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隐孢子虫不同基因型P23基因的克隆及序列比较 总被引：2，自引：1，他引：1
为克隆隐孢子虫不同基因型子孢子表面抗原P23基因,比较其序列差异,提取上海地区分离的隐孢子虫鼠基因型(Cryptosporidiummouse genotype)、隐孢子虫兔基因型(Cryptosporidiumrabbit geno-type)、隐孢子虫猪基因型Ⅱ(Cryptosporidiumpig genotypeⅡ)总RNA,经RT-PCR扩增P23基因,克隆到pMD18-T载体中,进行序列测定,并与GenBank上下载的微小隐孢子虫(Cryptosporidium parvum)序列进行同源性比对。结果显示,从隐孢子虫3个基因型中均扩增出了P23基因。与微小隐孢子虫P23基因核苷酸序列比较,隐孢子虫鼠基因型、兔基因型、猪基因型ⅡP23基因同源性分别为97.6%、97.3%、97.3%,氨基酸序列同源性分别为97.3%、97.3%和96.4%。获得了隐孢子虫鼠基因型、兔基因型、猪基因型Ⅱ子孢子表面抗原P23基因。 相似文献
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欧美散养鸡感染的弓形虫基因型研究进展 《畜牧与饲料科学》2015,36(11):112-112
鸡在弓形虫病的传播中起重要作用,食入感染了弓形虫的鸡肉可以影响到人类和其他动物的健康。弓形虫在遗传上有多样性,弓形虫的毒力和致病力与基因型相关,不同地区的鸡感染弓形虫的基因型不同。对欧美散养鸡感染的弓形虫基因型进行了综述,以期对鸡肉制品的安全供给和弓形虫病的防治提供帮助。 相似文献
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为调查南京地区犬细小病毒(canine parvovirus,CPV)基因型分布情况,采集南京市某宠物医院2012—2019年犬细小病毒病患犬粪便43份作为检测病料,通过PCR扩增犬细小病毒VP2基因片段,并将扩增产物测序,分析CPV基因型。结果显示,43份病料皆扩增出目的片段,经测序后使用MegAlign软件与GenBank中犬细小病毒已知基因型对比分析,其中New-CPV-2a基因型为26株,占60.5%;New-CPV-2b基因型为9株,占20.9%;CPV-2c基因型为8株,占18.6%。研究结果表明,南京地区近年来犬细小病毒基因型发生了很大的变异,以New-CPV-2a为优势基因型,同时存在New-CPV-2b和CPV-2c基因型。本研究为南京地区预防和治疗犬细小病毒病提供理论依据。 相似文献
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基因型填充策略研究 总被引：1，自引：1，他引：0
基因组数据在畜禽遗传育种中的应用越来越广泛，基因型填充作为基因组数据处理的重要工具，填充结果的好坏直接影响后续分析，为了得到好的填充结果，需要制定完善的填充策略。本研究通过模拟数据探讨参考群体大小、目标群体与参考群体间遗传关系（距离）远近、目标位点数目（比例）、最小等位基因频率以及填充算法等因素对基因型填充效果的影响。结果表明，目标位点数目与填充效果呈显著的正相关（P<0.05），是影响基因型填充准确性的主要因素；参考群体大小是影响Beagle5.1填充错误率的主要因素，目标位点数目是影响Minimac4填充错误率的主要因素；目标群体和参考群体的遗传距离对Beagle5.1填充效果的影响较Minimac4更为显著；一般情况下，最小等位基因频率越高的位点填充错误率越高；在参考群体个体数量少且目标位点数目多的情况下，Minimac4的填充速度优于Beagle5.1，但随参考群体个体数目增加有逆趋势。在保证填充质量的前提下，Beagle5.1对本研究中几种因素的标准要求相对较低。相对地，当目标群体位点数目较低，参考群体个体数目较多时，Beagle5.1的填充效果更好，而Minimac4更适合参考群体个体数目较少，目标群体位点数目较高的填充中。本研究针对不同的填充目的制定了不同策略，为基因型填充标准提供了参考。 相似文献
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本研究旨在了解我国猪群中流行的多杀性巴氏杆菌(Pm)的主要基因型。利用荚膜基因分型、脂多糖(LPS)基因分型、多位点序列分型(MLST)对2013年12月—2017年12月4年间来源于我国各地区规模化猪场患有疑似呼吸系统疾病的病死猪肺、鼻拭子、气管、肝等样品中分离鉴定的Pm进行基因型分析,并对23种主要毒力基因进行检测。结果表明,当前在我国猪群中流行的Pm的荚膜基因型为A(48.85%)、D(42.75%)、F(2.67%),优势基因型为A和D;LPS基因型为L3(25.00%)和L6(75.00%)型,优势基因型为L6;MLST基因型为ST3(21.25%)、ST10(27.50%)、ST11(42.50%)、ST12(2.50%)、ST16(2.50%)、ST74(1.25%)及ST75(2.50%),优势基因型为ST3、ST10和ST11。如果将荚膜基因型、LPS基因型和MLST基因型组合起来看,当前在我国猪群中流行的Pm的主要基因型为荚膜:脂多糖:MLST基因型A:L3:ST3(20.00%)、A:L6:ST10(26.25%)及D:L6:ST11(42.50%)。毒力基因检测的结果发现部分毒力基因的分布表现出一定的"基因型偏好性"。结果提示,D:L6:ST11是我国猪群中流行的多杀性巴氏杆菌的主要基因型,可能与我国猪群中由多杀性巴氏杆菌导致的呼吸道疾病密切相关。 相似文献
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鸡A-FABP基因不同基因型遗传效应及初步验证 总被引：1，自引：0，他引：1
本研究旨在探讨影响鸡肌内脂肪性状的重要候选基因A-FABP的不同基因型遗传效应,并进行初步验证,为进一步开发利用脂肪性状的有效分子标记提供依据。运用PCR-SSCP技术检测如皋鸡A-FABP基因的单核苷酸多态性(SNPs),并分析其与胸肌脂肪含量之间的关系;同时采用荧光定量PCR技术检测后代分离群体不同基因型的时空表达规律,进行不同基因型遗传效应的初步验证。研究表明,如皋鸡A-FABP基因外显子3中1 763位点存在A/G突变,引起Ser(AA型)突变为Asn(BB型);不同基因型对12周龄如皋鸡胸肌脂肪含量的关联分析发现,AA、AB基因型个体的IMF含量显著高于BB型个体(P<0.05),AA型IMF含量最高,为有利基因型;经后代分离群体Q-PCR证实,A-FABP基因的表达不存在性别差异,在不同组织中表达量顺序:腹脂>胸肌>心脏>肝脏;在不同时间阶段,肝脏、心脏和胸肌的表达趋势一致,4周龄时达到最高值,6～12周龄缓慢下降;而腹脂在10周龄时达到最高峰,12周龄开始下降。同一组织中不同基因型个体表达水平存在显著差异,BB基因型在所有组织中的表达量均处在较低水平,与肌内脂肪含量关联分析结果一致,从而表明BB... 相似文献
