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1.
为建立一种可以同时扩增大肠杆菌(E.coli)F4、F5、F6、F41和F18菌毛基因保守序列的多重PCR检测方法,本研究设计合成5对分别针对F4、F5、F6、F41和F18菌毛基因的特异性引物,以具有相应菌毛基因的E.coli参考菌株DNA为模板,通过对多重PCR反应条件的优化,建立了检测F4、F5、F6、F41和F18菌毛基因的多重PCR方法。所建立的多重PCR方法能够特异性扩增F4、F5、F6、F41、F18菌毛基因的目的片段,大小分别为770 bp、533 bp、422 bp、643 bp和1140 bp,该方法对沙门氏菌、猪丹毒杆菌、巴氏杆菌以及无菌毛基因的E.coli等参考菌株均无特异性扩增片段,检出F4、F5、F6、F41和F18菌毛基因的最低活菌浓度分别为5.3×10^5cfu/mL、3.7×10^6cfu/mL、3.1×10^5cfu/mL、3.7×10^7cfu/mL、6.9×10^5cfu/mL。用不同批次的引物和试剂进行3次多重PCR检测均能扩增出目的条带,表明建立的多重PCR方法有很好的批内和批间重复性。对90株大肠杆菌临床分离菌株菌毛基因进行检测,F4阳性率为3.33%,F5阳性率为2.22%,未检测到F6、F41和F18阳性菌株,其检测结果与常规单一PCR的检测结果一致。研究表明:建立的E.coli菌毛基因多重PCR分型方法具有很好的特异性、敏感性和重复性,可用于E.coli分离菌株菌毛基因型的快速鉴定,同时提高了检测效率。 相似文献
2.
《黑龙江畜牧兽医》2020,(12)
为了同时检测奶牛乳房炎多种病原菌,试验采用金黄色葡萄球菌(S.aureus)nuc基因、牛支原体(M.bovis)oppD/F基因、大肠杆菌(E.coli)16S-23S rRNA基因内转录间隔区作为靶标设计3对特异性引物,在优化单菌退火温度的基础上确定多重PCR的退火温度,建立S.aureus、M.bovis和E.coli的多重PCR检测方法,验证多重PCR的重复性、特异性、敏感性及实用性。结果表明:基于单一PCR三者共同的最佳退火温度(55.3℃、56.5℃、57.8℃)优化多重PCR退火温度,最终确定57.8℃为三者最佳的退火温度。该方法能扩增出长度为237 bp(S.aureus)、333 bp(M.bovis)、634 bp(E.coli)的基因片段;靶标菌特异性扩增而非靶标菌无扩增条带,最低检测浓度分别为S.aureus 1 pg/μL、M.bovis 1 pg/μL、E.coli 100 fg/μL;正常乳样和临床乳房炎乳样均检出S.aureus(25.9%、53.8%)、M.bovis(10.3%、17.9%)和E.coli(32.8%、71.8%),但乳房炎乳样的阳性检出率高于正常乳样。说明本研究建立的多重PCR方法特异性和敏感性强、稳定性和实用性高,具有良好的推广应用前景。 相似文献
3.
《动物医学进展》2020,(4)
根据GenBank中登录的禽波氏杆菌(B.avium)16S rRNA和ompA基因序列设计引物,经PCR反应条件优化,建立了检测禽波氏杆菌的双重PCR方法。该方法能够同时扩增B.avium基因组中的16S rRNA和ompA基因的特异序列,而对禽源大肠埃希菌(Escherichia coli)、沙门菌(Salmonella)、铜绿假单胞菌(Pseudomonas aeruginosa)等菌株的扩增结果均为阴性。该方法对B.avium基因组DNA检测的敏感性可达1.25×10~4 copies/μL,对其菌液检测的敏感性可达1.2×10~3 cfu/mL,对临床样品的检测结果表明,建立的双重PCR方法与16S rRNA单一PCR检测方法符合率为100%。建立的双重PCR检测方法为B.avium的检测提供了快速、准确、灵敏、特异的检测方法。 相似文献
4.
