鸭瘟病毒UL47基因克隆及其分子特性分析   总被引：1，自引：0，他引：1  

罗丹丹  程安春  汪铭书  沈爱梅  朱德康  贾仁勇  罗启慧  崔恒敏  王印  徐志文  王小玉  陈孝跃 《中国兽医学报》2011,31(1)

通过测定本实验室构建的鸭瘟病毒(Duck plague virus,DPV)DNA基因文库中重组质粒的DNA序列,结合NCBI的ORF Finder和Blast工具分析得到了该病毒UL47基因的ORF。采用PCR扩增出了UL47基因并将其克隆到pMD18-T载体上,经PCR和酶切鉴定以及进一步的核酸斑点杂交试验证实该基因即为DPV UL47基因。利用生物信息学软件ProtScale、SignalP3.0、Scansite、TMpred、Prosite、DNAStar以及在线的EMBOSS等分析了UL47基因的分子特性。结果显示,该基因大小为2 367bp,编码788aa,而且与GenBank上多种α疱疹病毒同源蛋白的核酸和氨基酸序列具有较高的同源性。系统进化树分析表明,DPV UL47与禽类疱疹病毒(α-疱疹病毒)的进化关系最近。密码子偏爱性结果显示,DPV UL47编码相同氨基酸的不同密码子使用频率差异较大,UL47基因密码子使用模式更接近真核生物。研究结果为进一步开展DPV UL47基因功能研究奠定了基础。  相似文献   

SYBR Green Ⅰ实时定量PCR快速检测鸭瘟病毒的研究   总被引：6，自引：0，他引：6  

汤承  索化夷  岳华  杨发龙  汤明 《中国动物检疫》2006,23(9):25-27

根据GenBank中鸭瘟病毒(DPV)UL6和UL7基因的保守序列,设计了一对特异性引物,扩增位于UL6和UL7基因第891～991位长度为101bp片断。以DPV标准强毒株DNA为模板,建立了SYBRGreenⅠ实时荧光定量PCR检测鸭瘟病毒的方法,用该方法检测鸭瘟标准强毒、疫苗毒及野毒株均为阳性,检测其他受试的非鸭瘟病毒DNA均为阴性,对鸭瘟强毒和疫苗毒人工感染鸭胚尿囊液的检出率均为100%,对6个临床送检样本的检出率为6/6,与病毒分离鉴定结果一致;最小检出量为1.57×104拷贝/ul。  相似文献   

PCR用于鸭瘟病毒诊断的研究   总被引：3，自引：0，他引：3  

马秀丽  宋敏训  李玉峰  李峰  王春玲  黄兵  艾武 《中国预防兽医学报》2005,27(5):408-411

根据鸭瘟病毒UL6和UL7基因序列,设计合成了一对引物,以2株疫苗株、1株强毒株和1株山东分离株DNA为模板,进行PCR扩增,得到预期690bp的目的片段.将扩增的目的片段克隆到pMD18-T载体,经Amp平板筛选,HindⅢ、BamHⅠ双酶切鉴定,获得阳性重组质粒.对重组质粒进行序列测定,与参考序列比较,山东分离株与参考序列的同源性为99.7%,其余3株DPV与参考序列的同源性均为100%.应用PCR可检测人工感染和自然感染鸭瘟的组织中的鸭瘟病毒,表明PCR检测鸭瘟病毒具有很高的特异性、敏感性,该法能够用于鸭瘟急性及亚临床感染的检测与诊断.  相似文献   

基于UL2基因B片段序列建立鸭瘟强毒检测方法的可行性分析     

谢丽基  黄莉  谢芝勋  王盛  黄娇玲  张艳芳  范晴  罗思思  谢志勤  邓显文  钟传德 《中国兽医学报》2018,(2):272-275

通过比较10株鸭瘟强毒与11株鸭瘟弱毒的UL2基因序列(包括GenBank中所有登录的鸭瘟病毒UL2基因序列),发现鸭瘟弱毒的UL2基因均缺失了528bp的B片段。基于UL2基因B片段序列设计引物,建立了理论上能特异检测鸭瘟强毒的荧光定量PCR和常规PCR检测方法(即对鸭瘟强毒的检测为阳性,对鸭瘟弱毒的检测为阴性),并对PCR产物进行了克隆和测序分析。结果显示,2种检测方法除了对鸭瘟强毒的检测为阳性外,对5株鸭瘟弱毒的检测也均为阳性,PCR产物的测序分析也说明扩增产物为UL2基因的B片段。结果表明,不能通过在UL2基因的B片段设计引物,来建立特异检测鸭瘟强毒的检测方法。  相似文献   

