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1.
对广西猪源I型副粘病毒F基因测序分析，为今后开展猪源副粘病毒的相关研究提供参考，也为有效防控副粘病毒感染奠定基础。参考GenBank发表的相关禽副粘病毒I型（Avian paramyxovirus serotypeI，APMVx）基因组序列，设计了1对特异性引物，用RT—PCR法分别扩增出病毒各F基因片段，并将目的基因片段回收纯化。测定得F基因的序列结果表明，从猪组织中分离获得1株猪源禽I型副粘病毒，分离株F基因112～117住裂解住点的氨基酸组成为R—R—Q－R—R-F，与强毒株DQ417113、AF458012的裂解位点一致。同源性分析结果表明，分离株与标准强毒株的核苷酸同源性分别为87．5％和87．4％。猪源禽I型副粘病毒分离株为强毒株，属于基因I型是传统型毒株，广西地区禽I型副粘病毒宿主范围呈不断扩大趋势。 相似文献
2.
半番鸭源禽1型副粘病毒FM01株的分离鉴定与F蛋白基因分析 总被引：5，自引：0，他引：5
从表现类似新城疫症状的病死半番鸭中分离到1株病毒FM01株，经血凝及血凝抑制试验证实为禽1型副粘病毒、以SPF鸡胚测定其平均致死时间为113，4h，对1d雏鸡脑内接种致病指数为0．23，表明为温和型毒株。利用RT-PCR技术一次性扩增其F蛋白全基因，克隆到pMD 18-T质粒载体，测序后获得F基因全序列，并推导出其相应的氨基酸序列。FM01株的F蛋白基因完整的编码区全长1662bp，编码553个氨基酸，其裂解位点的氨基酸序列为112G-R-Q-G-R-L117，具有温和型毒株特有的氨基酸序列结构．与常见新城疫毒株的核苷酸同源性在88．4％～99.6％之间，氨基酸同源性在89．2％～99.1％之间。 相似文献
3.
运用一步法RT-PCR扩增两株高致病力NDV分离株的F基因重要功能区,并进行序列测定。序列分析表明其在F蛋白裂解位点氨基酸顺序均为112R-R-Q-K-R-F117,与NDV的强毒株特征相符,且具有101位的K(赖氨酸)和121位V(缬氨酸)两个特征性氨基酸,与基因Ⅶ型NDV的特征完全相符[1]。与疫苗株lasota进行序列比较,并构建了系统发育树,结果表明两株病毒核苷酸同源性达96.6%,与lasota同源性为63.7%,从分子水平揭示了这两个毒株抗原性与常用疫苗株Lasota差异较大的原因。 相似文献
4.
根据GenBank中鸡新城疫病毒（NDV）基因序列合成了1对引物,通过RT-PCR扩增出了鹅源I型禽副粘病毒（AMPV-1）或NDV JG97株的F基因。将扩增片段克隆到pGEM-T载体中,并进行了序列测定。该片段含1个完整的、长1662bp的F基因开放阅读框（ORF）,编码的F蛋白长553个氨基酸,其中含有12个半胱氨酸残基和6个潜在的糖基化位点,其裂解位点的氨基酸顺序为^112R-R-Q-K-R-F^117,与NDV强毒株特征相符。同源性分析表明,JG97株与LZ-NDV、NA-1、SF02、Taiwan95和YG97株的核苷酸和蛋白氨基酸的同源性分别为94．6％-99．6％和96．6％-99．5％,与LaSota株的核苷酸和氨基酸的同源性仅为84．6％和88,8％。结果表明JG97株与LZ-NDV、NA-1、SF02、Taiwan95和YG97等5个毒株的遗传关系较近,而与LaSota株差异较大。 相似文献
5.
