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1.
《上海畜牧兽医通讯》2017,(6)
本实验建立猪博卡病毒(PBoV)PCR检测方法,并调查当前云南猪群中PBoV的感染情况。在GenBank数据库中对PBoV全基因组序列进行比对分析,找出保守序列,设计1对扩增PBoV非结构蛋白NP1基因片段的引物,基于该引物建立PBoVPCR检测方法;用所建立的方法检测发生腹泻猪的粪便,挑选阳性扩增产物进行克隆、测序;以提取的PCV2、大肠杆菌的DNA为模板验证引物的特异性;并用核酸蛋白定量仪定量PBoV阳性样本的DNA,经梯度稀释后取1μL为模板确定所建立的PBoVPCR方法的敏感性;应用建立的PCR方法调查140份2015年云南省部分猪群样品中PBoV的存在情况。本实验建立的PCR方法特异性强,仅能扩增出PBoV,对PCV2、大肠杆菌核酸无交叉扩增现象;灵敏度高,对PBoV的最低可检出DNA浓度为0.1ng/μL;应用建立的PCR方法检测了140份采集自云南省部分地区的粪便样品,结果显示样本中PBoV的检出率为20%(28/140)。实验成功建立了检测PBoV的PCR方法,对云南地区猪群PBoV的临床诊断和流行病学调查等具有参考价值。 相似文献
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3.
为建立快速检测猪流行性腹泻病毒(PEDV)和猪博卡病毒(PBoV)3/4/5型的双重PCR方法,本研究根据Gen Bank中登录的PEDV ORF1基因序列和PBoV不同基因型VP1序列,设计2对特异性引物,通过对PCR扩增条件的优化,建立了能够同时检测PEDV和PBoV3/4/5型双重PCR方法,特异性检测结果显示该方法对猪细小病毒、猪圆环病毒2型、猪伪狂犬病毒、大肠杆菌、沙门氏菌、猪链球菌核酸扩增均为阴性;敏感性检测结果显示,对PEDV和PBoV3/4/5型重组质粒标准品的最低检出量分别为837拷贝/μL和1 000拷贝/μL;临床样品的检测结果显示,所建立的双重PCR方法可同时有效地检测出PEDV和PBoV3/4/5型混合感染及单独感染。本研究建立的双重PCR方法具有良好的特异性、敏感性、重复性,为快速、高效检测PEDV和PBoV提供了技术帮助。 相似文献
4.
《中国预防兽医学报》2015,(12)
为建立一种猪腺病毒3型(PADV-3)的检测方法,本研究根据PADV-3 E1B基因保守序列设计一对引物,建立了PCR检测方法。特异性试验结果显示,该方法仅对PADV-3扩增出247 bp的目的片段,而对猪瘟病毒、猪流行性腹泻病毒、猪博卡病毒、猪传染性胃肠炎、猪伪狂犬病毒、猪圆环病毒、大肠杆菌、猪链球菌均无特异性扩增;敏感性试验结果显示,该方法对PADV-3最低检测量为3.7×10~5拷贝/μL。应用该方法对我国四川省23个规模化猪场进行流行病学调查,结果显示PADV-3阳性率达到14.72%,在腹泻猪群中阳性率为17.34%,并且显著高于非腹泻猪群(6.41%),PADV-3在保育猪群中感染率最高(26.32%),表明PADV-3在我国四川省猪群中广泛流行。本研究建立的PCR检测方法特异性强、灵敏度高,可以应用于猪群中PADV-3的流行性调查。 相似文献
5.
《中国预防兽医学报》2016,(7)
猪博卡病毒(PBo V)是2009年新发现的一种DNA病毒,常于腹泻仔猪体内检测到该病毒。为建立该病毒的检测方法,本研究根据Gen Bank中登录的PBo V 1/2型的高度同源保守序列设计一对特异性引物,经PCR扩增条件优化,建立了PBo V 1/2型的PCR检测方法。特异性试验结果显示,该PCR方法仅从PBo V 1或2型的阳性病料样品中特异性的扩增出751 bp的目的片段,而对猪伪狂犬病毒、圆环病毒、大肠杆菌、沙门氏菌的核酸样品的扩增结果均为阴性。敏感性试验显示,该PCR方法对PBo V 1/2重组质粒标准品的最低检测量为34.8拷贝/μL。对来自河南中牟、开封、兰考、濮阳、洛阳等地猪场发生腹泻疫情的70份猪病料样品,采用该方法进行检测,其中10份样品呈PBo V 1/2型阳性,阳性率为14.29%。该PCR检测方法的建立为PBo V1/2型的诊断和监测提供技术支持。 相似文献
6.
