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1.
为探究大银鱼Protosalanx hyalocranius不同地理种群的遗传变异情况,采用PCR产物纯化测序方法,测定了太湖、洪泽湖两个种群共96尾大银鱼线粒体细胞色素C氧化酶Ⅰ亚基(cytochrome oxidaseⅠ,COⅠ)基因的部分序列。结果表明:在638 bp序列中共检测到6个变异位点,占核苷酸总数的0.94%;A、G、T、C平均含量依次为26.2%、34.0%、21.3%和18.5%,A+T含量(47.5%)低于G+C含量(52.5%);共发现7种单倍型,其中hap1、hap5和hap7为共享单倍型,hap6为洪泽湖种群特有,hap2、hap3和hap4为太湖种群特有,在7种单倍型中,hap1为明显的优势单倍体型,共54个个体(占总个体数的56.25%);平均单倍型多样性(Hd)和核苷酸多样性(Pi)分别为0.642和0.001 48,遗传多样性较低;AMOVA分析显示,种群内遗传变异为79.82%,种群间变异为20.18%,两种群间遗传分化系数(Fst)为0.201 79,表明两种群间遗传分化程度较高。本研究结果可为合理开发和利用大银鱼野生资源提供参考。 相似文献
2.
长江中下游二倍体泥鳅4个种群的遗传多样性 总被引：1，自引：0，他引：1
利用12对微卫星引物对长江中下游4个二倍体泥鳅野生种群的遗传多样性进行了分析.结果表明:12个微卫星位点在武汉、洞庭湖、鄱阳湖和太湖4个种群中总共检测到64个等位基因,每个位点的等位基因数为2～11,平均等位基因数为5.3.每个种群的平均等位基因丰度(AR)为3.502～4.615,平均观测杂合度(HO)为0.395～0.517,平均期望杂合度(HE)为0.360-～0.515,平均多态信息含量(PIC)为0.332～0.465,说明4个种群表现出中度的遗传多样性.在12个位点中有4个偏离Hardy-Weinberg平衡(HWE),每个种群均不同程度偏离HWE,表现为杂合子不足.种群间遗传分化系数(Gsr)为0.118,15.74%遗传变异源于种群间差异,表明种群间存在中度遗传分化.种群间遗传距离(D)为0.067～0.206,太湖与鄱阳湖种群间遗传距离最大.聚类分析表明,洞庭湖与鄱阳湖种群聚为一支、亲缘关系较近,武汉种群与太湖种群聚为另一支. 相似文献
3.
[目的]在核DNA水平根据DNA序列变异分析我国沿海8个互花米草种群的遗传结构。[方法]根据互花米草EST序列EH277045的序列信息设计引物,在8个种群共75份样本中扩增该衍生序列,采取直接测序的方法,比较序列差异,计算多种遗传参数,分析中国互花米草种群的遗传多样性与变异。[结果]共得到28个多态位点将75份样本分为25种单倍型,核苷酸多样性为0.011,单倍型多样性为0.794;种群间基因分化系数GST为0.163、遗传分化指数FST为0.222;AMOVA分析揭示79%的遗传差异来源于种群内,21%的遗传差异来源于种群间。[结论]我国互花米草种群遗传多样性水平高,种群间遗传分化较低,遗传多样性主要存在于种群内。 相似文献
4.
利用PCR技术扩增山东境内的3个克氏原鳌虾地理群体(济南小清河、东平湖和微山湖)COⅠ基因片段,得到长度约为874bp的片段,分析比较了3群体87尾克氏原螯虾COⅠ基因序列的变异和遗传结构。结果显示,87条序列共检测到8个变异位点,存在6种单倍型。单倍型多样性(H)为0.174,核苷酸多样性(Pi)为0.0036,单倍型多样性(H)以东平湖群体最高(0.243),微山湖群体其次(0.204),小清河群体最低(0.000);3群体的核苷酸多样性(H)均较低(0.001)。分子变异等级分析(AMOVA)表明,3群体间总的遗传分化指数(Fst)为0.023 85(P0.05),群体间的遗传变异仅占总遗传变异的2.38%,而97.62%的遗传变异源于群体内,群体间遗传分化指数与遗传距离均较低。表明山东克氏原鳌虾野生群体的遗传多样性较低,具有较低的遗传分化水平。 相似文献
5.
