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1.
分析了中国近海连云港、舟山和福州38尾鮸鱼线粒体细胞色素b(Cytb)基因的1 140 bp序列,共检测到39个变异位点和5个简约信息位点;共有27个单倍型,总的单倍型多样性为0.960±0.020,核苷酸多样性为0.00271±0.00030,表现为高单倍型多样性和低核苷酸多样性;Tajima's中性检验为负值且显著(-2.36010,P＜0.05),在简约性网络图中单倍型呈星状分布,核苷酸不配对分析呈单峰曲线,表明中国近海鮸鱼经历过种群扩张,推测扩张年代约为8万年前.在邻接树和简约性网络图中不同地理来源的单倍型交错分布,群体间有较低的F4值(-0.0190～-0.0081)和较高的Nm值(-62.53～-26.82),分子方差分析(群体间-1.12％)表明群体间未出现明显的遗传分化,可作为一个管理保护单位,推测鱼生活史中存在一定规模的洄游以及扩张后的群体尚未在迁移与漂变间达到平衡是未检测到显著地理和谱系结构的主要原因. 相似文献
2.
珠江水系特有卷口鱼遗传变异的线粒体Cytb基因序列分析 总被引：1，自引：0，他引：1
测定了广西合山、柳州、桂平和广东郁南等4个地理群体43尾卷口鱼线粒体Cytb基因1041bp,结果检测到8个单倍型,7个多态位点。4个地理群体的单倍型多样性为0.248～0.700,核苷酸多样性为0.00022～0.00070,表明所分析的卷口鱼群体单倍型多样性和核苷酸多样性低。在分子系统树上,不同地理来源的卷口鱼混杂分布在一起,没有形成明显的谱系结构和地理聚群;4个群体两两间的Fst值为-0.028～0.116,但均不显著(P0.08);AMOVA分析表明1.70%(P=0.21)的分子差异来自群体间,而98.3%的分子差异位于群体内部;表明4个地理群体间没有显著遗传分化。单倍型网络图呈星状结构,中性检测Tajima’sD和Fu’sFS均为显著负值,核苷酸不对称分布分析呈单峰模式,表明珠江卷口鱼可能曾经历过种群的快速扩张,推测在晚更新世(1.5～3.9万年前)出现种群扩张。 相似文献
3.
对长江水系中江西都昌和闽江水系中福建建瓯2 个群体23 尾长体鳜细胞色素b 全基因的1 141 bp 序
列进行分析,发现15 个变异位点,其中简约信息位点7 个,共有13 个单倍型,总体单倍型多样度（Hd）和核苷酸多态
度（Pi）分别为0.933（依0.030）和0.00241（依0.030）,呈现出高单倍型多样性和低核苷酸多样性的特点。中性检验结果显
示Fu爷s Fs为显著负值,核苷酸不配对分析呈现单峰分布,表明长体鳜在历史上经历过种群扩张事件,推测扩张年代
约为6 万年前,为更新世晚期。在邻接树和简约性网络图中不同地理来源的单倍型交错分布,群体间的Fst 和Nm 值
分别为0.06667 和3.5。AMOVA 分析表明,长体鳜群体内遗传差异（95.17%）大于群体间（4.83%）遗传差异,遗传变异
主要是集中在群体内部,表明都昌和建瓯的长体鳜群体间没有出现明显遗传分化,可作为一个管理保护单位。 相似文献
4.
测定了湖南岳阳、江西都昌、上海崇明3个群体42尾鳊线粒体控制区全序列940bp,发现26个变异位点和15个简约信息位点,共检出28个单倍型。转换/颠换比为45.8。在邻接树上,来自不同地点的鳊混杂分布于各分支,没有出现明显的谱系结构和地理聚群。3个群体间的遗传距离为0.004～0.005,Fst值为0～0.05,表明3个群体间没有显著遗传分化,隶属同一种群。岳阳、都昌和崇明群体的核苷酸多样性分别为0.00501、0.00414、0.00409,单倍型多样性分别为1.00000、0.93407、0.97802,其中岳阳群体的核苷酸多态性与单倍型多样性在3个群体中最丰富,建议优先保护。 相似文献
5.
