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利用PCR-DGGE技术分析桑天牛成虫肠道菌群结构及优势菌群,获取桑天牛肠道微生物的多样性信息。从桑天牛成虫肠道中提取细菌基因组DNA,以细菌16S rDNA基因通用引物27F/1495R和27F/519r+GC进行V3可变区PCR扩增,将长约500 bp的扩增产物经变性梯度凝胶电泳(DGGE)分离后,进行优势条带分析、DNA回收、克隆、测序等,初步得到分别属于肠杆菌属(Enterobacter)、不动杆菌属(Acinetobacter)、埃希氏菌属(Escherichia)、志贺菌属(Citrobacter)、克雷伯氏菌属(Klebsiella)、柠檬酸菌属(Shigella)、泛菌属(Pantoea)和沙雷氏菌属(Serratia)的8个细菌菌株,其中优势细菌为克雷伯氏菌属的细菌菌株,其次是沙雷氏菌属的细菌菌株。将获取的细菌16S rDNA序列在GenBank数据库中进行BLAST比对分析,相似度在97%以上的有6个菌株,其中有5个菌株与传统方法分离菌株的鉴定结果一致,表明基于16S rDNA的PCR-DGGE技术可用于桑天牛肠道菌群多样性研究。 相似文献
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通过筛选获得高产纤维素酶细菌菌株,为纤维素酶制剂研制及纤维素酶工程菌构建提供试验材料。采用刚果红平板从牛羊粪便及腐败的玉米秸秆和木屑中分离产纤维素酶菌株,以DNS法测定酶活,根据酶活复筛产纤维素酶分离菌株;观察分离菌株的形态、染色与培养特性;应用16S rDNA通用引物扩增菌株基因组DNA,测序结果提交GenBank数据库进行Blast比对分析和相似性搜索,作出复筛菌株种的鉴定。结果表明:分离获得16株纤维素酶产量较高的细菌菌株,均为革兰氏阳性菌,菌体呈短杆状、具中央芽孢,经16S rDNA序列比对分析和相似性搜索,鉴定为10株枯草芽孢杆菌(Bacillus subtilis)、6株解淀粉芽孢杆菌(Bacillus amyloliquefaciens)。 相似文献
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四川白三叶根瘤菌遗传多样性及系统发育研究 总被引：1，自引：0，他引：1
为阐明四川部分地区野生白三叶根瘤菌的遗传多样性及系统发育地位,对分离自四川雅安、康定、泸定、西昌、成都和乐山6个地区白三叶根瘤的69株菌进行系统研究。采用16S rDNA限制性片段长度多态性分析(restriction fragment length polymorphism, RFLP)和16S rDNA基因、持家基因(recA、atpD、glnII)、结瘤基因(nodC)、固氮基因(nifH)系统发育分析的方法进行了研究。结果表明,16S rDNA PCR-RFLP中所有供试菌株产生了4种酶切图谱类型,表现出较为丰富的遗传多样性。持家基因与16S rDNA基因系统发育分析结果基本一致,9株代表菌株主要分布在α-变形菌纲(Alpha-Proteobacteria)的根瘤菌属(Rhizobium),并与豌豆根瘤菌三叶草生物型(R. leguminosarum bv. trifolii) ATCC 14480T的亲缘关系较近。PCR可扩增出nodC和nifH基因片段,但从属于土壤杆菌属(Agrobacterium)的菌株LS1105中则扩增不出这两个基因。所有供试菌株被鉴定到了种的水平,证实了68株为白三叶根瘤菌,并通过不同采样地点菌株之间的比较,发现白三叶与根瘤菌的共生关系因地理分布不同而具有多样性,对于丰富白三叶根瘤菌资源及其开发利用具有重要意义。 相似文献
