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牦牛病毒性腹泻病毒E 1基因的克隆及生物信息学分析 总被引：1，自引：1，他引：0
参考GenBank中发表的BVDV毒株的基因组序列设计2对引物,利用套式RT-PCR方法首次成功克隆牦牛体内分离鉴定出的牛病毒性腹泻病毒E 1基因,并扩增出预期的585 bp目的片段。将扩增产物克隆至pMD18-T Vector,经质粒PCR鉴定及酶切鉴定获得阳性重组质粒并进行测序。测序结果经BLAST同源性比较分析,克隆得到的E 1基因与Osloss株同源性最高,但核苷酸同源性仅为73.3%,推导氨基酸同源性仅为82.6%,表明牦牛病毒性腹泻病毒存在较大的基因突变。这可能是该病毒为适应牦牛这种特有生物体和牦牛所生活的高原生态环境的结果,或该病毒也可能具有独立的遗传衍化来源。 相似文献
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参考GenBank中发表的BVDV毒株的基因组序列设计2对引物,利用套式RT-PCR方法首次成功克隆牦牛体内分离鉴定出的牛病毒性腹泻病毒E1基因,并扩增出预期的585 bp目的片段。将扩增产物克隆至pMD18-T Vector,经质粒PCR鉴定及酶切鉴定获得阳性重组质粒并进行测序。测序结果经BLAST同源性比较分析,克隆得到的E1基因与Osloss株同源性最高,但核苷酸同源性仅为73.3%,推导氨基酸同源性仅为82.6%,表明牦牛病毒性腹泻病毒存在较大的基因突变。这可能是该病毒为适应牦牛这种特有生物体和牦牛所生活的高原生态环境的结果,或该病毒也可能具有独立的遗传衍化来源。 相似文献
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牛病毒性腹泻病毒P20和P14基因的克隆及序列分析 总被引：5，自引：0，他引：5
参考GenBank中BVDV Oregon C24V株的基因组序列设计两对引物,利用套式PCR方法扩增P20基因,扩增出预期525 bp的目的片段.扩增产物克隆至pMD18-T载体,经酶切鉴定获得阳性重组质粒并对其进行测序.测序结果与参考序列Oregon C24V比较,二者的核苷酸同源性仅为80.95%,推导氨基酸同源性为87.50%.测序结果经NCBI上的Blast(Http:/www.ncbi.nlm.nih.gov/BLAST/)同源性比较,克隆得到的基因与Osloss株同源性最高,核苷酸同源性为93.65%,推导氨基酸同源性为95.83%.根据P20的测序结果,参照GenBank中BVDV Osloss株设计一对引物,扩增P14基因,经同源性比较,扩增的P14基因与Osloss株核苷酸同源性为94.77%,推导氨基酸同源性为95.10%,通过系统发生分析,推测P20基因和P14基因与Osloss株在进化上比较接近. 相似文献
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为了探讨牦牛养殖场发病犊牛的致病原及其生物学特征,采用临床诊断和病毒分离方法对犊牛进行诊断,并对分离毒株E0基因测序分析后进行同源性比较和遗传进化分析。发病犊牛临床主要表现出体温升高、食欲减退、口腔黏膜溃疡、水样腹泻、粪便带有血液和肠黏膜等典型牛病毒性腹泻病毒(BVDV)感染症状。病牦牛的鼻黏液、粪便样品接种牛肾传代细胞(MDBK)出现明显的细胞病变。该分离毒株的效价达到TCID_(50)为10~(-5.19)/0.1 mL,能被BVDV阳性血清所中和,BVDV间接免疫荧光试剂盒检测为阳性。其E0基因核苷酸序列与GenBank上登录的BVDV-1b亚型同源性高达99.5%。结果表明:该牦牛养殖场疫情为BVDV感染,分离获得的毒株为我国BVDV毒株资源与分子流行病学提供了资料。 相似文献
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牛病毒性腹泻病毒长春分离株P125基因的克隆与序列测定 总被引：3，自引：0，他引：3
以MDBK细胞培养细胞病变型牛病毒性腹泻病毒（BVDV）NCD毒株，采用异硫氰酸胍一步法提取总RNA，并根据BVDVNADL参考株序列设计合成的1对引物（W1与W2），进行反转录PCR（RT-PCR），扩增出P125基因约400bp的片段。经PGEM-T载体连接后克隆、测序，并与巳发表的NADL、Osloss、SD-1、184、D、H、Yak等BVDV毒析序列进行比较。结果表明：NCD株P125基因区无插入或缺失变异，但存在着核苷酸的替换；经聚类分析初步认为NCD株属于Ia型。NCD株与长春184、H株核苷酸序列差异较大，而亲缘关系较近，表明BVDV在同一地区存在不同进化来源的毒株。 相似文献
