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1.
《中国兽医学报》2019,(9):1710-1714
分析比对了GenBank中已公布的23株犬瘟热病毒全基因组序列,针对保守区设计了11对特异性通用引物,用于扩增犬瘟热病毒野毒株和疫苗株全基因组。通过优化11对引物的工作浓度及退火温度等条件,对保存的3株疫苗毒CDV3株、OR12株、CDV/R-20/8株和2株野毒HBF-1株和SD(14)07株进行了全基因组扩增。取5μL扩增产物进行1%琼脂糖凝胶电泳,结果显示11对通用引物对以上5株犬瘟热病毒扩增后,均获得11个特异性目的片段,条带大小与预期相符。选取疫苗毒OR12株和野毒HBF-1株的进行全基因组序列测定,与GenBank中已公布的序列进行比对,同源性均大于99.0%,证实这11对特异性通用引物能够实现对犬瘟热病毒野毒和弱毒全基因组的准确扩增,并获得准确的全基因组序列。 相似文献
2.
《动物医学进展》2015,(10)
为了解犬副流感病毒(CPIV)的基因组结构与遗传进化特征,应用RT-PCR分段扩增HRB-V毒株的5个片段,f1、f2、f3以及5′-末端和3′-末端,克隆到pHW2000载体中并进行测序。经序列拼接获得全基因组序列,与GenBank登录的副流感病毒代表毒株进行对比分析。基因序列分析表明,HRB-V株基因组全长15 246nt,含5′-末端、3′-末端和7个ORF具有副流感病毒基因组结构的典型特征;将结构蛋白F、HN以及全基因序列与参考毒株进行比较分析并做遗传进化树,结果表明,HRB-V与CPI-和CPI+属同一分支,亲缘性相近。核苷酸以及氨基酸序列同源性分析结果表明,HRB-V与各病毒株的F基因的核苷酸同源性在96.5%~98.8%之间,氨基酸同源性为94.2%~98%;HN基因的核苷酸同源性在98.1%~99.5%之间,氨基酸同源性为97%~99.3%。以上试验证明副流感病毒人、猴、猪和犬SV5分离株基因差异较小,具有高度同源性。研究副流感病毒分子克隆的结构,为研究犬副流感病毒反向遗传操作技术平台奠定基础。 相似文献
3.
6株猪圆环病毒2型流行毒株全基因组克隆及序列分析 总被引：4，自引：0，他引：4
参考GenBank发表的PCV-2全基因组序列,设计1对引物,通过反向PCR技术扩增出6株PCV-2流行株的全基因,并进行了序列测定分析。结果表明,6个分离株基因组全长为1 768 bp或1 767 bp,同源性比较发现,分离株之间的核苷酸同源性为95.5%~100%,与GenBank上已发表的PCV-2分离株之间的同源性为93.0%~100%,与法国分离株同源性最高。6株分离株的ORF2核苷酸及其所推导的氨基酸序列同源性分别为92.9%~100%和92.3%~100%,存在较大的变异。 相似文献
4.
猪圆环病毒2型天津及周边地区分离株的遗传演化分析 总被引：1，自引：1，他引：0
为了解天津及周边地区猪圆环病毒2型(porcine circovirus 2,PCV2)的流行毒株遗传变异情况,本研究应用基因克隆技术和生物信息学分析软件对24株PCV2分离株全基因及ORF2基因分别进行克隆、测序、同源性比对和遗传进化分析。全基因组序列分析结果显示,24株PCV2分离株全基因组序列有14株为1 767bp,10株为1 768bp。用DNAStar软件对全基因组序列同源性比对表明,24株PCV2分离株与NCBI上的PCV2参考株的全基因序列同源性为93.6%~99.8%,24株分离株之间的全基因组序列差异很小,同源性为94.0%~99.9%。同时,用DNAStar对PCV2分离株的ORF2基因序列同源性分析表明,其与NCBI上的PCV2 ORF2基因参考序列的核苷酸序列同源性为87.3%~99.3%,24株分离株ORF2基因核苷酸序列同源性为89.0%~100.0%,3株分离株(10084F4、R14040及R14086)的核苷酸序列同源性为100.0%。对全基因和ORF2基因的遗传进化分析表明,24株分离株的系统进化树被分为2个大分支,其中23株分离毒株属于PCV2b亚型,1株属于PCV2a亚型,未分离出PCV2c亚型。综上所述,天津及周边地区PCV2的流行模式仍以PCV 2b亚型为主,本研究为该地区PCV2的流行变异情况研究提供了一定的理论依据。 相似文献
5.
