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测定了柔鱼亚科(Ommastrephinae)中的柔鱼(Ommastrephes bartramii)、茎柔鱼(Dosidicus gigas)、鸢乌贼(Sthenoteuthis oualaniensis)、发光柔鱼(Eucleoteuthis luminosa)的线粒体COI和16S rRNA基因的部分序列,结合从Gen Bank中获得的玻璃乌贼(Hyaloteuthis pelagica)、鸟柔鱼(Ornithoteuthis volatilis)、大西洋鸟柔鱼(Ornithoteuthis antillarum)的同源序列,以太平洋褶柔鱼(Todarodes pacificus)、阿根廷滑柔鱼(Illex argentinus)为外群,运用贝叶斯法(BI)构建了分子系统树,同时联合了2个基因片段序列,运用贝叶斯联合模型综合探讨了柔鱼亚科种类的系统发育关系。研究发现,除16S rRNA基因外,COI基因片段和联合模型所构建的系统树拓扑结构完全一致;结合形态学资料,发现玻璃乌贼、发光乌贼和鸢柔鱼亲缘关系较近,且形态上都出现了外套膜大型发光器,是柔鱼亚科中分化较晚的种类;其次茎柔鱼、柔鱼与其它种类存在较大的遗传距离,形态上丢失了内脏和眼球发光器,可能预示着柔鱼亚科种类一个新的进化方向;鸟柔鱼属两个种为柔鱼亚科中最原始种类,且为褶柔鱼亚科向柔鱼亚科进化过程中的过渡物种。 相似文献
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对赤潮多发藻米氏凯伦藻(Karenia mikimotoi)核糖体18S rDNA及其转录间隔(ITS) 区序列PCR扩增并测序,获得18S rDNA和ITS基因序列长度分别为1 690 bp和654 bp.结合12种甲藻和1种硅藻作序列比较分析,分别在ITS1、ITS2序列寻找到适宜设计特异性引物探针区域,并用邻接法构建系统进化树,研究各藻种间亲缘关系.遗传距离分析结果显示米氏凯伦藻与短凯伦藻(Karena brevis)、微小卡罗藻(Karlodinium micrum )等分类学上较近的藻种18S rDNA序列相似度为97%~99%,远大于微小原甲藻(Prorocentrum minimum)、海洋原甲藻(P.micans)、塔玛亚历山大藻(Alexandrium tamarense)等在分类学上相距较远的藻种,各藻种间的ITS序列平均相似度明显低于18S rDNA序列.以18S rDNA与ITS序列构建的进化树拓扑结构相一致,18S rDNA序列相对保守,适合进行属以上关系的系统进化分析,而ITS序列变异较大,适合种属间鉴别分析,且ITS1和ITS2是变异很大的区域,适合种间的分子特异性鉴定,这为快速鉴别赤潮多发藻米氏凯伦藻提供了依据,进而为治理赤潮提供帮助. 相似文献
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利用线粒体DNA标记分析中国东南沿海拟穴青蟹种群遗传结构 总被引:8,自引:1,他引:7
为研究我国东南沿海拟穴青蟹(Scylla paramamosain)的种群遗传结构,对10个地理种群130只拟穴青蟹的线粒体DNA(mitochondrial DNA,mtDNA)细胞色素氧化酶亚基I(COI)基因片段序列进行分析。522bp的DNA片段共发现17个变异位点,定义了21种单倍型,其中单倍型2为10个地方种群的共享单倍型,占个体总数的56.15%,而大部分单倍型为稀有单倍型,只在少数种群的个别个体中出现。10个种群的单倍型多样性水平为h=0.6738,核苷酸多样性水平为π=0.1987%,基本呈由南到北递减的趋势。10个种群的总体遗传分化程度较低(FST=0.05左右),但是极为显著(P<0.005)。基于单倍型频率和序列遗传距离法分析的共同结果,广西北海种群与大多数种群的遗传分化显著,而海南三亚种群分别与海南红树林和广东台山种群遗传分化显著。Mantel检验显示种群间的遗传分化程度与地理距离没有显著的相关性。分子进化中性检验结果表明自然选择在分子进化过程中起了重要作用,并暗示该物种在最近经历了一个快速的种群爆发及扩张事件。 相似文献
