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1.
为了解猪博卡病毒(PBoV)的遗传进化规律,研究可行的PBoV基因分型方法,本研究利用Gen Bank中登录的29条PBoV和2条本实验室测得的全基因组序列信息,采用生物信息学软件进行基因组序列分析。结果显示,分别以NS1基因、NP1基因和VP1基因编码氨基酸构建的系统进化树,PBoV均被划分为3个基因群,但三种氨基酸序列绘制的进化树存在差异;基因群内各病毒株的氨基酸序列同源性较高,而各基因群之间病毒株的氨基酸序列同源性非常低,基因组结构差异较大。 相似文献
2.
为了解我国健康猪群中猪博卡病毒(PBoV)的感染状况,从屠宰场内采集猪淋巴结、脾脏和扁桃体等组织,分别采用套式PCR进行猪博卡病毒1型和2型的检测。结果表明,28份样品中有2份样品用猪博卡病毒2型引物可扩增出439 bp的特异性条带;结构蛋白VP1基因序列分析表明,这2份样品均为猪博卡病毒2型感染,且其VP1序列与猪博卡病毒参考株HM053694的同源性最高,分别达93.8%和93.3%,同属PBoV1/PBoV2进化分支;而与另一个猪博卡病毒V6/V7进化分支的同源性仅为35.1%～39.2%,距离较远。 相似文献
3.
本研究根据猪嵴病毒(porcine kobuvirus,PKV)VP0基因序列特征设计特异性扩增引物,采用RT-PCR方法扩增猪嵴病毒VP0基因全长编码区。将特异性扩增目的片段克隆后进行序列测定,将结果进行拼接后获得猪嵴病毒VP0基因全长并进行相关生物信息学分析。所扩增的目的片段编码有完整的VP0基因开放阅读框,全长为1 098 bp,编码有366个氨基酸,理论等电点为6.71,理论分子质量为38.489 ku,不稳定系数为34.65,最大疏水指数为2.622,最小疏水指数为-2.122。将获得的VP0基因和GenBank中的猪嵴病毒代表株VP0基因序列进行核苷酸同源性比对和遗传进化分析,其与HNXX-4核苷酸同源性最高,为89.1%,与S-1-HUN核苷酸同源性最低,为81.1%。从遗传进化上看,猪嵴病毒VP0基因在遗传进化上呈两个独立的基因亚群,猪嵴病毒中国分离株在两个遗传基因亚群上均有分布。 相似文献
4.
为研究猪环曲病毒(PToV)N蛋白的生物信息学特征,运用RT-PCR技术扩增猪环曲病毒N基因,测序并对其进行生物信息学分析。结果成功获得了492bp的PToV N基因(GenBank登录号为KM036209)。经生物信息学分析,此序列编码163个氨基酸,理论等电点(pI)为12.14,理论分子质量为18 695.5u,不稳定系数为77.47;不同密码子对同一氨基酸选择上呈现一定的偏嗜性;最大疏水指数为1.589,最小疏水指数为-3.533;无信号肽和跨膜区;抗原表位主要位于N末端和C末端。预测其可能包含4个N-糖基化作用位点,2个蛋白激酶C磷酸化作用位点、1个酪蛋白激酶Ⅱ磷酸化作用位点、1个N-豆蔻酰化位点。进化树分析结果显示,KM036209与韩国株和上海株亲缘关系很接近,与荷兰及西班牙株不属于同一分支。 相似文献
5.
为研究大熊猫轮状病毒(Giant Panda Rotavirus,GPRV)CH-1株外衣壳蛋白VP7基因的结构及功能,用MA-104细胞(恒河猴胎猴肾细胞)增殖GPRV,提取总RNA,运用RT-PCR扩增VP7基因,并测序,用生物信息学软件预测其功能,并构建系统进化树。结果显示成功获得了长1042bp的GPRV VP7蛋白基因(GenBank登录号GU188284)。经生物信息学分析,此序列包含1个981bp的完整开放阅读框,编码326个氨基酸;预测GPRV VP7蛋白理论相对分子质量为37354.8u,等电点为4.76,半衰期为30h,不稳定系数为26.71,总平均亲水性为-0.015,疏水性介于-2.344～3.567;1—24位氨基酸可能是信号肽序列;跨膜结构分析表明VP7蛋白有2个跨膜区,其N端和C端都位于病毒膜外区;抗原表位预测显示VP7蛋白有12个抗原决定簇;结构预测显示其可能包含2个N-糖基化作用位点,5个蛋白激酶C磷酸化作用位点、4个酪蛋白激酶Ⅱ磷酸化作用位点、1个酪氨酸激酶磷酸化作用位点、4个N-豆蔻酰化位点、1个原核膜脂蛋白脂附着点和1个革兰氏阳性球菌表面蛋白‘锚’六肽。系统进化树分析显示GPRV VP7基因与人A组轮状病毒VP7基因的进化距离最近。本研究成功获得了GPRV VP7基因,为今后研究此基因的生物学功能以及建立该病毒的诊断方法奠定基础。 相似文献
6.
