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1.
本研究旨在明确塞内卡病毒A（Senecavirus A，SVA）FJLY株的基因组特性及其与其他毒株的同源性关系，并了解SVA-FJLY株的致病性。以分离自福建省某养殖场中的一株SVA-FJLY株为研究对象，参照其原型毒株SVV-001（GenBank No.DQ641257.1）全基因组序列设计5对引物，通过RT-PCR扩增、测序、拼接，获得SVA-FJLY株全基因组序列并进行序列分析；并通过滴鼻攻毒3~4周龄仔猪。结果表明，SVA-FJLY株基因组全长7 275 bp（不包括PolyA），SVA-FJLY株基因组存在一个多聚蛋白、VP1蛋白和VP2蛋白。SVA-FJLY株与参考毒株之间的基因组一级结构有较高的相似性，与HeB01-2017株（MF967574.1）相似性最高，达98.5%；而与SVA原型毒株SVV-001株（DQ641257.1）的相似性较低，为93.9%。SVA-FJLY株与国内几个毒株属于同一个分支，与国内的HeB01-2017株亲缘关系最近，同时与国外Colombia-2016株（KX857728.1）的亲缘关系最近。通过动物试验发现试验组猪攻毒10 d后，试验组2/3发病，对照组3/3正常，未出现仔猪死亡。通过全基因组序列测定获得了SVA-FJLY株全基因组序列并进行序列分析，明确SVA-FJLY株的基因组特性及其与其他毒株的相似性关系，了解了SVA-FJLY株的致病性，为SVA的反向遗传学和疫苗的研制提供参考依据，同时也丰富了SVA的基因组信息数据库。 相似文献
2.
旨在分析塞内卡病毒A型（Senecavirus A，SVA） CH-HNCY-2019株的基因组特性和演化，参考SVA毒株SVV-001（GenBank No.NC011349）全基因组序列设计8对引物，通过RT-PCR扩增和测序获得SVA CH-HNCY-2019株全基因序列并进行序列分析。结果显示，SVA分离株CH-HNCY-2019基因组全长为7 294个核苷酸，与中国分离株核苷酸相似性为95.9%~99%，与美国经典株SVV-001核苷酸相似性最低。CH-HNCY-2019与大多数中国2017—2018年分离毒株亲缘关系较近，处于同一分支，而与中国2015—2016年分离株亲缘关系较远。与包括2019年中国广东4个SVA分离株在内的其他国内外分离株相比，CH-HNCY-2019的VP1蛋白的722位氨基酸由L突变为Q；VP3蛋白的499位氨基酸由A突变为V，528位氨基酸由P突变为S，582位氨基酸由E突变为K。本研究成功获得1株SVA CH-HNCY-2019全基因组序列，研究结果提示，SVA中国流行株具有多样性，而且在不断地演变，应加强SVA的分子流行病学调查、生物安全措施和疫苗研发以防止SVA在我国猪群中的广泛传播。 相似文献
3.
为了解塞内卡病毒分离株SVA/CH/ZZ/2016全基因组序列,设计4对相互重叠的特异性引物扩增基因片段,将扩增产物分别克隆至pCE2TA/Blunt-Zero载体并进行测序,拼接校正后获得SVA/CH/ZZ/2016株全基因组。结果显示,该毒株基因组全长7 292 bp,包括5''UTR（670 bp）、ORF（6 546 bp）以及3''UTR（76 bp）。选择国内外其他9株参考毒株序列,对编码区12个基因的核苷酸及编码氨基酸进行比对。结果显示,核苷酸同源性最高的是3B基因,最低的是VP1基因,其余基因的核苷酸序列同源性均在85.2%~100%之间。VP1基因遗传进化分析显示,SVA/CH/ZZ/2016株与美国分离株USAIL_Purdue_43_2016和USAIN_Purdue_3698_2016株亲缘关系最近,属同一进化分支,与原始毒株SVV-001株亲缘关系最远。对SVA/CH/ZZ/2016株和原始毒株SVV-001 VP1蛋白的氨基酸序列进行比对,发现共有10处氨基酸差异。本研究通过对SVA/CH/ZZ/2016株全基因组测序及分析,为进一步开展SVA分子生物学研究及流行病学调查提供了基础数据。 相似文献
4.
