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1.
禽波氏杆菌分离株的16S rRNA基因序列分析 总被引：1，自引：0，他引：1
采用PCR方法对本实验室分离保存的10株禽波氏杆菌、3株兔支气管败血波氏杆菌及1株猪支气管败血波氏杆菌菌株,扩增其16SrRNA基因的5′端片段（783bp）,并测定所得片段的DNA序列。用DNAStar分析软件将所获得的序列与GenBank中的禽波氏杆菌序列进行比较,由此构建禽波氏杆菌菌株的系统发育树。结果显示,10株禽波氏杆菌核苷酸序列与GenBank中收录的AF177666株禽波氏杆菌核苷酸序列的同源性为82.0%～82.5%,与兔支气管败血波氏杆菌和猪支气管败血波氏杆菌核苷酸序列的同源性均为99.2%～99.9%,其中P9（山鸡波氏杆菌）、P11（兔支气管败血波氏杆菌）与P14（猪支气管败血波氏杆菌）分别发生1个核苷酸的缺失。本试验结果表明,16SrRNA序列分析是鉴定禽波氏杆菌的一种快速而准确的方法。 相似文献
2.
为了解四川部分地区山羊细菌性腹泻的主要病原菌及其对抗菌药物的敏感性,试验采用产肠毒素大肠杆菌K99基因、沙门氏杆菌invA基因、志贺氏菌ipaH基因和奇异变形杆菌ureR基因的特异性引物,以山羊粪便样本提取的总DNA为模板,采用四重PCR方法检测,并对检出的阳性样本进行细菌的分离鉴定,同时采用药敏纸片法检测分离菌对18种抗菌药物的敏感性。结果表明:在226份粪便样本中产肠毒素大肠杆菌的PCR阳性检出率为55.3%(125/226),沙门氏杆菌的PCR阳性检出率为18.6%(42/226),志贺氏菌的PCR阳性检出率为29.2%(66/226),奇异变形杆菌的PCR阳性检出率为15.9%(36/226),同时检出两种和两种以上病原菌的阳性检出率为29.6%(67/226)。从226份粪便样本中分离到产肠毒素大肠杆菌104株,分离率为46.0%(104/226);沙门氏杆菌32株,分离率为14.2%(32/226);志贺氏菌54株,分离率为23.9%(54/226);奇异变形杆菌23株,分离率为10.2%(23/226);4种病原菌的PCR阳性检出率明显高于分离率。4种病原菌对头孢噻肟、大观霉素、丁胺卡那霉素、头孢拉定4种抗生素高度敏感,而对其余14种抗菌药物均呈不同程度的耐药。说明四川部分地区山羊粪便中4种病原菌的带菌率较高,是引起山羊腹泻的重要病原菌。 相似文献
3.
参考GenBank中兔巴氏杆菌16SrRNA和波氏杆菌的fim2的基因序列,应用Premier 5.0软件在二者高度保守区设计了2对引物,建立了适合巴氏杆菌和波氏杆菌快速检测的多重PCR检测方法。以该方法对巴氏杆菌和波氏杆菌参考菌株进行PCR扩增,分别能从各自的基因组中扩增出与试验设计相符的644bp和425bp的特异性DNA片段。将扩增所得的DNA片段进行克隆测序,测序结果表明分别为巴氏杆菌16SrRNA和波氏杆菌fim2基因序列。该方法对波氏杆菌的检测下限为4×102 CFU,对巴氏杆菌的检测下限为6×101 CFU。对兔源性沙门菌、葡萄球菌、大肠杆菌、魏氏梭菌扩增结果为阴性。表明所建立的RT-PCR检测技术具有特异、快速和敏感的特点,可用于鉴别诊断兔巴氏杆菌和波氏杆菌以及2者混合感染。 相似文献
4.
