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1.
猪德尔塔冠状病毒荧光定量PCR检测方法的建立 总被引：1，自引：0，他引：1
根据GenBank登录的猪德尔塔冠状病毒(PDCoV)毒株序列设计特异性引物,建立了检测PDCoV的实时荧光PCR方法。该方法在标准品浓度2.49×10~8~2.49×10~2 copies/μL范围内线性关系良好;特异性试验显示,其他几种常见猪病病毒未见典型扩增曲线;敏感性试验显示,最低检测下限为24.9 copies/μL;重复性试验显示,批内和批间变异系数小于3%。用该方法检测62份猪腹泻粪便样品,相比常规PCR方法,前者的检出率更高;两种方法检测1 168份进境活猪粪便拭子样品,结果均为阴性。结果表明,本研究所建立的方法适用于国内猪场的PDCoV的检测和进境活猪的监控检测,也可作为PDCoV的诊断及分子流行病学调查的技术手段。 相似文献
2.
建立一种快速、特异鉴别检测猪圆环病毒2型(PCV2)和猪圆环病毒3型(PCV3)的双重TaqMan MGB探针FQ-PCR方法,本研究以PCV2的Rep蛋白和PCV3的Cap蛋白基因作为靶基因,各设计1对特异性引物和1条TaqMan MGB探针,经优化各反应条件和进行敏感性、特异性、重复性和干扰性试验,建立鉴别检测PCV2/PCV3的双重FQ-PCR方法。结果显示：该方法可特异性扩增PCV2、PCV3核酸,与猪伪狂犬病病毒(PRV)等8种病原及阴性对照无交叉反应,特异性较强;对PCV2和PCV3阳性质粒标准品的最低检出限均可达10 copies/μL,敏感性较高;PCV2/PCV3批内/批间重复试验变异系数(CV)值均在3%以下,表明方法稳定性、重复性较好;干扰性试验表明在两种病毒阳性质粒起始模板相差较大时该方法不会影响对其中任一病毒核酸的检出和准确定量。对42份临床疑似PCV感染样品检测结果与PCV2 、PCV3基因测序结果符合率100%。本研究建立的双重FQ-PCR方法具有敏感性高达10 copies/μL、特异性强、在同一反应体系中能同时快速鉴别检测PCV2、PCV3等优点,可用... 相似文献
3.
为建立可同时鉴别检测非洲猪瘟病毒(ASFV)以及猪圆环病毒2型(PCV2)、3型(PCV3)的三重PCR方法,根据GenBank中登录的ASFV、PCV2、PCV3相关基因保守序列,分别设计合成特异性引物,通过对引物浓度、退火温度、循环数等反应条件进行优化,建立了针对3种病原的三重PCR检测方法,并开展了敏感性、特异性及重复性试验。结果显示:引物最佳终浓度为0.375 pmol/μL,最佳退火温度为61℃,最佳循环数为35;该方法对ASFV、PCV2、PCV3的扩增目的条带分别为873、530和217 bp,对猪细小病毒和伪狂犬病病毒的扩增结果均为阴性;对ASFV、PCV2、PCV3重组质粒标准品的检出下限均为1×104 copies/μL;相同条件下重复性试验获得均匀一致的结果。结果表明,本研究建立的三重PCR检测方法具有特异性强,敏感性及重复性好等优点,可用于ASFV、PCV2和PCV3感染的快速鉴别诊断及流行病学调查。 相似文献
4.
《现代畜牧兽医》2017,(5)
本研究建立了检测牛副流感病毒3型的SYBR Green Ⅰ Q-PCR方法。根据Gen Bank发表的BPIV3序列进行对比分析,选取P基因上保守区域设计特异性引物。优化反应体系,建立Q-PCR检测方法,并对该方法的特异性、敏感性和重复性进行验证。结果显示,构建的标准曲线在10~4~10~8copies.μL~(-1)内具有较好的线性关系,相关系数达到0.998,斜率为-3.370,Q-PCR扩增效率为98%。特异性试验中,利用该方法对BPIV3a及BPIV3c进行检测为阳性,对牛疱疹病毒I型、牛病毒性腹泻病毒进行检测,结果呈阴性。敏感性试验中,该方法对标准品的最小检出量为1.0×10~3 copies.μL~(-1)。重复性试验中,Ct值变异系数均小于1.0%。表明SYBR Green Ⅰ Q-PCR法能够快速地对病原进行诊断,该方法具有较强的特异性、良好的敏感性及重复性,为实验室诊断及定量分析提供了更快速、稳定、可靠的方法。 相似文献
5.
根据A型流感病毒基质蛋白（matrix protein,M）基因保守序列设计并合成特异性引物和TaqMan BHQ探针,建立快速检测A型流感病毒的实时荧光定量RT-PCR方法。通过RT-PCR方法克隆A型流感病毒M基因靶序列并将其连入pMD-18T载体,制备阳性标准品,优化反应条件,以10倍系列稀释的标准品绘制标准曲线,其相关系数为0.998。检测结果显示,该方法的灵敏度可达10 copies/μL或1 EID50病毒且特异性良好,除A型流感病毒外,对猪繁殖与呼吸综合征病毒、猪瘟病毒、猪圆环病毒2型、猪输血传播病毒检测结果均为阴性。该方法重复性好,批内和批间变异系数均小于3%。对40份实验感染样品的检测结果表明,该方法与病毒分离结果一致,比常规RT-PCR检测方法灵敏度更高,特异性更强。 相似文献
6.