《中国兽医杂志》2017,(10)
为了解广东地区导致猪群腹泻病原的流行状况,对广东省部分地区的猪场进行猪群腹泻的流行病学调查,共采集腹泻样品273份,采用PCR和RT-PCR的方法检测能够造成猪群腹泻的病原,包括猪流行性腹泻病毒(PEDV),猪轮状病毒(PoRV),猪传染性胃肠炎病毒(TGEV),以及近年开始流行的猪德尔塔冠状病毒(Porcine Deltacoronavirus,PDCoV),猪库布病毒(Porcine Kobuvirus,PKoV),猪博卡病毒(Porcine Bocavirus,PBoV),猪萨佩罗病毒(Porcine Sapelovirus,PSV)。检测结果显示,PEDV仍然是导致猪群腹泻的主要病原,而TGEV没有检测到。尤为突出的是PKV仅次于PEDV的高阳性率,因此其在猪群腹泻中的作用值得进一步探索。 相似文献
7.
猪伪狂犬病毒PCR检测方法的建立及应用 总被引：2，自引：0，他引：2
根据猪伪狂犬病毒（PRV）gE基因序列保守区段,设计一对特异性引物,通过优化反应条件,建立了可区分猪伪狂犬病毒野毒株与基因缺失疫苗株的PCR检测方法,并对该方法的敏感性、特异性和重复性进行了验证。结果显示,该PCR方法可扩增出388 bp的目的片段;对模板的最低检测量为1.1 pg;与猪圆环病毒Ⅱ型、猪细小病毒、猪支原体、猪瘟病毒、猪繁殖与呼吸综合征病毒、猪乙型脑炎病毒、猪流行性腹泻病毒无交叉反应,具有高特异性。采用建立的PCR方法对2014年以来全国不同地区81个猪场421份疑似病料进行检测,发现PRV猪场平均阳性率为35.80%,样品平均阳性率为 25.42%。该方法灵敏度高、特异性强、重复性好,可用于PRV的临床诊断和流行病学调查。 相似文献
8.
猪Hokovirus(PHoV)是近年来在香港发现的一种猪细小病毒。为及时评估该病毒在我国的感染及流行情况,本研究根据GenBank中登录的PHoV核苷酸序列设计并合成一对特异性引物,建立了PHoV的PCR检测方法。研究结果表明,所建立的PCR检测方法特异性强,对其它的猪主要病毒无交叉反应;敏感性较高,最低可以检测2.4×104拷贝/μL;而且重复性较好。采用该方法对2009年～2010年我国华东地区猪场的318份临床样品进行检测,结果显示38份样品为PHoV阳性,表明我国猪群中存在PHoV感染。本研究建立的PCR方法可以作为在临床上检测PHoV的一种有效手段。 相似文献
9.