为建立检测引起山羊腹泻的4种主要病原菌的多重PCR方法,本研究针对产肠毒素大肠杆菌(ETEC)K99基因,沙门菌invA基因,志贺氏菌侵袭性质粒H(ipaH)基因和奇异变形杆菌ureR基因设计4对特异性引物,通过对反应条件优化,建立快速检测引起山羊腹泻的4种主要病原菌的多重PCR方法,并应用该方法检测山羊腹泻样品。结果显示该多重PCR方法对巴氏杆菌等其它6种细菌无扩增;其敏感性分别为ETEC103cfu/mL、沙门菌102 cfu/mL、奇异变形杆菌102 cfu/mL、志贺氏菌103 cfu/mL;经检测该方法稳定性也好。应用该多重PCR方法对21份山羊临床腹泻样品的检测结果与细菌分离鉴定结果一致,无漏检。本研究建立的多重PCR方法可实现从山羊粪便样品中同时检测4种腹泻病原菌,对山羊腹泻病原菌的快速检测提供了技术支持。 相似文献
5.
6.
为了检测产志贺毒素大肠杆菌(STEC)在鸭源大肠杆菌中的分布情况,本研究建立检测STEC的多重PCR方法,针对STEC特有的毒力基因stx1、stx2、h&A和eaeA筛选了4对引物,通过对PCR反应条件的优化、特异性和灵敏度的检测,建立检测STEC的多重PCR,并应用该方法调查254株鸭源致病性E.coli和115株外表健康鸭的泄殖腔分离的E.coli中STEC的分布情况.在254株鸭源致病性E.coli中检测出6株STEC,从外表健康鸭的泄殖腔分离的115株E.coil中未检测到STEC.检出的STEC的血清型分别为O36、O60、O77、O78、O158和O7 & O92.本实验建立的检测STEC的多重PCR方法特异性好、灵敏度高;对鸭源E.coli的检测结果证实鸭致病性大肠杆菌中存在STEC菌株,分布频率较低,但其血清型具有广泛的宿主源,存在引起人类疾病的可能性. 相似文献
7.
旨在对甘肃省山丹地区马子宫内膜炎主要致病菌进行分离鉴定并建立一种病原菌多重PCR(multiplex polymerase chain reaction, MPCR)检测方法。根据病原菌分离鉴定结果,选取主要致病菌金黄色葡萄球菌(Saphylococcus aureus,S.aureus)、大肠杆菌(Escherichia coli,E.coli)和马链球菌(Streptococcus equi,S.equi)进行多重PCR检测方法的建立。提取3种标准菌株基因组并基于nuc、phoA、fneB的保守区域设计3对特异性引物,扩增预期核酸片段分别为1 319,385,109 bp,进行引物特异性MPCR验证同时对扩增条件中的退火温度、引物浓度优化,建立检测3种病原菌的多重PCR,完成样品检测评估。结果表明,山丹地区马子宫内膜炎主要致病菌为金黄色葡萄球菌、大肠杆菌和马链球菌,设计的引物与无乳链球菌(Streptococcus agalactiae,S.agalactiae)、肺炎链球菌(Pneumococcus)无交叉反应,建立的多重PCR检测方法退火温度在59.4℃时最佳;在引物为0.3～... 相似文献
8.
多重荧光PCR检测水产品致病菌方法的建立与应用研究 总被引：1，自引：0，他引：1
根据沙门氏菌invA基因、副溶血性弧菌toxR基因和大肠杆菌O157：H7 RFBE基因的保守序列,设计引物和探针,通过优化反应体系,测定其灵敏度和特异性,建立了可同时检测上述三种致病菌的多重实时荧光PCR方法。该方法对纯茵的检测灵敏度均低于1O cfu／PCR反应体系。人工染菌样品经6h增菌,检测的灵敏度可低于10c... 相似文献
9.
