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1.
《中国家禽》2021,(2)
为了对巢湖麻鸭、枞阳媒鸭、大余麻鸭、荆江麻鸭、靖西大麻鸭、广西小麻鸭、高邮鸭、吉安红毛鸭和苏牧鸭等9个肉用型(兼用型)的鸭群体遗传多样性进行系统评价,试验选择12个成熟的微卫星位点对9个肉用型(兼用型)鸭群体的遗传多样性进行测定和聚类分析。结果共检测到142个等位基因位于12个成熟的微卫星位点上,多态信息含量(PIC)介于0.275 5～0.832 6之间,其中有8个座位为高度多态位点,剩余4个座位为中度多态位点;9个鸭群体在微卫星座位上的平均杂合度在0.408 6～0.559 0之间,大余麻鸭的PIC最高达到了0.6091,吉安红毛鸭的PIC最低达到了0.499 4;荆江麻鸭和巢湖麻鸭的遗传距离(DA)最近,为0.095;苏牧鸭和其它鸭群体的遗传距离都较远,并且苏牧鸭和高邮鸭的遗传距离最远,达到0.319;聚类分析将9个鸭群体分为三大类,其中巢湖麻鸭、荆江麻鸭、枞阳媒鸭、靖西大麻鸭以及大余麻鸭先后聚为一类;高邮鸭首先和吉安红毛鸭聚为一类,接着与广西小麻鸭聚为一类;而苏牧鸭被单独分为一类。结果表明9个鸭群体中遗传多样性较为丰富,遗传变异程度以中等水平为主,为今后我国肉用型地方鸭品种资源的合理开发和科学杂交利用提供更加准确的数据。 相似文献
2.
利用15个微卫星标记分析淮河流域3个地方鸭种间的遗传关系 总被引：1，自引：1，他引：0
利用15个微卫星标记分析了淮河流域的巢湖鸭、高邮鸭、淮南麻鸭3个地方鸭品种的多态信息含量(PIC)、杂合度以及群体间的遗传关系。结果表明3个群体的平均多态信息含量为0.5747,其中最高的是淮南麻鸭,为0.6030,最低的是高邮鸭,为0.5270,巢湖鸭为0.5940;3个群体的平均观察杂合度为0.4716,其中最高的是淮南麻鸭,为0.4989,最低的是巢湖鸭,为0.4288,高邮鸭为0.4870。各群体间的遗传距离(DA和DS)计算结果显示,巢湖鸭和淮南麻鸭的遗传距离最近,聚类结果也完全相同。3个地方品种的聚类结果与其地域分布吻合。 相似文献
3.
研究利用31个微卫星标记,对高邮鸭、攸县麻鸭、巢湖鸭和荆江麻鸭4个品种共240个个体的基因型进行了检测.结果显示:高邮鸭具有较为丰富的遗传多样性,平均等位基因数、平均有效等位基因数、观察杂合度、期望杂合度以及多态信息含量分别为:4.1、2.7、0.853、0.569、0.495.F-统计量分析发现4个家鸭群体间存在明显的遗传分化(Fst=0.285).Structure程序构建的聚类图在K=2时,把4个群体分为两类,并且在K=3、4时,荆江麻鸭和高邮鸭分剐独立出来成为一类,个体鉴别分析没有发现遗传复杂个体和迁入其它群体个体. 相似文献
4.
