喀斯特山区大眼鳜线粒体COⅠ基因序列分析   总被引：1，自引：0，他引：1  

郭健康  安苗  周其椿  曹恒源  李珊  陈薛伟杰 《水产科学》2016,(6):649-657

为了解喀斯特山区大眼鳜3个地理群体内和群体间的遗传变异特点,采用PCR技术对169尾个体的线粒体DNA COⅠ基因进行扩增、测序,获得的序列长度为1512bp。分析显示,碱基A、T、C、G的平均含量分别为24.9%、28.6%、28.7%、17.8%,其中A+T(53.5%)含量高于G+C(46.5%)含量。169个样本共检测到5个多态位点,并定义了5种单倍型。对喀斯特山区大眼鳜群体COⅠ基因与洞庭湖大眼鳜COⅠ基因序列进行序列差异分析,结果显示,两者之间存在10个变异位点,集中在1268~1456nt。喀斯特山区3个群体间4种碱基在密码子3个位点上的使用频率无差别,与洞庭湖大眼鳜相比,密码子第1位上的4种碱基含量差别不大,密码子第2位上T含量(40.9%)高于后者(39.9%),而A和C含量则低于后者;与洞庭湖翘嘴鳜比较差别很小,但与斑鳜、暗鳜、长身鳜和波纹鳜4种鳜鱼比较,在密码子第1位和第3位存在不同差异,特别是暗鳜和波纹鳜密码子第3位中A含量(30.0%)明显低于喀斯特山区大眼鳜(31.8%),而波纹鳜G(8.9%)明显高于后者(7.3%)。喀斯特山区大眼鳜平均单倍型多样性为0.395,平均核苷酸多样性为0.00029,遗传多样性贫乏。  相似文献   

人溶菌酶基因的密码子优化设计及生物信息学初步分析     

沈冰蕾  刘博洋  杨润军  任颖  闫守庆  白春艳  张永宏 《兽医大学学报》2012,(9):1392-1395,1399

对猪乳蛋白密码子使用偏好性进行了分析,并基于其使用规则,在不改变编码氨基酸序列的基础上对人溶菌酶基因hLYZ的密码子进行了优化设计和生物信息学初步分析。研究结果表明,人hLYZ基因与猪乳蛋白相关基因的密码子使用频率存在明显差异,优化前后猪乳蛋白偏好性hLYZ基因（LYZ-Cas）共改变了109个碱基,约占hLYZ基因碱基总数的24.38%,G＋C含量由47.0%下降至43.8%。改造前后hLYZ基因CDS序列所翻译的氨基酸序列比对结果显示,其氨基酸序列没有发生变化,二级结构预测及Nc值计算显示,其能够在猪乳中相对高效表达。本研究旨在分析并比较优化前后hLYZ基因密码子的生物信息学变化,使其在猪乳蛋白中高效表达,对于生产富含人溶菌酶的hLYZ转基因克隆猪具有重要的理论意义,并且对于提高仔猪成活率,防治哺乳动物乳腺炎,提高乳品质等方面具有巨大的应用潜力。  相似文献   

植物MYB转录因子的同义密码子使用偏好性分析     

黄宁  李国印  郭晋隆  许莉萍  阙友雄 《热带作物学报》2013,34(8):1513-1518

前人研究显示MYB（V-myb avian myeloblastosis viral oncogene homolog）转录因子对应答植物逆境胁迫等有重要作用,甘蔗MYB转录因子的研究报道并不太多。通过对与甘蔗亲缘关系近的禾本科作物玉米、高粱和水稻MYB转录因子基因家族的密码子使用偏好性进行比较分析。结果表明,3个物种的MYB转录因子的蛋白质序列上存在高度的保守性,仅有部分密码子使用不太一样,此外,分析还显示基因碱基组成有可能在一定程度上影响了密码子的偏好使用。  相似文献   

梨同义密码子用法的初步分析     

李鼎立  马春晖  李雯  王然 《青岛农业大学学报(自然科学版)》2011,(2):110-114

生物体内密码子使用偏性对外源基因表达存在较大影响。本研究采用CodonW软件和高频密码子分析法,对白梨(Pyrus bretschneideri Rehd)、西洋梨(Pyrus communis Linn)、砂梨(Pyrus pyrifolia Nakai)、秋子梨(Pyrusussuriensis Maxim)4种梨蛋白质编码基因序列(Codon DNA sequence,CDS)进行了同义密码子相对使用频率(relativefrequency of synonymous,RFSC)分析,确定了梨高频密码子共23个,结果同时显示梨不同种之间在密码子使用上具有较高的一致性。  相似文献   