《中国预防兽医学报》2021,(5)
为建立一种能同时快速检测多种奶牛乳腺炎致病菌的多重PCR检测方法,本研究以化脓隐秘杆菌ISR基因、无乳链球菌cfb基因、大肠杆菌phoA基因、副乳房链球菌23S rRNA基因和金黄色葡萄球菌nuc基因为靶基因,设计并合成了5对特异性引物,通过方阵法对多重PCR反应体系及反应条件优化,建立了一种能快速检测5种病原菌的多重PCR方法。对各菌种随机组合后利用该多重PCR方法检测,结果显示,该方法能同时快速检测奶牛乳腺炎乳样中5种主要病原菌,而其他病原菌则呈阴性结果,具有较强特异性。分别将化脓隐秘杆菌、无乳链球菌、大肠杆菌、副乳房链球菌、金黄色葡萄球菌菌液10倍倍比稀释后,利用建立的多重PCR方法进行检测,确定该方法敏感性,结果显示,该方法对5种病原菌最低检测浓度分别为:金黄色葡萄球菌6.25×10~4cfu/mL,大肠杆菌2.95×10~6cfu/mL,化脓隐秘杆菌2.95×10~5cfu/mL,副乳房链球菌4.3×10~5cfu/mL,无乳链球菌3.15×10~5cfu/mL。对临床送检及人工模拟的乳样检测结果显示该方法具有较好符合率及灵敏度。本研究首次建立了对包括副乳房链球菌在内的奶牛乳腺炎致病菌多重PCR检测方法,为快速检测奶牛乳腺炎病原菌提供了可行的技术手段。 相似文献
10.
为建立一种快速准确检测兔多杀性巴氏杆菌(P.multocida)的PCR方法,本研究以P.multocida的高度保守的16S rRNA为靶基因,参考已公布的P.multocida的16S rRNA基因设计1对特异性引物,优化PCR反应条件,建立了P.multocida PCR快速检测方法。该PCR方法的敏感性达到60 cfu/mL,采用该PCR方法扩增P.multocida标准株和分离株均能扩增出643 bp的目的片段,扩增兔大肠杆菌、支气管败血波氏杆菌结果为阴性,证明本实验所建立的P.multocida PCR检测方法快速、敏感、特异、可靠,可用于P.multocida的快速鉴定与诊断。同时用建立的PCR方法对临床疑似病兔的脏器分离菌进行扩增,可扩增出目的条带,与细菌的分离结果相一致。 相似文献
11.
根据NCBI上已收录的链球菌ef-tu基因、金黄色葡萄球菌nuc基因、沙门菌hut基因和大肠杆菌23SrRNA基因的序列,设计并合成4对特异性引物,通过优化多重PCR的反应条件,建立了能够同时检测4种细菌混合感染的多重PCR诊断方法。特异性分析结果表明,应用该方法可以从链球菌、金黄色葡萄球菌、沙门菌和大肠杆菌以及4种细菌的混合物中扩增出4条大小分别为197、278、495和652bp的特异性条带,其他对照组的检测结果均为阴性;敏感性分析表明,该方法对4种病原菌基因组DNA的检出量分别为链球菌25.6pg、金黄色葡萄球菌33.2pg、沙门菌35.7pg、大肠杆菌52.1pg;人工模拟感染样本检测表明,该方法能从混合感染的病料中特异地检测出4种病原菌。本试验建立的多重PCR方法具有特异性强,敏感度高,稳定性好的特点,可以有效的检测链球菌、金黄色葡萄球菌、沙门菌和大肠杆菌的混合感染。 相似文献
12.
犊牛腹泻主要病原菌多重PCR方法的建立 总被引：1，自引：0，他引：1
产毒性大肠埃希菌、A/E大肠埃希菌和沙门菌是造成犊牛腹泻的主要病原菌。选取产毒性大肠埃希菌的st和lt基因、A/E大肠埃希菌的eae基因和沙门菌的invA基因作为扩增靶基因序列,通过优化反应条件建立了四重PCR检测体系。对PCR产物回收、测序,验证PCR。通过特异性试验和敏感性试验证明该PCR体系特异性强、敏感性高,可有效地检测犊牛腹泻病原菌。使用该四重PCR检测22份临床样品,发现其中9份携带相关基因,并分离得到了相关致病菌。 相似文献
13.
