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鸡传染性支气管炎病毒国内分离株D971 mRNA3和mRNA4cDNA的分子特征 总被引：1，自引：0，他引：1
参照已发表的鸡传染性支气管炎病毒(infectious bronchitis virus，IBV)基因序列，设计合成了1对引物，经RT—PCR扩增得到了IBV国内分离株D971约1．3kb的片段，其中包含3a、3b、E及M蛋白基因的完整0RF，并将该片段进行了克隆和序列测定。与国内外部分IBV毒株序列比较表明：D9713a基因与CU—T2、D1466、DE072、M41、GA／99和UK／66的3a基因核苷酸序列同源性在83％～89％之间，氨基酸序列同源性为77％～91％，其中与CU—T2毒株的同源性最低(分别为83％和77％)；3b基因与上述毒株的对应核苷酸序列同源性在85％～95％之间，氨基酸序列同源性为72％～96％，与CU—T2的同源性最高(分别为95％和96％)；E蛋白基因与CU—T2、D1466、DE072、M41、Ark99、H52、Gray、GA／99和UK／66的核苷酸序列同源性在81％～86％之间，氨基酸序列同源性为74％～80％。不同毒株推导的E蛋白C末端表现不同特征，其中D971E蛋白C末端比CU—T2的时应区多9个氨基酸残基，而比本试验选用的其他参考毒株的相应区域短5～7个氨基酸残基。M基因与Cu—T2、DE072、Gray、M41、H120、H52、SD／97／02、LX4及D41的M基因核苷酸序列同源性在86％～91％之间，氨基酸序列同源性为85％～95％，其中与SD／97／02的同源性最高(分别为91％和95％)。对M蛋白的3个功能区进行序列比较发现，其N端第1～19位与SD／97／02的同源性最高，达90％，与CU—T2的同源性为80％，而与其他毒株同源性均低于61％；N端第20～100位含有3个跨膜蔬水区，D971与其他参考毒株比较，该部位第20～67位相对保守，其中与SD／97／02的同源性为100％，与其他毒株的同源性在97％以下；在推测的与核衣壳连接的C端，D971与SD／97／02在第101～182位同源性为100％，与疫苗株H52和H120及国内分离株LX4和D41的同源性为97％，而与本试验所选的国外参考毒株同源性在96％以下；在C端第184～219位D971与H52的同源性为100％，与H120和SD／97／02的同源性为97％，与其他毒株的同源性也在96％以下，而且在C末端第220～222及224位与上述国内外参考毒株均不同，国内外各毒株在该4个位点氨基酸为丙氨酸、苏氨酸、甘氨酸和丝氨酸，而D971M蛋白的该区域氨基酸突变为丝氨酸、丙氨酸、缬氨酸和甘氨酸，该突变是否与D971的生物学特性尤其是组织嗜性的变化相关还有待于进一步研究。以上结果表明，D971与SD／97／02亲缘关系较其他毒株为近，但其遗传衍化又与国内使用的疫苗株H52和H120具有一定的联系。从其mRNA3和mRNA4cDNA的序列分析来看，D971又具有独特的分子特征。 相似文献
2.
鸡腺胃型传染性支气管炎病毒金坛分离株核蛋白基因分析及与标准强毒株同源性比较 总被引：1，自引：0，他引：1
根据已发表的鸡传染性支气管炎病毒 (infectious bronchitis virus,IBV) Beau株、M41株的核苷酸序列 ,设计并合成 1对引物。应用该引物 ,通过 RT- PCR扩增出 IBV金坛分离株 (JT株 )的核蛋白基因 (N基因 ) ,片段大小为 82 8bp,与设计相符。对 JT株的 N基因进行序列测定 ,并与标准毒株 KB85 2 3、CU - T2、Beau和 M41的 N基因进行同源性比较 ,结果表明 ,JT株与 KB85 2 3、CU- T2、Beau和 M41毒株的 N基因同源性分别为 87%、87%、86 %和 85 %,说明 JT株与标准毒株在 N基因上存在一定的差异。 相似文献
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传染性支气管炎病毒青岛腺胃分离株(SD/97/02)基质蛋白、5a、5b 蛋白基因的克隆和序列分析 总被引：12，自引：1，他引：11