根据临床常见致病菌16S-23S rRNA基因间隔序列(ISR)两端的16S及23S rRNA保守序列设计PCR扩增的通用引物,对9株奇异变形杆菌和6株相近菌株应用通用引物PCR扩增16S-23S rRNA ISR序列.通过PCR长度多态性比较、RFLP分析以及部分序列测序比较,分析鉴别奇异变形杆菌.结果显示,PCR长度多态性可以将奇异变形杆菌同其余菌种进行区分;RFLP分析可以将所有试验菌种进行区分;部分序列测序可以对奇异变形杆菌进行分型.由此表明,16S 23S rRNA ISR序列PCR及RFLP分析可以简单、快速、准确的鉴定奇异变形杆菌. 相似文献
5.
鸡奇异变形杆菌的分离鉴定和16S rRNA基因序列测定与系统进化分析 总被引：2，自引：0，他引：2
从山东泰安一鸡场发病雏鸡眼中分离到1株致病菌(编号为QY),通过细菌形态学等常规鉴定符合奇异变形杆菌(Proteus mirabilis)特性。用奇异变形杆菌阳性血清诊断结果呈阳性,人工感染证明该菌株是造成该鸡场雏鸡大批发病死亡的致病菌。药敏试验结果显示对头孢类、恩诺沙星等高度敏感,而对青霉素和复合磺胺等不敏感。以细菌16SrRNA基因通用引物进行PCR扩增,得到QY的16SrRNA基因序列,长约1 453bp(GenBank,登录号为GU477712)。将该序列与GenBank中序列进行Blast比对,发现与其匹配度最高的均是奇异变形杆菌各株系的16SrRNA序列,均高达98%以上。运用DNAStar软件与其中10株奇异变形杆菌分离株构建系统进化树,结果表明,分离株(QY菌株)与10个代表菌株的同源性均为98.9%～99.9%,其中与AB272366同源性最高为99.9%。从分子水平证明该菌是奇异变形杆菌并分析了其遗传进化规律,为鸡奇异变形杆菌的鉴定及其引起的疾病的诊断与治疗提供了参考。 相似文献
6.
通过PCR反应扩增7株鸡奇异变形杆菌和1株兔奇异变形杆菌的23SrRNA基因片段(1045bp),经克隆测序,用DNA Star分析软件将所获得的序列与GenBank中收录的奇异变形杆菌、普通变形杆菌以及其他相近属的23S rRNA基因序列进行同源性比较,并由此构建奇异变形杆菌系统进化发生树。结果表示,本实验室保存的7株鸡奇异变形杆菌核苷酸序列与GenBank中收录的奇异变形杆菌核苷酸序列同源性为99.4%～99.8%,与兔奇异变形杆菌核苷酸序列同源性为98.8%～99.3%,与普通变形杆菌的核苷酸序列同源性为95.4%～96.2%,而与其他相近属同源性只有92.9%～93.4%。结果表明,23S rRNA基因序列分析可以作为鉴定奇异变形杆菌的一种快速、简便的方法。 相似文献
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8.
通过PCR扩增分离保存的8株禽波氏杆菌、3株兔支气管败血波氏杆菌及1株猪支气管败血波氏杆菌菌株的23S rRNA基因的片段(710bp),分别克隆到载体pMD18-T后测序。利用BLAST工具进行同源性搜索;用DNAStar分析软件进行同源核苷酸序列的多重比较分析并构建禽波氏杆菌菌株的系统生物进化树。结果显示,8株禽波氏杆菌核苷酸序列之间同源性为99.2%～99.7%,与GenBank中收录的NC_010645株禽波氏杆菌核苷酸序列同源性为92.4%～92.5%,与兔支气管败血波氏杆菌和猪支气管败血波氏杆菌的核苷酸序列同源性均为98.5%～99.2%。国内分离的禽波氏杆菌菌株和支气管败血波氏杆菌菌株均与国外分离菌株在遗传基因上有一定的差异。结果表明,23S rRNA序列分析可以作为鉴定禽波氏杆菌的一种快速简便的方法。 相似文献
9.