为了鉴定湖北省某猪场水疱性疾病的病原,本研究采用RT-PCR、细胞分离培养、间接免疫荧光检测、电镜观察、病毒基因序列测定及分子进化分析的方法对湖北省某猪场采集的具有水疱样病变的猪水疱皮样品进行了病毒的分离和鉴定及全基因组序列的测定。结果表明：成功分离到1株A型塞内卡病毒（SVA）,命名为HBWH/1/2018株。该毒株接种BHK-21细胞培养能够引起明显的致细胞病变效应;免疫荧光试验结果为阳性;病毒滴度为109.35 TCID50/0.1mL;该毒株基因组全长7281 bp（不包括Poly A）,开放阅读框为6546 bp,编码2181个氨基酸;VP1核苷酸序列的遗传进化分析表明HBWH/1/2018株与HN01/2017株亲缘关系最近（相似性高达99.4%）,而与SVA原型毒株SVV-001株的亲缘关系最远（相似性为91.3%）。本研究不仅丰富了SVA的分子流行病学数据,也为进一步研究SVA的致病机理及相关疫苗的研发奠定了基础。 相似文献
5.
从浙江省某疑似鸭病毒性肝炎的发病番鸭群分离到1株鸭肝炎病毒（Duck hepatitis virus,DHV）CH12株,分离毒株经动物回归试验、ELD50测定、中和试验等确定为DHV-1（基因A型DHV）。通过RT-PCR方法对DHV CH12株的全基因组序列进行分段扩增并测序。结果表明,CH12株的全基因组长度为7690 bp（不包括PolyA）,包括626 bp的5′UTR,6747 bp的ORF和317 bp的3′UTR。CH12株各基因均与基因A型DHV毒株的序列相似性较高,与基因B型和基因C型DHV毒株的序列相似性较低。全基因组核苷酸、多聚蛋白、VP0、VP3、VP1、2C和3D基因的进化分析均显示,CH12株均与基因A型DHV在同一进化分支上,亲缘关系较近,属于基因A型DHV。 相似文献
6.
通过对3株鸡传染性贫血病毒(CIAV)的全基因组序列比较分析,部分表明广西南宁鸡群CIAV毒株的遗传变异特征。将阳性CIAV的组织样品进行DNA抽提后,运用PCR方法分段扩增CIAV的全基因组,将获得的PCR产物进行基因克隆并进行阳性克隆菌鉴定后送测序。将所获得的基因序列进行拼接成CIAV基因组全长后,应用LaserGene7.1和MEGA4.1软件对CIAV全基因、Viral protein 3(VP3)、Viral protein 1(VP1)和Viral protein 2(VP2)基因序列进行核苷酸、氨基酸同源性分析和遗传进化分析;并对VP1、VP2和VP3蛋白上与毒力、蛋白磷酸酶活性和细胞凋亡相关的氨基酸位点进行分析。结果获得3株CIAV的全基因序列,分别命名为GX1801、GX1804和GX1810;CIAV全基因遗传进化分析表明GX1801、GX1804和GX1810均同属于Group A群,与国内强毒株GD-103和GD-104毒株的亲缘关系较近;基于VP1基因构建的遗传进化树与全基因构建的进化树最相似;GX1801、GX1804和GX1810 VP1蛋白上与毒力相关位点的第75、89、125、141、144、394位氨基酸位点与日本强毒株C368株、国内强毒株GD-103和GD-104株在同一位点保持一致;GX1801、GX1804和GX1810 VP2蛋白上与磷酸酶活性相关的基序(I^94CNCGQFRKH^103)均未发生变异;GX1801、GX1804和GX1810 VP3蛋白与诱导细胞凋亡相关的重要区域(VP3蛋白N端结构域的第1~69位氨基酸)均高度保守。本研究对3株CIAV全基因组进行测定并进行基因分析,获得了其基因组特征,为进一步研究广西CIAV的分子流行和致病性提供参考。 相似文献
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《畜牧兽医学报》2017,(11)
通过胶体金试验、电镜观察及PCR扩增等方法,自半番鸭胚及孵化的雏半番鸭中分离获得了鹅细小病毒(GPV)毒株(命名为MDE株),并进行了病毒全基因组分子特征分析。结果表明,该病毒粒子为直径20~24nm的球形、无囊膜粒子。胶体金试验结果呈GPV阳性。该毒株基因组全长为5 106bp,与GenBank登录的15株GPV基因组序列相似性为93.2%~98.1%,其中与SH株及疫苗株SYG61v株等的相似性较高,而与半番鸭源的GPV重组病毒M15株相似性最低。基于病毒VP1和NS1基因的遗传进化分析表明,分离毒株MDE与GPV疫苗毒株的亲缘关系最近,处于同一个独立的分支上,与番鸭细小病毒的亲缘关系较远。与疫苗毒株SYG61v株比较,MDE株VP1区的糖基化位点增加了703NRTS糖基化位点。以上结果表明,本研究揭示了GPV可通过半番鸭胚垂直传播给雏鸭,丰富了GPV的生态学内容。 相似文献
8.
