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1.
本研究旨在对新型鸭呼肠孤病毒(NDRV) QY株σB蛋白的遗传变异规律和结构及功能进行分析。从GenBank数据库中获取QY株和25株参考株的σB蛋白编码序列,通过Mega 6.0软件进行序列比对分析和系统进化树构建;使用Datamonkey软件进行选择压力分析;运用生物信息学软件预测QY株σB蛋白二级结构功能及B细胞和T细胞抗原表位。相似性分析结果显示,NDRV QY株与国内其他地区分离的鸭呼肠孤病毒(DRV)氨基酸相似性达到94.9%～98.9%,与禽呼肠孤病毒(ARV)及番鸭呼肠孤病毒(MDRV)的相似性仅为66.5%～68.4%和67.6%～68.4%;选择压力分析显示,σB蛋白承受净化选择压力,但存在一个正向选择位点;σB蛋白属于亲水蛋白,不具有信号肽和跨膜区,含有潜在的O-糖基化位点;结构预测分析显示,σB蛋白具有α-螺旋、β-折叠、β-转角及无规则卷曲等丰富的二级结构;表位分析显示,σB蛋白含有潜在的B细胞和T细胞抗原表位。本研究成功进行了QY株σB蛋白的基因特征和结构功能预测及其细胞表位分析,为深入了解该蛋白的免疫学特性及研发NDRV新型疫苗奠定了基础。 相似文献
2.
《中国兽医杂志》2015,(6)
采用RT-PCR方法对NDRV-QY分离株的S组基因编码区进行RT-PCR扩增、克隆及序列测定。结果表明,QY株S组基因包含的ORF大小分别为1 517 bp、1 251 bp、1 104 bp和1 104 bp。将QY株的S组基因各节段编码区核苷酸序列及其推导氨基酸序列与正呼肠孤病毒属的呼肠孤病毒的相似性比较和遗传进化分析结果表明,QY株与ARV、TRV、MDRV、NDRV均有不同程度的同源性,其中与NDRV的同源性最高,核苷酸序列和氨基酸序列同源性均达90%以上。QY株与NDRV、MDRV、ARV同在正呼肠孤病毒的第Ⅱ亚群,与NDRV处在同一个分支,与MDRV和ARV处在不同分支,建议将新型鸭呼肠孤病毒分类在正呼肠孤病毒属的第Ⅱ亚群当中。 相似文献
3.
参考GenBank新型鸭呼肠孤病毒（New-type duck reovirus,NDRV）S3基因序列设计合成一对引物,对新型鸭呼肠孤病毒QY株S3基因进行RT-PCR扩增,并对PCR产物进行了克隆和测序.结果显示扩增产物为1 104 bp,与预期的目的片段大小一致.相似性分析QY株S3基因核苷酸序列与ARV代表株、MDRV代表株和DRV代表株,相似性分别59.4％ ～ 60.0％、61.1％～ 61.3％和96.7％～ 98.6％;氨基酸的相似性分别为67.6％～ 68.7％、68.1％～68.9％和95.4％～ 98.4％.表明QY株的S3基因具有不同于ARV和MDRV的特征,分离病毒QY株是不同于禽呼肠孤病毒和番鸭呼肠孤病毒的独立基因群. 相似文献
4.