从河北某养鸡场80日龄左右鸡群所发生的禽霍乱病死鸡中，分离到了相应病原菌多杀巴斯德氏菌（pasteurella multocida）。对分离获得的16株菌（HPs-1至HPs-16）进行了形态特征、培养特性、理化特性等方面的鉴定，同时选取代表菌株（HPs-1）进行了16SrRNA基因的分子鉴定，测定了16SrRNA序列，构建了系统发育树。结果表明分离鉴定的16株细菌均为多杀巴斯德氏菌败血亚种（P．multocida subsp．septica），所测代表菌株的16SrRNA基因长度142bp，在GenBank登录号为AY999017，该菌株与检索出的22株巴斯德氏菌属（Pasteurella Trevisan，1887）细菌16SrRNA基因序列同源性均在98％～100％。另外，药敏试验结果显示分离株对供试的青霉素G等33种抗菌药物高敏、对克林霉素敏感、对苯唑青霉素等3种耐药。 相似文献
10.
根据支气管败血波氏杆菌（Bordetella bronchiseptica）鞭毛蛋白基因的上游序列设计了1对引物flal和fla2，扩增出大小为237bp的目的基因片段，建立了快速检测支气管败血波氏杆菌的PCR方法。特异性和敏感性试验表明，该方法对大肠埃希氏菌、金黄色葡萄球菌和D型多杀性巴氏杆菌均无交叉性反应；最低能够检出112．5pg的模板DNA。用该PCR法检测了从延边州采集的48份表现不同临床症状的猪鼻黏液；结果，检出支气管败血波氏杆菌阳性42例，阳性率为87．5％。同时与传统的细菌检查法、微量凝集法进行了比较；结果显示，该PCR法的检出率是细菌检查法的5．25倍，是微量凝集法的1．75倍。 相似文献
11.
鸡源致病性奇异变形杆菌的分离鉴定与遗传进化分析 总被引：2，自引：2，他引：0
为了解鸡源奇异变形杆菌的耐药情况、致病力和遗传特征,本试验从凉山地区分离得到2株细菌（YLF1、WS）,通过培养特征、镜检特征和16S rRNA序列测定对分离菌进行鉴定及致病性试验;采用（K-B）法检测分离菌对14种常用抗生素（包括β-内酰胺类、头孢烯类、氨基糖苷类、四环素类、氟喹诺酮类、大环内酯类）的敏感性;并与GenBank中公布的21种不同来源的变形杆菌16S rRNA基因序列进行遗传进化分析。结果表明,YLF1、WS菌株均具有迁徙性和β-溶血生长特征,镜检为革兰氏阴性长短不一的杆菌或球菌,经16S rRNA基因鉴定与GenBank中奇异变形杆菌同源性均在99%以上,YLF1、WS菌株确定为奇异变形杆菌,均表现为多重耐药,耐药率分别为78.6%（11/14）和71.4%（10/14）;雏鸡致死率均为80%;YLF1、WS菌株与日本人体分离株、中国新疆黄牛分离株和中国广东土壤分离株同源性最高,达99.9%;与来自中国河南、中国新疆及印度的鸡源奇异变形杆菌同源性较高（98.9%~99.3%）,遗传关系密切。表明凉山地区鸡群中存在奇异变形杆菌感染,分离株有较高的致病力和较强的耐药性,也提示分离菌可能来源于环境、感染鸡或其他动物,同时存在人畜共患的潜在危险。 相似文献
12.
为了解A型禽腺病毒在家禽中的分布情况,从不同地区外表健康家禽中采集泄殖腔拭子,根据鸡胚致死孤儿病毒（Chicken Embryo Lethal Orphan Virus,CELOV）的全基因组序列设计引物,采用PCR方法扩增了禽腺病毒（Fovl Adenoviruses,FAV）病毒基因组右未端ITR片段和ORF 8片段。结果表明：A型禽腺病毒在家禽中分布比较广泛,鸡群、鸭群和鹅群的阳性率分别为23．8％、51．7％和17．2％。ITR片段扩增产物测序结果表明,禽腺病毒分离株与A型禽腺病毒CELOV、FAV-JS株在ITR片段具有很高同源性,而与FAV-9、火鸡腺病毒A型和鸭腺病毒A型的同源性较低。ORF8片段扩增产物测序结果表明,分离株的ORF8的序列与CELOV、FAV-JS株的ORF8片段也具有高度同源性。 相似文献
13.
