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1.
本研究旨在了解猪源新型甲型H1N1流感病毒山东分离株的遗传进化特点。对山东地区出现的疑似H1N1流感病死猪进行病料采样,然后进行病毒的分离鉴定,并对分离病毒株(A/swine/Shandong/07/2011)的HA、NA、PB2、PB1、PA、NP、NS和M基因进行遗传进化分析。结果显示,该株病毒8个片段的核酸序列与A/H1N1(2009)对应序列的相似性都大于99%,并且该毒株HA蛋白的裂解位点和优先识别唾液酸α-2,6受体的位点与A/H1N1(2009)也高度一致,分别为PSIQSR↓GLFGAI和190D、225D。但是,与A/H1N1(2009)毒株的HA蛋白相比,受体结合位点处出现了重要的突变(Q226R)。该研究结果为进一步研究猪源新型甲型H1N1流感病毒的分子进化提供了重要信息。 相似文献
2.
H1N2亚型猪流感病毒HA、NP、NA、M和NS基因的克隆与序列分析 总被引：2，自引：0，他引：2
对3株H1N2亚型猪流感病毒(SIV):Sw/GX/17/05、Sw/HN/1/05和Sw/GX/13/06的血凝素(HA)、核蛋白(NP)、神经氨酸酶(NA)、基质蛋白(M)和非结构蛋白(NS)基因进行克隆和序列分析.结果显示:3株分离毒株HA、NP、NA、M和NS基因之间核苷酸同源性分别为91.3%～98.0%、98.4%～98.8%、97.4%～98.3%、98.8%～99.8%和98.1%～98.4%.遗传进化分析显示:分离毒株与美国分离的三源基因重排H1N2 SIV具有较近的亲缘关系;在HA、NP、M和NS基因进化树中,3株分离毒株均位于古典H1N1亚型SIV群,在NA基因进化树中,3株分离毒株则位于人流感病毒群.HA和NA基因推导氮基酸序列分别与代表毒株古典H1N1 SIV A/swine/Maryland/23239/1991(H1N1)和人H3N2流感病毒A/Buenos Aires/4459/96(H3N2)比较分析显示:HA(95.4%～96.1%)和NA(96.6%～97.2%)具有较高的氨基酸同源性;糖基化位点、抗原位点和受体结合位点(HA)处氨基酸存在一定的差异,这些氨基酸差异对病毒生物学特性的影响有待于进一步研究. 相似文献
3.
【目的】了解广东地区猪流感病毒(Swine influenza virus, SIV)的流行情况并探究其分子生物学特征。【方法】采集广东某猪场疑似猪流感病毒感染猪的鼻拭子和肺脏组织样品进行病毒分离鉴定、遗传进化和关键氨基酸位点分析。【结果】样品经实时荧光定量RT-PCR检测为猪流感病毒核酸阳性;在红细胞凝集试验中,该病毒对鸡红细胞有凝集作用,血凝效价为1∶128;8个基因片段序列结果经BLAST比对和进化树分析显示,HA、NA基因属于欧亚类禽猪流感病毒(H1N1)分支,PA、PB1、PB2、NP和M基因属pdm/09分支,NS基因属于北美三源重组分支,因此,本试验分离株属于G4基因型欧亚类禽猪流感病毒,将其命名为A/swine/Guangdong/CJM2/2022(H1N1)。关键氨基酸位点分析显示,分离株HA蛋白裂解位点序列为PSIQSR/GL,具有典型低致病性流感病毒的分子特征。HA基因在受体结合位点处的190、225、226位氨基酸分别为D、E、Q,表明其既具有结合人型唾液酸受体的潜能又具有结合禽型唾液酸受体的潜能。NA基因关键氨基酸残基均未发生突变,提示分离株对奥司他韦和扎那... 相似文献
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H1N1亚型猪流感病毒中国分离株血凝素基因分子演化的研究 总被引：10，自引：0，他引：10
对2001年中国华南及东北地区的15株H1N1亚型猪流感病毒(SIV)分离株的血凝素(HA)基因进行了序列测定和分析,并绘制了进化树.研究结果表明,15株H1N1 SIV和HA基因核苷酸全长为1 778bp,共编码566个氨基酸;而且,15株H1N1亚型SIV的HAI蛋白在10、11、23、87、287位都存在高度保守的糖基化位点,此外,在276位多了一个"-NTT-"糖基化位点,与参考毒株SW/IW/93/01一致,这可能是近期H1N1亚型SIV的一个分子特征.本研究进一步发现,15株H1N1亚型SIV的HA基因切割位点氨基酸组成为IPSIQSR↓G,具有非高致病力毒株分子特征;而其受体结合位点在HA蛋白上第226位是Q,第228位是G,可能具有感染禽的潜力.经同源性比较,15株H1N1亚型SIV的HA基因与古典型H1N1猪谱系中的WIS/4754/94的同源性相对最高,核苷酸和氨基酸序列同源性分别达到95.7%～96.1%和96.5%～97.2%.由同源性比较结果和进化树分析可见,15株H1N1亚型SIV的HA基因皆属于古典型H1N1猪谱系. 相似文献
5.
