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1.
对河南南阳、安徽亳州、湖北潜江三地鸭血清样本用PCR进行鸭乙型肝炎病毒(DHBV)检测,并从三地经检测为DHBV阳性的样本中各挑选1份进行DHBV全基因的扩增、克隆、测序及序列分析。结果显示,河南南阳、安徽亳州、湖北潜江三地的鸭乙型肝炎自然感染率分别为17.6%、13.6%、16.1%,差异不显著(P>0.05)。河南南阳、安徽亳州、湖北潜江3株DHBV基因组全长分别为3024、3027、3024bp,均含有编码P、S和C蛋白的3个开放阅读框。通过各开放阅读框氨基酸同源性比较,发现编码P蛋白的区域差异较大。全基因序列分析显示,3株DHBV核苷酸同源性为95.1%~97.4%,与选取的25株参考株同源性为90.3%~96.2%。遗传进化分析及P蛋白关键位点分析结果表明,3株均为类中国基因型,湖北潜江的DHBV毒株P蛋白3位-345位关键氨基酸残基位点与中国毒株基因型相同,在367位-771位关键氨基酸残基位点与西方毒株基因型相同,推测其产生了重组。结果表明,成功克隆了华中地区的3株鸭DHBV全基因序列,为DHBV的分子流行病学调查提供参考。 相似文献
2.
根据GenBank登陆的新城疫病毒L基因序列,设计了3对引物(L1和L2、L3和L4、L5和L6)。用RT-PCR技术对3株新城疫病毒广西分离GX7/02、GX9/03、GX11/03的L基因进行了分段扩增和克隆,并对克隆出来的3个片段进行序列测定,用DNAstar软件比较分析后进行拼接,得到长约为6.8 kb、包含有L基因全长的核苷酸序列。L基因的RNA全长为6 704 bp,拥有一个6 615 bp的开放阅读框,推导其编码的氨基酸数为2 204个。氨基酸同源性分析表明广西分离株之间同源性为98.6%~98.7%;与ZJ1株同源性为98.8%~98.9%;与La-Sota、B1、F48E9、HB92同源性为92.0%~94.2%。 相似文献
3.
《中国兽医学报》2017,(8)
为了解猪流行性腹泻病毒(porcine epidemic diarrhea virus,PEDV)河南株的起源和遗传变异,本试验对2014年8月—2015年5月,来自河南省16个规模猪场仔猪表现为严重腹泻、食欲下降和脱水等临床特征的22份病料样品,利用RT-PCR方法,扩增PEDVORF3基因,回收PCR产物克隆至pMD18-T载体,并进行测序分析。结果显示,22份病料样品均能扩增出PEDVORF3基因,其序列长度均为849bp,包含一个完整阅读框(675bp),编码224个氨基酸残基。22个河南株之间核苷酸同源性为95.9%~100%,与欧洲经典毒株CV777同源性介于97.1%~97.9%,存在8个位点发生相同的氨基酸置换,与Truncated CV777株同源性介于94.8%~95.4%。基因遗传进化树分析表明,PEDV毒株可分为2大群,河南株属于第Ⅱ群,整体独立成支,与河南往年流行株、国内分离株、日本、美国及韩国毒株亲缘关系较近,而与CV777株、Truncated CV777株亲缘关系较远。结果表明PEDV河南株ORF3基因存在变异,为PEDVORF3基因的蛋白功能研究和河南省PED的防控提供技术支持。 相似文献
4.
本试验对鸡病毒性关节炎病毒（AVAV）包头地区分离株（B-98株）进行总RNA的提取。参考GenBank中ARV—S1133株s1基因组序列设计两对引物，应用RT—PCR技术特异性地扩增病毒的S1基因的eDNA片段，将s1基因eDNA克隆到pGEM—TEasy载体后进行测序。ARVS1基因包含3个开放阅读框（ORF1，ORF2和ORF3），分别编码P10、P17和SigmaC蛋白。应用计算机软件把所测得的序列与参考毒株ARV-176，ARV-138，ARV—S1 133，Muscovy duck reovirus strain YJL（MDRV—YJL）的s1基因3个阅读框的核苷酸序列进行比较分析。结果表明：AVAVB-98株与ARV-176株P10、P17和SigmaC蛋白的核苷酸序列的同源性最高，与ARV—S1133株、MDRV—YJL株的同源性次之，与ARV-138株的同源性最低。 相似文献
5.