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研究旨在筛选高效纤维素降解菌,用于提高养殖废弃物堆肥效果和利用价值。利用羧甲基纤维素钠选择性培养基结合革兰氏碘液水解圈测定法,初步分离纤维素降解菌;经纤维素酶(滤纸酶FPA、内切葡聚糖苷酶Cen、外切葡聚糖苷酶Cex、葡萄糖苷酶BG)活性测定,筛选到2株(X-1、X-6)具有高效纤维素降解能力的细菌,其中X-1的纤维素酶活力较高,震荡培养4d后其FPA、Cen、Cex和BG的酶活分别为77.97、105.58、135.64和109.87IU/mL。结果表明,X-1、X-6对H_2S和NH_3的清除能力分别达到40%以上。经菌落形态特征、生理生化特性及16S rDNA序列分析,鉴定菌株X-1为类芽孢杆菌属中的灿烂类芽孢杆菌(Paenibacillus lautus),菌株X-6为芽孢杆菌属中的烟酸芽胞杆菌(Bacillus niacini)。 相似文献
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家蚕肠道细菌种群结构分析 总被引：4，自引：1，他引：4
用普通培养基和稀释培养基从家蚕4龄幼虫肠道中分离到109株细菌,通过16S rDNA-RFLP分析后,得到14个不同类群。从各个类群中随机选取代表菌株进行16S rDNA序列测定和系统发育分析,结果表明,家蚕肠道细菌主要分布在芽孢杆菌属(Bacillus)、节杆菌属(Arthrobacter)、肠杆菌属(Enterobacter)、微杆菌属(Microbacteri-um)、葡萄球菌属(Staphylococcus)、短杆菌属(Brevibacterium)、纤维微杆菌属(Cellulosimicrobium)、肠球菌属(Entero-coccus)、短状杆菌属(Brachybacterium)、棒状杆菌属(Corynebacterium)10个已知细菌属和另外1个分支中,揭示了家蚕肠道细菌种群的多样性。 相似文献
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采用稀释平板法从两种嵩草属牧草休眠期根和种子中分离到23株内生细菌,测定了其抑菌、溶磷、固氮和产IAA等生物学功能,并通过16S rDNA 基因序列分析进行了鉴定。结果表明,两牧草根和种子中内生细菌的数量和群落组成存在明显差异;线叶嵩草内生细菌的种类比矮生嵩草丰富;矮生嵩草根部内生细菌比种子中丰富,而线叶嵩草种子内生细菌较根部丰富;种子存放时间影响内生细菌数量;20株可继代培养内生细菌中具有抑菌、溶磷、固氮和产IAA生物功能的菌株分别占总菌株数的35%,55%,45%和25%。获得15株内生细菌的16S rDNA 基因序列,经同源性比较,其分别属于芽孢杆菌属(Bacillus)、叶杆菌属(Phyllobacterium)、葡萄球菌属(Staphylococcus)、类芽孢杆菌属(Paenibacillus)、微杆菌属(Microbacterium)、原小单孢菌属(Promicromonospora)和鞘氨醇盒菌属(Sphingopyxis),且芽孢杆菌属细菌为其优势种群。 相似文献
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为了研究老年大熊猫肠道菌群的构成,本试验对3只圈养老年大熊猫粪便细菌构建16S rDNA克隆文库,采用限制性内切酶Hinf Ⅰ、Msp Ⅰ对其进行限制性片段长度多态性(restriction fragment length polymorphism,RFLP)及测序分析.结果显示,老年大熊猫肠道细菌主要由变形菌门和厚壁菌门组成;变形菌门中又以大肠埃希氏菌属为主,其次为假单胞菌属、志贺氏菌属、气单胞菌属;而厚壁菌门中以链球菌属为主,其次为魏斯氏菌属、梭菌属;此外还发现一定比例的未培养细菌.本试验第一次建立了较丰富的老年大熊猫肠道菌群的克隆文库,为分析比较各年龄层大熊猫的肠道菌群结构的异同提供了参照,也为合理饲喂老年大熊猫,保障老年大熊猫的健康提供重要信息. 相似文献
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《中国奶牛》2021,(9)