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选择线粒体Cytb序列为遗传标记分析了伯氏肩孔南极鱼(Trematomus bernacchii)在5个采样点(凯西站、罗斯海、长城站、戴维斯站和中山站)的种群多样性、遗传结构与种群演化历史。从5个采样点98个样本的线粒体Cytb序列中共检测到27种单倍型。与其它分布于南大洋的鱼类相比,伯氏肩孔南极鱼有着相似的遗传多样性特征,即较高的单倍型多样性(haplotype diversity,h=0. 685 90±0. 002 36)和较低的核苷酸多样性(nucleotide diversity,Pi=0. 002 59±0. 013 43)。伯氏肩孔南极鱼种群间的平均遗传距离为0. 39%,分子变异分析(AMOVA)结果显示,组群间的变异为4. 42%(P <0. 05),群体内的为95. 58%(P <0. 05),基于单倍型构建的进化树的结果均表明伯氏肩孔南极鱼群体不具有明显的地理谱系结构。中性进化分析表明伯氏肩孔南极鱼群体在10万年前(大约中更新世时期)经历过快速扩张时期。分子方差分析和Fst表明伯氏肩孔南极鱼的遗传变异主要来自种群内的个体之间,极少数遗传变异来自于群体之间。研究结果显示南极地区的伯氏肩孔南极鱼5个采样点之间具有一定的基因交流,是一个随机交配的群体。 相似文献
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基于形态特征和线粒体 16S rRNA基因序列探讨棱鳀属的系统进化 总被引:1,自引:0,他引:1
对6种棱鳀属(ThryssaCuvier1829)鱼类共21个个体的16SrRNA基因进行PCR扩增,经比对校正得到572bp的基因片段,共检测到8个单倍型,棱鳀属6个种所有单倍型之间共存在8个插入/缺失;此外有99个变异位点,其中简约信息位点87个;多态位点比例为17.3%;序列中转换多于颠换,转换/颠换之比为1.6;A+T含量(53.6%)明显高于C+G含量(46.4%),序列表现出明显的T偏倚。基于Kimura双参数法,计算的种间遗传距离介于0.4%[黄吻棱鳀(T.vitrirostris)与中颌棱鳀(T.mystax)]到11.33%[黄吻棱鳀与赤鼻棱鳀(T.kammalensis)]之间。以日本鳀(Engraulis japonius)和欧洲鳀(Engraulisencrasicholus)为外群构建的NJ树和ML树中,赤鼻棱鳀位于进化树的基部,是最早分化出来的种;进化树显示,黄吻棱鳀和中颌棱鳀关系最近。本研究结果支持形态学得出的赤鼻棱鳀最先分化的结论,认为中颌棱鳀和黄吻棱鳀可能为同一个种,至于汉氏棱鳀(T.hamiltonii)和杜氏棱鳀(T.dussumieri)的分类地位有待进一步确认。 相似文献
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实时荧光定量 PCR 法快速检测赤潮环状异帽藻 总被引:3,自引:0,他引:3
以环状异帽藻(Heterocapsa circularisquama)ITS1区为靶序列设计了一对特异性引物,运用Real-time PCR方法,对环状异帽藻进行了定性定量检测。以其他9种赤潮微藻为对照验证其特异性。结果表明,仅含环状异帽藻DNA模板的样品有扩增,其他藻没有检测到扩增信号。以超声波破碎得到的藻液为标准品,所得标准曲线具有高度线性相关,相关系数R2为0.989,并且可以在30个循环内检测到0.5个细胞。对在不同培养条件下获得的环状异帽藻DNA样品进行检测,都能获得扩增信号。利用该方法建立的标准曲线对初步模拟现场样品进行定量检测,与显微镜计数结果基本一致。 相似文献
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东黄海沙海蜇群体线粒体COI基因序列多态性 总被引:1,自引:0,他引:1