以鹅副粘病毒LN-7-02株基因组RNA为模板,用RT-PCR方法扩增出F基因片段,并克隆至T载体.经质粒PCR及酶切鉴定后,对阳性克隆进行测序.测序后拼接得到F基因上游539bp核苷酸序列,并推导出ATG后1～374bp氨基酸序列.序列分析表明,LN-7-02株F蛋白裂解位点区的氨基酸组成为112R-R-Q-K-R-F117,与禽Ⅰ型副粘病毒(APMV-1)强毒株特征相符.将LN-7-02与AMPV-1株CH2000、F48E9和LaSota进行同源性比较,结果LN-7-02与CH2000、F48E9和LaSota的同源性分别为91.8%、86%和84%,表明该毒株相对于经典的AP-MV-1在F基因上已发生了较大变异.根据国内外70株APMV-1的F基因核苷酸序列绘制系统发育进化树,结果疫苗株Lasota属于基因Ⅱ型,经典株F48E9属于我国特有的基因Ⅸ型,而LN-7-02株与鹅副粘病毒JS-9-01、ZJ-100和GD-QY97同属于APMV-1基因Ⅶ型. 相似文献
6.
NDV 江苏分离株F基因的克隆与序列分析 总被引：1，自引：0，他引：1
为比较NDV江苏分离株的遗传变异特征,应用RT-PCR扩增出新城疫病毒（NDV）江苏徐州株（JSXZ）、江苏宿州株（JSSZ）、江苏连云港株（JSLYG）和江苏淮安株（JSHA）的融合蛋白F基因的全长核苷酸,将其分别克隆至pMD18-T载体中。将获得的阳性重组质粒进行序列测定后,推导出其氨基酸序列,进行分析和比较。结果表明,所获得的4个分离株F基因完整的开放阅读框长度为1662bp,共编码F蛋白的553个氨基酸;4个毒株与常用疫苗株之间核苷酸序列同源性只有69．3％～80．8％。JSXZ株和JSSZ株F基因的裂解位点为112-RRQK／RRF-117,符合强毒株裂解区氨基酸组成的特征。以lbp～374bp的核苷酸序列绘制系统发育树分析表明,JSXZ和JSSZ株NDV为基因Ⅷ型,JSLYG和JSHA株NDV为基因Ⅸ型。 相似文献
7.
新城疫病毒（青岛株）F蛋白基因的克隆和序列分析 总被引：7，自引：1，他引：6
参考新城疫病毒（NDV）长春株的F基因序列设计了1以特异性引物，应用RT－PCR对NDV青岛株（野毒）的F基因进行了扩增，扩增产物克隆后测序，扩出的F基因核苷酸长度为792bp，编码261个氨基酸，包括完整的F2片段和部分F1片段，裂解位点区（112－117aa）氨基酸序列为Arg-Arg-Gln-Arg-Arg-Phe，与国外发表的强毒株序列相符，正明青岛株为强毒株，根据该基因推导的所基酸序列，与国内外发表的NDVF蛋白氨基酸序列相比，同源性为88．1％－94．3％。 相似文献
8.
鹅源Ⅰ型禽副粘病毒JG97株F基因的分子特性分析 总被引：3，自引：1，他引：2
根据GenBank中鸡新城疫病毒(NDV)基因序列合成了1对引物,通过RT-PCR扩增出了鹅源Ⅰ型禽副粘病毒(AMPV-1)或NDV JG97株的F基因.将扩增片段克隆到pGEM-T载体中,并进行了序列测定.该片段含1个完整的、长1 662 bp的F基因开放阅读框(ORF),编码的F蛋白长553个氨基酸,其中含有12个半胱氨酸残基和6个潜在的糖基化位点,其裂解位点的氨基酸顺序为112R-R-Q-K-R-F117,与NDV强毒株特征相符.同源性分析表明,JG97株与LZ-NDV、NA-1、SF02、Taiwan95和YG97株的核苷酸和蛋白氨基酸的同源性分别为94.6%～99.6%和96.6%～99.5%,与La Sota株的核苷酸和氨基酸的同源性仅为84.6%和88.8%.结果表明JG97株与LZ-NDV、NA-1、SF02、Taiwan95和YG97等5个毒株的遗传关系较近,而与La Sota株差异较大. 相似文献
9.
