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1.
以“国家果树种质兴城梨、苹果圃”保存的53份秋子梨种质为试材,利用位于梨基因组17条染色体上多态性好的17对SSR荧光引物构建秋子梨种质分子身份证,建立每份种质的条形码标识,并探讨种质之间的亲缘关系。17对SSR引物在53份秋子梨材料中共检测到268个等位基因,平均每对引物检测到15.7个;NAUpy45b检测到的等位基因数最多为23个,NAUpy54b检测到的等位基因数最少为10个;所有引物的香农信息指数平均为2.311,其中NAUpy45b的香农信息指数最高,为2.673;NAUpy54b的香农信息指数最低,为1.672。聚类分析53份秋子梨可以划分成2个组,与地理相关;长白山及小兴安岭的秋子梨野生资源单独聚类,与栽培品种亲缘关系较远。热梨和白八里香为同物异名品种。SSR标记可以区分梨的芽变品种,可用于梨种质资源鉴别和保护。 相似文献
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以南方地区的蓝莓品种为主要对象,利用SSR标记分析现有品种种质的遗传多样性。设计合成了56对蓝莓SSR分子标记引物,进行扩增和多态性引物筛选,将多态性好的引物用于66份蓝莓不同类型种质的遗传多样性分析。结果表明,56对引物均能扩增出预期大小条带,其中条带清晰多态性较好的引物为25对,占比引物数的44.64%,多数引物扩增的位点数在5~7个之间。25对引物在66份蓝莓供试种质中检测多态性,共检测到165个等位变异,平均每个位点有6.6个等位变异,PIC值变幅为0.656~0.947,平均值为0.777。多态性最好的引物Vc26可以检测到15个等位基因数目。北方高丛、南方高丛和兔眼类型66份蓝莓种质的遗传相似系数位于0.60~0.96之间,品种间遗传差异较丰富。利用UPGMA聚类将3种类型种质进行分析,发现除了兔眼类型品种‘红粉佳人’外,其余明显分为3个类群,且同一类型的种质基本聚在一起。结合不同类型种质的系谱分析,发现分类与品种种质的遗传成分相似有一定的相关。研究利用SSR分子标记揭示了蓝莓不同类型种质的遗传多样性,对今后杂交育种亲本选择利用有一定借鉴意义。 相似文献
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西南地区白玉米地方种质资源分布及遗传多样性 总被引：2，自引：0，他引：2
通过表型性状结合的主成分分析,SSR标记分析和群体结构分析,对50个西南地区白玉米地方品种的种质资源分布及遗传多样性进行了研究。结果表明,白玉米地方品种农艺性状表现出很大差异,主成分聚类将其分为7个类群,大部分品种聚在一个群内,但也有少数品种单独成类;利用筛选出来的51对扩增条带清晰,具有明显多态性的SSR引物,共检测到 515个多态性位点,SSR位点的平均多态性位点数为10.1个,每个位点的等位基因数为 5~19个,平均为12个,多态信息量(PIC)分布范围为0.764～0.958,平均为0.885,遗传相似系数变幅在0.574～0.840,平均为0.684,标记索引指数(MI)分布范围为3.820～18.208,平均值为9.775。SSR分析将所选品种分为8类,且84%的组合集中在前三大类。从地方品种来源地分析来看,地理位置相似或接近的地方品种大多两两成类,遗传相似系数很高,而群体结构分析显示,白玉米地方品种的群体结构受其地理环境气候的影响。少数地方品种较独立,可以进一步从种质资源方面研究利用。 相似文献
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利用基因组SSR分子标记对老芒麦品种(种质)鉴别和品种纯度鉴定 总被引：1，自引：0，他引：1
