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《畜牧与兽医》2019,(12):9-14
采用PCR测序技术对梅山猪线粒体基因组进行测序,并对其特征进行分析。结果表明,梅山猪线粒体基因组序列全长16 730 bp,包含13个蛋白编码基因,2个rRNA,22个tRNA和1个非编码控制区(D-loop);蛋白编码基因起始密码子分别为ATA(ND2、ND3和ND5),GTG(ND4L),剩余均为ATG,终止密码子分别为TAG(ND1、ND2)、AGA(CytB)、TAA(COX1、ATP8、ATP6、ND4L、ND5和ND6),其余为不完全密码子T;22个tRNA中除tRNA-Ser(AGY)缺少DHU臂外,其余tRNA均可形成典型三叶草结构;线粒体控制区全长1 294 bp,包括26个串联重复序列(CGTGCGTACA),以及TAS-3、TAS、OH、CSB-1、CSB-2、CSB-3和LSP等保守框。采用MEGA X最大似然法基于线粒体全序列构建进化树,梅山猪(小型)与陆川猪最为相近。 相似文献
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《中国家禽》2015,(18)
采用PCR方法测定家养山鸡线粒体基因组全序列并进行数据分析。结果显示,家养山鸡线粒体基因组序列全长16 694 bp,共有13个蛋白质编码基因、2个rRNA基因、22个tRNA基因和1个D-Loop区。基因组的组成、顺序、编码链的选择、tRNA的结构都与绝大多数鸟类相同或相近。家养山鸡线粒体基因组碱基组成分别为A 30.62%、T 25.27%、C 30.87%、G 13.24%,总(A+T)含量为55.89%。除COⅠ基因的起始密码子是GTG,其余12个蛋白质编码基因的起始密码子都是ATG。tRNA基因核苷酸长度为65~78 nt,12 S rRNA和16 S rRNA基因分别为966 nt和1 621 nt。 相似文献
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带属绦虫线粒体基因组全序列生物信息学分析 总被引：2，自引：0，他引：2
通过利用生物生物信息学方法分析带属绦虫线粒体DNA(mtDNA)碱基组成、基因结构、密码子利用、基因变异及其在分子系统进化研究中的应用价值等,以期为带属虫种线粒体功能基因组学研究、分子分类学研究及其疾病诊断提供重要依据。从NCBI GenBank中下载已测序的6种带属绦虫线粒体基因组(mt genome)全序列,以细粒棘球绦虫mtDNA序列作为参考序列(外群),用ClustalX软件(1.83)(http://www2.ebi.ac.uk/clustal w/)进行多重序列比对,用DNAStar软件进行序列差异性分析,用MEGA4软件的邻接法(Neighbor-joining method)构建进化树,核苷酸进化距离算法用最大似然法(Maxi mumlikelihood method),氨基酸进化距离算法用泊松校正法(Poissoncorrection method),进化树检验用自展法(Bootstrap test)。tRNA和2个非编码区RNA二级结构预测分别使用软件ARWEN和RNAstructure Version 4.6。结果显示,带属绦虫mtDNA为双链闭环分子,为13.3~13.7 kb;4种碱基成分中,T含量最高(超过47%),C含量最低(低于9%);共有36个按照相同顺序排列的编码基因,其中蛋白质编码基因有12个,tRNA编码基因有22个(其中编码丝氨酸-tRNA和亮氨酸-tRNA的基因有2个,其余18种tRNA分子各有1个),rRNA编码基因有2个(包括1个大亚基和1个小亚基)。基因组结构紧凑,基因间存在重叠区域,如nad4L和nad4基因;除广泛使用ATG作为起始密码子编码蛋氨酸,部分基因如多头绦虫nad6基因用GTG作为蛋白质翻译的起始密码子。线粒体tRNA长度为58~76 nt,二级结构多数呈典型的三叶草结构,少数呈D-loop结构;2个线粒体rRNA亚基基因rrnL和rrnS被trnC基因分隔开;线粒体基因组有2个大的非编码区,1个长非编码区(LNR)和1个短非编码区(SNR);线粒体基因组中蛋白编码基因之间的差异为5.7%~28.9%,其中cox1和nad4L基因比较保守,而nad5和nad6则变异较大,进化较快。结果表明,根据线粒体基因组序列绘制的带属绦虫分子进化树表明,亚洲带绦虫(T.asiatica)和牛带绦虫(T.saginata)间的亲缘关系最近,成为姊妹种,而多头绦虫(T.multiceps)与前两者的亲缘关系比猪带绦虫(T.solium)与前两者的关系更近,但与虫种的生物学特征存在一定差异。 相似文献
