鸡传染性支气管炎病毒中国地方分离株膜蛋白基因的克隆及序列分析   总被引：1，自引：0，他引：1  

任涛  廖明  曹伟胜  辛朝安 《中国兽医杂志》2006,42(8):3-6

本研究选取有代表意义的9株鸡传染性支气管炎病毒（IBV）国内分离株．利用所设计的一对特异引物，通过RT—PCR的方法成功地扩增了膜蛋白基因即M基因全长片段．通过克隆、序列测定获得了9个分离毒株M基因的全长核苷酸序列。并将各IBV国内分离株与GenBank中注册的一些毒株的M基因核苷酸序列及推导的氨基酸序列进行比较、系统进化关系分析发现：IBV中国地方分离毒株大部分属于Mass型；不同毒株间存着重组、缺失、插入及点突变等变异，从ATG至第150bp区段的核苷酸序列变异频率最高；IBV中国地方分离株M基因的变异属于高频率的同义突变；国内的IBV分离株分为两个基因群，1群分离毒株与GenBank中Mass型的毒株亲缘关系较近．毒株间核苷酸序列同源性为95．7%～100％，其相应的氨基酸序列同源性为98．2%～100%；Ⅱ群分离毒株与众多参考毒株的亲缘关系都比较远，毒株间彼此核苷酸序列同源性为89．7％～91．9%，氮基酸序列同源性为92．0-96．0%。  相似文献   

4株猪瘟流行野毒株病毒结构蛋白E2基因的核苷酸序列分析   总被引：6，自引：0，他引：6  

李明晖  侯文通等 《中国兽医科技》2001,31(5):8-10

应用RT－PCR和nPCR扩增由4株甘肃省近期（1997－1998）猪瘟流行野毒株的E2基因，将其克隆到pGEM-TEasy载体上，经转化、筛选、鉴定后，测定核苷核序列，4株流行毒株的E2基因核苷酸序列同源性为89．2％－99．7％，相应的氨基酸序列同源性为93．8％－99．0％，这4株流行毒株；与C－株（疫苗种毒）E2基因的核苷酸序列同源性为82．2％－84．3％，相应的氨基酸序列的同源性为87．9％－90．2％，表明近期猪猪瘟流行毒株与C－株的gp55蛋白之间存在一定的差异。  相似文献   

IBV安徽分离株AH1-99M基因克隆及序列分析     

何长生  魏建忠  刘胜旺 《动物医学进展》2007,28(5):36-38

利用RT-PCR技术成功扩增出IBV分离株AH1-99 M基因全长cDNA,并将其克隆到pMD18-T载体上,获得该分离株M基因的重组质粒.序列分析结果表明,该分离株M基因全长共678个核苷酸,编码225个氨基酸;同其他IBV的核苷酸序列的同源性为87.2%～92.5%,氨基酸的同源性为89.8%～95.1%;在IBV M基因核苷酸进化关系树中,AH1-99株M基因与H120、M41、Beaudette以及多数国内分离株亲源关系较近.  相似文献   

猪瘟病毒E2基因的扩增及序列分析     

曲永利  季新成  王臣  员丽娟  李毅 《中国兽医杂志》2006,42(2):7-9

本研究利用RT—PCR技术，对流行于国内部分地区的9株猪瘟病毒（CSFV）E2基因进行扩增，与C-株等4株参考毒株做了同源性比较，绘制了遗传进化关系发生树，结果表明，所测序列共由442个氮基酸残基组成。可将13株CSFV分为两个组群，其E2基因间的核苷酸序列同源性为81．9％～99．7％，所推导氨基酸序列同源性为88．2％～99．5％，其中9株CSFVE2基因的长度均为1324bp，编码的氨基酸序列均包括完整信号肽序列和跨膜区序列，9株流行毒株与C-株之间核苷酸序列同源性为81．9％～95．3％。所推导氨基酸序列同源性为88．2％～95．5％。说明近期流行毒株的变异呈现一定的多样性，并且多数毒株已向远离疫菌株方向变异。  相似文献   

