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对2株兔出血症病毒(RHDV)SCH04、Sch07进行全基因组序列测定,并进行同源性及遗传进化分析。按照病毒核酸组成,将病毒基因分7段进行RT-PCR扩增,将分段扩增产物分别克隆到p MD-19T载体进行测序,用DNAStar进行拼接,得到全基因组序列;参照Gen Bank上登陆的31株RHDV毒株全基因核苷酸序列、VP60基因核苷酸序列以及ORF2编码基因核苷酸序列对2株病毒进行同源性和遗传进化分析。结果显示,SCH04基因组全长7 439 bp,Sch07基因组全长7 438 bp,2株病毒全基因的核苷酸序列同源性为99.8%,与31株参考毒株全基因的核苷酸序列同源性为78.3%~97.0%;2株病毒的VP60基因核苷酸序列同源性为99.7%,ORF2编码基因核苷酸序列同源性为99.2%。进化树显示2株病毒同属于抗原变异株RHDVa(GI.1a)基因群,且亲缘关系最近。VP60基因核苷酸序列与ORF2编码基因核苷酸序列均可以作为RHDV遗传进化分析。 相似文献
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7种猪呼吸道综合征疾病病原多重PCR方法的建立 总被引：1，自引：1，他引：0
为建立能够同时检测7种导致猪呼吸道综合症疾病病原的多重PCR方法,参考伪狂犬病病毒(PRV)、猪瘟病毒(CSFV)、非洲猪瘟病毒(ASFV)、猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)、副猪嗜血杆菌(HPS)、多杀性巴氏杆菌(PM)以及胸膜肺炎放线杆菌(APP)标准毒株序列,选择各病毒和细菌的保守序列分别设计7对特异性引物进行多重PCR。各项优化试验结果表明,当反应的退火温度为51℃,各条引物浓度均为0.8μmol/L时扩增的目的条带效果最佳;用敏感性试验检测该反应中各病毒的最小检出量分别为:1.01×10~2(PRV)、1.48×10~3(CSFV)、1.07×10~4(ASFV)、9.73×10~3(PRRSV)、1.82×10~3(HPS)、1.65×10~3(PM)和3.64×10~3(APP)copies/μL。在最优化的反应条件下进行特异性试验,结果未出现交叉反应,能检出对应病原的多种血清型,阴性对照均无非特异性扩增。该方法快捷、灵敏、特异性高,可为临床诊断与流行病学研究提供科学依据。 相似文献
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海藻糖比伯斯坦菌(Bibersteinia trehalosi)为人兽共患菌,但在我国的研究报道转少。本研究从病死羔羊肺脏组织中分离到一株革兰阴性短杆菌,对其进行了细菌分离、生化试验、16S rDNA和ropB基因的PCR扩增、小鼠致病性试验、药敏试验及四环素抗生素类与产超广谱β-内酰胺酶(ESBLs)等6种耐药基因的PCR检测。结果显示,该菌16S rDNA扩增序列与GenBank中B.trehalosi同源性达99%;其特异性rpoB基因PCR扩增条带与预期一致;对小鼠致病性强;对头孢哌酮、头孢呋辛、复方新诺明、氯霉素等多种抗生素均敏感,对青霉素、丁胺卡那、头孢拉啶耐药,仅扩增出约1 900 bp的BCT耐药基因片段,与公布的BCT基因序列同源性达99%,耐药表型与耐药基因检测结果一致,证明该分离菌株为B.trehalosi。本研究为该菌的有效防控与致病机理的研究奠定了基础,也为养殖临床用药提供参考。 相似文献
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裂谷热(RVF)具有较高的发病率与死亡率,极大危害着当地养殖业和生态系统的稳定。为建立一种能够快速有效检测裂谷热病毒(RVFV)的方法,本研究根据RVFV的保守序列设计了特异性引物与探针,分别建立了探针PCR和荧光PCR,并对这两种检测方法进行比较分析。结果显示,两种检测方法均不存在非特异扩增;最低检测浓度分别为1.03×10~(-2)拷贝/μL和1.03×10~0拷贝/μL,前者比后者有更高的灵敏度;探针PCR和荧光PCR组内和组间变异系数均小于3%。实验表明,探针PCR具有特异性强、灵敏度高、稳定性好、准确度高、检测速度快等优点。因此,探针PCR是一种灵敏度和可靠性均较高的RVFV检测方法。 相似文献
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