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为了建立一种快速鉴别AIV的HA亚型的RT-PCR方法,本研究探讨了流感病毒血凝素裂解位点基因作为DNA条形码对A型流感病毒进行亚型鉴定的可行性。通过生物信息学方法对16种A型流感病毒的血凝素基因全长进行比对,在HA裂解位点的两端高度保守区设计一对DNA条形码引物,RT-PCR扩增获得约170bp的核苷酸片段。利用MEGA5.0软件构建N-J系统树并计算亚型间及亚型内平均遗传距离。结果显示,不同A型流感病毒裂解位点氨基酸具有单系性,每一亚型可分别形成各自独立的分支。不同亚型间平均遗传距离为0.277,相同亚型内平均遗传距离0.032。研究表明,利用DNA条形码技术可在A型流感病毒分型方面进行有效的分子分类鉴定。 相似文献
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为快速获知流感病毒的全基因组序列,及时得知其遗传演化特性。设计11对通用条形码引物,采用RT-PCR法扩增A\swine\Shandong\01\2009(H1N1)株的8个基因节段,进行克隆测序和遗传进化分析。核酸序列测定结果显示,全基因组序列完整无缺失,但是基因组内2个位点突变导致PB1-F2、NS-1蛋白表达不完整,HA切割位点处氨基酸序列PSIQSR/GLF,无多个连续的碱性氨基酸,符合非致病性切割位点的特征。从绘制的各个片段进化树分析,此毒株与11株近5年在人和猪中流行的H1N1相似度高,HA的同源性达98.1%~99.7%,NA同源性98.6%~99.8%,与2009年暴发的A型H1N1流行株A/California/07/2009(H1N1)8个片段进行比对,核酸同源性高达99.1%~99.6%。 相似文献
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