基于线粒体DNA D-loop序列分析刀鲚与短颌鲚的遗传多样性 总被引：1，自引：0，他引：1
《江苏农业科学》2017,(20)
以线粒体DNA D-loop全序列为分子标记,研究4个刀鲚群体(长江口刀鲚、鄱阳湖湖口刀鲚、鄱阳湖湖区刀鲚、鄱阳湖湖口刀鲚幼鱼)及鄱阳湖短颌鲚群体的遗传多样性。结果显示:刀鲚的D-loop序列长1 212~1 293 bp,短颌鲚的序列长1 210~1 252 bp;在5个群体的55尾个体中,共检测到变异位点72个,其中单一多态位点50个,简约信息位点22个;共检测到45个不同的单倍型,单倍型多态性为0.989,核苷酸多样性为0.009 1,平均核苷酸差异数(K)为10.079。5个群体的遗传多样性丰富程度排序为鄱阳湖刀鲚幼鱼鄱阳湖湖口刀鲚鄱阳湖短颌鲚鄱阳湖刀鲚长江口刀鲚;不同单倍型间的遗传距离为0.014~0.728,平均遗传距离为0.188。此外,系统发育树也表明,刀鲚、短颌鲚共同构成1个单系群,为2种生态型种群,尚未达到种或亚种的分化。 相似文献
6.
江苏3个秀丽白虾野生群体遗传多样性的AFLP分析 总被引：1，自引：0，他引：1
采用AFLP分子标记技术对江苏省内3个秀丽白虾野生群体的遗传多样性水平及遗传结构进行了分析.采用3个引物组合(E-AAC/M-CAA、E-AAC/M-CAG、E-AAC/M-CAT),共扩增出102个清晰位点,其中93个为多态性位点.结果显示,3个秀丽白虾野生群体在物种水平和群体水平上均蕴含着较为丰富的遗传多样性.在物种水平上,秀丽白虾多态性位点百分率(PPL)为91.18%,Nei's基因多样性指数(h)为0.391,Shannon信息指数(I)为0.562.群体水平上的PPL为58.82%～70.59%,平均为65.4%,其中骆马湖群体最高,为70.6%;长江群体最低,为58.8%.群体间Nei's多样性指数为0.268～0.320,平均为0.292;Shannon信息指数为0.381～0.454,平均为0.417.长江南京段群体与太湖群体间的分化系数较低(0.141),长江南京段群体与骆马湖群体间的遗传分化系数较高(0.234).建议加强秀丽白虾引种、育种工作中的管理力度,建立详实的引育种档案,推动秀丽白虾养殖工作的发展. 相似文献
7.
利用PCR技术扩增我国3个不同海域(渤海湾、东海的舟山海域、南海的广东沿海)银鲳(Pampus argenteus)线粒体CO Ⅰ的基因片段,得到长度为604 bp的片段,比较分析了3个不同地区48尾银鲳线粒体CO Ⅰ基因序列的变异和遗传结构.结果显示,48条序列共检测出多态性位点30个,其中简约信息位点6个,各群体内的多态性位点分别为渤海8个、舟山26个、广东1个;48个个体具有18个单倍型,单倍型多样性和核苷酸多样性分别为0.662 2和0.002 8.AMOVA分析结果表明,群体间的遗传变异占总遗传变异的-1.03%,而101.03%的遗传变异源于群体内,3群体总的遗传分化指数(FST)为-0.010 3 (P>0.05).此外,研究结果还显示,群体间遗传分化指数与遗传距离均非常低.分析得出:基于银鲳线粒体CO Ⅰ基因的序列分析,单倍型多样性以东海群体最高(0.800 9)、渤海群体其次(0.700 0)、南海群体最低(0.200 0),而3群体核苷酸多样性则均较低(<0.005);分子变异分析未检测出我国3个野生银鲳群体间存在遗传分化现象. 相似文献
8.
