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为了分析日本囊对虾基因组中小微星序列的分布特征并开发小卫星标记,构建了日本囊对虾随机基因组文库,对其中片段长度为400～1 000 bp的3 395个克隆测序,共获得总长度为1 606 711 bp的DNA序列。在序列拼接后的2 815个克隆中,筛选到487个小卫星序列,其序列总长度占测序序列总长度的3.97%。小卫星序列中,以12 bp重复单位的序列数量最多（8.62%),总体趋势表现为重复单位越长,相应的重复序列数目越少（R=-0.826, P<0.01)。小卫星重复单位拷贝数分布范围以8 bp重复单位最广（3.1～47.6),其次是10 bp(2.5～44),再次是12 bp(2.2～28)。平均拷贝数最高的三种重复类型分别为8 bp重复单位（13.45),32 bp（9.32）和7 bp（9.28）。小卫星序列重复单位的拷贝数分布范围2～48,集中分布在2～30,且表现为拷贝数目越大,其相应的重复序列数目越低的趋势。小卫星序列中,AT含量大于50%的序列占66%小卫星AT含量与相应的序列数目不相关（R=0.063,P<0.05)。小卫星侧翼序列分析表明,随着小卫星GC含量的升高,其两端侧翼序列GC含量表现为不断增大的趋势（R=0.731, P<0.01),小卫星序列的产生与其两端侧翼序列的碱基组成可能存在一定的关系 相似文献
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三疣梭子蟹基因组微卫星特征分析 总被引：5，自引：1，他引：4
对三疣梭子蟹(Portunus trituberculatus)部分基因组DNA文库测序,获得了总长度为622409个碱基的基因组DNA序列,从中找到微卫星重复序列(1～6bp重复)697个.统计微卫星重复类型,以两碱基重复数目最多,为445个,占微卫星序列总数目的63.84%;其次是三碱基重复152个,占21.81%;再次分别是单碱基重复45个,占6.46%;四碱基重复31个,占4.45%;五碱基重复14个,占2.01%;六碱基重复1个,占1.43%.在单碱基重复类型中,重复拷贝类别全部为A:两碱基重复类型中,AG重复数目最多,其次是AC和AT;三碱基重复类型中以ACT最多,其次是AGG和AAT;四碱基重复类型中,AGAC重复数目最多;五碱基重复类型中,以AACCT重复拷贝类别最多;六碱基重复中以AGGGGA重复数目最多.GC重复拷贝类别的重复数目很少,只发现1个(GenBank注册号为EU113241). 相似文献
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为了解虾虎鱼科(Gobiidae)鱼类基因组遗传结构特征,本研究自主开发矛尾复虾虎鱼(Synechogobius hasta)微卫星序列153条,结合从 GenBank 中筛选出的虾虎鱼科微卫星序列535条,合计686条微卫星序列,隶属于19种虾虎鱼,序列总长度为295062 bp,包含473个微卫星位点,微卫星位点累计长度为33370 bp。统计微卫星重复类型,发现在所有微卫星重复类型中以二碱基重复出现次数最多,位点数为361个,占总微卫星的76.32%,其中,重复拷贝类别最多的是 AC (340个),占全部微卫星的71.88%,占二碱基重复微卫星的94.18%,在二碱基重复类型中没有发现 AT 和 GC 两种重复类型。三碱基重复位点数为35个,占总微卫星的7.4%,其中以 ACT 重复拷贝类别最多(12个),占三碱基重复微卫星的34.29%。四碱基重复位点数为68个,其中以 CTAT 重复最多(31个),占总微卫星的14.38%。五碱基重复类型中只有 TCTGG和 ATCTA 两种类型,只占全部微卫星的0.42%。六碱基重复7个,占总微卫星的1.48%,六碱基重复中各重复类型出现次数相当。在所有微卫星重复类型中没有发现单核苷酸重复类型。 相似文献
