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1.
《畜牧与兽医》2017,(10):74-80
为了解广东地区猪流行性腹泻病毒(PEDV)的流行现状,对广东地区猪场进行了PEDV流行株的分离,分离得到1株猪流行性腹泻病毒,对分离毒株的S、N、M及ORF3基因进行遗传演化分析。结果表明:检测的PEDV毒株GD/JMEP与经典的CV777毒株亲缘关系较远,与近几年广东地区流行的PEDV毒株处于一个群,亲缘关系较近;通过ORF3序列分析发现,未有核苷酸的缺失;N、M基因核苷酸和氨基酸同源性分析发现,GD/JMEP与EAS1等经典毒株的同源性相对较低,与2013—2015年中国、美国、韩国等流行毒株的同源性较高;相比于经典传统毒株CV777,GD/JMEP的N基因存在9个氨基酸的差异,M基因存在11个核苷酸位点的变异和3个氨基酸的改变S基因存在几个位点核苷酸的缺失或者插入;与目前流行毒株比较,M、N基因存在核苷酸位点的改变,S基因在406位点存在新的突变;通过氨基酸比对分析,GD/JMEP发生了6个新的氨基酸位点突变,表明本试验所检测的PEDV为目前广东流行毒株。 相似文献
2.
陕西省部分地区猪流行性腹泻病毒S、M和N基因的遗传变异分析 总被引：1，自引：0，他引：1
为了解陕西省部分地区猪流行性腹泻病毒(PEDV)的遗传和变异情况,采集陕西省部分地区规模化猪场的5份疑似PEDV感染的猪小肠内容物,进行PEDV S、M和N基因的RT-PCR扩增,并对扩增产物进行序列测定和遗传变异分析。结果表明,5份病料均能扩增出PEDV S、M和N基因,5株病毒分别命名为SXSL、SX-BJ、SX-YL、SX-WN和SX-HZ株。序列分析表明,5株毒株之间的S、M和N基因核苷酸序列的同源性分别为96.7%~99.8%、98.4%~100%和97.2%~99.9%;氨基酸序列的同源性分别为97.4%~99.9%、98.2%~100%和98.2%~100%。该5株病毒与中国疫苗株CV777的S、M和N基因核苷酸序列的同源性分别为93.9%~99.8%、98.1%~100%和95.3%~99.9%,氨基酸序列的同源性为93.6%~99.9%、96.2%~100%和98.2%~100%。遗传进化分析结果显示,5个陕西分离株的S基因与中国疫苗株CV777亲缘关系较远,与近年来中国株、日本株以及韩国株亲缘关系较近。SX-SL株、SX-BJ株和SX-YL株的M和N基因与中国疫苗株CV777亲缘关系较近,且与中国株CHGD-01亲缘关系密切。SX-WN株和SX-HZ株的M和N基因与中国疫苗株CV777亲缘关系较远。该5株病毒的S基因以及SX-WN株和SX-HZ株的M基因和N基因变异程度较大,而SX-SL株、SX-BJ株和SX-YL株三个流行株均与中国株CHGD-01亲缘关系密切,并且与近年在陕西省流行的PEDV也不完全相同。 相似文献
3.