《湖北农业科学》2015,(14)
利用mt DNA COI基因序列对采自我国7个地理种群的甜菜夜蛾(Spodoptera exigua Hübner)遗传多样性与种群扩张历史进行研究。结果表明,比对206条序列(序列长度为547 bp),共发现8个变异位点,定义5个单倍型,其中包括3个共享单倍型和2个独有单倍型;群体遗传多样性较低(Hd=0.320,π=0.000 70,Kxy=0.383)。群体间存在一定的遗传分化(FST=0.398)、基因流水平较低(Nm=0.378)。AMOVA分析表明,甜菜夜蛾遗传变异主要来自种群内,种群间变异水平较低。中性检验(Tajima’s D=-1.576,P0.05;Fu and Li′s F=-3.834,P0.05)与错配分布分析表明,我国北方甜菜夜蛾种群曾经历种群近期扩张。 相似文献
9.
以云南和四川分布的3个种群(云南丽江种群、云南东川种群、四川种群)共36头三尾凤蝶为研究对象,选取线粒体COI和ND1基因作为分子标记,对三尾凤蝶的遗传多样性进行了研究.结果表明,PCR扩增测得COI和ND1基因联合序列长度为1913 bp,A+T含量为74.3%,表现出明显的A/T碱基偏向性;共检测到4个变异位点,定义了5个单倍型,其中,Ha1出现的频率较高,为共享单倍型.核苷酸和单倍型多样性指数分别为0.0002和0.2180;遗传分化系数(Gst)、固定系数(Fst)、基因流(Nm)和遗传距离分别为0.05998、0.05995、3.92000和0.分析显示,三尾凤蝶遗传多样性低,各地理种群基因交流频繁,没有形成明显分化. 相似文献
10.
《福建农林大学学报(自然科学版)》2017,(4)
以云南和四川分布的3个种群(云南丽江种群、云南东川种群、四川种群)共36头三尾凤蝶为研究对象,选取线粒体COⅠ和ND1基因作为分子标记,对三尾凤蝶的遗传多样性进行了研究.结果表明,PCR扩增测得COⅠ和ND1基因联合序列长度为1 913 bp,A+T含量为74.3%,表现出明显的A/T碱基偏向性;共检测到4个变异位点,定义了5个单倍型,其中,Ha1出现的频率较高,为共享单倍型.核苷酸和单倍型多样性指数分别为0.000 2和0.218 0;遗传分化系数(Gst)、固定系数(Fst)、基因流(Nm)和遗传距离分别为0.059 98、0.059 95、3.920 00和0.分析显示,三尾凤蝶遗传多样性低,各地理种群基因交流频繁,没有形成明显分化. 相似文献
11.
【目的】明确长江下游翘嘴鲌（Culter alburnus）群体遗传多样性的丰富程度和进化历史,为其育种及遗传改良打下基础。【方法】在长江下游水域（淀山湖、高邮湖、太湖、长荡湖及长江江苏段）设点捕获收集翘嘴鲌野生样本,基于线粒体COII基因序列分析5个翘嘴鲌野生群体的遗传多样性,使用DNASPv5计算群体单倍型并进行Tajima’s D和Fu’s Fs中性检验,运用Arlequin 3.5进行遗传多样性分析、群体分子方差分析（AMOVA）及计算遗传距离和基因流（Nm）。【结果】 5个翘嘴鲌野生群体197个个体的COII基因序列有效长度为425 bp,存在31个变异位点,变异率为7.29%;其碱基含量排序为T （29.61%） >C （28.03%） >A （24.19%） >G （18.17%）,AT含量为53.8%,CG含量为46.2%。31个变异位点在197个个体中共定义出13种单倍型（hap1~hap13）,单倍型多样性指数（Hd）为0.273~0.603,以长江群体和长荡湖群体的最高,太湖群体的最低;核苷酸多样性指数（Pi） 为0.001~0.017,以长荡湖群体的最高,淀山湖群体的最低。5个翘嘴鲌野生群体间的遗传距离为0.002~0.015,即群体间无显著差异;不同群体间的Nm为2.443~54.325,以太湖群体与淀山湖群体间的Nm最大（54.325）,长荡湖群体与淀山湖群体间的Nm最小（2.443）; AMOVA分析结果显示,不同群体间的遗传变异为10.47%,而群体内的遗传变异为89.53%。在5个翘嘴鲌野生群体中,仅长江群体的Tajima’s D和Fu’Fs均为负值且具有显著意义,故推测该群体曾发生过群体扩张现象。【结论】长江下游翘嘴鲌群体表现出低单倍型多样性和高核苷酸多样性,遗传多样性较丰富,群体间存在遗传分化但分化程度差异不显著。因此,后续研究应增加野生翘嘴鲌群体的样品数量和调查水域,全面而系统地评估长江下游各水域翘嘴鲌的种质资源状况,为建立自然保护区及人工增殖放流提供科学依据。 相似文献
12.