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为了解赤点石斑鱼(Epinephelus akaara)、斜带石斑鱼(E. coioides)、云纹石斑鱼(E. moara)、棕点石斑鱼(E. fuscoguttatus)和鞍带石斑鱼(E. lanceolatus)全基因组中微卫星的分布特征,本研究使用Micro-Satellite (MISA)软件对公共数据库中获取的5种石斑鱼全基因组序列进行微卫星筛选,分析了微卫星重复类型、重复拷贝类别及核心拷贝数的分布特征。结果显示,在5种石斑鱼全基因组中,均筛选出超过28万个微卫星位点,相对丰度介于271~296个/Mb之间,平均长度在22 bp左右,微卫星数量在全基因组中的占比为0.59%~0.67%,其重复类型数量、占比和相对丰度的分布趋势一致,二碱基重复最多,其次为单碱基,且随着重复单元碱基数目的增加而减少。重复拷贝类别A、AC、AAT、AAG、AGC、AATC、AAAT、AGAT、AATG、AGAGG、AAAAT、AAGAT、ACAGAG、AAANNN和AANNNN (N为除A外其他3种碱基)为优势类别。不同重复类型微卫星的拷贝数变化范围较大,但每种重复类型的拷贝数变化趋势一致,即随着拷贝数增加,微卫星数目随之递减,拷贝数为6和12时微卫星数目出现峰值。其中,各个重复类型中均有拷贝数量尤为突出的位点：鞍带石斑鱼中T、TA和AGACAG分别拷贝502、803和48次,云纹石斑鱼中GAG、CACT和CCACA分别拷贝205、652和111次。5种石斑鱼全基因组微卫星分布特征基本一致,鞍带石斑鱼和云纹石斑鱼中存在与其他3种石斑鱼显著差异的重复拷贝位点。本研究可为5种石斑鱼高质量微卫星分子标记开发提供数据参考,并为其基因组进化、遗传变异、亲缘关系和新品种选育等方面的工作奠定基础。 相似文献
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利用Mi-Seq高通量测序法,分析长江上游特有鱼类裸体异鳔鳅鮀(Xenophysogobio nudicorpa)的基因组微卫星序列,观察其微卫星的组成及其特征。结果显示:在所测得的2到5碱基微卫星重复单元中,两碱基重复所占比例最多(83.15%),其中又以AC/TG类型为主。AAT和ATC是三碱基重复单元出现频率最多的,比例分别为56.01%和13.46%,高于其他六种类型的总和。四碱基重复单元占所有微卫星序列比例的2.73%,AAAG、AAAT和AGAT三种类型出现的次数最多。五碱基重复单元中,只发现3种重复序列,并且重复次数仅在1~2次内。使用引物设计软件Primer Premier Version 5.0设计引物,选择合成50对,通过聚丙烯酰胺凝胶电泳检测,筛选出具有多态性的微卫星引物共23对。实验还对裸体异鳔鳅基因组微卫星各碱基重复单元的长度进行了分析,结果表明裸体异鳔鳅微卫星主要集中在12~20 bp的范围内,占比91.53%。分析认为,在趋同选择的压力下,重复序列有向较短序列进化的趋势。 相似文献
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绒杜父鱼(Hemitripterus villosus)为西北太平洋近海重要的经济鱼类, 近年来其渔业资源呈现过度开发及衰退的趋势。为评估绒杜父鱼基因组基本信息, 开发基因组范围内遗传标记, 以期为资源管理和保护工作提供参考, 本研究对绒杜父鱼开展全基因组 survey 分析, k-mer 分析表明绒杜父鱼基因组大小约为 713.18 Mb, 杂合率为 0.26%, 重复序列的比例为 38.61%。基因组初步组装结果显示, Contig N50 和 Scaffold N50 分别为 7433 bp、19388 bp。在整个基因组范围内, 总共检测到 583498 个微卫星位点, 相对丰度为 1010 个/Mb。其中二碱基重复比例最高(55.61%), 单碱基重复次之(33.39%)。在二、三碱基重复中主要是 AC/GT 和 AGG/CCT 类型, 微卫星重复拷贝数主要集中在 5~17 次。研究结果表明, 绒杜父鱼基因组为简单基因组, 可以用“Illumina+PacBio+Hi?C”的测序策略组装出高质量全基因组序列, 而经过筛选的微卫星位点也能为后续的遗传学研究提供有效的分子标记。本研究结果可以为绒杜父鱼进化生物学和遗传学研究提供基础资料。 相似文献
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合浦珠母贝微卫星DNA标记分离与分析 总被引：1，自引：0，他引：1
采用生物素标记的（CA）15、（AG）12、（ACA）15、（GATA）8、（GATT）75个探针和磁珠富集法构建马氏珠母贝（Pinctada martensii Dunker）基因组微卫星富集文库。随机挑选500个进行PCR筛选,得到138（27．6％）个候选克隆,测序分析发现130个克隆含有微卫星基重复单元。进一步通过序列比对,最终获得109个具有特异微卫星序列的阳性克隆,其中包含179个微卫星DNA结构域。获得的微卫星序列中,属于完全型序列的有154条,不完全型重复型序列有19条,复合型重复序列有6条。序列长度为70～490bp,平均295bp。微卫星核心序列两碱基重复3到39次,绝大多数序列重复次数大于10。基于微卫星两端的侧翼序列设计并获得了13对能够在马氏珠母贝基因组有效扩增的微卫星引物。本研究旨为进一步开展马氏珠母贝分子育种及资源评价分析提供基础资料。 相似文献
