共查询到20条相似文献，搜索用时 31 毫秒
1.
《中国畜牧兽医》2020,(6)
为了解安卡拉病毒贵州流行株penton基因分子特征,本试验参考GenBank上FAdV基因序列设计合成特异性引物,对penton基因CDS区进行扩增,运用生物信息学软件对penton基因的核苷酸序列、蛋白质理化性质、信号肽、二级结构、三级结构和B细胞表位进行分析。结果显示,3株FAdV(GZ-BJ、GZ-QL、GZ-LPS)penton基因片段大小均为1 578 bp。系统进化树分析显示,GZ-BJ、GZ-QL、GZ-LPS均属于FAdV-4型,3株FAdV-4核苷酸同源性在99.9%～100%之间,推导氨基酸序列同源性在99.8%～100%之间;与国内其他分离株、国外分离株差异不大。蛋白理化性质分析显示,该蛋白属于不稳定的、不具有跨膜结构的亲水蛋白,其二级结构主要以无规则卷曲为主(54.29%);结构域预测结果显示,penton蛋白只含有一个低复杂度区域;B细胞表位预测发现,penton基因编码的氨基酸可能存在3个优势抗原表位区,分别为5-171、207-236和420-462位氨基酸处。本试验结果表明,安卡拉病毒penton基因相对保守,存在多个优势抗原表位,可作为安卡拉病毒防控研究靶蛋白,为该病毒防控与致病机理研究奠定基础。 相似文献
2.
为了解安卡拉病毒贵州流行株penton基因分子特征,本试验参考GenBank上FAdV基因序列设计合成特异性引物,对penton基因CDS区进行扩增,运用生物信息学软件对penton基因的核苷酸序列、蛋白质理化性质、信号肽、二级结构、三级结构和B细胞表位进行分析。结果显示,3株FAdV（GZ-BJ、GZ-QL、GZ-LPS）penton基因片段大小均为1 578 bp。系统进化树分析显示,GZ-BJ、GZ-QL、GZ-LPS均属于FAdV-4型,3株FAdV-4核苷酸同源性在99.9%~100%之间,推导氨基酸序列同源性在99.8%~100%之间;与国内其他分离株、国外分离株差异不大。蛋白理化性质分析显示,该蛋白属于不稳定的、不具有跨膜结构的亲水蛋白,其二级结构主要以无规则卷曲为主（54.29%）;结构域预测结果显示,penton蛋白只含有一个低复杂度区域;B细胞表位预测发现,penton基因编码的氨基酸可能存在3个优势抗原表位区,分别为5-171、207-236和420-462位氨基酸处。本试验结果表明,安卡拉病毒penton基因相对保守,存在多个优势抗原表位,可作为安卡拉病毒防控研究靶蛋白,为该病毒防控与致病机理研究奠定基础。 相似文献
3.
为了解我国Ⅰ群禽腺病毒(FAdV-Ⅰ)主要流行血清型hexon蛋白序列和抗原表位的差异,对43株FAdV-Ⅰ分离株的hexon进行了序列和遗传进化分析,利用DNAStar中Protean预测了4个流行血清型代表株hexon蛋白的抗原表位。结果显示:同型分离株间hexon氨基酸序列同源性高,其中FAdV-4分离株的氨基酸序列同源性为100%。hexon蛋白氨基酸序列在第132～289位、第363～507位和第793～878位存在3个主要可变区,分别对应于hexon的L1、L2和L4区。在FAdV-11中,分离株QDPD100808和YTLY081010氨基酸序列在第97-138位区段发生缺失,分离株HNQX120913在第693-720位突变为HVQEHERALRHVHQLARERPVASTQPVS。预测到FAdV-4、FAdV-8a、FAdV-8b和FAdV-11的代表株hexon蛋白分别有40、37、38和37个抗原表位,FAdV-4的特异性抗原表位最多,为16个,FAdV-8a、FAdV-8b和FAdV-11特异性抗原表位较少,分别为3个、6个和3个。研究结果为我国FAdV-Ⅰ主要流行血清型基于hexon基因的诊断提供了理论依据。 相似文献
4.
