共查询到19条相似文献，搜索用时 140 毫秒
1.
《蚕业科学》2017,(2)
从浙江省蚕区的桑园内采集表现桑黄化型萎缩病症状的植株叶片,并提取叶脉总DNA,通过巢式PCR和常规PCR方法对桑黄化型萎缩病植原体分离物(MYD-ZJ)的16S r DNA、延伸因子基因tuf和核糖体蛋白基因rp进行扩增及克隆,分别得到大小为1 239 bp、842 bp和1 240 bp的序列。对这些基因片段序列进行系统进化分析,结果表明,MYD-ZJ的16S r DNA序列与来自山东、安徽等省感病桑树分离桑黄化型萎缩病植原体的同源序列的相似度为98%,在进化树中位于同一进化支;MYD-ZJ的tuf基因序列与来自山东省的桑黄化型萎缩病植原体的同源序列的相似度为89%~100%,并与该同源序列以及同样来自山东省的枣疯病植原体、苦楝丛枝病植原体等聚为一支;MYD-ZJ的rp基因序列与来自山东省、安徽省的桑黄化型萎缩病植原体的同源序列的相似度为100%,在进化树中位于同一进化支。研究结果明确了MYD-ZJ属于翠菊黄化植原体组的16SrⅠ-B亚组、tufⅠ-B亚组及rpⅠ-B亚组。 相似文献
2.
广州桑树植原体分子检测及多样性初探 总被引：3，自引：1，他引：2
采用植原体16S-23S rDNA区段的通用引物对P1/P7和巢式引物对Rm16F2/Rm16R1,建立了快速准确的桑树植原体巢式PCR检测技术。对广州的两个桑树品种资源圃中的部分桑树品种进行了植原体分子检测,结果在两个资源圃中均发现有植原体存在。对巢式PCR的扩增产物(16S rDNA片段)进行了限制性片断长度多态性(RFLP)分析,显示出3种RFLP带型,暗示桑树植原体存在多样性。对所得植原体16S rDNA片段进行序列测定,并与其它植物植原体作亲缘关系分析,结果表明该植原体的16S rDNA序列与其它植物病原植原体之间的同源性为83.3%~99.9%,并初步判断所检测到的桑树植原体属于16S rI组。 相似文献
3.
为确定在新疆地区紫花苜蓿(Medicago sativa)上发生的疑似丛枝病的病害种类,本研究提取了193个疑似紫花苜蓿丛枝病植株的总DNA,并以报道的植原体检测通用引物R16mF2/R16mR1和R16F2/R16R2为引物对其进行了巢式PCR扩增。其中23个样品获得了1.2kb的特异片段,检出率为16.8%,确定该病害为紫花苜蓿丛枝病。构建的系统发育树结果表明,该植原体为16SrⅤ-B亚组成员,与榆树黄化植原体组(Elm Yellows Group,16SrⅤ)中卫矛白化(Euonymus Whitening)植原体的同源性高达99.1%。本研究首次采用分子生物技术确定了新疆紫花苜蓿丛枝病的病原是植原体,明确了其分类地位,该结果可为该病害的早期诊断、检测提供理论依据。 相似文献
4.
利用18S rRNA巢式聚合酶链反应(Nested PCR)-限制片段长度多态性(Restriction fragment length polymorphism,RFLP)鉴定吉林、大庆地区牛源隐孢子虫分离株.采取吉林、大庆地区断奶前犊牛粪便,提取DNA后经18S rRNA基因巢式PCR扩增,扩增产物测序后用Blast和MEGA4.0软件进行同源性和系统发育树分析.同时扩增产物分别用Ssp Ⅰ、Vsp Ⅰ和Mbo Ⅱ酶切后进行RFLP分析.通过18S rRNA基因PCR-RFLP分析和测序比对分析表明,吉林分离株包括2种隐孢子虫,分别为C.bovis和C.ryanae,大庆分离株包括3种,分别为C.boris、C.ryanae和C.andersoni. 相似文献
5.