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根据国内外已发表的鹅细小病毒(GPV)B株和GD株基因序列,应用DNA Star分子生物学软件设计一对引物,应用PCR技术扩增GPV ZQ株的结构蛋白基因VP2全基因片段。将扩增得到的VP2全基因克隆到pMD18-T载体上,获得的重组质粒经PCR鉴定后进行序列测定。结果表明ZQ株基因大小为1 764 bp,编码587个氨基酸,其基因序列与GPV参考毒株推导的氨基酸序列同源性在89.1%~99.3%之间,差异较大;与番鸭细小病毒(MDPV)参考毒株相比同源性在92.0%~92.5%之间,超过与部分GPV毒株的同源性,推测可能与该毒株来源于番鸭而不是鹅有关,另外也在基因水平上解释了GPV与MDPV在血清学上存在交叉反应的部分原因。 相似文献
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伪狂犬病病毒Fa株gE基因的克隆与序列的比较分析 总被引：4，自引：0，他引：4
根据已发表的伪狂犬病病毒（PRV）的基因序列,设计合成一对引物PCL1和PCL2,以PRV Fa株的DNA为模板成功地扩增得到预期的长约1.7kb的特异片段,经本科切鉴定,初步确定为gE基因。将扩增产物经Kpn Ⅰ、EcoRⅠ消化形成粘末端克隆到pUC18质粒,得到了明显大于载体的重组质粒PpgE。重组质粒PpgE经本科切鉴定为含有PRV的gE基因,测序PpgE得到完整的gE基因片段,并与4株不同来源的毒株进行了比较分析。5毒株的gE同源性比较分析发现毒株间同源性最低也高达97%,这体现了gE基因的保守性。分析还表明Fa与TNL同源。同时99%的高同源性也显示Fa、Ea、SH可能是同一毒株。gE序列在1040-1410碱基的高同源性区域作为PRV的PCR检测或作为PRV的PCR检测或作为核酸探针是非常重要的。 相似文献
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提取经植物血凝素（PHA）诱导培养的牦牛外周血淋巴细胞总RNA，采用RT-PCR技术扩增并克隆了牦牛IFN-β基因，经PCR和酶切鉴定及测序分析，再克隆到pGEX-4T-1质粒载体中，构建了原核表达重组载体，经IPTG诱导表达重组蛋白，可表达约41 ku的牦牛IFN-β融合蛋白，主要以包涵体形式存在。序列分析结果表明，牦牛IFN-β基因ORF为498bp，与乳牛IFN-β参考序列的同源性高达98．6％，与猪、马、猫、人IFN-β基因的同源性分别为72．5％、68．9％、66．1％和63．5％，而与狗、鼠、鸡等动物的同源性均不超过25％；分子遗传进化树分析也表明，牦牛与乳牛IFN-β基因的亲缘关系最近，而与鼠、狗、鸡等的亲缘关系较远，说明IFN-β基因有种属差异性。 相似文献
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从牦牛(Yak)体内分离出牛病毒性腹泻/黏膜病病毒(BVDV/MDV),参考GenBank中已收录的BVDV-Ⅰ型的全基因组序列,设计了19对引物,通过RT-PCR方法,对牛病毒性腹泻病毒牦牛株进行克隆及测序,得到其全基因组序列(GenBank登录号:JQ799141),序列全长12214 nt,其中5'-UTR长288 nt,3'-UTR长232 nt。将牦牛株BVDV全基因序列与GenBank中登录的其他8株BVDV病毒全基因序列进行同源性比对及系统进化分析,结果表明,牦牛株BVDV与BVDV-Ⅰ型毒株出于同一分支,但与其他8株BVDV毒株全基因序列同源性均不高,有可能属于新的独立基因型或基因亚型,仍需进一步研究证实。 相似文献
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本研究从疑似牛病毒性腹泻病毒(bovine viral diarrhea virus,BVDV)感染牛的分泌物与排泄物中分离鉴定1株牛病毒性腹泻病毒,并进行E2基因序列分析。结果表明,分离株病毒命名为JN株;Reed-Muench法测定分离株病毒TCID50为10-7.5/0.1 mL;病毒中和试验结果表明,BVDV JN分离株可被BVDV阳性血清特异性中和,而不能被BVDV阴性血清中和;分离株病毒E2基因序列测序结果表明,该分离毒株属于BVDVⅠa亚型。 相似文献
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牛病毒性腹泻病毒P125基因重要区的比较与分析 总被引：11，自引：0，他引：11
根据牛病毒性腹泻病毒（ＢＶＤＶ）ＮＡＤＬ株的序列，以计算机辅助设计，化学合成１对引物（Ｗ１／Ｗ２）；应用ＲＴ－ＰＣＲ对国内不同地区分离的４株ＢＶＤＶ的Ｐ１２５基因外源序列插入区进行了扩增，并将扩增的片段进行克隆和序列测定，同时以ＤＮＡＳＩＳ和ＰＲＯＳＩＳ计算机软件将测定的核苷酸序列及推导的氨基酸序列进行比较分析。结果证实，国内分离的４株ＢＶＤＶ在这一区域中既没有外源序列的插入，也没有基因重组、基因重排或基因缺失，但存在某些核苷酸和氨基酸的替换，表明病毒的致细胞病变作用除与外源序列的插入、基因重组、基因重排或基因缺失有关外，可能还存在其他机制。核苷酸序列的同源性及系统树分析的结果表明，国内的ＢＶＤＶ毒株存在Ｉａ和Ｉｂ２个基因亚型，它们均属基因Ｉ型ＢＶＤＶ 相似文献