《中国预防兽医学报》2021,(4)
为建立猪流行性腹泻病毒(PEDV)的荧光定量RT-PCR检测方法,本研究参照已有的研究报告,对PEDV ORF3基因序列进一步比较优化,选择PEDV ORF3更为保守的序列设计引物,经PCR扩增目的片段后构建了PEDV ORF3基因的重组质粒标准品pMD18-T-ORF3,以其为模板,经反应条件优化,建立了基于PEDV ORF3基因的SYBR Green I荧光定量RT-PCR检测方法。结果显示,以重组质粒标准品构建的标准曲线的相关系数为0.9982,Ct值与质粒标准品在102拷贝/μL～1010拷贝/μL范围内具有良好的线性关系。该方法除对PEDV检测结果为阳性外,对猪传染性胃肠炎病毒、猪轮状病毒、猪德尔塔冠状病毒、猪圆环病毒3型和猪繁殖与呼吸道综合征病毒核酸扩增结果均为阴性,特异性强;该方法对重组质粒标准品的检测下限为102拷贝/μL,比普通RT-PCR灵敏100倍,敏感性高;批内和批间重复试验的变异系数均小于5%,重复性好。临床样品的检测结果显示,本研究建立的荧光定量RT-PCR检出阳性样品22份,而常规RT-PCR仅检出16份阳性样品,二者的符合率为82.86%。本研究建立的荧光定量RT-PCR方法特异性强、灵敏度高、重复性好,对PEDV的快速及定量检测具有重要意义。 相似文献
7.
崔雨葳 《养殖与饲料．饲料世界》2020,(5):82-84
为了提高猪口蹄疫病毒诊断准确性,针对口蹄疫病毒的3D基因建立了FMDV的xTAG检测方法。根据3D基因序列设计特异引物,上游引物5’端加TAG序列,下游引物5’端加生物素,进行PCR扩增,扩增产物与荧光编码微球和SA-PE杂交,在Luminex 200检测仪上读数。用所建立的MFIA xTAG检测方法进行特异性、灵敏度、重复性及病料样品的检测。结果表明,该方法的特异性强;检测的敏感性可达1×10~2 copies/μL;批内、批间的变异系数都在3%以下;检测结果与SYBR Green I荧光PCR方法100%相符。表明建立的液相基因芯片方法特异性好、灵敏度高、重复性好,可用于猪口蹄疫病毒的检测。 相似文献
8.
《中国预防兽医学报》2018,(11)
为建立鉴别检测戊型肝炎病毒(HEV)各基因型的方法,本研究基于HEV1、HEV3和HEV4的基因组序列,设计一对保守扩增引物和3条型特异性探针,通过体系优化,建立了用于鉴别检测不同型HEV感染的多重荧光定量PCR方法,并以绿色荧光蛋白(EGFP)为内部质控,确保整个诊断流程的准确和有效。特异性试验结果显示该方法仅对HEV扩增为阳性,而对甲型肝炎病毒、乙型肝炎病毒、疱疹病毒、猪瘟病毒、猪流行性腹泻病毒等核酸扩增均为阴性,特异性好。敏感性试验结果显示,该方法对HEV 1、HEV3和HEV 4的最低检测限均为50个基因组拷贝/反应,敏感性高。分析表明一步法多重荧光定量PCR对不同浓度的HEV 1、HEV3和HEV4重复性试验的变异系数均小于4%,表明该方法具有良好的检测重复性和稳定性。对采集自浙江、安徽、江西、上海和福建省等地区的猪粪便、猪血清和人血清等临床样品进行检测,其结果与传统套式PCR及测序的鉴定结果一致,表明该多重荧光定量PCR对于临床样品的检测具有高准确性,可用于临床HEV隐性感染或早期感染的快速检测。本研究为该病的有效治疗奠定基础。 相似文献
9.
采用PCR方法扩增PPV6保守区域基因252bp,将其克隆到pClon007载体,构建重组质粒作为标准阳性质粒。以质粒模板建立PPV6的SYBR GreenⅠreal-time PCR检测方法,并进行敏感性、特异性和重复性等验证。结果表明,重组质粒特异性好;建立的real-time PCR方法Ct值与标准品模板在8.80×109~8.80×101 copies/μL范围内呈良好的线性关系,相关系数为0.993,斜率为-4.320。该方法检测灵敏度可达8.80×101 copies/μL。该方法对JEV、PRV、PRRSV、PCV2、FMDV等猪常见病原检测均无特异性扩增;对临床样品的检测结果表明,所建立的荧光定量PCR阳性检测率为40.63%。本试验成功建立了PPV6SYBR Green I real-time PCR检测方法,可实现对PPV6快速灵敏的诊断。 相似文献
10.
TaqMan荧光定量PCR检测猪流行性腹泻病毒方法的建立与初步应用 总被引：2，自引：0，他引：2
根据GenBank中公布的猪流行性腹泻病毒Ⅳ基因序列,设计了一对特异性引物和探针,扩增长度为186bp的片段。以克隆Ⅳ基因的质粒作为阳性标准品,建立了一种快速检测猪流行腹泻病毒含量的TaqMan荧光定量PCR方法。该方法在10^9-10^1copies／μL范围内具有良好的线性关系,可检测到初始模板中10copies／μL的质粒DNA,以猪圆环病毒、猪乙脑病毒、猪瘟病毒、猪繁殖与呼吸综合征病毒、猪伪狂犬病毒和猪细小病毒为模板时,均检测不到荧光信号,而重复性实验中其变异系数均小于2％,表明此方法具有很好的特异性和重复性。应用此方法对采集的60份,陆床样品进行检测,其阳性检出率为92％,而用常规RT-PCR方法进行检测,阳性检出率仅为80％。表明荧光定量RT-PCR方法的敏感性明显高于常规PcR检测方法。 相似文献