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1.
为了解广东省H9亚型禽流感病毒HA基因变异情况,对2017—2018年从广东省活禽市场获得的13株H9亚型禽流感病毒HA基因进行序列分析,发现13个毒株均属于h9.4.2.5分支;潜在的糖基化位点均为8个,主要变异表现在218～220 aa处1个位点缺失和313～315 aa处1个位点增加;受体结合位点主要表现为K149N、A150T、V198T、Q234L和Q235M突变,其中234～236 aa位点突变为LMG,与人源受体相同,具有可感染人的分子特征;抗原性相关位点除201 aa位点较为保守外,其余6个位点主要表现为G90E、S145D、D153G、N167G、A168N、T200R位点的突变,此外168 aa由天冬氨酸(D)突变为天冬酰胺(N),并成为主要氨基酸。以上基因突变提示,当前流行毒株的抗原性可能发生了较大变异,现有疫苗株可能对流行毒株不能提供有效的保护,需要研发新的疫苗毒株。 相似文献
2.
2006-2007年云南流行H9N2禽流感病毒血凝素全基因序列分析 总被引：2，自引：1，他引：1
为调查云南省H9N2亚型禽流感病毒的分子流行病学情况,对2006年6月至2007年4月从云南省16地州随机采集了各种家禽、家猪的5 728份喉气管和口腔棉拭子样品进行RT-PCR检测,276份样品呈H9N2阳性.将具有代表性的17份阳性样品的HA全长基因序列测定和分析.结果表明:株间HA基因同源性为91%～100%,推导氨基酸同源性95%～100%,所测序列与云南1999年分离H9N2毒株ackynkenxie-1-99的同源性仅为93%.根据HA基因同源性,可将17个毒株可分为2个亚群,一个亚群的12株HA基因同源性高达97%以上,与Qa/ST3143/05和C/Bei1/94同源性是97%和93%,其中的11株毒株HA基因全长1 671,编码556aa,存在第6～9位4 aa缺失,只有AC/Yndq/06株HA基因1 683.编码560 aa.另外一个亚群的其余5株,同源性98%以上,HA基因全长1683 bp,编码560 aa.17个毒株中3个存在218～220 aa糖基化位点变异,1个毒株551～553 as糖基化位点发生变异.所有毒株在HA裂解位点处没有连续性碱性氨基酸插入,受体结合位点处的氨基酸没有变异. 相似文献
3.
H9N2亚型禽流感病毒(Avian influenza virus, AIV)通过为其他流感病毒提供内部基因或直接跨越种间屏障感染人，而活禽市场是H9N2亚型AIV传播的主要传播途径之一。为了解吉林省长春地区城乡活禽市场H9N2亚型AIV流行特点和趋势，对2021年9月至2023年4月在4个城乡活禽市场分离到3株代表性H9N2亚型AIV进行了分子遗传进化分析。结果显示3株毒株HA蛋白裂解位点均为PSKSSR↓GLF,其受体结合位点的第226位氨基酸由Q突变为L,可与α,2-6唾液酸受体结合，具有感染人的特性。分子遗传进化分析显示3株毒株的HA基因归属于BJ-94谱系中h9.4.2.5亚分支；NA基因归属Y280谱系；PB2、M基因均属于G1谱系；剩余内部基因均属于F-98谱系。研究结论丰富当前国内H9N2亚型AIV的流行病学研究，提示需加强病毒变异监控和新疫苗研发。 相似文献
4.
为了解近期中国北方禽源H9N2亚型禽流感病毒(AIV)流行规律及分子遗传进化特征,本实验对2011年在中国北方家禽中分离到的11株H9N2亚型AIV通过RT-PCR扩增病毒的HA基因片段,进行测序及遗传进化分析,并对这些病毒的受体结合性进行了检测.结果表明:11株H9N2亚型AIV分离株的HA基因在HA1和HA2的氨基酸裂解位点均为PSRSSR/GLF基序,符合低致病性病毒株氨基酸序列特征.多数病毒HA潜在糖基化位点为8个,所有分离株病毒的受体结合位点226位均为L,经红细胞受体结合性试验验证表明这些病毒均同时具有α-2,3和α-2,6受体结合特性,表明目前北方地区流行的H9N2亚型AIV具有感染哺乳动物的潜在威胁.本研究结果对加强H9N2病毒的分子流行病学监测具有重要意义. 相似文献
5.
