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中国部分山羊品种线粒体DNA D-loop序列遗传多样性分析 总被引：4，自引：2，他引：4
分析了中国部分本地山羊品种(18个品种200个体)以及在中国饲养的引入品种(4个品种25个体)线粒体DNA控制区(D-loop)的全序列,结合已报道的世界其它地方的山羊(15个品种77个体)以及2只野山羊的线粒体DNA控制区(D-loop)全序列共304个体,研究结果表明:山羊线粒体DNA控制区约为1 212 bp,检测到228个变异位点,203种单倍型,单倍型多样度为0.993±0.001;核苷酸多样度0.018±0.001。中国部分山羊的变异类型主要为类型A和B,而在巴基斯坦山羊中还检测到类型C和D。比较分析结果表明中国山羊遗传多样性和基因交流比中国黄牛品种要高。 相似文献
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为了分析铜梁麻羊线粒体DNA(mtDNA)D-loop区遗传多样性,鉴别其是否为一个新的山羊遗传资源,试验采用生物信息学方法,对8只铜梁麻羊线粒体D-loop区序列和川渝13个山羊品种的线粒体D-loop区共88条序列一起进行了分子系统学分析。结果表明:铜梁麻羊线粒体D-loop区序列为1 212 bp,共发现39个变异位点,共定义出4种品种特有单倍型,其核苷酸多样度为0.015±0.010,单倍型多样度为0.700±0.008;品种间的遗传距离显示,铜梁麻羊与成都麻羊、黔北麻羊的遗传距离较大;聚类分析显示,铜梁麻羊与成都麻羊和黔北麻羊同在一个支系,但亲缘关系较远。说明铜梁麻羊在外貌和基因层次上均与现有的麻羊品种有明显的区别,很可能是一个新的山羊类群,值得进一步保护和开发。 相似文献
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《中国家禽》2017,(1)
试验旨在通过研究天水乌鸡线粒体DNA(mt DNA)D-loop序列的遗传多样性,确定天水乌鸡品种资源价值,从而进行保护和利用。随机抽取50只乌鸡血样,采用PCR和直接测序的方法测定天水乌鸡mt DNA D-loop序列。结果:在天水乌鸡mt DNA D-loop区中发现17个变异位点,10种单倍型;检测片段的G+C含量为47.60%,A+T含量为52.40%;单倍型多样度为0.876±0.023,核苷酸多样度为0.01654±0.01140;在NJ系统发生树上,天水乌鸡大致分为两大支,说明具有2个血统来源。研究表明:天水乌鸡的遗传多样性较为丰富,并且在其进化过程中应存在多个母系来源。 相似文献
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为从分子水平上探究青海雪多牦牛的母系遗传多样性及遗传背景,对33头雪多牦牛的线粒体DNA(mt DNA)D-loop区部分序列进行了测定,统计计算了多态位点、单倍型数目、核苷酸多样度和单倍型多样度。结果表明:在获得的636 bp D-loop序列中,排除3处插入/缺失后共检测到42处多态位点,其中单一多态位点9处,简约多态位点33处;共确定了19种单倍型,单倍型多样度为0.9000±0.043,核苷酸多样度为0.01173±0.00305,表明雪多牦牛具有丰富的母系遗传多样性;系统发育分析结果表明,雪多牦牛19种单倍型可分为2个支系,推测其具有2个母系起源。 相似文献
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为了解贵州威宁黄牛的遗传多样性及遗传背景，测定了19个个体的线粒体DNAD-loop区全序列。威宁黄牛D-loop区全序列中，A＋T平均含量为61．4％，G＋C含量为38．6％。经比对，共检测到威宁黄牛D-loop区8种单倍型，核苷酸多态位点45个，其中7种为普通牛血统的单倍型，1种为瘤牛血统的单倍型，表明威宁黄牛同时受到普通牛和瘤牛的影响。在威宁黄牛19个个体中，其单倍型多样度为0．715，核苷酸歧异度（π值）为2．415％，表明威宁黄牛品种的遗传多样性丰富。 相似文献
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采用PCR和直接测序的方法测定广西东兰乌鸡线粒体DNA(mt DNA)D-loop第一高变区序列,比较分析东兰乌鸡(片羽、丝羽)的遗传变异。结果表明:在东兰乌鸡mt DNA D-loop区中,共发现27个变异位点,46种单倍型,其变异方式主要是转换和缺失;检测片段的G+C含量(60.59%)明显高于A+T含量(39.41%),具有偏倚性(P0.05);单倍型多样度和核苷酸多样度分别为(0.890±0.020)、(0.01653±0.02483),表明东兰乌鸡的遗传多样性较丰富,其中丝羽乌鸡的变异位点、单倍型数量、单倍型多样度和核苷酸多样度等均比片羽乌鸡高。在NJ系统发生树上,东兰乌鸡分为3大支,说明具有3个血统来源,起源于中国红色原鸡。 相似文献
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《中国家禽》2015,(12)
