马鞍山地区白山羊线粒体DNA D-loop区和SRY基因的遗传进化分析     

杨心春  朱一笑  刘洪瑜 《西北农林科技大学学报(自然科学版)》2021,49(9):9-15

【目的】探明安徽马鞍山地区白山羊品种内的群体遗传多样性,为马鞍山白山羊品种资源保护、开发和遗传育种提供参考依据。【方法】从安徽马鞍山地区分别采集品种特征明显、无血缘关系的公羊、母羊个体血样19和40份,提取血液基因组DNA,通过PCR扩增公羊SRY基因、母羊线粒体DNA D-loop区序列并测序,并利用DNAman、 DNAsp和MEGA X软件对其进行遗传进化分析。【结果】马鞍山地区白山羊公羊SRY基因编码区共含有92个变异位点,占核苷酸总数的10.50%,共含有19种单倍型,单倍型多样性(Hd)为1.000,核苷酸多样性(Pi)为0.018 68,平均核苷酸差异数(k)为15.152;母羊mtDNA D-loop区共含有986个变异位点,占核苷酸总数的69.24%,共含有32种单倍型,单倍型多样性(Hd)为0.986,核苷酸多样性(Pi)为0.127 13,平均核苷酸差异数(k)为12.915。构建马鞍山地区白山羊与国内其他20个山羊品种间的系统发育树,结果显示,马鞍山地区白山羊首先与黄淮山羊、西藏山羊聚为一支;其次与辽宁绒山羊聚为一支;再与贵州白山羊聚为一支;最后与安哥拉山羊、波尔山羊聚为一支。【结论】马鞍山地区白山羊拥有丰富的遗传多样性,在起源中受到较多的其他羊种群体扩张的影响。  相似文献   

太湖鲢鱼mtDNA D-loop区遗传多样性     

王茂元  杨弘  邹芝英  李大宇  祝璟琳  肖炜 《勤云标准版测试》2009,29(13)

为深入研究太湖鲢鱼的种群遗传结构及进化过程,有效的保护和利用太湖鲢鱼种质资源,作者采用聚合酶链式反应(PCR)技术对太湖鲢鱼的mtDNA D-loop序列进行扩增,获得了大小约为500 bp的扩增产物.PCR产物经纯化后克隆到pMD19-T Vector进行序列鉴定测序,得到了520 bp的核苷酸片段(除去引物及部分端部序列).用CLUSTAL X(1.83)软件进行排序比较,在30个个体中,共检测到52个变异位点,包括1个碱基缺失、36个转换位点、15个颠换位点及1个转换与颠换同时存在的位点.运用MEGA软件计算出不同个体间的遗传距离,并据此构建了NJ系统树.用DNASP软件计算出的多态位点数(S)为52、核苷酸多样性(Pi)和平均核苷酸差异数(k)分别为1.24%0.35%和6.368.研究结果表明,太湖鲢鱼的mtDNAD-loop个体序列变异程度较大,遗传多样性较为丰富.  相似文献   

云南绵羊mtDNA D—LOOP序列多态性研究   总被引：1，自引：0，他引：1  

管松  王东劲  侯冠彧  马月辉 《热带农业科学》2008,28(4)

采用 PCR-SSCP 技术与 mtDNA D-Loop 序列分析相结合的方法,对我国云南昭通绵羊、腾冲绵羊、宁蒗绵羊 3 个地方绵羊品种共 134 个个体进行 mtDNA 序列多态性及起源进化研究.PCR-SSCP 分析显示,在云南的 3个绵羊群体中检测到线粒体编码区的 Cytb 和 ND2 基因的 2 种单倍型 A 和 B.根据不同的单倍型从 3 个绵羊群体中共筛选出 23 个样品进行了 mtDNA D-Loop 区克隆测序,系统发育分析揭示,云南绵羊 mtDNA D-Loop 序列单倍型分为支系 A 和支系 B 两大类.基于 PCR-SSCP 和 D-Loop 区序列的分析结果一致提示云南绵羊存在支系 A 和支系B两大母系起源,对云南绵羊进行 mtDNA D-Loop 序列多态性分析,结果发现线粒体 D-Loop 区系列单倍型多样度删为 87.5%～100%;核苷酸多样度只为 0.21～0.26;平均核苷酸差异数 K 为 22.9%～36.8%.此结果揭示云南绵羊遗传多样性相对贫乏.对云南绵羊 mtDNA D-Loop 进行 Mismatch 分析和 Tajima's 值中性检验,结果显示,云南绵羊群体核昔酸差异数表现出完整的 2 个峰形,且经过中性检验不显著,由此推断云南绵羊在过去没有出现群体扩张,群体大小保持稳定.  相似文献   

