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旨在鉴定荣昌猪初产繁殖性状的重要变异位点和基因,为荣昌猪繁殖性状的遗传改良提供重要的分子标记和基因资源。本研究选取429头荣昌母猪进行猪50K芯片基因分型,经过质量控制和基因型填充后,保留35 046个SNPs用于分析。采用主成分分析法研究群体结构,利用混合线性模型(mixed-linear model, MLM)将出生年、出生月作为固定效应,将主成分值作为协变量对总产仔数、活产仔数、死胎数和初生窝重性状进行全基因组关联分析(GWAS)。结果显示,在全基因组显著水平上鉴定出2个影响荣昌猪初生窝重的SNPs和1个影响荣昌猪死胎数的SNP;在潜在显著水平上鉴定到5个影响荣昌猪总产仔数的SNPs, 3个影响荣昌猪活产仔数的SNPs和10个影响荣昌猪死胎数的SNPs。通过全基因组关联分析筛选到1个显著的SNP(SSC17:57 315 180 bp)同时影响荣昌猪总产仔数、活产仔数和初生窝重,1个显著的SNP(SSC1:279 214 647 bp)同时影响荣昌猪活产仔数和总产仔数,暗示基因在不同性状间具有一因多效性。本研究根据候选基因的相关分子生物学功能,确定BMP7基因为影响荣昌猪总产仔数... 相似文献
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近年来,高通量测序技术的规模化应用及生物信息技术的普及,极大地推动了家畜基因组学的发展,实现了分子育种标记全基因组水平的快速、精准定位,为全基因组选择育种奠定了重要基础。数千年来的驯化和选择,形成了用途多样的山羊品种,如乳用、皮用、绒用及肉用等,为人类提供了丰富的生产和生活资料。国内外学者采用高通量测序技术对山羊的遗传多样性及生产性能的遗传机制进行了研究,以期找到与山羊种质特性相关的基因,从而为山羊的遗传改良提供新的标记。作者对近五年来基于高通量测序技术研究山羊的遗传多样性和产绒、产奶、繁殖等生产性状的研究进展进行了综述,以期为评估山羊优良种质特性和与生产性状相关的优异基因定位的工作提供参考。 相似文献
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试验旨在寻找与猪产仔性状和窝内仔猪初生重整齐度显著关联的分子标记,为猪繁殖性状的遗传改良提供依据。在课题组前期进行的猪全基因组清扫分析的基础上,选定猪3号染色体上的2个SNPs位点（rs338309012和rs335824784）,利用目标序列捕获测序分型技术,在丹系大白猪和美系大白猪群中对这2个SNPs位点与猪产仔性状（包括总产仔数、产活仔数、死胎及木乃伊胎数等）及窝内仔猪初生重整齐度进行关联分析。结果显示,rs338309012位点与总产仔数、木乃伊胎数显著关联（P<0.05）,AC基因型母猪的总产仔数、木乃伊胎数均显著高于CC基因型（P<0.05）;rs335824784位点与有效活仔数、木乃伊胎数显著关联（P<0.05）,与产活仔数和死胎数极显著关联（P<0.01）,不同基因型对产活仔数和有效活仔数的影响为GG > CG > CC,与之相反,对窝内仔猪初生重的变异系数、死胎及木乃伊胎数的影响为GG < CG < CC。因此,rs335824784位点GG基因型猪不仅产活仔数多,而且窝内仔猪初生重整齐,死胎和木乃伊胎数低,可以作为提高猪产仔性状和窝内仔猪初生重整齐度的分子标记。 相似文献
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高通量测序技术是研究物种复杂生物性状遗传机制的基础,随着高通量测序技术的不断优化提升,一些与生物表型性状密切相关的基因组变异被精准地挖掘出来,其中包括单核苷酸多态位点(SNP)、小片段的插入或缺失(Indel)、拷贝数变异(CNV)以及结构变异(SV)为代表的分子标记。与传统遗传标记相比较,分子遗传标记具有多态性高、遍布整个基因组、检测手段简单快捷以及成本低廉的特点。通过检测覆盖全基因组范围内的分子标记,利用基因组水平的遗传信息对个体或群体遗传资源进行评估,能够缩短世代间隔、提高选种的准确性,进而在短期内取得较大的遗传进展。作者从高通量测序技术挖掘分子遗传标记角度入手,综述了三代测序技术发展历程和应用领域以及三代分子遗传标记检测技术在蛋鸡种业创新中的应用,并详细阐述了高通量测序技术与分子遗传标记相结合在蛋鸡群体遗传多样性及进化分类、群体遗传图谱的构建和功能基因定位、数量性状形成的遗传机制解析和质量性状形成的遗传机制解析等4个方面的精准应用,以期为蛋鸡基因组选择进入实质应用阶段提供科学依据和指导。 相似文献
