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1.
不同源性H5亚型禽流感病毒株HA基因序列分析 总被引：1，自引：0，他引：1
本研究对1株鹅源和一株鸽源的H5N1亚型禽流感病毒血凝素（HA）基因进行扩增、克隆和序列分析。结果表明，所扩增的片段长均为1707bp，包含完整的开放阅读框架，编码568个氨基酸；该毒株有7个潜在糖基化位点；在HA裂解位点附近有6个碱性氨基酸序列插入。两毒株间核苷酸与氨基酸的同源性均为96．7％。该毒株与参考毒株的序列比较分析结果表明：核苷酸同源率分别为95．3％～99％；氨基酸同源率分别为95．1％～99.3％。 相似文献
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6株猪流感病毒分离株HA部分基因的克隆和序列分析 总被引：9，自引：0，他引：9
从6株H1N1亚型猪流感病毒(SIV)中提取RNA，用RT-PCR法扩增了其HA基因的部分cDNA片段，克隆后测定其核苷酸序列，并推导出相应的氨基酸序列。结果表明，扩增的6，株SIV HA部分基因长度均为1005个核苷酸，共编码335个氨基酸，氨基酸序列同源性在98．2％～100％之间。HA部分基因核苷酸序列与已发表的中国香港、中国大陆、美国及欧洲分离的经典H1亚型毒株相近，核苷酸和氨基酸序列同源性均在95％以上，同属H1亚型，系统发育分析表明6个SIV分离株均属于经典H1亚型，与欧洲类禽SIV分离株亲缘关系较远，其HA1、HA2之间切割位点序列均为PSIQSR↓G，从分子水平推论，均属于非高致病力毒株；其HA2氨基端的14个氨基酸残基均为GLFGAIAG—FlEGGW，且高度保守。从分子流行病学角度证实经典H1亚型WIV毒株在广东多个猪场猪群存在。 相似文献
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用SPF鸡胚增殖禽流感病毒（AIV）A／Turkey／Canada／63毒株，提取病毒基因组总RNA，应用RT-PCR技术分别扩增该病毒分离株的HA和NA基因全片段，并克隆到pMD18-T载体上。测序结果表明，该毒株的HA基因全长为1745bp，含有完整的阅读框架，编码566个氨基酸；NA基因全长1467bp，编码469个氨基酸。BLAST序列比较结果显示，该毒株HA基因属于H6亚型，NA基因属于N2亚型。将获得的HA和NA基因与AIV数据库中H6和N2基因进行遗传演化分析，表明该毒株HA基因与其他H6基因核苷酸的同源性为80．5％～87．3％，氨基酸的同源性为88．0％～93．1％；NA基因与其他N2基因核苷酸的同源性为86．0％～93．5％，氨基酸的同源性为90．6％～96．3％。 相似文献
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马传染性贫血驴强毒gp90基因的克隆和序列分析 总被引：1，自引：0，他引：1
以EIAV驴强毒株D-AmRNA为模板，利用RT-PCR技术，扩增了约1．4kb的gp90基因。将其克隆后进行了测序。测序结果表明所扩增的1338个核苷酸片段含有完整的gp90基因全序列。核苷酸和氨基酸序列比较分析结果表明：D-A EIAV与国内分离株辽系强毒L株差异率仅有1．8％，而与国外毒株(克隆1369，WENVl7、WENVl6、PSPEIAVl9)核苷酸差异率在35．5％～37．2％之间；D-A株与国内分离株L株氨基酸水平差异率在2．9％，而与国外毒株氨基酸水平上的差异率在42．6％—46．0％；D-AEIAV有19个N-连接糖基化位点，L株、WENVl7和WENVl6是18个，克隆1369、WENVl6和WENVl7亲本毒株PSPEIAVl9是12个。 相似文献
6.
