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Shigeyuki Tajima Takashi Hirashita Kenji Yoshihara Ampan Bhromsiri Mika Nomura 《Soil Science and Plant Nutrition》2013,59(1):241-247
Repetitive extragenic palindromic (REP)-PCR and enterobacterial repetitive intergenic consensus (ERIC)-PCR analysis was applied to the identification and classification of local isolates of 44 Bradyrhizobium japonicum, 7 Sinorhizobium meliloti, 10 Rhizobium leguminosarum strains from Japan and Thai. Using genomic DNA of the 61 strains, both REP and ERIC primers induced reproducible PCR band patterns, although REP-PCR generated more bands and appeared to be more useful for distinguishing the isolates from each other. Using mixed matrix data from both REP- and ERIC-PCR data, it become possible to distinguish all the isolates analyzed in this experiment from each other. When cluster analysis was applied to both PCR matrix data of 44 B. japonicum isolates, only the REP-PCR dendrogram showed a grouping profile corresponding to the exo-polysaccharide phenotype with a exceptions. When the matrix data of R. leguminosarum and S. meliloti were subjected to cluster analysis, S. meliloti appeared to form a different subgroup from R. leguminosarum in the dendrogram of REP-PCR data except for one strain. In the case of ERIC-PCR, isolates of R. leguminosarum from northern Thailand formed a separate subgroup from other R. leguminosarum and S. meliloti which were dispersed in the dendrogram. These data suggest that REP-PCR and ERIC-PCR were effective for the identification of individual isolates even though the isolates showed a wide genetic diversity and the same phenotype. When the data of the local isolates from Japan and Thailand were subjected to cluster analysis, REP- and ERIC-PCR analysis revealed different grouping characteristics. 相似文献
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嗜水气单胞菌ERIC-PCR指纹图谱多样性研究 总被引：1，自引：1，他引：0
对采集自江苏、河南、福建等地淡水养殖区域的105株嗜水气单胞菌(Aeromonas hydrophila)进行了基因分型,并探讨嗜水气单胞菌的基因型与区域分布及生态位的关联性。该实验以ERIC-PCR技术进行分型,应用Quantity one 4.6对电泳图谱进行分析,采用非加权配对法(UPGMA法)做遗传分析的树状图。结果表明,105株嗜水气单胞菌可分为28个基因型。其中,XV基因型的菌株相对最多,Ⅳ、Ⅺ、ⅩⅫ、ⅩⅩⅤ、ⅩⅩⅥ、ⅩⅩⅦ和ⅩⅩⅧ基因型的菌株相对最少。生态位背景来源相似的菌株有聚类趋势。此外,不同地域、不同生态位的嗜水气单胞菌也可能聚为同一种基因型。由此推断嗜水气单胞菌的基因型可能与生态位及地理位置有一定的关联性。 相似文献
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免疫应激对肉鸡肠道微生物区系的影响 总被引：2，自引：0，他引：2
微生物区系的平衡是确保肠道健康的重点,本研究对不同免疫状态下肉仔鸡消化道内微生物变化规律进行了研究。选用 180 只 AA 肉公鸡随机分 4 个处理,每个处理 5 个重复,每个重复 9 只肉公鸡。实验分为无免疫组、常规免疫组、免疫亢进和免疫抑制 4 个处理组。于 21、28、35 和 42 日龄肠段的内容物,提取总 DNA,并以此为模板获得反映肠道微生物群落结构特征的肠杆菌基因间重复序列 -PCR(ERIC-PCR)指纹图谱,比较各 DNA 样品指纹图谱的相似性指数。ERIC-PCR 扩增产物大部分为 200～2 000 bp 的基因片段,聚类分析显示,各日龄阶段,处理组间十二指肠细菌种群结构的相似性最高(75%),其次是盲肠(40%),回肠(39%)和空肠(38%)的相似性较低。图谱的条带数目为十二指肠>回肠>盲肠>空肠。28 和 35日龄,十二指肠和空肠脂多糖(LPS)组条带都低于 21 日龄,而回肠和盲肠的未见显著变化。21 日龄,回肠环磷酰胺(CYP)组的条带低于其他处理组。不同免疫状态影响回肠、空肠和盲肠道微生物区系,42 日龄,不同免疫状态对微生物数量和种群的影响不明显。 相似文献