以一株鸭新城疫病毒NDV-SS分离株基因组RNA为模板,采用RT-PCR方法扩增其F基因,并进行克隆和序列测定。通过序列分析软件将该毒株F基因氨基酸推导序列与GenBank上已发表的新城疫病毒（Newcastle disease virus, NDV）F基因相关代表序列进行同源性及遗传进化关系分析。测序结果表明,NDV-SS株F基因全长1662 bp,编码553个氨基酸,其蛋白裂解位点氨基酸序列为112R-R-Q-K-R-F117,符合NDV强毒株特有的序列结构特征。同源性及遗传进化关系分析结果表明,NDV-SS株为基因Ⅵ型毒株,与鸽源新城疫IT-227、Italy-2736分离株具有较高同源性和较近的亲缘关系,推测其可能是由鸽源新城疫病毒变异所产生的。 相似文献
10.
通过毒力测定、RT-PCR及F基因的序列测定与遗传进化分析,对2005-2008年从河北省部分地区的发病鸡群中分离到的10株新城疫病毒（NDV）进行了研究。各分离株经典毒力测定结果显示：MDT在37.6～54.4h之间,ICPI在1.71～2.0之间,IVPI值在2.16～2.8之间,均为新城疫病毒强毒株特征。F基因的序列测定表明,分离株之间的核苷酸序列具有77.4%～98.0%的同源性,与疫苗株Lasota的同源性为87.0%～98.9%,与国内标准强毒株F48E9同源性为89.7%～98.9%。推导其氨基酸序列分析表明,8个分离株的F蛋白的裂解位点氨基酸组成为112 R-R-Q-K-R-F117,具有NDV强毒株特征,与毒力测定结果相符,2个分离株的F蛋白的裂解位点氨基酸组成为112 G-R-Q-G-R-L117,与弱毒株特征相符。F基因分型和同源性比较显示：目前河北新城疫的流行以基因Ⅶ型为主（占70%）,同时兼有基因Ⅱ型（占20%）和基因Ⅸ型（占10%）。 相似文献
11.
鸽Ⅰ型副粘病毒ZQ98-1株F基因全序列的克隆和序列分析 总被引：5，自引：0，他引：5
本研究报道了PMV－1／鸽／肇庆／1／1998株（ZQ98－1）F基因的全序列。该基因核苷酸序列长度为1712bp,编码由553个氨基酸组成的F0多肽。F0蛋白裂解位点处的氨基酸序列为^112K-R-Q-K-R-F^117,F0蛋白中有3个与病毒副合相关的重要抗原位点和6个糖基化位点。经比较,鸽Ⅰ型副粘病毒ZQ98－1株和PMV－1／Pigeon/England/1168/84(1168/84)株、Warwick株及Ulster株核苷酸序列的同源性分别为95％、90％和89％,氨基酸的为异率分别为5．4％、6．2％及9．1％。 相似文献
12.
一株基因Ⅵ型鸭新城疫病毒F基因的克隆及序列分析 总被引：2，自引：2，他引：0
以一株鸭新城疫病毒NDV-SS分离株基因组RNA为模板,采用RT-PCR方法扩增其F基因,并进行克隆和序列测定。通过序列分析软件将该毒株F基因氨基酸推导序列与GenBank上已发表的新城疫病毒(Newcastle disease virus,NDV)F基因相关代表序列进行同源性及遗传进化关系分析。测序结果表明,NDV-SS株F基因全长1662bp,编码553个氨基酸,其蛋白裂解位点氨基酸序列为112R-R-Q-K-R-F117,符合NDV强毒株特有的序列结构特征。同源性及遗传进化关系分析结果表明,NDV-SS株为基因Ⅵ型毒株,与鸽源新城疫IT-227、Italy-2736分离株具有较高同源性和较近的亲缘关系,推测其可能是由鸽源新城疫病毒变异所产生的。 相似文献
13.