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本试验扩增了波尔山羊、南江黄羊和承德无角山羊3个品种113个个体的Callipyge基因长度为493 bp的片段。 经测序，发现一个SNP位点，第184 bp处C→T。对Callipyge限制性酶切位点（Fok I）的PCR-RFLP的多态性进行分析，在波尔山羊和南江黄羊两个品种中表现多态性，得到CC、CT和TT 3种基因型，波尔山羊群体中基因型频率分别为0.6571、0.3143、0.0286，南江黄羊群体中基因型频率分别为0.8947、0.1053、0.0000，而承德无角山羊全部为CC基因型。研究结果提示184C→T可能与山羊双肌性状有关。 相似文献
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根据欧洲型N基因、美洲型M基因和高致病性猪繁殖与呼吸综合征病毒(Porcine reproductive and respiratory syndrome virus,PRRSV)nsp2基因的各自保守序列设计特异性的引物和不同荧光标记的TaqMan荧光探针,通过优化反应体系和扩增条件,建立了能够检测欧洲型、美洲型和高致病性PRRSV的多重实时荧光定量PCR方法。该方法的重复试验表明其批内和批间的变异系数最高值分别为1.84%和1.76%;灵敏性试验表明其检测下限为10copies/μL;特异性试验表明与其他一些猪源病毒无交叉反应,具有良好的特异性;临床试验表明,该方法能够快速准确地检测出临床组织样本中美洲型及高致病性PRRSV的核酸;此外,本研究用欧洲型PRRSV质粒进一步验证了该方法可以检测出欧洲型PRRSV的目的基因。该方法的建立为不同类型的PRRSV快速检测提供了有效手段,可用于猪繁殖与呼吸综合征疫情的监测及防控。 相似文献
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旨在探究低密度液相芯片在生产实践中的实用性,降低育种成本。本试验选用了3 761头约160日龄,110 kg左右健康大白猪,随机抽取100头大白猪,根据10K芯片标记信息,从50K芯片中抽取标记生成10K芯片,作为填充群体。再从剩余群体中,分别随机抽取800、2 000、3 600个个体作为参考群体,使用Beagle 4.1软件对100头填充群体进行基因型填充至50K芯片,重复10次,以基因型一致性和基因型相关系数来评价基因型填充的准确性。结果表明,10K和50K芯片平均连锁不平衡（r2）程度为0.227和0.258,相差不大。最小等位基因频率（MAF）为0.05是基因型填充准确性的拐点,剔除掉MAF<0.05标记后,填充准确性明显升高。填充准确性随参考群体规模增大而上升,参考群由800头扩大到3 600头,填充准确性从0.90提高到0.95,10次重复的标准差也从0.006下降到0.002。对于较小的参考群体规模,染色体基因型填充准确性波动较大,随着参考群体规模增大,每条染色体填充准确性相差不大。本研究结果表明,猪液相芯片从10K填充到50K是可行的,可以大规模用于基因组选择,降低基因组选择育种成本。 相似文献
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Genomic data is more and more widely used in livestock breeding. Genotype imputation is an important tool to handle missing values in genotypic data, and the quality of imputation results directly affects the subsequent analysis. To obtain good imputation results, a comprehensive imputation strategy needs to be formulated. We studied on the effects of several factors on genotype imputation by simulation. The factors included reference population size, genetic relationship (distance) between the target population and the reference population, the number of target sites (proportion), the minimum allele frequency (MAF), and the imputation algorithm. The results showed that the number of target sites was the main factor affecting the genotype imputation, and it showed significantly positive correlation with the quality of imputation(P<0.05). The reference population size was the main factor affecting the imputation error rate in Beagle5.1. Correspondingly, the number of target sites was the main factor affecting the imputation error rate in Minimac4. Genetic distance between the target population and the reference population had a more significant effect on the imputation quality of Beagle5.1 than Minimac4. In general, the imputation error rate increased as the increases of MAF in a site. When the number of individuals in the reference population was small and the number of