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【目的】明确来自广东和江西两省柑橘溃疡病菌菌株之间的分子水平差异.【方法】使用ERIC引物,通过REP-PCR技术,对来自我国广东和江西省12个市(县)12个柑橘品种的71个柑橘溃疡病菌株进行遗传多样性研究.根据DNA指纹特征,并用NTSYS软件聚类分析.【结果和结论】71个菌株在相似值为0.64时,可以分为A、B两簇,其中来自江西赣州6个市县的所有溃疡病菌株全部聚在A簇,而来自广东有50%的菌株聚在B簇.取相似值为0.88时,A、B簇又各自分为6个遗传组.广东和江西两省柑橘溃疡病菌存在明显的遗传多样性,不同地理来源和不同柑橘品种之间的溃疡病细菌多样性差异明显. 相似文献
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兔的梭菌性肠炎是由产气荚膜梭菌感染引起的严重危害养兔业的一种疾病,为了更好地控制此病,本研究调查了青岛地区规模化兔场爆发此病时产气荚膜梭菌的毒素型及遗传多样性。2010年11月-2012年5月期间,采集青岛地区规模化养兔场疑似产气荚膜梭菌感染兔的肝脏进行产气荚膜梭菌的分离鉴定,采用Multiple—PCR方法对分离菌株进行毒素型分析,应用ERIC-PCR方法分析分离菌株的遗传多样性。共分离到25株产气荚膜梭菌,其中A型24株（96％）,C型1株（4％）。用ERIC—PCR方法将25株分离株分于9个聚类中,其中V型为主要流行型。结果表明：青岛地区规模化兔场中产气荚膜梭菌流行的毒素型主要为A型,且具有多种基因亚型,其中V型为主要流行型。此结果为该地区兔产气荚膜梭菌病的免疫和微生态防治提供了重要的参考依据。 相似文献
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R. Shrestha † S. H. Lee J. E. Kim C. Wilson S.-G. Choi D. H. Park M. H. Wang J. H. Hur C. K. Lim 《Plant pathology》2007,56(6):1023-1031
Twenty-five strains of Erwinia pyrifoliae were investigated for their plasmid profiles and genetic relatedness. Four types of plasmid profile were observed for the first time, suggesting intraspecific plasmid profile diversity in E. pyrifoliae . Moreover, BOX-PCR and phylogenetic analysis based on the 16S-23S intergenic transcribed spacer (ITS) region showed genetic variations among E. pyrifoliae strains, although all strains were clustered in one group and separated from E. amylovora . On the other hand, ERIC-PCR and phylogenetic analysis based on partial groEL gene sequences revealed close genetic relatedness among the strains. Amplification with EpSPF and EpSPR primers of a fragment of approximately 0·65 kb from the genomic DNA of all E. pyrifoliae strains, but not from E. amylovora strains, suggested that this primer set is useful for identification of this pathogen. 相似文献
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6株副猪嗜血杆菌基因组DNA的PCR指纹图谱研究 总被引：1，自引：0，他引：1
根据肠道菌基因闻重复一致序列，设计了一对特异性引物，采用ERIC-PCR和RAPD技术，研究了副猪嗜血杆菌6个分离菌株的指纹图谱和DNA多态性。结果表明，6个分离株的PCR指纹图谱与15个标准血清型指纹图谱相比较可分辨出4种血清型；6个分离株的RAPD研究结果均表现出多态性。有意义的是，6个菌株的多态性DNA片段也能明显将其分为4种类型的副猪嗜血杆菌，与特异性引物PCR结果相一致。该研究可作为流行病学调查和该菌的分子分型快速诊断方法的基础。 相似文献
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分析山东省东平湖常见4种淡水鱼肠道菌群多样性的差异。采用ERIC-PCR(enterobacterial repetitive intergenic consensus PCR,ERIC-PCR)技术,得到鱼肠道菌群的ERIC-PCR指纹图谱,并用NT-SYS-pc(Version 2.10)软件进行分析。成功建立了山东省东平湖常见4种淡水鱼肠道菌群的ERIC-PCR指纹图谱,了解肠道菌群的差异。草鱼和鲢鱼肠道菌群较为相似,与鲫鱼、鲤鱼肠道菌群差异较大。表明4种淡水鱼类的肠道菌群的组成有明显的差别,食性差异大的鱼类之间肠道菌群差异更明显。 相似文献
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为了解副猪嗜血杆菌(HPS)现地分离株的流行情况及其进化来源,本研究采用肠杆菌科基因间重复一致序列PCR(ERIC-PCR)分型和外膜蛋白(OMP)分型技术对采集自3个猪场的24株HPS分离株进行分型.结果表明,以ERIC-PCR法分析24个分离株共产生10种DNA指纹图谱,依次分别包含5株、3株、1株、7株、1株、2株、1株、1株、2株和1株分离株.其中一个猪场的分离株仅为图谱Ⅰ和Ⅱ,另外两个猪场分别为图谱Ⅲ、Ⅳ、V和Ⅵ、Ⅶ、Ⅷ、Ⅸ、X.试检测结果表明同一猪场存在的菌株有两种或两种以上基因型,并且不同猪场流行的基因型不同.采用OMP分型也表现出与ERIC-PCR分型一致的结果.因此,ERIC-PCR和OMP分型均可以用于HPS的流行病学调查. 相似文献