本研究旨在分析浙江省猪流行性腹泻病毒（PEDV）的遗传变异情况,利用实时荧光定量RT-PCR方法对2015-2016年浙江省内收集的58份猪腹泻样品进行检测,设计2对特异性引物对16份来自浙江不同地区PEDV阳性样品的S1基因进行RT-PCR扩增、克隆及序列测定,并应用生物信息学软件对16株PEDV浙江毒株的S1基因进行分析。结果显示,48份样品为PEDV阳性。16个毒株之间S1基因片段核苷酸和氨基酸同源性分别为93.1%~99.8%和92.4%~99.7%,与疫苗株CV777的核苷酸同源性为92.3%~95.7%,氨基酸同源性为90.7%~95.7%。与疫苗株CV777相比,15个毒株在S1基因区域存在着15个核苷酸插入和6个核苷酸缺失。系统进化分析表明,大部分毒株与国内外流行的基因Ⅱ型PEDV毒株亲缘关系较近,15个毒株与2011-2016年中国流行的基因Ⅱ型PEDV毒株核苷酸和氨基酸同源性均在96.6%以上;与早期分离的CV777株、LZC株亲缘关系较远,核苷酸和氨基酸同源性均在93.4%以下;1个毒株（ZJ16NB6）与国内外流行的S-INDEL样毒株较近,核苷酸和氨基酸的同源性较高,均在98.4%~99.5%之间。本研究结果表明,2015-2016年浙江省仔猪腹泻主要是由PEDV感染引起的,浙江省流行的PEDV同时存在着基因Ⅱ型和S-INDEL样毒株,但以基因Ⅱ型毒株为主。 相似文献
4.
《中国兽医杂志》2020,(1)
本试验通过对22株采集于2015-2018年广东省内猪流行性腹泻病毒(PEDV)流行株的M基因进行克隆和测序,并将测序结果与NCBI中PEDV参考株M基因进行同源性分析和构建系统进化树,从而了解广东省PEDV流行株的近年来遗传变异情况。结果显示,22株PEDV流行株间核苷酸序列同源性为97.5%～100.0%,与华南地区参考株M基因核苷酸序列同源性为97.7%～99.9%,与国内较早分离株CH/S和经典毒株CV777同源性较低,分别为97.5%～98.1%、97.7%～98.2%。PEDV M基因遗传进化分析显示,22株广东PEDV流行株的同源性较高,亲缘关系紧密,此外,22株广东PEDV流行株与大部分代表性毒株、疫苗株亲缘关系较远,如国内早期分离株CH/S、经典毒株CV777、韩国株KRPEDV-9-Vaccine、泰国株M_NIAH100541_08、日本株JMe2、英国株Brl/87等。试验结果表明,广东省当前的PEDV流行毒株存在基因变异并形成独特进化分支。 相似文献
5.
浙江省猪流行性腹泻病毒S1基因克隆与序列分析 总被引：2，自引：2，他引：0
本研究旨在分析浙江省猪流行性腹泻病毒(PEDV)的遗传变异情况,利用实时荧光定量RT-PCR方法对2015-2016年浙江省内收集的58份猪腹泻样品进行检测,设计2对特异性引物对16份来自浙江不同地区PEDV阳性样品的S1基因进行RT-PCR扩增、克隆及序列测定,并应用生物信息学软件对16株PEDV浙江毒株的S1基因进行分析。结果显示,48份样品为PEDV阳性。16个毒株之间S1基因片段核苷酸和氨基酸同源性分别为93.1%~99.8%和92.4%~99.7%,与疫苗株CV777的核苷酸同源性为92.3%~95.7%,氨基酸同源性为90.7%~95.7%。与疫苗株CV777相比,15个毒株在S1基因区域存在着15个核苷酸插入和6个核苷酸缺失。系统进化分析表明,大部分毒株与国内外流行的基因Ⅱ型PEDV毒株亲缘关系较近,15个毒株与2011-2016年中国流行的基因Ⅱ型PEDV毒株核苷酸和氨基酸同源性均在96.6%以上;与早期分离的CV777株、LZC株亲缘关系较远,核苷酸和氨基酸同源性均在93.4%以下;1个毒株(ZJ16NB6)与国内外流行的S-INDEL样毒株较近,核苷酸和氨基酸的同源性较高,均在98.4%~99.5%之间。本研究结果表明,2015-2016年浙江省仔猪腹泻主要是由PEDV感染引起的,浙江省流行的PEDV同时存在着基因Ⅱ型和S-INDEL样毒株,但以基因Ⅱ型毒株为主。 相似文献
6.