中国荷斯坦奶牛与鲁西黄牛线粒体DNA多态性和系统进化分析     

邓卫平  焦飞  黄英 《上海交通大学学报(农业科学版)》2008,26(6)

为阐明中国荷斯坦奶牛和鲁西黄牛的线粒体DNA多态性及其起源关系.提取了2个品种牛外周血液中的线粒体DNA(mtDNA),用PCR方法将牛mtDNA全长分为4段进行扩增,并用NlaⅢ、HpaⅡ、BglⅡ等16种限制性内切酶进行酶解消化,分析2个品种牛mtDNA的多态性,最终经7种限制性内切酶片段长度多态性分析,共归纳出4种主要的单倍型.通过对2个品种牛mtDNAD环全序列的聚类分析表明:鲁西黄牛和中国荷斯坦奶牛可能均为混合母系起源,源于欧洲普通牛和印度瘤牛.该研究结果对提高动物体外受精和体细胞核移植效率等生物技术平台有一定的理论指导意义.  相似文献   

柑橘非对称体细胞杂种的胞质基因组分析   总被引：2，自引：1，他引：1  

徐小勇  刘继红 《华中农业大学学报》2008,27(6)

采用CAPS（cleaved amplified polymorphic sequence）分子标记对通过非对称原生质体融合获得的2个组合体细胞杂种植株进行了胞质遗传分析。结果表明,在伏令夏甜橙（Citrus sinensis）＋默科特橘橙（C.reticulata×C.sinensis）组合中,分析的2棵植株胞质DNA都来自伏令夏甜橙（供体）;在丹西红橘（C.retic-ulata）＋佩琦橘柚（C.reticulata×C.paradisi）组合中,分析的3棵植株胞质DNA都来自来源于佩琦橘柚（受体）。  相似文献   

Genetic evidence for a single stock of giant tiger prawns Penaeus monodon in demarcated prawn fishing zones of Tanzania     

Cyrus Rumisha  Marc Kochzius 《Fisheries Management and Ecology》2023,30(1):36-43

Tanzania demarcated three prawn fishing zones along its coast to spread fishing pressure and help the prawn fishery to recover. However, it is unknown whether the demarcated zones correspond to the genetic stock structure of the world's most commercially important prawn, the giant tiger prawn (Penaeus monodon). Thus, this study used partial mitochondrial control region sequences (534 base pairs) to test the hypotheses that (1) giant tiger prawns in Tanzania's demarcated prawn fishing zones are a single stock and (2) the giant tiger prawns on the Tanzanian coast experienced a recent demographic expansion. The sequences showed high haplotype diversity (h = 0.998–1.0) and low nucleotide diversity (θ_π = 1.89%–2.24%). The neutrality test and mismatch analysis showed that the hypothesis of recent demographic expansion could not be rejected. The analysis of molecular variance revealed low and insignificant fixation indices between the zones (F_ST = 0.00025, p > 0.05; Φ_ST = −0.00027, p > 0.05), suggesting that the three demarcated fishing zones constitute a single stock and that fishers may be targeting the same stock. Furthermore, it was discovered that Zone 2 has the potential to replenish depleted areas; thus, it should be prioritised in future conservation planning.  相似文献   