《中国预防兽医学报》2020,(8)
为鉴定上海地区猪流感病毒的流行株及其分子生物学特征,本研究从上海地区养殖场采集疑似流感症状的猪咽拭子样品40份,采用套式PCR结合鸡胚分离鉴定方法,从中分离到1株H1N1亚型猪流感病毒(SIV),命名为A/swine/Shanghai/01/2019(H1N1)。经全基因组测定和遗传进化分析结果显示该分离株的8个基因节段与欧亚类禽H1N1 SIV同源性最高,其PB2、PB1、PA基因节段可能来源于A/swine/Jiangsu/49/2012(H1N1)病毒,NA、NP和M基因节段可能来源于A/swine/Shanghai/3/2014(H1N1)病毒。该分离病毒的HA蛋白裂解位点为PSIQSR↓GLFGAI,为低致病性流感病毒的分子特征。该分离株NA蛋白未出现与神经氨酸酶抑制剂相关的氨基酸突变,M2蛋白S~(31)N突变表明该病毒可能对金刚烷胺类药物具有一定的耐药性。PA蛋白~(224)S和PB2蛋白~(701)N突变提示该分离株对哺乳动物的适应性增强,可能导致其致病性增强,需要加强对此类SIV的监测。结合近年来的监测表明,上海地区猪群中H1N1亚型SIV持续存在,需要持续跟踪监测SIV变异趋势。本研究为防控猪流感提供实验依据。 相似文献
6.
目前流行的甲型H1N1流感病毒是一个复杂的基因重配病毒。对病毒的分子生物学研究,尤其是病毒囊膜蛋白血凝素（haemagglutini,HA）基因和神经氨酸酶（neuraminidase,NA）基因的研究,为控制和预防H1N1流感病毒具有重要的意义。本研究对中国流行的2009甲型H1N1猪源流感病毒的HA和NA基因与疫苗株A/California/07/2009（H1N1）,以及不同国家和地区的病毒株进行核苷酸和氨基酸序列分析。从NCBI的GenBank数据库下载所需要毒株的序列,采用Lasergene 6.0软件包中的EditSeq和MegAlign进行序列分析,进化树分析采用MEGA4.1软件。进化分析表明,中国流行的2009 H1N1流感病毒与疫苗株的核苷酸同源率分别在98.8%~99.7%和98.6%~99.6%之间;裂解位点处为I/VPSIQSR↓G,不具备高致病性流感病毒的特征;有1株NA抗性病毒。尽管与疫苗株相比,中国流行株2009甲型H1N1猪源流感病毒的HA和NA基因有部分突变,但这些突变并不是重要的。本研究首次详细分析了中国流行的2009甲型H1N1猪源流感病毒株与疫苗株的HA和NA基因的分子特征,对实时监测流感病毒HA和NA基因的变化具有重要意义。 相似文献
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为研究一株天鹅源H5N8亚型禽流感病毒(AIV)的遗传演化规律,本研究对2016年从山西省疾控中心送检天鹅样品中分离到的一株H5N8亚型流感病毒(A/swan/Shanxi/6/2016)的全基因组序列进行高通量测序及遗传演化分析。结果显示,分离的病毒为Clade 2.3.4.4分支高致病禽流感病毒(HPAIV);BLAST分析显示该分离株的NP基因与H3N8亚型AIV的NP基因具有较高同源性,而其它基因节段则分别与来自其它国家的H5N8亚型AIV的相应基因节段同源性较高,进一步选取与各基因节段核苷酸同源性较高的病毒株作参考序列构建其系统进化树,推测该分离株为一株重组病毒株。特殊氨基酸位点分析显示,其具有典型的禽型受体结合位点和典型的人型受体结合位点。并且M1蛋白、NS1蛋白和PB2蛋白具有H5N1亚型AIV对鼠致病性增强的分子标志,提示该株野鸟源流感病毒可能具备感染哺乳动物的能力。本研究对H5N8亚型AIV的综合防控具有一定的指导意义。 相似文献
8.