《中国畜牧兽医》2018,(12)
为分析猫泛白细胞减少症病毒(FPV)北京株(FPV-BJ 05株)NS1基因的分子特征及其编码蛋白的生物学功能,本研究对FPV-BJ 05株NS1基因进行PCR扩增、克隆及序列测定。应用生物信息学软件分析FPV-BJ 05株与GenBank上登录的11株FPV参考株NS1基因的同源性,并预测NS1蛋白理化性质、信号肽、跨膜结构、B细胞抗原表位、磷酸化位点、亚细胞定位及蛋白结构与功能、高级结构等。结果显示,NS1基因全长2 007bp,编码668个氨基酸,且与其他FPV分离株NS1基因核苷酸序列同源性为98.8%～99.3%,氨基酸序列同源性为97.9%～98.8%。系统进化树分析结果显示,FPV-BJ 05株NS1蛋白与GenBank上登录的3株FPV参考株处于同一大分支,但由于氨基酸的突变导致其属于独立的一小分支。NS1蛋白既无信号肽也无跨膜结构域,属于非分泌型的疏水性蛋白。B细胞抗原表位预测结果显示,NS1蛋白柔韧性较好,抗原性及表面可及性较高,预测该蛋白含有13个优势抗原位点。修饰结构预测表明,NS1蛋白含有62个潜在磷酸化位点,27个O-糖基化位点和2个N-糖基化位点。亚细胞定位结果显示,NS1蛋白在细胞质和细胞核的概率较高,分别为69.6%和17.4%。NS1蛋白二级结构中α-螺旋、延伸链、无规则卷曲和β-转角分别占39.37%、15.42%、39.37%和5.84%。应用在线软件SWISS-Modle对NS1蛋白进行建模,预测其三级结构,结果发现NS1蛋白主要以α-螺旋为主。本试验结果将为北京地区FPV免疫诊断及核酸疫苗研究提供理论依据。 相似文献
5.
为分析猫泛白细胞减少症病毒（FPV）北京株（FPV-BJ 05株）NS1基因的分子特征及其编码蛋白的生物学功能,本研究对FPV-BJ 05株NS1基因进行PCR扩增、克隆及序列测定。应用生物信息学软件分析FPV-BJ 05株与GenBank上登录的11株FPV参考株NS1基因的同源性,并预测NS1蛋白理化性质、信号肽、跨膜结构、B细胞抗原表位、磷酸化位点、亚细胞定位及蛋白结构与功能、高级结构等。结果显示,NS1基因全长2 007 bp,编码668个氨基酸,且与其他FPV分离株NS1基因核苷酸序列同源性为98.8%~99.3%,氨基酸序列同源性为97.9%~98.8%。系统进化树分析结果显示,FPV-BJ 05株NS1蛋白与GenBank上登录的3株FPV参考株处于同一大分支,但由于氨基酸的突变导致其属于独立的一小分支。NS1蛋白既无信号肽也无跨膜结构域,属于非分泌型的疏水性蛋白。B细胞抗原表位预测结果显示,NS1蛋白柔韧性较好,抗原性及表面可及性较高,预测该蛋白含有13个优势抗原位点。修饰结构预测表明,NS1蛋白含有62个潜在磷酸化位点,27个O-糖基化位点和2个N-糖基化位点。亚细胞定位结果显示,NS1蛋白在细胞质和细胞核的概率较高,分别为69.6%和17.4%。NS1蛋白二级结构中α-螺旋、延伸链、无规则卷曲和β-转角分别占39.37%、15.42%、39.37%和5.84%。应用在线软件SWISS-Modle对NS1蛋白进行建模,预测其三级结构,结果发现NS1蛋白主要以α-螺旋为主。本试验结果将为北京地区FPV免疫诊断及核酸疫苗研究提供理论依据。 相似文献
6.
旨在克隆猪丹毒杆菌表面保护性抗原A(surface protein A,SpaA)的编码基因,并预测该蛋白的二级结构和B细胞抗原表位,从而探讨猪丹毒杆菌SpaA蛋白在免疫保护中所起的作用.首先对猪丹毒杆菌SpaA基因进行PCR扩增、克隆和测序,并进行同源性比较.应用生物信息学方法,对猪丹毒杆菌SpaA蛋白的二级结构和B细胞抗原表位进行预测.结果显示,猪丹毒杆菌SpaA基因全长1 881 bp,编码626个氨基酸,发育进化树结果表明分离的2株猪丹毒杆菌菌株与GenBank中其他菌株在进化树中关系较远,自成一个分支.二级结构的预测结果显示该蛋白主要以无规则卷曲、α螺旋和延伸链为主,只有少数的β转角；推测该蛋白有14个B细胞优势抗原表位区域、8个N-肉豆蔻酰化位点.该研究为进一步分析猪丹毒杆菌免疫机理、表位疫苗设计等奠定理论基础. 相似文献
7.