高质量蝗虫线粒体DNA的快速提取技术研究   总被引：1，自引：0，他引：1  

乔卿梅程茂高  原国辉 《河南农业科学》2005,200(10):52-54

线粒体DNA是研究动物系统发育、种群遗传变异与分化和进行近缘种、种下分类单元鉴定的理想工具之一。用改进的碱变性提取法对蝗虫线粒体DNA进行快速提取,结果表明:新鲜材料和-80℃冷藏的标本是提取mtDNA的理想材料,直接取运动肌(胸部和后足胫节肌肉)时每克组织所得到的mtDNA较多、较纯。  相似文献   

Differences between Pagrus major and Pagrus auratus through mainly mtDNA control region analysis   总被引：1，自引：0，他引：1  

Kazuo Tabata and  Nobuhiko Taniguchi 《Fisheries Science》2000,66(1):9-18

  相似文献   

根据mtDNA控制区序列分析野生唇 的种群遗传结构     

佟广香  匡友谊  尹家胜  耿龙武  徐伟 《中国水产科学》2011,18(3):500-507

为了掌握不同地理种群唇(鱼骨)(Hemibarbu labeo)的遗传多样性和遗传结构,探讨其亲缘地理演化过程,研究分析了乌苏里江、长江、黑龙江、鸭绿江和牡丹江5大水系,8个地理群体(n=42)的mtDNA控制区404 bp片段的变异,该片段共有26个变异位点,变异率为6.43%,平均核苷酸多样性为0.011 5.42尾样本共检测到18个单倍型,这8个地理群体是以HT1和HT2单倍型为中心向外辐射演化的.AMOVA分析结果表明,群体内变异为59.29%,同一水系群体间变异为23.50%,不同水系群体间变异为17.20%,以上变异均达到显著水平(P＜0.05),群体间配对FST分析结果表明,同一水系内有些群体间差异也达到了显著水平.聚类分析发现,最大简约法(MP)和最大似然率法(ML)结果基本一致,嘉荫群体(HRJY)和四川群体(YRSC)绝大部分个体被聚在一支,鸭绿江群体(YRLJ)聚在一支,这与单倍型网络的分析结果一致,以上结果表明唇(鱼骨)的遗传多样较为丰富,黑龙江流域的唇(鱼骨)保持了祖先单倍型,其他地理群体为黑龙江流域内群体向不同方向演化的结果,并且部分地理群体已经形成了特有的单倍型.  相似文献   

二倍体和四倍体泥鳅线粒体ND-5/6基因多态性的PCR-RFLP分析     

郑鹏飞  张桂蓉  魏开建  邹桂伟  王卫民  周玲玲  冉伟 《水利渔业》2011,32(1)

采用PCR-RFLP分析方法,对洞庭湖、武汉两地的二倍体和四倍体泥鳅线粒体DNAND-5/6基因多态性及4个群体遗传变异和遗传关系进行了研究。结果表明,120尾泥鳅mtDNAND-5/6扩增片段长度均为2.2kb;从13种限制性内切核酸酶中筛选出6种多态性内切酶(HaeⅢ、DraⅠ、RsaⅠ、TaqⅠ、HinfⅠ、MspⅠ),对扩增产物进行酶切,共检测到66种单倍型。泥鳅群体内单倍型多样性和核苷酸多样性分别为0.7679～0.9385和0.01041～0.03212;其中,洞庭湖二倍体核苷酸多样性最高(0.03212),武汉二倍体其次(0.02452),二倍体群体内核苷酸多样性高于四倍体。群体间的核苷酸多样性(π)大小为0.02588～0.04144,平均值为(0.031737±0.000005)。群体间的核苷酸歧化距离(δ)大小为0.00462～0.01617,平均值为(0.010659±0.000003);其中,武汉二倍体和四倍体之间的核苷酸歧化距离最大(0.01617),武汉四倍体和洞庭湖二倍体之间的核苷酸歧化距离最小(0.00462)。MonteCarlo模拟x2检验表明,4个群体间的单倍型频率存在极...  相似文献