为研究野生与养殖小黄鱼群体的遗传多样性,基于mtDNA Cytb基因和D-loop控制区对舟山嵊泗海域(SS)和象山三门口海域(SMK)2个小黄鱼野生群体和1个养殖群体(YZ)的遗传结构与遗传分化等进行比较分析。序列分析结果显示,Cytb基因序列为841 bp,其A+T含量(50.2%)与C+G含量(49.8%)相似;D-loop区序列为629~635 bp,A+T含量(58.9%)远高于C+G含量(41.1%)。SS、SMK和YZ群体Cytb基因的单倍型数分别为26、27和12,SS和SMK群体共享2个单倍型(Hap1和Hap13),SMK和YZ群体共享1个单倍型(Hap41);SS、SMK和YZ群体D-loop区的单倍型数分别为27、30和10,SS和SMK群体共享1个单倍型(Hap4)。多样性分析结果显示,3个群体均属于高单倍型多样性(Hd>0.5),其中,SS和SMK群体单倍型多样性和核苷酸多样性高于YZ群体,表明野生群体多样性略高于养殖群体。遗传分化指数显示,2个小黄鱼野生群体间的分化程度极小,而养殖群体与野生群体间存在中度分化。遗传分化指数和AMOVA分析结果表明,群体内个体的变异是遗传变异的主要来源。Cytb基因和D-loop区序列中性检验结果中SS和SMK群体的Tajima’s D值和Fu and Li's值均为负数,且Cytb基因的Tajima’s D值和Fu and Li's值显著(P<0.05)偏离中性,表明2个野生群体有可能经历过群体扩张。单倍型系统发育树显示,SS、SMK和YZ群体均未表现出明显的地理聚集,群体间互有交叉,表明3个群体间的分化尚不明显。 相似文献
13.
【目的】分析南海北部金钱鱼（Scatophagus argus）遗传多样性,明确其群体演化历史和分布动态,为金钱鱼养殖育种及其种质资源的合理开发利用提供科学依据。【方法】以采自福建东山（DS）、广东阳江（YJ）、海南海口（HK）、广西北海涠洲岛（BH）、广西钦州（QZ）、广西防城港（FC）及越南清化（TH）等南海北部的7个金钱鱼地理群体为研究对象,基于线粒体DNA细胞色素b基因（Cyt b）序列分析,利用DnaSP 5.10统计南海北部金钱鱼群体的单倍型、单倍型多样性指数（Hd）和遗传多样性指数（π）,通过邻接法（NJ）构建单倍型的系统发育进化树,以Network 4.6中的中介连接网络法构建单倍型网络图,并综合Tajima’s D检验、Fu’s Fs检验及核苷酸错配分布等方法分析金钱鱼群体的历史动态。【结果】7个金钱鱼地理群体的291条Cyt b基因序列定义为33个单倍型（Hap1~Hap33）,其中单倍型Hap1、Hap2和Hap7是南海北部金钱鱼在长期进化过程中形成的稳定优势基因型。7个金钱鱼地理群体的Hd为0.54103~0.77436,π为0.00112~0.00171,群体内遗传距离为0.00113~0.00171,遗传分化系数（Fst）为-0.01734~0.00364,基因流（Nm）为137.03888~inf。不同地理群体的单倍型均无规律地散布在单倍型系统发育进化树上,不存在与地理群体明显对应的系统分支,也未表现出明显的地理聚群分布特征。金钱鱼群体内个体间的遗传变异为100.74%,说明遗传变异全部来源于群体内个体间,即南海北部金钱鱼群体既无群体分化,也无以琼州海峡分隔的组群分化。Tajima’s D检验和Fu’s Fs检验结果均为显著负值,且核苷酸错配分布呈单峰分布,推测南海北部金钱鱼群体发生过群体扩张,且扩张事件约发生在3.4万年前,属于更新世晚期。【结论】南海北部7个金钱鱼地理群体的遗传多样性符合高单倍型多样性低核苷酸多样性类型,群体间遗传距离较小,亲缘关系较近,遗传分化不明显,且群体间存在频繁的基因交流,具有高度的遗传同质性,符合南海北部金钱鱼是一个随机交配种群的假设。 相似文献
14.