利用从老芒麦(Elymus sibiricus)自身基因组中开发出来的6对多态性SSR引物,对3个老芒麦牧草品种和7个种质进行分子指纹图谱鉴别研究.结果表明:6对SSR引物在这10个材料中共检测出21个多态性SSR标记片段,每对引物可以检测到2~5个数目不等的片段,平均为3.5个.6对引物中3对核心引物组合可以将这10个材料进行有效鉴别.进一步选用3对引物对2个老芒麦品种进行纯度鉴定,表明SSR标记可以对品种群体中具有变异位点的个体进行有效鉴定,同时揭示野生栽培品种‘同德’老芒麦比育成品种‘多叶'老芒麦具有较高的遗传变异度. 相似文献
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苏丹草是一种高产优质的禾本科牧草,优质分子标记的缺乏成为苏丹草育种工作顺利开展的限制性因素。本研究基于高通量测序结果开发苏丹草EST-SSR标记,并对34份苏丹草和2份高丹草种质资源进行了遗传多样性分析,验证所开发的EST-SSR引物的可应用性。从苏丹草转录组的80686条序列中鉴定出17548个SSR位点分布在13574条序列中,分布频率为16.82%。一、二和三核苷酸重复分别占38.59%、19.18%和39.09%,SSR重复基元的重复次数分布在5~23次;开发的300对引物扩增成功率达73.67%,其中54对多态性引物在36份供试材料中共扩增出275条带,其中多态性条带有205条,多态位点百分率(PPB)为73.05%,多态信息含量(PIC)平均值为0.41,遗传距离的变化范围为0.3922~0.9020;聚类分析结果将36份供试材料分为3大类群,相同品种的材料大致聚为一类,材料间的聚类与地理来源呈一定的相关性。以上结果证明了利用苏丹草转录组数据开发SSR标记的可行性并揭示了供试材料间具有丰富的遗传多样性,为苏丹草及近源物种种质资源的多样性水平和变异分析以及分子标记辅助育种等研究提供依据。 相似文献
7.
《中国草地学报》2019,(5)
为了明确13个蒙农系列高丹草品种及新品系之间在DNA水平上的遗传学差异性,利用SSR分子标记技术进行了比较分析。试验筛选出13个SSR适宜引物,对13份高丹草材料的基因组DNA进行PCR扩增共得到307个位点条带,其中多态性SSR位点条带285个,占92.8%,平均每对引物扩增出多态性条带位点22个,表明材料间遗传差异相对较大。用引物AH46建立了能明确区分13份高丹草材料的SSR指纹图,为高丹草品种和品系鉴定及知识产权保护提供了分子依据。13份蒙农系列高丹草材料的遗传距离(GD)变幅为0.1818～0.9167,平均值为0.6358。以GD值0.62为基准将13份材料分为五类:蒙农1号及新品系10、13和12为第一类;蒙农2号、4号、5号、9号和7号为第二类;蒙农6号和8号为第三类;新品系11和蒙农3号各单独为一类。这为高丹草作为中间材料进一步杂交改良利用提供了依据。 相似文献
8.
利用微卫星标记分析中国地方鹅品种遗传变异及分化 总被引：2，自引：0，他引：2
通过25个多态性较好的微卫星标记,检测我国26个地方鹅品种1 560个个体,共检测到198个等位基因,每个位点平均为7.92个。有效等位基因数为1.307 0～5.795 5,平均3.066 2个。就全群而言,平均观察杂合度、期望杂合度、多态信息含量分别为0.668 6、0.457 7和0.564 0。对各个群体而言,观察杂合度、期望杂合度和多态信息含量变异范围分别是0.535 1～0.754 7、0.383 1～0.604 9、0.324 0～0.538 0。群体间存在明显的遗传分化,约有28%的遗传分化来自于群体间的变异。右江鹅与永康灰鹅之间的Reynolds遗传距离最大（0.522）,基因流值最小（0.365）,武冈铜鹅与豁眼鹅之间的Reynolds遗传距离最小（0.133）,基因流值最大（1.763）。在Reynolds遗传距离的基础上做品种的NJ聚类图,26个地方鹅资源群体分为5个类群。研究结果为我国地方鹅种种质特性研究提供基础数据,为我国地方鹅品种资源的合理保护和利用提供科学依据。 相似文献
9.