猪博卡病毒流行病学研究 总被引：6，自引：0，他引：6
猪博卡病毒属于细小病毒科细小病毒亚科博卡病毒属单链线性DNA病毒,该病毒于2009年在瑞典发现.作为一种新型病毒,人们对其的研究仍处于初步探索阶段.本文从博卡病毒的由来、猪博卡病毒的发现、分类、基因组结构及流行病学等方面进行阐述,并根据GenBank收录的25条猪博卡病毒的部分基因和全基因序列,利用DNAStar分析软件,通过Jotun-Hein算法,分别从猪博卡病毒的NS、NP、VP以及全基因序列进行相似性临近排组分析,并建立了PBoV系统发育树.结果发现可将猪博卡病毒分为2个大支和若干遗传簇,但这些不同的遗传簇所包含的毒株在核苷酸序列上仍然存在着一定的差异. 相似文献
7.
《畜牧与兽医》2016,(2):85-89
为了解猪博卡病毒(PBo V)GD6株的生物信息学特征,应用生物信息学在线分析程序和生物信息学软件分析GD6株遗传进化关系,分析并预测病毒蛋白的理化性质、可溶性、信号肽、跨膜区、亲(疏)水性、翻译后修饰位点、二级结构及抗原表位,通过SWISS-MODEL程序预测NS1、VP1的三维空间结构。结果表明:GD6株与有蹄类动物博卡细小病毒5(Ungulate bocaparvovirus 5)在一个大分支,亲缘关系较近;NP1蛋白的不稳定系数为58.72,属于不稳定蛋白类,NS1,VP1和VP2蛋白属于稳定蛋白;PBo V的4种蛋白均为可溶性蛋白;二级结构预测显示4种蛋白均以无规则卷曲为主要结构;结构域分析显示,NS1蛋白拥有细小病毒NS1所具有的功能结构域,与病毒的复制有关;NP1含有多个磷酸化位点;综合多种方法分析预测VP1/VP2存在多个抗原表位。 相似文献
8.
9.
《黑龙江畜牧兽医》2015,(11)
为了研究大熊猫轮状病毒VP3基因,为以后研究此基因的生物学功能、建立该病毒的检测方法以及研制新型大熊猫轮状病毒基因疫苗奠定基础,试验采用MA-104细胞培养增殖大熊猫轮状病毒CH-1株,提取总RNA,运用RT-PCR扩增外衣壳蛋白VP3基因,将其与p MD19-T Simple载体连接并转化DH5α,经PCR扩增和测序分析进行鉴定,用生物信息学软件预测其功能,并构建系统进化树。结果表明:成功获得大熊猫轮状病毒VP3蛋白基因,长为2 591 bp,包含1个2 508 bp的开放阅读框,编码835个氨基酸,测序结果在Gen Bank中的登录号为HQ641295。VP3蛋白基因编码产物分子质量为97 937.91 u,最大疏水指数为2.256,最小疏水指数为-3.000;无信号肽序列;无跨膜结构;在线预测VP3有37个抗原表位;预测其可能包含10个N-糖基化位点,1个c AMP-c GMP独立蛋白激酶磷酸化位点,20个蛋白激酶C磷酸化作用位点,18个酪蛋白激酶Ⅱ磷酸化作用位点,1个酪氨酸激酶磷酸化作用位点,5个N-豆蔻酰化位点。大熊猫轮状病毒的VP3基因与猪轮状病毒VP3基因的进化距离最近。 相似文献
10.
《中国兽医杂志》2014,(1)
根据参考文献合成5对针对猪传染性腹泻病毒(PEDV)M基因、猪传染性胃肠炎病毒(TGEV)S基因、猪轮状病毒(PRV)VP4基因、博卡病毒(PBoV)VP1/VP2基因、猪库布病毒(PKoV)3D基因,可分别特异扩增出大小为467 bp、1 062 bp、750bp、496bp和323 bp的DNA片段的特异性引物,对四川部分地区2011年10月至2012年5月新生仔猪腹泻病例样本进行RT-PCR、PCR检测和透射电镜观察。检测结果显示,SC1、SC2猪场的病例样本均扩增出PKoV 3D基因特异性DNA片段,均未扩增出TGEV、PRV、PBoV的特异性DNA片段,仅SC1猪场有1份样本扩增出PEDV M基因的特异性DNA片段。测序结果表明,扩增出的PKoV 3D基因特异性DNA片段大小为323 bp,与GenBank登录序列同源性均在95%以上;扩增出的PEDV M基因特异性DNA片段大小为467 bp,与GenBank登录序列同源性均在98%以上。透射电镜观察结果显示,两个猪场样本均可见有直径大小为25、30 nm的球形病毒颗粒。结果显示,此次四川部分地区猪场发生的病毒性腹泻病例均存在PKoV感染,说明PKoV与此次疫情有紧密联系。 相似文献