为更好地对长顺绿壳蛋鸡进行品种保护和利用,并从母系遗传角度深入阐明长顺绿壳蛋鸡的群体遗传背景,利用PCR直接测序法,测定了114只长顺绿壳蛋鸡的线粒体DNA(mt DNA)D-loop第1高变区568 bp片段序列。结果表明:在所分析的长顺绿壳蛋鸡mt DNA D-loop区序列中,A、C、G、T平均比例为27.1%、29.5%、13.4%、30.0%;共检测到核苷酸变异位点37个,核苷酸多样度为0.0111,24种单倍型,单倍型多样度为0.845,表明长顺绿壳蛋鸡遗传多样性较丰富,具有较好的选育潜力。聚类分析结果表明,长顺绿壳蛋鸡与红原鸡亲缘关系较近。 相似文献
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为了探究我国小型鹅种的系统进化,运用DNA测序技术测定了我国13个小型鹅种群体mtDNA D-loop区521 bp序列。结果显示这13个小型鹅种D-loop区的A、G、C、T含量分别为32.2%,15.0%,29.0%,23.8%。平均单倍型多样度和核苷酸多样度分别为0.2153和0.00046。13个家鹅种间变异大于种内变异,且均未出现群体扩张现象。群体聚类和系统进化树表明,伊犁鹅来源于灰雁（Anser anser）,其余12个鹅种来源于鸿雁（Ansercygnoides） 相似文献
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In order to explore the genetic diversity and the classification status of the Chinese domestic pigs at the molecular level, the complete mitochondrial DNA (mtDNA) genomic sequences of 22 Chinese indigenous pig breeds from 6 types were downloaded from GenBank for the analysis using the bioinformatics method. The polymorphism of nucleic acid sequences was analyzed,the molecular phylogenetic tree based on D-loop sequences, Cytb gene, complete coding region mtDNA sequences and the Median-Joining network of the mtDNA D-loop haplotypes were constructed for 22 pig breeds from 6 types. The results showed that a total of 144 mutation sites among 22 pig breeds were detected, 22 haplotypes were discovered, which indicated that Chinese indigenous pig breeds had abundant genetic diversity. According to the complete mtDNA genomic sequences analysis, which suggested that the main mutations was transition, the transition/transversion ratio was greater than 2.0 and all mutations were in line with the neutral mutation. Our findings clearly demonstrated that there was a near genetic distance among 6 types, meanwhile, the shared haplotypes were found. The phylogenetic tree showed that Chinese indigenous pigs from 6 types were diverged from two ancestors.The results indicated that mtDNA D-loop and Cytb gene might serve as molecular markers for phylogenesis, origin and evolution. 相似文献
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为从分子水平上探究中国地方猪种遗传多样性和分类地位,本试验采用生物信息学方法比较了6个类型共22个中国地方猪种的线粒体基因组全序列,分析了其多态性,并构建了6个类型猪种线粒体D-loop区单倍型的网络中介图以及基于线粒体D-loop序列、Cytb基因、完整编码区序列的系统进化树。结果表明,6个类型22个猪种中共检测到了144个多态位点,22种单倍型,说明地方猪种具有丰富的遗传多样性;地方猪线粒体基因组序列中核苷酸变异以转换为主,且Ti/Tv大于转换/颠换比临界值（2.0）,变异位点均符合中性突变。6个类型猪种间遗传距离均较小,且有共享单倍型。系统进化树结果表明,6种类型地方猪种主要聚为两个支系。表明线粒体D-loop序列及Cytb基因均可作为研究种内系统发育、起源进化的分子标记。 相似文献