鸡传染性支气管炎病毒中国地方分离株S1基因5''端的变异   总被引：3，自引：0，他引：3  

任涛  廖明  罗开健  曹伟胜  辛朝安 《中国兽医学报》2002,22(1):7-9

对自海南海省、广西省发生鸡传染性支气管炎（IB）鸡群分离的4株IBV分离株（HaN-1/95、HaN-2/95、GX-1/98、GX－2／98）的主要免疫原纤突蛋白S1基因经RT－PCR扩增其5'端的1．2kb的目的片段，将其插入载体pMD 18-Tk ,在大肠杆菌中实现目的的基因的克隆。对克隆的目的基因经限制性酶切分析及PCR鉴定后，以双脱氧链终止法测定其核苷酸序列，并与GenBank中的参考毒株（H120、SD－1／97和Holte）相应序列作比较，分析其同源性。结果表明，HaN-1/95、HaN-2/95、GX-1/98及SD－1／97与疫苗株H120的核苷酸序列同源性分别为99．5％、99．2％、97．9％和99．5％，其推导氨基酸序列同源性分别为99．1％、98．9％、96．9％和99．2％。GX－2／98与Holte株的核苷酸序列同源率为99．0％，其推导的氨基酸序列同源性为98．6％，而与其他中国分离株的核苷酸序列的同源性仅为70％左右，氨基酸序列的同源性仅为68％左右。  相似文献   

新城疫病毒广东分离株HN基因的克隆与序列分析   总被引：3，自引：0，他引：3  

刘铀毕英佐  曹永长 《中国兽医科技》2005,35(3):194-198

用RT-PCR方法从6个新城疫病毒(NDV)广东分离株中扩增HN基因cDNA片段。并将其克隆至pGEM-T Easy载体进行核苷酸序列测定。结果表明，6个NDV分离株HN基因片段长度均为1704bp，编码568个氨基酸；彼此间核苷酸和氨基酸同源性分别为96．0％～99．8％和98．6％～100％，与其他基因Ⅶ型毒株的氨基酸序列同源性为96．8％～98．4％；但与其他基因型毒株如D26、Ulster/67、B1、LaSota以及GB Texas的氨基酸同源性较低，为88．2％～91．0％。  相似文献   

犬瘟热病毒TN野毒株核蛋白基因的克隆与序列分析   总被引：2，自引：1，他引：1  

孟庆玲乔军  陈创夫 《中国兽医科技》2004,34(4):24-28

根据GenBank中收录的犬瘟热病毒(CDV)Onolerstepoort株核蛋白基因(N)序列，设计了1对特异性引物，用该引物对分离的TN野毒株进行了RT-PCR扩增；将扩增得到的PCR片段纯化后与pGEM-T质粒连接，得到重组质粒pTN。经核苷酸序列测定，CDVTN株N基因的ORF全长1569bp，编码523个氨基酸；将TN野毒株与GenBank中收录的其他CDV毒株进行比较，N基因核苷酸序列的同源性为94％～99％，推导的N蛋白氨基酸序列的同源性为97％～99％。TN株与Onderstepoort疫苗株氨基酸序列的差异主要集中在N端(17～159位)和C端(408～519位)。中间的区域则高度保守。此外，在CDVN蛋白N端281～289位上也发现存在与麻疹病毒(MV)N蛋白完全相同的Y-P-A-L-G-L-H-E-F9肽序列，推测可能是诱导CTL活性的靶蛋白的抗原表位之一。氨基酸组成分析发现，推导的N蛋白氨基酸序列中亮氨酸、丝氨酸和异亮氨酸所占比例很高，提示该蛋白具有高度螺旋和缠绕的分子结构。  相似文献   