根据GenBank中登录的美洲株ATCC VR-2332的MN蛋白基因序列,利用Oligo6.0设计一对特异性引物,以抽提的PRRSV-SCMS病毒感染细胞总RNA为模板,RT-PCR扩增出长约1.0 kb的基因片段,将其克隆入pMD 18-T载体,测序结果显示SCMS MN基因全长886 bp,包含完整的MN基因的开放阅读框,共编码297个氨基酸。PRRSV-SCMS MN基因序列与VR2332和LV株进行同源性分析结果显示,PRRSV-SCMS与VR2332和LV株之间的核苷酸序列同源性分别为99.7%和61.6%,根据M基因推导的氨基酸序列同源性分别为98.9%和78.7%,根据N基因推导的氨基酸序列同源性分别为100%和52.8%。结果表明,SCMS地方分离株与VR2332株在基因型上具有更近的亲缘关系,推测本次分离的PRRSV属于美洲型。 相似文献
6.
《中国家禽》2015,(21)
从山东省潍坊地区某朗德鹅鹅场的发病鹅体内检测到1株鹅圆环病毒,命名为SDWF-01。根据Gen Bank上已发表的鹅圆环病毒序列,设计了一对特异性引物,利用PCR技术对该株病毒进行全基因组克隆并测序,对其基因组核苷酸组成、结构及遗传进化特性进行分析。结果表明:SDWF-01株全长1 821 bp,编码4个开放阅读框;与Gen Bank上已发表的鹅圆环病毒核苷酸序列同源性为91.4%~98.5%,其中SDWF-01株与yk3毒株的同源性最高(98.5%),而与浙江株xs5的同源性最低(91.4%)。研究首次对山东地区鹅圆环病毒进行检测,并完成全基因组克隆测序及核苷酸序列分析。 相似文献
7.
《中国预防兽医学报》2020,(9)
为了解我国两广地区猪非典型瘟病毒(APPV)的流行及变异情况,本研究于2017年～2018年从该地区的两个规模化养殖场采集了10份患先天性震颤仔猪的各组织病料样品,利用RT-PCR进行APPV检测,挑选3份阳性样品进行该病毒的开放阅读框(ORF)基因序列的RT-PCR扩增、测序,并对ORF基因、该基因包含的E2和P7基因进行核苷酸和氨基酸序列同源性分析及该3种基因的遗传进化分析。结果显示,10份病料样品均为APPV阳性,采用RT-PCR分段扩增获得3株APPV的ORF基因全长序列。ORF基因序列分析显示,3株APPV之间的核苷酸同源性为81.6%～99.8%,与41株中国株的同源性为80.8%～99.3%,与19株国外参考株的同源性为81.3%～91.1%;E2和P7基因的同源性分析结果与ORF基因同源性分析结果一致。ORF、E2和P7基因的遗传进化树显示,广西猪场分离的GX-GL1株和GX-GL67株属于基因1型,而广东猪场分离的GD-CT4株属于基因3型。上述结果表明3株APPV与中国株的亲缘关系更近,两广地区的APPV基因型呈现地域差异性,本研究有助于了解APPV在中国的流行情况。 相似文献
8.
