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1.
从湖南分离得到一株H5N1亚型禽流感病毒(AIV),首先设计合成两对HA和NA基因特异性引物,采用两步法RT-PCR,对鸭流感病毒株 A/Duck/HunanWugang/2/2004(H5N1)(简称DK/HNWG/2/04)的表面蛋白基因进行序列测定,并与国内外已经发表的H5N1亚型毒株表面蛋白基因进行序列分析和比较.结果表明,HA和NA基因全长分别约为1.7 kb和1.4 kb,分离株与14个参考毒株HA基因的同源性为95.9%～98.0%,NA基因的同源性为87.0%～98.4%.根据HA基因核苷酸序列推导HA裂解位点氨基酸,发现分离株的裂解位点包含多个碱性氨基酸,符合高致病性禽流感的特征. 相似文献
2.
《畜牧与兽医》2016,(3):16-20
为了解H9N2亚型禽流感病毒广西分离株的遗传变异情况,采用RT-PCR技术扩增了10株从2011~2014年广西不同地区分离的H9N2亚型AIV的HA基因片段,并对所得序列进行同源性和遗传进化分析。结果显示,10个毒株的HA基因全长1 683 bp,编码560个氨基酸;10株分离株的裂解位点均为PSRSSR↓GLF,为典型低致病性禽流感病毒的特征序列。10株分离株234位氨基酸均为L,具有与哺乳动物唾液酸α-2,6受体结合的特征。分离株与参考毒株HA基因的核苷酸与氨基酸同源性均较高,分别为79.3%~98.7%和85.0%~98.6%,均属欧亚种系,其中与A/Duck/Hong Kong/Y280/97亲源关系较近。研究结果从分子水平上证明H9N2亚型禽流感病毒近年来未发生较大变异。 相似文献
3.
为了解上海市活禽市场H9N2亚型禽流感病毒(AIV)分离株的遗传变异情况,本研究对2017年分离的6株H9N2 AIV的8个基因片段进行RT-PCR扩增、克隆和测序,并对获得的HA基因序列进行同源性和关键位点分析.结果显示:6个分离株的HA裂解位点均为RSSR↓GLF,符合低致病性AIV的分子特征;6株分离株均有8处糖基化位点;受体结合位点除198位和202位有变异外,其它位点均保守,226位氨基酸均为L,228位氨基酸均为G,因此具有与哺乳动物唾液酸α2-6受体结合的特征;所有分离株HA基因核苷酸同源性为93.4%~99.9%,氨基酸同源性为93.8%~99.5%,HA基因进化树显示上述6株分离株均属于近几年在中国鸡群中流行的h9.4.2.5分支;从8个基因片段组成方式分析这6个毒株属于G57基因型.本研究结果为H9N2亚型AIV的防控和疫苗研制提供了科学参考. 相似文献
4.
禽流感病毒A/Ostrich/Denmark/72420/96 (LPAI-H5N2)HA基因的研究 总被引：1，自引：0，他引：1
采用RT-PCR技术,以A/Ostrich/Denmark/72420/96(D96)RNA为模板,扩增了HA基因,并进行了序列分析。结果表明:扩增HA片段长1 737个核苷酸,包含了完整的HA基因的开放阅读框架。与已报道的部分不同年代和地域的H5N1和H5N2分离株进行序列比较,与H5N1各株序列同源性均在80%左右,而该基因序列与H5N2各株序列具有很高的同源性,高达97%以上。HA基因裂解位点上游丢失了4个连续碱性氨基酸(R-R-R-K),裂解位点处氨基酸序列为E———T R,为低致病力毒株的一个标志。其推导后氨基酸序列与H5N1AIV的同源性达90%。这也从分子水平对以其为种子株研制的疫苗能够有效抵御我国流行的H5亚型AIV病毒的感染做了合理的阐释,且由于其为弱毒株,安全性更好,也更符合公共卫生学的要求。 相似文献
5.