显齿蛇葡萄叶绿体基因组密码子 使用偏好性分析     

李清  罗永坚  葛蓉  刘军 《广东农业科学》2022,49(11):162-169

【目的】显齿蛇葡萄（Ampelopsis grossedentata）,是葡萄科（Vitaceae）蛇葡萄属（Ampelopsis） 中的一种藤本植物,具有良好的药用价值。分析显齿蛇葡萄叶绿体基因组密码子使用偏好性及其主要影响因素, 为其叶绿体基因组学研究、物种保护和种质创新提供参考。【方法】从 NCBI 在线数据库下载完整的显齿蛇葡萄 叶绿体基因组序列,并进行蛋白编码序列筛选,再利用 CodonW 软件计算各基因的有效密码子数（ENC）、同义 密码子相对使用度（RSCU）及密码子 3 个位置的 GC 含量,最后利用 R 软件计算各参数间的相关性并绘图。【结 果】从显齿蛇葡萄叶绿体基因组中共筛选出 59 条蛋白编码序列。总的 GC 平均含量和密码子第 3 位碱基的 GC 平均含量分别为 37.98% 和 29.45%,ENC 值介于 37.39~57.12 之间,表明显齿蛇葡萄叶绿体基因组密码子使用具 有较弱的偏好性。ENC-plot、PR2-plot 及中性绘图分析表明,影响显齿蛇葡萄叶绿体基因组密码子使用偏好性 的最主要因素为自然选择。此外,还鉴定出 13 个最优密码子,分别为 UUU、CUA、AUA、UCA、CCA、ACA、 GCA、CAU、GAU、UGA、AGA、GGA 和 GGG。【结论】研究结果为显齿蛇葡萄系统发育及叶绿体基因组密码 子进化研究提供参考。  相似文献   

甘肃内生真菌基因组密码子使用的偏好性分析     

李秀璋  宋辉  张宗豪  徐海峰  刘欣  李玉玲  李春杰 《草业学报》2020,29(5):67-77

在翻译过程中,三联体密码子指导氨基酸肽链的合成。长期进化过程中,有些氨基酸对应多个三联体密码子,形成了密码子兼并性。不同物种的基因组中,一些氨基酸偏好使用某种密码子,形成密码子使用的偏好性。突变和自然选择压力是影响密码子使用偏好性的两个主要因素。甘肃内生真菌是一种重要的禾草内生真菌,其主要侵染宿主醉马草,一方面能提高宿主醉马草对生物与非生物的抗性;另一方面产生的有毒生物碱类次生代谢产物毒害家畜。以甘肃内生真菌核基因组为研究对象,通过分析该基因组的基本组成及密码子使用模式,确定最优密码子。同时对各密码子相关指标与基因长度、氨基酸的使用频率等进行相关性分析,明确影响基因组对密码子使用偏好性的主要因素。结果显示,GC3的分布范围主要集中在40%~60%,62.7%的基因有效密码子数使用频率分布在0~0.1,95.4%的有效密码子数低于期望值而且位于期望曲线的右下方,这意味着突变压力是影响甘肃内生真菌密码子使用偏好性的因素之一。然而,中性分析结果显示,GC12和GC3之间呈显著正相关(r=0.110, P<0.01)、回归线斜率为0.2729,表明突变对密码子使用偏好性的影响仅为27.29%,其他因素的影响所占比例约为82.71%。相关性分析结果显示,疏水性氨基酸对甘肃内生真菌密码子使用偏好性的影响系数最大,其次是芳香族氨基酸。此外,在甘肃内生真菌基因组中总共鉴定到26个以C或G结尾的最优密码子,表明甘肃内生真菌偏好使用的密码子可能与第3位的GC含量有关。  相似文献   