本实验室于2016年在江西分离到一株猪流感病毒(SIV),命名为A/swine/Jiangxi/261/2016(H1N1),为进一步弄清该株流感病毒的遗传进化背景和生物学特点,本研究对其进行了全基因组测序,遗传进化分析,BALB/c小鼠致病性试验,抗原性差异试验,受体结合特性试验。测序结果显示该病毒HA碱性裂解位点仅具有一个碱性氨基酸,符合低致病性流感病毒特点。外部基因来自欧亚类禽,内部基因来自2009/H1N1(PB2、PB1、PA、NP),欧亚类禽(M)和Triplereassortant H1N2(NS)。10~6 EID_(50)/50μL剂量可感染小鼠并致死,HA抗原性差异试验结果显示其与欧亚类禽Group1代表株差异较小,受体结合试验结果显示该病毒株主要结合α-2,6唾液酸受体。其传播性和致病性增强机理还有待进一步研究,本实验结果为SIV的检测和防控提供借鉴意义。 相似文献
9.
猪流感病毒H1N1广东分离株HA基因的克隆与进化分析 总被引：1，自引：1，他引：0
采用常规的血清学试验和特异性RT-PCR,从广东不同地区猪场分离鉴定出8株H1N1亚型猪流感病毒(SIV)。用流感病毒血凝素(HA)基因通用引物扩增了8株病毒的血凝素(HA)基因,经克隆测序,HA基因全长1 757 bp,编码566个氨基酸。8个毒株的HA基因推导氨基酸序列分析表明,均含有8个潜在的N糖基化位点,且糖基化位点相同,其HA1、HA2之间切割位点序列为IPSIQSR↓G,从分子水平推论,此8株H1N1 SIV均属于非高致病性毒株。同源性分析表明,此8株病毒的氨基酸序列与经典SIV之间的同源性在92.3%~94.7%之间;与2009年甲型H1N1流感病毒同源性在80.4%~92.4%之间;与欧洲类禽SIV分离株同源性在80.4%~84.1%之间。进化关系表明,该8株SIV与A-swine-Shanghai-3-2005-H1N1同处一分支,与2009年甲型H1N1流感病毒和经典SIV分离株亲缘关系较近,与欧洲类禽SIV分离株亲缘关系较远。 相似文献
10.
为了解禽流感病毒（AIV）在广西中越边境地区的流行情况，本研究在该地区活禽市场开展禽流感病原监测。监测过程中分离鉴定出1株H1N6亚型禽流感病毒，命名为A/Duck/Guangxi/F01/2016（H1N6），对其HA和NA基因进行序列测定，并与GenBank中下载的相关参考序列进行比对和遗传进化分析。结果显示，分离株HA基因与A/sparrow/Guangxi/GXs-1/2012（H1N2）的核苷酸同源性最高（96.9%），NA基因与A/Pavo cristatus/Jiangxi/JA1/2016（H5N6）的核苷酸同源性最高（98.2%）。HA基因裂解位点氨基酸序列为PSIQSR↓GLF，符合低致病性禽流感病毒分子特征；与部分N6亚型禽流感病毒一样，分离株NA基因有11个氨基酸缺失。此外，本研究还对分离毒株的受体亲和性进行了测定，结果显示该病毒优先结合唾液酸α-2，3-Gal受体。本研究结果表明A/Duck/Guangxi/F01/2016（H1N6）是一株重组低致病性禽流感病毒。 相似文献
11.