禽流感病毒A/Chicken/Yangzhou/N/2005(H9N2)HA基因的克隆及序列分析 总被引：1，自引：0，他引：1
根据GenBank公开发表的H9N2型禽流感病毒血凝素(HA)基因序列设计1对引物,用RT-PCR方法成功扩增出H9N2型禽流感病毒分离株A/Chicken/Yangzhou/N/2005(H9N2)HA基因,凝胶电泳结果显示,扩增产物为1.7 kb的单一条带,与预期结果相符.将PCR扩增片段连接到pCR2.1-T载体上,重组质粒酶切鉴定正确.序列测定分析结果显示,所获序列与GenBank中收录的H9N2亚型分离株核苷酸同源性最高达99%,与原型毒株A/Furkey/Wisconsin/1/1966(H9N2)氨基酸同源性为89%.对HA裂解位点附近的氨基酸序列分析表明,此毒株为低致病力毒株. 相似文献
6.
为了解禽流感病毒（AIV）在广西中越边境地区的流行情况，本研究在该地区活禽市场开展禽流感病原监测。监测过程中分离鉴定出1株H1N6亚型禽流感病毒，命名为A/Duck/Guangxi/F01/2016（H1N6），对其HA和NA基因进行序列测定，并与GenBank中下载的相关参考序列进行比对和遗传进化分析。结果显示，分离株HA基因与A/sparrow/Guangxi/GXs-1/2012（H1N2）的核苷酸同源性最高（96.9%），NA基因与A/Pavo cristatus/Jiangxi/JA1/2016（H5N6）的核苷酸同源性最高（98.2%）。HA基因裂解位点氨基酸序列为PSIQSR↓GLF，符合低致病性禽流感病毒分子特征；与部分N6亚型禽流感病毒一样，分离株NA基因有11个氨基酸缺失。此外，本研究还对分离毒株的受体亲和性进行了测定，结果显示该病毒优先结合唾液酸α-2，3-Gal受体。本研究结果表明A/Duck/Guangxi/F01/2016（H1N6）是一株重组低致病性禽流感病毒。 相似文献
7.
为了解禽流感病毒(AIV)在广西中越边境地区的流行情况,本研究在该地区活禽市场开展禽流感病原监测。监测过程中分离鉴定出1株H1N6亚型禽流感病毒,命名为A/Duck/Guangxi/F01/2016(H1N6),对其HA和NA基因进行序列测定,并与GenBank中下载的相关参考序列进行比对和遗传进化分析。结果显示,分离株HA基因与A/sparrow/Guangxi/GXs-1/2012(H1N2)的核苷酸同源性最高(96.9%),NA基因与A/Pavo cristatus/Jiangxi/JA1/2016(H5N6)的核苷酸同源性最高(98.2%)。HA基因裂解位点氨基酸序列为PSIQSR↓GLF,符合低致病性禽流感病毒分子特征;与部分N6亚型禽流感病毒一样,分离株NA基因有11个氨基酸缺失。此外,本研究还对分离毒株的受体亲和性进行了测定,结果显示该病毒优先结合唾液酸α-2,3-Gal受体。本研究结果表明A/Duck/Guangxi/F01/2016(H1N6)是一株重组低致病性禽流感病毒。 相似文献
8.
《养禽与禽病防治》2019,(9)
对一株从家禽上分离的H7N9亚型禽流感病毒利用R T-PCR方法扩增出HA和N A基因片段,对其序列进行测定和遗传进化分析,同时对核苷酸、氨基酸同源性,受体结合位点、潜在糖基化位点、裂解位点和毒力位点进行分析。结果显示A/Chicken/SD/H7N 9株与3株人源H7N 9亚型禽流感病毒株同源性高达97.0%以上,属亚欧分支、四源重组新型H7N9亚型禽流感病毒。HA受体结合位点发生的G186V突变及宿主特异性表明SD株存在感染人的可能性但不具有感染哺乳动物的能力。HA蛋白裂解位点处两个连续的碱性氨基酸和NA蛋白颈部5个氨基酸的缺失提示该毒株属于高致病力毒株且毒力存在变强的可能性。 相似文献
9.
