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1.
为了解禽腺病毒血清4型(FAdV-4)地方流行毒株的分子进化情况,基于实验室分离的2株FAdV-4贵州株GZ-BJ株和GZ-QL株,分别对2株FAdV-4毒株进行PCR分段扩增,扩增产物克隆至载体,提取质粒进行PCR和双酶切鉴定后筛选出重组质粒进行测序,将测序结果依次拼接得到病毒的全基因组,获得FAdV-4贵州株的全基因序列,并对其进行序列和遗传进化分析。结果显示,通过PCR分段扩增成功获得了2株FAdV-4贵州株(GZ-BJ株和GZ-QL株)的全基因序列,长度分别为43352、43723 bp,FAdV-4 GZ-BJ株全基因序列长度比FAdV-4 GZ-QL株短371 bp,少6个ORF(22K、putative 9.1 ku、u-exon、ORF17、ORF28、ORF42),二者的氨基酸同源性为57.1%。2株FAdV-4贵州株同国内外不同地区FAdV-4毒株核苷酸同源性在88.7%~100%,与FAdV-4经典毒株ON1比对,2株FAdV-4贵州株和国内FAdV-4分离株均缺失ORF19、ORF27、ORF30。系统进化树分析显示,2株FAdV-4贵州株GZ-BJ株和GZ-QL株仍属于Ⅰ群C种FAdV。研究结果表明,2株贵州株FAdV-4 GZ-BJ株和FAdV-4 GZ-QL株较国内外FAdV-4毒株均存在进化与突变,且FAdV-4 GZ-BJ株变化较大,但尚未改变其血清型,这为探索FAdV-4致病机理的分子机制研究提供依据。 相似文献
2.
为了解河北秦皇岛地区禽腺病毒血清4型(FAdV-4)分离株的遗传变异情况和致病性,本试验对疑似患FAdV-4病死鸡的肝脏、心脏等组织进行PCR检测,将PCR检测为阳性的组织接种鸡肝癌细胞(LMH)进行病毒分离培养,对纯化后的FAdV-4进行全基因测序,对所得的序列进行同源性和遗传进化分析及致病性试验。结果表明：将PCR检测为FAdV-4阳性的肝脏、心脏匀浆于接种LMH细胞后72 h内出现明显细胞病变,初步确定分离毒株为FADV-4毒株,命名为FAdV-4 QHD2021株。全基因测序结果显示,QHD2021株全基因组全长44 225 bp,共编码14 741个氨基酸。与国外毒株相比短1 500 bp左右,但比国内毒株长约500 bp。同源性和遗传进化分析显示,QHD2021株与国内外FAdV-4流行毒株在同一支,与国内SD1601株的同源性最高,为94.3%。序列比对发现QHD2021株与国内流行株、国外经典株相比均出现1段1 966 bp的碱基缺失,包括ORF19、ORF27和ORF48的缺失。将经LMH细胞纯化的QHD2021株接种21日龄的SPF雏鸡后,可引起心包积液、肝炎等典型... 相似文献
3.
猪圆环病毒2型河北株的全基因组克隆与系统进化分析 总被引：2，自引：1，他引：1
应用PCR方法从疑似断奶仔猪多系统衰竭综合征（PMWS）的死亡仔猪组织病料中扩增出PCV-2全基因组（1767bp）,将此基因片段克隆入pMD20-T载体,筛选获得重组质粒pMD-PCV2并对其进行序列测定,然后对全基因组进行同源性和遗传进化分析。结果表明,PCV-2分离毒株与参考株的全基N组同源性介于94％～98．4％之间,ORF1的同源性介于97．0％～98．8％,ORF2的同源性略低,介于91．9％～98．4％之间。该毒株与荷兰株、广西株和上海株等在一个进化分支上。本研究有助于监测PCV-2的疫源和进化关系,为进一步深入研究病毒基因功能奠定一定基础。 相似文献
4.