中国近海真鲷遗传变异的线粒体控制区序列分析 总被引：2，自引：0，他引：2
测定了辽宁东港、广东大亚湾和广西东兴3个海域各15尾真鲷的线粒体控制区5′端660bp的核苷酸序列,发现91个可变位点,64个简约信息位点。在45尾样品中共检测到43个单倍型,3个群体的平均单倍型多样性和核苷酸多样性分别为(0.99～1)和(0.02522～0.02579),表现出较高的单倍型多样性和核苷酸多样性。在真鲷个体NJ树上出现3个谱系,各谱系中不同地理来源的个体比例相当,不呈现明显的地理聚群,推测各谱系大约形成于晚更新世的末期。Tajima’sD呈负值但不显著(P0.08),表明真鲷历史上没有发生快速扩张,种群大小稳定。群体间遗传分化指数Fst都为负值(-0.0001～-0.0188)但不显著(P0.1);AMOVA分析显示遗传变异主要集中在群体内的个体间(100.49%),而群体间的遗传变异很小(-0.49%);表明我国近海真鲷群体有可能是同一种群。 相似文献
6.
测定了长江支流贵定与干流合江和宜都3个群体57尾中华倒刺鲃细胞色素b基因5'端971 bp序列以分析其遗传多样性和种群结构.结果发现21个变异位点和13个简约信息位点,检测到14种单倍型,平均单倍型多样性(Hd)和核苷酸多样性(Pi)分别为0.7820和0.0025,表现出较低的遗传多样性.合江群体核苷酸多样性最高(0.0036),宜都其次,贵定最低.在NJ系统树上没有出现明显的谱系结构和地理聚群,AMOVA分析显示遗传变异主要集中在群体内的个体间(61.16％).宜都和合江群体间的Fst和Nm值分别为0.0974和4.6329,但贵定群体与合江和宜都群体间的Fst值分别为0.4549、0.4875,Nm值分别为0.5991、0.5256,表明长江干流2个地理群体间遗传分化程度低,可视为一个大的随机交配群体;而支流群体没有遗传变异,且与长江干流群体间出现高度分化,可能是由贵定特殊地理条件使基因交流受阻所致.中性检测表明,宜都群体在约为7.6万～3.0万年前的更新世晚期发生过种群的快速扩张. 相似文献
7.
安徽淮河水系黄鳝群体遗传多样性及其遗传结构 总被引：1，自引：1，他引：1
利用线粒体Cyt b基因全序列(1138 bp)对安徽淮河水系黄鳝6个地理群体(阜南Fn、颍上Ys、平圩Pw、怀远Hy、凤阳Fy、明光Mg)165个样品进行遗传多样性和遗传结构分析。共检测到变异位点74个、单倍型25个,平均A+T含量(54.8%)显著大于G+C(45.2%)含量。平均单倍型多样性和平均核苷酸多样性分别为0.787、0.01882。各群体的遗传分化指数FST为0.01933~0.81352、基因流Nm为0.11461~26.36650,分子方差分析(AMOVA)显示44.1%的变异来自群体间,表明淮河水系黄鳝地理群体间存在较高程度的遗传分化。单倍型系统进化树和进化网络图揭示安徽淮河黄鳝6个群体的个体组成2个遗传差异明显的谱系。错配分布和中性检验结果表明安徽淮河黄鳝群体历史上较为稳定,无明显群体扩张。 相似文献
8.
对江苏省扬州高邮、苏州张家港、泰州海陵3个地区宽体金线蛭自然群体的线粒体Cytb基因全序列进行了测定和分析。结果显示:宽体金线蛭Cytb基因全长1 146 bp,样本的A、G、T、C平均含量分别为27.57%、15.77%、43.49%、13.17%,A+T含量(71.06%)明显高于G+C含量(28.94%)。在77个宽体金线蛭样本中,共检测到96个多态位点,其中有58个简约信息位点,获得47个单倍型,共享单倍型数目1个。3个宽体金线蛭群体的平均单倍型多样性、核苷酸多样性、平均核苷酸差异数分别为0.9781、0.0133、15.20,其中泰州海陵群体的单倍型多样度(0.987 7)和核苷酸多样度(0.013 1)最高。3个群体间的遗传分化指数F_(st)为0.065 1～0.175 6,且差异显著(P0.05),不同群体间存在一定的遗传分化。分子方差分析(AMOVA)表明,11.13%的变异来自群体间,88.87%的变异来自群体内。用邻接法构建的单倍型系统发育进化树显示,不同地理群体的个体呈交错分布,没有形成明显的地理谱系。中性检验和核酸不配对分布结果表明,3个宽体金线蛭野生群体总体大小保持相对稳定,没有发生明显的种群扩张。 相似文献
9.