《畜牧与兽医》2016,(10):76-81
为了解2014年上海地区鸡群中5株H9N2亚型禽流感病毒HA和NA基因的遗传变异特征,以及与疫苗株A/Chicken/Shandong/6/1996和A/Chicken/Shanghai/F/1998之间的遗传距离与血凝特性,对HA和NA进行了测序,结合Gen Bank中的相关序列进行遗传进化分析。结果表明:5株H9N2亚型毒株的HA蛋白裂解位点的氨基酸组成为RSSRGLF,符合低致病性禽流感病毒特征,5株毒株均属于经典的H9N2 Ck/Bei群系;其NA基因均属于Y280系;这5株病毒的HA1基因与疫苗株A/Chicken/Shandong/6/1996和A/Chicken/Shanghai/F/1998之间的遗传距离均大于7%。此外这5株病毒与以往上海地区分离的H9N2病毒的HA和NA基因同源性,以及HA基因上的关键位点,均存在一定的变化。F3代的HA基因与F1代相比较,均存在糖基化位点的缺失。由此可见,H9N2亚型禽流感病毒毒株在不断变异,而且现有疫苗对分离株的保护性需要进一步的研究,HA上糖基化位点的变化会引起宿主特异性的改变。 相似文献
6.
目前流行的甲型H1N1流感病毒是一个复杂的基因重配病毒。对病毒的分子生物学研究,尤其是病毒囊膜蛋白血凝素（haemagglutini,HA）基因和神经氨酸酶（neuraminidase,NA）基因的研究,为控制和预防H1N1流感病毒具有重要的意义。本研究对中国流行的2009甲型H1N1猪源流感病毒的HA和NA基因与疫苗株A/California/07/2009（H1N1）,以及不同国家和地区的病毒株进行核苷酸和氨基酸序列分析。从NCBI的GenBank数据库下载所需要毒株的序列,采用Lasergene 6.0软件包中的EditSeq和MegAlign进行序列分析,进化树分析采用MEGA4.1软件。进化分析表明,中国流行的2009 H1N1流感病毒与疫苗株的核苷酸同源率分别在98.8%~99.7%和98.6%~99.6%之间;裂解位点处为I/VPSIQSR↓G,不具备高致病性流感病毒的特征;有1株NA抗性病毒。尽管与疫苗株相比,中国流行株2009甲型H1N1猪源流感病毒的HA和NA基因有部分突变,但这些突变并不是重要的。本研究首次详细分析了中国流行的2009甲型H1N1猪源流感病毒株与疫苗株的HA和NA基因的分子特征,对实时监测流感病毒HA和NA基因的变化具有重要意义。 相似文献
7.
1株野禽源H5N6亚型禽流感病毒的分离鉴定与遗传进化分析 总被引：1，自引：0，他引：1
《中国兽医杂志》2017,(5)
为了解野生鸟类禽流感病毒的流行情况,对2015-2016年广州地区野生鸟类进行流感监测,分离得到1株H5N6流感病毒。对病毒分离株进行基因克隆、测序和序列分析,结果显示,HA基因属于Clade2.3.4.4,HA蛋白的裂解位点处具有多个连续碱性氨基酸,具备高致病性禽流感病毒的典型分子特征。各基因片段分别与H5N6亚型的猫和家禽等的不同宿主病毒株相应片段具有较高相似性,揭示了野鸟作为流感病毒孵化器的可能性,提示需加强对野生鸟类禽流感监控。 相似文献
8.
为了解中国目前H9N2亚型禽流感病毒(avian influenza virus,AIV)血凝素(HA)基因的遗传变异情况,对中国不同地区分离的10株H9N2亚型AIV的HA基因进行扩增、克隆和测序,并对所获得的HA全序列进行同源性和遗传进化分析。结果表明,10个分离株的裂解位点均为RSSR↓GLF,符合低致病性AIV的分子特征;10个分离株有7~9个潜在糖基化位点,由于基因突变有些HA基因出现了新的糖基化位点;与参考株相比,发现了4个抗原表位的突变,这些表位的突变可能引起病毒致病性的改变;受体结合位点除198位有变异外,其他位点均较保守;6株病毒234位氨基酸均为L,具有与哺乳动物唾液酸α,2-6受体结合的特征;10个分离株HA基因与国内疫苗株的核苷酸及氨基酸序列同源性分别为90.4%~99.2%和92.2%~98.7%;10个分离株同属于欧亚谱系中的A/duck/Hong Kong/Y280/97群,但差异显著,为此本试验又将其分为4个不同的亚群。人工感染排毒试验结果表明,BJ15和NJ17分离株在鸡体内具有较强的复制能力,排毒周期较长且排毒量也较大,而S145N的漂变导致在145-147位氨基酸多出1个糖基化位点NGT,可能是分离株复制能力增强的原因。 相似文献
9.