《中国兽医学报》2016,(7):1140-1144
从山西省某些鸡场采集疑似病料,接种SPF鸡胚后分离病毒,采用A型流感病毒通用引物进行HA基因的扩增,并连接T载体克隆后进行序列测序和遗传进化分析。结果显示:获得4株H9亚型禽流感病毒完整HA序列,开放阅读框1 683nt,编码560个氨基酸,各自之间核苷酸同源性较高,达95.5%~99.6%,且推导的氨基酸同源性介于92.0%~99.6%之间;遗传进化分析结果显示该4株属4.2.5分支,与国内常用疫苗株4.2.3分支存在一定差异,但仍属于4.2大分支;HA蛋白的裂解位点氨基酸顺序为RSSR↓GLF,为低致病性禽流感病毒,并且含有7个潜在的N-糖基化位点以及8个受体结合位点。结果表明:本试验分离的H9亚型禽流感病毒与近年来流行毒株HA基因同源性及蛋白关键位点相似性较高。 相似文献
9.
猪Cathepsin B 基因cDNA分子克隆、序列分析及遗传多态性分析 总被引：1，自引：0，他引：1
采用 RT-PCR 结合克隆测序的方法,从猪肌肉组织总 RNA 中克隆出了猪组织蛋白酶 B(Cathepsin B,CTSB)基因的 cDNA 序列,并推导出其编码的氨基酸序列.猪 CTSB 基因开放阅读框(ORF)全长1 008 bp,编码335 个氨基酸.同源性分析结果表明,猪与人、鼠、牛的 CTSB 基因 cDNA 编码区(CDS)同源性分别为 85%、81%、90%,推测的氨基酸序列同源性分别为 81%、79%、91%.利用同源性结合序列特征预测表明该蛋白具有信号肽和前肽序列.蛋白质结构同源建模分析表明,该蛋白具有木瓜蛋白酶家族的典型空间结构,包括1个底物结合凹槽和3个相互靠近的活性位点.另外采用 PCR-SSCP 方法,在147头个体中分析了CTSB基因第6内含子内的SS-CP位点多态性,检测到3个等位基因6种基因型.FF基因型个体的各项嫩度指标最高,其最大剪切力与硬度值分别为6.56 kg和23.55 kg·s,极显著地高于 EE 和 EF 基因型个体(P<0.01),平均剪切力为4.85 kg,显著地高于EF基因型个体(P<0.05). 相似文献
10.
11.
为了探讨高生产性能的蛋鸭饲养模式,以替代传统饲养方式,试验研究了3种不同饲养方式（网上平养、笼养和散养）对山麻鸭产蛋期生产性能的影响。结果表明：经过231 d的饲养试验,笼养组每只山麻鸭的产蛋量和总蛋重分别为179.3枚和11.95 kg,极显著低于散养组（189.9枚和12.75 kg）和网上平养组（192.2枚和12.54 kg）（P〈0.01）,散养组与网上平养组差异不显著（P〉0.05）;网上平养组全期料蛋比为3.68,与散养组（3.58）差异不显著（P〉0.05）,二者极显著低于笼养组（4.56,P〈0.01）;网上平养组畸形蛋率为3.21%,极显著低于笼养组（5.44%）和散养组（4.12%,P〈0.01）,而笼养组极显著高于散养组（P〈0.01）。说明网上平养的饲养方式不仅不影响山麻鸭的产蛋性能,而且能降低饲料消耗,可以替代传统的饲养方式。 相似文献
12.
1999-2008年从山东、河南、浙江、江苏、广西、山西、江西、广东、福建和辽宁等地有典型鸭病毒性肝炎症状的病死雏鸭中共分离得到22株病毒。用鸭肝炎病毒（DHV）Ⅰ型（DHV-1）抗血清和新型DHV （N-DHV）抗血清对分离的22株病毒进行血清中和试验;对22株病毒的抗原相关VP1基因进行RT-PCR扩增和测序,然后对VP1基因的核苷酸与推导的氨基酸序列进行分析。结果表明,目前我国存在DHV-1和N-DHV两种血清型。其中分离到的12株为DHV-1,10株为N-DHV。依据VP1基因序列同源性进行的血清型分型结果与根据抗原性鉴定进行的血清型分型结果一致。12株DHV-1的氨基酸序列同源性为95%左右,10株N-DHV的氨基酸同源性为98%左右;DHV-1分离株与N-DHV分离株间氨基酸同源性为72%-77%。同血清型病毒株间的VP1基因变异很小,表明DHV的抗原性稳定。 相似文献
13.
