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FGF21基因属于成纤维细胞生长因子家族(Fibroblast Growth Factors,FGFs)。试验对草鱼FGF21基因蛋白质的结构功能和理化性质进行了预测。结果显示,草鱼FGF21基因编码蛋白质属于不稳定亲水蛋白质,蛋白质二级结构以无规则卷曲(58.29%)为主,含有187个氨基酸,β-折叠的数值是21.39%,α-螺旋的数值是20.32%,不含β-转角;磷酸化位点有24个,无跨膜结构以及N-糖基化位点和信号肽。研究结果为进一步阐明草鱼FGF21基因的功能奠定分子生物学基础。 相似文献
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为了表达牛环形泰勒虫(Theileria annulata)截短HSP70基因编码蛋白并研究该蛋白的结构与功能特性,本研究扩增牛环形泰勒虫HSP70目的基因并构建重组质粒pMD18-T-HSP70,选取其他种的同源HSP70蛋白序列构建系统进化树;利用生物信息学方法分析HSP70基因编码蛋白的氨基酸组成、基本理化性质、亲疏水性、跨膜区结构、信号肽、可能的磷酸化位点、亚细胞定位及蛋白的二级结构和三级结构;对重组蛋白HSP70进行蛋白互作网络分析;构建原核表达载体pET28a-HSP70,筛选诱导表达条件,镍柱纯化重组蛋白及检测反应原性。结果显示,牛环形泰勒虫HSP70蛋白序列与小泰勒虫的序列同源性较高,蛋白分子质量为42 ku,理论等电点(pI)为5.61,属于酸性亲水性蛋白,无跨膜区及信号肽;蛋白功能预测结果显示,HSP70包含32个可能的磷酸化位点,亚细胞定位分析显示该蛋白主要分布于细胞质。蛋白质二级结构中α-螺旋、β-转角、无规则卷曲、延伸链分别占39.18%、8.51%、30.41%和21.91%。蛋白互作网络构建结果显示,与HSP70相互作用的蛋白主要为HSP90家族成员,另外还有伴侣蛋白GrpE同系物,预示着HSP70可能在细胞内与HSP90形成复合体发挥作用。本试验成功构建原核表达载体,获得了大小约为48 ku的融合蛋白,以0.6 mmol/L IPTG于37℃诱导5 h,蛋白表达较好;点状印迹及Western blotting结果表明,表达产物可被自然感染的牛环形泰勒虫阳性血清识别,具有良好的反应原性。本试验结果为进一步探讨牛环形泰勒虫HSP70功能机制提供了理论依据。 相似文献
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为了表达牛环形泰勒虫（Theileria annulata）截短HSP70基因编码蛋白并研究该蛋白的结构与功能特性,本研究扩增牛环形泰勒虫HSP70目的基因并构建重组质粒pMD18-T-HSP70,选取其他种的同源HSP70蛋白序列构建系统进化树;利用生物信息学方法分析HSP70基因编码蛋白的氨基酸组成、基本理化性质、亲疏水性、跨膜区结构、信号肽、可能的磷酸化位点、亚细胞定位及蛋白的二级结构和三级结构;对重组蛋白HSP70进行蛋白互作网络分析;构建原核表达载体pET28a-HSP70,筛选诱导表达条件,镍柱纯化重组蛋白及检测反应原性。结果显示,牛环形泰勒虫HSP70蛋白序列与小泰勒虫的序列同源性较高,蛋白分子质量为42 ku,理论等电点（pI）为5.61,属于酸性亲水性蛋白,无跨膜区及信号肽;蛋白功能预测结果显示,HSP70包含32个可能的磷酸化位点,亚细胞定位分析显示该蛋白主要分布于细胞质。蛋白质二级结构中α-螺旋、β-转角、无规则卷曲、延伸链分别占39.18%、8.51%、30.41%和21.91%。蛋白互作网络构建结果显示,与HSP70相互作用的蛋白主要为HSP90家族成员,另外还有伴侣蛋白GrpE同系物,预示着HSP70可能在细胞内与HSP90形成复合体发挥作用。本试验成功构建原核表达载体,获得了大小约为48 ku的融合蛋白,以0.6 mmol/L IPTG于37 ℃诱导5 h,蛋白表达较好;点状印迹及Western blotting结果表明,表达产物可被自然感染的牛环形泰勒虫阳性血清识别,具有良好的反应原性。本试验结果为进一步探讨牛环形泰勒虫HSP70功能机制提供了理论依据。 相似文献