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地高辛标记核酸探针检测牛粘膜病病毒 总被引：7，自引：1，他引：6
本课题建立了地高辛标记核酸探针检测牛病毒性腹泻－粘膜病病毒（ＢＶＤＶ）的诊断方法。根据ＢＶＤＶ基因序列的结构特点,在编码非结构蛋白ｐ１２５高度保守基因区内,设计合成一对特异性引物。以ＰＣＲ技术从ＢＶＤＶ基因重组质粒中扩增出了ＢＶＤＶ特异的、保守的４００ｂｐ核苷酸片段,经纯化后,地高辛标记,制备牛病毒性腹泻病毒的特异性核酸探针。通过检测ＢＶＤＶ细胞培养物、相关病毒及核酸载体和ＢＶＤＶ细胞培养物的总Ｒ 相似文献
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牛病毒性腹泻病毒间接ELISA方法的建立 总被引：1，自引：1，他引：0
持续性感染和免疫耐受是牛病毒性腹泻病的重要特征,也是该病的防控难点.本试验将2种生物型的牛病毒性腹泻病毒(BVDV):致细胞病变(CP)型(BVDV OregonC24株)和非致细胞病变(NCP)型(BVDV Yak株),灭活、浓缩作为抗原,分别免疫家兔制备高免血清.同时,使用BVDV全病毒蛋白作为包被原,建立了检测BVDV的间接ELISA检测方法.本试验利用该方法对高免血清进行检测,探讨CP型BVDV与NCP型BVDV抗原免疫原性差异.结果显示,CP型BVDV的高免血清效价均比NCP型BVDV高免血清的效价高,平均高35%.结果表明,CP型BVDV的免疫原性优于NCP型BVDV,且CP型BVDV与NCP型BVDV的血清效价具有明显差异.这为在实践中疫苗毒株筛选及生产提供了理论指导. 相似文献
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【目的】利用原核表达系统体外表达牛病毒性腹泻病毒(Bovine viral diarrhea virus,BVDV)NS5A基因,获得非结构蛋白NS5A,对其进行核苷酸、氨基酸序列分析,以解析BVDV非结构蛋白NS5A的功能。【方法】参考BVDV-1型毒株V006的NS5A基因序列(GenBank登录号:KX170647)设计并合成1对特异性引物,以分离到的牦牛BVDV GSTZ毒株cDNA为模板,PCR扩增NS5A基因片段,并克隆至表达载体pET-28a (+)中,构建重组原核表达载体pET28a-NS5A。经酶切初步鉴定及测序鉴定正确后,转化大肠杆菌BL21(DE3)感受态细胞,然后利用IPTG诱导表达。经10% SDS-PAGE电泳及Western blotting分析鉴定重组蛋白的表达,并根据NS5A基因的序列构建遗传发育进化树,利用DNAStar软件预测NS5A蛋白的亲水性、表面可塑性和抗原性等特性,并结合二级结构的预测对NS5A蛋白的B细胞抗原表位进行预测。【结果】PCR扩增NS5A目的基因片段为1 488 bp,双酶切和测序鉴定结果证明,重组质粒pET28a-NS5A构建成功。经10% SDS-PAGE电泳及Western blotting鉴定重组蛋白,表达出了大小为55 ku的目的蛋白,大小与预期结果相符。通过对不同BVDV毒株NS5A基因序列构建遗传发育进化树,显示GSTZ毒株NS5A在遗传进化特征上属于BVDV-1型。NS5A蛋白的亲水性主要位于12—21、32—69、75—113、120—135、143—147、152—163、165—180、215—230、265—274、296—340、348—378、389—447、455—463、469—495位氨基酸处,表面可塑性主要位于14—18、37—42、76—81、86—109、154—160、169—178、218—228、297—309、348—358、365—373、414—442、430—437、454—460位氨基酸处,柔性区域较多,主要位于14—21、37—43、67—82、86—93、97—110、152—158、169—179、218—231、240—255、296—310、313—328、344—359、364—373、413—422和472—483位氨基酸处。NS5A蛋白的B细胞抗原表位主要位于15—18、76—81、154—158、169—178、218—228、297—309、348—358、365—373和414—422位氨基酸处。【结论】成功表达并鉴定了牦牛源BVDV的非结构蛋白NS5A,系统发育进化树表明BVDV GSTZ株基因型属于BVDV-1型,NS5A蛋白具有良好的抗原性,为深入解析BVDV非结构蛋白NS5A的自身结构功能、免疫学特性以及进一步研究非结构蛋白对病毒复制的影响提供参考。 相似文献