鸭瘟病毒DNA的快速诊断研究     

刘菲程安春  汪铭书宋涌廖永洪  袁桂萍韩晓英 徐超 《黑龙江畜牧兽医》2004,(11):10-12

根据文献报道的鸭瘟病毒基因序列，设计合成了一对引物，其扩增跨幅为498bp。用这对引物，以采用纯水直接研磨临床病料组织再按常规酚一氟仿抽提DNA的方法制备模板，对2株鸭瘟病毒进行扩增，均获得了与设计大小相符的明亮条带，为阳性；而对其他7株非鸭瘟病毒病料的基因扩增不出任何条带，为阴性；以该PCR方法检测14份DPV临床病料，均为阳性，与病毒分离和血清中和试验的结果一致。敏感性试验表明可检测到10fg的鸭瘟病毒DNA模板。研究建立的直接从临床样品微量检测DPV的PCR方法，能达到鸭瘟病毒基因的快速诊断要求。  相似文献   

鸭瘟病毒SYBR Green I荧光定量PCR检测方法的建立     

于新友  ;李天芝  ;王金良  ;沈志强 《水禽世界》2014,(6):31-34

为建立鸭瘟病毒（DPV）快速、敏感的检测方法,本研究利用PCR技术扩增出DPV UL30基因中510bp的保守序列,并克隆到p MD18-T载体中作为标准品制作标准曲线,建立了DPV的SYBR Green I荧光定量PCR检测方法。该方法检测灵敏度可达5×101拷贝,与鸭细小病毒、鸭圆环病毒、小鹅瘟病毒、鸭肝炎病毒、鸭H9亚型流感病毒和鸭副粘病毒均不发生交叉反应,具有良好的特异性和重复性。结果表明,建立的实时荧光定量PCR具有特异、敏感、快速、定量、重复性好等优点,可用于临床DPV的检测。  相似文献   

伪狂犬病病毒Bartha-K61株UL49基因的克隆和序列分析     

刘建华  李娜  仇华吉  田志军  童光志 《中国预防兽医学报》2005,27(4):269-272

根据已经发表的伪狂犬病病毒(PRV)国内Ea株UL49基因序列,设计并合成了1对引物,通过PCR方法扩增到了PRV Bartha-K61株UL49基因的编码区,并克隆到pMD18-T载体中.重组质粒pMD-UL49经XhoI酶切和PCR鉴定后,进行了序列测定和分析.结果表明,重组质粒pMD-UL49含有PRV Bartha-K61株UL49基因的编码区.同源性分析显示,PRV Bartha-K61株UL49基因序列与国外Kaplan株、国内Ea株相应基因的核苷酸同源性分别为98.9 %和94.1 %,推导的氨基酸序列同源性分别为96.7 %和87.2 %.  相似文献   

PCR检测鸭瘟病毒的研究   总被引：10，自引：0，他引：10  

韩先杰王君伟  布日额李慧昕 高宏丽 《中国兽医科技》2003,33(8):10-14

根据鸭瘟病毒DNA聚合酶基因序列，设计、合成了1对引物，以1株鸭瘟病毒疫苗株DNA为模板，进行：PCR扩增，扩增出预期563bp的目的DNA片段。将扩增出的DNA片段克隆到pMDl8—T载体，经Amp／IPTG／X-gal平板筛选，HindⅢ、XbaⅠ双酶切鉴定，获得阳性重组质粒。对重组质粒进行序列测定，与参考序列比较，二者同源性为99．3％。小鹩瘟病毒、鸭肝炎病毒、鹅副黏病毒：PCR扩增均为阴性。用此方法检测人工感染和自然感染鸭瘟的组织(脑、肝、脾)，均能检测到鸭瘟病毒DNA。PCR检测鸭瘟病毒具有高度的特异性、敏感性，能够用于鸭瘟急性及亚临床感染的检测与诊断。  相似文献   

鸭瘟病毒部分基因的克隆与序列分析   总被引：5，自引：0，他引：5  

李玉峰  欧阳文军  周秋平  黄兵  马秀丽  宋敏训  杨汉春 《中国兽医杂志》2007,43(3):5-7

用BamH、EcoR、Hind、Pst、Sal 5种限制性内切酶消化鸭瘟病毒基因组DNA,回收2~6 kb片段连入pUC19载体,构建了鸭瘟病毒基因组部分文库。选取部分克隆进行序列测定,获得5个UL片段基因,分别为UL33、UL34、UL45、UL46和UL47。序列比较显示,它们与α-亚科疱疹病毒其他成员相应基因具有不同程度的同源性。这是国内外对鸭瘟病毒以上基因序列的首次报道。  相似文献   