采用聚合酶链式反应(PCR)技术对东黄海野生沙海蜇20个个体的mtDNA COI基因进行扩增,PCR产物经纯化后进行测序,结果经比对校正后,获得该群体COI基因片段序列,长度为473 bp;该序列中多态位点共6个,含简约信息位点1个,总变异为1.27%,碱基之间只存在转换,没有颠换、插入或缺失的位点;在测得的473 bp目的DNA片段中,碱基T、C、A、G平均组成分别为35.9%、19.0%、26.8%和18.2%,其A+T含量(62.8%)远高于G+C含量(37.2%)。在20个个体中共检测到6个单倍型,单倍型多样性为0.516,核苷酸多样性Pi为0.001 46。根据Kimura遗传距离的计算结果,各单倍型之间的遗传距离为0.002~0.006。利用COI基因序列构建的NJ系统发育树表明,东黄海野生沙海蜇与越前水母的亲缘关系较近,与海蜇的亲缘关系较远,进一步证明东黄海沙海蛰与越前水母应为同一物种;但在东黄海野生沙海蜇中检测到的6个单倍型中均为东黄海野生沙海蜇所特有,与日本越前水母单倍型不同,因此,两者可能仍属同一种的不同地理群体。 相似文献
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凡纳滨对虾引进群体和养殖群体的PCR-RFLP分析 总被引:1,自引:0,他引:1
采用PCR-RFLP方法,对2008年引进的SPF凡纳滨对虾群体(G0)与2006年引进亲虾繁育的两代群体(G1、G2)的遗传结构进行了分析。使用AluI、TaqI、M boI、SpeI、SspI共5种限制性内切酶对线粒体DNA控制区进行单酶切分析,酶切得到的单倍型在2~4个之间,三个群体的复合单倍型类型分别有3个、7个和9个,没有为三个群体所共有的复合单倍型,复合单倍型的分布显示群体间差异显著。三个群体(G0、G1、G2)的核苷酸多样度π值逐渐增加,分别为0.033 3、0.128 6、0.134 9,复合单倍型多样度h分别为0.622 2、0.850 0、0.847 0,说明养殖群体的遗传多样性大于引进群体。聚类分析的结果表明随着养殖世代的增加,养殖群体与引进群体的差异呈增大的趋势。由此推测G0与G1的亲本存在较大的遗传差异,并且在使用引进群体作为亲本的育种过程中可能出现了种质混杂。 相似文献
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基于16SrRNA部分序列探讨中国近海十三种石首鱼类的分子系统进化关系 总被引:1,自引:0,他引:1
石首鱼科鱼类种类繁多,形态相似,难以确定种属界限,一些种类的归属尚未确定。本文获得了中国沿海石首鱼科9属13个种合计48个线粒体16SrRNA基因片段,序列长约484 bp,共检测到28个单倍型,170个变异位点。结合来自GenBank的5种石首鱼科鱼类的相应片段序列通过模式验证后构建最大似然进化树。根据所得分子生物学数据并结合已知形态学理论,分析得出如下结果:银牙鱼或和红牙鱼或同属于一个亚科,而尖头黄鳍牙鱼或不属于牙鱼或亚科,并推测尖头黄鳍牙鱼或可能属于拟牙鱼或属或者黄唇鱼亚科;叫姑鱼亚科和石首鱼亚科是石首鱼亚科中较早分化的种类;黄姑鱼属有可能不属于白姑鱼亚科,而可能归于一个新的亚科。本文的研究结果为进一步阐明石首鱼类的系统进化关系提供了分子依据。 相似文献
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从拟穴青蟹(Scylla Paramamosain)中克隆得到一个含有CTLD(C-type lectin-like domain)结构域的C型凝集素基因,经分析未发现同源基因,将其命名为SpCTLD。该基因cDNA序列全长为1 237 bp,包含一个468 bp的开放阅读框,编码155个氨基酸,预测分子量为18.32 kDa,等电点为7.56。经一代测序,该基因在第390位(A390G)和第1 020位(T1020C)含有两个SNP位点。对SpCTLD基因在拟穴青蟹幼体不同时期和组织中的表达模式分析发现,SpCTLD在幼体的各个发育时期均有表达,其中在溞状幼体Ⅴ期表达量最高,仔蟹Ⅰ期次之,仔蟹Ⅱ期最低。对SpCTLD的组织分布分析表明,SpCTLD在鳃中表达量最高,其次为射精管,在血淋巴、肝胰腺等其他免疫组织中也有表达,其中在鳃和射精管的表达量远高于在其他组织中的表达量。副溶血弧菌胁迫实验表明,活菌组的肝胰腺、血淋巴、鳃中的SpCTLD表达量发生显著上调,且都在12 h达到最高。根据研究结果,推测SpCTLD是一种含CTLD结构域的新基因,它可能参与了拟穴青蟹抗细菌反应。该基因的发现丰富了拟穴青蟹C型凝集素相关基因的研究,有利于丰富甲壳动物先天免疫机制的研究。 相似文献