以盐生草全长转录组数据为基础,用MISA在线软件对盐生草转录组水平SSR位点进行搜索,共鉴定到29640个SSR位点,每SSR的发生频率为4.93 kb。SSR种类包含1~6核苷酸重复类型,重复次数主要为4~20次,其中,三核苷酸重复单位最多,占38.25%;四核苷酸重复单位类型最少,仅占3.26%。鉴定到的327种SSR重复类型中,A/T、AG/CT、ATC/GAT、AAG/CTT重复类型出现次数较多。进一步地,对甘肃18个不同生态点盐生草材料进行SSR标记位点的开发及遗传多样性分析。从检测到的29640个SSR标记中选择218对标记进行多态性筛选,共筛选到多态性较高的33对标记,这些标记共检测得到199个等位基因位点,等位基因数（AN）为3~13个,平均为6.03个;基因多样性指数（GD）为0.583~0.869,平均为0.698;基因型数量（GN）为2~13,平均值为5.88;多态性信息含量（PIC）值为0.527~0.856,平均值为0.623。聚类分析结果表明,18个不同生态点盐生草的遗传相似系数（GS）为0.528~0.859,平均值为0.683。在GS为0.68处,可将供试材料划分为四大类。本研究为盐生草种质资源开发及利用提供了参考依据。 相似文献
10.
对11份高丹草新品系(品种)进行了SSR多态性分析.用筛选出的9对SSR适宜引物对高丹草各材料基因组DNA进行PCR扩增,得到318个多态性位点,多态性位点比率达95.78％.引物Xtxp13及Xtxp67扩增的SSR指纹图谱差异明显,可作为11个高丹草新品系(品种)鉴别的分子依据.11份高丹草材料间的GD值变动在0.4286～0.7226之间,以GD值0.61为基准,可将11份材料分为3类:第一类包括SLCN01、SLCN02、SLCN03、SLCN09、SLCN10和蒙农青饲3号高丹草;第二类包括SLCN04、SLCN05、SLCN06、SLCN08;SLCN07单独为一类. 相似文献
11.
种质资源遗传多样性和群体结构分析是作物种质资源保护和作物遗传育种的前提条件。本研究从96对简单序列重复（Simple sequence repeat,SSR）标记中筛选出42对多态性标记,对不同地理来源的72份木豆（Cajanus cajan）种质资源遗传多样性和群体结构进行了分析。结果表明：42对SSR标记在72份不同木豆种质间共检测到等位基因118个,每个标记可检测到2~5个等位基因,平均2.8个;每个SSR标记的Shannon信息指数和多态性信息含量在0.101~1.469和0.040~0.704,平均为0.844和0.442;根据SSR标记数据进行遗传多样性分析,可将72份木豆种质资源分为3类,聚类结果和地理来源并不完全一致;群体结构分析发现79.17%的木豆种质资源遗传背景比较单一,20.83%的资源拥有复杂的遗传背景。本研究将为木豆种质资源收集和杂交亲本的选择提供重要参考。 相似文献
12.
利用SSR标记对不同耐盐紫花苜蓿遗传多样性分析 总被引：1，自引：0，他引：1
为了了解不同耐盐紫花苜蓿（Medicago sativa L.）的遗传多样性以及对耐盐紫花苜蓿品种改良,本试验筛选出9对简单重复序列（Simple Sequence Repeats,SSR）引物对10份耐盐、敏盐材料进行SSR多态性分析。并利用MEGA6.0软件对其进行了聚类分析。结果表明：10份紫花苜蓿品种中平均多态位点百分率为47.1%~71.8%;平均有效等位基因观察数与等位基因观察数的比为0.680~0.890;平均杂合度为0.759~0.828;平均香农指数为1.753~1.976;平均多态信息含量为0.735~0.811;遗传分化系数为0.100。利用IBM SPSS Statistics 19软件进行综合评价,根据综合评价值对10个紫花苜蓿品种内的遗传变异程度大小排序,排列顺序为： "巨能" > "骑士T" > "巨能7号" > "Asi" > "兴平" > "阿迪娜" > "秘鲁" > "抗旱15" > "草原3号" > "国产苜蓿";利用MEGA6.0软件对Nei遗传距离进行UPGMA聚类分析可知：5份敏盐材料始终聚为一类;"巨能"与"巨能7号"聚为一类;"阿迪娜"和"抗旱15"又聚为一类,说明他们之间有较近的亲缘关系。 相似文献
13.