新城疫病毒昌黎株与国外毒株HN蛋白基因核苷酸及氨基酸差异性 … 总被引：1，自引：0，他引：1
参考国外发表的新城疫病毒（ＮＤＶ）的ＨＮ基因序列设计了１对特异性引物，应用ＲＴ－ＰＣＲ对ＮＤＶ昌黎株（野毒）的ＨＮ基因进行了扩增，扩增产物克隆后测序。扩增出的ＨＮ基因核苷酸长度为１ ７４２ｂｐ，编码５７１个氨基酸，序列中有６个糖基化位点，１３个半胱氨酸残基，与国外发表的强毒株序列相符。核苷酸同源怀在８８．５％～９２．９％，推导的氨基酸序列同源性在９０．０％～９４．２％之间。 相似文献
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采集钦州活禽交易市场的鸡气管和泄殖腔的棉拭予样品,用H9亚型分型引物进行PCR初步筛选,阳性样品经SPF鸡胚尿囊腔接种分离病毒,通过RT-PCR方法扩增HA基因,并将其克隆到pMD—18T载体后进行序列测定和分析。结果表明,获得1株H9亚型禽流感病毒命名为：A／Chicken／Guangxi／qz40／2009（简称qz40）。测序结果表明qz40的HA基因片段全长1683bp,编码560个氨基酸;序列同源性比较结果表明,该毒株与参考毒株的核苷酸序列同源性为82．8％．99．9％,推导氨基酸同源性为87．5％．99．6％;HA基因的裂解位点氨基酸顺序为RSSRIGLF,为低致病性毒株;含有7个潜在的N-糖基化位点,其中5个位于HAl部分、2个位于HA2部分;基于H9亚型HA基因的进化树分析表明,qz40株属于欧亚种系的A／Chicken／Beijing／1／94（Ck／Bei—like）群系。 相似文献
8.
3株H9N2亚型禽流感病毒HA基因变异分析 总被引：2，自引：0，他引：2
对近10年来在同一地区分离到的3株H9N2亚型禽流感病毒血凝素(HA)基因进行扩增和序列分析,探讨H9N2亚型流感病毒变异情况.3个毒株的HA基因全长1 683bp,编码560个氨基酸;其裂解位点均为R-S-S-R,属于低致病力毒株;推导的HA基因氨基酸序列均含7个相同的潜在糖基化位点,受体结合位点为禽源性流感病毒特异性序列,左侧臂氨基酸均为NGQQG,右侧臂均为GTSKA.3个分离株与参考株核苷酸与氨基酸同源率均较高,仅有一些非关键位点突变.它们均属欧亚种系,与A/Duck/Hong Kong/Y280/97代表株亲源关系较近.研究结果从分子水平上证明H9N2亚型禽流感病毒近年来未发生较大变异. 相似文献
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南方三省猪繁殖与呼吸综合征病毒分子流行病学调查研究 总被引：1，自引：0，他引：1
根据VR2332和CH-1aE基因序列设计一对特异性引物，对广西、广东、海南三省15个猪繁殖与呼吸综合征病毒毒株E基因进行RT-PCR扩增，将扩增出的668bp片段插入pMD18-T载体中，进行序列测定。结果显示，15个毒株的E基因核苷酸序列之间的相似性为84．1％～100％，推导编码的氨基酸序列之间的相似性为81．1％～100％；与VR2332、CH-1a、LV株核苷酸之间的相似性分别为85．4％～98．5％、87．1％～96．2％、62．5％～63．8％，与VR2332、CH-1a、LV株氨基酸之间的相似性分别为83．1％～95．5％、86．1％～95．0％、51．7％～57．2％，表明15个毒株的E基因区域变异较大，均属美洲型。将15个流行毒株与国内外已发表的37株猪繁殖与呼吸综合征病毒相应序列进行比较，建立的遗传进化树表明这15个毒株分别属于3个亚群。推导编码氨基酸的比较结果表明，分别属于不同亚群的不同地区流行的猪繁殖与呼吸综合征病毒毒株在E基因编码蛋白的潜在糖基化位点数目、抗原表位区域和与毒力相关的氨基酸等均存在变异。 相似文献
10.
取临床分离的13株氧氟沙星（OFL）耐药菌，提取其质粒DNA，经纯化后人为模板，用PCR扩增gyrA基因喹诺酮耐药决定区（QRDR）；PCR阳性质粒的菌株，再扩增其染色体gyrA基因QRDR，直接测定质粒和染色体DNA扩增产物序列并进行分析。只有CE01菌株的质粒DNA和染色体DNA可扩增出长度为668bp的PCR产物片段，两者基因序列相同率为98．17％，相同位点突变相同的碱基有5个，相同位点突变不同的碱基有2个。与基因数据库中的大肠在杆菌gyrA基因相应序列比较，该菌质粒DNA PCR产物同源率为97．80％，有13个位点发生突变，3个氨基酸被替换；染色体DNA PCR产物同源率为97．80％，有13个位点发生突变，3个氨基酸被替换；染色体DNA PCR产物同源率98．00％，有12个位点发生突变，2个氨基酸被替换；都包括了国外资料报道的突变率较高的第83位氨基酸的突变。结果表明，该菌株质粒和染色体上都存在喹诺耐经基因，对OFL的耐药可能是质粒诱导和染色体突变共同作用的结果。 相似文献
11.