我国家鸭品种资源遗传多样性保护等级分析 总被引：3，自引：1，他引：2
本研究旨在分析我国地方鸭品种资源遗传多样性保护等级,为更好地制定我国地方鸭品种资源保护方案提供理论依据.采用28个微卫星标记计算我国24个地方鸭品种间DR遗传距离、基因流(Nm)、多态信息含量(PIC)和杂合度,并采用Weitzman和Caballero两种遗传多样性保护理论,分析各品种在遗传多样性最大化保护中的相对重要性.结果表明,28个微卫星座位的Ewens-Watterson检验均属选择中立性,各位点平均多态信息含量为0.494 4;三穗鸭(SS)的观察杂合度最高(0.8648),大余鸭(DY)的观察杂合度最低(0.7208),靖西大麻鸭(JXD)的多态信息含量最高(0.581 6),金定鸭(JD)的多态信息含量最低(0.434 7);四川麻鸭(SC)和汉中麻鸭(HZ)之间的遗传距离最远(0.425 7),基因流最小(0.471 1),广西小麻鸭(XL)和靖西大麻鸭之间的遗传距离最近(0.166 4),基因流最大(1.380 8).Weitzman保护理论分析中,临武鸭(LW)、四川麻鸭(SC)、高邮鸭(GY)和北京鸭(BJ)的贡献率较高(>5.0%);Caballero保护理论分析中,绍兴鸭(SX)、四川麻鸭、巢湖鸭(CH)和兴义鸭(XY)具有较高的正贡献率(>0.2%),与Weitzman保护理论确定的等级顺序存在一定差异,主要原因是Weitzman保护理论没有考虑到品种内遗传多样性.在分析我国地方鸭品种资源遗传多样性保护等级时,应充分考虑品种问遗传多样性和品种内遗传多样性.绍兴鸭、四川麻鸭、巢湖鸭、兴义鸭、高邮鸭、临武鸭、汉中麻鸭、沔阳麻鸭(MY)、荆江麻鸭(JJ)、三穗鸭、恩施麻鸭(ES)、北京鸭、淮南麻鸭(HN)、云南麻鸭(YN)、攸县麻鸭(YX)、微山麻鸭(WS)16个品种对我国家鸭资源总体遗传多样性具有较高的贡献率,在品种资源保护中应当给予优先保护等级. 相似文献
5.
运用微卫星标记分析11个鸭种(群)的亲缘关系 总被引：12，自引：3，他引：12
利用9个微卫星标记对11个鸭种（群）的平均基因杂合度、多态信息含量以及群体间的亲缘关系进行分析.结果11个鸭种的平均基因杂合度为0.659 9;平均多态信息含量为0.596 6.其中,黑羽番鸭（白头）平均基因杂合度最高,为0.694 8,荆江麻鸭平均遗传杂合度最低,为0.575 7.平均多态信息含量也出现了类似的结果,说明黑羽番鸭（白头）遗传多样性最丰富.根据遗传距离构建NJ系统发生树,系统发生树分析结果表明：黑羽番鸭（纯黑）、黑羽番鸭（白头）、白羽番鸭聚为第1类群;山麻鸭、金定鸭、高邮鸭聚为第2类群;苏牧白羽鸭、苏牧黑羽鸭、龙白鸭、苏牧麻鸭、荆江麻鸭聚为第3类群. 相似文献
6.
国家水禽基因库七个家鸭群体遗传多样性检测 总被引：5，自引：2，他引：3
试验通过微卫星标记对国家水禽种质资源基因库保存的7个家鸭保种群体的保种效果进行了遗传检测。结果表明:28个微卫星位点中有25个高度多态位点,可作为有效遗传标记用于各群体的遗传检测。7个鸭群体中,平均杂和度范围是0.5137～0.6035,最高的是荆江麻鸭,最低的是山麻鸭,反映了各鸭群体保持了较丰富的遗传多样性。Ds遗传距离表明各品种间的遗传距离较远,巢湖鸭与金定鸭之间最远,为0.8835;金定鸭与山麻鸭最近,为0.2674。7个家鸭群体间的Ds值都比较大,说明各群体间的基因交流较少。上述结果反映了在国家水禽种质资源基因库所保存的7个地方鸭群体的保种方法良好,保种效果有效。 相似文献
7.
试验旨在进一步完善高邮鸭基因组结构信息,探索高邮鸭双黄蛋产蛋性能的调控机制。通过高通量测序技术对高邮鸭双黄蛋高、低产组卵巢组织转录组进行RNA-Seq测序,对测序数据进行质控和注释,筛选与高邮鸭双黄蛋产蛋性能相关的SNP位点。测序获得的初始数据（raw reads）进行系列质控筛选,6个高邮鸭卵巢组织分别获得84 540 140~87 479 660个有效数据（clean data）,70.79%以上的测序数据被已注释的鸭基因组数据覆盖;在所覆盖的基因组数据中,检测到位于基因外显子区域的108 260~116 478个SNP位点（转换和颠换类型）,转换类型总数极显著高于颠换类型总数（P<0.01）。利用KEGG数据库对筛选出的SNP位点所在基因进行信号通路分析,筛选出前20条信号通路,其中包括核糖体信号通路、碳代谢信号通路和氨基酸生物合成信号通路等。试验对双黄蛋高、低产组高邮鸭的卵巢进行了RNA-Seq测序分析,为发掘高邮鸭双黄蛋产蛋性能相关SNP位点提供了基础,为进一步研究高邮鸭双黄蛋产蛋性能的调控机制提供了新的数据支撑。 相似文献
8.