丝状支原体丝状亚种SC型中国不同地区分离株脂蛋白Q基因的分子特征     

高玉龙  辛九庆  李媛  王砚范 《中国预防兽医学报》2006,28(2):142-146

根据已发表的丝状支原体丝状亚种SC型（MmmSC）脂蛋白Q（LppQ）基因序列设计并合成一对引物，利用PCR扩增方法，从我国不同省区的MmmSC分离株HVRI—X、BenI、QingI、MuI和模式株PG1中获得了LppQ基因1303 bp的片段，将该片段克隆到PMD18-T载体上，通过对所得到的重组质粒进行酶切分析、PCR鉴定，证明得到了含有目的基因片段的阳性重组质粒。采用Sanger’s双脱氧末端终止法对插入片段进行核苷酸序列测定，获得了HVRI-X、Ben Ⅰ、oing Ⅰ、Mu Ⅰ株和模式株PG1 LppQ基因核苷酸序列。核苷酸序列比较结果显示，国内4个MmmSC分离株与GenBank公布的LppQ基因核苷酸序列同源性均在99．7％以上，氨基酸序列同源性均在99％以上；与模式株PG1的核苷酸序列同源性在99．7％以上，氨基酸序列同源性均在99．3％以上。，国内4个MmmSC分离株之间的核苷酸序列同源性均在99．7％以上，氨基酸序列同源性均在99．3％以上。对HVPI X株LppQ基因氨基酸亲私陛和蛋白表面可能性进行了分析，证实LppQN末端富含亲水氨基酸，比C末端更有可能定位在蛋白表面。  相似文献   

广西鸡传染性支气管炎病毒地方分离株核蛋白基因的遗传变异分析   总被引：1，自引：0，他引：1  

磨美兰  李孟  范文胜  陈秋英  黄柏成  郎亚辉  林俊  韦平  韦天超 《中国家禽》2009,31(15)

应用RT-PCR方法扩增了广西1985～2008年的24株传染性支气管炎病毒(IBV)分离株的核(N)蛋白基因,并对此24株IBV的N蛋白基因进行了克隆、序列测定及分析.结果发现24株IBV分离株N蛋白均舍有一个长1 230 bp的开放阅读框,编码由409个氨基酸残基组成的多肽,未发现碱基的缺失和插入,但存在较多点突变现象.与疫苗株H120核蛋白的3个保守碱性氨基酸区序列进行比较分析发现,大多数毒株在183～232位存在较多的氨基酸替代现象,部分毒株在334～363位也存在较多的氨基酸替代现象.与GenBank中的13个IBV参考毒株N蛋白基因序列进行比较分析,发现2004～2008年的21个分离株中有19个分布于第Ⅰ群中;1985～1988年的3个分离株之间N蛋白核苷酸及其推导氨基酸的同源性均达99%以上,均属于第Ⅲ群中,可见广西不同时期的IBV分离株在N基因进化关系上形成了自己独立的进化群.同时研究还发现GX-NN5分离株可能为基因重组病毒.以上结果表明了广西IBV毒株存在基因突变和基因重组现象.  相似文献   

4株鸡肾型IBV陕西分离株3种主要结构蛋白基因的遗传变异分析     

杨涛  张淑霞  郝华芳  刘青天  陈胜利  杨增岐  王兴龙  杜恩岐  党如意 《兽医大学学报》2014,(2):207-213

采用RT—PCR方法对近年来本实验室分离的4株肾型IBV陕西分离株的纤突蛋白S1基因、膜蛋白基因（M）和核蛋白基因（N）分别进行扩增,测序后进行遗传变异分析。结果显示：与肾型疫苗株w93相比,各分离株S1基因均存在广泛的点突变,并且都存在基因插入现象,分离株之间氨基酸同源性为75．8％～99．4％;M基因除了存在点突变外,W09和WNl2在其5’端还存在9个核苷酸的缺失,分离株之间氨基酸同源性为91．0％～99．6％;N基N无插入和缺失,但存在基因点突变,分离株之间氨基酸同源性为99．3％～99．5％。4株IBV分离株在S1、M和N基因氨基酸系统进化树上分属于不同的进化群,且都与较早的肾型IBV陕西分离株w118遗传距离较远。结果表明,4株鸡肾型IBV流行毒株的s1、M和N基因均存在不同程度变异,这可能是免疫鸡群肾型鸡传染性支气管炎长期流行的主要原因．  相似文献   