为了解进口美国种猪中获取的猪圆环病毒3型(PCV3)毒株全基因组序列及遗传变异情况,根据GenBank中收录的PCV3基因组序列,设计2对特异性引物,对确诊感染PCV3的病死猪组织进行全基因组序列扩增、拼接、测序和序列分析。结果显示,获得的PCV3美国毒株(命名为PCV3_USA2021,GenBank登录号OL799306)全基因组序列长度约为2000 bp,与国内外不同地区的38个PCV3参考毒株同源性为98.7%~99.8%。其中,PCV3_USA2021株开放阅读框ORF1和ORF2与国内外38个参考毒株同源性分别为99.1%~99.9%和98.0%~100%。构建的全基因组系统进化树显示,该毒株为PCV3a亚型,与美国毒株(PCV3-US_SD2016)亲缘关系最近。本研究为PCV3的遗传变异、流行病学分析提供了参考,也为相关疫苗的研制打下了基础。 相似文献
6.
为了解陕西省猪圆环病毒2型(PCV2)的遗传变异情况,根据GenBank登录的PCV2全基因组序列,设计1对引物,从陕西省部分地区规模化猪场疑似PCV2感染的病猪采集病料9份,应用PCR扩增PCV2的全基因,其中6份为阳性,并对扩增的6个PCV2全基因组序列进行测序和序列分析。基因测序表明,PCV2基因组全长为1 767bp;对6株病毒序列进行同源性比较,6个毒株全基因之间核苷酸同源性为98.3%~100%,与GenBank上已发表的国内外毒株全基因组比较,同源性为96.3%~97.8%;与近几年陕西株比较发现基因变异程度不稳定,与2013年分离株(KX352154.1)同源性最高,2015年分离株(KX352159.1)次之,反而与2014年分离株(KX068219.1)最低;对6个毒株的ORF1和ORF2基因进行同源性比较,6个毒株的ORF1和ORF2基因的核苷酸同源性分别为98.1%~100%和98.2%~100%,与GenBank上已发表的国内外参考株ORF1和ORF2基因进行同源性比较,同源性分别为97.6%~99.8%和91.5~96.0%。陕西省流行的PCV2基因组较为保守,变异不大,同源性很高。 相似文献
7.
参照内源性绵羊肺腺瘤病毒株enJSRV-20全基因组序列设计合成3对引物,应用PCR技术扩增内源性绵羊肺腺瘤病毒基因片段分别连接pMD-18T载体并测序,完成了内源性绵羊反转录病毒基因组序列测定。分析结果显示,测定序列全长7519bp,与内源性绵羊肺腺瘤病毒代表株enJSRV-20核苷酸同源性为99．4％,与外源性绵羊肺腺瘤病毒代表株AF357971．1的核苷酸同源性为90．4％。基于全基因组序列核苷酸的系统进化发生树分析结果显示,扩增序列与enJSRV-20的亲缘关系最近。 相似文献
8.
为了解天津及周边地区猪圆环病毒2型（porcine circovirus 2,PCV2）的流行毒株遗传变异情况,本研究应用基因克隆技术和生物信息学分析软件对24株PCV2分离株全基因及ORF2基因分别进行克隆、测序、同源性比对和遗传进化分析。全基因组序列分析结果显示,24株PCV2分离株全基因组序列有14株为1 767 bp,10株为1 768 bp。用DNAStar软件对全基因组序列同源性比对表明,24株PCV2分离株与NCBI上的PCV2参考株的全基因序列同源性为93.6%~99.8%,24株分离株之间的全基因组序列差异很小,同源性为94.0%~99.9%。同时,用DNAStar对PCV2分离株的ORF2基因序列同源性分析表明,其与NCBI上的PCV2 ORF2基因参考序列的核苷酸序列同源性为87.3%~99.3%,24株分离株ORF2基因核苷酸序列同源性为89.0%~100.0%,3株分离株（10084F4、R14040及R14086）的核苷酸序列同源性为100.0%。对全基因和ORF2基因的遗传进化分析表明,24株分离株的系统进化树被分为2个大分支,其中23株分离毒株属于PCV2b亚型,1株属于PCV2a亚型,未分离出PCV2c亚型。综上所述,天津及周边地区PCV2的流行模式仍以PCV 2b亚型为主,本研究为该地区PCV2的流行变异情况研究提供了一定的理论依据。 相似文献
9.