利用经过专门化品系选育的山麻鸭I系（S1S1）、山麻鸭II系（S2S2）、山麻鸭III系（S3S3）、金定鸭（JJ）、莆田黑鸭（PP）和闽农白鸭（FF）为育种素材,通过杂交配合力测定,筛选产蛋量高、饲料转化率高的三系杂交的山麻鸭配套系。结果表明,筛选出三个最佳三系杂交配套组合F（PS2）、P（S1F）和F（S1P）,其500日龄产蛋数分别为345.4±1.2枚、339.2±2.0枚和331.1±1.3枚,总产蛋重分别为25.12±0.08kg、24.26±0.06kg和24.13±0.17kg,料蛋比分别为2.60、2.68和2.67,较亲本山麻鸭S1S1系500日龄产蛋数300.2枚、总产蛋重19.9kg、料蛋比2.91分别提高了10.3%-15.1%、21%-26.1%和15.1%-18.7%。 相似文献
14.
鸭黄病毒感染逆转录半套式PCR检测方法的建立 总被引：1，自引：0，他引：1
根据GenBank发布的黄病毒Bagaza毒株的NS3基因的保守序列设计了3条引物,建立了一种适用于鸭黄病毒的半套式PCR快速检测方法。采用该方法对鸭黄病毒山东分离株进行检测,结果半套式PCR对2株分离株均能扩增出277bp的特异性条带,而对鸭瘟病毒、禽流感病毒（H9亚型）、新城疫病毒、传染性法氏囊病病毒、减蛋综合征病毒的扩增结果均为阴性;经检测该方法第1次扩增的敏感性为1×105拷贝/μL,第2次扩增的敏感性为1×102拷贝/μL,第2次扩增的敏感性比第1次高103倍;该方法对山东省各地采集的24份疑似病料可检出22份阳性。表明本试验所建立的套式PCR方法可用于鸭黄病毒感染的临床诊断和流行病学调查。 相似文献
15.
在成功筛选出防治鸭传染性浆膜炎效果较好的中药组方P基础上,采用实时荧光定量RT-PCR方法检测21日龄雏鸭外周血淋巴细胞（PBMC）IFN-γ和IL-6 mRNA的表达水平,研究该组方对鸭只免疫器官的影响。结果表明,P1组（预防组）鸭脾脏指数和胸腺指数显著或极显著高于y组（阳性对照组）与K组（健康对照组）（P〈0.05;P〈0.01）,P2组（治疗组）鸭脾脏指数和胸腺指数极显著高于K组（P〈0.01）;P1组极显著提高鸭外周血淋巴细胞IFN-γ mRNA的表达量（P〈0.01）;P2组显著提高IFN-γ mRNA的表达量（P〈0.05）;P1组、P2组IL-6 mRNA的表达量有升高的趋势（P〈0.1）。说明组方P能促进机体免疫器官的发育和分泌IFN-γ及IL-6,提高机体抗病力和免疫调节能力。 相似文献
16.
鸭圆环病毒基因组序列分析及其C1截短基因的原核表达 总被引：1，自引：1，他引：0
本试验参照GenBank登录的鸭圆环病毒(DuCV)基因组序列,设计2对DuCV特异性引物,运用PCR方法从病死番鸭法氏囊中分段扩增出DuCV LJ07株基因组,将扩增片段分别克隆获得重组质粒,测序后得到全长为1 995nt的DuCV LJ07株全基因组序列,与GenBank登录的DuCV基因组序列的同源性迭83.6%～96.5%.经基因结构分析发现,DuCV LJ07株的基因组有6个开放阅读框(ORF),其中V1、C1是2个最主要的ORF,分别编码Rep蛋白和Cap蛋白;在V1和C1的5'起始端之间有与启动滚环复制有关的一茎环结构和2个正向重复序列.本试验同时还构建了去除核定位信号的C1截短基因的原核表达载体,诱导表达后经SDS-PAGE和Western-blotting分析表明C1截短基因已成功地在大肠杆菌中表达出Cap截短蛋白,为建立DuCV抗体血清学检测方法和开展DuCV感染的血清学调查奠定了基础. 相似文献
17.