为了解中华鳖(Pelodiscus sinensis)中黄沙鳖和日本鳖及其杂交子一代的遗传特性,分别对它们的线粒体Cytb基因测序,并进行遗传多样性分析。结果表明：PCR扩增测序黄沙鳖和日本鳖及其杂交子一代3个群体共获得90条序列,18种单倍型;90个个体的Cytb基因碱基A、T、C、G平均含量分别为35.4%、26.0%、27.9%、10.7%,表现出明显的反G偏倚;日本鳖、黄沙鳖和杂交鳖分别有5、6、10种单倍型,日本鳖与杂交子代有共享的单倍型Hap 8、Hap 9和Hap 16;3个群体的变异主要存在于群体内部,变异比例为60.8%;3个群体的单倍型多样性为0.747～0.867,平均核苷酸差异数为12.922～16.262,核苷酸多样性为0.00913～0.01151;杂交子一代的单倍型数、单倍型多样性、平均核苷酸差异数、核苷酸多样性均最高,日本鳖的均最低,黄沙鳖、杂交子一代、日本鳖的多态位点数依次降低。可见,杂交子代遗传多样性较高,杂交可提高中华鳖的遗传多样性。 相似文献
15.
红螯螯虾原产于澳大利亚,是一种具有优良养殖前景的淡水虾类。基于线粒体COⅠ基因序列,对中国5个养殖群体的遗传多样性和结构进行评估,旨在为红螯螯虾的科学引种、良种选育和种质资源保护提供基础数据。结果显示,红螯螯虾线粒体COⅠ区全序列长1 534 bp,包含24个变异位点,占分析位点的1.6%,变异位点中含有22个简约信息位点,平均转换与颠换的比值为6.14,序列中(A+T)的含量(58.7%)明显高于(G+C)的含量(41.3%),在143个个体中定义了35种单倍型,来自浙江、海南和台湾的养殖群体具有较多的共享单倍型(COⅠ-01、COⅠ-02和COⅠ-03),这3种单倍型同时也是优势单倍型。来自江苏的养殖群体的单倍型多样性最低(0.739),来自安徽的养殖群体的单倍型多样性最高(0.881)。全部样本的单倍型多样性指数为0.896,核苷酸多样性指数为0.004 65。5个养殖群体间的遗传距离为0.002 63~0.006 81,其中,来自浙江与海南的养殖群体的遗传距离最近,来自海南与安徽的养殖群体的遗传距离最远。5个养殖群体间的遗传分化系数为0.342 1(P<0.01),说明5个养殖群体间存在一定程度的遗传分化。综上,5个红螯螯虾养殖群体的遗传多样性存在差异,群体间存在着一定的基因交流。研究结果可为红螯鳌虾种质资源的合理开发利用提供分子生物学依据。 相似文献
16.
线粒体DNA遗传变异丰富,是研究群体遗传多样性重要手段.文章以伏牛山区伏牛白山羊、尧山白山羊和槐山羊3个地方山羊品种为研究对象,分析线粒体DNA D-loop区全序列遗传多态性,评估伏牛山区山羊遗传资源现状.遗传多态性研究结果表明,槐山羊(Hd=0.975,Pi=0.01092)与尧山白山羊(Hd=0.895,Pi=0.00832)遗传多态性丰富,伏牛白山羊(Hd=0.456,Pi=0.01234)为中度遗传多态性;系统发育树聚类为五小支(CladeⅠ～Ⅴ),伏牛白山羊存在独立分支,槐山羊和尧山白山羊未形成独立分支,3个品种间未达到种间遗传距离;单倍型分析共鉴定56个单倍型(Hap 1～56)和2个单倍群,且槐山羊和尧山白山羊存在共享单倍型(Hap 3、8和33).网络图结果表明伏牛山区3个山羊品种存在两个母系起源;中性检验结果表明伏牛白山羊经历瓶颈效应和平衡选择(P<0.02),槐山羊和尧山白山羊群体近期维持动态平衡(P>0.1).研究对国家山羊品种资源保护、开发和利用以及河南省区域生态和产业发展提供理论基础和生产指导. 相似文献
17.