根据从GenBank上查到的PMV-2型Yucaipa株F基因序列——D13977序列，设计特异性引物，从禽副粘病毒2型Yueaipa标准株成功地克隆了F基因全编码序列。所测的核苷酸序列大小为1654bp，编码一个含536个氨基酸残基的多肽(未加工前)，分子量约为55．75kDa。裂解位点在F基因的第98和第99个氨基酸残基之间，F2蛋白羧基端裂解位点区的氨基酸残基序列为Lys-Pro-Ala-Ser-Arg。F基因序列同源性比较结果表明本研究所测的序列是PMV-2型F基因序列，并进一步证实了副粘病毒2型与分离自猴的Murayama病毒在系统进化上有非常紧密的关系。 相似文献
14.
从进口鸽中分离到1株鸽Ⅰ型副黏病毒，经测定，其鸡胚平均死亡时间（MDT）为59．2h，鸡脑内接种致病指数（ICPI）为1．92，属于速发型新城疫病毒。通过RT—PCR，扩增出了该分离毒株F基因的重要功能区片段，经测序分析，其裂解位点的氨基酸序列为112RRQKR^117，符合新城疫强毒裂解位点特征。用blastn和blastx分别搜索GenBank的核酸和蛋白数据库，发现它与2株鸽Ⅰ型副黏病毒具有99％的同源性，系统发育进化树分析为基因Ⅵ型。表明，该病毒为1株新的强毒力鸽源基因Ⅵ型新城疫病毒。 相似文献
15.
从中国部分地区分离到9株新城疫病毒(NDV),采用RT-PCR方法扩增NDV F基因(535 bp),参照国内外已经发表的F基因构建系统进化树。结果:6株吉林分离株和2株山东分离株属于VIId基因型,氨基酸裂解位点序列为112R-R-Q-K-R-F117,为典型的强毒株特征。吉林分离株之间的核苷酸同源性为93.5%～99.1%,山东分离株之间的核苷酸同源性为99.3%,吉林和山东分离株之间的核苷酸同源性较高,约为93.5%～96.3%。1株安徽分离株属于Ⅰ基因型,氨基酸裂解位点序列为112G-K-Q-G-R-L117,为典型的弱毒株特征,与V4毒株核苷酸同源性为95.7%,与吉林、山东分离株存在一定差异。表明我国新城疫病毒主要以VIId基因型为主,也存在其他基因型的流行。 相似文献
16.
应用RT-PCR分别扩增出新城疫病毒(NDV)青海株(QH3)、黑龙江株(HLJ)和甘肃株(A4)的融合蛋白(F)基因的全长核苷酸,再克隆到pMD18-T载体中.经酶切和质粒PCR鉴定,获得阳性重组质粒后,进行序列测定并推导出其氨基酸序列,同时进行分析和比较.序列分析结果表明,所获得的3个分离株F基因完整的开放阅读框长度为1 662 bp,共编码F蛋白的553个氨基酸;3个毒株之间的核苷酸序列同源性为88.0%～90.6%;与常用疫苗株之间核苷酸序列同源性只有85.3%～91.6%.三者F基因的裂解位点均为112R-R-Q-K/R-R-F117,符合强毒株裂解区氨基酸组成的特征.以1 bp～374 bp的核苷酸序列绘制系统发育树分析表明,QH3株NDV为基因Ⅷ型,A4株NDV为基因Ⅵ型,HLJ株NDV为基因Ⅸ型. 相似文献
17.
新城疫病毒贵州分离株F基因的克隆和序列分析 总被引：1，自引：0，他引：1
根据GenBank中登录的新城疫病毒（NDV）F基因序列设计了一对引物,用RT-PCR方法扩增了8个NDV贵州分离株的F基因片段,并将其分别克隆到pMD-18T载体中。序列分析结果表明,上述分离株F基因长度为1662bp,编码553个氨基酸,核苷酸和氨基酸序列同源性分别为84.0%～99.7%和87.5%～99.3%,但与LaSota、B1及F48E9等常见毒株的氨基酸同源性为87.2%～97.7%。F蛋白裂解位点的氨基酸序列分别为112R-R-Q-R/K-R-F^117（其中P1、H2、N98、DQ、FW、BY、GZ7株为强毒）和112G-R-Q-G-R-L^117（TN1株为弱毒）。利用MegAlign软件绘制NDV的系统发育进化树,结果表明,4个分离株（P1、H2、、N98、DQ）为基因Ⅶ型,2株（GZ、TN）为基因Ⅱ型,2株（FW、BY）为基因Ⅸ型。 相似文献
18.