H1亚型猪流感病毒HA基因密码子优化的DNA疫苗免疫保护效力研究     

杨馥如  于海  王斌  黄梦  马继红  周艳君  童光志 《中国兽医寄生虫病》2011,19(4):13-19

DNA疫苗的免疫效果与抗原基因的表达量及表达抗原的免疫原性有直接关系。为了提高猪流感病毒（Swine influenza virus,SIV）HA基因DNA疫苗的表达量,增强其免疫效果,本研究通过人工合成的方法将H1亚型猪流感病毒A／Swine／Guangdong／1／01（H1N1）的HA基因密码子优化为猪体内偏嗜性密码子optiHA,同野生型A／Swine／Guangdong／1／01（H1N1）的HA基因分别与真核表达载体PCAGGS连接构成重组质粒PCAGGS—optiHA和PCAGGS—HA,然后分别转染293T细胞,48h后采用间接免疫荧光的方法检测Ⅲ基因的瞬时表达蛋白情况。将质粒PCAGGS—HA、PCAGGS—optiHA以100μg／只的剂量,采用后腿肌肉多点注射的方式,免疫6-8周龄雌性BALB／c小鼠,同时设立空载体PCAGGS对照。共免疫3次,每次间隔2周,三免2周后对每组以10^3.87 EID50的A／Swine／Guangdong／1／01（H1N1）进行攻毒。采用ELISA、血凝抑制试验、细胞因子检测和肺组织病毒含量测定等实验评价这两种DNA疫苗的免疫效果。结果表明,HA基因密码子优化的DNA疫苗可显著提高体液免疫和细胞免疫的应答水平,攻毒后免疫组PCAGGS—optiHA的保护效力明显高于免疫组PCAGGS—HA。这一结果为进一步研究和设计有效的SIVDNA疫苗奠定了基础。  相似文献   

两种微孢子虫全基因组中密码子偏好性比较     

张瑞芝  向恒  潘国庆  李田  周泽扬 《蚕学通讯》2011,31(1):1-8

微孢子虫(Microsporidia)是一类细胞内营专性寄生的单细胞真核生物.基于其已测得的两个典型种的基因组数据,比较了家蚕微孢子虫(Nosema bombycis)与兔脑炎微孢子虫(Encephalitozoon cuniculi)之间全基因组的密码子偏好性异同.结果表明两基因组的密码子偏好性都较弱,基因表达程度都...  相似文献   

柑橘SCoT分子标记技术体系的建立及其在遗传分析中的应用   总被引：8，自引：0，他引：8  

韩国辉  向素琼  汪卫星  贾志刚  洪棋斌  梁国鲁 《园艺学报》2011,38(7):1243-1250

 采用正交设计方法,对影响柑橘SCoT-PCR反应的Mg2+ 、dNTPs、引物、Taq DNA聚合酶及模板DNA用量等因素进行优化,建立了适于柑橘的SCoT标记分析体系。20 μL反应体系中含有：Mg2+ 1.5 mmol · L-1,dNTPs 0.35 mmol · L-1,引物0.625 μmol · L-1,TaqDNA聚合酶0.25 U,模板DNA 10 ng。最适退火温度为49 ℃。利用该体系对Wan2橘橙 × Li2甜橙的杂交后代及沙田柚四倍体进行分析,扩增条带清晰,扩增产物在150 ~ 2 100 bp之间。7个引物在Wan2橘橙、Li2甜橙及其18株杂交后代中共扩增出74条带,多态性条带48条,多态性比率为64.9%,在相似系数0.85处,18株杂交后代可聚为5类,表明其具有较丰富的遗传多样性;11个引物在4株沙田柚四倍体及其二倍体亲本中共扩增出84条带,其中多态性条带46条,多态性比率为54.8%,聚类分析显示5株沙田柚遗传相似系数在0.785 ~ 0.880,在相似性系数0.825处可分为3类,3株同源四倍体分别聚在不同的位置,四倍体材料均发生了不同程度的遗传变异。研究结果表明建立的柑橘SCoT体系结果稳定,重复性好,可为柑橘遗传育种提供新的技术支持。  相似文献   

法氏囊素在大肠杆菌中的表达及其免疫增强活性   总被引：2，自引：0，他引：2  

丁家波  朱鸿飞  赵文明  崔治中 《农业生物技术学报》2006,14(1):33-37

选用大肠杆菌(Escherichiacoli)编码赖氨酸(Lys)、组氨酸(His)和甘氨酸(Gly)的常用密码子按顺序排列成BS基因:5'-AAACACGGT-3'。连续合成10个BS(BS10)串连基因单链及其反向互补链,通过退火使其复性成双链。BS10基因经EcoRⅠ和SalⅠ双酶切后,克隆进表达载体pGEX-6P-1中。获得的重组质粒pGEX-Bur转化大肠杆菌BL21,经IPTG诱导,串连的BS10基因获得了高效表达。表达产物经GST亲和层析和胰酶消化处理后,按适当的浓度和新城疫病毒(NDV)混合,免疫90只30日龄的小白鼠。分别在免疫后第7,14和21天,用血凝抑制试验(HI)测定小鼠血清中NDV的抗体水平,结果加入囊素的实验组比不加囊素的对照组HI平均高出22.5个滴度。同样的实验样品免疫100只8日龄SPF(speclficpathogenfree)鸡,15d后实验组的抗体水平比对照组平均高出20.7个滴度。研究结果证实了用大肠杆菌表达的法氏囊素对小鼠和鸡具有免疫增强的作用。  相似文献