为探究赣南地区柑橘黄龙病菌的遗传多样性。从赣南16个县市区采集32个具典型柑橘黄龙病症状的脐橙样品，运用PCR-RFLP(聚合酶链式反应-限制性长度多态性分析)技术研究了柑橘黄龙病菌16S rDNA序列、16S/23S rDNA间隔区序列和核糖体蛋白基因的遗传多态性；并对三个基因片段进行测序，分析其序列的碱基含量、转换与颠换、同源性、核苷酸遗传距离和系统进化特征。RFLP结果表明：赣南16个县市区柑橘黄龙病菌XbaⅠ酶切图谱均与亚洲韧皮部杆菌（Candidatus Liberibacter asiaticus, CLas）的一致；进一步分析显示，三个基因片段各自之间的RFLP指纹图谱一致，并未表现多态性。序列分析结果表明：32个分离物三个基因片段各自的同源性均在98%~100%，与CLas的同源性最大，且与CLas的遗传距离最小。系统进化树展示赣南地区柑橘黄龙病菌与CLas处于同一分支，结合酶切图谱、序列同源性及系统进化分析结果表明： 赣南地区柑橘黄龙病菌均为CLas。结论：赣南地区柑橘黄龙病菌的16S rDNA序列、16S/23S rDNA间隔区序列和核糖体蛋白基因未表现遗传多样性，表明赣南地区柑橘黄龙病菌间遗传多样性不显著。
关键词：柑橘黄龙病；16S rDNA序列；核糖体蛋白基因；16S/23S rDNA间隔区；RFLP；序列分析 相似文献
6.
为研究鸭疫里氏杆菌(RA) 16S rRNA变异与OmpA基因之间的关系,提取了RA吉林分离株JL-RA1和JL-RA3总DNA,并设计特异性引物扩增两株RA保护性抗原OmpA全基因序列.结果显示,扩增出的16S rRNA序列大小均为1478 bp,OmpA片段序列大小均为1164 bp,与预期结果一致.扩增的16S rRNA与GenBank中已知的RA 16S rRNA序列同源性高达99.0％ ～99.9％,扩增的OmpA序列与GenBank中已知的RA OmpA序列同源性达93.3％ ～ 100％,编码蛋白质的氨基酸序列同源性为96％～100％. 相似文献
7.
本研究针对多杀性巴氏杆菌(Pm)特异性基因kmt1,进化保守基因16S rRNA基因,以及荚膜血清型A、B、D、E和F型对应的荚膜生物合成基因hayD-hayC、bcbD、dcbF、ecbJ和fcbD,设计特异性PCR扩增引物,采用PCR方法扩增相应基因和进行序列测定,并对分离菌株进行分子鉴定和同源性分析。结果显示,来自不同地区的分离菌株均含有Pm种特异性基因kmt1、A型荚膜生物合成基因hayD-hayC和16S rRNA基因。不同地区的分离株,kmt1基因的同源性为100%;A型荚膜生物合成基因hayD-hayC同源性大于99.9%;与国外牛源分离株的hayD-hayC基因的同源性大于98%;不同地区分离株的16S rRNA基因的同源性为100%,而与英国牛源分离株Pm338的16S rRNA基因的同源性高达99.93%。这些结果表明,在我国6个省市流行的牛出血性败血症由同一来源的荚膜血清A型多杀性巴氏杆菌所致,与英国牛源A型分离株Pm338具有共同的进化来源。 相似文献
8.
狐狸源致病性维氏气单胞菌的分离鉴定及耐药性分析 总被引：6，自引：0，他引：6
本研究通过生物学特性、16S rRNA基因和4种等看家基因的序列测定与分析,对分离自北京动物园死亡狐狸病变组织的1株细菌进行鉴定,并对其进行小鼠致病力试验及药物敏感性试验。结果显示:该细菌为革兰氏阴性杆菌,培养特性、理化反应与维氏气单胞菌温和生物型基本相同;根据16S rRNA基因和dnaJ、rpoD、gyrB、cpn60等看家基因的系统进化及其同源性分析,确定所分离的细菌与维氏气单胞菌属于同一系统发育分支,各基因同源性最高分别为97.6%～99.9%。分离菌株对CD-1小鼠有较强的致病作用,其半数致死量为2.8×105cfu/只;对氧氟沙星、头孢他啶等14种抗菌药物敏感,对青霉素G、克林霉素等9种抗菌药物耐药。 相似文献
9.
为了鉴定天津市某养殖场鲤鱼腹腔内寄生的“面条样”虫体，本试验通过PCR方法扩增虫体的18S rRNA、COⅠ和COB基因序列，并进行分子鉴定和基因测序，分析3种基因的同源性、分子进化和系统发育关系。结果显示，寄生于鲤鱼体内的虫体的18S rRNA、COⅠ和COB基因序列分别与双线绦虫分离株MN204040.1(中国)、MN219466.1(中国)和EU241209.1(法国)的核苷酸序列同源性较高，为99.45%、98.74%和99.26%。基于18S rRNA、COⅠ和COB基因序列构建的系统发育树显示，本试验分离的绦虫裂头蚴与GenBank数据库中已鉴定的双线绦虫聚在同一分支上，且与双线绦虫中国武汉分离株的种属亲缘关系较近。本试验初步阐明获得的天津市双线绦虫分离株与其他种属之间的系统发育关系，为双线绦虫的分子鉴定和系统发育关系分析提供了数据支持。 相似文献
10.