本试验采用RT-PCR方法对NDV Lasota株的全长F基因进行了扩增与克隆，并对其进行测序。扩出的F基因核苷酸长度为1664bp，单一的开放阅读框编码553个氨基酸的长肽，序列中有6个糖基化位点，13个半胱氨酸残基，包括完整的F1片段和完整的F2片段。裂解位点区(112-117aa)氨基酸序列为Gly-Arg-Gin-Gly-Arg-Leu，与所有弱毒株在这一区域的序列(Gy-Arg／Lys-Gin-Gly／Ser-Arg-Leu)相符。同源性分析表明，Lasota株F基因与已发表的其它NDVF基因相比，核苷酸序列同源性在88％-99％之间，推导的氨基酸序列同源性在90％～99％之间。 相似文献
19.
为了从分子水平上探讨企鹅源禽1型副黏病毒BP01的演化,根据GenBank登录的鹅源禽1型副黏病毒基因序列设计引物,运用RT-PCR方法于国内外首次测定了企鹅源禽1型副黏病毒全基因组序列,其全长为15 192nt.经分析表明BP01病毒基因组与SF02株和ZJ1株等鹅源禽1型副黏病毒同源性最高,分别为99.1%和99.0%;与IT-227/82和dove/Italy/2736/00等鸽源禽1型副黏病毒同源性分别为90.2%和88.1%;而与Hert/33和LaSota等鸡源禽1型副黏病毒的同源性最低,仅分别为87.9%/和83.2%.对F基因第47～435nt进行系统进化树分析和F基因第334～1 682 nt进行HinfⅠ、BstO Ⅰ、Rsa Ⅰ酶切位点分析,确定BP01株病毒为基因Ⅶ型.F蛋白裂解位点氨基酸序列为112R-R-Q-K-R-F117,符合禽1型副黏病毒强毒株的特性,经预测发现BP01株病毒F蛋白的七肽重复序列分剐在第143～189位氨基酸残基和第461～503位氨基酸.通过对主要毒力基因推导的氨基酸序列进行比较发现,水禽源与其它源F蛋白有14个氨基酸不同,HN蛋白上有2个氨基酸的不同,而P蛋白有20个氨基酸的不同,且在第151～166位氨基酸存在一个明显的突变域. 相似文献
20.
我国部分地区鸡新城疫病毒流行株遗传变异分析 总被引：3，自引：2，他引：1
将近年来从不同地区临床病例中分离鉴定的10株鸡新城疫病毒(NDV)流行株,用RT-PCR方法分别扩增出大小为535 bp的F基因重要功能区,并克隆到pGEM-T载体上,经酶切分析结合核苷酸序列测定而确诊。10株分离株核苷酸序列同源性达到81.9%～99.4%,其中8个分离株F蛋白裂解位点的氨基酸顺序为:112R-R-Q/R-K/R/R/F117,为NDV强毒株,且具有基因Ⅶ型的典型特征,即在101位和121位氨基酸残基分别为K(赖氨酸)和V(缬氨酸);其余2株病毒F蛋白裂解位点的氨基酸顺序为:112G-R-Q-G-R-L117,表明它们为NDV弱毒株,在13位和17位氨基酸分别为M(蛋氨酸)和I(异亮氨酸),属于基因Ⅱ型。根据上述测序结果并参照已发表NDV F基因序列绘制出遗传进化树,遗传进化树显示,上述8个强毒株和台湾95年分离株同源性较高,而2个弱毒株与La Sota株同源性较高。 相似文献