参考 Gen Bank上的传染性支气管炎病毒 (IBV)序列 ,自行设计合成了 3条引物 ,对 IBV青岛腺胃分离株 (SD/97/ 0 2 ) RNA进行 RT- PCR扩增 ,扩增含基质蛋白 (M)及 5 a、5 b蛋白基因的约 1.6 5 kb的片段 ,对 PCR产物进行克隆后测序。序列分析显示 ,M蛋白基因与其他 IBV相应的基因同源性在 90 .33%～ 92 .75 %之间 ,氨基酸序列比较 ,同源性在 89.82 %～ 94.2 5 %之间 ;5 a基因与其他 IBV的基因同源性在 84.34 %～ 87.37%之间 ,氨基酸同源性在 81%～82 %;5 b基因与其他 IBV的基因同源性在 91%～ 92 %之间 ,氨基酸同源性在 93%左右。 相似文献
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鸡传染性支气管炎病毒中国地方分离株膜蛋白基因的克隆及序列分析 总被引：1，自引：0，他引：1
本研究选取有代表意义的9株鸡传染性支气管炎病毒（IBV）国内分离株．利用所设计的一对特异引物，通过RT—PCR的方法成功地扩增了膜蛋白基因即M基因全长片段．通过克隆、序列测定获得了9个分离毒株M基因的全长核苷酸序列。并将各IBV国内分离株与GenBank中注册的一些毒株的M基因核苷酸序列及推导的氨基酸序列进行比较、系统进化关系分析发现：IBV中国地方分离毒株大部分属于Mass型；不同毒株间存着重组、缺失、插入及点突变等变异，从ATG至第150bp区段的核苷酸序列变异频率最高；IBV中国地方分离株M基因的变异属于高频率的同义突变；国内的IBV分离株分为两个基因群，1群分离毒株与GenBank中Mass型的毒株亲缘关系较近．毒株间核苷酸序列同源性为95．7%～100％，其相应的氨基酸序列同源性为98．2%～100%；Ⅱ群分离毒株与众多参考毒株的亲缘关系都比较远，毒株间彼此核苷酸序列同源性为89．7％～91．9%，氮基酸序列同源性为92．0-96．0%。 相似文献
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鸡传染性支气管炎病毒HN株5a5b及N基因的遗传变异分析 总被引：5，自引：0，他引：5
从河南省某鸡场中疑似鸡传染性支气管炎(IB)的雏鸡病料中分离到1株鸡传染性支气管炎病毒(IBV)，暂命名为HN，鉴定为IBV。从接种HN毒株的鸡胚尿囊液中提取单股RNA后应用反转录-聚合酶链反应(RT—PCR)技术扩增得到包含IBV HN株5a、5b蛋白及N蛋白基因的约1600bp片段；将克隆测序的5a、5b及N基因分别与GenBank中11株国内外参考毒株相应基因进行序列比较与遗传变异分析，发现IBV HN株变异独特，明显不同于国内外参考毒株。 相似文献
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参照IBVN基因序列,设计一对引物通过RT-PCR扩出IBV标准强毒株株M41,传支变异株4/91和疫苗株Ma5、H52、H120的N蛋白基因序列,基因产物大小为1.23kb。序列分析结果表明,M41株与Ma5、H52、H120的核苷酸序列推导的氨基酸序列的同源性为92.2%～92.9%,而经4/91与M41、Ma5、H52、H120的核苷酸序列推导的氨基酸序列的同源性为91.2%～92.0%,结果表明这几个毒株N基因是相对保守的。 相似文献
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高致病性猪繁殖与呼吸综合征病毒ORF5和Nsp2基因变异分析 总被引：2，自引：1，他引：1
采用RT-PCR方法对2006-2007年华南地区部分省份的疑似猪繁殖与呼吸综合征(PRRS)阳性病料进行克隆和测序,获得13个Nsp2基因的部分序列片段和14个ORF5基因片段。序列分析结果表明,所获得的13个Nsp2基因序列中均有2个区域存在明显缺失,核苷酸的同源性为96.9%～99.1%,与中国代表毒株CH-1a、美洲株代表毒株VR-2332的核苷酸序列同源性分别为85.1%～86.4%和67.2%～68.9%,与疫苗株MLV的同源性在67.6%～68.9%之间,而与欧洲株代表株LV的同源性在54.1%～55.9%之间;获得的14个ORF5基因序列不存在缺失现象,核苷酸的相似性为同源性为98.8%～99.7%,推导编码氨基酸同源性为96.5%～99%。与国内毒株相比,核苷酸同源性为85.2%～100%,氨基酸同源性为84.6%～99%;与中国代表毒株CH-1a、美洲型代表毒株VR-2332的核苷酸序列同源性分别在94.4%～95.2%和86.7%～87.9%之间,与疫苗株MLV的同源性在86.4%～87.6%之间,而与欧洲型代表株LV的同源性在54.1%～55.7%之间,推导编码的氨基酸序列同源性则分别在91.5%～93.5%,86.6%～88.6%,85.6%～87.6%,54.7%～56.2%之间。结果表明所获得序列的流行毒株均属于美洲型,进一步分析发现这些毒株可能均起源于同一个毒株,通过猪运输流通等途径在全国范围流行扩散。 相似文献