一株致仔猪关节炎粪肠球菌的鉴定 总被引：1，自引：0，他引：1
对1株分离自关节炎病仔猪的肠球菌进行鉴定。选用常规方法进行染色特性、培养特性观察以及药物敏感性和致病试验,然后利用Vitek-32全自动细菌鉴定系统进行生化特性鉴定,并用PCR方法扩增分离株的16 S rRNA基因,克隆并测序,与GenBank上登录的相关菌株及3个粪肠球菌标准菌株进行16 SrRNA序列比较、同源性分析并构建系统发育树。结果显示,该分离株形态及染色特性与肠球菌一致,对仔猪具有一定的致病性,并对临床常用的7种药物产生了耐受性;Vitek-32生化鉴定和16 S rRNA基因同源性分析及比对结果均显示其为粪肠球菌(E.faecalis)。试验证实了粪肠球菌可导致仔猪关节炎。 相似文献
11.
桑黄化型萎缩病病原体16S rRNA基因的序列分析 总被引：9，自引：4，他引：5
用PCR法克隆了中国桑黄化型萎缩病病原植原体的 16SrRNA基因 ,并进行了序列分析。结果表明 :克隆的基因大小为 1372bp ,与日本桑萎缩病病原植原体 16SrRNA的同源性高达 99 85 % ,只存在个别碱基的突变。Blastj检索结果显示与中国桑黄化型萎缩病病原体 16SrRNA的基因同源性高达 99%的有来源于玉米、洋葱、土豆等5 0多种其它植物的植原体 16SrRNA基因 ,表明植物萎缩病病原体 16SrRNA基因具高度保守性。 相似文献
12.
13.
温氏附红细胞体部分16S rRNA基因的序列测定和分析 总被引：2，自引：0，他引：2
从确诊为附红细胞体感染的黄牛无菌采集血样，抽提附红细胞体基因组DNA，用实验设计的能扩增多种动物血营养菌部分16SrRNA基因的通用引物进行PCR扩增，结果扩增出大小约为370bp的DNA片段。PCR产物序列测定和系统进化分析显示，实验获得的核苷酸序列为温氏附红细胞体的16SrRNA基因，与国外报道的温氏附红细胞体的同源性为97％。反映出不同地理株的温氏附红细胞体存在一定的遗传差异，为牛附红细胞体病的诊断和分子流行病学研究提供科学依据。 相似文献
14.
溶血素为细菌分泌的能够使细胞溶解的毒素,是病原菌重要的毒力因子。利用同源克隆技术得到桑树黄化型萎缩病植原体溶血素全长基因,命名为MDPH(GenBank登录号:HQ891118)。MDPH全长717 bp,编码238个氨基酸,预测蛋白质分子质量为27.3 kD,等电点为9.29,氨基酸序列与其它植原体中已分离的溶血素有很高的同源性。蛋白质序列结构预测表明:MDPH的二级结构中富含α-螺旋,其次为β-折叠和无规卷曲,而β-转角仅占5.46%。对蛋白质序列的理化特征预测表明:MDPH有多个亲水和疏水区域,且疏水性强于亲水性;易形成跨膜螺旋,具有7个显著跨膜结构区;蛋白的抗原性较强,不含有明显的信号肽序列,为非经典分泌蛋白。将MDPH的编码区插入原核表达载体pET30a(+),并转化到E.coli BL21中,经过IPTG诱导,MDPH在BL21菌株中成功表达。研究结果为深入探讨MDPH的功能及植原体的致病机制奠定了基础。 相似文献
15.
蓖麻蚕线粒体基因组中nd1及其侧翼tRNA基因的克隆与结构分析 总被引：9，自引：3，他引：6
按KoichiroTamura等 (1988)的方法制备出蓖麻蚕线粒体DNA ,用EcoRⅠ和XbaⅠ双酶解后 ,以pSK(+)(Ampr)为载体进行克隆 ,获得 1个 3 3kb的克隆片段。测序结果表明 ,所测序列包括部分 16SrRNA、完整的tRNA Leu ,nd1和tRNA Ser基因。其中 16SrRNA(3’端部分 )、nd1基因与家蚕具有很高的同源性。同时以nd1基因为依据构建了 17种动物的分子进化树 ,显示出蓖麻蚕与家蚕、野蚕有最近的演化关系。根据tRNA Leu和tRNA Ser基因的一级结构 ,推定了可能的二级结构 ,并与家蚕进行了比较。 相似文献
16.