8.
为预测番鸭呼肠孤病毒(DRV)YB株σC蛋白二级结构和B细胞抗原表位,对DRV YB株的σC蛋白氨基酸序列与参考DRV相应序列以DNAStar软件进行同源性和遗传进化树分析;采用SOPMA法、Gamier-Robson法、Chou-Fasman法和Karplus-Schultz法方法预测其二级结构;用Hopp-Woods法、Emini法、Jameson-Wolf法和吴玉章等建立的方法分别预测蛋白的亲水性、表面可能性和抗原指数,然后综合分析其B细胞抗原表位.结果显示,DRV YB与国内DRV相应序列同源性在93.7％～99.6％,代表性较强;B细胞表位可能在15～27、36～49、40～49及90～98区段或其附近,这4个被预测的表位均含有β-转角和无规卷曲结构.本研究为进一步确定σC蛋白的B细胞表位和反向()计提供了理论基础. 相似文献
9.
《中国兽医学报》2020,(6)
为了获得293T细胞表达的血清4型禽腺病毒(FAdV-4)六邻体(hexon)和五邻体(penton)的串联蛋白,采用PCR方法从因FAdV-4致死的鸡肝脏中扩增出hexon基因和penton基因,其大小分别为1 014,900 bp。使用重叠PCR将hexon基因和penton基因串联,得到hexon-penton(HP)串联基因。将HP基因导入表达质粒pcDNA3.1(+),获得重组质粒pcDNA3.1-HP,转染293T细胞,获得HP真核蛋白。经间接免疫荧光试验(IFA)和Western blot鉴定结果表明,HP真核蛋白可与多抗血清发生特异性反应,蛋白质相对分子质量约为90 000,HP串联蛋白在293T细胞中获得了良好表达。研究结果表明成功构建了真核表达质粒pcDNA3.1-HP,并在真核细胞中获得表达,为进一步研制FAdV-4核酸疫苗奠定基础。 相似文献
10.
选取GenBank上4株不同绵羊痘毒株ORF121基因序列,采用DNASTAR软件对该基因序列进行同源性分析,并以B细胞表位分析参数及蛋白质二级结构分析数据,综合预测ORF121蛋白B细胞表位。结果表明：4株不同绵羊痘毒株ORF121基因核苷酸序列的同源性为99％;在ORF121蛋白的肽链中,35～46、76～82、160～167区段亲水性强,35～45、54～83、90～124、130～139、144～158和160～167区段柔韧性好,37～45、112～116、129～137和143～167区段抗原指数高,33～45、78～83和159～167区段表面可及性高,30～57和151～170区段可形成一定的空间构象。结果说明ORF121基因在不同的绵羊痘病毒流行株之间非常保守,ORF121蛋白35～45、160～167区段可能是B细胞表位优势区,具有潜在的疫苗或／和诊断价值。 相似文献
11.
选取GenBank上4株不同绵羊痘毒株ORF121基因序列,采用DNASTAR软件对该基因序列进行同源性分析,并以B细胞表位分析参数及蛋白质二级结构分析数据,综合预测ORFl21蛋白B细胞表位.结果表明:4株不同绵羊痘毒株ORF121基因核苷酸序列的同源性为99%;在ORFl21蛋白的肽链中,35～46、76～82、160～167区段亲水性强,35～45、54～83、90～124、130～139、144～158和160～167区段柔韧性好,37～45、112～116、129～137和143～167区段抗原指数高,33～45、78～83和159～167区段表面可及性高,30～57和151～170区段可形成一定的空间构象.结果说明ORF121基因在不同的绵羊痘病毒流行株之间非常保守,ORF121蛋白35～45、160～167区段可能是B细胞表位优势区.具有潜在的疫苗或/和诊断价值. 相似文献
12.