本研究利用16S rRNA高通量测序分析生鲜水牛乳加工前的细菌多样性。分别提取刚挤出30min内,及冷藏5h、12h及24h的水牛乳样本细菌总DNA,PCR扩增其16S rDNA,利用纯化后的扩增片段构建其菌群的16S rDNA文库,采用Miseq PE300进行高通量测序及BLAST比对。结果显示,在属水平,刚挤出30min～冷藏5h组中的优势菌属为金黄杆菌属(39.28%)、巨型球菌属(16.47%)、乳球菌属(9.61%),而在冷藏12～24h组中则以不动杆菌属(34.95%)、芽孢杆菌属(11.2%)、库特氏菌属(9.01%)为优势菌属。葡萄球菌属在刚挤出组中未检出,但随着冷藏时间的延长,其丰度呈上升趋势。可以得出,生鲜水牛乳从刚挤出至冷藏24h内,其微生物群落结构和组成呈动态变化,且此次测序中条件致病菌检出率较高,冷藏12h后样本组中细菌多样性显著高于其他组,由此可知生鲜水牛乳从挤出至加工前,低温贮藏时间越短越好,最好控制在5h内。 相似文献
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为探究柔嫩艾美耳球虫感染对鸡盲肠菌群的影响,采集对照组和球虫感染组雏鸡盲肠内容物,提取DNA,16S rDNA测序分析鸡盲肠菌群丰度、多样性的变化,采用粪菌移植验证正常鸡肠道菌群对柔嫩艾美耳球虫感染的保护作用。16S rDNA测序结果显示,柔嫩艾美耳球虫感染后盲肠内菌群丰度、多样性显著降低。在门水平上,感染前,两组雏鸡盲肠的优势菌门均为厚壁菌、变形菌、放线菌;感染后厚壁菌门丰度下降,变形菌门、放线菌门的丰度上升,差异显著(P<0.05),感染组出现了拟杆菌门。在属水平上,与对照组相比,感染组鸡盲肠微生物菌群中乳杆菌属、埃希菌-志贺菌属、拟杆菌属、罗姆布茨菌属、棒状杆菌属、肠球菌属、变形杆菌属丰度增加但差异不显著(P>0.05),毛螺菌科未定属、瘤胃球菌属、梭菌UCG-014、瘤胃球菌科未定属丰度显著下降(P<0.05),GCA-900066575丰度降低但差异不显著(P>0.05)。粪菌移植结果显示,与生理盐水移植组相比,盲肠内容物移植组和粪便菌移植组能显著减轻柔嫩艾美耳球虫感染后鸡增重降低的影响,减轻盲肠损伤,卵囊产量显著下降(P<0.05)。盲肠内容物... 相似文献
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为了探究进口紫花苜蓿种带细菌的多样性及其对动植物的致病性，本研究从北美和欧洲共收集到紫花苜蓿种子样品34份，所有样品经室内研磨稀释分离培养，共获得39株种带细菌分离物，结合常规表型特征及16S rDNA鉴定方法确定它们的分类地位；并在室内采用菌悬液皿内发芽及盆栽接种法和腹腔注射法分别测定了21株代表细菌对供试紫花苜蓿和昆明小鼠的致病性。结果显示：1)39株细菌隶属3门15属，门分别为厚壁菌门、变形菌门和放线菌门，其中优势门为厚壁菌门；属地位的分别为芽孢杆菌属、假单胞菌属、马赛菌属、短芽孢杆菌属、欧文氏菌属、泛菌属、不动杆菌属、肠杆菌属、埃希氏肠杆菌属、假芽孢杆菌属、假节杆菌属、红球菌属、葡萄球菌属、土壤芽孢杆菌属和微杆菌属，其中优势属为芽孢杆菌属和假单胞菌属。2）红球菌属GCKH菌株仅对紫花苜蓿致病；不动杆菌属ZSR17、埃希氏肠杆菌属ZSR25和马赛菌属R1菌株仅对小鼠具有致病性；而欧文氏菌属ZF1和ZS3、泛菌属CQ10和ZS6菌株既可以引起紫花苜蓿致病，又可以引起小白鼠发病，是潜在的植物和动物跨界侵染共致病病原细菌。研究结果初步探明了欧美进口紫花苜蓿种带细菌的分类地位及其危害性，... 相似文献
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采用刚果红平板筛选法从动物粪便中分离和筛选高产β-葡聚糖酶的菌株,选取水解圈直径与菌落直径比值较大的菌株进行酶活力的测定,得到一株酶活力较高的菌株T-4-3,酶活力达到21.9 U/mL。对该菌株进行形态观察和生理生化特征分析,初步鉴定为芽孢杆菌属(Bacillus sp.),将其16S rDNA序列与GeneBank中已知标准菌株的16S rDNA序列进行比对,并用Neighbor-joining方法构建菌株T-4-3进化树,结果表明,T-4-3与标准菌株CP000560 Bacillus amyloliquefaciens聚于同一分支,同源性高达100%。 相似文献