《中国畜牧兽医》2019,(12)
试验旨在进一步完善高邮鸭基因组结构信息,探索高邮鸭双黄蛋产蛋性能的调控机制。通过高通量测序技术对高邮鸭双黄蛋高、低产组卵巢组织转录组进行RNA-Seq测序,对测序数据进行质控和注释,筛选与高邮鸭双黄蛋产蛋性能相关的SNP位点。测序获得的初始数据(raw reads)进行系列质控筛选,6个高邮鸭卵巢组织分别获得84 540 140～87 479 660个有效数据(clean data),70.79%以上的测序数据被已注释的鸭基因组数据覆盖;在所覆盖的基因组数据中,检测到位于基因外显子区域的108 260～116 478个SNP位点(转换和颠换类型),转换类型总数极显著高于颠换类型总数(P0.01)。利用KEGG数据库对筛选出的SNP位点所在基因进行信号通路分析,筛选出前20条信号通路,其中包括核糖体信号通路、碳代谢信号通路和氨基酸生物合成信号通路等。试验对双黄蛋高、低产组高邮鸭的卵巢进行了RNA-Seq测序分析,为发掘高邮鸭双黄蛋产蛋性能相关SNP位点提供了基础,为进一步研究高邮鸭双黄蛋产蛋性能的调控机制提供了新的数据支撑。 相似文献
9.
为了研究肌肉生长抑制素(MSTN)基因在鸭群体中的遗传变异情况,试验以莆田黑鸭、连城白鸭、绍兴鸭、攸县麻鸭、建昌鸭、高邮鸭及北京鸭为材料,采用连接酶检测反应(LDR)的方法对MSTN基因5’-调控区第1 024位点单核苷酸多态性(SNP)进行基因分析,并统计该位点在群体中的基因型频率、等位基因频率和Hardy-Weinberg平衡情况。结果表明:在7个品种鸭中,检测MSTN基因第1 024位点均含CC、CG和GG 3种基因型。在连城白鸭、攸县麻鸭和高邮鸭中,CC基因型占优势,且以连城白鸭最高(0.72);在高邮鸭和建昌鸭中,CG基因型占优势;在北京鸭中,GG基因型占优势;在绍兴鸭中,CC基因型、CG基因型出现的频率相同。建昌鸭和北京鸭等位基因G的频率高于等位基因C的频率,其他品种鸭均为等位基因C的频率大于等位基因G的频率。莆田黑鸭、连城白鸭、绍兴鸭、攸县麻鸭、北京鸭和高邮鸭MSTN基因在第1 024位点均处于Hardy-Weinberg平衡状态(P>0.05),仅有建昌鸭不符合Hardy-Weinberg平衡状态(P<0.05)。 相似文献
10.
11.
《中国畜牧杂志》2014,(1)
为深入揭示我国地方鸭种的群体遗传结构,本研究利用荧光标记微卫星引物结合ABI-3730XL型DNA测序平台,对国家级水禽基因库(泰州)保存的6个品种鸭(426只)在12个位点上的等位基因进行STR分型,利用SPSS19.0和Structure2.0软件对群体结构进行分析。结果表明:12个座位的多态性丰富,共检测到88个等位基因,PCA分析得到6个主成分,前4个主成分对群体分类的累积贡献率达到88.091%。Structure程序成功构建出了6个群体的遗传分化结构图和群体的独立类群分布图,推断6个群体在所属推断类别中的平均基因组分数分别为93.88%、96.08%、90.89%、93.01%、88.67%、92.65%;且未发现有个体发生迁移。Structure程序构建的系统发育树进一步显示临武鸭与攸县麻鸭、高邮鸭与山麻鸭和广西小麻鸭的遗传距离较近。 相似文献
12.