国产IBV疫苗株核衣壳蛋白基因的亲缘关系   总被引：1，自引：1，他引：0  

曹伟胜  廖明  任涛  罗开健  辛朝安 《中国兽医学报》2003,23(2):119-123

利用自行设计的引物Cx和Cs，通过RT－PCR方法分别扩增出鸡传染性支气管炎病毒（IBV）D41株，H120GD株、H120SH株、H52GD株等4个国产疫苗株和标准强毒M41－E4株完整的N基因cDNA,然后将其分别克隆到pGEM T-Easy或pMD 18-T载体中并测序。测序结果表明，这5个IBV毒株可分2组，其中D41株，H120GD株和H120SH株为一组，它们的核苷酸和推导氨基酸序列同源性为99．7％－99．8％和99．0％－99．5％，而H52GD株与M41－E4株构成另一组，其核苷酸和推导氨基酸序列同源性为99．7％和99．5％；而2组之间的最大同源性仅为91．0％和93．2％。在系统发生进化树上，这2组分别位于不同的分支簇上。值得注意的是，国内的H52GD株与国外报道的H52株不在同一分支簇上，相反却与国内强毒M41－E4株以及国外报道的M41株在同一分支簇上。这一结果表明，国内的H52GD疫苗株与国外报道的H52疫苗株不同，它们在亲缘关系上更靠近M41－E4株和M41株。  相似文献   

IBV AH1-99分离株N基因的克隆及序列分析     

何长生  魏建忠  刘胜旺  詹松鹤  朱良强  江定丰  郑举  曹晋蓉  陈静 《动物医学进展》2008,29(1):5-9

利用RT-PCR技术成功扩增出IBV AH1-99分离株的N基因全长cNDA,将其克隆到pMD18-T载体上。经酶切分析、PCR鉴定及核苷酸序列测定,成功获得该分离株N基因的重组质粒。序列分析结果表明,分离株N基因全长1 230个核苷酸,编码409个氨基酸。同部分IBV参考毒株相比,核苷酸同源性为85.8%~89.9%,氨基酸同源性为86.6%~91.0%,在进化关系树中,AH1-99与国内分离株X、LX4亲缘关系较近。  相似文献   

鸡肾型IBV分离株M基因的克隆与特性分析     

王晶钰  罗艳  邓小敏  郭抗抗  张彦明 《中国预防兽医学报》2007,29(8):591-595

依据NCBI所登录的鸡传染性支气管炎病毒的M基因序列设计了一对引物,应用TRIzol试剂盒对8个肾型鸡传染性支气管炎病毒陕西地方分离株进行总RNA的提取,以所得到的RNA为模板,用RT-PCR对M基因进行扩增;其目的条带回收提纯后,与PMD18-T克隆载体进行连接,转化到DH5α宿主菌,并经药物抗性筛选、PCR及酶切鉴定,将所筛选鉴定出的阳性质粒进行测序,最后对测序结果进行分析。结果表明：陕西地方8个毒株（BJ2、FF2、YL2、B01、G5、YX、WH、WG）M基因长约为650 bp,其中YX、WH株本身无BamH 1酶切位点。WH与其它分离株的核苷酸同源性为91.8%～92.6%,而其它的分离株间的同源性为98.8%～99.8%。8个毒株与参考株的核苷酸同源性为74.9%～99.8%。其N端90 aa肽段与对照株相比,不同之处表现为高亲水性氨基酸取代低亲水性氨基酸,这会使其具有更好的抗原性。  相似文献   

安徽IBV地方株AH1-99株S2基因的克隆与序列分析     

何长生  刘胜旺  魏建忠  朱良强  詹松鹤  江定丰  郑举 《动物医学进展》2006,27(8):98-101

用RT-PCR技术扩增出IBVAH1-99株的S2基因cDNA，并将其克隆到pMD18-T载体中进行序列测定和分析。结果表明，该分离株S2基因全长共1881个核苷酸，编码625个氨基酸；与GenBank中登录的IBVS2基因核苷酸的同源性为72．5％～88．99，氨基酸的同源性为70．3%-88．0％；在895nt-900nt处插入了GCG ACT 6个碱基，在1441nt～1446nt处缺失了ATTACT6个碱基。  相似文献   

猪繁殖与呼吸综合征病毒HS株结构蛋白基因的克隆与序列分析   总被引：1，自引：0，他引：1  

马朝志  肖少波  宁娟  江云波  方六荣  陈焕春 《动物医学进展》2007,28(6):1-4

根据GenBank中猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)美洲株(VR-2332)基因序列,设计合成了ORF2a、ORF3、ORF4、ORF5、ORF6和ORF7基因的引物.利用RT-PCR扩增出PRRSV HS株各基因的cDNA片段,将扩增的各cDNA片段克隆入pMD18-T载体并测序.应用DNA Man软件,将测序结果与国内外已发表野毒株和疫苗株(VR-2332、Resp MLV、16244B、HN1、BJ-4、CH1-a、HB-1、HB-2、LV)的相应基因进行序列比较,并绘制系统进化树.结果表明,PRRSV HS株与美洲型的相应基因核苷酸同源性为83.6%～99.7%,与LV株的相应基因核苷酸同源性为38.9%～49%;推导的氨基酸与美洲型相应基因的同源性为86.6%～99.6%,与LV株的同源性为54.2%～78.2%.系统进化树表明,PRRSV HS株属于美洲型,与HN1、VR-2332、RespMLV、16244B、BJ-4亲缘关系较近.  相似文献   