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《上海畜牧兽医通讯》2016,(2)
催乳素受体基因(PRLR)是猪繁殖性状上的一个候选基因,在动物生殖发育过程中发挥重要生理功能。本试验以大汉梅猪为研究对象,利用PCR-RFLP分子标记法,并结合基因的多态性与产仔性状的关联性分析方法,分析了PRLR基因AluI位点与大汉梅猪产仔性状之间的关联性。结果检测到大汉梅猪PRLR基因有3种基因型,分别为AA、AB和BB型,不同基因型对大汉梅猪产仔性状(包括头胎总产仔数和活产仔数)的影响达到显著水平(P0.05)。 相似文献
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本研究收集了1 267头大白猪的生长性能测定记录和800头大白猪的繁殖记录,并用猪50K固相芯片（Geneseek）及基于靶向捕获测序技术的猪50K液相芯片（液相50K）进行基因型分型,比较2款芯片基因组选择的准确性。采用一步法模型,估计达百公斤体重日龄、百公斤活体背膘厚和总产仔数3个性状的基因组育种值。本研究探究不同参考群体规模对基因组选择的影响,生长性状设置500和1 000 2个参考群体规模,繁殖性状设置400和700 2个参考群体规模。结果表明,液相50K与Geneseek芯片具有很好的兼容性,液相50K在2个生长性状的基因组选择准确性比Geneseek平均高出1.7%,对总产仔数的基因组选择准确性略高于Geneseek,但提升幅度较小。2款芯片的并集使标记数增加到62 039个SNP,基因组选择准确性比单款芯片平均提升2.9%。无论是单款芯片还是2款芯片并集,随着参考群体规模扩大,基因组选择准确性明显上升。本研究表明液相芯片技术能够用于基因组选择且有优势,研究结果可为我国猪分子育种提供参考。 相似文献
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猪基因组信息资源的整合与利用 总被引：2，自引：0，他引：2
猪基因组图谱已得到极大发展,猪基因组计划已启动并在实施之中。利用QTL扫描,候选基因分析、基因阵列分析、生物信息学、比较基因组学等工具,已经发现了很多影响猪主要经济性状的基因或基因标记。利用标记辅助选择,结合基因标记和常规生产性能信息,可以极大地改进养猪业重要的经济性状。本文对猪的基因组学、生长速度、瘦肉率。饲料吸收,肌肉品质、窝产仔数及疾病抗性等主要经济性状的研究进展及标记辅助选择在猪生产中的应用进行综述。 相似文献
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本试验旨在研究肉种鸡饲粮中添加不同水平肌苷酸(IMP)对生长后期(22~42日龄)子代生长性能和血清生化指标的影响。试验选取遗传背景相同、体重相近的20周龄健康爱拔益加(Arbor Acres)肉种鸡480只,随机分为4组,Ⅰ组(基础日粮)、Ⅱ组(基础日粮+0.2%肌苷酸)、Ⅲ组(基础日粮+0.5%肌苷酸)和Ⅳ组(基础日粮+1%肌苷酸)。子代肉鸡根据肉种鸡饲粮中肌苷酸添加情况相应分为Ⅰ组、Ⅱ组、Ⅲ组和Ⅳ组,每组6个重复,每个重复80只,子代肉鸡仅饲喂基础日粮,试验期为子代肉鸡22~42日龄。结果显示:与Ⅰ组相比,22~42日龄子代肉鸡各组生长性能无显著差异(P>0.05);在子代肉鸡42日龄时,与Ⅰ组相比,Ⅱ组、Ⅳ组子代肉鸡血清中总蛋白(TP)的含量显著提高(P<0.05);与Ⅰ组相比,Ⅲ组、Ⅳ组血清中低密度脂蛋白(LDL-c)含量显著提高(P<0.05);与Ⅰ组相比,Ⅱ组、Ⅳ组血清中甘油三酯(TG)含量显著降低(P<0.05)。以上结果表明,肉种鸡饲粮中添加肌苷酸对子代生长性能无显著影响,但饲粮中添加0.2%肌苷酸可显著提高生长后期子代血清中TP的含量,降低TG的含量,添加0.5%和1%肌苷酸可显著提高生长后期子代血清中LDL-c含量,且添加1%肌苷酸可显著提高TP含量。 相似文献