钦州湾牡蛎线粒体16 S rRNA基因片段核苷酸序列分析 总被引：1，自引：0，他引：1
对69个钦州湾牡蛎个体的线粒体DNA16S rRNA进行PCR扩增,纯化后的PCR产物测序分析,研究16S rRNA基因在白肉牡蛎和红肉牡蛎2个群体中的遗传多样性,通过DNAman比对序列并构建系统进化树。结果得到2个群体的序列长度均为434bp,共检测到16个核苷酸突变位点,包括8个转换位点和8个颠换位点。与GenBank序列比对发现,白肉牡蛎和香港牡蛎的序列基本相同,系统进化树中显示白肉牡蛎与香港牡蛎聚为一支,红肉牡蛎与有明巨牡蛎聚为一支。证实了白肉牡蛎和红肉牡蛎是2个不同的种,它们有各自的遗传多样性,该研究为牡蛎的遗传育种提供科学依据。 相似文献
17.
Seven group B streptococcal cultures isolated from three horses reacted with group B-specific antiserum, were CAMP positive, pigmented and showed the typical biochemical properties of Streptococcus agalactiae. The identification could be confirmed by PCR amplification of the 16S rRNA gene and a subsequent RsaI restriction pattern typical for S. agalactiae. In addition, the isolates were identified by amplification of species specific parts of the 16S rRNA gene, the 16S-23S rRNA intergenic spacer region and by amplification of the CAMP-factor (cfb) gene. Six isolates could be classified as serotype III/Rib, one isolate as serotype Ia/cbeta. The occurrence of the protein antigens Rib and cbeta could be confirmed by PCR amplification of the respective genes. The six isolates of serotype III/Rib were hyaluronidase negative, had a hylB gene with a size of 4.6 kb and an insertion element IS1548 of 0.98 kb. The isolate of serotype Ia/cbeta was hyaluronidase positive, had a hylB gene with a size of 3.3 kb and no insertion element IS1548. In addition, all seven isolates had the insertion element ISSag2 and the gene lmb encoding the laminin binding surface protein Lmb and the gene scpB encoding C5a peptidase. According to the present results the group B streptococci isolated from horses showed characteristics of human isolates of this species. 相似文献
18.
为了探讨鸭疫里默氏杆菌(Riemerella anatipestifer, RA)云南流行株的外膜蛋白A (OmpA)的基因序列差异及其与16S rRNA序列的相关性,PCR扩增18株云南流行株鸭疫里默氏杆菌OmpA基因及16S rRNA核苷酸序列,分别构建其系统进化树,分析其系统进化关系。结果表明,18株鸭疫里默氏杆菌OmpA基因分为2个群,其同源性分别为86%~99.2%和92.6%~100%。18株鸭疫里默氏杆菌16S rRNA基因同属1个群,同源性高达96.1%~100%。 RA-1、RA-2、RA-11和RA-39 4株分离株的OmpA基因位于进化树的同一个亚群,其16S rRNA基因也位于进化树的同一亚群,两者呈现出明显的相关关系,其他14株分离株的OmpA基因系统进化树与16S rRNA基因系统进化树无明显的相关关系。 相似文献
19.
Aguirre E Tesouro MA Ruiz L Amusategui I Sainz A 《Journal of veterinary medicine. B, Infectious diseases and veterinary public health》2006,53(4):197-200
This paper reports the first genetic characterization of Anaplasma (Ehrlichia) platys in Spain from a naturally infected dog. The dog presented clinical signs compatible with canine ehrlichiosis. After DNA extraction and PCR amplification, 16S rRNA gene and citrate synthase gene ( gltA) of this agent were amplified. The GenBank accession number for the nucleotide sequence of the 16S rRNA gene of this strain is AY530806. The A. platys strains registered in France and Japan showed the highest similarity to the 16S rRNA gene sequence obtained from the Spanish strain. In the amplification of the gltA gene, a 1443 bp fragment was obtained, and three nucleotide differences were detected in comparison with other strains sequences. These data confirm the presence of A. platys in a dog showing clinical signs compatible with ehrlichiosis in Spain. 相似文献