Osek J Gallien P Protz D Truszczynski M 《Berliner und Münchener tier?rztliche Wochenschrift》2000,113(7-8):265-270
Enterotoxigenic Escherichia coli (ETEC) may produce heat-labile (LT) and heat-stable (STI or STII) enterotoxins. Differentiation between ETEC and other pathogenic and non-pathogenic E. coli as well as other Gram-negative bacteria responsible for induction of diarrhoea, requires isolation, biochemical identification and determination of toxins (or their genes--elt, estI, estII). A multiplex polymerase chain reaction (PCR) system for the rapid and specific detection of enterotoxin-gene-positive E. coli was developed. The primers described by other authors, specific for the universal stress protein A (UspA) of E. coli and enterotoxin genes were used and allowed a simultaneous amplification of the E. coli-specific uspA and the respective toxin genes. The specificity of this multiplex PCR system was confirmed by testing ETEC, non-ETEC and other non-E. coli bacteria. The specific 884 bp uspA gene and 280 bp (eltI), 166 bp (estI) or 278 bp (estII) amplification products were generated with the respective ETEC strains whereas no amplification was detected with non-E. coli bacteria. The multiplex PCR developed allowed the rapid and specific identification of enterotoxin-producing E. coli colonies directly grown from faecal samples of pigs with diarrhoea. The test may be used as a method for the determination of ETEC among other pathogenic groups of E. coli and other Gram-negative enteric isolates. 相似文献
14.
根据布鲁菌属特异性基因BCSP31和布鲁菌种间特异性标志IS711插入序列,设计合成了3对引物,以牛种布鲁菌544A、104M和羊种布鲁菌16M基因组DNA为模板,通过优化反应条件,建立了可同时检测布鲁菌属、牛种布鲁菌和羊种布鲁菌的多重PCR方法。牛种布鲁菌可扩增出301和114 bp 2条带,羊种布鲁菌可扩增出301和253 bp 2条带,该方法对牛种布鲁菌544A和羊种布鲁菌16M混合DNA模板的最小检出量为100 pg,对大肠杆菌O157∶H7、小肠结肠炎耶尔森菌等15种参照菌的核酸扩增结果均为阴性。应用该方法对吉林省某牛场的106份粪便进行检测,虎红平板凝集试验作对照,结果PCR检测9份为阳性,且全为牛种布鲁菌阳性,对应的虎红平板凝集试验也为阳性。结果表明,建立的多重PCR方法具有良好的敏感性和特异性,为布鲁菌病的鉴别诊断提供了一种分子检测工具。 相似文献
15.
本研究旨在建立一种快速鉴定致猪水肿病大肠埃希菌的多重PCR检测方法.分别针对大肠埃希菌16S rDNA、志贺毒素Stx2e A亚基和菌毛F18ab A亚基保守序列设计合成3对特异性引物,优化多重PCR反应条件,并进行特异性和敏感性检测.结果显示,阳性对照菌株扩增产物大小分别为1 062、733和313 bp.特异性和灵敏性检测结果表明,与肠炎沙门菌、多杀性巴氏杆菌、胸膜肺炎放线杆菌、副猪嗜血杆菌、支气管败血波氏杆菌和猪链球菌等猪常见致病菌均无交叉反应;菌体直接扩增法最低检出量为1 875 CFU.利用建立的多重PCR检测方法对分离收集的128株大肠埃希菌进行鉴定,得到36株致猪水肿病大肠埃希菌,其中30株既有菌毛F18ab又产志贺毒素Stx2e,另外6株仅产志贺毒素Stx2e.结果表明,本试验所建立的多重PCR检测方法对致猪水肿病大肠埃希菌的快速诊断和流行病学调查具有一定的应用价值. 相似文献
16.
本研究以单核细胞增生性李斯特菌Hly基因和InlA基因作为靶序列设计2对引物,建立了检测单增李斯特菌的二重PCR方法。结果表明,该方法可以同时扩增出单增李斯特菌的Hly基因和InlA基因,而对大肠杆菌、沙门氏菌等食品中的常见致病菌和英诺克李斯特菌均不能扩增出任何条带,表现出良好的特异性。二重PCR方法的最低检测限为104CFU/mL,并能够用于鉴定实验小鼠攻毒后内脏器官的单增李斯特菌分离培养物。该方法表现出良好的特异性、敏感性和通用性,适用于单增李斯特菌的快速鉴别检测。 相似文献
17.
多重PCR快速检测奶牛乳房炎3种主要病原体 总被引：10，自引：0，他引：10
奶牛乳房炎是引起奶牛业经济损失的一种重要疫病,目前还没有快速、特异检测奶牛乳房炎主要致病原的方法。本试验根据金黄色葡萄球菌、无乳链球菌、大肠杆菌各自保守的16S或23S rRNA基因序列,合成了3对特异性引物,建立了三重PCR检测方法。特异性试验表明,该方法对所有参与测试的金黄色葡萄球菌、无乳链球菌和大肠杆菌都能扩增出各自的阳性条带,而对所有参与测试的对照菌株则不能扩增出任何条带。敏感性试验表明该方法能检测到4个菌的金黄色葡萄球菌、无乳链球菌和2个菌的大肠杆菌。对送检的乳房炎奶样36份直接进行PCR检测,金黄色葡萄球菌阳性7份,无乳链球菌阳性2份,大肠杆菌阳性6份。 相似文献
18.