为了解上海市活禽市场H9N2亚型禽流感病毒(AIV)分离株的遗传变异情况,本研究对2017年分离的6株H9N2 AIV的8个基因片段进行RT-PCR扩增、克隆和测序,并对获得的HA基因序列进行同源性和关键位点分析.结果显示:6个分离株的HA裂解位点均为RSSR↓GLF,符合低致病性AIV的分子特征;6株分离株均有8处糖基化位点;受体结合位点除198位和202位有变异外,其它位点均保守,226位氨基酸均为L,228位氨基酸均为G,因此具有与哺乳动物唾液酸α2-6受体结合的特征;所有分离株HA基因核苷酸同源性为93.4%~99.9%,氨基酸同源性为93.8%~99.5%,HA基因进化树显示上述6株分离株均属于近几年在中国鸡群中流行的h9.4.2.5分支;从8个基因片段组成方式分析这6个毒株属于G57基因型.本研究结果为H9N2亚型AIV的防控和疫苗研制提供了科学参考. 相似文献
10.
本实验室于2016年在天津分离到一株猪流感病毒(SIV),命名为A/swine/Tianjin/312/2016(H1N1)(简称为TJ312株)。为了解该株病毒的生物学特性及遗传演化特征,本研究对经PCR分段扩增该病毒全基因组并测序,采用SeqMan软件拼接成全基因组序列经BLAST比对,得到与该SIV各基因节段序列同源性最高的病毒株,采用mafft分析其各基因节段编码氨基酸序列的分子特征,利用MEGA5.1软件分别构建该病毒8个基因节段的进化树。结果显示,SIV TJ312株各基因节段与2016年分离自天津的H1N1 SIV相应各基因节段的同源性在99%～100%。进化树结果显示该病毒株HA、NA和M基因均来自欧亚类禽H1N1 (EA H1N1) SIV谱系;PB2、PB1、PA和NP基因来自2009/H1N1流感病毒谱系;NS基因来自北美三重配H1N2 SIV谱系。蛋白分子特征分析结果显示,HA蛋白碱性氨基酸裂解位点序列为PSIQSR↓G,符合低致病性流感病毒分子特征;受体结合位点符合人源唾液酸受体(α-2,6唾液酸受体)的分子特性;NA蛋白aa275为H、aa295为N,且该蛋... 相似文献
11.
为探讨小反刍兽疫病毒（peste des petits ruminants virus,PPRV）贵州流行株N基因分子特征和分群,试验设计了1对特异性引物,应用RT-PCR技术对小反刍兽疫（peste des petits ruminants,PPR）临床样本进行N基因扩增,克隆至pMD19-T载体,对阳性重组质粒进行测序,应用DANStar软件对测序序列和参考序列进行核苷酸同源性、氨基酸同源性、变异位点及系统进化树分析。结果显示：PPRV贵州流行株N基因扩增长度为1 578 bp,其相互间核苷酸、氨基酸同源性分别为99.6%~100.0%及99.2%~100.0%,与国内参考株N基因的核苷酸序列（97.7%~99.9%）及氨基酸序列（98.3%~100.0%）同源性较国外参考株（88.5%~97.7%和92.2%~98.5%）高;PPRV贵州流行株N基因编码的氨基酸同疫苗株Nigeria 75-1相比存在26个位点突变,但没有氨基酸的缺失或增加;基于N基因系统进化分析显示,PPRV贵州流行株同国内参考株处于同一个进化分支,但与国外参考株处于不同进化分支;其属于病毒进化的Ⅳ基因群,与国内参考株处于同一系统分群,但与疫苗株Nigeria 75-1（Ⅰ基因群）处于不同基因群。 相似文献
12.