为了解近年来中国部分地区H9N2亚型禽流感病毒流行特点及遗传进化情况,利用RT-PCR方法扩增2012~2015年分离的17株H9N2亚型禽流感病毒的HA基因片段,并进行序列测定和遗传进化分析,同时对HA蛋白的裂解位点、受体结合位点和潜在的糖基化位点进行分析。结果显示,17株H9N2亚型禽流感病毒HA基因核苷酸和推导的氨基酸同源性分别为87%~100%和75%~100%,均属于Y280-like亚系毒株。HA基因裂解位点均为非连续碱性氨基酸,属于低致病力毒株。HA基因受体结合位点149、198、234和235位氨基酸存在变异,其中,16株分离毒株的234位氨基酸由Q突变为L,表现出人流感病毒受体结合特征。潜在糖基化位点分析结果显示,11株病毒在218位氨基酸处缺失1个糖基化位点,4株病毒在492位氨基酸处缺失1个糖基化位点,17株病毒在313位氨基酸处增加1个糖基化位点。研究结果表明,应加强对H9N2亚型AIV的流行病学监测,关注疫苗毒株与流行毒株的差异。 相似文献
10.
《中国家禽》2020,(2)
为了探究2株鹌鹑源H9N2亚型禽流感病毒(H9N2 AIV)HA基因的遗传进化关系,分别对2株鹌鹑源H9N2亚型AIV的HA基因进行了序列测定及遗传进化分析。结果显示,2株鹌鹑H9N2亚型AIV的HA基因核苷酸同源性为97.7%,与参考毒株A/Quail/wuxi/7/2010(H9N2)相比,分别为97.7%、97.0%,均属于h9.4.2进化分支(Y280-like亚群);其推导氨基酸裂解位点均为PSRSSR↓GL,属于低致病性AIV;均存在8个相同的潜在糖基化位点,第313位的糖基化位点正好位于HA蛋白裂解位点附近,可能影响HA的裂解,改变AIV的毒力;受体结合位点第234位均为L,具有结合哺乳动物唾液酸α-2,6受体的特征。结果表明,2株鹌鹑H9N2亚型AIV均为低致病性AIV,但具有感染人的特征,其HA基因均属于大陆H9N2亚型AIV流行谱系的h9.4.2分支。 相似文献
11.
2004初从正常鸭群中分离到一株鸭源禽流感病毒，命名为A／Duck／HN／4／2004(H6N2)。经对血凝素基因(HA)序列分析发现HA基因全长为1744bp，共编码566个氨基酸，在裂解位点仅含一个碱性氨基酸-精氨酸(R)，符合LPAIV的标准。将所得基因序列与已发表的同一亚型参考序列分析表明，与H6亚型流感HA基因同源性为89．2％-97．1％，经分子遗传演化分析表明本次分离株与香港分离株A／Duck／Hong Kong／3600／99(H6N2)、A／Duck／Hong Kong／3600／99(H6N2)最近。 相似文献
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鸭源H5N1亚型高致病性禽流感病毒的分离鉴定及其HA和NA基因的生物信息分析 总被引：1，自引：1，他引：0
分离到1株 H5N1亚型高致病性禽流感病毒, 经序列测定发现HA蛋白裂解位点上插入多个连续的碱性氨基酸（PQREIRRKKR*G）,从分子上证实是一株高致病性禽流感病毒。核酸序列比较分析结果表明,分离的流感病毒HA基因与A/duck/VietNam/Ncvd1/2002(H5N1)同源率最高,达到98.8%;NA基因与A/duck/VietNam/Ncvd1/2002(H5N1) 和A/chicken/Jiangsu/cz1/2002(H5N1)同源率最高,达到98.7%。氨基酸水平上,HA与A/duck/Viet Nam/Ncvd1/2002(H5N1)同源率最高,可达99.3%;NA与A/chicken/Jiangsu/cz1/2002(H5N1)同源率最高,达98.7%。HA与NA基因的潜在糖基化位点与作者所选参比毒株一致。通过遗传进化树分析结果表明,A/duck/VietNam/Ncvd1/2002(H5N1)可能是该毒株的来源株。 相似文献
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33株H9N2亚型禽流感病毒分离株分子流行特点的研究 总被引：3，自引：0，他引：3
在1998至2007年期间,采集了我国不同地区、不同宿主来源的H9N2亚型禽流感病毒株,应用逆转录聚合酶链反应(RT-PCR)扩增HA基因,获得33株H9N2亚型禽流感病毒的核苷酸序列。结合GenBank中公开发表的其他国内H9亚型禽流感HA基因序列共65株,应用计算机软件绘制进化树,进行H9亚型禽流感病毒谱系全景分析,探索H9亚型禽流感的流行趋势。分析结果表明:这65株的基因进化树主要分为三个系列,每个系列毒株均呈现全国性流行分布;三个系列毒株可在同一时间段内、同一地区发生流行;不同时间的流行毒株虽有变异,但大部分归属于三个系列中。无论从时间的推移上还是地域的转变中,病毒均没有表现出明显的时间演变与地理分布特征,进一步显示了H9亚型禽流感的复杂性和多样性。 相似文献
14.