Aradaib IE Smith WL Osburn BI Cullor JS 《Comparative immunology, microbiology and infectious diseases》2003,26(2):77-87
In the present study, a multiplex RT-PCR-based assay for simultaneous detection and differentiation of North American serotypes of bluetongue (BT) virus (BTV) and epizootic hemorrhagic disease (EHD) virus (EHDV) in cell culture and clinical samples was developed. Two pairs of primers (B1 and B4) and (E1 and E4) were designed to hybridize to non-structural protein 1 (NS1) genomes of (BTV-11) and (EHDV-1), respectively. The multiplex PCR-based assay utilized a single tube-PCR amplification in which EHDV and BTV primers were used simultaneously in a multiplex format. The BTV primers generated a 790 base pair (bp) specific PCR product from RNA samples of North American BTV serotypes 2, 10, 11, 13 and 17; whereas EHDV serotypes 1 and 2 or total nucleic acid extract from non-infected baby hamster kidney (BHK) cells failed to demonstrate the 790bp specific BTV PCR product. Likewise, the EHDV primers produced a 387bp specific PCR product from RNA samples of EHDV serotypes 1 and 2, but not from BTV serotypes 2, 10, 11, 13, 17 or from total nucleic acid extract of BHK cell controls.Two pairs of nested primers (B2 and B3) and (E2 and E3), internal to the annealing sites of primers (B1and B4) and primers (E1 and E4), produced a 520bp specific BTV and a 224bp specific EHDV PCR product from BTV and EHDV first amplification products, respectively. These nested amplifications increased the sensitivity of the PCR assay and confirmed the specificity of the first amplified EHDV or BTV PCR products. The described multiplex RT-PCR-based assay could be used to facilitate rapid detection and differentiation of North American BTV and EHDV serotypes and to provide a valuable tool to study the epidemiology of these orbivirus infections in susceptible animal populations. 相似文献
19.
Ok M Güler L Turgut K Ok U Sen I Gündüz IK Birdane MF Güzelbekteş H 《Zoonoses and public health》2009,56(2):94-101
The purpose of this study was to determine aetiological agents of diarrhoea in neonatal calves and to investigate virulence gene markers of Escherichia coli strains isolated from calves by multiplex polymerase chain reaction (PCR). Eighty-two diarrhoeic calves and 18 healthy calves were used as subjects. Faeces were taken from the rectums of all the calves and were subjected to bacterial culture. Antigen enzyme-linked immunosorbent assay (ELISA) was performed to detect rotavirus, coronavirus and E. coli K99 in faeces of all the calves. A multiplex PCR was used to characterize E. coli strains in all the calves. Escherichia coli was isolated from 37 faeces samples, Enterococcus ssp. was isolated from 22 faeces samples and Salmonella was isolated from one faeces sample in diarrhoeic calves. Furthermore, only E. coli was isolated from all 18 faeces samples of healthy calves. Of the 37 E. coli isolated from diarrhoeic calves, K99 (18.9%), F41 (18.9%), heat-stable enterotoxin a (STa) (18.9%), Shiga toxin 1 (Stx1; 13.5%) and Shiga toxin 2 (Stx2; 5.4%) and intimin (8.1%) genes were identified by multiplex PCR. Of the 18 E. coli isolated from healthy calves, K99 (16.6%) and intimin (55.5%) genes were identified by PCR. A total of 15 rotavirus, 11 coronavirus and 11 E. coli K99 were detected in diarrhoeic calves by the antigen ELISA. As a result, this study shows that rotavirus, coronavirus, E. coli and Enterococcus ssp. were determined to play a role in the aetiology of diarrhoea in the neonatal calves. K99, F41, STa, Stx1 and Stx2 were found as the most common virulence gene markers of E. coli strains isolated from calves with diarrhoea. Multiplex PCR may be useful for characterization of E. coli isolated from calves. 相似文献