为了探究不同居群红砂（Reaumuria soogorica）的遗传多样性水平及居群遗传结构。本研究运用SSR分子标记技术对来源于内蒙古、宁夏、甘肃16个不同居群的299份红砂材料进行遗传多样性分析。结果表明11对引物共扩增出67个等位基因，扩增等位基因多态率为83.58%，多态信息含量（Polymorphism information content，PIC）为0.396；居群的等位基因数（Allele number，Na）和有效等位基因数（Effective number of alleles，Ne）为3.735，2.221；香农信息指数（Shannon information index，I）为0.763；居群间遗传分化系数（Fixation index，Fst）为0.041~0.210，平均值为0.088。AMOVA结果表明，居群间的遗传差异仅占变异总来源的5.8%。本研究得出结论红砂的基因多态性为中度，等位基因不均匀的分布在染色体上。观测杂合度和固定指数说明居群内杂合度缺失，纯合体过量。Fst指数表明居群间分化程度较低，且红砂的遗传变异主要来自源于个体内DNA序列的不同。Mantel检测得出遗传距离和地理距离显著相关。聚类分析表明居群间的基因交流是影响居群聚类的重要因素。STRUCTURE结构分析将材料分为5个亚群，第Ⅴ亚群内红砂个体血统较为纯正，第Ⅱ亚群内个体血统混杂。 相似文献
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苜蓿遗传多样性和亲缘关系的SSR和ISSR分析 总被引：20，自引：11，他引：9
在苜蓿(Medicago sativa L.)基因组SSR和ISSR分析的基础上,筛选出8对SSR引物和12个ISSR随机引物,通过PCR扩增在55个国内外苜蓿品种(品系)中获得126条多态性位点.利用SSR和ISSR标记对其DNA指纹图谱和遗传多样性进行研究.采用类平均法(UPGMA)Nei氏距离进行聚类分析,将55个苜蓿种质划分为4个大类群和7个类型,为苜蓿引种、亲本选配和种质资源评价提供依据.分子标记分析结果表明:我国苜蓿地方品种遗传基础广阔,在基因型表现特异性的同时又有较强的地域性;我国苜蓿育成品种间的遗传距离大,表现出遗传基础的异质性. 相似文献
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为了解中国双峰驼群体的遗传多样性及不同种群间的遗传进化关系,本研究采用微卫星标记技术,对中国阿拉善驼、青海驼、南疆驼、北疆驼、肃北驼、苏尼特驼6个双峰驼群体进行了遗传多样性分析。通过计算杂合度（H）、多态信息含量（PIC）、有效等位基因（Ne）、Shannon信息指数等分析群体内遗传变异,通过计算F-统计量、基因流、遗传分化系数、遗传距离等分析群体间遗传进化关系。结果显示,10个微卫星位点共检测到了89个等位基因,平均每个位点检测到8.9个等位基因;所有位点均属中高度多态位点（YWLL08除外）,平均PIC值在0.488~0.752之间;6个群体观测杂合度值（0.355~0.448）都低于期望杂合度值（0.643~0.703）;几乎所有位点的Shannon指数都>1,且处于哈代-温伯格不平衡状态（P< 0.05）。群体间遗传分化系数Fst值为0.059,处于较低程度的中等分化状态; 6个双峰驼群体的平均Fis值均为正值,说明6个双峰驼群体都存在不同程度的近交。基于标准遗传距离DS和遗传距离DA进行聚类分析,南疆驼和北疆驼聚为一支,阿拉善驼、青海驼、肃北驼、苏尼特驼4个群体聚为一支。研究表明,中国双峰驼遗传多样性丰富,群体内遗传变异较大,存在一定近交现象;群体间存在着一定的基因流动,群体间的分化主要由群体内的遗传变异造成;6个群体分为2个类群。 相似文献
16.