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用双脱氧DNA测序法对鳙 (Aristichthysnobilis)小卫星 pBC174进行序列测定。其长度为 1873bp。在这段序列中 ,A T含量高达 6 4 % ,从 15 11碱基处开始 ,含有多聚腺嘌呤 多聚胞嘧啶 ,即 (AC) 13 的短重复序列的隐蔽微卫星。序列中含有 2 0种限制性内切酶的 5 7个酶切位点 ,97个不同的正向重复序列 ,其中 71个 8bp、10个 9bp、10个 10bp、2个 11bp和 4个 17bp。根据序列分析 ,认为小卫星 pBC174是由富含A的重复序列TAAAGAAA和富含T的重复序列TTTTTACA等 2个不同的核心序列组成。 相似文献
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三疣梭子蟹微卫星富集文库的构建与群体遗传分析 总被引：4，自引：1，他引：3
采用富集文库-菌落原位杂交法分离了30个三疣梭子蟹(Portunus trituberculatus)的微卫星标记.三疣梭子蟹基因组DNA经HaeⅢ酶切连接后.用固定了((AC)15和(AG)15探针的尼龙膜((Hybond N+)捕捉含有微卫星的片段.转化至大肠杆菌DH5α中.构建三疣梭子蟹微卫星富集文库.菌落原位杂交后.任意选取150个克隆进行测序.阳性克隆率为85.48%.利用软件设计了105对微卫星引物.筛选到稳定扩增标记56对.采用30个三疣梭子蟹个体进行多样性评价.30个位点均表现出多态性.观测杂合度(Ho)、期望杂合度(He)及多态性信息含量(PIC)的范围分别为0.2222～1.000 0、 0.4367～0.9099和0.350～0.892.本研究筛选的微卫星位点将为下一步三疣梭子蟹遗传多样性分析、家系分析、遗传图谱构建和QTL定位等研究提供基础依据. 相似文献
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采用RACE技术克隆获得总长为1 712 bp的三疣梭子蟹(Portunus trituberculatus)水通道蛋白基因全长cDNA序列,命名为PtAQP基因.该基因5'和3'非编码区分别为153 bp和788 bp,开放阅读框为771 bp,推测编码256个氨基酸,预测分子量为27.0 kD,理论等电点为8.26.生物信息学分析表明,PtAQP含有6个跨膜区和2个NPA单元,具有与MIP家族匹配的保守氨基酸序列,属于稳定蛋白;同源性和系统进化分析表明,三疣梭子蟹PtAQP氨基酸序列与可口美青蟹(Callinectes sapidus) AQP1的同源性最高(87％),与可口美青蟹紧密聚为一支;荧光定量RT-PCR分析表明,PtAQP基因在各组织中均有表达,而在胃中的相对表达量最高.通过分析PtAQP基因在盐度胁迫中的表达规律发现,盐度胁迫可显著改变PtAQP基因在三疣梭子蟹鳃和肝胰腺中的表达模式,整体呈先下降后上升最后下降到初始水平的表达趋势.该研究结果表明,PtAQP基因在三疣梭子蟹渗透压调节中发挥重要作用. 相似文献
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三疣梭子蟹是我国沿海重要养殖品种之一,近年来养殖病害呈逐年上升趋势,制约了三疣梭子蟹养殖产业的健康可持续发展。为大规模克隆三疣梭子蟹免疫相关基因,研究其免疫基因的功能和免疫机制,奠定三疣梭子蟹病害防治理论基础,采用SMART技术构建了三疣梭子蟹血细胞全长cDNA文库。经测定,文库滴度为1.14×107pfu/mL,文库总容量为5.7×107pfu,重组率达到98%,插入片段平均长度为817.5 bp。文库随机测序获得的70个全长cDNA,从中发现18个已知基因和5个未知基因。已知基因主要为多肽/蛋白质合成相关基因,共9个;免疫相关基因4个,分别是抗菌肽hyastatin、C-reactive prote in-1、profilin和m asquerade-like prote in,且4个免疫相关基因共有48个克隆,占测序总克隆的68.6%,表明血细胞中免疫相关基因表达非常活跃。研究结果证实,构建血细胞全长cDNA文库是大规模克隆三疣梭子蟹免疫相关基因的可靠途径,并为深入研究免疫相关基因的功能和免疫机制奠定基础。 相似文献