《畜牧与兽医》2015,(3):34-38
为了确定猪流行性腹泻病毒的流行特点及变异规律,本研究对我国华东地区分离到的14株PEDV的ORF3基因进行了克隆和序列测定,并与国内外代表毒株的ORF3基因进行了比较分析。结果表明:我国华东地区检测的PEDV流行毒株的ORF3基因之间的同源性为92.4%~100%,与经典毒株CV777同源性为92.0%~96.4%,与PEDV变异株的同源性为95.1%~100%。根据ORF3基因的遗传进化分析,分离的14个PEDV毒株与CV777的遗传进化距离较远,与PEDV变异株的遗传进化距离较近,表明我国PEDV流行毒株以变异株为主,较以往的疫苗株CV777发生了较大的变异,因此需要开发新的疫苗,制定更具针对性的防控措施。 相似文献
7.
《中国预防兽医学报》2020,(4)
为阐明闽西地区猪流行性腹泻病毒(PEDV)的遗传进化和重组事件。本研究从福建龙岩感染PEDV仔猪送检样品中鉴定出1株PEDV(闽西FILY1703株),采用PCR方法扩增其N、E、M以及S基因序列并测序。N、E、M以及S基因同源性及进化分析显示,FJLY1703株与CV777等早期经典株同源性较低且亲缘关系较远,而与2010年后国内分离株的同源性较高且进化关系较近。S基因编码的氨基酸序列与疫苗株CV777 S蛋白的氨基酸序列相比,FJLY1703株S蛋白抗原表位COE中存在8个突变,这些变化与2010年后中国PEDV分离株相似;且FJLY1703株E、M以及N基因编码的氨基酸序列中分别存在1个、3个和12个突变位点,均与我国当前流行株突变位点相似。S基因的重组分析表明,FJLY1703株是一株以CV777株为代表的早期经典株与2010年后PEDV变异株的重组流行株,上述研究结果提示在闽西地区需要研制针对PEDV流行株的疫苗来控制PEDV的感染。本研究为闽西地区PEDV流行病学研究提供参考依据。 相似文献
8.
《畜牧与兽医》2015,(6):1-6
临床分离获得1株猪流行性腹泻病毒(PEDV),对其纤突(S)基因5'端序列分析比较表明,该分离株(NB2011)与目前国内流行的猪流行性腹泻病毒毒株同源性为99%以上,与经典毒株(CV777)的同源性仅为82.6%。经氨基酸分析比较,PEDV纤突蛋白发生明显变异,在抗原位点35-55aa以及100-145aa区间存在很大差异。本试验对CV777株与临床分离的NB2011株的S基因N端差异较大的区段(CV777-S661,NB-S673)进行原核表达,分别获得经典株和流行株S基因N端表达蛋白。Western blotting结果表明,S661和S673重组蛋白均能与PEDV阳性血清产生特异性反应,且不与PEDV阴性血清反应。对两种蛋白进行交叉斑点试验,结果表明两者在反应原性上存在差异。研究结果为进一步阐明PEDV流行毒株抗原表位的变异及研究PEDV免疫保护机制打下基础。 相似文献
9.
猪流行性腹泻病毒灭活疫苗的制备及攻毒保护研究 总被引：1，自引：0，他引：1
为研究现用猪流行性腹泻病毒(PEDV)CV777疫苗毒株对流行毒株的免疫保护效果,以RTPCR进行PEDV CV777疫苗株、JS12流行株S基因克隆测序,进行PEDV S基因核酸序列分析与氨基酸序列分析。分别以转瓶工艺与细胞悬浮培养工艺培养Vero E6细胞,制备PEDV CV777株转瓶灭活苗与悬浮灭活苗。分别以PEDV转瓶灭活苗、悬浮灭活苗、PEDV流行株组织灭活苗(JS12株)产前30d免疫经产母猪;母猪产仔后14d进行仔猪攻毒保护试验。核酸序列分析显示,PEDV CV777株S基因与流行毒株的相似性在96.4%~99.7%之间,氨基酸序列相似性在96.7%~99.5%之间。转瓶工艺制备PEDV抗原效价为107.0 TCID50/mL,悬浮培养制备PEDV抗原效价为108.5 TCID50/mL。攻毒保护试验显示,悬浮灭活苗免疫母猪后,仔猪有2/10发病,保护率为8/10,转瓶灭活苗组发病率为8/10,保护率仅为2/10;组织灭活苗组9/10发病;对照组10头全部发病。该试验证明,提高PEDV CV777株的抗原含量,能够有效提高疫苗对PEDV流行毒株的保护效果。 相似文献
10.