为了解上海地区犬瘟热病毒（Canine distemper virus，CDV）遗传变异情况，本研究采用首尾重叠的11对特异性引物，对CDV上海株SH202003进行RT-PCR扩增，将扩增片段进行反复测序，序列拼接后最终获得了SH202003株全基因组序列，应用Lasergene 7.0和Mega 6.0软件对全基因及H基因进行序列分析，并构建系统进化树。结果显示，SH202003株基因组全长为15 690 bp，编码6种结构蛋白（N、P、M、F、H和L），H和L基因间隔序列为CUA，L和5'端尾随序列为CAA，与Hebei株核苷酸和氨基酸相似性最高，达到98.6%和96.6%，与疫苗株核苷酸相似性在92.2%~94.3%，氨基酸相似性只有82.7%~87.0%；全基因进化树中，SH202003株与流行野毒株在同一分支，与疫苗株在不同的分支；H基因同样与Hebei株亲缘关系最近，核苷酸和氨基酸相似性分别为98.7%和99.5%，与疫苗株Snyder Hill、CDV3、Convac及Onderstepoort亲缘关系较远；SH202003株处于Asia-1型分支，属于Asia-1型强毒株；SH202003株具有9个潜在N-糖基化位点，与强毒株Hebei株一致。研究表明，上海株SH202003属于CDV强毒株，为Asia-1型，其H基因序列相对保守，具有9个潜在N-糖基化位点，但是全基因序列存在较多突变，与疫苗株的匹配度较差，可能是免疫犬依然发生犬瘟热的主要原因。 相似文献
13.
为了解狂犬病口服疫苗SRV9毒株的基因序列与生物学特性的关系,并就其主要抗原位点与国内外现用狂犬病疫苗生产毒株进行比较,明确其作为口服疫苗株的分子基础,本试验通过RT-PCR方法对狂犬病口服疫苗SRV9毒株的N、P、M、G、L基因分别进行克隆,并分别连接于pMD19-T载体,经酶切、测序鉴定后,用DNAStar软件对全基因序列进行分析,并与11株目前生产用狂犬病疫苗株进行基因序列比对分析和主要抗原位点的比较.狂犬病口服疫苗SRV9毒株N、P、M、G、L基因序列与其他毒株的序列同源性为81.8%~100.0%,由全基因组进化树可知,SRV9毒株与所有疫苗株在同一个大的分支内,均属于基因Ⅰ型,其中狂犬病口服疫苗SRV9毒株与ERA、SAD B19、SAG-2等口服疫苗株的进化距离最近,而与疫苗生产毒株aG、RC-HL 之间的进化距离则较远.狂犬病口服疫苗SRV9毒株与各疫苗株的糖蛋白不同结构区的氨基酸同源性分析表明,狂犬病口服疫苗SRV9毒株与SAD B19、SAG-2、ERA口服疫苗株的膜外区、跨膜区和膜内区的同源性最高.狂犬病口服疫苗SRV9毒株的基因组结构和抗原基因位点特征均与目前生产用口服疫苗株相似,这为今后狂犬病口服疫苗的研制和通过分子生物学技术构建基因重组弱毒疫苗株的研究提供了试验依据. 相似文献
14.
为了解上海市活禽市场H9N2亚型禽流感病毒(AIV)分离株的遗传变异情况,本研究对2018年分离的6株H9N2 AIV的8个基因片段进行PCR扩增、克隆和测序,并对获得的HA和NA基因序列进行同源性和关键位点分析.结果 显示:6个分离株的HA裂解位点均为RSSR↓GLF,符合低致病性AIV的分子特征;并对6株分离株HA... 相似文献
15.
2013年中国吉林某养鸡场发生疑似H9亚型禽流感疫情,采集该发病鸡场病料接种9日龄SPF鸡胚,分离得到一株病毒。经血凝(HA)试验、血凝抑制(HI)试验、测序分析,鉴定该毒株为H9亚型禽流感病毒(AIV)。对本试验分离株HA基因进行测序及序列分析,结果显示分离株HA基因的裂解位点为RSSR↓GLF,符合低致病性AIV的基因特征;HA肽链具有9个潜在糖基化位点,与近些年H9亚型AIV分离株的潜在糖基化位点相同;具有8个受体结合位点,其中234位受体结合位点由谷氨酰胺(Q)变异成苏氨酸(T);HA基因系统进化树结果显示本试验分离株属于欧亚进化分支,与中国最早分离株A/Chicken/Beijing/1/94(H9N2)亲缘关系较远,与2007年后中国H9亚型AIV主要流行分支的代表株A/Chicken/Guangxi/55/2005(H9N2)亲缘关系较近。将该毒株制成油乳剂灭活疫苗免疫SPF鸡,免疫后第21天免疫鸡血清抗体高达10log2,表明本试验分离株具有很好的免疫原性。 相似文献
16.