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14.
利用8个微卫星标记分析7个鸭群体的遗传多样性 总被引：1，自引：0，他引：1
研究应用8个微卫星标记对7个鸭群体进行了遗传多样性检测。利用等位基因频率计算了各群体的基因杂合度、多态信息含量及群体间的遗传距离,并根据遗传距离进行了聚类分析。结果表明:8个微卫星标记中除SMO13(PIC=0.480)和APL83(PIC=0.372)为中度多态外,其余标记均为高度多态,可作为有效的遗传标记用于鸭群体间遗传多样性分析和系统发生关系分析。7个鸭群体在微卫星座位的平均杂合度在0.514～0.646,最高的莆田黑鸭为0.646,最低的康贝尔鸭为0.514。从聚类分析结果来看,北京鸭与中型母本、小型母本聚为一类;康贝尔鸭和金定鸭聚为一类;莆田黑鸭与山麻鸭聚为一类。 相似文献
15.
为了分析北京鸭和樱桃谷鸭的遗传关系,采集包括北京鸭、在英国培育而成的肉鸭品种樱桃谷鸭及其它5个中国地方鸭品种共248个个体,利用11个微卫星标记对这7个鸭品种进行遗传关系分析.FST分析结果表明北京鸭与樱桃谷鸭的遗传分化程度最低,只有0.0795;遗传距离(Ds)分析发现北京鸭与樱桃谷鸭的遗传距离最近,为0.1079;群体分化时间分析表明二者的分化时间为98年,北京鸭与其它地方鸭品种的分化时间在282至694年之间;聚类结果显示北京鸭、樱桃谷鸭和建昌鸭聚为一类;巢湖鸭、高邮鸭、绍兴鸭和金定鸭聚为另一类.这些结果表明了北京鸭与引进品种樱桃谷鸭有非常密切的遗传关系,为樱桃谷鸭培育自北京鸭这一说法提供了分子遗传学的证据,同时本研究还发现北京鸭与樱桃谷鸭在遗传背景上已经发生了一定程度的分化. 相似文献
16.
《畜牧兽医学报》2017,(3)
本研究旨在获得四川麻鸭线粒体DNA基因组全序列(mtDNA),为该遗传资源的保护与利用提供参考。研究参照近缘物种线粒体基因组序列,用Primer 6.0设计引物16对,采用PCR克隆测序技术获得四川麻鸭mtDNA基因组序列。结果表明,四川麻鸭mtDNA基因组全长16 604bp,碱基组成为A(29.19%)、C(32.82%)、G(15.79%)、T(22.20%),包含22个tRNA基因、2个rRNA基因、13个蛋白质编码基因和1个非编码控制区(Dloop区)。使用在线软件tRNAscan-SE1.21和RNA structure5.6分析发现,22个tRNA基因是标准的4个恒定臂的三叶草二级结构。对四川麻鸭mtDNA基因组D-loop区序列分析发现含有Poly(c)、TAS、E-box、F-box、D-box、Bird-similarity box及CXB1保守框。用MEGA6.0,采用N-J法基于线粒体D-loop区和全序列做进化树,发现四川麻鸭与隆盛鸭血缘关系最近。 相似文献
17.
利用28个微卫星标记对华中地区6个家鸭资源（淮南麻鸭、攸县麻鸭、临武鸭、荆江麻鸭、沔阳麻鸭和恩施麻鸭）的遗传结构进行了评估。结果表明：6个群体的平均杂合度都较高,最低的为攸县麻鸭（0．5512）,最高的为荆江麻鸭（0．6035）,群体平均杂合度为0．5801,反映了各鸭种的杂合度都较高,遗传多样性丰富;华中地区各鸭种间存在较大的遗传分化,22．5％的遗传变异来源于群体间的差异,进一步反映了各品种具有本品种特性的多样性;通过计算DA遗传距离发现各品种间的遗传距离较远,分化时间较长;NJ聚类结果将华中地区家鸭资源聚为3类,湖北省的荆江麻鸭、沔阳麻鸭和恩施麻鸭聚为一类;湖南省的攸县麻鸭和临武鸭聚为一类;河南省的淮南麻鸭独聚为一类。本研究结果为华中地区家鸭品种种质特性研究提供了基础,也为中国家鸭资源的合理保护和开发利用提供了科学依据。 相似文献
18.
