基于转录组测序的半滑舌鳎长链非编码RNA的初步鉴定与分析     

徐浩  徐锡文  周茜  陈松林 《上海海洋大学学报》2020,29(2):161-170

以抗病家系与易感家系半滑舌鳎为材料,进行哈维弧菌感染实验,并对易感家系感染前(CsSU)、易感家系感染后(CsSC)、抗病家系感染前(CsRU)、抗病家系感染后(CsRC)4组进行转录组测序,根据RNA-seq数据挖掘半滑舌鳎长链非编码RNA信息;通过生物信息学分析,筛选出与抗哈维弧菌病相关的差异长链非编码RNA(long non-coding RNA, lncRNA)。结果显示,共识别出4 584个lncRNA座位,包含5 714个转录本;其基本特征与编码基因的比较分析,lncRNA的GC含量低于编码基因,单外显子基因数多于编码基因,转录本的平均长度长于编码基因,基因表达量低于编码基因。对4组样品进行两两比较(CsRU vs CsSU、CsRC vs CsSC、CsRC vs CsRU、CsSC vs CsSU)分别筛选出818、813、261、140个差异表达lncRNA,其中CsRU与CsSU之间、CsRC与CsSC之间lncRNA数目差异最多,通过聚类分析确定了各实验组的表达模式之间的联系,CsRU与CsSU之间的表达模式最为相近。通过共表达分析,预测出lncRNA和274个编码基因可能存在14 539种相互关系,并进行了功能注释,进而筛选出7个关键lncRNA。qRT-PCR结果显示,差异表达lncRNAs的表达模式和转录组数据得到的基本一致。研究结果为揭示lncRNA在半滑舌鳎抗哈维弧菌免疫调控反应中的作用提供重要的参考数据。  相似文献   

Characterization and growth conditions of Vibrio parahaemolyticus strains with different virulence degrees that cause acute hepatopancreatic necrosis disease in Litopenaeus vannamei     

Sonia A. Soto‐Rodriguez  Rodolfo Lozano‐Olvera  Daniel A. Palacios‐Gonzalez  Carmen Bolan‐Mejia  Karla G. Rendon‐Aguilar 《Journal of the World Aquaculture Society》2019,50(5):1002-1015

The phenotypic characteristics and growth kinetics at several temperatures, salinities, and pH values of three Vibrio parahaemolyticus (Vp) strains with different virulence and one nonpathogenic strain were evaluated. Independent of the virulence of the strain, a high metabolic diversity was found, which yielded different colored phenotypes on the CHROMagar? Vibrio. All strains were resistant to ampicillin and carbenicillin, and Vp AHPND+ organisms were the most sensitive to enrofloxacin. The exponential growth of Vp strains started at 1–2 hr of incubation, although no relationship was observed between the bacterial density and degree of virulence. Moreover, the growth of the most virulent strain was independent of the nutrients in the incubation media during the initial hour postinoculation. No strain grew at 4°C in 0% NaCl and pH 4, but only Vp AHPND+ grew at 44°C. For all strains, the lag phase was proportional to the NaCl concentration, and the growth was better at pH 8–9. However, the Vp AHPND? strain displayed a greater variability, was more sensitive to extreme conditions, and showed a lag phase of 9 hr independent of the pH.  相似文献   

荧光定量PCR法检测副溶血弧菌tdh基因的表达差异   总被引：2，自引：0，他引：2  

王淑娜  方维焕 《畜牧与兽医》2008,40(9)

以pvuA为内标基因,运用实时荧光定量PCR检测不同来源以及不同应激条件下副溶血弧菌热稳定直接溶血素基因tdh的表达量。pvuA和tdh基因的荧光定量PCR融解曲线分析表明,两者均为特异性扩增。尽管相同来源的不同菌株间tdh表达量存在显著差异,副溶血弧菌临床分离株的tdh mRNA平均表达量显著高于海产品分离株((57.2比13.8)。在pH4.0、0.5%和8%NaCl应激条件下,临床株ZJ2和海产品分离株FJ14A的tdh mRNA表达量显著高于对照组;另一海产品分离株KP34在8%NaCl条件下的表达量显著提高,而低pH应激时tdh mRNA的表达量显著降低。结果表明,不同副溶血弧菌分离株的tdh mRNA表达差异显著,临床分离株的tdh mRNA表达量总体上高于海产品分离株,副溶血弧菌在不同应激条件下主要表现为tdh mRNA表达上调。  相似文献   