半番鸭POU1F1基因序列的克隆与生物信息学分析 总被引：1，自引：0，他引：1
根据GenBank中公布的鸭POU1F1基因序列,设计了6对引物,以半番鸭血液基因组DNA为模板,采用PCR方法扩增出POU1F1基因完整的cDNA序列,全长2209bp。对该序列进行生物信息学分析,结果表明该基因编码335个氨基酸,具有POU-specific(POUs)和Homeobox结构域,与鸡、猪、牛、人和小鼠的POU1F1基因氨基酸序列分别具有96.3%、89.5%、89.2%、90.6%和87.5%的同源性。 相似文献
18.
为研究鸭病毒性肠炎病毒(DEV)基因组异构体的存在形式,本研究在已建立的以pCC1FOS为载体的DEV疫苗株基因文库基础上对DEV全序列进行了测定,并进一步对DEV基因组的异构体进行了研究。对261个重组fosmid中的DEV基因组片段的末端序列进行测序及序列分析,初步证明了DEV基因组有3种异构体,即P型、IS型和ILS型,未发现IL型的存在。并且,以上3种异构体在基因组中所占比例分别为77.1%、8.6%和14.3%。通过对11个重组fosmid的全序列测定,进一步确认了以上3种异构体的存在。该结果为DEV的分类提供了重要实验依据。 相似文献
19.
VIPR-1基因是研究家禽就巢性状的重要候选基因,以就巢期黑番鸭和非就巢期黑番鸭为研究对象,通过PCR-RFLP和测序的方法,对VIPR-1基因内含子12进行多态性检测,并进行相关性分析.结果表明,VIPR-1基因内含子12存在一个StuI酶切位点,该位点由于在内含子988 bp处发生了A→G的碱基突变,产生了AA、AG、GG三种基因型.其中就巢黑番鸭只表现为AG（1.0）一种基因型,而非就巢黑番鸭表现为AG（0.4167）、AA（0.1666）、GG（0.4167）三种基因型,就巢期黑番鸭与非就巢期黑番鸭两者之间基因型的分布差异极显著（P＜0.01）.试验表明黑番鸭VIPR-1基因第12内含子A988G突变与黑番鸭的就巢性状显著相关,为利用分子遗传标记辅助选择来降低或消除黑番鸭的就巢性,最大程度上提高黑番鸭的产蛋性能提供了新的依据. 相似文献
20.
To investigate the genetic diversity and genotype of duck circovirus (DuCV), nine full-length DuCV genomes were determined from clinical samples. Multiple sequence alignment and phylogenetic analyses were performed on the nine viral genome sequences as well as on 27 genome sequences retrieved from the GenBank database. Pairwise analysis showed that the determined genome sequences have a genome organization identical to the 27 sequences and share 83.3%-99.8% identity among themselves and 82.6%-99.9% with the other 27 sequences. Phylogenetic analysis revealed that all 36 viral genome sequences are divided into two lineages, DuCV1 and DuCV2, in which the nucleotide diversity between genome sequences in these two lineages ranged from 13.2%-17.4%; these may be regarded as two types of viruses. Viruses under DuCV1 and DuCV2 are further clustered into different sublineages. When analyzed using the method for genotype definition proposed by Grau-Roma et al, these different sublineages can be defined as genotypes DuCV1a, DuCV1b, DuCV2a, DuCV2b, and DuCV2c. In addition, the viral sequences obtained from mainland China are different in genomic size and share a diversity of no less than 13.2%, including the sequences that came from all genotypes. This suggests that the DuCVs prevalent in domestic duck flocks in China are ecologically divergent. 相似文献