为了解禽流感病毒（AIV）在广西中越边境地区的流行情况，本研究在该地区活禽市场开展禽流感病原监测。监测过程中分离鉴定出1株H1N6亚型禽流感病毒，命名为A/Duck/Guangxi/F01/2016（H1N6），对其HA和NA基因进行序列测定，并与GenBank中下载的相关参考序列进行比对和遗传进化分析。结果显示，分离株HA基因与A/sparrow/Guangxi/GXs-1/2012（H1N2）的核苷酸同源性最高（96.9%），NA基因与A/Pavo cristatus/Jiangxi/JA1/2016（H5N6）的核苷酸同源性最高（98.2%）。HA基因裂解位点氨基酸序列为PSIQSR↓GLF，符合低致病性禽流感病毒分子特征；与部分N6亚型禽流感病毒一样，分离株NA基因有11个氨基酸缺失。此外，本研究还对分离毒株的受体亲和性进行了测定，结果显示该病毒优先结合唾液酸α-2，3-Gal受体。本研究结果表明A/Duck/Guangxi/F01/2016（H1N6）是一株重组低致病性禽流感病毒。 相似文献
12.
禽流感病毒A/Chicken/Yangzhou/N/2005(H9N2)HA基因的克隆及序列分析 总被引：1，自引：0，他引：1
根据GenBank公开发表的H9N2型禽流感病毒血凝素(HA)基因序列设计1对引物,用RT-PCR方法成功扩增出H9N2型禽流感病毒分离株A/Chicken/Yangzhou/N/2005(H9N2)HA基因,凝胶电泳结果显示,扩增产物为1.7 kb的单一条带,与预期结果相符.将PCR扩增片段连接到pCR2.1-T载体上,重组质粒酶切鉴定正确.序列测定分析结果显示,所获序列与GenBank中收录的H9N2亚型分离株核苷酸同源性最高达99%,与原型毒株A/Furkey/Wisconsin/1/1966(H9N2)氨基酸同源性为89%.对HA裂解位点附近的氨基酸序列分析表明,此毒株为低致病力毒株. 相似文献
13.
Dubey SC Dahal N Nagarajan S Tosh C Murugkar HV Rinzin K Sharma B Jain R Katare M Patil S Khandia R Syed Z Tripathi S Behera P Kumar M Kulkarni DD Krishna L 《Veterinary microbiology》2012,155(1):100-105
We characterized Influenza A/H5N1 virus that caused the first outbreak of highly pathogenic avian influenza (HPAI) in chickens in Bhutan in 2010. The virus was highly virulent to chicken, killing them within two days of the experimental inoculation with an intravenous pathogenicity index (IVPI) of 2.88. For genetic and phylogenetic analyses, complete genome sequencing of 4 viral isolates was carried out. The isolates revealed multiple basic amino acids at their hemagglutinin (HA) cleavage site, similar to other "Qinghai-like" H5N1 isolates. The receptor-binding site of HA molecule contained avian-like amino acids ((222)Q and (224)G). The isolates also contained amino acid residue K at position 627 of the PB2 protein, and other markers in NS 1 and PB1 proteins, highlighting the risk to mammals. However, the isolates were sensitive to influenza drugs presently available in the market. The sequence analysis indicated that the Bhutan viruses shared 99.1-100% nucleotide homology in all the eight genes among themselves and 2010 chicken isolate from Bangladesh (A/chicken/Bangladesh/1151-11/2010) indicating common progenitor virus. The phylogenetic analysis indicated that the Bhutan isolates belonged to sub-clade 2.2.3 (EMA 3) and shared common progenitor virus with the 2010 Bangladesh virus. Based on the evidence of phylogeny and molecular markers, it could be concluded that the outbreaks in Bhutan and Bangladesh in 2010 were due to independent introductions of the virus probably through migratory birds. 相似文献
14.
