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味觉受体 I 型(taste receptor type I, T1R)家族在对环境营养物质的识别中发挥关键作用。为理解鳜(Siniperca chuatsi)味觉受体 I 型家族成员数目、表达特征与其肉食性之间的关联, 利用基因家族分析从鳜基因组数据中鉴定了 T1R 家族成员基因, 荧光定量 PCR 测定了孵化后 0~30 d (0~30 dph, days post hatching)、驯食饲料后 T1R 家族成员基因表达水平变化。结果显示, 鳜 T1R 家族包括 4 个基因: t1r1、t1r2a1、t1r2a2、t1r3, 4 个基因序列、结构域完整; t1r2 基因出现了复制(t1r2a1、t1r2a2), t1r2a1、t1r2a2 外显子结构一致, 结构域相同, 仅第 3、4、5 内含子和 5ʹ 端 UTR 长度不同。选择压力(dN/dS)分析表明, 鳜 t1r1 正向选择, t1r2s 和 t1r3 负选择, 鲜味受体基因 t1r1 进化压力可能与其独特食性(终生以活饵为食)有关。4 个味觉受体 I 型基因 t1r1、t1r2a1、t1r2a2、t1r3 自开口前开始表达, 20 d 后表达增加, 其中鲜味受体基因 t1r1 表达水平显著高于甜味受体基因 t1r2s; 饲料驯食养殖后, 4 个 t1r 基因表达量下调, 其中鲜味受体基因 t1r1 表达下调最为显著。研究结果为鳜味觉受体基因对其肉食性形成与适应研究提供了基础资料。 相似文献
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灯笼鱼科鱼类种类繁多, 且同属鱼类形态学相近, 因此利用分子标记对灯笼鱼进行准确的物种鉴定具有重要价值。为探讨线粒体细胞色素 b 基因(Cyt b)和 12S rRNA 基因在灯笼鱼科物种鉴定中的适用性, 对西北太平洋采集的 56 尾灯笼鱼进行扩增, 并进行序列对比与系统发育分析。研究表明, 采集的样本包括 6 种灯笼鱼, 分别为瓦氏角灯鱼(Ceratoscopelus warmingii)、长体标灯鱼(Symbolophorus californiensis)、粗鳞灯笼鱼(Myctophum asperum)、 细泰勒灯鱼(Tarletonbeania crenularis)、日本背灯鱼(Notoscopelus japonicus)以及某背灯鱼属鱼类(Notoscopelus sp.)。 核苷酸多态性分析显示, 基于 Cyt b 基因的种内与种间遗传距离比基于 12S rRNA 基因的更大。比较灯笼鱼科 2 种基因序列的结构特征, 发现 Cyt b 基因的种间平均遗传距离是种内平均遗传距离的 25 倍, 12S rRNA 基因的种间平均遗传距离是种内平均遗传距离的 26 倍, 均符合作为 DNA 条形码的基本要求。系统进化分析显示, 每种灯笼鱼均能形成独立分支, 2 个基因均能对 6 种灯笼鱼类进行鉴别; 但在 Cyt b 基因构建的进化树中, 每种鱼类能更好与数据库中已有的序列进行聚类。综上所述, Cyt b 和 12S rRNA 作为 DNA 条形码可以有效地对灯笼鱼科鱼类物种进行鉴定, 且 Cyt b 基因在系统进化关系的研究上具有更高的适用性。 相似文献
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为探究叶尔羌高原鳅(Triplophysa yearkandensis)免疫系统中TLRs基因家族的多样性、进化关系和功能特征,基于该物种鳃组织的高通量二代转录组测序数据进行了生物信息学分析,在对该物种TLRs基因家族进行鉴定的基础上分析了其系统发育和蛋白功能。结果表明,叶尔羌高原鳅鳃组织中存在11个TLRs基因家族成员,分别为TLR1、TLR2、TLR3、TLR5、TLR7、TLR8、TLR9、TLR13、TLR18、TLR22和TLR25,其中TLR7、TLR9和TLR13缺失5′端序列,而其余序列均完整。TLRs基因家族成员系统发育分析发现,可以将11个基因分为5个亚家族。蛋白功能分析发现,各个TLR基因都含有富含亮氨酸重复结构域以及TIR结构域。物种间系统发育分析显示,叶尔羌高原鳅与西藏高原鳅(Triplophysa tibetana)和玫瑰高原鳅(Triplophysa rosa)在TLRs基因家族成员方面分别聚为一类,说明3个物种亲缘关系相近。研究结果有助于深入了解叶尔羌高原鳅TLRs基因家族的进化关系和免疫功能,同时也为该物种的遗传资源保护和养殖利用提供理论基础。 相似文献
4.