《中国预防兽医学报》2017,(1)
为研究山羊地方性鼻内肿瘤病毒(ENTV)Shaanxi株前病毒全基因组序列,本研究根据Gen Bank中收录的ENTV前病毒基因组序列设计5对引物,通过PCR方法从肿瘤组织中分段扩增获得了ENTV前病毒全基因组的5个片段,测序并分析。结果显示该病毒基因组全长7 275 bp,包含相互重叠的gag-pro-pol-env编码区及5'端非编码区;ENTV Shaanxi株基因组全序列与NC004994.2、AY197548.2、ENTV-SC株(HM104174.1)核苷酸同源性分别为89%、89%、99%。本研究为ENTV的分子生物学特性研究提供资料,为进一步研究其检测方法与致病机理奠定了基础。 相似文献
10.
为了解河北省流行的猪星状病毒(PAstV)遗传特性和重组现象,设计了7对特异性扩增引物,利用RT-PCR方法进行全基因组序列扩增;应用DNAStar软件和MEGA 7.0软件对扩增得到的序列进行拼接和核苷酸同源性分析,并建立基于全基因组和ORF2基因的系统进化树;利用生物学分析软件对全基因组序列结构特点和重组现象进行分析。结果显示,成功扩增得到1株PAstV4 HB-SJZ全基因组序列;全基因组遗传分析显示,HB-SJZ株与PAstV4参考毒株同源性显著高于其他基因型毒株,为74.2%～81.0%,与匈牙利4型毒株WBAstV-1同源性最高(81.0%);基于ORF2基因分析显示,HB-SJZ株与PAstV4参考毒株同源性为64.8%～68.9%,与日本毒株PoAstV-VIRES-GX03-C3遗传关系最近(68.9%);重组分析显示,HB-SJZ株的ORF1基因与JPN Bu5 2014株和JPN Mol2-3 2015株存在重组现象。这一研究提示河北省流行的PAstV4是同物种重组毒株,为该病的流行病学调查提供科学依据,也为该病的防控提供理论基础。 相似文献
11.
两株2.1d新基因亚型猪瘟病毒的全基因组序列分析及其基因亚型分子特征 总被引：1，自引：0，他引：1
《中国预防兽医学报》2016,(1)
为研究猪瘟病毒(CSFV)2.1d新基因亚型的基因组特征,本研究根据Gen Bank中登录的Zj0801株CSFV全基因组序列设计合成6对引物,通过RT-PCR方法对2014年分离自山东的两株2.1d亚型CSFV(SDSG1410和SDLS1410)进行全基因组测序,两株CSFV全长均为12 296 nt。全基因组遗传演化分析表明这两个分离株位于一个独立分支中,属于2.1d亚型,与E2基因分型结果一致。核苷酸和推导氨基酸同源性分析显示,分离株全基因组同源性与参考株相比差异较大,与Zj0801株的全基因组同源性最高为97.3%~97.5%,而与1.1亚型的Shimen和HCLV株的同源性仅为85.0%~85.1%和84.3%~84.4%;部分基因和非翻译区变异较大,如N~(pro)、C、E2、NS2、NS5A和3'UTR。对全基因组氨基酸序列分析,结果显示2.1d亚型CSFV在V~(640)、K~(992)、A~(1020)、M~(1090)、R~(1395)和D~(2374) 6处氨基酸上具有共同的分子特征。以上研究结果增加了CSFV 2.1d新基因亚型的分型依据。 相似文献
12.
为了解江西地区猪圆环病毒2型（PCV-2）的流行和进化情况,根据GenBank上已发表的PCV-2全基因序列设计1对引物,PCR扩增后得到9条PCV-2全基因序列,并对其全基因序列核苷酸和蛋白序列进行分析,绘制遗传进化树。结果表明,江西地区流行的9株PCV-2中,基因组序列全长分为8株1 767 bp和1株1 768 bp,9株PCV-2的核苷酸同源性为94.7%~99.9%,与GenBank己发表的PCV-2分离株全基因组同源性介于94.3%~99.8%之间,而9株PCV-2的ORF1核苷酸序列同源性为96.9%~100.0%。ORF2和ORF3编码的蛋白氨基酸序列存在部分位点突变。遗传进化树显示为3种基因型：5株PCV-2b、3株PCV-2d、1株PCV-2a。本研究有助于江西地区PCV-2的监测和防制。 相似文献
13.