副溶血性弧菌PCR检测方法的建立     

葛菲菲  徐锋  沈莉萍  王建 《中国预防兽医学报》2008,30(3):229-232

为了建立适于基层单位应用的针对副溶血性弧菌检测的特异PCR方法,检测副溶血性弧菌的基因序列.针对该菌的属特异性基因t1基因进行引物设计,扩增片段大小为449 bp.运用该PCR法可特异性的从副溶血性弧菌ATCC17802标准株中扩增出目的基因片段,与GenBank上发表的序列同源性为100%.而经常污染海产品的溶藻弧菌,嗜水气单胞茵标准株J-1,铜绿假单胞茵标准株ATCC27853结果均为阴性.该PCR法最低检出菌体DNA量为10-2ng以及最低检出菌数为5.7 × 103 CFU/mL.对临床上送检的35份样品进行菌体DNA PCR方法检测并同时与国标GB/T4789.7-2003中使用的检测方法进行比对,两种检测方法的结果完全符合,与国标中使用的检测方法相比可大大缩短鉴定时间.因此该PCR法能快速鉴定当前副溶血性弧菌流行群,有利于流行病学溯源等研究.  相似文献   

4种氨基糖苷类抗生素联用氯霉素对青海弧菌Q67 联合毒性作用及机制     

张瑾  陈如荔  姜慧  申慧彦  洪桂云 《安徽农业大学学报》2022,49(6):939

近年来,氨基糖苷类(Aminoglycoside, AG)抗生素与氯霉素(Chloramphenicol, CHL)联用产生增毒作用而引起的死亡事件屡见不鲜。以4种AG抗生素：盐酸大观霉素(SPC)、硫酸小诺霉素(MCR)、硫酸丁胺卡那霉素(AMK)、妥布霉素(TOB)和氯霉素(CHL)为研究对象,选择青海弧菌(Vibrio qinghaiensis sp.-Q67,Q67)作为指示生物,采用直线均分法设计二元混合物,采用最小二乘法拟合浓度-效应数据,运用浓度加和(CA)模型对药物间的毒性相互作用进行评估,并同步分析抗生素联合毒性作用机理。结果表明：在暴露时间为12 h时,以半数浓度效应(EC₅₀)的负对数pEC₅₀值为毒性指标,5种抗生素的毒性大小顺序为TOB > CHL > MCR > AMK >SPC;4种AG抗生素与CHL的二元混合物的联合毒性作用特点因混合组分的不同而不同,Q67在二元混合物的EC₅₀浓度水平、暴露12 h后,细胞形态均未发生显著变化,而在单个抗生素的EC₅₀浓度、暴露12 h后,细胞明显受损,但损伤程度不同;大部分受混合物作用的Q67的发光相关物质含量在EC₅₀效应下均低于空白组,抗生素及其混合物的作用机制很可能是通过干扰发光菌体内蛋白质合成,进而导致细菌代谢紊乱,最终致其死亡。  相似文献   

霍乱弧菌TcpA蛋白的表达及其免疫活性分析     

陆吉虎  李槿年  岑俊宇  李世东  李冠青 《中国水产科学》2011,18(4):728-734

采用PCR方法从鱼源霍乱弧菌Y1株（Vibrio cholerae Y1）扩增毒素共调菌毛蛋白A(toxin-corcgulated pilin A,TcpA)基因并克隆至pMD 18-T载体.序列分析显示tcpA基因ORF长675 bp,编码224个氨基酸(GenBank登录号EU649677).同源性比对发现,该基因与GenBank中登录的7个霍乱弧菌参考株相应基因序列的核苷酸同源性和氨基酸同源性均很高,分别为99.6％～ 99.7％和98.7％～ 99.1％,表明TcpA蛋白相当保守.将tcpA基因亚克隆到表达载体pGEX-4T-1,并进行IPTG诱导表达,SDS-PAGE分析发现分子量约为47.0 kD的重组TcpA融合蛋白主要以包涵体形式表达.Western blot检测结果显示,重组TcpA融合蛋白可与鼠抗Vc Y1菌株菌毛蛋白抗血清发生特异性结合反应.用纯化的重组TcpA融合蛋白免疫草鱼(Ctenopharyngodon idellus)制备抗血清,双相免疫扩散试验检测抗体效价达1:16,且该抗血清能够明显抑制Vc Y1菌株对HEp-2细胞的黏附.草鱼免疫后第25天用Vc Y1菌株攻毒,结果相对免疫保护率达到73.33％.研究结果表明,组TcpA蛋白仍保留着天然菌毛蛋白的免疫原性、免疫反应性和免疫保护性,重组TcpA蛋白可作为霍乱弧菌的候选诊断抗原和疫苗抗原.  相似文献   

Dietary administration of Bacillus (B. licheniformis and B. subtilis) and isomaltooligosaccharide influences the intestinal microflora,immunological parameters and resistance against Vibrio alginolyticus in shrimp,Penaeus japonicus (Decapoda: Penaeidae)     

Qin Zhang  Beiping Tan  Kangsen Mai  Wenbing Zhang  Hongming Ma  Qinghui Ai  Xiaojie Wang  Zhiguo Liufu 《Aquaculture Research》2011,42(7):943-952