target sites was large, the speed of Minimac4 was superior to Beagle5.1, but there was a reverse trend as the reference population size increased. On the premise of ensuring the imputation quality, Beagle5.1 had relatively lower requirements for the above factors. In contrast, when the number of target sites was low and reference population size was large, the imputation effect of Beagle5.1 was better, while Minimac4 was more suitable for the imputation of a small reference population size and a higher number of target sites. In this study, different strategies were formulated for different imputation purposes, and the study results would provide a reference for genotype imputation. 相似文献
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4个绵羊品种双肌臀基因基因型的检测 总被引：2，自引：0，他引：2
绵羊的双肌臀(Callipyge, CLPG)基因表型为后臀肌肉增大近30%,是由位于绵羊18号染色体GTL2基因上游32.8 kb处存在1个A→G的单核苷酸多态性(SNP)标记(命名为SNP CLPG)产生的,该SNP标记的存在与CLPG表型完全吻合。通过对SNP CLPG的分子检测,期望发现CLPG基因型种羊,为今后选育肉用性状更优异的新品系奠定基础。为此,选择设计合成了1对引物,采用聚合酶链式反应-限制性片段长度多态性(PCR-RFLP)方法,分别以引进的纯种陶塞特羊、特克塞尔羊、夏洛莱羊和美利奴羊作为研究样本,进行了SNP CLPG位点的PCR检测。获得了预期的493 bp扩增片段,并检测到CLPG基因型特征性的SNP CLPG突变(A→G)。 相似文献
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为了对宁夏地区患有呼吸系统疾病的舍饲牛进行病原鉴定,试验主要利用RT-PCR方法对样品进行牛副流感3型病毒(BPIV3)M基因序列扩增,将扩增产物连接在pMD18-T载体后转化到大肠杆菌DH5α感受态细胞中进行亚克隆。通过氨苄青霉素平板筛选,将鉴定为阳性的克隆菌进行核苷酸序列测定并利用分子生物学软件与GenBank上参考序列进行同源性比对。测序结果表明,从样品中分离到了1株BPIV3,并命名为NX49,其M基因全长为1056bp;进化分析表明,NX49隶属于BPIV3C基因型,其M基因与中国山东C型分离株SD0835具有较高同源性,核苷酸同源性为99.4%;理化分析表明,该毒株对温度、酸及有机物均敏感,高温孵育下Mg2+对该病毒无保护力;血凝试验表明,NX49对豚鼠红细胞凝集效价仅为1∶4,且仅在4℃孵育时出现凝集反应。本研究成功分离得到一株BPIV3C型毒株,这将有助于中国BPIV3分子进化规律及病毒流行特点的进一步研究。 相似文献
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RAN Xu-hua ZHANG Yao CAO Si LU Yuan-he ZHANG Ling-ling LIU Yang-yang NI Hong-bo ZHU Zhan-bo WEN Xiao-bo 《中国畜牧兽医》2016,43(5):1368-1373
To identify the infection agents from Ningxia Hui Autonomous region, where feedlot cattle indicated bovine respiratory disease complex (BRDC), the M gene of the bovine parainfluenza virus type 3 was amplified by RT-PCR.The PCR product was ligated to pMD18-T vector and cloned to E.coli DH5α.The positive clones were sequenced and compared with the reference strains in GenBank by the molecular biology software.Sequence alignment results showed that a BPIV3 strain was isolated from the samples and named NX49, the M gene of NX49 included 1 056 nucleotides.Evolutionary analysis showed that the NX49 belonged to BPIV3 C genotype and shared 99.4% nucleotide identity with that of the SD0835 isolated in Shandong province.The characterization of the NX49 demonstrated that it was sensitive to temperature, acid and organic matter.The presence of Mg2+ showed no protection against the treatment at high temperature.The HA test suggested that the NX49 enables to agglutinate the guinea pig RBC at 4 ℃ and the titer was 1∶4.The study isolated a BPIV3 genotype C strain successfully, which facilitate the study of molecular evolution and epidemiology of BPIV3 in China. 相似文献