为了解猪德尔塔冠状病毒（Porcine deltacoronavirus,PDCoV） CH7328株的致病性,并分析其基因变异和遗传演变规律,试验通过病毒培养、间接免疫荧光试验（IFA）、病毒生长曲线及仔猪致病性试验鉴定病毒的生长特性和致病性,并分析该毒株的全基因组序列。结果显示,感染PDCoV CH7328株的ST细胞出现肿大变圆、细胞呈碎玻璃状且拉丝、细胞集聚成簇和脱落等病变。IFA结果显示,PDCoV CH7328株主要分布在细胞质中。生长曲线结果显示,PDCoV CH7328株在6 h就已开始增殖,在36 h时达到峰值,对应的TCID50为10-8.0/mL,随后逐渐下降。仔猪致病性结果显示,攻毒组仔猪出现腹泻、脱水和厌食等临床症状,仔猪小肠明显变薄、透明而充盈,小肠绒毛严重脱落、萎缩或减少、肠绒毛细胞坏死等。粪便病原检测结果显示,在攻毒第2天便能检测到病毒,之后排毒持续增加,而正常对照仔猪无任何临床现象。全基因组测序及序列分析显示,PDCoV CH7328株的基因组全长为25 420 bp,与国内GD株的相似性最高,达到99.9%;遗传演化结果显示,PDCoV CH7328株与国内HKU15-155、CHN-HN-2014和GD株处在同一进化分支,亲缘关系最近。本研究结果为中国PDCoV疫苗候选株的筛选及猪场疫病防控提供了参考数据和理论依据。 相似文献
9.
从北京某鸡场发生疑似鸡传染性贫血病毒(CAV)感染的鸡只病料中分离到了一株CAV,通过PCR和全基因组测序等方法对其进行了鉴定,命名为AV1550。将其全基因组序列与NCBI上的参考毒株序列进行同源性比对和进化分析,结果显示AV1550株与CAV参考毒株的同源性在91.7%~99.7%,与中国分离株LN15170的亲缘关系最近。VP1序列分析表明AV1550在75、89、125、141和394位氨基酸均为强毒株特征。1日龄SPF鸡经胸部肌肉途径接种含10000 EID50的AV1550病毒液后,接种鸡只出现明显的贫血症状,增长迟缓,死亡率高达50%,表明AV1550是一株具有较强致病性的CAV野毒株。 相似文献
10.
对我国鸭病毒性肝炎病毒(Duck hepatitis virus,DHV)分离株JFX08的全基因组进行了序列测定与分析。结果表明,JFX08毒株的基因组全长为7793nt,包括652nt的5’UTR,6753nt的ORF,366nt的3’UTR以及19nt的poly(A)尾巴。JFX08毒株的ORF编码2251个氨基酸,各基因均与韩国新型毒株的氨基酸序列相似性最高,与1型DHV和台湾新型DHV的序列相似性均较低。其中VP1较1型DHV存在2个氨基酸的插入和较多氨基酸位点的突变,高变区主要集中在180～194位和213～219位。JFX08毒株的非编码区核苷酸序列之间存在大量碱基突变和插入/缺失。多聚蛋白、VP0、VP3、VP1、2C和3D基因进化分析结果均表明,JFX08分离株与韩国新型DHV的遗传距离最近,属基因C型。 相似文献
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A亚群禽白血病病毒GD08株的分离与全基因组序列测定 总被引：1，自引：0，他引：1
通过DF-1细胞培养、ELISA抗原检测和特异聚合酶链式反应(PCR)从疑似禽白血病感染的黄羽肉种鸡中,分离并鉴定出1株A亚群禽白血病病毒(ALV-A),命名为GD08。依据A亚群原型株RAV-1前病毒全基因组序列设计并合成3对引物,首次完成了ALV-A中国分离株的全基因组序列测定。测序结果显示GD08株基因组序列全长7 704 bp,其中gp85全长为1 018 bp,预计编码339个氨基酸。序列分析发现GD08株的gp85与国内外各参考毒株的相应核苷酸序列相似性在44.2%～89.4%之间,其中与A亚群MAV-1株相似性最高(89.4%),与J亚群原型株HPRS-103相似性最低(44.2%)。基于ALVgp85核苷酸序列的系统发育进化树表明:GD08株与MAV-1株的亲缘关系最近。结果表明,在J亚群禽白血病普遍流行的情况下,ALV-A引起禽白血病病例在我国华南地区依然存在,提示了我国华南地区地方品种鸡禽白血病的流行呈现复杂化趋势。 相似文献
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Ⅰ型鸭肝炎病毒R株VP1基因克隆与序列分析 总被引：8，自引：0，他引：8
本研究克隆了DHVI-R株VP1基因,分析其与目前GenBank上发表的DHVI VP1基因的遗传变异,发现DHV I-R株与GenBank上发表的其他中国毒株VP1基因的核苷酸序列相似性92.2%～100%,而氨基酸序列相似性为95.0%～100%,变异程度不大.但各毒株的亲缘关系相差较大. 相似文献
13.