【目的】明确不同水域黄河高原鳅群体免疫基因多样性水平和遗传组成,为黄河高原鳅自然种质资源现状的评估、保护及合理开发提供理论依据。【方法】采集黄河中上游不同河段的黄河高原鳅自然群体［青海循化（XH）群体、青海大通（DT）群体及甘肃景泰（JT）群体］样品,基于重组激活基因（Rag1）序列对不同黄河高原鳅群体的遗传多样性水平和遗传组成差异进行研究。【结果】在不同黄河高原鳅群体的Rag1基因序列中共检测到8个单倍型（H1~H8）,其中有5个单倍型（H1、H2、H3、H4和H6）在2个以上的群体间相互共享,尤其是单倍型H1、H4和H6在所有群体中均有分布。黄河高原鳅总群体的单倍型多态性为0.742,核苷酸多态性为0.003,在3个黄河高原鳅群体中共检测到28个多态位点。不同黄河高原鳅种群间的单倍型多态性范围在0.575~0.872,核苷酸多态性范围在0.002~0.003。XH群体与JT群体间的遗传分化系数（Fst）为0.037,XH群体与DT群体间的Fst为-0.041,JT群体与DT群体的Fst为-0.022;不同黄河高原鳅群体的分子遗传变异主要发生在群体内（占99.56%）。单倍型网络结构图及NJ聚类树和ML聚类树均显示,不同黄河高原鳅自然种群个体相互混合在一起,未按照采样河段地理位置形成明显的聚类结构,即黄河高原鳅不同单倍型间呈现混合的分布格局。【结论】黄河高原鳅群体遗传多样性水平中等,不同自然群体间的遗传多样性水平存在一定差异,但并未检测到显著的遗传差异,建议在野外进行管理和保护时仍可视为一个整体。 相似文献
18.
对江苏省扬州高邮、苏州张家港、泰州海陵3个地区宽体金线蛭自然群体的线粒体Cytb基因全序列进行了测定和分析。结果显示:宽体金线蛭Cytb基因全长1 146 bp,样本的A、G、T、C平均含量分别为27.57%、15.77%、43.49%、13.17%,A+T含量(71.06%)明显高于G+C含量(28.94%)。在77个宽体金线蛭样本中,共检测到96个多态位点,其中有58个简约信息位点,获得47个单倍型,共享单倍型数目1个。3个宽体金线蛭群体的平均单倍型多样性、核苷酸多样性、平均核苷酸差异数分别为0.9781、0.0133、15.20,其中泰州海陵群体的单倍型多样度(0.987 7)和核苷酸多样度(0.013 1)最高。3个群体间的遗传分化指数F_(st)为0.065 1～0.175 6,且差异显著(P0.05),不同群体间存在一定的遗传分化。分子方差分析(AMOVA)表明,11.13%的变异来自群体间,88.87%的变异来自群体内。用邻接法构建的单倍型系统发育进化树显示,不同地理群体的个体呈交错分布,没有形成明显的地理谱系。中性检验和核酸不配对分布结果表明,3个宽体金线蛭野生群体总体大小保持相对稳定,没有发生明显的种群扩张。 相似文献
19.
[目的]在核DNA水平根据DNA序列变异分析我国沿海8个互花米草种群的遗传结构。[方法]根据互花米草EST序列EH277045的序列信息设计引物,在8个种群共75份样本中扩增该序列,采取直接测序的方法,比较序列差异,计算多种遗传参数,分析中国互花米草种群的遗传多棹性与变异。[结果]共得到28个多态位点,将75份样本分为25种单倍型,核苷酸多样性为0．01l,单倍型多样性为0．794;种群间基因分化系数Gst,为0．163,遗传分化指数Fst,为0．222;AMOVA分析揭示79％的遗传差异来源于种群内,21％的遗传差异来源于种群间。[结论]我国互花米草种群遗传多样性水平高,种群间遗传分化较低,遗传多样性主要存在于种群内。 相似文献