一株绿鹭源H9N2亚型禽流感病毒全基因组序列分析 总被引：1，自引：0，他引：1
为了解野生水禽绿鹭(Butorides striata)中分离到的1株H9N2亚型禽流感病毒(A/striated heron/Yunnan/2018)的生物学特性;对其进行全基因组序列扩增、测序、进化分析;序列分析显示:该分离株HA、NA基因位于Y280-like分支、PB2、M基因位于G1-like分支、PA、PB1、NP、NS基因位于F98-like分支,分别与H9、H7、H10等多种亚型的AIV同源性较高,该分离株不同基因片段来源较复杂。HA裂解位点氨基酸序列为333PSRSSR↓GL340,符合低致病性禽流感病毒(LPAIV)氨基酸序列特征;S145N突变增加了一个糖基化位点,提示该位点出现可能会使毒株致病性提高,免疫原性发生改变;HA受体结合位点发生Q234L突变,表现出人流感病毒受体结合特性;NA基因出现第63—65位氨基酸缺失,M1发生N30D,T215A突变,M2发生S31N的突变,PB2、PB1、NS、NP、PA关键位点未发生变化,分析结果提示当前分离株已出现耐药性、致病性增强的变化。本研究表明该分离株呈现遗传演化的多样性及基因重组的复杂性,因此加强对野生水禽类禽流感病毒的监测和研究具有重要的公共卫生意义。 相似文献
15.
A型流感病毒（AIV）引起的禽类禽流行性感冒（avian influenza,AI）或相关疾病,被国际兽疫局定为甲类传染病。AIV中最容易突变的基因是血凝素（HA）基因,具有亚型和株的特异性,是区分病毒亚型的依据之一。本研究从GenBank中下载了所有209条鸭源H5禽流感病毒HA基因的全序列,利用生物信息学软件构建进化树研究序列的聚类特点;比较不同年份毒株的HA基因的受体结合位点氨基酸,找出受体结合位点氨基酸的变异规律;比较不同年份分离的鸭源H5N1序列的HA1和HA2蛋白的剪切位点,找出各年份毒株的剪切位点的特点;比较不同年份分离序列的潜在糖基化位点,统计各年份潜在糖基化位点的数量以及序列变化。期望找到H5亚型鸭源流感病毒的变异规律和变异方向,为鸭源流感的防控起到积极的作用。 相似文献
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为了研究H9N2亚型AIV A/Chicken/Guangdong/333/2008的全基因组序列变异情况,试验利用RT-PCR方法扩增出该病毒的8个基因序列,并应用DNAStar和MEGA4.0软件分析所得基因序列。结果表明:该病毒HA基因的第226位氨基酸由Q(Gln)变为了L(Leu),其NP基因与Viet Nam/1203/2004(H5N1)的NP基因同源率最高。说明该病毒已具备了感染哺乳动物的分子特征,并可能在遗传演化过程中突变为高致病性的禽流感病毒(AIV)。 相似文献