高邮鸭体尺、屠宰性能和肉品质的测定及相关性分析 总被引：2，自引：0，他引：2
高邮鸭又称高邮麻鸭,是江苏省里下河地区经长期选育而成的一种大型蛋肉兼用麻鸭,是我国优秀的水禽品种资源.高邮鸭因蛋肉品质优异、善产双黄蛋而驰名中外,以独特的适应性和品质优良而备受欢迎[1].高邮鸭经过多年选育,体型外貌一致,生产性能、肉用性能、繁殖性能稳定,育种指标稳中有升,种群规模不断扩大,高邮鸭的饲养量逐年上升[2].高邮鸭肉质鲜美,营养丰富,可作为培育肉用鸭的原始制料,但目前关于高邮鸭的研究主要集中在蛋用型、营养学及遗传育种等方面,对高邮鸭肉用性能方面的研究较少. 相似文献
19.
旨在通过分析娄门鸭保种群体的遗传多样性和群体结构来评估保种效果。本研究在娄门鸭保种群中随机选择同一世代163只90日龄的健康个体(39公，124母)，翅静脉采血后提取基因组DNA，利用简化基因组测序技术检测全基因组范围内的单核苷酸多态性(SNPs); 利用R软件计算个体水平的多态信息含量(PIC)、固定指数(Fix-index)、香农信息指数(SHI)、基因多样性指数(Nei)、有效等位基因数(Ne)以及本研究自创的相对多态信息含量(rPIC)等6个遗传多样性指标，并比较分析了不同染色体水平的遗传多样性指标; 同时利用admixture软件分析群体遗传结构，gcta软件分析群体主成分和个体间的亲缘关系，并分析连续性纯合片段(runs of homozygosity，ROH)以及基因组近交系数FROH，评估保种效果。结果显示，163只娄门鸭个体共检测到622 205个SNPs位点，质控过滤后得到374 455个高质量SNPs位点，其中50.70%的位点分布在NC_040046、NC_040047、NC_040048和NC_040049四个染色体中。娄门鸭群体PIC、Nei、Ne、SHI和rPIC指标值分别为0.154 1、0.192 9、1.336、0.296 9和0.410 9，对于SNPs而言，该群体38.80%的SNPs位点属于高度多态性位点，遗传多样性较为丰富; Fix-index值为0.320 8，说明娄门鸭群体出现了分化，这与遗传结构、PCA和亲缘关系分析将娄门鸭群体划分为3个群体的结果一致。PIC、Nei、Ne和SHI四个指标分别在不同染色体上的分布规律均一致，且4个指标两两相关性均达到0.97以上，而Fix-index与其他4个指标的相关性较低，在0.23以下，说明可以选择Fix-index以及PIC等少数指标来评估娄门鸭群体的遗传多样性。163只娄门鸭个体共检测到2 966条ROH，ROH片段长度主要集中在0~2 Mb区间; 基于ROH得到的基因组近交系数FROH在公、母鸭中分别为0.027 5和0.043 3，说明娄门鸭保种群近交程度较低; 具体到染色体水平，NC_040068、NC_040074染色体的FROH值分别达到0.352 4和0.319 3。结果提示，娄门鸭保种群的遗传多样性较丰富，群体基因组近交系数较低，但个别染色体的近交系数较高，且群体出现了部分分化。后续保种中可以将遗传结构分析得到的3个分化的亚群个体之间进行适当的非随机交配，消除目前的群体分化现象，并重点监测染色体近交系数较高的基因组区域，避免个别染色体近交系数上升过快。 相似文献
20.
《畜牧兽医科技信息》2020,(7)
测定了巢湖麻鸭以及与其对照的北京鸭、高邮鸭的屠宰率,胸、腿肌重及其比率,翅、腿比率及腹脂、皮脂率等。结果表明,巢湖麻鸭比对照测定的腿肌率、翅膀率高,皮和皮下脂肪重、皮脂率低,不同品种和性别间屠宰率差别不显著。 相似文献