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梭子蟹酵母菌人工感染实验和组织病理学初步研究 总被引：2，自引：2，他引：0
近年,浙江省舟山市暂养梭子蟹(Portunus trituberculatus)连续暴发“乳化病”,发病蟹均分离到一种酵母菌。本实验以该株酵母菌通过肌肉注射方式,对三疣梭子蟹、红星棱子蟹、日本鲟3个品种的健康蟹进行了人工感染实验,以验证其致病性。结果发现,该菌株能感染试验蟹类,并出现与自然发病蟹类似的症状。从感染蟹的体液、肝胰腺、心脏等部位分离到了酵母菌,但未分离到细菌,也未发现寄生虫。酵母菌在病蟹的肝胰腺、鳃、心脏中大量侵袭,并引起这些组织发生以坏死为主的变质性病变,其病理特征主要表现为：细胞肿胀、变性、坏死,某些细胞的细胞核固缩、碎裂或崩解。初步确认该酵母菌是引发梭子蟹“乳化病”的病原。 相似文献
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三疣梭子蟹血淋巴细胞及血液生化指标的初步研究 总被引：9，自引：0，他引：9
采用记数板记数,常规法涂片,在光学显微镜下对三疣梭子蟹进行细胞体、细胞核的测量及血淋巴细胞的分类记数,并测定血液生化指标。实验结果表明:雌性梭子蟹血淋巴细胞密度较高,并且血细胞的个体差异较大,小颗粒细胞约占细胞总数的84%,大颗粒细胞约占14%,无颗粒细胞最少,而且变异系数较大;三类细胞的大小无显著差异。三疣梭子蟹血清蛋白含量较低,雌蟹血清中谷丙转氨酶、谷草转氨酶及乳酸氨酶活性远远高于雄蟹。研究结果显示:性腺发育雌蟹的细胞密度及酶活性显著高于雄蟹。 相似文献
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不同蛋白质、脂肪水平对三疣梭子蟹生长和卵巢色素沉积的影响 总被引：2，自引：1，他引：1
以鱼粉和豆粕为蛋白源,鱼油和大豆油为脂肪源,配制蛋白质水平分别为35％、40％、45％和脂肪水平分别为7％、9％、11％的二因子三水平的实验饲料,并以鲜杂鱼饲料为对照,对三疣梭子蟹(Portunus trituberculatus)(体质量36.5～42.9 g)进行为期20周的养殖实验,研究三疣梭子蟹对蛋白质、脂肪的需要量,以及对卵巢色素沉积的影响.养殖实验采用海区串笼吊养方式,每个吊笼放养1只雌蟹.实验共10个处理,每个处理18个蟹,3个重复.结果表明,不同蛋白质、脂肪水平饲料对三疣梭子蟹增重率(269.2％～404.90％)、饲料系数(2.01～2.55)、蛋白质效率(1.02％～1.29％)和肥满度(16.26％～23.97％)均有显著影响（P＜0.05）;增加饲料蛋白质和脂肪水平,可显著提高三疣梭子蟹生长,降低饲料系数（P＜0.05）.对照饲料组的三疣梭子蟹获得了最高的增重率(461.69％),但饲料系数也是最高(6.35),而且肥满度(21.15％)低于P40Lll组（蛋白质40％、脂肪11％组）.三疣梭子蟹水分、肌肉蛋白、脂肪、灰份和卵巢灰份不受饲料蛋白质、脂肪水平变化的影响(P＞0.05),但卵巢蛋白质、脂肪影响显著(P＜0.05),而且高蛋白饲料组的卵巢脂肪含量总是显著低于其他各组.在同一饲料蛋白质水平下,9％脂肪饲料组的三疣梭子蟹卵巢类胡萝卜素总量、虾青素含量和成色比色值都显著高于其他各饲料组（P＜0.05）.与对照饲料组比较,实验饲料组的三疣梭子蟹卵巢类胡萝卜素总量和虾青素含量呈显著优势.综合考虑生长、饲料系数和色素沉积,三疣梭子蟹饲料的适宜蛋白质水平和脂肪水平分别为40％～45％和9％.本研究旨在为制定三疣梭子蟹饲料配方和改善其品质提供理论依据. 相似文献
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Fisheries Science - To explore the gillnet selectivity for swimming crab Portunus trituberculatus, six mesh sizes (100, 110, 120, 130, 140 and 150 mm) were tested to determine the optimal... 相似文献