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Since genetic recombination is a major factor in the evolution of the cytopathogenic (cp) bovine viral diarrhoea virus (BVDV) biotypes, in this study the cytopathogenicity markers were investigated in the genomes of two cp BVDV strains recently isolated from mucosal disease (MD) cases in Hungary. In the genome of strain H4956, a Jiv-like insertion was found similar to those described in reference strain NADL and in other BVDV 1, BVDV 2 and border disease virus (BDV) strains. The 133 amino acid Jiv-like sequence is inserted at nucleotide position 4984 (amino acid position 1533), 9 nucleotides upstream of that of strain NADL. The insertion showed 96% amino acid sequence identity with the cellular Jiv protein. In the genome of cp BVDV strain H115/PCR, an ubiquitin-containing duplication was found. The duplicated sequence started at nucleotide position 7978 (amino acid 2531) in the NS4B gene. The duplication contained a complete ubiquitin monomer of 76 amino acids and the complete NS3 gene starting at nucleotide position 5153 (amino acid 1589), which corresponds to the first N-terminal amino acid of NS3. The duplication was located further downstream of the known ubiquitin-containing genomic regions of cp BVDV strains, and it consisted of the shortest inserted nucleotide sequence. The insertions and duplication of strains H4956 and H115/PCR further confirmed that recombinations occurring at positions A and B are the most common mechanisms leading to the development of BVDV cytopathogenicity. 相似文献
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本研究旨在对进口胎牛血清中的牛病毒性腹泻病毒（BVDV）进行分离及鉴定。利用BVDV抗原和抗体检测试剂盒检测,提取胎牛血清中的病毒RNA,用5'-UTR巢式PCR进行扩增,PCR扩增产物连接pMD19-T进行测序分析。胎牛血清样品接种MDBK细胞,进行细胞传代培养,通过细胞分离培养、直接免疫荧光抗体检测对实验室进口胎牛血清样品进行病毒分离及鉴定,应用DNAStar对BVDV 5'-UTR、Npro与GenBank中公布的瘟病毒参考株进行多序列比对,采用Mega 6.0进行遗传进化分析。同时通过包被脱脂奶粉进行间接ELISA检测其中的BVDV抗体。结果显示,胎牛血清中BVDV抗原和抗体均为阳性,并且从胎牛血清中成功分离到一株新的牛源BVDV,命名为BVDV-GC株,该病毒株在MDBK细胞上进行增殖培养时未能引起细胞病变;5'-UTR与Npro PCR扩增为阳性,扩增产物大小均与预期相符;直接免疫荧光检测荧光信号为阳性;病毒滴度为10-3.6TCID50/0.1 mL;遗传进化分析表明,该分离株与USMARC-60779（BVDV-2）株有较近的亲缘关系,同属于BVDV-2型毒株;通过包被脱脂奶粉和商品化的ELISA试剂盒进行检测,结果表明脱脂奶粉中存在BVDV抗体。本研究从进口胎牛血清中分离出1株BVDV-2型非致细胞病变病毒,从脱脂奶粉中检测到BVDV抗体,表明进口胎牛血清和脱脂奶粉中都存在BVDV抗原和抗体污染,本研究为后续试验分析提供参考。 相似文献