两株猪圆环病毒2型ORF2基因的克隆和序列分析   总被引：1，自引：0，他引：1  

何逸民  罗玉均  潘全会  吴翠花  曹宗喜  孔留五  李少方  张桂红 《动物医学进展》2007,28(11):4-7

根据GenBank中猪圆环病毒2型(PCV-2)ORF2基因序列,设计一对引物,从分离的PCV-2 GZ株、HN株的细胞培养物中扩增出ORF2基因(702 bp).将此基因片段克隆入pMD18-T载体,筛选获得重组质粒pMD-ORF2,并对其测序.结果表明,所克隆的ORF2基因与其他PCV-2的ORF2基因核苷酸序列同源性在90.6%～99.6%之间,推导的氨基酸序列同源性在88.9%～98.7%之间.  相似文献   

番鸭源鹅细小病毒ZQ株VP2基因的克隆和序列分析     

宋永峰  周丽  周全  高恒  宋延华  温纳相 《动物医学进展》2009,30(7):42-45

根据国内外已发表的鹅细小病毒(GPV)B株和GD株基因序列,应用DNA Star分子生物学软件设计一对引物,应用PCR技术扩增GPV ZQ株的结构蛋白基因VP2全基因片段。将扩增得到的VP2全基因克隆到pMD18-T载体上,获得的重组质粒经PCR鉴定后进行序列测定。结果表明ZQ株基因大小为1 764 bp,编码587个氨基酸,其基因序列与GPV参考毒株推导的氨基酸序列同源性在89.1%~99.3%之间,差异较大;与番鸭细小病毒(MDPV)参考毒株相比同源性在92.0%~92.5%之间,超过与部分GPV毒株的同源性,推测可能与该毒株来源于番鸭而不是鹅有关,另外也在基因水平上解释了GPV与MDPV在血清学上存在交叉反应的部分原因。  相似文献   

水貂和狐犬瘟热病毒F基因的克隆与序列分析   总被引：3，自引：0，他引：3  

袁小远  单虎  王志亮 《经济动物学报》2005,9(3):129-131

为探寻免疫失败的原因,对山东某养殖场免疫后的发病水貂和狐犬瘟热组织病料分别提取RNA进行RT-PCR扩增。将PCR得到的部分F基因克隆到pMD18-T载体上测序,并与疫苗株ND进行序列分析。结果表明,水貂和狐的CDV与OND的核苷酸同源性为98.6%9、8.6%,氨基酸同源性为98.0%9、8.0%。水貂和狐两者核苷酸同源性为98.0%,氨基酸同源性为95.9%。  相似文献   

猪繁殖与呼吸综合征病毒TS株结构蛋白基因的克隆与变异分析     

王娇  赵泽坤  王坤  孙继国 《中国动物检疫》2010,27(5):28-30

从河北唐山分离到一株疑似猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV),接种Marc-145细胞,经2代盲传后出现细胞病变,经鉴定为PRRSV,命名为TS株。利用RT-PCR扩增出TS株各基因的cDNA片段,然后克隆入pMD19-T载体并测序。应用DNAStar软件,结合其它河北毒株与多株GenBank中已发表的PRRSV毒株相应基因进行序列比较。结果表明:PRRSV TS株与VR-2332同源性为88.9%-94.7%,与河北省2007年以来发现的8个毒株同源性很强,为98.0%-99.7%;与LV株的亲缘关系较远,同源性为61.2%-69.0%,属于美洲型。遗传进化树表明国内美洲型分离株明显分为2个亚群,所有河北省流行毒株属于同一亚群,且TS株与高致病性代表毒株JXA1关系非常近。本研究将为河北省预防和控制PRRS提供重要的理论数据。  相似文献