为探究河南省猪流行性腹泻病毒部分毒株的遗传进化情况,采用RT-PCR对2017年2月至2018年1月在河南省部分地区猪场收集到的25份PEDV阳性病料进行ORF3和N基因的扩增,并对其进行克隆、序列比对及遗传进化分析。结果显示,PEDV毒株的ORF3基因序列是由675个核苷酸组成的,与经典毒株CV777之间核苷酸及氨基酸同源性分别为95.2%~97.5%和95.1%~96.9%。N基因之间的核苷酸与氨基酸同源性分别为96.2%~100%和93.8%~99.8%;与经典毒株CV777核苷酸与氨基酸的同源性分别为94.7%~95.8%和93.2%~96.8%。河南部分地区PEDV流行毒株与经典毒株CV777不在同一分支,说明猪场暴发猪流行性腹泻与免疫接种疫苗后依旧难以控制的原因,可能与大多数PEDV河南流行株发生变异有关。 相似文献
11.
为了解江苏省某规模化猪场猪流行性腹泻病毒(PEDV)遗传变异情况,本试验采集腹泻仔猪小肠组织及肠道内容物,通过RT-PCR进行PEDV鉴定。将检测为阳性的病料组织经20μg/mL胰酶处理后,接种到Vero细胞中进行培养,将细胞培养物进行反复冻融后,收获病毒液,进行RT-PCR鉴定。采用分段重叠策略对其S基因进行全基因序列扩增,并在此基础上分析该毒株S基因的核苷酸同源性及遗传进化关系。结果显示,经RT-PCR鉴定,病料组织呈PEDV阳性,阳性病料接种Vero细胞盲传4代后,出现明显的细胞病变,表现为细胞合胞体病变,空泡化,最终裂解脱落。收获的病毒液经RT-PCR鉴定后,确认分离到1株PEDV,命名为JS2017株。核苷酸序列分析表明,JS2017株S基因序列与美国变异株OH1414、加拿大变异株ON-007、中国变异株PEDV-LYG和CH/PDS/2015位于同一进化分支,其核苷酸同源性高达99.0%以上;其中与中国变异株YC2014亲缘关系最近,核苷酸同源性为100.0%;与经典株CV777、DR13株同源性较低,亲缘关系较远。结果表明,本研究分离获得的JS2017毒株是一株PEDV地方流行变异毒株,与2014年中国江苏分离株(YC2014株)亲缘关系最密切,与当前猪流行性腹泻疫苗株亲缘关系较远。 相似文献
12.
We designed and synthesized two pairs of specific primers amplified S1 gene by RT-PCR method to investigate the variation in S1 genes of porcine epidemic diarrhea virus (PEDV) in 2012 in Henan.S1 genes of 5 PEDV strains were cloned and sequenced, and their phylogenetic trees were analyzed from different swine breeding farms. Sequences analysis showed that S1 genes shared 98.3% to 99.5% nucleotide identities and 97.1% to 98.9% amino acids homologies among five PEDV isolates. Compared with domestic landing PEDV from 2011, the nucleotide homologies were 88.6% to 98.0% and amino acid homologies were 85.3% to 98.7%. Compared with CV777, the nucleotide homologies were 88.7% to 89.1% and amino acid homologies were 87.3% to 88.4%. Homology analysis showed that S1 genes of 5 isolates shared the same genetic mutation, there were the same insertions and deletions. Compared with domestic mutant strains landed from 2011, there was no tendency. However, compared with CV777, there were three nucleotide insertions from 163 to 166 bp, nine nucleotide insertions from 173 to 174 bp, three nucleotide insertions from 405 to 406 bp and three nucleotide deletions from 463 to 464 bp. These insertions and deletions of nucleotides led to its corresponding changes in encoding amino acids. Phylogenetic analysis showed that S1 genes of 5 PEDV strains belonged to the third group. However compared with part of PEDV first group domestic mutant strains landed in 2011, the nucleotide homologies were 88.6% to 89.3% and amino acid homologies were 85.3% to 86.9%. CV777 was the second group. The results showed that S1 genes of PEDV prevalent strain exist in first and third groups, but mainly prevailing third group strains, the pathogenic and antigenic differences of these strains should be further studied. 相似文献
13.