血管瘤相关J亚群禽白血病病毒ZH-08株的分离与全基因组序列测定 总被引：3，自引：0，他引：3
本研究从临床表现为典型血管瘤型禽白血病病例的广东某肉种鸡场的病鸡中,分离到1株J亚群禽白血病病毒(ALV-J),命名为ZH-08。利用ELISA抗原检测、PCR和间接免疫荧光试验对分离株进行鉴定,结果都呈阳性。依据ALV-J原型株HPRS-103前病毒全基因组序列设计并合成3对引物,采用分段扩增的方法完成了分离株的全基因组序列测定。结果显示该分离株基因组序列全长7 597 bp,与已公开的全基因组序列大小比较略有差异,但符合典型的复制完全型反转录病毒的基因组结构,基因序列中不含已知致癌基因。将该分离株的亚群特异性gp85基因序列与国内外各参考株相应序列进行相似性比较,发现ZH-08与YZ9901株相似性最高(93.7%)。基于gp85核苷酸序列的系统进化分析表明:ZH-08株与SD07LK1株的亲缘关系最近。本研究为该毒株的生物学特性以及致病机制研究奠定了基础。 相似文献
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《畜牧与兽医》2014,(9):90-93
应用PCR方法对采自贵州长顺、清镇和仁怀地区疑似断奶仔猪多系统衰竭综合征的病料进行了猪圆环病毒2型(PCV2)全基因组扩增、克隆和测序分析。结果表明:所扩增克隆的3株PCV2中,GZ-QZ1(JQ809463)和GZ-RH1(JQ809464)2个PCV2毒株基因组全长为1 767 bp,GZ-CS1(JQ809462)株为1 768 bp;3株PCV2之间的核苷酸序列相似性介于94.5%99.9%,与国内外参考毒株核苷酸序列相似性为93.6%99.9%,与国内外参考毒株核苷酸序列相似性为93.6%99.9%;全基因组序列比对分析表明,GZ-QZ1和GZ-RH1两个毒株属于PCV2b,GZ-CS1株属于PCV2a。对3株病毒编码Cap蛋白的ORF2基因分析发现,GZ-QZ1和GZ-RH1毒株与GZ-CS1毒株相比在696位缺失了一个碱基A,导致移码突变,使得末端氨基酸序列变由L K P变为L N P R。 相似文献
15.