为建立同时检测禽波氏杆菌(Bordetella avium)、沙门氏茵(Salmonella)、大肠杆菌(Escherichia coli)和绿脓杆菌(Pseudomonas aeruginosa)4种导致鸡胚死亡病原菌的多重PCR方法,本研究根据B.aviun的ompA基因、Salmonella的invA基因、E.coli的phoA基因和P.aeruginosa的toxR基因序列,各设计一对特异性引物进行多重PCR反应,并对反应体系和条件进行优化.结果显示,4对引物分别扩增出597bp、724bp、372bp和278bp的目的条带;并且特异性强不与其他非目的茵发生反应.经优化B.aviun、P.aeruginosa和E.coli多重PCR检测灵敏度达到104cfu/mL,而Salmonella为103cfu/mL.本研究建立的多重PCR方法为相关病原茵的快速检测提供方法. 相似文献
14.
用已建立的四重荧光PCR方法、传统国标或行标方法、MALDI Biotyper高通量微生物鉴定法(基质辅助激光解析电离飞行时间质谱法)对随机抽取的14份食品样品进行检测,比较3种检测方法的匹配性。并用四重荧光PCR对农贸市场、大型超市采集的10类食品共205份样品进行检测。旨在研究四重荧光PCR法在食品中检测沙门氏菌、弗氏枸橼酸杆菌、奇异变形杆菌和迟缓爱德华菌的应用及食品中这4种菌的污染情况。在205份食品样品中,受污染的食品有110份,污染率53.66%(110/205),同时检出两种及两种以上致病菌的样品有62份,占污染样品的56.36%(62/110)。迟缓爱德华菌大肠菌、弗氏枸橼酸杆菌、奇异变形杆菌、沙门氏菌的检出率分别为7.80%(16/205)、53.66%(110/205)、26.34%(54/205)、5.85%(12/205)。在这3种检测方法中,四重荧光PCR的特异性好、准确性高,操作简便省时,更适用于食品中4种致病菌的快速检测。抽检的食品样品中存在这4种菌的污染,尤以生禽畜肉和水产品污染严重,需加强对食品加工、流通环节的卫生监管和监测。 相似文献
15.
Sasaki Y Yamamoto K Kojima A Norimatsu M Tamura Y 《Research in veterinary science》2000,69(3):289-294
In cattle, sheep, and other ruminants, clostridial myonecrosis (gas gangrene) is mostly caused by Clostridium chauvoei, C septicum, C novyi and C sordellii. A polymerase chain reaction (PCR) system using common primers designed from multiple alignment of the 16S rRNA and 23S rRNA genes of Clostridium species was developed to identify pathogenic clostridia. The PCR was performed with total DNA from 26 strains which included seven different Clostridia species. These bacteria were differentiated at species level by the different PCR product patterns. To characterise the 16S-23S rDNA spacer regions of these clostridia further, most PCR products of these bacteria were sequenced. The smallest PCR products of each bacterium represented the fundamental 16S-23S rDNA spacer region; larger PCR products of each bacterium were caused by insertion sequences, i.e. tRNA gene sequences. The authors' observations indicate that the PCR patterns of the 16S-23S rDNA spacer regions have the potential to be used as an identification marker of pathogenic clostridia in gas gangrene. 相似文献
16.