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为了探讨大熊猫食性转换前期肠道菌群的多样性与差异性。对3只处于夏季食性转换前期大熊猫粪便细菌总DNA进行ERIC—PCR分析,并构建16SrDNA克隆文库,采用限制性内切酶HinfI、MsPI对其进行RFLP（restric—tionfragmentlengthpolymorphism）及测序分析。研究表明,食性转换前期大熊猫肠道细菌主要由硬壁菌门和变形菌门组成。其中7月份样品中以梭菌属和醋杆菌属为主;8月份以八迭球菌属和埃希氏菌属为主;9月份以链球菌属和埃希氏菌属为主。此外在3个月中均发现一定比例的未培养细菌。结果表明：随着食性转换前期的过渡,大熊猫肠道菌群发生了改变。由硬壁菌门中的梭菌属渐变到以球菌属为主,由变形菌门的醋杆菌属渐变到以肠杆菌为主。 相似文献
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采用PCR-RFLP法分析了灌溉猪沼液、牛沼液和施用化肥的土壤细菌多样性的季节性变化.通过直接提取土壤DNA,扩增细菌16S rDNA基因片段,建立克隆文库,用限制性内切酶4faⅠ和HindⅢ进行酶切,得到了96～123种酶切类型.采用多样性测度对试验结果进行统计分析.结果表明,细菌多样性指数H’、D,、Dg、dMa、R2和E变化规律为:施用猪沼液处理组＞施用牛沼液处理组＞对照组(P＜0 05),Simpson指数λ则表现为对照组＞牛沼液组＞猪沼液组(P＜0 05),细菌群落的均匀度指数Jg和种间相遇机率的PIE指数均为猪沼液组＞牛沼液组＞对照组(P＜0.05);细菌多样性指数H’、dMa、R和λ的变异系数在2.65％～18.87％之间,尤以Simpson指教λ变化最为敏感,处理间差异最大.最终得到如下结论:处理以及季节对细菌多样性的影响极显著,不同处理土壤细菌多样性为猪沼液组＞牛沼液组＞对照组,春季细菌多样性高于秋季;实施种养结合循环利用模式3年后,土壤细菌多样性有不同程度的提高. 相似文献
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为了从红树林植物根际土壤中分离出具有广谱抑菌作用的海洋细菌，试验以大肠杆菌、金黄色葡萄球菌、沙门氏菌、链球菌4种常见致病菌为指示菌，采用M10和P3培养基从红树植物根际土壤中分离细菌，以固体琼脂打孔法对分离的细菌进行抑菌活性筛选，并提取分离菌株的基因组DNA,PCR扩增16S rDNA基因并测序，同时采用邻接法构建系统发育树。结果表明：从红树植物土壤中分离得到654株细菌，其中107株细菌具有抑菌活性，占分离菌株的16.4%。菌株M36对大肠杆菌和链球菌抑菌活性最强，抑菌圈直径分别为13 mm、16 mm;菌株P19和P25对金黄色葡萄球的抑菌活性最强，抑菌圈直径均为16 mm;菌株P83对沙门氏菌抑菌活性最强，抑菌圈直径为13 mm;菌株M36和P31的抑菌谱最广。综合两种培养基的培养结果有抑菌活性的菌株被分成4个属，分别是肠杆菌属、芽孢杆菌属、葡萄球菌属、伯克霍尔德氏菌属，其中肠杆菌属为优势菌属，其次为芽孢杆菌属，占比分别为69.2%和15.9%。说明红树植物根际土壤中存在具有广谱抑菌活性的细菌。 相似文献
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为了研究冷冻原肠浸泡解冻池水的细菌多样性,采集3份水样直接提取细菌基因组总DNA,再分别用PCR技术扩增出细菌16S rDNA并构建基因文库,经PCR鉴定后从3个文库中分别随机挑取50个阳性克隆进行DNA序列测定。分别对3个文库的测序结果进行分析发现,除去24.00%~32.00%为无法鉴定的未培养细菌和未分类细菌以外,其余细菌来自于芽胞杆菌纲、γ-变形菌纲、放线菌纲和黄杆菌纲,分别占各文库克隆总数的38.00%~42.00%、20.00%~26.00%、4.00%~8.00%和0~2.00%。除去44株无法鉴定的细菌,进一步对其他106株细菌进行分析发现,其中2株放线菌目细菌和5株肠杆菌科细菌无法进一步鉴定,其余99个菌株包含了来自19个属的至少30种细菌,且肠球菌属、变形杆菌属和芽胞杆菌属为其中的优势菌属。本研究显示冷冻原肠浸泡解冻池水中细菌多样性较高,其中部分细菌为致病菌和条件致病菌。 相似文献