核转录因子 NF-κB 家族在无脊椎动物抵抗病原刺激中起着重要作用。本研究通过 RACE 技术克隆了长毛明对虾(Fenneropenaeus penicillatus) NF-κB 家族基因, 分别命名为 FpRelish 和 FpDorsal。FpRelish cDNA 全长为 5373 bp, 其中 5?UTR 88 bp, 3?UTR 1667 bp, 编码区 3618 bp, 编码 1205 个氨基酸; FpDorsal cDNA 全长为 4816 bp, 其中 5?UTR 611 bp, 3?UTR 2147 bp, 编码区 2058 bp, 编码 685 个氨基酸, 两者均具有 RHD 结构域。同源性和系统进化分析表明, FpRelish 和 FpDorsal 都分别与甲壳动物首先聚为一支。qPCR 分析表明, 两基因在检测的血液、心脏、肝胰脏、鳃、肠道、性腺、肌肉、神经和胃组织中均有表达, 且均在肝胰脏中最低, 在血细胞中最高, 相差 8~ 10.7 倍。嗜水气单胞菌(Aeromonas hydrophila)刺激后, FpRelish 和 FpDorsal 基因在鳃和肝胰脏中均有先上升再下降的表达变化模式, 鳃中 FpRelish 基因 6 h 表达最高, 为对照组 2.7 倍, FpDorsal 基因 9 h 表达最高, 为对照组 2.1 倍; 肝胰脏中 FpRelish 基因在 9 h 高表达, 最高表达量在 48 h, 为对照组的 4.5 倍, FpDorsal 基因 9 h 表达最高, 为对照组 22 倍。溶藻弧菌(Vibrio aliginolyticus)刺激后, 鳃中 FpRelish 基因 24 h 表达最高, 为对照组 1.9 倍, FpDorsal 基因 24 h 表达最高, 为对照组 1.5 倍; 肝胰脏中 FpRelish 基因 3 h 达最高表达量, FpDorsal 基因 6 h 表达最高, 均为对照组的 1.5 倍。本研究表明 FpRelish 和 FpDorsal 在长毛明对虾免疫调控中发挥了重要作用。 相似文献
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罗非鱼源无乳链球菌cpsE基因的克隆和分子特性分析 总被引：1，自引：1，他引：0
利用特异性引物,采用PCR扩增出分离自患病罗非鱼无乳链球菌强毒株的cpsE基因,将其克隆到pMD19-T载体上,通过菌落PCR鉴定和利用限制性内切酶BamHⅠ和HindⅢ对重组质粒进行双酶切鉴定之后送测序公司测序,并利用生物信息学软件Clustal X 2.0、MEGA 4.1、Bioedit 7.0、TMHMM、NetPhos 2.0、NetNGlyc 1.0、SignalP 3.0 Server、PSIpred、SAM_T08以及CUSP等分析cpsE基因的分子特性。结果显示,罗非鱼源无乳链球菌cpsE编码氨基酸序列具有高度保守性,与人源、动物源无乳链球菌亲缘性达100%,具有1个参与催化糖基元转运的Glycosyltransferases超级家族结构域,具有与蛋白翻译后修饰功能相关的磷酸化位点3个,编码多肽链中亲水区大于疏水区,且存在跨膜区。密码子偏爱性分析表明,罗非鱼源无乳链球菌cpsE基因密码子使用频率差异较大,密码子偏爱性更接近真核生物。 相似文献
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鱼类嗅觉受体基因研究进展 总被引：2，自引：1，他引：1
嗅觉是鱼类感知外界环境的重要器官,参与觅食、定位、避敌以及生殖洄游等行为。嗅觉功能基于嗅觉信号通路并由嗅觉受体蛋白识别外界环境中的气味分子而实现。嗅觉受体基因编码G蛋白偶联受体蛋白,在脊椎动物中已发现的嗅觉受体基因有5个家族,即主嗅觉受体基因(MOR)、犁鼻器Ⅰ型受体基因(V1R/ORA)、犁鼻器Ⅱ型受体基因(V2R/OlfC)、痕量胺相关受体基因(TAAR)和甲酰基肽受体基因(FPR)。鱼类占脊椎动物所有种类的50%以上,近年有关鱼类嗅觉受体基因的研究越来越多,新的发现不断涌现,但目前国内的相关文献甚少。本文总结了鱼类嗅觉受体基因家族的研究进展,整理了研究中遇到的有关问题和相应对策,并对研究前景作了展望,旨在为国内鱼类嗅觉受体基因的研究提供参考资料。 相似文献