为了检测猪伪狂犬病病毒和猪博卡病毒混合感染的情况,研究建立了快速,简便,灵敏度高,特异性强的鉴别猪伪狂犬病病毒(PRV)和猪博卡病毒(PBoV)的双重检测方法。针对PRV gE基因和PBoV NS1基因的序列,分别设计了2对特异性引物,通过对引物浓度、模板加入量、退火温度等的优化,建立了快速鉴别PRV和PBoV的双重PCR检测方法,并进行了特异性和敏感性试验。特异性试验表明,该方法可以扩增出PRV gE长度为316 bp和PBoV NS1长度为996 bp的目的片段,对大肠杆菌、猪圆环病毒Ⅱ型、猪捷申病毒、猪瘟病毒、猪繁殖与呼吸综合征病毒均无扩增;敏感性试验表明,PRV、PBoV的最低核酸检出量分别为6.44×10~2拷贝和9.51×10~3拷贝,与单一PCR敏感性相同。应用该方法对49份送检病料样品进行检测,其中PRV和PBoV的单纯感染检出率分别为34.69%和14.28%,混合感染检出率为8.16%,与单一PCR检测结果符合率为93.88%。 相似文献
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猪急性腹泻综合征冠状病毒(Swine Acute Diarrhea Syndrome Coronavirus,SADS-CoV)是2017年在我国广东首次发现的一种可导致新生仔猪急性水样腹泻及死亡的新型冠状病毒。为调查2018年江西及福建猪群中该病毒的感染情况,试验建立了一种SADS-CoV套式RT-PCR检测方法,并调查2018年江西及福建腹泻猪只样本中SADS-CoV的流行情况。根据GenBank数据库中SADS-CoV GDS04毒株(登录号MF167434)的核衣壳蛋白(N)基因核酸序列,设计了两对特异性套式引物。以猪流行性腹泻病毒、猪传染性胃肠炎病毒、猪繁殖与呼吸综合征病毒、猪瘟病毒等病毒的基因组为模板检测引物的特异性。通过优化反应条件建立了检测SADS-CoV的套式PCR方法,用建立的套式PCR方法对2018年从江西和福建两省8个猪场采集的492份腹泻样品进行检测。应用设计的两对套式引物扩增出了650 bp和291 bp两个特异性片段。试验建立的套式PCR检测方法特异性好,只能扩增SADS-CoV,其最低检测限度为102拷贝/μL。利用所建立的方法对来自江西和福建省的492份腹泻猪临床样品进行检测,从福建猪群样品中检出了2份SADS-CoV感染,未从江西临床样品中检出SADS-CoV。试验将为SADS-CoV的临床检测提供一种套式PCR检测方法,结果表明该病毒在福建猪群而未在江西腹泻猪群中流行,将对SADS-CoV的临床诊断等具有应用价值。 相似文献
11.
Daniel Mohan Jacob Chee Yien Lee Siti Suri Arshad Gayathri Thevi Selvarajah Faruku Bande Bee Lee Ong Peck Toung Ooi 《Tropical animal health and production》2018,50(4):733-739
Several strains of porcine bocaviruses have been reported worldwide since their first detection in Sweden in 2009. Subsequently, the virus has been reported to be associated with gastrointestinal and respiratory signs in weaner and grower pigs. Although Malaysia is host to a self-sufficient swine livestock industry, there is no study that describes porcine bocavirus in the country. This report is the first to describe porcine bocavirus (PBoV) in Malaysian swine herds. PBoV was identified in various tissues from sick and runt pigs using the conventional PCR method with primers targeting conserved regions encoding for the nonstructural protein (NS1) gene. Out of 103 samples tested from 17 pigs, 32 samples from 15 pigs were positive for porcine bocavirus. In addition, a higher detection rate was identified from mesenteric lymph nodes (52.9%), followed by tonsil (37.0%), and lungs (33.3%). Pairwise comparison and phylogenetic analyses based on a 658-bp fragment of NS1 gene revealed that the Malaysian PBoV strains are highly similar to PBoV3 isolated in Minnesota, USA. The presence of porcine bocavirus in Malaysia and their phylogenetic bond was marked for the first time by this study. Further studies will establish the molecular epidemiology of PBoV in Malaysia and clarify pathogenicity of the local isolates. 相似文献
12.