The experiment was conducted to investigate the effects of oral administration of probiotics (Bacillus licheniformis and Bacillus subtilis) in combination with prebiotic isomaltooligosaccharide (IMO) on the intestinal microflora and immunological parameters of Penaeus japonicus and its resistence against Vibrio alginolyticus. A basal diet was supplemented with 0% probiotics and prebiotic (control), 10⁸ colony forming unit (CFU) g^?1B. licheniformis and 0.2% IMO (T1), 10⁸ CFU g^?1B. subtilis and 0.2% IMO (T2), 10⁸ CFU g^?1B. licheniformis in combination with 10⁸ CFU g^?1B. subtilis and 0.2% IMO (T3). The results showed that the total bacterial counts significantly increased (P<0.05) and Vibrio counts significantly decreased (P<0.05) in the intestine of shrimp with supplementation of dietary synbiotics. Shrimp fed the diet with both Bacillus probiotics and IMO (T3) produced significantly higher immune parameters (phenoloxidase activity, lysozyme activity and nitric oxide synthase activity and superoxide dismutase activity) than the control group (P<0.05). Significant lower cumulative mortality after challenge with V. alginolyticus was also observed in shrimp fed diet with both Bacillus probiotics and IMO (T3) than that in the control group (P<0.05). The results indicated that the oral administration of probiotics (B. licheniformis and B. subtilis) and prebiotic IMO has positive effects on bacterial flora in P. japonicus gut, and can activate non‐specific immunity of shrimp.  相似文献   

基于gyrB基因的SYBR Green I实时定量PCR检测病原灿烂弧菌          下载免费PDF全文

于永翔  王印庚  刘智超  廖梅杰  张正  荣小军  李彬  战文斌 《渔业科学进展》2014,35(3):134-142

灿烂弧菌Vibrio splendidus是多数海水养殖动物的主要致病菌,对养殖业危害较大。本研究根据灿烂弧菌gyrB基因的保守序列设计特异性引物,建立了SYBR Green I实时定量PCR检测灿烂弧菌的方法。构建含gyrB基因的重组质粒作为标准品,进行SYBR Green I实时定量PCR,在Tm为62℃时,扩增产物的熔解曲线仅有一个单特异峰,扩增所得标准曲线为y=-3.338x+37.67,相关系数为0.999,扩增效率为0.99,最低能检测到20个拷贝。实验结果表明,该检测技术具有较高的特异性、敏感性和重复性,对灿烂弧菌病的快速诊断和流行病学调查有重要意义。  相似文献   

基于toxR基因病原哈氏弧菌PCR检测方法的建立   总被引：1，自引：0，他引：1  

姚东瑞  朱明  陈丽  毕可然  史爱琴  张晓君 《水产科学》2011,30(9):559-562

基于toxR基因序列设计检测哈氏弧菌的1对特异性引物,通过PCR反应条件优化、PCR反应特异性及敏感性检测,建立一种哈氏弧菌的特异性分子检测方法.试验结果表明,该引物可使哈氏弧菌扩增出大小为390 bp的toxR基因片段,3种水产动物病原弧菌未扩增出任何条带,敏感性检测结果为该PCR反应最低能检测出0.375 ng/μ...  相似文献   

黄芩苷增强中国对虾组织免疫和解毒代谢能力   总被引：1，自引：1，他引：0       下载免费PDF全文

付媛媛  李健  陈萍  刘磊 《渔业科学进展》2011,32(4):102-111

用含不同浓度梯度(0、50、100、150 mg/kg)黄芩苷的饲料连续投喂健康的中国对虾Fen-neropenaeus chinensis,于给药第1、3、5、7、9、11天采集实验对虾的血淋巴、肝胰腺、肌肉组织,测定不同组织的酸性磷酸酶(ACP)、过氧化氢酶(CAT)、一氧化氮合酶(INOS)、溶菌酶(LSZ)、超氧化物歧化酶(SOD)活性的变化,研究黄芩苷对中国对虾非特异性免疫酶活指标和解毒代谢能力的影响。实验结果表明,中、高浓度处理组血淋巴、肝胰腺、肌肉组织的ACP、INOS、SOD在第3天后呈上升趋势,分别达到峰值后趋于稳定状态,与同期对照组相比差异显著(P<0.05);低浓度黄芩苷处理组各种酶活性与同期对照组相比差异不显著(P>0.05),而低、中、高浓度处理组血淋巴LSZ酶活性与同期对照组相比差异极显著(P<0.01)。各种酶活亦存在组织差异性,其中ACP、CAT在肝胰腺中活性最高,肌肉和血淋巴次之;而INOS、LSZ、SOD活性,血淋巴中最高,肌肉和肝胰腺次之。同时攻毒试验表明,黄芩苷能有效地降低试验组中国对虾的死亡率,提高免疫保护率。其中,中浓度处理组的保护效果最佳。  相似文献