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本研究设置4种青贮密度和4个梯度的施氮量,对全株玉米青贮饲料进行发酵品质和营养品质分析,进而探究青贮密度及施氮量对全株玉米青贮品质的影响。结果表明,青贮密度在800kg/m^3时全株玉米青贮的乙酸含量最低(P<0.05);在750kg/m^3时全株玉米青贮的淀粉含量最高(P<0.05)。施氮量在300kg/hm^2和450kg/hm^2时全株玉米青贮的氨态氮占总氮比值极显著高于施氮量较低的处理(P<0.01);施氮量在450kg/hm^2时,全株玉米青贮的可溶性糖和淀粉含量最高。综上所述,与青贮密度650kg/m^3相比,青贮密度为800kg/m^3的玉米青贮氨态氮和乙酸含量较低,淀粉含量较高;施用氮肥可以显著提高全株玉米青贮的淀粉含量。 相似文献
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本试验旨在研究香芹酚/凹凸棒石(CAR/APT)和香芹酚/氧化锌/凹凸棒石(CAR/ZnO/APT)替代抗生素类促生长剂对肉仔鸡生产性能、免疫机能和抗氧化机能的影响。选取1日龄罗斯308肉鸡192只,随机分成3组,每组8个重复,每重复8只,分别饲喂基础饲粮中添加100mg/kg土霉素钙(OTC)、0.1%CAR/APT和0.1%CAR/ZnO/APT的饲粮,基础饲粮不含抗生素类促生长剂。结果表明:与OTC组相比,CAR/APT和CAR/ZnO/APT对肉鸡1~21日龄生产性能无显著影响(P>0.05)。与OTC组21日龄肉鸡相比,CAR/ZnO/APT对胸腺和脾脏器官指数无显著影响(P>0.05),显著降低法氏囊器官指数(P<0.05);CAR/APT对法氏囊指数无显著影响(P>0.05),显著降低胸腺和脾脏器官指数(P<0.05)。与OTC组21日龄肉鸡相比,CAR/ZnO/APT显著提高血清IgG含量(P<0.05),CAR/APT对血清免疫球蛋白含量无显著性影响(P>0.05)。与OTC组21日龄肉鸡相比,CAR/ZnO/APT有提高空肠黏膜sIgA和IgG含量的趋势(P=0.055);CAR/ZnO/APT组空肠黏膜IgM含量显著高于CAR/APT组(P<0.05)。与OTC组21日龄肉鸡相比,CAR/ZnO/APT显著提高血清和空肠黏膜中T-AOC及血清CAT活性(P<0.05);CAR/APT显著提高血清CAT活性和空肠黏膜T-AOC(P<0.05);CAR/ZnO/APT组21日龄肉鸡血清和空肠黏膜T-AOC显著高于CAR/APT组(P<0.05)。结果表明,以0.1%CAR/APT或CAR/ZnO/APT替代饲粮中的OTC,对肉仔鸡生产性能无显著影响,具有提高免疫机能和抗氧化机能的作用,其中CAR/ZnO/APT效果更优。 相似文献
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VP2蛋白是传染性法氏囊病病毒(infectious bursal disease virus,IBDV)的保护性抗原。原核表达中能否获得具有天然构象的可溶性VP2蛋白是研发IBD亚单位疫苗的关键问题。为了解是否存在鸡自体促溶标签蛋白以及外源促溶标签能否在一定程度上促进蛋白的正确折叠,试验对不同物种来源的类泛素蛋白修饰分子(small ubiquitin-like modifier,SUMO)进行比对研究。结果显示,获取到的3种鸡源SUMO蛋白与酵母源SUMO蛋白的氨基酸同源性均高于40%,其中SUMO-1与SUMO-3两种蛋白可以在大肠杆菌中可溶性表达;通过SUMO-1、SUMO-3与VP2蛋白的融合表达,证明了鸡源SUMO蛋白对VP2具有促溶效果,得到的重组菌株P-28A-s1-VP2和P-28A-Os3-VP2琼脂扩散效价均达到1∶16;经过纯化后,融合蛋白SUMO-1-VP2的琼脂扩散效价可达到1∶256;使用SUMO蛋白酶酶切融合蛋白,SDS-PAGE和Western blot结果表明鸡源SUMO蛋白可以被成功切割,说明试验发现的鸡源SUMO蛋白可以作为促溶标签,在亚单位疫苗关键抗原表达中具有广阔的应用前景。 相似文献