NAN Wen-jin HU Hong-hui WU Jing-bo HUANG Jian-qiang PENG Guo-liang XIAO Zheng-zhong 《中国畜牧兽医》2017,44(6):1769-1777
In order to understand the main pathogen of newborn piglets diarrhea in North Guangdong region, 31 diarrhea samples were collected from six pig farms in North Guangdong, the pathogen of porcine epidemic diarrhea virus (PEDV), transmissible gastroenteritis virus (TGEV) and porcine rotavirus (PoRV) were detected by Real-time RT-PCR, meanwhile, ORF3 gene of PEDV amplified from positive samples were sequenced and analyzed. Pathogen detection results showed that 83.87%(26/31) samples were positive for PEDV, all herds and samples were negative for TGEV and PoRV. The sequence analysis revealed that the ORF3 gene of 5 epidemic strains of PEDV were all 675 bp, homologies of nucleotides were 98.7% to 100.0%, and homologies with reference sequences of nucleotides were 94.5% to 100.0%, and some gene mutation in common nucleotides site. The results of gene phylogenetic trees showed that PEDV could be divided into two groups, PEDV genetic relationship between field strains in North Guangdong and some regions in China, Southeast Asia, North America, Europe from 2013 to 2015 was closer, classed as a gene subgroup, from 2011 to 2012 main epidemic strains in our country and vaccine strains classed as other two gene subgroups. These results indicated that PEDV infection was the main pathogen of newborn piglets diarrhea in North Guangdong region, as time passed, the PEDV epidemic strains gene presented a tendency of evolution and variation. 相似文献
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为了解凉山州腹泻仔猪猪圆环病毒2型(PCV2)的感染情况,采用PCR方法对采自四川省凉山州西昌市和喜德县7个猪场85份腹泻仔猪粪便、病变组织等样品进行PCV2检测,并将扩增到的PCV2 ORF2基因片段进行测序和序列分析。结果显示,PCV2阳性样品有22份,阳性率为25.9%,阳性猪场占71.4%(5/7)。22个ORF2基因片段长度均为459 bp,核苷酸同源性为92.8%～100%,氨基酸同源性为93.5%～100%。构建的系统进化树显示22个测序序列分别处于2个分支:PCV2b和PCV2d,但未形成明显的地理分支。结果表明凉山州猪群中PCV2感染较为普遍,且以PCV2d亚型为主,并存在一定程度的遗传变异。 相似文献
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猪嵴病毒RT-PCR检测方法的建立及应用 总被引：1，自引：0，他引：1
根据GenBank中登录的猪嵴病毒3D基因保守序列,设计合成1对引物,以腹泻哺乳仔猪的小肠为起始材料,建立了猪峭病毒的RT-PCR检测方法,并用该方法对收集的50份哺乳仔猪腹泻样本进行检测。结果显示,该方法对模板的最小检测量是2.3 pg,检测猪其他常见致腹泻病毒均为阴性,同一样品3次试验结果一致;所扩增的序列经测序分析均为猪嵴病毒的3D核苷酸序列;仔猪腹泻样本的猪嵴病毒检出率达58%。结果表明,该方法敏感度高、重复性和特异性良好,可用于猪嵴病毒的分子流行病学调查和临床病例的快速诊断。 相似文献
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从四川省21个规模化猪场采集样品273份,利用PCR方法检测并分析了猪细小病毒和猪圆环病毒的感染及混合感染情况,结果共检出PPV病原阳性样品47份（占17．22％）;PPV阳性猪场8个（占38．1％）;种猪的感染率较高,仔猪感染率相对较低;检出PCV2病原阳性样品143份（占52．38％）,PCV2阳性猪场18个（占85．7％）;PCV2感染随猪年龄的增长而升高;检出PPV和PCV2混合感染样品29份（占10．62％）;同时存在PPV和PCV2的猪场6个（占28．7％）,混合感染主要集中在母猪和保育仔猪阶段。仅有3个猪场未检出PPV和PCV2病原,占14．3％。该结果说明PPV与PCV2及其混合感染在四川省流行广泛,对养殖业构成了较严重的危害。 相似文献
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利用宏基因组学鉴定藏猪腹泻粪便病毒种群 总被引：2，自引：2，他引：0