为了解广西地区血清4型禽腺病毒（FAdV-4）的基因特征,本研究对实验室前期分离的一株FAdV-4（命名为GX2019-010）进行了全基因组测序,对所获核苷酸序列进行同源性比对和遗传进化分析,并进一步分析了主要结构蛋白Hexon、Penton和Fiber的氨基酸序列。结果显示,GX2019-010全长43 719 bp,GC含量为54.9%,主要包括43个潜在蛋白质编码区域。核苷酸序列同源性比对发现,GX2019-010与致病株MX-SHP95的同源性为95.8%,与非致病株ON1和KR5同源性分别为95.0%和95.2%。遗传进化分析显示,GX2019-010与中国FAdV-4近几年的流行毒株在同一分支,而与国外FAdV-4毒株不在同一分支,说明FAdV-4存在遗传差异,主要的差异存在于基因组的右端,国内分离株均出现1 966 bp的缺失,其中包括ORF19、ORF48和ORF27基因的缺失,说明中国流行的FAdV-4具有地域性。对主要结构蛋白Hexon、Penton和Fiber的氨基酸序列分析发现,3个主要结构蛋白均有氨基酸位点的突变,其中Fiber-2的突变位点最多。本研究丰富了广西地区FAdV-4的基因库,为今后心包积液-肝炎综合征（HHS）的防控及流行病学调查研究提供了参考依据。 相似文献
5.
C型产气荚膜梭菌肠毒素基因的克隆与序列分析 总被引：1，自引：0，他引：1
研究参照国外发表的产气荚膜梭菌肠毒素全基因序列设计合成1对特异性引物,采用PCR技术对C型产气荚膜梭菌贵州分离株（CP2株）肠毒素基因进行扩增,将扩增产物连接到pMD18-T载体,并转化至大肠杆菌DH5α感受态细胞,提取质粒进行PCR和双酶切鉴定后测序。结果：获得的基因序列全长960bp,编码319个氨基酸。同源性分析结果表明贵州分离株CP2株与产气荚膜梭菌参考株肠毒素基因序列的核苷酸同源性为99．4％99．8％,推导氨基酸同源性为99．1％～99．7％。 相似文献
6.
为了解塞内卡病毒分离株SVA/CH/ZZ/2016全基因组序列,设计4对相互重叠的特异性引物扩增基因片段,将扩增产物分别克隆至pCE2TA/Blunt-Zero载体并进行测序,拼接校正后获得SVA/CH/ZZ/2016株全基因组。结果显示,该毒株基因组全长7 292 bp,包括5''UTR（670 bp）、ORF（6 546 bp）以及3''UTR（76 bp）。选择国内外其他9株参考毒株序列,对编码区12个基因的核苷酸及编码氨基酸进行比对。结果显示,核苷酸同源性最高的是3B基因,最低的是VP1基因,其余基因的核苷酸序列同源性均在85.2%~100%之间。VP1基因遗传进化分析显示,SVA/CH/ZZ/2016株与美国分离株USAIL_Purdue_43_2016和USAIN_Purdue_3698_2016株亲缘关系最近,属同一进化分支,与原始毒株SVV-001株亲缘关系最远。对SVA/CH/ZZ/2016株和原始毒株SVV-001 VP1蛋白的氨基酸序列进行比对,发现共有10处氨基酸差异。本研究通过对SVA/CH/ZZ/2016株全基因组测序及分析,为进一步开展SVA分子生物学研究及流行病学调查提供了基础数据。 相似文献
7.