为了解湖南省猪圆环病毒2型(PCV2)的来源及与其他地区毒株的关系,从湖南省疑患断奶仔猪多系统衰竭综合征(PMW S)猪群中分离PCV2毒株1株(PCVHunan),提取病毒DNA,进行PCR扩增,扩增产物经克隆与酶切鉴定,获得1.7 kb片段的阳性重组质粒,对其进行全基因组测序分析,与Genbank中已知全基因组序列进行同源性比较。结果,该序列与国内外毒株核苷酸同源性为93.0%~97.7%,其中与美国株(AR145609)及澳大利亚株(AY424405)同源性最高,为97.7%。2个主要阅读框(ORF1与ORF2)氨基酸序列与国内外毒株同源性分别为98.4%~99.4%和88.0%~95.7%。 相似文献
14.
猪圆环病毒2型吉林分离株全基因组的克隆与序列分析 总被引：2，自引：0，他引：2
从吉林某猪场采集疑似患断奶仔猪多系统衰竭综合征死亡的猪体病料,进行猪圆环病毒2型(PCV-2)的分离;分离培养物经荧光标记的PCV-2特异抗体染色鉴定,并用PCV-2全基因组的特异性引物扩增,进行序列测定和分析。结果表明,从采集病料中成功分离出一株猪圆环病毒2型,并将此吉林分离株命名为PCV-2-JL11S,对其进行全基因测序,拼接结果显示,基因组全长为1 767bp;将分离株病毒的全基因组序列与14株GenBank已登录病毒进行比较,结果显示,核苷酸同源性最高可达99.2%;全基因序列系统进化树结果表明,分离株与HQ395057关系最近,而与HQ395037关系较远。上述结果表明,PCV-2吉林分离株存在一定的基因变异,而变异的发生原因尚需深入研究。 相似文献
15.
为快速获知流感病毒的全基因组序列,及时得知其遗传演化特性。设计11对通用条形码引物,采用RT-PCR法扩增A\swine\Shandong\01\2009(H1N1)株的8个基因节段,进行克隆测序和遗传进化分析。核酸序列测定结果显示,全基因组序列完整无缺失,但是基因组内2个位点突变导致PB1-F2、NS-1蛋白表达不完整,HA切割位点处氨基酸序列PSIQSR/GLF,无多个连续的碱性氨基酸,符合非致病性切割位点的特征。从绘制的各个片段进化树分析,此毒株与11株近5年在人和猪中流行的H1N1相似度高,HA的同源性达98.1%~99.7%,NA同源性98.6%~99.8%,与2009年暴发的A型H1N1流行株A/California/07/2009(H1N1)8个片段进行比对,核酸同源性高达99.1%~99.6%。 相似文献
16.
从云南省某发病猪场分离到1株猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV),将该毒株命名为YN-LQ株。为了研究该毒株的遗传变异及分子生物学特征,根据PRRSV标准毒株NCBI登录号KC422728设计10对引物,对YN-LQ株全基因进行扩增及测序,将测序结果依次拼接获得YN-LQ株的全基因序列,并进行序列的比对分析。结果显示:PRRSV YN-LQ株基因组全长为15 320bp;将YN-LQ株与经典PRRSV病毒株Nsp2、GP5及全基因进行比对分析,发现YN-LQ株与JXA1的同源性最高。Nsp2基因序列同源性为99.0%,其氨基酸序列有15个位点发生了改变;GP5基因序列同源性为97.7%,其氨基酸序列有9个位点发生了改变;全基因的同源性为98.7%。证实该毒株为JXA1变异株,为深入研究该病毒株的遗传与变异及其与生物学特性的关系奠定了基础。 相似文献
17.