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为了解2014-2016年浙江地区猪繁殖与呼吸综合征病毒（porcine reproductive and respiratory syndrome virus,PRRSV）ORF5基因变异情况,试验通过RT-PCR方法对从浙江省各地区采集的PRRSV阳性病料进行ORF5基因扩增,应用DNAStar和Mega 5.1软件对所测序列进行同源性和遗传变异分析。结果显示,54株2014-2016年浙江分离株ORF5序列之间核苷酸和氨基酸序列同源性分别为83.1%~100%和80.6%~100%,与经典株VR2332核苷酸和氨基酸序列同源性分别为83.8%~90.4%和81.6%~90.0%,与高致病PRRSV毒株JXA1核苷酸和氨基酸序列同源性分别为83.5%~99.5%和83.1%~99.0%。系统进化分析表明,54个毒株均为美洲型毒株,属于Ⅰ、Ⅲ、Ⅳ 3个不同的基因亚型,其中基因亚型Ⅲ和Ⅳ毒株是浙江省近年来新出现的毒株。氨基酸序列分析结果显示,54个毒株在GP5蛋白的信号肽区域、非中和抗体表位的氨基酸序列变异较大,而在中和表位氨基酸序列变异较小。本研究结果表明,浙江地区PRRSV流行出现了新形势,多种基因亚型共同存在,其中以基因亚型Ⅰ毒株为主。 相似文献
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根据GenBank已发表的传染性支气管炎病毒(IBV)全基因组序列设计引物,对793/B型IBV分离毒株TA03M基因进行克隆与序列分析.结果表明,793/B型IBV的M基因由669 bp组成,与GenBank已发表的15株IBV的M基因相比较,793/B型IBV的M基因在第4～15位发生了3～12个核苷酸的缺失,对应1～4个氨基酸的缺失,共有30多处点突变.与其他各毒株M基因的核苷酸同源性为84.2%～93.6%,氨基酸同源性为82.1%～96.0%;进化分析显示TA03株与H52和IBN毒株之间的亲缘关系较近.该研究为进一步探讨793/B型IBV M基因(蛋白)在遗传变异和免疫等方面的作用奠定了理论基础. 相似文献
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试验旨在确定国内鸡肾型传染性支气管炎病毒(IBV)流行毒株核蛋白N与市场上现用疫苗株、近年国内外分离株的差异性.本研究利用自山东某鸡场病鸡肾脏组织分离获得、经PCR鉴定为IBV阳性的毒株(命名为SD03株),参考NCBI上部分IBV毒株N基因的保守区域设计引物,进行RT-PCR扩增,构建重组pMD18-T-N/DH5α菌,测序获得N基因序列.与参考株进行了核苷酸及氨基酸同源性分析,结合DNAStar软件与http://www.expasy.org/网站对该基因编码的蛋白进行理化性质分析.结果显示,SD03株为IBV肾型毒株,与LDT3、partridge/GD/S14/2003毒株(肾型)核苷酸及氨基酸同源性均在99.0%以上.与其他国内外肾型经典毒株Ma5、W93、Gray、Holte株氨基酸同源性为90.0%～94.6%,与国内外呼吸型疫苗株H120、H52、M41氨基酸同源性为89.7%～91.0%.本研究深入分析了当前流行株SD03株N蛋白的理化特性,为N蛋白亚单位疫苗在不同系统中表达及蛋白纯化提供了理论依据,为中国现阶段IBV的防控奠定了一定的理论基础. 相似文献
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鸡传染性支气管炎病毒S1和N基因遗传变异的相关性 总被引：3，自引：0，他引：3
对国内1992—2005年分离的IBV毒株的纤突蛋白(S1)和核衣壳蛋白(N)基因分别进行克隆测序,结合在GenBank中发表的IBV S1和N基因的序列,对其不同毒株的S1或N基因片段和全长、S1和N基因全长分别进行遗传变异的研究,利用统计学软件SPSS11.5进行同源性相关分析。结果表明:不同IBV毒株N或S1基因片段与其全长之间遗传变异高度相关,核苷酸r≥0.892,氨基酸0.854≤r≤0.968;但S1与N基因全长之间核苷酸的遗传变异相关性相对较低一些,而且有些毒株间S1基因同源性很低(r=0.645),但N基因同源性仍很高,显示每个基因变异的独立性。国内IBV疫苗株之间S1和N基因核苷酸高度同源(S1≥97.3%;N≥90.7%),而野毒株与疫苗株相比S1和N基因同源性均较低(S1≤84.3%;N≤87.1%),这也可能与常规疫苗对IBV野毒株不能有效保护有关。 相似文献