为了掌握4型禽腺病毒(FAdV-4)山东聊城分离株SDLC202011的致病特点及遗传变异情况，对其进行了致病性试验和全基因测序分析。结果表明：该分离株对21日龄SPF鸡的致死率为100%,感染鸡的心脏、肝脏、肾脏等器官均具有典型的病理变化，免疫组化显示肝脏、胰腺和肾脏中均检测到该病毒的抗原；全基因组序列长度为43 826 bp,编码34个开放阅读框。与国外参考毒株相比，该毒株和国内其他毒株在35 473～37 439 bp均有1 966 bp的缺失，该区域包含ORF19、ORF48和ORF27;与非致病性毒株相比，高致病力毒株在hexon、fiber1和fiber2分别有1、3和12个氨基酸位点突变，突变主要集中在fiber2。本研究结果表明分离株SDLC202011为高致病力毒株，可在肝脏、胰腺和肾脏等脏器中增殖，为进一步研究FAdV-4的致病机制及疫苗研发奠定了基础。 相似文献
8.
为了解安卡拉病毒贵州流行株penton基因分子特征,本试验参考GenBank上FAdV基因序列设计合成特异性引物,对penton基因CDS区进行扩增,运用生物信息学软件对penton基因的核苷酸序列、蛋白质理化性质、信号肽、二级结构、三级结构和B细胞表位进行分析。结果显示,3株FAdV（GZ-BJ、GZ-QL、GZ-LPS）penton基因片段大小均为1 578 bp。系统进化树分析显示,GZ-BJ、GZ-QL、GZ-LPS均属于FAdV-4型,3株FAdV-4核苷酸同源性在99.9%~100%之间,推导氨基酸序列同源性在99.8%~100%之间;与国内其他分离株、国外分离株差异不大。蛋白理化性质分析显示,该蛋白属于不稳定的、不具有跨膜结构的亲水蛋白,其二级结构主要以无规则卷曲为主（54.29%）;结构域预测结果显示,penton蛋白只含有一个低复杂度区域;B细胞表位预测发现,penton基因编码的氨基酸可能存在3个优势抗原表位区,分别为5-171、207-236和420-462位氨基酸处。本试验结果表明,安卡拉病毒penton基因相对保守,存在多个优势抗原表位,可作为安卡拉病毒防控研究靶蛋白,为该病毒防控与致病机理研究奠定基础。 相似文献
9.
《中国畜牧兽医》2020,(6)
为了解安卡拉病毒贵州流行株penton基因分子特征,本试验参考GenBank上FAdV基因序列设计合成特异性引物,对penton基因CDS区进行扩增,运用生物信息学软件对penton基因的核苷酸序列、蛋白质理化性质、信号肽、二级结构、三级结构和B细胞表位进行分析。结果显示,3株FAdV(GZ-BJ、GZ-QL、GZ-LPS)penton基因片段大小均为1 578 bp。系统进化树分析显示,GZ-BJ、GZ-QL、GZ-LPS均属于FAdV-4型,3株FAdV-4核苷酸同源性在99.9%～100%之间,推导氨基酸序列同源性在99.8%～100%之间;与国内其他分离株、国外分离株差异不大。蛋白理化性质分析显示,该蛋白属于不稳定的、不具有跨膜结构的亲水蛋白,其二级结构主要以无规则卷曲为主(54.29%);结构域预测结果显示,penton蛋白只含有一个低复杂度区域;B细胞表位预测发现,penton基因编码的氨基酸可能存在3个优势抗原表位区,分别为5-171、207-236和420-462位氨基酸处。本试验结果表明,安卡拉病毒penton基因相对保守,存在多个优势抗原表位,可作为安卡拉病毒防控研究靶蛋白,为该病毒防控与致病机理研究奠定基础。 相似文献
10.
参考GenBank中发表的猪圆环病毒2型(PCV-2)全基因序列,设计一对PCR引物,从病料中扩增获得4株PCV-2的全基因组序列,分别命名为SDNY-PCV-2、ShD-PCV-2、HBbd-PCV-2、GSLN-PCV-2,经测序确定长度均为1 767 bp。应用DNA Star序列分析表明,4个PCV-2分离株与国外部分分离株的核苷酸序列同源性达95.5%~99.8%,与PCV-1毒株的序列同源性为76.2%~77.6%。与国内外部分分离毒株序列进化树分析表明,4个PCV-2分离毒株处于不同分支中,存在一定差异。 相似文献
11.
