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旨在通过转录组测序(RNA-Seq)与加权基因共表达网络分析(weighted gene co-expression network analysis,WGCNA)筛选慢速型黄羽肉鸡天农麻鸡胴体性状相关候选基因。本研究以104只天农麻鸡为素材,在126日龄时进行屠宰,测定胸肌重等7个胴体性状,采集胸肌组织进行RNA-Seq。基于RNA-Seq数据获得基因表达矩阵后,结合表型进行WGCNA分析,确定目标模块,筛选目标模块的枢纽基因,并分别进行KEGG通路富集、蛋白质互作网络(protein-protein interaction network,PPI)构建和相关性分析。104份胸肌组织RNA-Seq质控后获得15 092个基因的表达量。与胴体表型进行WGCNA,共得到19个模块,其中4个模块与胴体性状极显著相关。功能富集结果表明,目标模块内基因主要富集在ECM-受体相互作用、黏着力等通路。以|Module membership|> 0.8、|Gene significance|> 0.2为标准筛选到58个枢纽基因,并通过PPI网络构建鉴定到5个网络节点基因,整合相关性分析确定COL1A2和SPARC为最重要候选基因。本研究通过大样本量转录组分析,发现ECM-受体相互作用等通路在天农麻鸡胴体性状调控中发挥主要作用,筛选到COL1A2和SPARC是影响全净膛率性状的重要候选基因,研究结果为鉴定选育分子标记,解析胴体性状分子机制奠定理论基础,为慢速型黄羽肉鸡育种提供重要参考。 相似文献
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为了合理开发和利用东涛鸡,测定了300日龄成年东涛鸡(公母各30只)的体质量及体尺性状指标,利用相关分析及通径分析的方法研究影响东涛鸡体质量的最主要因子,研究各体尺性状对体质量的直接和间接作用大小。结果显示,东涛鸡公鸡的体斜长是影响体质量的最主要因子,其独立效应、通径系数和相关系数分别为0.533、0.730和0.731;母鸡的胫围是直接影响体质量的最主要因子,其独立效应、通径系数和相关系数分别为0.176、0.419和0.518。母鸡的胸深和体斜长对体质量的间接影响较大,其累计效应分别达0.550和0.379。 相似文献
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2017年10月,四川省某锦鲤养殖场暴发一种以嗜睡、腹部肿大、鳃肿胀和眼睛凹陷为临床特征的传染病,累计死亡率高达50%。为研究锦鲤发病病因和疾病流行规律,对病鱼解剖,进行病理组织观察、电镜观察、PCR检测和系统进化分析。结果显示,患病锦鲤眼球浑浊,腹部肿大,鳃肿胀严重;组织病理学观察发现病鱼的鳃、肝脏、肾脏和脑组织细胞变性、坏死,出现大量炎性细胞浸润;透射电镜观察,在肾脏组织中发现病毒粒子。巢氏PCR方法检测鲤浮肿病毒(carp edema virus,CEV),出现特异性扩增产物;基于CEV P4a基因进行系统发育分析,此病毒与英国株R083同源性为99%。本研究为鲤浮肿病毒的起源进化、分类、疾病诊断和防控提供重要依据。 相似文献
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基于BLUP和GBLUP方法估计北京油鸡胴体和肉质性状遗传参数的差异 总被引：1，自引：1，他引：0
旨在比较不同方法对遗传参数估计的差异,为未来北京油鸡胴体和肉质性状选育方法的制定提供参考依据。本研究利用传统最佳线性无偏预测（best linear unbiased prediction,BLUP）和基因组最佳线性无偏预测（genomic best linear unbiased prediction,GBLUP）两种方法对北京油鸡的胴体和肉质等性状进行了遗传参数估计。从系谱较为完整的北京油鸡群体中,选择100日龄体重相近的公鸡615只,测定其100日龄体重（BW）、屠宰率（EP）、胸肌率（BMP）、腿肌率（LMP）、腹脂率（AFP）、嫩度（T,以剪切力值表示）和肌内脂肪（IMF）等性状,并用SNP芯片（Illumina,60K）进行个体基因分型。结果表明,除IMF和剪切力（SF）遗传力基于两种方法的估值存在较大差异外,其余性状利用两种方法得到的遗传力估值差异较小;除嫩度外,GBLUP方法估计的遗传力均低于BLUP方法。所有胴体相关性状中,除屠宰率遗传力为低遗传力外,其余性状均属于中等遗传力性状。嫩度呈现低遗传力,而IMF基于BLUP法和GBLUP法的估计遗传力分别为中等（h2 =0.256）和低遗传力（h2 =0.107）。基于BLUP方法,IMF与BW、BMP和SF 3个性状间均呈高度遗传负相关（-0.572、-0.420、-0.682）,与EP的遗传相关为中度负相关（-0.234）,与AFP的遗传相关为中度正相关（0.420）;基于GBLUP方法,IMF与BW、BMP和SF 3个性状间均呈高度遗传负相关（-0.808、-0.725、-0.784）,与EP的遗传相关为高度负相关（-0.626）,与AFP的遗传相关为低度正相关（0.097）。综上,对于某些性状,基于传统的BLUP方法与新的GBLUP方法得到的遗传力与遗传相关估值存在较大差异,实际育种工作中,为提高育种效率,需要综合考虑。 相似文献
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试验选取清远麻鸡快慢羽群体共200只,通过对初生羽毛长度、体重、鸡冠高度和羽毛成熟性等指标的测定,并对初生羽毛长度和羽毛成熟性进行相关性分析,探讨清远麻鸡快慢羽系各阶段生产性能的差异,解析初生羽毛长度与早熟性状之间的关系。结果表明:(1)1日龄快羽R2型的主翼羽长度和平均羽毛长度均极显著长于慢羽倒长型(L2)(P<0.01),但其主翼羽和覆主翼羽长度差值极显著短于慢羽倒长型(L2)(P<0.01);(2)42日龄时,慢羽倒长型(L2)公鸡体重极显著大于快羽R2型(P<0.01);110日龄时,快羽R2型母鸡的冠高显著高于慢羽母鸡(P<0.05),同时,快羽R2型母鸡羽毛成熟性也极显著优于慢羽倒长型(L2)母鸡(P<0.01);(3)快羽R2型鸡羽毛成熟性与初生翼羽长度呈中度正相关(r=0.264~0.322),分别达到显著水平(P<0.05)或极显著(P<0.01)。研究结果提示,清远麻鸡快慢羽系中最常见的快羽R2型和慢羽倒长型(L2)的各阶段的生产性能具有一定的差异,快羽R2型的初生羽毛长度可对羽毛成熟性实施间接选育。 相似文献
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