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白唇竹叶青蛇(Trimeresurus albolabris)是亚洲竹叶青毒蛇之一,主要分布在东亚和东南亚。为研究海南岛产白唇竹叶青蛇线粒体基因,测定了采自海南文昌的个体线粒体基因组全序列,并与近缘物种进行比较。结果显示,其环状基因组全长17222 bp,包含13个蛋白质编码基因、22个转移RNA基因、2个核糖体RNA基因、2个控制区和1个L-链复制起源。总碱基组成为33.4%A,27.0%T,27.3%C,12.3%G,除8个tRNA基因和ND 6亚基基因在轻链上编码的外,其余基因均分布在重链上。此序列与其他产地的白唇竹叶青蛇相似度为99.61%,与其他竹叶青蛇相似度大于88%,与原矛头蝮蛇相似度大于85%。 相似文献
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为了解查吾拉牦牛（Bos grunniens）线粒体全基因组结构,对查吾拉牦牛线粒体基因组进行了PCR扩增并测序、组装及注释。结果表明,查吾拉牦牛完整的线粒体DNA为环状分子,全长16 323 bp,其核苷酸组成分别为：A占33.71%,T占27.30%,C占25.78%,G占13.21%,A+T含量为61.01%。总体组成包括22个tRNA基因,2个rRNA基因,13个蛋白编码基因（ND1～ND6、ND4L、COX1～COX3、ATP6、ATP8和CYTB）,以及1个非编码控制区（D-loop）。ND6和8个tRNA基因（tRNA-Ser、tRNA-Pro、t RNA-Glu、t RNA-Tyr、tRNA-Cys、tRNA-Asn、tRNA-Ala和tRNAGln）均编码在轻链上,其余基因编码在重链上。系统发育分析结果表明,查吾拉牦牛与娘亚牦牛亲缘关系较近。综上所述,查吾拉牦牛线粒体基因组全序列可用于进一步研究其起源进化和育种改良。 相似文献
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《畜牧兽医学报》2017,(3)
本研究旨在获得四川麻鸭线粒体DNA基因组全序列(mtDNA),为该遗传资源的保护与利用提供参考。研究参照近缘物种线粒体基因组序列,用Primer 6.0设计引物16对,采用PCR克隆测序技术获得四川麻鸭mtDNA基因组序列。结果表明,四川麻鸭mtDNA基因组全长16 604bp,碱基组成为A(29.19%)、C(32.82%)、G(15.79%)、T(22.20%),包含22个tRNA基因、2个rRNA基因、13个蛋白质编码基因和1个非编码控制区(Dloop区)。使用在线软件tRNAscan-SE1.21和RNA structure5.6分析发现,22个tRNA基因是标准的4个恒定臂的三叶草二级结构。对四川麻鸭mtDNA基因组D-loop区序列分析发现含有Poly(c)、TAS、E-box、F-box、D-box、Bird-similarity box及CXB1保守框。用MEGA6.0,采用N-J法基于线粒体D-loop区和全序列做进化树,发现四川麻鸭与隆盛鸭血缘关系最近。 相似文献
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家蚕线粒体基因组1.8kb片段的克隆及序列分析 总被引：2，自引：0，他引：2
克隆并测定了家蚕 (Bombyxmori)线粒体基因组 1781bp的EcoRⅠ和HindⅢ双酶切片段序列 ,根据序列同源性比较 ,推测该DNA片段包括 :ND1基因、16SrRNA基因 3′端、tRNALeu(UAG)基因和一个尚待确定的tRNA基因。家蚕与果蝇ND1基因序列同源性约为 81 85 % ,16SrRNA基因 3′端序列同源性约为 74 5 %。在家蚕、果蝇、蜜蜂、蝗虫、卤虫和人 6个物种中 ,线粒体ND1编码的疏水性氨基酸比例较稳定 ,显示了ND1基因的保守性。对上述 6个物种ND1基因序列和 16SrRNA基因 3′端序列进行系统进化分析 ,构建了系统进化树。 相似文献
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针对带绦虫线粒体DNA的ND1基因设计引物扩增目的基因,使用基因分析软件Larsergene V7.1与GenBank已知带绦虫基因进行比对分析。实验成功扩增泡状带绦虫甘肃地区虫株X2线粒体基因组的ND1基因。分析结果显示,泡状带绦虫ND1基因种间不同虫株的基因同源性均在98.8%~99.5%之间,ND1基因推导的氨基酸序列与其他泡状带绦虫的蛋白同源性均在98.5%~99.2%之间,其中与四川地区的虫株同源性均达到了99.2%。推断泡状带绦虫线粒体DNA的ND1基因相对保守,与Taenia sp. AL-2012、Taenia regis和猪带绦虫差异较明显,最高只有91.3%,可以作为泡状带绦虫的初步鉴别基因。 相似文献