LUAN Yongjiao XIE Zhixun WANG Sheng LUO Sisi ZHANG Lei XIE Liji XIE Zhiqin DENG Xianwen ZHANG Minxiu ZHANG Yanfang ZENG Tingting FAN Qing 《中国畜牧兽医》2007,47(12):3793-3804
To understand the genetic characteristics of fowl adenovirus serotype 4 (FAdV-4) in Guangxi region,the whole-genome sequencing were performed on a FAdV-4 strain GX2019-010 isolated from Guangxi in this study.Genome-wide nucleotide sequences were analyzed for homology alignment and genetic evolution,and the amino acid sequences of the major structural proteins Hexon,Penton and Fiber were further analyzed.The results showed that GX2019-010 had a full length of 43 719 bp and GC content of 54.9%,mainly including 43 potential protein coding regions.Genome-wide nucleotide homology comparisons revealed that GX2019-010 was 95.8% homologous to the pathogenic strain MX-SHP95,and 95.0% and 95.2% homologous to non-pathogenic strains ON1 and KR5,respectively.Genetic evolutionary analysis showed that GX2019-010 was in the same branch as the popular strains of FAdV-4 in China in recent years,but not in the same branch as the foreign strains of FAdV-4.This results indicated that there were genetic differences in FAdV-4.The main differences was at the right end of the genome and all domestic strains isolated in China were 1 966 bp missing including ORF19,ORF48 and ORF27 genes.It showed that FAdV-4 popular in China was territorial.Analysis of the amino acid sequences of the major structural proteins of Hexon,Penton and Fiber revealed that all of the three major structural proteins had mutations in amino acid sites,of which Fiber-2 had the most mutations.This study enriched the gene pool of FAdV-4 in Guangxi region and laid the foundation for future research on the prevention and control of HHS and epidemiological investigation. 相似文献
12.
为了构建能够同时防控鸡肝炎-心包积液综合征(HHS)和包涵体肝炎(IBH)的新型疫苗,本研究利用禽腺病毒4型(FAdV-4)中国流行株CH/HNJZ/2015的反向遗传操作技术,将禽腺病毒8b型(FAdV-8b)中国流行株的全长Fiber基因插入至FAdV-4基因组中1 966 bp自然缺失区,构建感染性克隆并拯救出重组病毒rHNJZ-Fiber/FAdV8b,利用PCR、Western blot和间接免疫荧光试验对重组病毒rHNJZ-Fiber/FAdV8b进行鉴定。结果表明,FAdV-8b的Fiber基因得以准确插入,Fiber蛋白正确并稳定表达,重组病毒rHNJZ-Fiber/FAdV8b具有良好的遗传稳定性,在细胞中具有与亲本毒株相似的高滴度生长特性和复制动态。本研究构建的表达FAdV-8b中国流行株Fiber基因的重组FAdV-4将为同时研发HHS和IBH的有效疫苗提供新的思路。 相似文献
13.
为了解血清4型禽腺病毒（fowl adenovirus genotype 4,FAdV-4） W株全基因序列、结构特征及遗传变异情况,本试验采集发病鸡肝脏和肾脏进行PCR鉴定、SPF鸡胚和鸡胚肝细胞分离、电镜观察证明该病毒为FAdV-4,TCID50为10-7.2/0.1 mL;电镜观察可见70 nm左右的二十面体无囊膜病毒颗粒;经绒毛尿囊膜途径接种10日龄SPF鸡胚后能明显抑制鸡胚发育出现侏儒胚,接种10 d内死亡率达100%;进一步对W株进行全基因组扩增及序列分析。病毒序列分析结果显示,其全基因组长为43 591 bp,共有60个开放阅读框,W株与GenBank中公布的FAdV-4参考毒株全基因组核苷酸序列同源性为98.4%~100%,其中与标准株非致病性毒株ON1（登录号：GU188428.1）的同源性为98.4%,主要缺失ORF19（脂肪酶基因）和ORF27;通过对病毒主要结构蛋白Hexon、Fiber-1和Fiber-2基因分析发现,W株与近几年国内分离株亲缘关系较近,与ON1株及其他国外分离株差异较大。综上说明,该分离株具有高致病性,与国外分离株存在较大差异,为进一步分析FAdV-4的毒力增强机制提供了基础依据。 相似文献
14.