【目的】 了解并掌握新型鸭呼肠孤病毒（Novel duck reovirus,NDRV）流行特点及生物学特性,为NDRV的防治提供理论基础和技术支持。【方法】 采集河北某鸭场疑似发生鸭呼肠孤病毒感染的组织,无菌处理后接种SPF鸡胚分离病毒,收获第3代尿囊液进行血凝试验,通过PCR、透射电镜观察、间接免疫荧光法（IFA）鉴定病毒,对分离得到的病毒进行体外细胞培养和动物回归试验,并采用Mega 7.0对其σC基因进行遗传进化分析。【结果】 分离得到的病毒不能凝集鸡红细胞,可致死鸡胚,死亡鸡胚出血、充血严重;经PCR鉴定,病毒呈NDRV阳性,其他病原（禽呼肠孤病毒、鸭病毒性肝炎、鸭坦布苏病毒、鸭瘟病毒、禽腺病毒血清4型）均呈阴性,将分离得到的病毒命名为BD/CHN/2020株;病毒纯化后,经电镜观察可见直径为60~80 nm、无囊膜的球形病毒粒子,该毒株可在BHK和LMH细胞上稳定增殖并产生细胞融合的细胞病变效应（CPE）;IFA结果显示,BD/CHN/2020株接种BHK细胞后在激光共聚焦显微镜下观察可见特异性绿色荧光;BD/CHN/2020株经皮下接种后,发病鸭出现精神沉郁、排白色稀粪等临床症状,剖检可见脾脏出血、肿大、有白色坏死灶等病理变化;序列比对发现,BD/CHN/2020株与NDRV毒株（TH11、091等毒株）在同一分支,与NDRV SY株核苷酸和氨基酸序列相似性最高,均为99.7%,属于NDRV。与灭活疫苗TH11株（KC493571.1）和弱毒疫苗JS01-105P株（V202168）相比,BD/CHN/2020株第93、120、132、158、253、298位氨基酸处发生了位点突变。【结论】 成功分离得到1株NDRV BD/CHN/2020株,分离毒株对北京鸭有较强的致病性,与国内疫苗株相比,BD/CHN/2020株的σC蛋白已经发生了氨基酸位点的突变,结果可为新型鸭呼肠孤病毒病的流行病学及疫苗研发奠定基础。 相似文献
5.
为研究广东新型呼肠孤病毒（NDRV）的基因变异及遗传演化情况,本试验从广东不同鸭场病死鸭肝脏、脾脏等组织脏器中分离到8株流行毒株,用RT-PCR方法进行σB蛋白基因扩增、克隆与序列分析,并与其他毒株σB蛋白的氨基酸特性、蛋白抗原和蛋白基因进行系统进化比对分析。结果表明,广东省鸭群中感染的NDRV与国内其他地区报道的DRV核苷酸序列同源性很高,达96.6%~99.5%,而与禽呼肠孤病毒（ARV）和番鸭呼肠孤病毒（MDRV）的同源性则较低,分别为64.6%~66.5%和66.2%~67.1%;8株NDRV之间的核苷酸序列同源性高达97.7%~99.7%。与其他毒株比较结果显示,本试验分离的NDRV毒株磷酸化位点均比参考毒株ARV和MDRV少,且大多数区域的抗原指数都较高,抗原性与MDRV较为接近,遗传进化分析结果表明,NDRV和国内其他DRV处于独立的进化分支,ARV和MDRV则处于不同分支。结果表明,广东省流行的NDRV毒株σB蛋白基因序列高度保守,且广东地区分离的NDRV与国内其他地区分离的DRV没有明显的地域差异。 相似文献
6.
《中国畜牧兽医》2017,(2)
为研究广东新型呼肠孤病毒(NDRV)的基因变异及遗传演化情况,本试验从广东不同鸭场病死鸭肝脏、脾脏等组织脏器中分离到8株流行毒株,用RT-PCR方法进行σB蛋白基因扩增、克隆与序列分析,并与其他毒株σB蛋白的氨基酸特性、蛋白抗原和蛋白基因进行系统进化比对分析。结果表明,广东省鸭群中感染的NDRV与国内其他地区报道的DRV核苷酸序列同源性很高,达96.6%~99.5%,而与禽呼肠孤病毒(ARV)和番鸭呼肠孤病毒(MDRV)的同源性则较低,分别为64.6%~66.5%和66.2%~67.1%;8株NDRV之间的核苷酸序列同源性高达97.7%~99.7%。与其他毒株比较结果显示,本试验分离的NDRV毒株磷酸化位点均比参考毒株ARV和MDRV少,且大多数区域的抗原指数都较高,抗原性与MDRV较为接近,遗传进化分析结果表明,NDRV和国内其他DRV处于独立的进化分支,ARV和MDRV则处于不同分支。结果表明,广东省流行的NDRV毒株σB蛋白基因序列高度保守,且广东地区分离的NDRV与国内其他地区分离的DRV没有明显的地域差异。 相似文献
7.