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《中国畜牧兽医》2020,(3)
为了研究山羊热休克蛋白70(HSP70)家族成员HSPA6基因编码蛋白的结构与功能特性,本研究利用生物信息学方法,分析了山羊HSPA6基因编码蛋白的氨基酸组成、基本理化性质、亲疏水性、跨膜区结构、信号肽、可能的磷酸化修饰位点、亚细胞定位,以及蛋白的二级结构和三级结构;选取多种生物的同源HSP70蛋白序列构建系统进化树,另外还对HSPA6进行了蛋白互作网络分析。结果显示,山羊HSPA6蛋白序列与哺乳动物(牛、猪)的序列同源性较高;山羊HSPA6蛋白分子质量为70.9 ku,理论等电点为5.78,属于酸性蛋白和亲水性蛋白,无跨膜结构和信号肽;蛋白质功能预测结果显示,HSPA6包含10个分值很高的可能磷酸化位点,这些位点分布在N-端的核苷酸结合结构域(NBD)和C-端的多肽结合结构域(PBD)。经序列分析发现,HSPA6 C-端含有EEVD基序,是HSP70家族蛋白定位于细胞质的保守基序,表明HSPA6主要分布在细胞质。蛋白质二级结构主要以α-螺旋和无规则卷曲为主,分别占41.52%和33.75%,为混合型蛋白;蛋白互作网络构建结果显示,和HSPA6相互作用的蛋白包括HSP70家族成员,另外也有HSP40、HSP90家族成员,预示着山羊HSPA6可能在细胞内与HSP40和HSP90形成复合体发挥作用。本试验结果为进一步深入探讨山羊HSPA6响应环境应激的功能机制提供了理论依据。 相似文献
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研究柞蚕热休克蛋白基因在高温胁迫下的表达变化,有助于从分子水平解析柞蚕对高温的应激反应机制。采用RTPCR技术从柞蚕蛹脂肪体组织中克隆了2个热休克蛋白70基因Ap HSP70-1(Gen Bank登录号:KR821069)、Ap HSP70-2(GenBank登录号:KT225460),2个基因的开放阅读框(ORF)均为1 905 bp,编码634个氨基酸,蛋白质具有细胞质特征基序,推测为诱导型热休克蛋白,其序列N端为高度保守的ATPase功能域,C端为多肽结合功能域,是差异位点的主要分布区域。Ap HSP70-1和Ap HSP70-2蛋白之间的序列相似度为86.91%,二者与Ap HSC70蛋白序列的相似度分别为71.82%和70.14%。半定量RT-PCR检测显示,高温(43℃)诱导后柞蚕蛹脂肪体组织中Ap HSP70-1、Ap HSP70-2基因的表达量明显升高,而Ap HSC70基因的表达量变化不大;相对于Ap HSP70-2,正常环境下Ap HSP70-1在柞蚕蛹各组织中几乎不表达,但热激后被诱导表达。qRT-PCR检测高温(43℃)诱导处理后柞蚕蛹脂肪体组织中的Ap HSP70-2表达量上调了6.32倍,Ap HSP70-1的表达量上调了4.18倍。推测克隆的2个Ap HSP70基因在柞蚕应对热激胁迫的反应中发挥重要作用。 相似文献