LIU Wen-jun YAO Jing-ming WU Xin MENG Fan HAN Yi-chao WANG Juan-ping FAN Zhen-hua XUE Yi-peng MI Rui-juan LI Hong-li ZHAO Yue 《中国畜牧兽医》2017,44(7):1982-1989
In order to investigate the variation in S gene of porcine epidemic diarrhea virus (PEDV), the 4 strains of PEDV S gene nucleotide sequences were obtained, through RT-PCR amplification of tissue samples from Shanxi province. The obtained sequences and the deduced amino acid were analyzed and compared with the other published PEDV strains. Sequence analysis showed that compared with CV777 vaccine, there were 12 nucleotides insertions between 170 to 171 bp, 3 nucleotides insertions between 401 to 402 and 454 to 455 bp, 6 nucleotides deletion between 461 to 468 bp. The nucleotide and amino acid homologies were 99.2% to 99.8% and 98.6% to 99.7% respectively among 4 strains of PEDV S gene; Comparing with the strains isolated from China in 2011 to 2015, CV777 vaccine, attenuated DR13 and CV777, the nucleotide homologies were 95.0% to 98.5%,93.2% to 93.6%,92.1% to 92.9%,93.7% to 94.4%,respectively.The amino acid homology were 96.2% to 98.9%,91.9% to 92.9%,91.9% to 92.6%,92.9% to 94.0%, respectively. Phylogenetic analysis revealed that 4 strains of PEDV S gene belonged to the first group and had high correlative genetic relationship with the PEDV strains which isolated after 2010 in China, and had far correlative genetic relationship with the PEDV strains which isolated before 2010 in China, 2 strains of Japanese, 7 strains of South Korea, 2 vaccine strains. The results suggested that the prevalence of PEDV in Shanxi province had a more obvious variation. Therefore, it was necessary to develop a new vaccine to control the outbreak of PEDV. 相似文献
14.
为分析山西地区猪流行性腹泻病毒（PEDV）的遗传变异情况,试验利用RT-PCR方法对2014-2015年山西省疑似猪流行性腹泻的阳性病料进行克隆和测序,获得4个S基因片段,并对其基因序列和推导的氨基酸序列与国内外毒株进行比对分析。序列分析结果显示,4株PEDV山西分离株的S基因与CV777 vaccine相比,在170~171 bp之间插入12个核苷酸,在401~402、454~455 bp之间均插入3个核苷酸,在461~468 bp之间缺失6个核苷酸。4株PEDV山西分离株S基因之间核苷酸和氨基酸同源性分别为99.2%~99.8%和98.6%~99.7%,与2011-2015年中国流行毒株、CV777 vaccine、attenuated DR13、CV777的核苷酸同源性分别95.0%~98.5%、93.2%~93.6%、93.2%~93.7%、93.7%~94.4%,氨基酸同源性分别为96.2%~98.9%、91.9%~92.6%、92.1%~92.9%、92.9%~94.0%。遗传进化树分析结果表明,PEDV S基因分为3个群,4株PEDV山西分离株属于第一群,与2010年以后国内流行毒株（除AH-M、SQ2014）的亲缘关系较近,与2010年以前中国流行毒株、2个日本株、7个韩国株、2个疫苗株的亲缘关系较远。研究结果提示山西省流行的PEDV发生较明显的变异,需研发新的疫苗来控制PEDV的暴发。 相似文献
15.