中华鳖线粒体遗传变异的细胞色素b序列分析 总被引：1，自引：0，他引：1
测定并分析了长江水系14尾中华鳖(Pelodiscus sinensis)的线粒体细胞色素b基因1 140 bp序列,结合GenBank中下载的3个序列,发现了243个变异位点,61个简约信息位点:A+T含量(60.6%)明显高于G+C含量(39.4%);17个中华鳖序列中共存在10个单倍型,单倍型多样性(Hd)为0.882,核苷酸多态性(Pi)为0.01002.在分子系统树上,17个样本共形成3个谱系,其中长江中下游出现遗传距离为0.023的2个谱系,谱系A由7个单倍型(共14尾)组成,谱系C由2个单倍型(共2尾)组成.韩国1尾单独为谱系B,与A、C谱系之间的遗传距离分别为0.030、0.031推测3个谱系问分化时间约为5百万年,建议分别加以保护.长汀中下游不同地理来源的个体混杂分布,没有形成明显的地理聚群,不同群体间的遗传变异大于群体内的遗传变异.中性检测Tajima's D和Fu's Fs均为显著负值,核苷酸不对称分布分析呈多峰型.表明中华鳖未经历过种群扩张. 相似文献
10.
为研究野生与养殖小黄鱼群体的遗传多样性,基于mtDNA Cytb基因和D-loop控制区对舟山嵊泗海域(SS)和象山三门口海域(SMK)2个小黄鱼野生群体和1个养殖群体(YZ)的遗传结构与遗传分化等进行比较分析。序列分析结果显示,Cytb基因序列为841 bp,其A+T含量(50.2%)与C+G含量(49.8%)相似;D-loop区序列为629~635 bp,A+T含量(58.9%)远高于C+G含量(41.1%)。SS、SMK和YZ群体Cytb基因的单倍型数分别为26、27和12,SS和SMK群体共享2个单倍型(Hap1和Hap13),SMK和YZ群体共享1个单倍型(Hap41);SS、SMK和YZ群体D-loop区的单倍型数分别为27、30和10,SS和SMK群体共享1个单倍型(Hap4)。多样性分析结果显示,3个群体均属于高单倍型多样性(Hd>0.5),其中,SS和SMK群体单倍型多样性和核苷酸多样性高于YZ群体,表明野生群体多样性略高于养殖群体。遗传分化指数显示,2个小黄鱼野生群体间的分化程度极小,而养殖群体与野生群体间存在中度分化。遗传分化指数和AMOVA分析结果表明,群体内个体的变异是遗传变异的主要来源。Cytb基因和D-loop区序列中性检验结果中SS和SMK群体的Tajima’s D值和Fu and Li's值均为负数,且Cytb基因的Tajima’s D值和Fu and Li's值显著(P<0.05)偏离中性,表明2个野生群体有可能经历过群体扩张。单倍型系统发育树显示,SS、SMK和YZ群体均未表现出明显的地理聚集,群体间互有交叉,表明3个群体间的分化尚不明显。 相似文献
11.
为进一步了解浙江省东方蜜蜂的遗传多样性状况,基于浙江省10个地级市的448群东方蜜蜂样本,利用线粒体DNA tRNAleu-COⅡ序列进行遗传变异与群体遗传结构分析。结果显示,共获得46个单倍型,单倍型多样度为0.665 7,核苷酸多样度为0.002 61,表明浙江省东方蜜蜂具有较高的单倍型多样度、较低的核苷酸多样度。中性检验和单倍型网络图分析显示,浙江省东方蜜蜂可能经历了群体扩张事件。群体遗传结构分析显示,杭州、宁波与周边其他地区存在一定程度的遗传分化,可能与东方蜜蜂在当地的长期生存适应,以及一定的地理隔离有关。研究还新发现一个与国内其他地区东方蜜蜂差异较大的特殊单倍型。 相似文献
12.