本研究于2010年8月从河北省某鸡场鸡群中分离一株病毒,通过对分离株进行电子显微镜观察、鸡胚致病性试验、血凝特性试验等生物学特性及鸡传染性支气管炎病毒(IBV)核蛋白基因RT-PCR方法鉴定,结果表明分离株为IBV,命名为ck/CH/LHB/100801.根据GenBank中登录的IBV基因组序列,设计扩增病毒全基因组的19对引物,并扩增病毒基因组,采用3-RACE和5-RACE技术,扩增得到该病毒全部基因组序列.通过与已发表的参考病毒株全基因组序列比较表明,该分离株基因组全长为27 675bp,共有10个开放阅读框,其基因排序为:5'-cap-Replicase-S-3a-3b-3c-M-5a-5b-N-poly(A)-3',纤突蛋白裂解位点为534RRFRR538.序列分析表明ck/CH/LHB/100801与台湾分离株TW2296/95的结构蛋白序列相似性高达99.8%,进化亲缘关系最近,推测两分离株间可能具有相同的进化来源. 相似文献
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鹅细小病毒不同毒株VP13基因的克隆与序列分析 总被引：1，自引：0，他引：1
分别将鹅细小病毒(GPV)的5个分离株通过PCR技术,从病毒基因组DNA中扩增出病毒蛋白VP1和VP3非重叠区的基因片段(VP13基因),并与pMD18-T质粒载体连接,转化到感受态大肠埃希菌Top10中,经PCR鉴定后,对插入片段进行序列测定及分析。结果表明,5株GPV VP13基因全长均为594 bp,编码198个氨基酸。不同毒株主要结构蛋白VP13基因与国外已发表的鹅细小病毒B株核苷酸序列相似性较高(93.4%～98.7%),但毒株间也存在一定差异。 相似文献
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为了研究猪圆环病毒2型(PCV-2)不同毒株间的基因序列,试验采用PCR方法对有断奶仔猪多系统衰竭综合征(PMWS)典型症状发病猪的脾脏、淋巴结和肺脏等6份病料(TZ1～TZ6)进行分段扩增PCV-2全基因序列,测序后与GenBank中已知序列进行比对,并用DNAStar软件进行同源性分析及系统进化树的构建。结果表明:测序结果经与GenBank中已知PCV-2序列比较鉴定,确认PCR扩增的6个序列均为PCV-2序列,其长度均为1 767 bp。所得序列与国内毒株JX982227、 KX814348序列的同源性相对较高,为97.7%～99.0%;与国外毒株DQ915584、HQ231328、EF394779、AY424405序列的同源性相对要低一些,为95.8%～96.5%。6株毒株间的同源性较高,为99.1%～100%;TZ3和TZ5与JX982227亲缘关系最密切,6株毒株序列与KX814348的亲缘关系也较近,而与AY424405、HQ231328、EF394779、DQ915584的亲缘关系相对较远。 相似文献
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用RT-PCR方法对山东省疑似传染性法氏囊病(IBD)组织样品进行检测,对阳性样品进行了病毒分离,设计引物扩增出分离病毒的全基因组。谱系分析表明,除WF株外,其他分离株与国内大部分强毒株位于同一个谱系。序列分析表明,LY、QD、BZ、LC、TA、DZ、HZ、JN分离株VP2七肽基序均为S-W-S-A-S-G-S,在第222、253、256、279、284、294和299位上的氨基酸残基分别是A、Q、I、D、A、I和S,具有IBDV强毒的分子特征。攻毒试验表明,LY株产生明显IBD病变,死亡率为40%(2/5),为强毒株,结果与序列分析一致。WF株与B87和Gt疫苗株位于同一谱系,VP2分子特征也与Gt弱毒株相同,攻毒试验显示WF株为弱毒株。同源性分析表明,LY、QD、BZ、LC、TA、DZ、HZ、JN与国内分离的强毒株之间VP2氨基酸序列的同源性为93.3%~99.8%,与现行商品疫苗毒株B87和Gt的VP2氨基酸序列同源性分别为94.1~96.2%和94.5~96.9%;WF分离株与国内分离株之间VP2氨基酸同源性为95.6%~99.2%,与疫苗株B87和Gt株VP2氨基酸同源性分别为99.2%和99.6%。本文对山东省流行的鸡传染性法氏囊病毒进行了分子流行病学分析,对病毒的基因组学和致病性进行了初步研究,此研究对了解本病的流行现状,分析病毒变异规律具有重要意义。 相似文献
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一株高致病性猪繁殖与呼吸综合征病毒变异毒株的基因组特征 总被引：1，自引：0，他引：1
为了监测我国近年来流行的高致病性猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)的变异情况,采用RT-PCR分段扩增,对2009年从山东发病猪场分离到的1株PRRSV SD0901的全基因组进行了序列测定和分析.结果表明,不包括Poly(A)尾,该毒株的基因组全长为15 320 nt;与高致病性PRRSV毒株间的全基因组核苷酸相似性为98.6％～98.7％;该毒株基因组的Nsp2编码区除存在与高致病性毒株相同的30个氨基酸的不连续缺失外,还存在468位的氨基酸缺失和在585-586位间插入1个氨基酸,同时,该毒株的结构蛋白GP2、GP3、GP4和M编码区分别存在1个氨基酸的突变.演化分析表明,该毒株尽管与高致病性毒株属于同一亚群,但形成一个独立的小分支.由此表明,该毒株为高致病性PRRSV的变异毒株,说明我国的高致病性PRRSV在流行过程中已出现变异.笔者的研究结果为监测和分析我国的高致病性PRRSV的变异与演化提供了有价值的基因组信息数据. 相似文献