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为了解广西地区猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)流行毒株的遗传进化情况,对2014年-2016年来自广西各地的部分PRRSV阳性病料进行Nsp2和ORF5基因的扩增和测序分析.结果获得34个Nsp2基因序列和45个ORF5基因序列,均属于美洲型毒株.Nsp2基因间核苷酸序列的同源性为91.8％~100％,与PRRSV美洲型毒株VR-2332、CH-1a、JXA1及NADC30株核苷酸序列的同源性分别为81.3％~84.3％、88.9％~92.1％、94.3％~99.3％和73.5％~75.1％,而与PRRSV欧洲型毒株LV株核苷酸序列的同源性为51.5％~53.2％.ORF5基因间核苷酸序列的同源性为82.8％~100％,与PRRSV美洲型毒株VR-2332、CH-1a、JXA1及NADC30株核苷酸序列的同源性分别为83.7％~99.5％、85％~95％、83.8％~99.7％和83.2％~86.4％,而与PRRSV欧洲型毒株LV株核苷酸序列的同源性为62.4％~64.5％.基于Nsp2和ORF5基因推导的氨基酸序列绘制的遗传进化树中,广西地区的毒株主要分布在以JXA1为代表的Ⅳ亚群.表明当前广西PRRSV流行毒株以JXA1株为代表的高致病性美洲型毒株为主,各毒株Nsp2和ORF5基因序列存在一定的差异,尚未发现欧洲型毒株和美洲型NADC30类毒株. 相似文献
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禽流感病毒A/Goose/Guangdong/3/96(H5N1)NA基因克隆及序列分析 总被引：3，自引：1，他引：2
采用RT-PCR技术扩增了禽流感病毒A/Goose/Guangdong/3/96(H5N1)(GD3/96)NA基因，并对其进行了克隆与测序，该苷酸序列测定结果表明：NA基因全长为1410bp，共编码469个氨基酸。其序列与A/Hongkong/156/97(H5N1)、A/Chicken/HongKong/220/97(H5N1)、A/Goose/guangdong/1/96(H5N1)及A/teal/Hongkong/W312/97(H6N1)分离株核苷酸序列的同源性在88.4%-99.0%之间，其相应氨基酸序列的同源性在89.8-99.2%之间。氨基酸序列与香港流感分离株氨基酸序列相比，在茎部没有出现19个氨基酸残基的缺失，表明香港流感毒株由我国大陆禽流感病毒株直接进化而来可能性不大。 相似文献
15.
采用RT－PCR方法扩增了鸡传染性支气管炎病毒D971毒株预期的1636bp的S1全基因DNA片段；以Sanger‘s双脱氧末端终止法测定出其核苷酸序列，推导出了氨基酸序列，并用有关软件构建了S1基因进化树。结果表明，IBV－D971毒株与国内外AF140352（山东农业大学）、AF154841(山东农业大学）、AF193432（青岛动物检疫所）、AY043312（中国农业大学）、AF397528（四川农业大学）、AY043221（浙江农业大学）、AF352312（浙江农业大学）、U29522（澳大利亚）和M21883（英国）毒株的核苷酸同源性分别为99％、99％、95％、94％、87％、86％、88％、82％和80％。氨基酸序列同源性依次分别为93％、93％、87％、83％、83％、82％和80％。 相似文献
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猪繁殖与呼吸综合征病毒ORF5基因变异分析 总被引：4，自引：0，他引：4
刘美容 《上海畜牧兽医通讯》2008,(3):26-27