为研究鹅源新型鸭呼肠孤病毒的全基因组分子特征及其广西流行株的进化特点,本研究采集广西地区3份发病鹅的肝脏、脾脏、肺脏及肾脏病料样品,采用多重荧光定量RT-PCR (RT-qPCR)检测番鸭呼肠孤病毒(MDRV)和新型鸭呼肠孤病毒(NDRV),并以NDRV阳性样品的核酸为模板,采用RT-PCR分段扩增其全基因组并测序,采用BioEdit软件分析其全基因组序列的相似性;采用NetNGlyc 1.0软件预测NDRVσC蛋白N-糖基化位点;通过Mega 7.0软件绘制σ系列基因的系统发育树及RDP5和SimPlot软件分析NDRV全基因组的重组事件。RT-q PCR结果显示,检出1份NDRV阳性样品,经测序及序列拼接,获得一条鹅源NDRV广西流行株G-NDRV-GX-2022全基因组序列,全长23 353 bp,分为L1～L3、M1～M3及S1～S4共10个基因;BlAST分析结果显示,G-NDRV-GX-2022株10个基因与GenBank中相应基因序列的相似性最高为91.2%～98.4%,对应的病毒株均源自中国广东、福建、山东、浙江及湖北等地的NDRV,宿主有野鸭、番鸭、绿头鸭等,表明G-... 相似文献
8.
《中国预防兽医学报》2017,(1)
本研究自广东省新兴地区疑似新型鸭呼肠孤病料样品中分离出一株病毒,命名为DRV-XX株。利用RT-PCR方法对DRV-XX株进行全基因组序列扩增,拼接获得其全基因组(23 419 bp),对其10个基因节段进行分析显示,该分离株与禽呼肠孤病毒(ARV)及番鸭呼肠孤病毒(MDRV)的相似性较低,而与国内新型鸭呼肠孤病毒(New-type duck reovirus,NDRV)相似性较高(99%),表明该分离株为NDRV。对其10个RNA节段分别进行测序及遗传进化分析,其中S3基因序列分析显示,DRV-XX与MDRV共同构成一主干支,与其S1、S2、S4、M1、M3、L1基因的一致;而M2基因进化树显示,DRV-XX与ARV处于同一主干支;由L2、L3组基因分析显示,DRV-XX与ARV在同一主干支,并有MDRV参与其中,而另一主干支为MDRV。因此,推测DRV-XX株的不同基因组节段来源不同,可能是ARV和MDRV发生同义突变,也可能是基因重组的结果。该研究丰富了NDRV的基因库相关信息,也为广东地区NDRV的防制提供一定参考依据。 相似文献
9.
3种禽类呼肠孤病毒血清学相关性及致细胞病变差异分析 总被引：1，自引：0，他引：1
本研究旨在研究3种不同疾病型禽类呼肠孤病毒间的抗原性关系及病毒的培养特性。作者通过血清中和试验测定了禽呼肠孤病毒(ARV S1133株)、番鸭呼肠孤病毒(MDRV 9710株)、新型鸭呼肠孤病毒(NDRV NP01株)3种禽类呼肠孤病毒的血清学相关性,统计抗原相关性R值;并应用部分禽胚原代细胞及哺乳动物传代细胞对这3种病毒的培养特性进行了初步研究。结果表明,3种病毒株之间的R值很小,抗原相关性较低;三者具有广泛的细胞亲嗜性,能在多种细胞中增殖,并产生细胞病变,但病毒致细胞病变特征有所差异,ARV和NDRV均以巨融合为主,而MDRV则以细胞圆缩坏死为主。上述结果表明导致禽类不同疾病的ARV、MDRV和NDRV三者之间的抗原相关性较低,病毒的细胞培养特性也不同,细胞病变类型的差别提供了一种初步鉴别禽类呼肠孤病毒的方法。 相似文献
10.