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溶质载体13(solute carrier 13, SLC13)是SLC转运蛋白超家族的重要成员,编码结构相似的跨膜蛋白,在介导转运阴离子和柠檬酸循环代谢中间体中发挥重要作用。近江牡蛎(Crassostrea ariakensis)基因家族收缩和扩张分析表明,SLC13家族显著扩张,可能与渗透压调节密切相关。为进一步探讨近江牡蛎SLC13基因家族(CarSLC13)特征及在高盐胁迫下的表达变化,本研究运用生物信息学方法对CarSLC13进行鉴定,并分析了其基因结构、染色体定位、系统进化和在急性高盐胁迫后鳃组织中的表达特征。本研究共鉴定出11个CarSLC13基因,包括1个CarSLC13A1亚家族成员, 6个CarSLC13A2亚家族成员和4个CarSLC13A5亚家族成员,其中7个家族成员蛋白的理化性质较为稳定,不稳定系数均小于40;亚细胞定位预测显示,所有CarSLC13均定位到细胞膜或内膜;染色体定位结果显示, 11个SLC13基因定位在6条染色体上,在第3号染色体上的部分基因发生了串联复制;该基因家族成员都具有钠-硫酸盐共转运蛋白跨膜结构域(PF00939),该结构域与渗透压调... 相似文献
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中国对虾养殖群体与野生群体线粒体控制区序列的比较 总被引：2，自引：1，他引：1
比较分析了中国对虾养殖群体与野生群体mtDNA控制区序列。研究结果显示,在长度为563 bp的mtDNA控制区片段中,中国对虾养殖群体与野生群体序列间存在一定程度的遗传差异。野生群体的基因多样度为0.967 2,略高于养殖群体(0.938 0),两群体间未检测到共享单倍型;野生群体mtDNA控制区核苷酸多样度为0.010 6,养殖群体核苷酸多样度为0.009 4,略低于野生群体的核苷酸多样度。基于K-2P模型计算得到中国对虾两群体间的平均遗传距离为0.010 8,野生群体个体间平均遗传距离为0.010 7,养殖群体个体间平均遗传距离为0.009 5;单倍型最小跨度树和NJ系统树均未检测到显著的谱系结构。确切P检验显示两群体间没有随机交配现象(P= 0.000 9)。两群体间的FST值为0.069 8(P=0.00),表明两群体间存在显著的遗传分化。 相似文献
9.
动物可通过学习记忆适应复杂的生存环境, 而 5-HT1A 受体在学习记忆中发挥重要作用。为探究 5-HT1A 受体在翘嘴鳜(Siniperca chuatsi)驯化过程中摄食及食性巩固的作用, 本研究采用同源序列比对的方式, 在翘嘴鳜基因组获取了 htr1a 基因的序列, 通过序列比对和进化树分析, 发现其有两个亚型, 分别命名为 htr1aa 和 htr1ab, 其编码的氨基酸序列与斑马鱼(Danio rerio)、青鳉(Oryzias latipes)具有较高的同源性, 相似度都大于 70%, 进化关系上与狼鲈(Dicentrar chuslabrax)最为相近, 表明翘嘴鳜 htr1a 基因在进化中具有较高的保守性。此外, 本研究还分析了翘嘴鳜 htr1a 基因的表达和 DNA 甲基化。与经过一次驯化组相比, 在二次驯化组中 htr1aa 基因表达显著降低 (P＜0.05), 同时 DNA 甲基化也显著降低, 而 htr1ab 基因在两组中表达没有显著变化(P＞0.05)。而与摄食相关的食欲基因 pomc 的表达, 二次驯化比一次驯化组显著降低(P＜0.05)。以上结果说明, 翘嘴鳜食性驯化过程中, 可能通过 htr1aa 基因启动子区域的甲基化状态改变 htr1aa 的转录水平, 从而影响学习记忆通路中关键因子抑制食欲因子 pomc 的表达。由此认为 htr1aa 的 DNA 甲基化可能在翘嘴鳜摄食相关基因表达上发挥重要调控作用。 相似文献
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针对部分养殖石首鱼种质资源存在命名混乱、物种鉴定不准确的问题, 本研究在形态学观察与测量的基础上, 利用 DNA 条形码技术对 3 种养殖石首鱼类进行了物种鉴定。测序获取待测样品 DNA 条形码序列 15 条, 在 GenBank 中对序列进行相似性比对分析, 同时在中国重要渔业生物 DNA 条形码信息平台验证了比对结果的准确性; 结合已报道的 18 条石首鱼类 DNA 条形码序列对全部样品进行分析, 运用 Kimura 2-paramater (K2P)模型构建其系统进化关系, 进一步确定待测样品的种类及分类地位。研究结果将 3 种养殖石首鱼分别定种为黄唇鱼[Bahaba taipingensis (Herre, 1932)]、元鼎黄姑鱼(Nibea chui Trewavas, 1971)和双棘原黄姑鱼[Protonibea diacanthus (Lacepède, 1802)], 厘清了 3 个物种的有效种名及分类特征, 证实了石首鱼外部形态、鳔、耳石的典型特征可作为其物种鉴定的重要证据, 对 DNA 条形码物种鉴定具有辅助作用, 表明 DNA 条形码技术可解决石首鱼类幼鱼由于形态特征尚不明显等问题造成的定种困难。研究结果为国家一级保护野生动物黄唇鱼的繁殖驯养报备和登记提供了科学证据, 也为石首鱼类种质资源鉴定、评价及其开发和保护提供了技术支撑。 相似文献