采用RT-PCR方法对不同省份疑似PRRS阳性病料进行克隆和测序,获得14个ORF5基因片段.序列分析结果表明,获得的14个ORF5基因序列不存在缺失现象,核苷酸的同源性为98.8%～99.7%,推导编码氨基酸同源性为96.5%～99%.与国内毒株相比,核苷酸同源性为85.2%～100%,氨基酸同源性为84.6%～99%;与中国代表毒株CH-1a、美洲型代表毒株VR-2332的核苷酸序列同源性分别在94.4%～95.2%和86.7%～87.9%之间,与疫苗株MLV的同源性在86.4%～87.6%之间,而与欧洲型代表株LV的同源性在54.1%～55.7%之间,推导编码的氨基酸序列同源性则分别在91.5%～93.5%、86.6%～88.6%、85.6%～87.6%、54.7%～56.2%之间.表明所获得序列的流行毒株均属于美洲型.进一步分析发现与近期国内流行的高致病性猪蓝耳病病毒同源性非常之高,说明这些毒株可能均起源于同一个毒株,通过猪的运输流通等在全国流行. 相似文献
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鸡传染性支气管炎病毒分离株核衣壳基因克隆、序列分析和真核表达 总被引：2，自引：0，他引：2
根据GenBank公开序列自行设计一对引物，采用RT—PCR扩增出鸡传染性支气管炎病毒（Infectious bronchitis virus，IBV）W和C9001分离株完整的核衣壳（N）基因，并将其克隆至pMD18-T载体进行核苷酸序列测定和分析。结果表明，扩增的2个IBV分离株核衣壳基因片段长度均为1230bp，编码409个氨基酸，彼此间核苷酸和氨基酸同源性分别为88．0％和89．5％，与GenBank中有代表性的参考毒株相应基因核苷酸和氨基酸序列比较显示，w株核苷酸序列与GenBank中的广东分离株（AY646283）同源性最高，为94．1％，氨基酸序列同源性为94．6％；与国内部分毒株核苷酸序列同源性在86．1％～88．0％之间，氨基酸序列同源性在88．0％～90．7％之间；C9001株与国内部分毒株核苷酸序列同源性在86．4％～99．8％之间，氨基酸序列同源性在88．0％～99．8％之间。从核衣壳基因编码的氨基酸序列的系统进化树可见，W株与C9001株处于不同的进化分枝，亲缘关系较远。同时将核衣壳基因构建于真核表达质粒pVAX1中，用脂质体法将重组质粒转染入COS-7细胞中，间接免疫荧光检测出核衣壳蛋白的体外表达。研究结果为进一步研究IBV核衣壳蛋白的结构与功能以及基因工程疫苗的研制奠定了基础。 相似文献
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《中国畜牧兽医》2019,(12)
为了解2014-2016年浙江地区猪繁殖与呼吸综合征病毒(porcine reproductive and respiratory syndrome virus,PRRSV)ORF5基因变异情况,试验通过RT-PCR方法对从浙江省各地区采集的PRRSV阳性病料进行ORF5基因扩增,应用DNAStar和Mega 5.1软件对所测序列进行同源性和遗传变异分析。结果显示,54株2014-2016年浙江分离株ORF5序列之间核苷酸和氨基酸序列同源性分别为83.1%～100%和80.6%～100%,与经典株VR2332核苷酸和氨基酸序列同源性分别为83.8%～90.4%和81.6%～90.0%,与高致病PRRSV毒株JXA1核苷酸和氨基酸序列同源性分别为83.5%～99.5%和83.1%～99.0%。系统进化分析表明,54个毒株均为美洲型毒株,属于Ⅰ、Ⅲ、Ⅳ3个不同的基因亚型,其中基因亚型Ⅲ和Ⅳ毒株是浙江省近年来新出现的毒株。氨基酸序列分析结果显示,54个毒株在GP5蛋白的信号肽区域、非中和抗体表位的氨基酸序列变异较大,而在中和表位氨基酸序列变异较小。本研究结果表明,浙江地区PRRSV流行出现了新形势,多种基因亚型共同存在,其中以基因亚型Ⅰ毒株为主。 相似文献
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猪瘟野毒不同代次E2基因主要抗原编码区序列差异分析 总被引：1，自引：0，他引：1
利用RT－PCR及序列测定对5株猪瘟野毒14个不同代次毒株E2基因主要抗原编码区序列进行了分析。结果表明每个野毒的不同代次毒株核苷酸及氨基酸序列均呈现较高的保守性，核苷酸及氨基酸序列均无变化，核苷及氨基酸同源性均为100%。与02号野毒相比，其他4株野毒核苷酸及氨基酸同源性分别为82.0%-99.5%、84.1%-98.6%。遗传衍化分析结果表明所有毒株被分成2个基因组，每个基因组又分成2个基因亚组。03、05和22号毒株位于第一基因组，02、06号毒株位于第二基因组。每一个毒株的不同代次毒株均位于同一基因组、同一基因亚组。证实了猪瘟病毒分子结构的遗传稳定性。 相似文献