利用PCR检测鸭瘟病毒   总被引：16，自引：0，他引：16  

郭霄峰  廖明等 《中国兽医科技》2002,32(4):13-16

参照文献，设计和合成了1对引物，用这对引物，以标准毒DPVF34 DNA为模板，经PCR扩增出1个特异的DNA片段，经序列测定，该DNA片段由420bp组成。与文献报道的序列比较，该片段为鸭温病毒UL6基因DNA的一部分，与美国毒株Lake Andes(LA)的同源性达99％，用该PCR方法扩增小鹅瘟病毒，细小病毒和禽巴氏杆菌，结果为阴性，以该PCR方法检测6份送检病料，5份为阳性，检出率与病毒的分离一致。另外，该方法检测DPV DNA的敏感性达到1pg水平。  相似文献   

鸭瘟病毒UL35基因PCR方法的建立与初步应用     

董嘉文  孙敏华  吕殿红  胡奇林 《广东畜牧兽医科技》2012,37(2):33-36

本研究建立了检测鸭瘟病毒（Duck pl ague vi rus,DPV）的PCR方法,并运用建立的检测方法对分离毒株和人工感染样品进行临床应用检测。根据GenBank（登录号为EF643558）中的DPV UL35基因保守区域,设计合成了一对引物,以DPV疫苗株为模板,优化PCR反应条件,建立了一种快速、有效的DPVPCR方法。结果显示：该方法能从DPV中扩增到与预期大小相符,长度为354 bp的特异性片段,而对禽流感病毒（AIV）、番鸭呼肠孤病毒（MDRV）、新城疫病毒（NDV）、番鸭细小病毒（MPV）、鹅细小病毒（GPV）等样品的扩增结果均为阴性;检测灵敏度达到470 ng病毒DNA。应用该方法对3株DPV分离株和6份由DPV BL8毒株人工感染鸭的肝脏和脾脏等组织进行PCR检测均为阳性。表明所建立的DPV PCR方法特异性强、灵敏度高,可用于DPV的临床诊断和流行病学调查。  相似文献   

二重PCR检测鸭瘟病毒和鹅细小病毒的初步研究   总被引：1，自引：0，他引：1  

赵妍  王君伟  邢明伟  马波  汤海宽 《中国预防兽医学报》2007,29(9):710-713

根据鸭瘟病毒(Duck plague virus,DPV)DNA聚合酶基因和鹅细小病毒(Goose parvovirus,GPV)NS基因序列分别设计2对引物,应用这2对引物对混合样品中鸭瘟病毒和鹅细小病毒进行了二重PCR扩增。PCR产物的琼脂糖凝胶电泳结果表明2条特异性带为563bp(DPV)和1146bp(GPV),与实验设计相符,且与常规单一PCR结果一致。二重PCR反应检测出的DPV含量相当于20个PFU;检测出的GPV含量相当于0.1个ELD50,对禽痘病毒和减蛋综合征病毒的核酸未能扩增出任何条带,特异性良好。该二重PCR能够在一次扩增反应中检测两种病毒,为两种鹅病的病原检测和诊断提供了一种简便、经济、快速的手段。  相似文献   

新城疫病毒和鸭瘟病毒二重PCR检测方法的建立及初步应用     

陈安莉  谢芝勋  谢丽基  谢志勤  庞耀珊  邓显文  刘加波  彭宜  范晴  罗思思 《中国畜牧兽医》2013,40(11):192-195

根据基因库中新城疫病毒(Newcastle diseases virus,NDV)和鸭瘟病毒(duck plague virus,DPV)的基因序列,分别设计了2对针对NDV和DPV保守基因序列的引物。用这2对引物对同一样品中的NDV和DPV模板进行二重PCR扩增,结果同时得到了2条特异性的、大小与试验设计相符的419(NDV)和602 bp(DPV)的扩增条带,而对其他禽病病原的PCR扩增结果均为阴性。敏感性测定结果表明,该二重PCR技术能同时检出0.4 pg的NDV模板和126 pg的DPV模板。  相似文献   

鸭瘟病毒的PCR检测及其产物分析   总被引：6，自引：0，他引：6  

陈建君  张毓金  杨增岐  宋长绪 《动物医学进展》2003,24(5):71-73

根据基因库中已有的鸭瘟 Ul6的序列 ,合成一对引物 ,对 3株鸭瘟病毒进行 PCR扩增 ,均扩增出大小约 42 0 bp的特异性片段。进行测序 ,结果表明 3个毒株扩增后的片段均为 42 1bp。经重复实验后确定最佳反应条件 ,按该条件对两例临床病料进行检测 ,结果均出现大小约为 42 0 bp的特异片段。PCR产物与 L ake Andes株的相关序列比较 ,广东毒株与 L ake Andes株同源性较高  相似文献   