ARV、REV与ALV三重RT-PCR检测方法的建立 总被引：1，自引：0，他引：1
根椐GenBank中已发表的禽呼肠孤病毒（ARV）、禽网状内皮增生病病毒（REV）、禽白血病病毒（ALV）等3种病毒基因组序列,设计了3对分别与ARV、REV和ALV某段基因序列互补的引物。在建立各病毒单项RT-PCR技术的基础上,优化三重RT-PCR反应条件,建立了3种病毒的三重RT-PCR技术。结果表明,用这3对引物对同一样品中的ARV、REV、ALV核酸模板进行三重RT-PCR扩增,可同时扩增ARV的247bp,ALV的675bp,REV的467bp的特异性片段,而对其他6种禽病病原的PCR扩增结果均为阴性。敏感性测定结果表明,该三重RT-PCR技术能检出10pg的ALV、1pg的ARV和10pg的REV模板。用42份临床病料对本研究多重RT-PCR技术和单项RT-PCR技术进行对比验证,结果显示,两者的总符合率为92%以上。表明建立的多重RT-PCR检测方法,具有特异、快速、准确的特点,可用于对这3种病毒的同时检测和鉴别诊断。 相似文献
17.
2006-2007年期间,山东6地区规模化毛皮动物养殖场出现母狐空怀、流产,幼狐呼吸困难,鼻孔出血,气喘并伴有腹泻、死亡等症状,为探明病因,对发病场进行流行病学调查和送检的236份病料组织进行病原学检查,结果表明造成该病的主要原因是由绿脓杆菌(Pseudomonas aerudinosa)、沙门菌(Salmonella)、大肠杆菌(Escherichia coli)和普通变形杆菌(Proteus vulgaris)共感染所致.这4种细菌单独感染、二重感染、三重感染和四重感染的平均感染率分别为50%、45.8%、3.8%和0.4 0%.在分离的4种细菌中以绿脓杆菌的分离率为最高,达到86%,对该痛原又进行(G+C)mol%、16SrRNA序列同源性和系统发育分析,构建了包括9株邻近种属细菌在内的系统发育树,其中与绿脓杆菌(AJ249451)同源性最高,为99.2%,进一步确定该病原菌属于假单胞菌属中绿脓杆菌.本研究为目前规模化毛皮动物养殖场蓝狐病的原因提出了新的思路,为疾病的防治提供了依据. 相似文献
18.
本研究参考GenBank已发表的猪繁殖与呼吸综合征病毒（Porcine reproductive and respiratory syndrome virus,PRRSV）Nsp2基因序列,在高致病性病毒Nsp2基因缺失区的两端保守区设计并合成了一对引物,建立并优化了能够区分经典PRRSV和高致病性PRRSV的RT-PCR诊断方法,并利用该方法对2007～2010年间江苏地区的45份可疑临床病料进行了检测。结果表明临床病料阳性率为40％,所有毒株均属于高致病性毒株。对PRRSV阳性病毒的Nsp2基因序列分析表明,所有18株PRRSV均属于美洲型毒株,与中国高致病性PRRSV代表毒株JXA1、WUH1的氨基酸同源性分别在82．2％～97．6％、80．4％～95.3％。此外,18株病毒的Nsp2共同存在不连续的30个氨基酸缺失,缺失位置与同期中国高致病性PRRSV具有相同的特征。通过本研究掌握了江苏地区2007～2010年间PRRSV流行情况及Nsp2基因变异特征,为地方猪繁殖与呼吸综合征的临床诊断和防治提供参考依据。 相似文献
19.
Six laboratory experiments were designed to determine whether poults infected with the nonpathogenic Bordetella avium-like (BAL) bacteria would develop immunity to B. avium (BA), the causative agent of turkey coryza. The BAL bacteria were isolated from poults given that organism, but few colonies were observed by 3 weeks postexposure. No serum-agglutinating antibody to the BAL bacterium was detected in poults exposed to that organism. Poults exposed to BAL bacteria either once or twice at different ages were not protected from infection or disease following experimental challenge between 1 and 7 weeks of age with pathogenic BA. 相似文献