In 2013,one case of suspected H9 subtype avian influenza occurred in a chicken farm of Jilin povince.Clinical samples were collected from the diseased farm,inoculated into the allantoic cavity of 9-day-old SPF chicken embryo,and then one strain of virus was isolated.The results of HA test,HI test and molecular biology test all showed that the isolate belonged to H9 subtype avian influenza virus (AIV).The HA cleavage site of the isolate was RSSR↓GLF,which was consisted with the molecular characteristic of low pathogenic AIV.The HA peptide chain had 9 potential glycosylation sites which were same as other isolates of recent years.The isolate had 8 receptor binding sites,including 234 receptor binding site by glutamine (Q) mutating into threonine (T).The phylogenetic tree revealed the isolate belonged to Eurasian lineages and it had far genetic relationship with the earliest domestic isolate (A/Chicken/Beijing/1/94(H9N2)),but had close genetic relationship with the representative strain (A/Chicken/Guangxi/55/2005(H9N2)) of major epidemic branch since 2007.We prepared an inactivated oil-emulsion vaccine of the isolate,and then vaccinated SPF chicken.21 days after vaccination,the HI titer of chicken serum antibody reached up to 10log2.The result suggested the isolate had good immunogenicity. 相似文献
17.
在2019年1月-2019年6月对云南出现呼吸道疫病的57个鸡场进行H9亚型禽流感检测的基础上,选取石林和楚雄2个H9亚型禽流感阳性样品进行病毒分离。从分离的H9N2亚型禽流感病毒感染鸡胚尿囊液中提取总RNA,采用特异性引物经反转录PCR分别扩增HA和NA基因,PCR产物纯化后进行测序。序列比对及系统发育分析结果表明,云南2株H9N2毒株HA基因核苷酸序列同源性为94.2%,NA基因核苷酸序列同源性为93.6%,系统进化分析表明云南H9N2亚型禽流感病毒HA和NA基因均属于欧亚谱系中的类ADKHKY28097分支（Y280-like）,ACKYN12019和ACKYN72019 HA基因之间的同源性为94.3%,与参考毒株ACKJX2448的同源性最高,为95.6%~98.5%,与中国流行的H9N2代表株和疫苗株同源性较低。HA蛋白333-340位裂解位点为PSRSSR↓GLF,具有低致病性禽流感病毒分子特征,受体结合位点均发生E198T和Q234L的突变,具有人样受体结合特征,在29、141、298、305、313、492位氨基酸有6个糖基化位点。ACKYN12019和ACKYN72019 NA基因同源性为93.6%,与Y280-like代表毒株的同源性分别为97.1%~97.5%和93.7%~94.6%,NA蛋白缺失63、64、65位氨基酸,在44、69、86、146、200、234位氨基酸处存在6个潜在的糖基化位点,NA蛋白红细胞结合（HB）位点分析发现,368-369、399-403、432位氨基酸处存在变异。研究结果显示,H9N2亚型禽流感病毒一直处于不断的变异之中,故应加强其监测与防控。 相似文献
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试验从发病鸡场分离获得4株鸡传染性法氏囊病病毒（infectious bursal disease virus,IBDV）,分别为河北株（HB）、湖北株（HUB）、山东株（SD）、山西株（SX）。通过特异性引物扩增VP2基因并进行测序,序列分析结果显示,4株病毒中,HUB、SD和SX的七肽区为S-W-S-A-S-G-S（aa 326S-332S）,其222（A）、256（I）、294（I）和299（S）位是传染性法氏囊病病毒超强毒株（vvIBDV）的4个特征性氨基酸,确定这3株病毒均为超强毒株;而HB株七肽区为S-W-S-A-R-G-S（aa 326S-332S）,其222（P）、256（V）、294（L）和299（N）位氨基酸显示该毒株属于弱毒株。进化树分析结果显示,HUB、SD和SX 3株病毒与2011年中国分离的大部分IBDV毒株亲缘关系较近,同源性在96%以上,同时与经典毒株Cro-Po/00、超强毒株GX和UK661亲缘关系很近;而HB株与减毒疫苗株D78株和B87株的亲缘关系近。本试验结果表明,IBDV目前在中国流行呈混发型,但以超强毒株为主。 相似文献