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核线粒体假基因(NUMT)是线粒体DNA插入到核基因组中的DNA片段。目前,已经发现越来越多的真核生物基因组存在线粒体假基因现象。猪线粒体假基因在核基因组中的分布尚未见报道。研究通过猪线粒体基因组全序列与核基因组全序列进行比对,由BLAST程序鉴别出132个NUMT。结果表明:这些NUMT的大小在37～4 453bp,其中90%的NUMT长度处于40～1 000 bp的范围内,NUMT与相应的线粒体DNA片段之间的同源性数值范围为66%～100%。此外,鉴定出的NUMT序列几乎涵盖了包括线粒体DNA控制区在内的全部线粒体基因组,包括30个完整的线粒体基因,分布于猪的1、4、5、7、11、13、14、15、17号染色体上,近50%的NUMT定位在14号染色体上。 相似文献
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《黑龙江畜牧兽医》2016,(13)
为了构建宁乡猪生长激素(GH)真核表达系统,并转染非洲绿猴肾细胞系(Vero)观察其表达情况,试验选用宁乡猪脑垂体组织总RNA反转录获得的c DNA为模板,克隆宁乡猪生长激素(nxGH)基因序列,将其定向插入p CI载体构建重组质粒p CI-GH,并将增强型绿色荧光蛋白(EGFP)基因酶切后连入质粒p CI-GH中,构建真核表达载体p CI-GH-EGFP。将该重组质粒在脂质体作用下转染Vero细胞,倒置荧光显微镜下观察到GH-EGFP融合蛋白可稳定表达。结果表明:宁乡猪生长激素基因编码区序列含有1个由651个核苷酸组成的开放阅读框(ORF),编码216个氨基酸残基。 相似文献
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基于mtDNA ND1基因的家蚕进化分析 总被引：1，自引：0，他引：1
对中国青州野桑蚕mtDNA中ND1基因进行了克隆和序列分析。结果显示,野桑蚕ND1基因全长为933bp,编码310个氨基酸残基,A+T含量较高,达78.7%;同源性分析显示,不同来源的家蚕和野蚕ND1基因在核苷酸水平和氨基酸水平具有很高的相似性;以ND1基因的核苷酸序列及氨基酸残基序列进行了家蚕及野桑蚕的分子进化分析,进一步证明家蚕起源于中国野桑蚕。用mtDNA的ND1基因的核苷酸序列Blast家蚕的基因组序列,发现家蚕基因组中存在与ND1基因部分区域同源的序列,表明家蚕基因组中存在起源于线粒体的假基因。 相似文献
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为了明确羊蛔虫的分类学地位,本研究首先对羊蛔虫的线粒体基因组全序列进行测定和分析,并基于其蛋白编码基因序列构建了种系发育关系。结果表明,羊蛔虫的线粒体基因组序列全长14 288bp,编码36个基因,包括12个蛋白质编码基因(cox1-3、nad1-6、nad4L、atp6和cytb)、22个tRNA基因、2个rRNA基因和2个非编码区,其与人蛔虫和猪蛔虫的线粒体基因组核苷酸序列的相似性分别为98.7%和98.2%,种系发育树显示,羊蛔虫、人蛔虫和猪蛔虫位于同一进化支,亲缘关系很近。这些研究结果提示羊蛔虫、人蛔虫和猪蛔虫可能属于同一物种。本研究为羊蛔虫在分类、演化、分子流行病学和控制等方面的基础研究提供了基本数据。 相似文献
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蓖麻蚕线粒体cox2基因的克隆、序列测定和分子系统学分析 总被引：1，自引：1，他引：0
利用兼并性引物克隆出蓖麻蚕线粒体cox2基因、tRNA Leu基因和cox1基因的部分片段。cox2基因编码框包含 6 85个核苷酸 ,编码 2 2 8个氨基酸的蛋白质 ;起始密码子为ATG ,终止密码子仅有 1个T组成 ;蓖麻蚕mtDNA的cox2基因中富含AT ,含量为 75 77% ,GC的含量为 2 4 2 3%。通过同源性比较 ,发现蓖麻蚕的cox2与柞蚕cox2同源性最高 ,核苷酸和氨基酸序列同源性分别是 89 0 %和 96 0 %。根据cox2氨基酸序列进行了 12种昆虫的分子系统学分析探讨。 相似文献