In order to understand the genetic evolution of Penton protein of fowl adenovirus(FAdV),the specific primers of Penton were designed on the basis of published sequences of different genotypes on GenBank.Then Penton gene of 12 serotypes were amplified by PCR and constructed into pEASY-Blunt Simple Cloning Vector for sequencing.The nucleotide sequences of Penton protein of 12 serotypes were analyzed and compared with the nucleotide sequences of standard strains published on NCBI by ClustalW method to draw a genetic phylogenetic tree.The results showed that the nucleotide sequences of Penton protein of 12 serotypes had more than 99.2% homology with their respective standard strain,among which the homology of FAdV-1,FAdV-2,FAdV-3,FAdV-4,FAdV-6,FAdV-7,FAdV-8a,FAdV-8b,FAdV-10 and FAdV-11 were as high as 100%.This further confirmed the consistency between the laboratory preserved strains and the world standard strains.However,although Penton protein was highly conserved,there were still significant differences among different species.The nucleotide homology between FAdV-A1 and other species was 70.6%-73.3%,while that of FAdV-B5 was 70.6%-77.9%.The nucleotide homology between FAdV-C strains of different serotypes was 99.6%,while homology between FAdV-C4 and other species was 71.2%-73.4%.The nucleotide homology between FAdV-D strains of different serotypes was 95.6%-98.7%,while the highest homology between FAdV-D and other species was 85.3%.The nucleotide homology between FAdV-E strains of different serotypes was 98.2%-99.4%,while the highest homology between FAdV-E and other species was 85.3%.In conclusion,the homology difference between strains of the same species was small,and that of different species was significant.FAdV could be divided into A,B,C,D and E species according to nucleotide sequence of Penton protein.This study successfully cloned 12 serotypes Penton gene of FAdV and performed genetic evolution analysis,which laid the foundation for the diagnosis,monitoring and identification of FAdV in the future. 相似文献
15.
为了解鸡腺病毒（fowl adenovirus,FAdV）Penton基因的遗传进化规律,试验根据GenBank中已公布的各基因型序列设计特异性引物,通过PCR技术分别扩增12个血清型毒株的Penton基因,连接至pEASY-Blunt Simple Cloning Vector上进行序列测定,并将12个血清型毒株Penton蛋白的核苷酸序列与NCBI上已公布的标准毒株的核苷酸序列使用ClustalW法进行分析比对,绘制遗传进化树。结果显示,12种血清型Penton蛋白核苷酸序列与各血清型标准毒株同源性均在99.2%以上,其中FAdV-1、FAdV-2、FAdV-3、FAdV-4、FAdV-6、FAdV-7、FAdV-8a、FAdV-8b、FAdV-10、FAdV-11与对应标准株同源性高达100%,这进一步证实了实验室保存毒株与世界相应标准毒株的一致性。Penton蛋白虽然保守性较高,但不同种之间仍存在明显差异。FAdV-A1与其他种毒株同源性为70.6%~73.3%;FAdV-B5与其他种毒株同源性为70.6%~77.9%;FAdV-C同种不同血清型之间核苷酸同源性为99.6%,FAdV-C4与其他种之间同源性71.2%~73.4%;FAdV-D同种不同血清型之间核苷酸同源性为95.6%~98.7%,与其他种之间最高为85.3%;FAdV-E同种不同血清型之间核苷酸同源性为98.2%~99.4%,不同种间最高为85.3%。即相同种毒株之间差异较小,不同种毒株之间差异较大。依据Penton蛋白的核苷酸序列同样可以将FAdV分为A、B、C、D、E 5个种。本研究通过成功克隆FAdV 12种血清型Penton基因,并进行遗传进化分析,为今后对FAdV诊断、监测及毒株鉴定提供了参考。 相似文献
16.
