不同地方猪重要经济性状关联位点SNP芯片分型及群体遗传结构研究     

陶璇  何志平  梁艳  杨雪梅  雷云峰  王言  胡紫惠  廖坤  肖贤勋  格桑  马贵云  吉绒丹增  敖翔  吕学斌  顾以韧 《畜牧兽医学报》2022,53(10):3358-3367

旨在分析四川省7个地方猪种类群和山东省徒河黑猪重要经济性状关联SNP位点基因型分布及群体间遗传结构。本研究采用中芯一号芯片对23头成华猪、26头雅南猪、60头青峪猪、57头内江猪、151头丫杈猪、57头乌金猪（凉山类群）、51头平原藏猪、109头高原藏猪和28头徒河黑猪共562头健康种猪进行了单核苷酸多态性（single nucleotide polymorphism,SNP）分析,利用Plink软件对获得的基因型数据进行质控,结合R等软件,统计分析猪7个重要经济性状的基因型;采用Mega X软件进行聚类分析,使用Plink软件进行主成分（PCA）分析,通过VCFtools软件计算猪群间的群体遗传分化指数（Fst）,分析群体间遗传关系远近。结果显示,四川省地方猪群体中,采食量、酸肉和应激性状的非优势基因型比例均在2.20%以下;抗仔猪腹泻、料重比（FCR）、公猪精液品质和多肋性状的非优势基因型比例分别为8.99%、11.80%、73.97%和95.32%;徒河黑猪群体中,应激性状已无q等位基因,采食量和酸肉性状的非优势基因型比例较低,均为3.57%;公猪精液品质、抗仔猪腹泻、料重比和多肋性状的非优势基因型比例较高,分别为39.29%、50.00%、82.14%和92.86%;聚类和主成分分析显示,徒河黑猪与四川地方猪种间遗传距离远,丫杈猪、乌金猪、内江猪和藏猪（平原和高原）各自聚为一类,品种间群体分层结构明显,雅南猪、成华猪、青峪猪聚为一类;Fst指数计算结果表明,同属于湖川山地猪的丫杈猪和青峪猪间存在高度遗传分化。结果提示,四川省地方猪群体的采食量、酸肉、应激、抗仔猪腹泻和料重比性状的非优势基因型比例较低,公猪精液品质和多肋性状的非优势基因型比例较高;徒河黑猪群体的应激性状已无q等位基因,采食量和酸肉性状的非优势基因型比例较低,公猪精液品质、抗仔猪腹泻、料重比和多肋性状的非优势基因型比例较高;群体遗传结构研究结果表明,丫杈猪与青峪猪都归类于湖川山地猪有待商榷。  相似文献