《中国动物传染病学报》2017,(2)
本研究对犬瘟热病毒(Canine distemper virus,CDV)安徽分离株(CDV-AH株)的全基因组序列进行了测定和分析。根据GenBank上已发表的部分CDV基因组全长序列设计了8对特异性引物,RT-PCR方法分段扩增出CDV-AH株的全基因组序列。采用DNAStar软件和MEGA软件对CDV-AH株与其他CDV毒株的基因序列进行了比对和分析,并绘制系统进化树。结果显示,CDV-AH株全长15 690 bp,编码6种结构蛋白(N、P、M、F、H和L),与CDV-PS株核苷酸序列同源性最高,为98.8%,而与CDV-1以及Onderstepoort等疫苗株的序列同源性较低,为92.1%。CDV-AH株在保守区域出现15处氨基酸突变,这些突变对其所编码蛋白结构和功能的影响需要进一步研究。基于H基因序列的系统进化分析表明,CDV-AH株与其他CDV野毒株共同形成一个拓扑群,属于亚洲Ⅰ型。 相似文献
18.
牛乳头瘤病毒基因1型广西GX01流行株全基因组克隆及序列分析 总被引：1，自引：1，他引：0
为了解牛乳头瘤病毒1型(bovine papillomavirus genotype 1,BPV-1)广西GX01株全基因组序列、结构特征及遗传变异情况,同时了解该毒株引起宿主产生的病理组织学变化情况,本研究选取广西贺州市患病牛皮肤肿瘤样物制作石蜡切片后镜检观察,提取病料DNA,以乳头瘤病毒L1基因的简并引物FAP59/FAP64进行PCR扩增以确定此病毒的基因型,根据GenBank中BPV参考株设计嵌套引物,对GX01株进行全基因组扩增、克隆测序及序列分析。病理组织学检查结果显示,可在病变部位发现表皮细胞增生、肿胀,角质过度及挖空细胞等乳头瘤病毒感染的特征性病变。序列分析结果表明,GX01株为BPV-1,其全基因组长为7 945bp,包含E1、E2、E4、E5、E6、E7、L1、L2 8个开放阅读框,符合BPV-1型基因组的结构特征;GX01与BPV-1参考株全基因组核苷酸序列同源性为98.6%~99.6%,与BPV-2型参考株(M20219.1)、BPV-13型参考株(JQ798171.1)同源性分别为86.9%和87.2%。GX01株为广西地区首次经检测确认并测定全基因组序列的牛乳头瘤病毒。本研究为广西地区乃至全国的牛乳头状瘤的病原鉴定、流行规律、遗传变异、疫源追溯及科学防控提供了基础数据。 相似文献
19.
通过对采集到的青岛市某发病羊场羊口疮病料（强毒）在山羊成纤维细胞上连续传90代（弱毒）后, 分别进行病毒基因组提取, 并对提取到的基因组分别命名为ORFV-QD和ORFV-RD。根据GenBank上发表的ORFV全基因组序列设计并合成3对特异性引物, 分别扩增ORFV-QD和ORFV-RD的B2L基因、F1L基因和VIR基因片段, 并将扩增得到的基因组片段分别克隆到pMD-19T载体上, 转化到DH5α感受态细胞中, 对重组质粒进行鉴定后送至测序公司进行测序, 用DNASTAR软件对测序结果进行拼接及3组基因之间核苷酸同源性比较分析, 将测序结果与NCBI上已公布的13组ORFV全基因组相应基因核苷酸序列进行同源性比对分析、构建系统进化树及氨基酸序列比对分析。结果表明, 3组基因与参考序列的B2L基因、F1L基因和VIR基因核苷酸同源性分别为92.1%~98.4%、96.1%~99.1%和94.6%~100%。将2株病毒基因组与参考序列进行氨基酸序列比较分析, 结果显示2株病毒基因组之间并没有较为明显的差异。 相似文献
20.
毋艳萍 《国外畜牧学(猪与禽)》2014,(5):50-53
根据Genbank已发表的猪圆环病毒Ⅱ型(PCV-2)全基因组序列,设计两对特异性引物,建立了PCV-2全基因组的克隆和序列分析方法,并对甘肃省两个规模化养猪场采集的疑似PMWS病料进行了全基因克隆和序列分析,确定了PCV-2毒株基因序列的变异情况。结果表明,PCV-2核苷酸序列稳定,1株标准株与2株分离株全基因序列均由1 768 bp组成,彼此间序列的同源性达94.0%~99.8%,2个分离株之间同源性达94.2%~99.8%;分离株与标准株和Genbank已发表的23株PCV-2毒株参考毒株同源性达92.6%~100%。 相似文献