2株Ⅰ群禽腺病毒的分离鉴定及致病性分析 总被引：1，自引：1，他引：0
为了解山东省禽腺病毒（fowl adenovirus,FAdV）毒株的基因遗传演化情况及致病性,本试验对山东省两家疑似暴发鸡包涵体肝炎和心包积液综合征鸡场采集的病料（肝脏、脾脏）进行PCR鉴定,并将鉴定为FAdV的2份阳性病料提取病毒液,接种鸡肝癌细胞（LMH）进行毒株传代培养和细胞病变（CPE）观察、PCR检测、TCID50测定、鸡胚致病性试验、SPF鸡回归试验、病毒hexon部分基因扩增及序列分析。结果显示,试验成功分离到2株FAdV,2株分离株细胞传第1代即可观察到CPE,PCR均可扩增出大小为500 bp的片段,且2株分离株细胞F5代TCID50分别为10-7.75/0.1 mL和10-7.60/0.1 mL,均对7日龄SPF鸡胚有强致病性;第1分离株和第2分离株对21日龄SPF鸡攻毒死亡率分别为80%和15%。hexon基因核苷酸同源性分析结果显示,第1分离株与FAdV-4株同源性最高（99.57%）,第2分离株与FAdV-8b株同源性最高（99.18%）。这2株FAdV分离株均与Ⅰ群禽腺病毒同源,与火鸡出血性肠炎病毒（HEV）所在的血清Ⅱ群及减蛋综合征病毒（EDSV）所在的血清Ⅲ群禽腺病毒位于不同分支。第1分离株基因型为C型,血清型为4型,命名为FAdV-SDC4株;第2分离株基因型为E型,血清型为8b型,命名为FAdV-SDE8b株。综上所述,FAdV-SDC4和FAdV-SDE8b株属于近几年国内流行毒株。本研究结果可为鸡包涵体肝炎、心包积液综合征的防控工作和疫苗株的选择提供科学依据。 相似文献
17.
为调查广西某规模化鸡场健康鸡群Ⅰ群禽腺病毒(FAdV-Ⅰ)的感染情况,于2017年11月-2018年12月采集不同日龄鸡群咽喉拭子和泄殖腔拭子样品4700份,对样品进行FAdV-Ⅰ检测和hexon蛋白loop 1基因扩增,应用LaserGene7.1和MEGA4.1软件对loop1基因序列进行核苷酸和遗传进化分析。结果显示,FAdV-Ⅰ的阳性检出率为8.72%;40~70日龄和71~99日龄鸡群阳性FAdV-Ⅰ的检出率分别为28.17%和22.91%;测序获得的38条loop 1基因序列分析表明该鸡场健康鸡群感染了5个不同种的FAdV-Ⅰ,其中26.32%的序列为A种(FAdV-A)、2.63%为B种(FAdV-B)、10.53%为C种(FAdV-C)、39.47%为D种(FAdV-D)和21.05%为E种(FAdV-E);遗传进化分析表明该鸡场健康鸡群主要感染的种为FAdV-D,血清2型(FAdV-2)为优势血清型,其次为A种的血清1型(FAdV-1)和E种的血清8a型(FAdV-8a)和8b型(FAdV-8b)。结果表明,40~70日龄健康鸡群的FAdV-Ⅰ的检出率最高,在健康鸡群中感染的FAdV-Ⅰ主要为FAdV-D种中的FAdV-2。 相似文献