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依据鸡白细胞介素2（chIL-2）全基因组序列设计引物探针,以简易基因组抽提法获得的鸭外周血单核细胞基因组DNA为模板,用长距离聚合酶链式反应（LD-PCR）扩增出鸭白细胞介素2（duIL-2）全基因片段。经序列测定,得到的duIL-2基因组DNA序列全长为3528bp。运用生物信息学方法对duIL-2的基因、启动子结构和cDNA序列编码的成熟蛋白进行系统分析,结果表明,duIL-2基因具有典型的4个外显子和3个内含子结构,和已知禽类及哺乳类同系物基因总体结构具有明显的相似性。鸭和鸡及其他哺乳动物IL-2基因的启动子序列具有显著的保守性,都具有AP-1、NF-AT、CD28RE、OCT、TATAbox转录起始因子结合位点和预测的转录起始位点。duIL-2cDNA序列编码的成熟蛋白进化分析表明,鸭和鹅的亲缘关系最近,和哺乳动物的亲缘关系较远,显示出明显的种属差异。 相似文献
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【目的】利用单碱基编辑器在宁乡花猪肌肉生长抑制素(myostatin,MSTN)基因第2外显子处引入终止密码子,以获得MSTN基因表达沉默的肾成纤维细胞系,为后期培育MSTN碱基编辑猪奠定基础。【方法】首先在MSTN基因的第2外显子处设计1条单向导RNA (single guide RNA,sgRNA),将其连接至pMLM3636-puro质粒,形成重组表达载体pMLM3636-puro-MSTN,与含有红色荧光碱基编辑器YE1-BE3-FNLS共转入宁乡花猪肾成纤维细胞中,在红色荧光和嘌呤霉素双筛选条件下,挑取单克隆细胞,测序验证后,分析阳性单克隆细胞的蛋白表达情况。【结果】在MSTN基因第2外显子处发生了碱基定点突变,目标位点的氨基酸序列由色氨酸(TGG)转变成终止密码子(TAA),且G→A突变率为5.5%。Western blotting检测结果表明,试验组10号单克隆细胞的MSTN蛋白表达量与野生型相比降低了60%。【结论】本研究运用单碱基编辑技术在宁乡花猪MSTN基因编码区引入终止密码子,使翻译提前终止,导致蛋白表达量显著降低,为后期MSTN基因碱基编辑猪的生产奠定基础。 相似文献
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新城疫病毒(Newcastle Disease Virus,NDV)的跨种间传播机制是近年来研究的热点.选择NDV鹅源毒株ZJ1、SF02以及鸡源株、鸽源株和疫苗株La Sota株的全基因组序列,对其6个结构蛋白基因编码区序列运用SMS和CodonW软件进行了密码子使用分析,同时从物种密码子数据库获得鹅、鸡的密码子使用数据.与NDV基因组密码子使用情况进行比较.结果显示:鹅源、鸡源、鸽源与疫苗株NDV的基因组密码子使用情况基本一致;基因组密码子使用的偏向性较小,全基因组ENC值为57,6个编码基因的NEC值从54～60不等;基因组在密码子使用上存在28个优先使用的密码子,其中8个为高频使用密码子.鹅源NDV与鹅、鸡密码子使用偏性基本一致,仅5～6个密码子存在差异. 相似文献
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为从分子水平上探究中国地方猪种遗传多样性和分类地位,本试验采用生物信息学方法比较了6个类型共22个中国地方猪种的线粒体基因组全序列,分析了其多态性,并构建了6个类型猪种线粒体D-loop区单倍型的网络中介图以及基于线粒体D-loop序列、Cytb基因、完整编码区序列的系统进化树。结果表明,6个类型22个猪种中共检测到了144个多态位点,22种单倍型,说明地方猪种具有丰富的遗传多样性;地方猪线粒体基因组序列中核苷酸变异以转换为主,且Ti/Tv大于转换/颠换比临界值（2.0）,变异位点均符合中性突变。6个类型猪种间遗传距离均较小,且有共享单倍型。系统进化树结果表明,6种类型地方猪种主要聚为两个支系。表明线粒体D-loop序列及Cytb基因均可作为研究种内系统发育、起源进化的分子标记。 相似文献
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箭筈豌豆(Vicia sativa)是自花授粉的二倍体一年生豆科牧草,可为我国高海拔地区的反刍动物提供优质蛋白粗饲料。以"兰箭3号"春箭筈豌豆为研究对象,采用DNase I法纯化叶绿体,利用第二代高通量测序平台Illumina Hiseq2000进行测序,并对"兰箭3号"叶绿体全基因组序列的结构特征进行分析。结果表明,"兰箭3号"叶绿体基因组仅包括一个单拷贝的反向重复序列,其叶绿体全基因组大小为121 883bp,共编码了109个基因,包括4个核糖体RNA(rRNA)基因,29个转运RNA(tRNA)基因,75个蛋白质编码基因和1个假基因。"兰箭3号"在叶绿体基因组结构、基因种类、排列顺序上与其它豆科植物基本一致。其叶绿体全基因组序列已在GenBank注册,序列号为KU053796。"兰箭3号"叶绿体全基因组测序的成功为叶绿体分子生物学研究奠定了基础,并可有效地促进箭筈豌豆遗传育种和分子进化研究。 相似文献