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为了研究山羊热休克蛋白70（HSP70）家族成员HSPA6基因编码蛋白的结构与功能特性,本研究利用生物信息学方法,分析了山羊HSPA6基因编码蛋白的氨基酸组成、基本理化性质、亲疏水性、跨膜区结构、信号肽、可能的磷酸化修饰位点、亚细胞定位,以及蛋白的二级结构和三级结构;选取多种生物的同源HSP70蛋白序列构建系统进化树,另外还对HSPA6进行了蛋白互作网络分析。结果显示,山羊HSPA6蛋白序列与哺乳动物（牛、猪）的序列同源性较高;山羊HSPA6蛋白分子质量为70.9 ku,理论等电点为5.78,属于酸性蛋白和亲水性蛋白,无跨膜结构和信号肽;蛋白质功能预测结果显示,HSPA6包含10个分值很高的可能磷酸化位点,这些位点分布在N-端的核苷酸结合结构域（NBD）和C-端的多肽结合结构域（PBD）。经序列分析发现,HSPA6 C-端含有EEVD基序,是HSP70家族蛋白定位于细胞质的保守基序,表明HSPA6主要分布在细胞质。蛋白质二级结构主要以α-螺旋和无规则卷曲为主,分别占41.52%和33.75%,为混合型蛋白;蛋白互作网络构建结果显示,和HSPA6相互作用的蛋白包括HSP70家族成员,另外也有HSP40、HSP90家族成员,预示着山羊HSPA6可能在细胞内与HSP40和HSP90形成复合体发挥作用。本试验结果为进一步深入探讨山羊HSPA6响应环境应激的功能机制提供了理论依据。 相似文献
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获取金草鱼Serpinc1基因序列,研究金草鱼与草鱼Serpinc1基因的差异,并预测金草鱼Serpinc1基因序列的特征及其编码蛋白的高级结构。本研究利用RT-PCR克隆测序技术获得金草鱼Serpinc1基因序列,分析其与草鱼Serpinc1基因的差异,并通过生物信息学方法预测金草鱼Serpinc1基因序列的特征及其编码蛋白的高级结构。结果显示,金草鱼Serpinc1基因与草鱼相比共有4个核苷酸位点发生改变(c.1091TA、c.1116AT、c.1176TG和c.1179CT),其中仅有1个位点(c.1091TA)为错义突变,导致第364位缬氨酸(Val)转变为谷氨酸(Glu)。生物信息学预测结果表明,金草鱼Serpinc1基因开放阅读框长度为1 353 bp,共编码450个氨基酸,分子量为50.89 kDa,理论等电点为6.58,不稳定指数为34.55,属于不稳定蛋白;编码氨基酸包含20种标准氨基酸,其中亮氨酸最多(10.2%),而色氨酸(Trp)含量最少(1.3%);整条肽链的亲疏水平均值为-0.213,表现为亲水性;包含4个糖基化位点和37个磷酸化位点;蛋白质二、三级结构以α结构和功能及其发挥该功能的活性位点的验证奠定了基础,为金草鱼出血性疾病相关分子标记的筛选提供了理论基础。 相似文献
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牛TLR4基因生物信息学分析 总被引：1，自引：0，他引：1
为了更加深入地了解牛TLR4基因的功能、结构及与该基因有关联的疾病识别及其致病机理,利用牛TLR4基因的氨基酸序列对其编码蛋白的基本理化性质、蛋白质译后的磷酸化位点和糖基化位点以及跨膜结构域和蛋白质结构进行预测。结果显示,牛TLR4基因一共编码841个氨基酸,负电荷残基总和(Asp+Glu)为84,正电荷残基总和(Arg+Lys)为76,不稳定指数小于40,表明该基因编码产物稳定性较好。在该基因整个编码产物中,亲水氨基酸占比较多,平均分值为-0.011,由此得知TLR4基因编码的蛋白质是一种易溶蛋白。有9个潜在的N-糖基化位点;78个磷酸化位点以及存在一个跨膜蛋白和存在信号肽,其切割位点在第25和第26个氨基酸之间。蛋白质的二、三级结构预测结果显示,二级结构和三级结构均由α-螺旋、β-折叠和无规则卷曲组成,其在生物合成、基因表达与调控等方面有重要作用。本研究结果可为牛TLR4基因深入研究提供理论基础。 相似文献