为进一步了解藏猪腹泻粪便中病毒种群，从青藏高原地区16个藏猪场采集腹泻粪便样本146份，将样本混合成一个pool样，提取RNA反转录成cDNA，建库后利用TruSeq Illumina测序，对测序的序列进行整理分析及相关病毒的分子特征进行研究。数据分析结果表明：藏猪腹泻粪便样本病毒种群包括11个病毒科的19种病毒，主要以线性和环状的小DNA病毒为主，如猪粪相关环状病毒7型、猪腺病毒和猪博卡病毒（PBoV）等；与腹泻相关的病原有猪流行性腹泻病毒（PEDV）、猪圆环病毒2型（PCV-2）和牛病毒性腹泻病毒1型（BVDV-1）3种；与腹泻相关的新发病原有porcine bufavirus、rabovirus和pasivirus 3种。利用SOAP软件组装出猪细小病毒6型（PPV-6）、PCV-2、PBoV-2完整或接近全长的基因组和戊型肝炎病毒（HEV）完整的ORF2基因序列，系统发育结果显示PPV-6和PCV-2与参考毒株有较近的遗传进化关系，PBoV-2与参考毒株有较远的遗传进化关系，单独聚为一簇，可能是一个全新的基因型。为进一步调查PCV-2在藏猪腹泻粪便中的检出率，对采集146份样本进行检测，检出率为10.96%（16/146，95% CI：6.4%~17.2%），且与四川地区PCV-2流行株有较近的亲缘关系。本研究发现藏猪腹泻粪便中病毒种类复杂多样，且可能存在与其他动物和人交叉感染情况，具有重要的公共卫生学意义，也为藏猪腹泻病防控提供一定的理论依据。 相似文献
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根据GenBank公布的猪博卡病毒(PBoV)序列,通过VP1/2基因设计引物和Taq Man探针建立实时荧光定量PCR检测方法。建立的方法与PPV、PRRSV及PCV均无交叉反应,具有较高特异性,在107 copies/mL～101 copies/mL模板范围内具有良好的线性关系,所制作的标准曲线相关系数为0.997,最低可检测到101copies/mL的阳性质粒。说明所建立的PBoV实时荧光定量PCR检测方法具有灵敏度高、特异性好和精确性高等优点。 相似文献
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根据GenBank公布的猪博卡病毒(Porcine Bocavirus,PBoV)序列,在VP1/2基因区域设计引物和TaqMan探针建立实时荧光定量PCR检测方法,对上海市10个区(县)规模场2006～2011年间采集的1800份猪血清、2010年种猪场不同月份采集的45份猪粪便、2010年9个规模场采集的27份猪鼻棉拭以及门诊采集的9份高热病死猪内脏进行检测,阳性率依次为24％、30％、0％、67％.6份PBoV阳性病料进行猪繁殖与呼吸综合征病毒(Porcine reproductive and respiratory syndrome,PRRSV)、猪圆环病毒2型(Porcine circovirus type 2,PCV2)、猪伪狂犬病毒(Pseudorabies virus,PRV)、猪细小病毒(Porcine parvovirus,PPV)检测,阳性率依次为83％、100％、0％、0％.检测结果表明,PBoV感染在上海市普遍存在,猪内脏中检出率较高,且春秋两季高发,仔猪比较易感,并与PRRSV、PCV2存在混合感染. 相似文献
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ZHENG Long-long ZHU Ling-yun CHEN Guan-xiong LIU Ping-dan TANG Ning ZHAO De-yu LIU Jia YANG Gui-shu BAI Wei-bing 《中国畜牧兽医》2015,42(10):2772-2778
To understand the pathogenic causes of weaning diarrhea in Yunnan province,we collected 210 feces and 60 drinking water,a total of 270 samples in 30 farms with weaning diarrhea and analyzed the virus and pathogenic bacteria.The results of the study showed that drinking water was sever polluted by pathogenic Escherichia coli,40 strains of pathogenic Escherichia coli were detected in drinking water,the positive rate was 66.7%,and 100 strains in feces with positive rate of 47.6%;10 strains of pathogenic Salmonella were detected in drinking water,the positive rate was 16.7%,and 24 strains in feces with positive rate of 11.4%,and were sensitive to imipenem.PCR amplified positive rates of porcine epidemic diarrhea virus (PEDV),porcine circovirous type 2 (PCV2),pseudorabies virus (PRV),classical swine fever virus (CSFV),porcine reproductive and respiratory syndrome virus (PRRSV) and porcine rotavirus (PoRV) in feces were 5.2% to 13.0%,and they were not detected in drinking water.By analyzing the causes of diarrhea in Yunnan province in weaned piglets analysis,understanding the specific causes of diarrhea in weaned piglets,the results provided a more reasonable and more realistic theoretical basis and experimental reference for prevention and control of the disease from the cause. 相似文献