为进一步分析禽流感病毒(AIV)H5N2分离株血凝素(HA)基因的特性,参照已发表H5亚型禽流感HA基因序列设计了1对引物,采用RT-PCR技术,以禽流感病毒A/Ostrich/Denmark/72420/96(D96)RNA为模板,扩增了HA全基因并进行核苷酸同源性比较,氨基酸编码分析,绘制系统发育进化树。结果表明,扩增片段长1737个核苷酸,包含了完整的HA基因的开放阅读框架,与Genbank已发表的H5N1和H5N2分离株的HA基因序列比较,发现与国内H5N1分离株同源性较低,只有80%左右,而与H5N2各株序列具有很高的同源性,最高达97.5%,印证了AIV基因组8个片段间频繁的重组及AIV高变异性的特点。推导的氨基酸序列分析表明,HA蛋白裂解位点上游丢失了4个连续碱性氨基酸(R-R-R-K),裂解位点处氨基酸序列为E-T-R,仅包含一个碱性氨基酸(R-)残基,符合低致病性毒株的特征,证明为低致病性毒株。其HA推导后氨基酸序列与H5N1AIV的同源性接近90%,以其研究的疫苗,可以有效抵御我国流行的H5亚型AIV病毒的感染,同时因为是弱毒株,以其研制的疫苗具有更好的安全性,也更符合公共卫生学的要求。 相似文献
15.
本研究从广东省某猪场采集37份疑似猪流感症状的猪鼻拭子样品,接种于9日龄SPF鸡胚并收集尿囊液,通过血凝试验、血凝抑制试验和RT-PCR鉴定,分离得到一株猪流感病毒,经RT-PCR分别扩增8个基因片段,进行基因测序及序列分析,与GenBank收录的参考毒株比对并构建进化树。结果显示,分离毒株为H1N1亚型猪流感病毒,将其命名为A/swine/Guangdong/2/2018（H1N1）。遗传进化分析显示,分离株8个片段的核酸序列与A/swine/Guangdong/L3/2009（H1N1）对应序列的同源性均达99%以上,与经典型H1N1亚型猪流感病毒处于同一分支。分离毒株HA的裂解位点为PSIQSR↓GL,符合低致病性流感病毒分子特征。HA基因受体位点为190D、225G和226Q,表明本毒株既可以结合SAα-2,6-Gal型人类流感病毒SA受体,也有结合SAα-2,3-Gal型禽类流感病毒SA受体的可能,在28、40、104、304、498、557位氨基酸处有6个潜在糖基化位点;NA蛋白在50、58、63、68、98、146、235位氨基酸处有6个潜在糖基化位点,NA蛋白氨基酸序列活性中心位点为119E、199D、223I、275H、293R、295N,氨基酸分析位点未出现突变,表明本分离株对神经氨酸酶抑制剂类药物的敏感性较高,但在M2蛋白中,31位氨基酸由敏感型的（S）突变为抗药的（N）,提示可能对金刚烷胺类药物产生耐药性。开展猪流感病毒分离鉴定与遗传进化分析将为广东地区的猪流感流行和变异情况提供重要信息。 相似文献
16.