为了全面了解犬冠状病毒（CCoV）分离毒株JS1706和JS1712基因组3'端主要结构蛋白基因和非结构蛋白基因的分子特征,本研究设计了8组引物进行RT-PCR扩增,产物经测序和拼接后,获得了约8.7 kb基因组片段,该基因组结构及其编码蛋白顺序为5'-S-3abc-E-M-N-7ab-3'。对CCoV JS1706、JS1712株8.7 kb基因组核苷酸序列与α冠状病毒属参考毒株的相同区域核苷酸序列进行比对,结果表明,2个分离株与CCoV Ⅱ型参考毒株相似性最高（83.4%~93.1%）,其次为FCoV Ⅱ型参考毒株（87.1%~87.9%）、TGEV参考毒株（86.1%~86.8%）、CCoV Ⅰ型参考毒株（72.0%~72.1%）和FCoV Ⅰ型参考毒株（67.5%~69.9%）。JS1706、JS1712毒株与同属冠状病毒参考株的结构蛋白S、E、M和N蛋白氨基酸相似性分别为46.4%~95.2%、75.6%~100%、82.8%~99.2%和78.5%~99.7%。说明同属内冠状病毒的S基因变异度大,E、M、N基因相对保守。根据基因组3'端8.7 kb核苷酸序列和S蛋白氨基酸序列相似性比对结果,JS1706和JS1712毒株均与泛嗜型原型株CB/05相似性最高,分别为93.0%~93.1%、94.8%~95.2%,其他结构蛋白包括E、M和N氨基酸序列比对也发现与CB/05株的相似性较高,分别为97.6%~100%、92.4%~93.1%和97.9%。S蛋白氨基酸序列的进一步分析表明,JS1706和JS1712毒株的S蛋白N端有一些特有氨基酸,S蛋白氨基酸序列中没有明显的S1/S2蛋白酶切位点（RRARR）,但在958—963位氨基酸有S2'裂解位点特征基序（KRKYRS）。基于S蛋白氨基酸序列构建的系统发育进化树分析显示,CCoV JS1706和JS1712株与CCoV Ⅱa亚型参考毒株和FCoV Ⅱ型参考毒株聚集形成一个分枝。CCoV JS1706和JS1712株非结构蛋白的编码基因ORF3abc和ORF7,其结构、大小与经典疫苗株INSAVC-1相似,无明显插入、缺失和移码突变。本研究有助于深入了解国内CCoV流行毒株的分子特性,为后续分子流行病学调查、诊断试剂和疫苗研发奠定了基础。 相似文献
16.
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2011年猪流行性腹泻病毒的遗传变异分析 总被引：8，自引：0，他引：8
为分析猪流行性腹泻病毒(PEDV)的遗传变异情况,本研究设计合成2对扩增S1基因的引物,利用套式RT-PCR方法,对2011年分离的17个PEDV S1基因进行扩增、克隆和序列测定;并将其进行比对和遗传演化分析。结果表明:17个PEDV S1基因序列与参考病毒株S1基因核苷酸序列同源性为90.54%～99.96%,与经典病毒株CV777相比,其中有6个S1基因在453 bp～454 bp处存在3个核苷酸的缺失;一个在453 bp～454 bp处缺失6个核苷酸;其它10个S1基因在173 bp～186 bp之间存在12个核苷酸的插入,413 bp～417 bp之间有3个核苷酸的插入,467 bp～468 bp处缺失6个核苷酸,插入和缺失位点与韩国病毒株KNU-0901、KNU-0905、KNU-0801相似。S1基因系统进化树分析表明,PEDV S1基因分为3群,其中7个S1基因属于PEDVⅠ群,另外10个属于PEDVⅢ群。 相似文献