为揭示中国沿海岩虫Marphysa sanguinea自然群体的遗传多样性,采用线粒体COⅠ序列分子标记方法,对大连、兴城、乳山和北海4个海域共5个群体57个岩虫的遗传多样性及群体遗传结构进行了分析研究。结果表明:57个个体中共检测到78个多态性位点,其中简约信息位点59个,单核苷酸突变位点19个,共出现了9种单倍型;5个群体的单倍型多样性和核苷酸多样性分别为0.830和0.097 73,整体的遗传多样性水平较高;5个群体中遗传多样性最高为乳山群体,最低为大连群体,岩虫5个群体聚为两大类。本研究结果为进一步开展岩虫的人工扩繁及资源保护奠定了理论基础。 相似文献
13.
【目的】分析南海北部金钱鱼（Scatophagus argus）遗传多样性,明确其群体演化历史和分布动态,为金钱鱼养殖育种及其种质资源的合理开发利用提供科学依据。【方法】以采自福建东山（DS）、广东阳江（YJ）、海南海口（HK）、广西北海涠洲岛（BH）、广西钦州（QZ）、广西防城港（FC）及越南清化（TH）等南海北部的7个金钱鱼地理群体为研究对象,基于线粒体DNA细胞色素b基因（Cyt b）序列分析,利用DnaSP 5.10统计南海北部金钱鱼群体的单倍型、单倍型多样性指数（Hd）和遗传多样性指数（π）,通过邻接法（NJ）构建单倍型的系统发育进化树,以Network 4.6中的中介连接网络法构建单倍型网络图,并综合Tajima’s D检验、Fu’s Fs检验及核苷酸错配分布等方法分析金钱鱼群体的历史动态。【结果】7个金钱鱼地理群体的291条Cyt b基因序列定义为33个单倍型（Hap1~Hap33）,其中单倍型Hap1、Hap2和Hap7是南海北部金钱鱼在长期进化过程中形成的稳定优势基因型。7个金钱鱼地理群体的Hd为0.54103~0.77436,π为0.00112~0.00171,群体内遗传距离为0.00113~0.00171,遗传分化系数（Fst）为-0.01734~0.00364,基因流（Nm）为137.03888~inf。不同地理群体的单倍型均无规律地散布在单倍型系统发育进化树上,不存在与地理群体明显对应的系统分支,也未表现出明显的地理聚群分布特征。金钱鱼群体内个体间的遗传变异为100.74%,说明遗传变异全部来源于群体内个体间,即南海北部金钱鱼群体既无群体分化,也无以琼州海峡分隔的组群分化。Tajima’s D检验和Fu’s Fs检验结果均为显著负值,且核苷酸错配分布呈单峰分布,推测南海北部金钱鱼群体发生过群体扩张,且扩张事件约发生在3.4万年前,属于更新世晚期。【结论】南海北部7个金钱鱼地理群体的遗传多样性符合高单倍型多样性低核苷酸多样性类型,群体间遗传距离较小,亲缘关系较近,遗传分化不明显,且群体间存在频繁的基因交流,具有高度的遗传同质性,符合南海北部金钱鱼是一个随机交配种群的假设。 相似文献
14.
安徽长江水系黄鳝的群体遗传结构分析 总被引：1，自引：0，他引：1
为研究安徽长江水系黄鳝(Monopterus albus)的遗传多样性和群体遗传结构,测定了其6个地理群体(当涂、无为、繁昌、贵池、怀宁和望江)共178尾个体的线粒体DNA控制区部分序列.对其长度为556～558 bp的控制区同源序列进行分析,共检测到变异位点41个(变异率7.35％),单倍型56种.平均单倍型多样性和核苷酸多样性分别为0.694～0.954、0.00237～0.01382.群体分化指数(Fst)和基因流(Nm)分别为0.01974～0.87529、0.07124～24.82928,分子变异分析(AMOVA)中,群体间遗传变异占61.72％,表明黄鳝群体间具有明显的遗传分化.基于单倍型或群体间遗传距离的分子系统进化树均显示,6个地理群体分为两支:当涂与繁昌群体聚为一支,其余4群体聚为另一支. 相似文献
15.