本研究于2011年－2014年在我国部分省区鸡群中鉴定出49株 H9N2亚型禽流感病毒,并对所有毒株的 HA 基因进行克隆、测序及序列分析。结果表明,49个毒株的 HA 基因开放阅读框全长均为1683 bp,编码560个氨基酸。所有分离株均属于以 HK/Y280/97株为代表的 H9．4．2谱系,并明显分成2个亚分支(H9．4．2．5和 H9．4．2．6)。分离株 HA 基因核苷酸同源性在87．1％~100％之间,与疫苗株 SH/F/98株、GD/SS/94株和 SD/6/96株核苷酸同源性在89．4％~92．5％之间。对 HA 基因的推导氨基酸序列分析表明,所有分离株裂解位点附近没有连续的碱性氨基酸插入,符合低致病力毒株特征,受体结合位点为PWTN?LY 形式,受体结合位点左沿为 NGLM/QGL 形式,右沿均为 GTSKA 形式。在49个分离株中共发现10个潜在糖基化位点,但只有6个糖基化位点保守。研究表明,近年来 H9N2亚型禽流感在我国多个地区流行,2013年以后流行毒株趋势以 H9．4．2．5为主,但病毒基因仍在不断发生变异,因此需要继续加强对H9N2亚型禽流感分子流行病学的监控。 相似文献
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在2019年1月-2019年6月对云南出现呼吸道疫病的57个鸡场进行H9亚型禽流感检测的基础上,选取石林和楚雄2个H9亚型禽流感阳性样品进行病毒分离。从分离的H9N2亚型禽流感病毒感染鸡胚尿囊液中提取总RNA,采用特异性引物经反转录PCR分别扩增HA和NA基因,PCR产物纯化后进行测序。序列比对及系统发育分析结果表明,云南2株H9N2毒株HA基因核苷酸序列同源性为94.2%,NA基因核苷酸序列同源性为93.6%,系统进化分析表明云南H9N2亚型禽流感病毒HA和NA基因均属于欧亚谱系中的类ADKHKY28097分支（Y280-like）,ACKYN12019和ACKYN72019 HA基因之间的同源性为94.3%,与参考毒株ACKJX2448的同源性最高,为95.6%~98.5%,与中国流行的H9N2代表株和疫苗株同源性较低。HA蛋白333-340位裂解位点为PSRSSR↓GLF,具有低致病性禽流感病毒分子特征,受体结合位点均发生E198T和Q234L的突变,具有人样受体结合特征,在29、141、298、305、313、492位氨基酸有6个糖基化位点。ACKYN12019和ACKYN72019 NA基因同源性为93.6%,与Y280-like代表毒株的同源性分别为97.1%~97.5%和93.7%~94.6%,NA蛋白缺失63、64、65位氨基酸,在44、69、86、146、200、234位氨基酸处存在6个潜在的糖基化位点,NA蛋白红细胞结合（HB）位点分析发现,368-369、399-403、432位氨基酸处存在变异。研究结果显示,H9N2亚型禽流感病毒一直处于不断的变异之中,故应加强其监测与防控。 相似文献
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一株绿鹭源H9N2亚型禽流感病毒全基因组序列分析 总被引：1，自引：0，他引：1
为了解野生水禽绿鹭(Butorides striata)中分离到的1株H9N2亚型禽流感病毒(A/striated heron/Yunnan/2018)的生物学特性;对其进行全基因组序列扩增、测序、进化分析;序列分析显示:该分离株HA、NA基因位于Y280-like分支、PB2、M基因位于G1-like分支、PA、PB1、NP、NS基因位于F98-like分支,分别与H9、H7、H10等多种亚型的AIV同源性较高,该分离株不同基因片段来源较复杂。HA裂解位点氨基酸序列为333PSRSSR↓GL340,符合低致病性禽流感病毒(LPAIV)氨基酸序列特征;S145N突变增加了一个糖基化位点,提示该位点出现可能会使毒株致病性提高,免疫原性发生改变;HA受体结合位点发生Q234L突变,表现出人流感病毒受体结合特性;NA基因出现第63—65位氨基酸缺失,M1发生N30D,T215A突变,M2发生S31N的突变,PB2、PB1、NS、NP、PA关键位点未发生变化,分析结果提示当前分离株已出现耐药性、致病性增强的变化。本研究表明该分离株呈现遗传演化的多样性及基因重组的复杂性,因此加强对野生水禽类禽流感病毒的监测和研究具有重要的公共卫生意义。 相似文献
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Said AW Kodani M Usui T Fujimoto Y Ito T Yamaguchi T 《The Journal of veterinary medical science / the Japanese Society of Veterinary Science》2011,73(4):545-548
Embryonated chicken eggs (ECEs) are routinely used to isolate equine influenza virus. Propagation of the virus in ECEs results in selection of variants. In the present study, we determined nucleotide sequences of entire coding regions of parent A/equine/Tottori/1/07 (H3N8) and its derivatives that have different passage histories in ECE. After 12 passages, nucleotide sequence analysis predicted 3 amino acid substitutions in hemagglutinin (HA; 2 in HA1 and 1 in HA2). The two amino acid substitutions in HA1 were located in the vicinity of the cell receptor-binding site. Three other amino acid substitutions were predicted in internal proteins, 1 in the M1, 1 in the NP and 1 in the PA. This is the first report showing mutations in the internal protein genes of equine influenza virus associated with adaptation to ECE. 相似文献