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《中国奶牛》2021,(5)
本研究采用生物信息学分析的方法对牛BoLA-DQA5基因编码蛋白的理化性质、疏水性/亲水性、糖基化位点、二级结构和三级结构进行预测分析。结果表明,牛BoLA-DQA5基因片段一共编码255个氨基酸,其中亮氨酸(Leu)最多,半胱氨酸(Cys)最少。整个编码产物中,亲水氨基酸占51.82%,疏水氨基酸占48.18%,平均分值为+0.075,编码产物不稳定指数大于40且呈现疏水性,因此牛BoLA-DQA5蛋白是一种不稳定的不可溶蛋白质。牛DQA5基因编码蛋白质具有2个潜在的N-糖基化位点,分别为Asn104和Asn144;蛋白质的二、三级结构预测结果显示,二级结构和三级结构均具有α-螺旋、β-折叠和无规则卷曲。本研究结果可为牛BoLA-DQA5基因深入研究提供理论基础。 相似文献
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褐黄血蜱(Haemaphysalis flava,H.flava)热休克蛋白70-b2(heat shock protein 70-b2, HSP70-b2)属于HSP70家族。为评估褐黄血蜱HSP70-b2的抗凝血活性、免疫原性及其类14-Mer肽的作用，本研究通过RACE技术扩增褐黄血蜱HSP70-b2基因全长；定点突变其编码类14-Mer肽段序列获得HSP70-b2M基因全长；分别构建原核表达质粒，经原核表达、镍柱层析纯化获得可溶性重组蛋白，体外凝血四项试验评估rHSP70-b2与rHSP70-b2M的抗凝血活性；将重组蛋白与弗氏(不)完全佐剂按推荐剂量乳化，皮下免疫Sprague Dawley(SD)大鼠，间接ELISA检测血清抗体效价，探究rHSP70-b2与rHSP70-b2M的免疫原性。结果显示：HSP70-b2基因全长2 413 bp,开放阅读框长1 905 bp,编码蛋白中具有HSP70蛋白家族标签。成功将HSP70-b2中编码类14-Mer肽段的核酸序列突变为编码14-Mer肽段的核酸序列。与对照组相... 相似文献
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《中国奶牛》2021,(10)
为了更加深入地了解牛TBX21基因的蛋白质结构和功能及其与该基因有关联的疾病,本研究以牛TBX21为目的基因,利用生物信息学方法对其编码蛋白质的基本理化性质、疏\亲水性、蛋白质翻译后的修饰位点、信号肽和跨膜结构域、亚细胞定位以及蛋白质的高级结构等对其进行预测分析。结果表明,牛TBX21基因编码532个氨基酸,分子质量为58188.87,基因编码产物不稳定指数为57.26,理论等电点为5.88,分子式为C 2597 H 3892 N 714 O 781 S 18。亲水性氨基酸占比为78.63%,疏水性氨基酸占比为21.37%,平均分值为-0.655,为负值,表现为亲水性。该基因中没有信号肽和跨膜结构域,没有N-糖基化位点,但含有磷酸化位点52个。通过对其亚细胞的定位分析,显示TBX21基因编码的产物主要是在细胞核内发挥其生物学作用。该基因的蛋白质二、三级结构均由α-螺旋、β-折叠和无规则卷曲组成,其在生物合成、基因表达与调控等方面有重要作用。本研究结果可为牛TBX21基因深入研究奠定一定的基础。 相似文献
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“军牧1号”猪HSP70基因的克隆及序列分析 总被引：1，自引：0，他引：1