鹅细小病毒和番鸭细小病毒双重PCR检测方法的建立   总被引：1，自引：0，他引：1  

鲜思美  文心田  曹三杰  黄小波 《畜牧与兽医》2010,42(4)

根据GenBank上登录的鹅细小病毒(GPV)和番鸭细小病毒(MDPV)基因序列,分别设计合成针对GPV非结构蛋白(NS)和MDPV NS2-VP1基因片段的2对引物GPV U/L和MDPV U/L,将GPV和MDPV提取核酸混合后作为模板,优化PCR反应条件,建立了能同时检测这2种病毒的双重PCR。特异性试验结果显示,引物GPV U/L仅特异性扩增出GPV-GZ1和GPV-GZ2株730bp核酸片段,引物MDPVU/L仅特异性扩增出MDPV的624bp核酸片段,双重PCR扩增出长度分别为730bp和624bp的2条特异性片段,而扩增鸭瘟病毒(DPV)和鹅副黏病毒(GPMV)的核酸扩增结果均为阴性。敏感性试验结果显示,双重PCR能同时检测到14.4pg的GPV核酸和28.8pg的MDPV核酸。结果表明,建立的双重PCR可用于GPV和MDPV的鉴别诊断和联合检测。  相似文献   

FRRSV和PCV-2双重PCR检测方法的建立及应用   总被引：1，自引：0，他引：1  

谢玉洁  王桂军  李郁  魏建忠  占松鹤  何长生  朱良强 《动物医学进展》2008,29(3):21-25

根据猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)美洲型标准株(ATCCVR-2332)的ORF7保守序列和猪圆环病毒2型(PCV-2)(AF381175)的ORF2基因保守序列,设计合成了两对特异性引物。用这两对引物,通过优化的PCR条件,对PRRSV阳性毒株反转录后的cDNA模板和PCV-2毒株的DNA模板进行双重PCR扩增,同时得到两条与试验设计相符的432bp(PRRSV)和630bp(PCV-2)特异性条带,建立了同时检测PRRSV和PCV-2的双重PCR方法。并用此方法对在安徽省不同地区所采集的72头份病猪的淋巴结、肺、肝、脾、肾等组织进行检测,证明建立的PCR方法可用于临床诊断。  相似文献   

Genotyping of kappa-casein gene in Egyptian buffalo bulls     

A.M.H. Abdel Dayem  Karima Gh.M. Mahmoud  M.F. Nawito  M.M. Ayoub  Samah F. Darwish 《Livestock Science》2009,122(2-3):286-289

The present work is undertaken mainly for genotyping of kappa-casein gene in buffalo bulls. DNA was extracted from the frozen semen of nine buffalo bulls used in artificial insemination in addition to 40 blood samples of male buffalo calves for identification and genotyping of kappa-casein gene by PCR-RFLP assay. Different restriction endonucleases, including HindIII, HinfI and Taq1 were used. The PCR product of the primer specific for K2 and KY gives the specific band at size 379 and 280 bp respectively. Digestion of 379 bp fragment K2 by restriction endonuclease HindIII generated two fragments of 156 and 223 bp. For fragment 280 bp kappa-casein KY, the above mentioned endonuclease generated two fragments of 180 and 100 bp. Digestion of the 379 bp PCR product with HinfI resulted two restriction fragments of 288 and 91 bp. On the other hand, the amplified DNA (379 bp) from buffalo remained undigested by Taq1 restriction enzyme.In conclusion, the PCR-RFLP technique demonstrated that bulls were monomorphic for the kappa-casein gene; they possess only allele B in homozygosis form.  相似文献   

猪肌生成抑制素基因的克隆和序列测定   总被引：18，自引：0，他引：18  

欧阳红生  孙燕  张永亮  李慎涛  张锐  廖晓萍  张玉静  赵建军  赵凤云 《中国兽医学报》2001,21(5):479-481

根据文献报道的猪肌生成抑制素基因cDNA序列，分别从第1、第2和第3外显子中设计引物，以大约克猪染色体DNA为模板，分段扩增出含内含子和外显子的序列。将所得各序列回收、克隆到pGEM-easyT载体中，然后进行序列测定。合并所有测得的猪肌生成抑制素因序列，共获得6kb连续序列。分析结果表明，猪肌生成抑制素基因第1内含子长1809bp，第2外显子长374bp，第2内含子长1978bp。所测得的外显子序列与已发表的cDNA序列同源分析比较，没有出现引起氨基酸改变的突变。表明瘦肉型猪（大约克猪）肌生成抑制素基因仍很完整，可通过改变基因结构等降低肌生成抑制素活性的方法提高瘦肉率。  相似文献