选取GenBank上4株不同绵羊痘毒株ORF121基因序列,采用DNASTAR软件对该基因序列进行同源性分析,并以B细胞表位分析参数及蛋白质二级结构分析数据,综合预测ORF121蛋白B细胞表位.结果表明:4株不同绵羊痘毒株OBF121基因核苷酸序列的同源性为99%;在ORF121蛋白的肽链中,35～46、76～82、160～167区段亲水性强,35～45、54～83、90～124、130～139、144～158和160～167区段柔韧性好,37～45、112～116、129～137和143～167区段抗原指数高,33～45、78～83和159～167区段表面可及性高,30～57和151～170区段可形成一定的空间构象.结果说明ORF121基因在不同的绵羊痘病毒流行株之间非常保守,ORF121蛋白35～45、160～167区段可能是B细胞表位优势区,具有潜在的疫苗或/和诊断价值. 相似文献
13.
犬瘟热病毒N蛋白的B细胞抗原表位预测 总被引：1，自引：0，他引：1
将1段犬瘟热病毒N蛋白氨基酸序列（GenBank编号为：AEV77096．1）与GenBank登录的其他氨基酸序列进行比对,分析其同源性;通过DNAStar生物信息学分析软件中的Protean模块及The PredictProteinserver在线蛋白分析工具预测犬瘟热病毒N蛋白的理化性质、二级结构、亲水性、表面可及性、柔韧性、抗原指数、跨膜螺旋、蛋白相互作用位点、蛋白功能位点等特性,并预测其B细胞优势抗原表位。结果显示,犬瘟热病毒N蛋白具有规则的二级结构、亲水性、柔韧性片段多,多处于表面可及性大,抗原指数高,蛋白质相互作用位点区域。潜在的B细胞优势抗原表位为12～18、61～66、243～246、410～415、421～429、434～447、452～456、480～487氨基酸序列。结果表明,本试验预测了犬瘟热病毒N蛋白的B细胞优势抗原表位,为进一步设计犬瘟热病毒的诊断抗原多肽、免疫用抗原多肽和研发血清学检测试剂盒奠定了理论基础。 相似文献
14.
根据沙门菌invH基因序列设计1对引物,对9株沙门菌和4株常见病原菌进行PCR扩增,并将扩增出的in-vH基因进行克隆及序列分析,应用生物信息学方法预测invH蛋白的T细胞抗原表位。结果表明,9株沙门菌PCR均扩增出519bp的特异条带,4株非沙门菌均无特异带扩增;核苷酸序列分析证实,3株鼠伤寒沙门菌之间同源性为99.8%,与鸡白痢和鸡肠炎沙门菌之间的核苷酸序列同源性为98.6%,3株猪伤寒沙门菌和3株鸡源性沙门菌同源性较低,且不在同一支系统进化树上;invH蛋白有5个重复率最高的T淋巴细胞受体识别的抗原表位。 相似文献
15.
根据GenBank中肺炎克雷伯菌Ⅲ型菌毛结构基因A(MrkA)JF759921的序列设计1对引物,对8株毛皮动物肺炎克雷伯菌进行克隆测序,并应用生物信息学相关软件和方法,预测MrkA蛋白二级结构和B细胞抗原表位。PCR扩增出了609bp的目的基因片段,生物信息分析结果显示其开放阅读框架为609bp,编码202个氨基酸;二级结构以无规卷曲为主,有少量的α-螺旋和β-片层,少见β-转角,推测MrkA蛋白有8个B细胞优势抗原表位区域。结果表明,MrkA基因较稳定,其在进化过程中并未发生明显变异,为进一步分析肺炎克雷伯菌免疫机理、制备单克隆抗体和设计表位疫苗等奠定理论基础。 相似文献
16.
为分析羊口疮病毒(ORFV/QD/2015株)B2L基因的分子特征,预测其编码蛋白的生物学功能,对其B2L基因进行PCR扩增、克隆及序列测定,应用生物信息学相关软件及方法,对扩增所得的基因进行序列分析,并对其编码蛋白的二级结构、细胞抗原表位、三级结构、跨膜结构域和信号肽等进行预测和分析。结果显示:ORFV/QD/2015株B2L基因序列长1 137 bp,编码379个氨基酸;该毒株与其他12株羊口疮病毒参考株的B2L基因核苷酸序列同源性为96.8%~99.7%,氨基酸序列同源性为96.8%~99.2%。系统进化分析显示,ORFV/QD/2015株与2015年分离到的ORFV/Shaan Xi/2015/China株亲缘关系最近;B2L基因编码蛋白二级结构以α-螺旋区域和β-折叠区域所占比例较大,预测此蛋白可能存在7个细胞优势抗原表位,无跨膜区域,无信号肽区域;三级结构呈弯曲状螺旋结构。 相似文献
17.