本研究利用线粒体细胞色素氧化酶亚基Ⅰ(COⅠ)和细胞色素b(Cytb)基因的遗传学方法分析了浙江省8个不同抗性水平二化螟地理种群的遗传多样性及种群遗传结构。种群遗传多样性分析表明:PCR 扩增测序分别获得长度为627 bp的COⅠ基因片段和长度为455 bp的Cytb基因片段。355条同源COⅠ序列监测出了68个多态性位点,其中单突变位点22个,简约突变位点46个,共定义了85个单倍型,每个群体的平均单倍型为18.25个,其中瑞安(RA)种群中单倍型最多,为27个单倍型。326条Cytb同源序列监测出了45个多态性位点,其中单突变位点19个,简约突变位点26个,共定义了64个单倍型,每个群体的平均单倍型为14.375个,其中乐清(YQ)种群中单倍型最多,为25个单倍型。此外,各群体中最高的单倍型多样度h分别为0.896 3和0.934 4,反映出二化螟群体较低的遗传多样性水平。种群遗传结构分析表明:二化螟不同地理种群间遗传变异大多数来自于群体内个体间,占80.30%(COⅠ基因)和78.16%(Cytb基因)。较少部分的遗传差异来自于组间,仅占19.43%(COⅠ基因)和21.22%(Cytb基因)。单倍型网络关系图未表现出显著的地理谱系结构,Mantel相关性检测显示,遗传距离与地理距离之间无显著相关性。单倍型邻接树也没有明显分支,未呈现出地域性差异。该研究结果为浙江省不同抗性水平二化螟种群间交流和二化螟的防控提供了基础资料。 相似文献
16.
[目的]在核DNA水平根据DNA序列变异分析我国沿海8个互花米草种群的遗传结构。[方法]根据互花米草EST序列EH277045的序列信息设计引物,在8个种群共75份样本中扩增该序列,采取直接测序的方法,比较序列差异,计算多种遗传参数,分析中国互花米草种群的遗传多棹性与变异。[结果]共得到28个多态位点,将75份样本分为25种单倍型,核苷酸多样性为0．01l,单倍型多样性为0．794;种群间基因分化系数Gst,为0．163,遗传分化指数Fst,为0．222;AMOVA分析揭示79％的遗传差异来源于种群内,21％的遗传差异来源于种群间。[结论]我国互花米草种群遗传多样性水平高,种群间遗传分化较低,遗传多样性主要存在于种群内。 相似文献
17.
[目的]研究青海栽培黄管秦艽（Gentiana officinalis H.Smith）的遗传多样性,对黄管秦艽遗传分化进行分析,为其品种选育提供建议。[方法]应用叶绿体DNApsbA-trnH序列对青海地区栽培黄管秦艽6个居群进行遗传多样性分析。[结果]共发现10种不同的单倍型,通过单倍型序列间比对,发现了7个变异位点,黄管秦艽具有较高的遗传多样性（h=0.771）,单倍型多态性水平（h）为0.563~0.857,核苷酸多态性水平（π）为0.002 43~0.006 31。居群遗传分化系数Gst为0.196 0,基因流Nm值为2.05,80.40%遗传变异主要存在于居群内。[结论]青海栽培黄管秦艽的种质遗传多样性较高,有利于培育高品质的药材。 相似文献
18.
红螯螯虾原产于澳大利亚,是一种具有优良养殖前景的淡水虾类。基于线粒体COⅠ基因序列,对中国5个养殖群体的遗传多样性和结构进行评估,旨在为红螯螯虾的科学引种、良种选育和种质资源保护提供基础数据。结果显示,红螯螯虾线粒体COⅠ区全序列长1 534 bp,包含24个变异位点,占分析位点的1.6%,变异位点中含有22个简约信息位点,平均转换与颠换的比值为6.14,序列中(A+T)的含量(58.7%)明显高于(G+C)的含量(41.3%),在143个个体中定义了35种单倍型,来自浙江、海南和台湾的养殖群体具有较多的共享单倍型(COⅠ-01、COⅠ-02和COⅠ-03),这3种单倍型同时也是优势单倍型。来自江苏的养殖群体的单倍型多样性最低(0.739),来自安徽的养殖群体的单倍型多样性最高(0.881)。全部样本的单倍型多样性指数为0.896,核苷酸多样性指数为0.004 65。5个养殖群体间的遗传距离为0.002 63~0.006 81,其中,来自浙江与海南的养殖群体的遗传距离最近,来自海南与安徽的养殖群体的遗传距离最远。5个养殖群体间的遗传分化系数为0.342 1(P<0.01),说明5个养殖群体间存在一定程度的遗传分化。综上,5个红螯螯虾养殖群体的遗传多样性存在差异,群体间存在着一定的基因交流。研究结果可为红螯鳌虾种质资源的合理开发利用提供分子生物学依据。 相似文献