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<正> 三疣梭子蟹Portunus trituberculatus(Miers)隶属梭子蟹科Portunidae,梭子蟹属Portunus。浙北俗称“枪蟹”,浙南俗称“江蟹”或“蜞”(闽语),台湾亦称“截”。是一种暖湿性多年生食用蟹。我国渤海、黄海、东海和南海沿海以及朝鲜、日本、菲律宾近海,均有分布。三疣梭子蟹一向是捕捞主要对象,也是我国出口创汇的重 相似文献
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为调查黄海蟹类资源情况,并识别梭子蟹科溞状幼体各阶段形态,利用2018年5月下旬至8月上旬在黄海海州湾及邻近水域的鱼类浮游生物大面综合调查获得的海洋蟹类幼体样品,基于线粒体COⅠ基因和形态学方法对梭子蟹科溞状幼体种类进行了鉴定。结果显示,春夏季调查水域共出现3种梭子蟹科幼体:三疣梭子蟹(Portunus trituberculatus)、日本蟳(Charybdis japonica)和双斑蟳(Charybdis bimaculata);线粒体COⅠ基因测序可准确识别3个物种。对3种梭子蟹溞状幼体的形态学观察结果表明,背棘与额棘形态、尾叉外缘小刺的有无可作为区分上述3种梭子蟹溞状幼体的主要形态学指标。根据3个物种幼体形态特征建立了梭子蟹科溞状幼体分类检索表,基于检索表对幼体进行分类鉴定,并选择8月上旬航次形态学鉴定的80个三疣梭子蟹溞状幼体、24个日本蟳溞状幼体、70个双斑蟳溞状幼体样品进行分子测序验证。结果表明,上述3种蟹类溞状幼体的形态学鉴定准确率分别达到93.75%、100%和97.14%,误判皆发生于溞状幼体Ⅰ期梭子蟹科3个物种之间。研究初步建立了黄海中部梭子蟹科溞状幼体形态鉴定... 相似文献
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三疣梭子蟹蜕皮周期的分期 总被引：8，自引：1，他引：7
采用形态学特征观察法对三疣梭子蟹蜕皮周期的划分进行了研究,并将三疣梭子蟹蜕皮周期划分为蜕皮后期、蜕皮间期、蜕皮前期和蜕皮期。结果显示,根据甲壳硬度变化蜕皮后期被分成A期(身体各部位很软),B期(背甲边缘变硬,腮区、心区尚软);根据游泳足趾节末端新旧表皮基线间距/旧表皮厚度的比值(R值)结合解剖后新壳的生长状况,蜕皮前期被细分为D0亚期(0<R≤0.4)、D1亚期(0.4<R≤0.65)、D2亚期(0.65<R≤0.9)、D3亚期(R≈1)和D4亚期(R≈1,新旧壳可完全分离)5个亚期;头胸甲腹面和螯足长节背面蜕皮缝的裂开是进入蜕皮期的先兆。 相似文献
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莱州湾三疣梭子蟹生物学参数及生长特性研究 总被引：1，自引：0，他引：1
根据2012年5~11月使用单船底拖网进行的7个航次调查数据,运用FiSATⅡ软件相关模块对莱州湾三疣梭子蟹(Portunus trituberculatus)生长、死亡参数及生长特性、种群补充模式、资源量等进行研究。结果显示:7个航次共捕获三疣梭子蟹1128 ind,雌雄性比为0.96,雌性甲宽为27~227 mm,雄性为29~207mm;获得三疣梭子蟹雌性生长参数k=1.60、L_∞=241.50、W∞=639.29、t0=0.081,雄性为k=1.50、L∞=210.00、W∞=418.23、t0=0.091;经体长结构VPA(Length-Structured VPA)模块估算,稳定状态下莱州湾三疣梭子蟹雌性渔获尾数为734×10~4ind、种群尾数为1.15×10~8ind、资源量为2 682 t,雄性渔获尾数为810×10~4ind、种群尾数为1.19×10~8ind、资源量为1 929 t;经变换体长渔获曲线法(Length-Converted Catch Curve)及刀刃式选择假设模型(Knife-Edge)估算三疣梭子蟹雌性总死亡系数Z=4.17、自然死亡系数M=1.20、捕捞死亡系数F=2.97、资源开发利用率E=0.712、平均选择甲宽Lc=62.38mm、最大效益时开发利用率Emax=0.515;雄性总死亡系数Z=3.76、自然死亡系数M=1.19、捕捞死亡系数F=2.57、资源开发利用率E=0.684、平均选择体长Lc=40.84 mm、最大效益时开发利用率Emax=0.487。研究表明:1)莱州湾三疣梭子蟹雌雄性比、雌雄性幂指数均处在正常水平,总体生长状况良好;2)莱州湾三疣梭子蟹雌、雄性群体资源利用率均显著高于最适利用率与最大利用率,处于过度开发水平;3)莱州湾三疣梭子蟹现存资源量低于生态容量,上升空间较大。 相似文献