从广东湛江某肉鸭养殖场发生脚软、关节肿大为临床特征和脾脏肿大、肝脏有坏死灶为病变的樱桃谷鸭病料中分离到一株新型鸭呼肠孤病毒,命名为GD693。对新型鸭呼肠孤病毒GD693株σC蛋白基因进行 RT-PCR 扩增、克隆和测序,并与参考毒株σC蛋白基因序列进行比对分析。结果显示：GD693株与新型呼肠孤病毒（NDRV）代表毒株处于进化树的同一大分支,但却处于一个单独的分支,同属于基因2型,具有相近的遗传演化关系;与NDRV代表毒株091株、TH11 株的σC蛋白基因序列进行比较分析,存在核苷酸和氨基酸的序列改变,毒株有可能发生变异或毒力增强。 相似文献
11.
试验旨在建立新型鸭呼肠孤病毒（NDRV）σC蛋白的原核表达系统,制备σC蛋白的多克隆抗体,并评估所制备抗体的效价。通过RT-PCR方法扩增获得NDRV DH13株σC基因,连接至pET-30a（+）及pET-32a（+）载体中,构建原核表达质粒,并将其转化大肠杆菌BL21（DE3）感受态细胞,经IPTG诱导获得两种σC重组蛋白,经SDS-PAGE分析蛋白表达形式。利用切胶方法纯化不含His标签σC重组蛋白,利用Ni-NTA柱纯化含His标签σC重组蛋白。以纯化的无His标签蛋白为免疫原免疫兔子获得兔抗σC多克隆抗体,Western blotting分别使用抗His标签的单克隆抗体和NDRV-σC蛋白阳性血清两种一抗评估抗体的特异性,间接ELISA（iELISA）检测抗体滴度。SDS-PAGE结果显示获得34和37 ku两种重组蛋白,且均得到高效表达。Western blotting结果显示制备的多克隆抗体具有良好的特异性,所制备的抗体与σC蛋白亲和力较好。间接ELISA检测结果显示其效价达1：25 600。本试验成功构建σC蛋白的原核表达系统,制备的σC蛋白多克隆抗体为深入研究σC蛋白的生物学功能及开展NDRV基因工程疫苗的研发奠定了基础。 相似文献
12.
为预测番鸭呼肠孤病毒(DRV)YB株σC蛋白二级结构和B细胞抗原表位,对DRV YB株的σC蛋白氨基酸序列与参考DRV相应序列以DNAStar软件进行同源性和遗传进化树分析;采用SOPMA法、Gamier-Robson法、Chou-Fasman法和Karplus-Schultz法方法预测其二级结构;用Hopp-Woods法、Emini法、Jameson-Wolf法和吴玉章等建立的方法分别预测蛋白的亲水性、表面可能性和抗原指数,然后综合分析其B细胞抗原表位.结果显示,DRV YB与国内DRV相应序列同源性在93.7％～99.6％,代表性较强;B细胞表位可能在15～27、36～49、40～49及90～98区段或其附近,这4个被预测的表位均含有β-转角和无规卷曲结构.本研究为进一步确定σC蛋白的B细胞表位和反向()计提供了理论基础. 相似文献
13.
14.
为制备新型鸭呼肠孤病毒（new-type duck reovirus,NDRV）XX株σB蛋白的多克隆抗体,试验经RT-PCR扩增NDRV XX株σB基因编码序列,构建原核表达质粒pET-32a（+）-σB,将其转化至大肠杆菌BL21（DE3）感受态细胞后,经IPTG诱导获得His-σB重组蛋白。SDS-PAGE显示成功表达出约55 ku的融合蛋白,主要以包涵体形式存在,其表达时的最佳诱导时间、IPTG诱导浓度分别为3 h和0.25 mmol/L。经Ni2+柱亲和层析纯化获得可溶性重组蛋白,将蛋白经Western blotting和蛋白质谱鉴定为高纯度的σB重组蛋白,将纯化后σB重组蛋白按合理免疫程序免疫家兔,获得多抗隆抗体经Western blotting分析显示出特异性的反应。本试验结果为NDRV σB蛋白功能的深入研究及基因工程疫苗的研发奠定了基础。 相似文献
15.