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本研究旨在探究山羊副流感病毒3型(CPIV3)感染MDBK细胞后的转录组基因变化情况,丰富CPIV3转录组信息。取1MOI CPIV3JSHA2014-1病毒液感染MDBK细胞,设非感染正常细胞为对照,于24h后收获细胞,提取总RNA,利用Illumina HiSeqTM2500对感染组与对照组进行高通量测序,并用测序评估、基因注释等生物信息学方法进行分析。结果显示,差异表达基因共261个,其中表达上调140个,表达下调121个,经RT-qPCR方法验证8个差异表达的干扰素信号通路相关基因,结果与高通量测序一致。进一步GO分类结果显示,差异表达基因主要涉及细胞生物学进程、构成细胞的组分以及实现的分子功能三个方面,KEGG分析显示这些基因参与代谢、生物系统、细胞进程、基因信息进程和环境信息进程。本研究为深入探究CPIV3的致病机制奠定了基础。 相似文献
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本试验旨在利用概略养分分析法测定半细毛羊6种蛋白质饲料原料[豆粕、干酒糟及其可溶物(DDGS)、棉籽粕、膨化大豆、玉米蛋白粉和菜籽粕]的营养成分含量,并通过消化代谢试验结合套算法实测饲料原料的可消化粗蛋白质(DCP)含量和有效能值。试验选取16只体重为(56.05±5.47) kg的云南半细毛羊,采用完全随机设计,平均分为4组,每组4只。试验共2期,共7个饲粮,包含1个基础饲粮和6个试验饲粮。第1期饲喂4种饲粮,第2期饲喂3种饲粮。试验期10 d,其中预试期5 d,正试期5 d。结果表明:1)玉米蛋白粉的粗蛋白质(CP)含量最高,为65.77%,棉籽粕和豆粕的CP含量为50%左右,膨化大豆和菜籽粕的CP含量为37%左右,DDGS的CP含量最低,为25.93%。菜籽粕和膨化大豆的粗纤维(CF)含量较高,为16%左右,DDGS和棉籽粕的CF含量为11%左右,豆粕和玉米蛋白粉的CF含量较低,均在6%以下。2)各种蛋白质饲料原料的DCP含量之间差异显著(P <0. 05),其中玉米蛋白粉的DCP含量最高,为581. 79 g/kg,其次是棉籽粕、豆粕、膨化大豆和菜籽粕,DDGS的DCP含量最低,为211.48 g/kg。膨化大豆的消化能(DE)和代谢能(M E)最高,分别为21.54和19.79 M J/kg,其次是玉米蛋白粉、豆粕、棉籽粕和菜籽粕,DDGS的DE和ME最低,分别为14.62和12.45 MJ/kg。棉籽粕、菜籽粕和DDGS的有效能之间差异不显著(P>0.05)。综上所述,从营养成分含量上看,玉米蛋白粉品质最好,其次是豆粕、棉籽粕、膨化大豆、菜籽粕和DDGS。从DCP品质来说,玉米蛋白粉的品质最优,依次高于棉籽粕、豆粕、膨化大豆、菜籽粕和DDGS。从有效能值来说,膨化大豆最优,依次高于玉米蛋白粉、豆粕、棉籽粕、菜籽粕和DDGS。 相似文献
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为了解2017年冬季上海临床接诊犬的流感病毒感染情况和病毒变异趋势,收集上海某动物医院疑似犬流感样品进行RT-PCR检测,构建HA、NA的重组载体并测序,对获得的序列进行进化分析、氨基酸变异分析,综合我国同亚型犬流感病毒HA序列进行进化率分析。结果显示:23份疑似样品中检出5份阳性样品,获得5个H3亚型的HA序列、2个N2亚型的NA序列,上述序列在进化树中已经形成独立的进化分支,与韩国、广东毒株亲缘关系最近;氨基酸比对表明,HA和NA在重要位点发生许多一致的突变,如抗原位点区域、糖基化位点等,NA茎部未见氨基酸插入;对2007年至2017年中国南方地区分离的H3N2犬流感病毒HA片段进行进化率、变异率分析显示,年平均进化率呈逐年增高趋势,变异不断积累。研究表明,开展犬流感病毒变异监测,掌握病毒变异和进化方向,对防控该病、防止病毒向人群传播有重要意义。 相似文献
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禽流感病毒实时荧光定量RT-PCR检测方法的建立 总被引：1，自引：0，他引：1
为满足禽流感病毒高通量快速检测的需要,建立了一种能够检测各亚型禽流感病毒的实时荧光定量RT-PCR检测方法,并对该方法的特异性和灵敏度进行评估,使用该方法与农业行业标准NY/T772—2013中的禽流感病毒RT-PCR方法同时进行临床样品检测。结果显示,该方法检测耗时短、特异性好,检测下限达10-4 ng/μL,与传统的RT-PCR方法阳性符合率为100%。结果表明,本方法能实现对禽流感病毒的安全、特异、快速、灵敏、简单、高通量检测,从而弥补了现有传统检测技术的不足。 相似文献