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[目的] 探究云南3个水牛品种(德宏水牛、滇东南水牛、盐津水牛)的mtDNA D-loop区的遗传多样性与母系起源。[方法]采用PCR扩增、测序及生物信息学方法。[结果] 本研究共分析了215条云南水牛mtDNA D-loop全序列,检测到107个多态位点,定义了86种单倍型。结果表明,云南3个水牛品种的mtDNA遗传多样性非常丰富,其中,滇东南水牛的遗传多样性最高(Hd: 0.946±0.017,Pi: 0.0162±0.0018),盐津水牛的遗传多样性最低(Hd: 0.805±0.063,Pi: 0.0141±0.0031)。系统发育分析结果表明,在3个云南水牛品种中检测到2个主要支系(A和B支系及其亚支系)及一个稀有支系C,其中A支系为主要支系(79.07%),且经历了强烈的群体扩张。[结论] 云南3个水牛品种具有丰富的mtDNA遗传多样性,主要有A与B两个母系起源。 相似文献
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10个山羊品种(群体)线粒体DNA D-loop序列多态性分析 总被引：1，自引：0，他引：1
对四川10个山羊品种(群体)线粒体DNA D-loop序列多态性及系统进化关系进行了探讨.结果表明:群体间共有多态位点83个,单一多态位点23个,简约信息位点24个,平均核苷酸歧异度为0.001 828,D-loop序列多态性相对贫乏;经聚类,10个品种(群体)分为两大类,合江黑山羊与江安黑山羊先聚在一起后,再与自贡黑山羊聚为1类,营山黑山羊与嘉陵黑山羊聚为1类,两类形成一大类;成都麻羊先与金堂黑山羊聚在一起后,再依次与乐至黑山羊、建昌黑山羊、白玉黑山羊形成另一大类,最后两个大类聚在一起.聚类结果与品种(群体)来源和生态地理分布相一致. 相似文献
16.
对我国18个地方肉用鹅品种资源的遗传多样性进行了31微卫星标记的研究。结果表明:总共检测到188个等位基因,其中等位基因数最多的位点为TTUCG5(12个);最少的位点为CKW19(2个);而且每个位点的等位基因分布并不均匀,都有一种或几种优势基因存在。18个品种中,平均杂合度最高的为乌棕鹅(0.6727),杂合度最低的为雁鹅(0.5010)。反映了各鹅种的遗传多样性水平都较丰富。通过计算DS遗传距离发现18个品种的遗传距离较远,分化时间较长。UPGMA聚类结果将18个地方肉用鹅品种聚为6类,聚类结果与各品种的生态地域分布和经济类型有一定的关系,尤其与生态地域的关系较为密切。该聚类结果对了解和获取各个品种内和品种间的遗传信息和遗传关系具有更准确更普遍性的依据。 相似文献
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本研究以10对荧光标记微卫星引物分析了我国2个地方鹅种(狮头鹅和皖西白鹅)原产地与基因库(泰州)共4个群体的保种效果。检测判定了狮头鹅和皖西白鹅共240个个体的基因型,通过计算4个群体的优势等位基因频率(P)i、期望杂合度(He)、多态信息含量(PIC)、群体内近交系数(Fis)分析了狮头鹅和皖西白鹅群体内和群体间的遗传变异,采用配对试验均数差异t检验比较了基因库保种群体与原产地群体的遗传差异,基因库保种群体与原产地群体间的Pi无显著差异(P0.05);He、PIC均略高于原产地群体,但差异均不显著(P0.05);Fis低于原产地群体,差异不显著(P0.05)。结果说明,基因库较好地保存了这2个品种并在一定程度上丰富了品种的遗传多样性,表明对我国地方鹅种采取异地小群保种的方法是可行的。 相似文献
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4个引进山羊品种mtDNA控制区序列变异和系统发生关系研究 总被引：5，自引：2，他引：5
本研究测定了四川4个引进山羊品种24个个体的线粒体控制区全序列,并从GenBank获得山羊属2个野山羊种的2每控制区序列。利用MEGA2．0软件构建分子系统发育无根树。序列分析表明:山羊控制区线粒体控制全序列长度为1 212bp或1 213 bp,A+T含量占59．9％,其中64个核苷酸位点存在变异(约占5．28％),核苷酸多样度为 1．731％,这些差异共定义了16种单倍型,单倍型多样性为0．913±0．048。安哥拉山羊、波尔山羊都有自己独特的单倍型,与其他品种间都没有共享类型。使用NJ法构建了系统发育树,结果表明:2个野山羊种中,角(?)羊与家养山羊的关系相对较近,4个家养山羊品种有2个母系来源,在4个家养山羊品种内部,安哥拉山羊的分化要比其他3个品种早。 相似文献