为了开发菊苣（Cichorium intybus）简单重复序列（Simple sequence repeat,SSR）分子标记,采用菊苣表达序列标签（Expressed sequence tags,EST）序列设计EST-SSR引物,并验证引物的有效性和通用性。结果表明：菊苣EST序列中共搜索到648个SSR位点,146种重复基序,SSR出现频率为1.61%;三核苷酸重复类型最多（46.45%）,TC/GA基序出现频率最高（14.35%）;152对EST-SSR引物在菊苣中的有效扩增率和多态率分别为78.29%和57.24%。其中37对引物在31份莴苣亚族（Lactucinae Less.）材料中的扩增转移率为86.05%,遗传多样性分析显示不同种间存在明显的遗传分化,聚类结果与材料的地理来源有较高相关性。综上所述,基于菊苣EST序列开发的SSR引物可用于菊苣及其近缘属种遗传多样性分析及种间鉴定,为菊苣族（Lactuceae Cass.）种质资源评价、系统进化研究及分子标记辅助育种奠定了重要基础。 相似文献
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新疆狗牙根种质遗传多样性的SSR分析 总被引：3，自引：1，他引：2
利用SSR分子标记技术,对采自中国新疆的51份野生狗牙根（Cynodon dactylon）及19份新疆农业大学选育的材料进行遗传多样性研究。结果表明,11对引物共得到多态性条带数55条,平均每对引物扩增出5条带,每对引物检测到36个等位基因,平均每对引物检测到5个等位基因。每个SSR位点的多态性信息量(PIC)在0.650.83,平均0.78;SSR标记揭示的新疆70份材料间的遗传相似系数变化范围为0.500.84,表明新疆狗牙根具有较丰富的遗传多样性。UPGMA聚类分析表明,SSR标记能够将新疆70份材料区分开;供试材料可聚为4类,其中Cd071单独聚成1类,野生材料聚为2类。表明这些材料遗传差异较大,各生态地理类群间的遗传分化与其所处的生态地理环境具有一定的相关性。 相似文献
18.
42份紫花苜蓿种质资源遗传多样性的SSR分析 总被引：1，自引：0，他引：1
为了补充现有苜蓿(Medicago sativa)种质资源的遗传多样性信息,采用SSR分子标记技术对1份野生紫花苜蓿种质和41份栽培紫花苜蓿品种的遗传多样性进行了研究。15对引物在供试苜蓿材料中共获得231条扩增带,其中163条具有多态性。引物的多态位点百分率、Nei’s基因多样性指数和Shannon信息指数的平均值分别为71.55%、0.210 0和0.326 3。供试材料间的相似系数介于0.641~0.913,平均为0.791,栽培品种间的平均相似系数相对较大,野生种质资源与栽培品种间的平均相似系数相对较小。聚类分析表明,供试材料在相似系数0.778处可聚为五大类,单独聚为类的陇东野生紫花苜蓿、CW 200和CW 787都表现出了与其他材料间较远的亲缘关系。基于主成分分析图,可把供试材料分为四大类,其中第Ⅰ、Ⅱ类与第Ⅲ、Ⅳ类材料间的亲缘关系较远。综上,供试苜蓿种质资源具有较丰富的遗传多样性,部分种质资源表现出了相对独立的遗传特性。 相似文献
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苜蓿DUS测试标准品种SSR分子标记指纹图谱的构建 总被引：1，自引：0，他引：1
苜蓿在育种过程中,由于其异花授粉特性和骨干亲本的集中使用,导致品种间的遗传差异日益缩小,品种之间通过形态学鉴定愈加困难。通过构建苜蓿DUS测试标准品种DNA指纹图谱数据库,可以实现苜蓿品种的快速、准确鉴定。本研究利用筛选得到的10个SSR标记对33个苜蓿DUS测试标准品种进行指纹图谱构建和遗传多样性分析。结果表明,10对SSR引物共扩增出69个等位基因,平均每个标记可产生6.9个等位基因;多态性比率(PPB)从25%到90%不等,平均值为56.7%;各SSR标记的多态信息含量(PIC)范围为0.56~0.87,平均值为0.75。利用不同引物间的组合能有效区分33个苜蓿 DUS标准品种,并为每份标准品种建立了唯一标识的指纹代码,为苜蓿品种的审定和保护以及遗传背景分析提供了技术依据。 相似文献