隆和测序,与已知序列的毒株的相应片段进行同源性分析比较,并对其分子特征进行分析.结果表明:该10株病毒仍属北美洲型,其中2001～2002年分离的SD1株、SD2株和2006年分离的SD6株核苷酸序列之间的ORF5、ORF6、ORF7同源性分别为99.2%,99.8%,100%,均与北美洲原型代表株(VR-2332株)和疫苗毒MLVRespPRRS Repro USA遗传距离较近,同属一大分支;2006～2007年分离的PRRSV ShanDong-3、SD-JN、SD-ZQ 、SD3,SD4,SD5, SD7分离株ORF5、ORF6、ORF7同源性分别为97.8%～100%,99.4%～99.8%,99.2%～99.7%,均与国内96年Ch-1a和2002年HB-1株及2006年分离鉴定的国内高致病性分离株(JXA1、Shanghai、HEB1)同属一个大的分支.首次证实目前山东省同时存在高致病性PRRSV和传统PRRSV,并且有由传统PRRSV向高致病性PRRSV演化的趋势.  相似文献