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This experiment was conducted to clarify the genetic diversity,genetic differentiation and phylogenetic status of yak in Karakoram-Pamir area.The mtDNA D-loop region sequence was selected as a molecular marker,and the sequence and genetic diversity of the mtDNA D-loop region of yak in Karakoram-Pamir area were analyzed by PCR direct sequencing and bioinformatics methods.The yak sequence in GenBank was used.The maximum likelihood method was used to construct the phylogenetic tree and the intermediary network relationship.The results showed that the mtDNA D-loop sequence of yak in Karakoram-Pamir area was rich in A and T bases,with AT content of 61.2%,and there were 63 polymorphic loci,accounting for 7.04% of the total number of nucleotides.The results indicated that A and T bases were rich in the mtDNA D-loop sequences at 61.2%.There were 63 mutation sites,accounting for 7.04% of all nucleotides,The average haplotype diversity (Hd) was 0.806,the average nucleotide diversity (π) was 0.01528,and the average nucleotide difference (K) was 13.509,indicating that the yak was rich in genetic diversity in Karakoram-Pamir area;Through phylogenetic analysis,there were two branches in yak in China,forming two branches and six small clades.The yak in Karakoram-Pamir area involved in this study had two different maternal origins.Additionally,yak in the Karakoram-Pamir area was less shared with other breeds of yak haplotypes.In the branch C,the yak group in the Karakoram-Pamir area accounts for a large proportion and was shared with wild yak.The yak population in Karakoram-Pamir area had a unique genetic background,which might be the result of early domestication of wild yaks.It was suggested to increase the identification of yak breeds and the formulation of breed standards in this area,and strengthen the protection of yak genetic resources in this area.According to the current situation of the population,wild blood yaks were introduced for purification and rejuvenation to prevent breed degeneration and decrease of genetic diversity.The introduction of foreign yak breeds and disorderly hybridization were reduced to ensure the characteristics of this breed of high-quality yak breed resources. 相似文献
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本研究利用Dnasp4.10软件对中国9个家驴品种162个个体的mtDNA D-loop区385bp进行遗传多样性分析,共检测到32种单倍型35个核苷酸多态位点,其单倍型多样度为0.8137～0.9722,核苷酸多样度为0.0182～0.0270,表明我国家驴的遗传多态性丰富;利用MEGA3.1软件采用邻接法与3个努比亚野驴、3个索马里野驴和6个亚洲野驴的序列构建NJ系统发育树,并进行系统进化分析。结果表明:我国家驴的母系起源是非洲野驴中的努比亚野驴和索马里野驴,亚洲野驴不是中国家驴的母系祖先。 相似文献