为建立一种能够快速检测新型鸭呼肠孤病毒（NDRV）的方法,本研究参考GenBank上登录的NDRV S3基因保守序列设计特异性引物.经条件优化后,建立了检测NDRV的RT-PCR方法.对其特异性、敏感性和重复性进行检验.结果显示：该方法仅能从NDRV分离毒中扩增到与预期大小相符,长度为298 bp的特异性目的片段,检测灵敏度达到83.4 pg病毒RNA;而其它病毒：番鸭呼肠孤病毒、禽呼肠孤病毒、鸭病毒性肝炎病毒、鸭瘟病毒、鸭新城疫病毒和禽流感病毒等样品的扩增结果均为阴性.采用该方法对在广东不同地区采集的15份鸭病料样品进行检测,NDRV阳性率为53.33％.表明建立的RT-PCR方法特异性强、敏感度高,可用于NDRV的临床诊断和流行病学调查. 相似文献
16.
《中国畜牧兽医》2016,(12)
为制备新型鸭呼肠孤病毒(new-type duck reovirus,NDRV)XX株σB蛋白的多克隆抗体,试验经RT-PCR扩增NDRV XX株σB基因编码序列,构建原核表达质粒pET-32a(+)-σB,将其转化至大肠杆菌BL21(DE3)感受态细胞后,经IPTG诱导获得His-σB重组蛋白。SDS-PAGE显示成功表达出约55ku的融合蛋白,主要以包涵体形式存在,其表达时的最佳诱导时间、IPTG诱导浓度分别为3h和0.25mmol/L。经Ni 2+柱亲和层析纯化获得可溶性重组蛋白,将蛋白经Western blotting和蛋白质谱鉴定为高纯度的σB重组蛋白,将纯化后σB重组蛋白按合理免疫程序免疫家兔,获得多抗隆抗体经Western blotting分析显示出特异性的反应。本试验结果为NDRVσB蛋白功能的深入研究及基因工程疫苗的研发奠定了基础。 相似文献
17.
研究旨在运用DNAStar生物软件及Garnier-Robson、Chou-Fasman等方法分析禽呼肠孤病毒（avian reovirus,ARV）标准毒株S1133重要结构蛋白σB和σC的二级结构及其T细胞和B细胞抗原表位。通过分析其亲水性、柔韧性、表面可及性和抗原指数等特性,对σB和σC蛋白的B细胞抗原表位进行预测;以Rothbard-Taylor和AMPHI方法预测σB和σC蛋白的T细胞抗原表位。结果显示,σB和σC蛋白形成α-螺旋结构的能力较差,但与σB蛋白相比,σC蛋白含有较多的β-折叠结构、转角及无规则卷曲等二级结构,因而σC蛋白二级结构较复杂。分析结果还表明σB和σC蛋白均含有潜在B细胞和T细胞抗原表位,尤其是σC蛋白具有较多的B细胞和T细胞抗原表位。本试验为深入研究σB和σC蛋白的免疫学特性及研发ARV新型疫苗和药物靶标奠定基础。 相似文献
18.
《中国畜牧兽医》2016,(11)
研究旨在运用DNAStar生物软件及Garnier-Robson、Chou-Fasman等方法分析禽呼肠孤病毒(avian reovirus,ARV)标准毒株S1133重要结构蛋白σB和σC的二级结构及其T细胞和B细胞抗原表位。通过分析其亲水性、柔韧性、表面可及性和抗原指数等特性,对σB和σC蛋白的B细胞抗原表位进行预测;以Rothbard-Taylor和AMPHI方法预测σB和σC蛋白的T细胞抗原表位。结果显示,σB和σC蛋白形成α-螺旋结构的能力较差,但与σB蛋白相比,σC蛋白含有较多的β-折叠结构、转角及无规则卷曲等二级结构,因而σC蛋白二级结构较复杂。分析结果还表明σB和σC蛋白均含有潜在B细胞和T细胞抗原表位,尤其是σC蛋白具有较多的B细胞和T细胞抗原表位。本试验为深入研究σB和σC蛋白的免疫学特性及研发ARV新型疫苗和药物靶标奠定基础。 相似文献
19.