从“军牧1号“猪淋巴细胞中提取总RNA进行RT-PCR,将获得的HSP70cDNA克隆进pMD18-T载体,并转化至受体菌DH5α中,对阳性重组子进行DNA序列分析,结果构建的克隆质粒中含有编码HSP70的完整阅读框,它由1926个核苷酸组成,编码641个氨基酸,HSP70多肽相对分子质量为70143,C末端有高度保守的EEVD序列。与其他哺乳动物HSP70基因的同源性在81%～99%。氨基酸序列的同源性在81%～98%。与其他猪种比较,“军牧1号“猪HSP70编码基因有4个核苷酸发生替换,推定的翻译序列有2个氨基酸不同。系统进化树分析表明,“军牧1号“白猪与其他猪种的亲缘关系最近。证实了HSP70基因的高度保守性,并为HSP70的进一步研究和应用奠定了基础。 相似文献
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为了进一步阐明水牛HSP70基因在热应激中发挥的作用,研究水牛HSP70基因的多态性,试验以广西沼泽型水牛血样为材料,根据HSP70基因的保守区设计引物,应用RT-PCR方法扩增获得了长度为322 bp的HSP70基因片段,并与GenBank公布的其他HSP70蛋白序列比对同时运用DNAStar分析软件构建HSP70基因的系统发育树。结果表明:克隆得到的HSP70基因片段与牛的HSPA1A蛋白、野牦牛的HSPA70-2蛋白和牛的HSP70a蛋白的同源性分别为98%、95%和92%;广西沼泽型水牛与杂交型水牛聚集成一支,这与牛科动物的实际进化关系吻合。 相似文献
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热休克蛋白70(HSP70)广泛分布于生物体中,在蛋白转运、耐热性、细胞保护等方面起着重要作用.本研究以黑腹果蝇的一个HSP70氨基酸序列与家蚕基因组预测的基因库进行tBlastn检索,共获得了多个可能的家蚕HSP70基因,我们对编号为BGIBMGA002381进行了电子克隆.BGIBMGA002381基因的编码区序列... 相似文献
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《畜牧与兽医》2016,(9):21-26
为了研究不同物种LH-β基因的遗传多样性,采用生物信息学方法对LH-β基因进行了分析。从NCBI中选择了15个物种共73条LH-β基因编码区序列,并对该基因的遗传多样性、氨基酸序列、信号肽、跨膜结构域、亲水性/疏水性、蛋白质二级和三级结构进行了预测和分析。结果表明:在15个物种的73条基因序列中共检测到687个多态位点,生成55个单倍型;突变位点总数为23到146个;物种间的核苷酸歧异度(Dxy)在0.030到0.275之间,遗传分化(Gst)在0.000到0.183之间,净遗传距离(Da)在0.007到0.264之间。LH-β编码的蛋白呈碱性,N端有信号肽,没有跨膜结构域,肽链表现为亲水性。蛋白质二级结构主要结构元件是α-螺旋、延伸链和不规则卷曲。 相似文献
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本研究参照GenBank中编码禽源热休克蛋白HSP70、HSP40和核糖体蛋白RL4等的基因序列,分别设计特异性引物,采用RT-PCR扩增HSP70、HSP40和RPL4基因,经双酶切后克隆到真核表达载体pEF1α-Myc,得到重组质粒pEF1α-Myc-HSP70、pEF1α-Myc-HSP40和pEF1α-Myc-RPL4;将构建好的重组质粒,转染HEK293T细胞后,采用间接免疫荧光和Western-blot技术,对目的蛋白进行验证。结果表明,Myc-HSP70、Myc-HSP40和Myc-RPL4融合蛋白在HEK293T细胞内得到了正确表达。本研究为后续禽源HSP70、HSP40和RPL4基因的功能研究奠定了基础。 相似文献