《黑龙江畜牧兽医》2019,(24)
为了建立一种基于牛病毒性腹泻病毒(Bovine viral diarrhea virus, BVDV)囊膜蛋白E0基因的实时荧光定量PCR检测方法,试验根据GenBank数据库中BVDV E0基因序列设计特异性引物,扩增BVDV新疆塔城分离株TC株的E0基因并克隆至pBM23载体中并测序鉴定;根据测序结果对E0基因的基本理化性质、B细胞抗原表位、二级结构、三级结构等进行生物信息学分析;以pBM23-E0为标准质粒,10倍梯度稀释后建立实时荧光定量PCR标准曲线。结果表明:BVDV TC株E0基因长度为681 bp,与已发表的BVDV1 V070株E0基因氨基酸同源性为97.36%;生物信息学分析表明,E0蛋白为稳定的亲水性蛋白,该蛋白有4个O-糖基化位点和19个磷酸化位点,11个潜在的B细胞抗原表位。二级结构以无规则卷曲为主,并用SWISS-MODEL构建出E0蛋白的三级结构;成功绘制出检测BVDV TC株E0基因荧光定量PCR的标准曲线,相关系数(R~2)0.998 0。说明成功建立了基于BVDV E0基因的实时定量PCR的检测方法。 相似文献
18.
从可塑性、亲水性、表面可能性、抗原性、二级结构等5项参数指标来综合预测1株基因Ⅶ型新城疫病毒(Newcastle disease virus,NDV),NDV JSXZ株F蛋白的潜在B细胞抗原表位,并比较其与疫苗株La Sota抗原表位的差异,同时对F基因序列进行分析。综合预测显示:NDV JSXZ株F蛋白预测抗原表位有23处;La Sota F蛋白预测抗原表位分别有19处。与La Sota F蛋白相比,NDV JSXZ毒株在222~228、260~267、308~314、401~413位氨基酸处多出4处抗原表位,而在29~37、104~113、482~488位氨基酸有3处抗原表位不同。其中29~37、104~113aa这2处抗原表位位于裂解位点之前,可能对病毒蛋白水解酶的敏感性、毒力等造成影响。应用Protein-TM-Plot软件预测到NDV JSXZ株F蛋白有3个跨膜区域,分别位于9~27,115~143,497~525位氨基酸处,与La Sota株的三个跨膜区位置接近。结果提示,NDV JSXZ株F蛋白与La Sota株F蛋白相比,可能具有相近或更强的抗原性。 相似文献
19.
以免疫信息学和反向疫苗学为理论根据，利用RT-PCR法获得了猪水泡病病毒（SVDV）HK／70株的基因组序列并测序，应用生物信息学相关软件和方法，对SVDV结构蛋白的二级结构的不同方面及其抗原特异性淋巴细胞表位进行了预测，综合评价了SVDV结构蛋白的抗原特异性细胞表位，并计算出一些潜在的抗原位点。结果表明，VP1蛋白含有的细胞优势抗原表位最多，但其他结构蛋白也含有抗原特异性淋巴细胞表位，有的甚至有可能成为优势抗原表位或对优势抗原表位有协同作用。 相似文献
20.
【目的】分析猪源戊型肝炎病毒(Swine hepatitis E virus, sHEV)4型ORF2蛋白的结构和功能,筛选具有保护性抗原的基因片段并表达蛋白,为研究其作为潜在保护性抗原提供候选蛋白。【方法】对sHEV 4型ORF2蛋白进行生物信息学分析,选取具有潜在保护性抗原蛋白的基因片段ORF2(128/140),通过PCR扩增、酶切后克隆至昆虫细胞表达载体,转染sf9细胞,通过Western blotting鉴定分析表达蛋白p128/p140。【结果】生物信息学分析显示,sHEV 4型ORF2蛋白存在2个稳定蛋白：p128和p140,分别含有496和476个氨基酸,二者皆为稳定蛋白,无跨膜区,蛋白二级结构主要以无规则卷曲为主。p128蛋白有11个T细胞表位、21个B细胞表位;p140蛋白有14个T细胞表位、18个B细胞表位。成功构建ORF2(128)、ORF2(140)2个基因的昆虫细胞表达载体,转染sf9细胞后经Western blotting检测发现,表达蛋白可被His标签单抗、sHEV抗体阳性血清识别。【结论】试验发现2个sHEV具有潜在保护性抗原的p128和p140蛋白,... 相似文献