《中国预防兽医学报》2020,(5)
新型鸭呼肠孤病毒(NDRV)病,是一种以肝脾不规则坏死、出血斑/点和心肌、腔上囊出血为主要特征的新疫病。为研究某养鸭企业不同年份分离的NDRV病株的生物学特性,本研究将2019年从25份樱桃谷鸭脏器组织中分离的3株病毒以及2016年和2017年分离的2株病毒同时进行了生物学特性比较研究。RT-PCR及基因测序结果表明,该5株分离病毒均为NDRV,且纯净性良好。体外复制研究表明,该5株分离病毒均能100%致死鸡胚,且在Vero细胞中增殖良好;除2017年的分离株外,其余4株分离病毒均能在CEF中产生明显的细胞病变。σC基因同源性及遗传进化分析显示,5株NDRV分离株与其它NDRV病毒株之间具有较高的同源性(90.0%～98.2%),而与番鸭呼肠孤病毒(MDRV)同源性较低(29.6%～46.1%),再次证明5株分离病毒均为NDRV,但2017年分离株NDRV-SD19/6202与其余4株病毒的遗传距离稍远。σC基因编码氨基酸序列分析结果显示,以CEF适应病毒为代表的NDRV-SD19/6201株与CEF非适应病毒NDRV-SD19/6202株之间存在13个氨基酸差异位点,但这些差异位点是否是引起两株病毒复制特性差异的关键氨基酸还需要进一步研究。综上,本研究结果表明来源于同一养殖企业不同年份分离的NDRV病毒株之间生物学特性存在一定差异,提示持续开展该病流行病学调查的必要性,同时为了解NDRV的遗传进化特征和基因变异情况提供参考。 相似文献
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本研究旨在利用原核表达系统表达新型鸭呼肠孤病毒（NDRV） DH13株重组σB蛋白,并检测其免疫原性,为NDRV基因工程疫苗研制等提供物质材料。采用RT-PCR方法扩增获得NDRV σB基因,构建原核表达重组质粒pET-30a-σB和pET-32a-σB,将2个重组质粒转化大肠杆菌BL21（DE3）感受态细胞,利用IPTG诱导获得相应的重组蛋白,通过SDS-PAGE分析重组蛋白的表达形式。纯化无His的σB蛋白,并以此蛋白作为免疫原免疫新西兰白兔,制备兔源多克隆抗体。利用Ni2+柱亲和层析法纯化含His的σB蛋白,以此蛋白作为检测原,通过间接ELISA方法测定兔源多克隆抗体效价;Western blotting鉴定多克隆抗体与重组蛋白的特异性识别能力。结果显示,PCR扩增获得大小约为1 100 bp的σB基因片段。SDS-PAGE结果显示,高效表达出了2种重组σB蛋白,大小分别约为41和46 ku,均以包涵体形式存在。间接ELISA结果显示,制备的多克隆抗体效价达1∶204 800,能特异性地识别原核表达的重组蛋白,表明重组无His的σB蛋白具有良好的免疫原性。Western blotting特异性鉴定结果显示,含His的σB蛋白和无His的σB蛋白均与制备的兔源多克隆抗体发生特异性反应,表明原核表达得到的重组σB蛋白具备良好的反应原性。本试验利用原核表达系统成功地表达出了重组σB蛋白,并证实了重组NDRV σB蛋白具有良好的免疫原性及反应原性,该结果将有助于后续对NDRV σB蛋白生物学功能的鉴定、NDRV诊断用抗原的制备及NDRV新型疫苗的研制。 相似文献