从天津地区不同猪场分离到6株H1N1亚型猪源流感病毒（SIV）。根据GenBank发表的H1N1亚型 SIV的核蛋白（NP）、基质蛋白（M）及非结构蛋白（NS）基因序列,分别设计3对引物,将RT-PCR产物克隆至pMD18-T载体,进行测序分析。遗传进化分析结果表明：A/swine/Tianjin/TJ2/2005（H1N1）与A/swine/Tianjin/TJ4/2006（H1N1）的NP、M及NS基因核苷酸序列在遗传进化树中均与A/swine/Guangdong/33/2006（H1N1）位于同一分支上,属于古典型H1N1猪谱系;A/swine/Tianjin/TJ3/2006（H1N1）与A/swine/Tianjin/TJ8/2006（H1N1)的NP、M及NS基因核苷酸在遗传进化树中均与A/Dunedin/2/2000（H1N1）组成一个大分支,可能起源于人谱系;A/swine/Tianjin/TJ6/2009（H1N1）与A/swine/Tianjin/TJ7/2009（H1N1）NP、M及NS基因核苷酸序列在遗传进化树中均与A/swine/Jiangsu/s15/2011（H1N1）位于同一分支上,属于类禽H1N1猪谱系。本试验对6株H1N1亚型SIV的NP、M及NS全基因序列进行分析,在一定程度上揭示了天津地区H1N1亚型SIV的基因进化与流行情况。 相似文献
12.
本研究分析了免疫鸡群H5N1和H9N2亚型禽流感病毒混合感染中H9N2亚型分离毒株A/chicken/Yuyao/01/2010(H9N2)的基因组特征。氨基酸序列分析显示,HA蛋白裂解位点为PSRSSR/GL,具有低致病性禽流感病毒特征,HA受体结合位点出现了人流感病毒结合位点226L,D基因出现了S31N的突变。遗传分析表明,A/chicken/Yuyao/01/2010病毒的HA基因、NA基因和NS基因在进化上属于CK/BJ/94-Like谱系,D基因和PB2基因属于G1-Like谱系,NP基因、PA基因和PB1基因属于Ck/SH/F/98-Like谱系。结果表明,从H5N1和H9N2亚型混合感染鸡体内分离的H9N2亚型禽流感病毒是一株来源于CK/BJ/94-Like谱系、G1-Like谱系和Ck/SH/F/98-Like谱系的重组病毒。 相似文献
13.
《中国兽医学报》2017,(1)
对宁夏地区2011年分离到的5株H1N1亚型猪流感病毒进行了基因组测定和遗传进化分析。结果显示:宁夏地区H1N1亚型猪流感病毒具有多样性,5株分离株可分为3类,其中1株为类人H1N1猪流感病毒,2株为经典猪流感病毒,另外2株为重组猪流感病毒,其PB2、PB1、PA、NP、NS基因来源于北美三元重组猪流感病毒,HA、NA、M基因来源于经典猪流感病毒;HA蛋白裂解位点附近氨基酸分析显示5株H1N1亚型猪流感分离株均为低致病性毒株;序列分析结果显示5株病毒在HA蛋白受体结合位点、抗原位点,以及NA蛋白潜在糖基化位点处氨基酸存在差异,这些差异具有分支特异性。5株病毒在NA和M2蛋白上均未出现与神经氨酸酶抑制剂和金刚烷胺耐药性相关的氨基酸变异,但其中3株病毒的PB2蛋白基因具有哺乳动物适应性变异E627K。 相似文献
14.
《中国预防兽医学报》2020,(9)
为了研究我国广西地区流行的猪流感病毒分子特征和感染性,本研究对分离自广西临床健康猪群中的H1N2亚型猪流感病毒(SIV)A/swine/Guangxi/238/2018(H1N2)(简称GX238株)进行了分子进化分析和致病性研究。扩增该病毒株8个基因节段后进行分子进化分析,结果显示其8个节段均与2015年～2016年在美国分离的H1N2亚型SIV有高度同源性(98.9%～99.7%),其中HA基因可能来自于2009年之前的人季节性H1N1亚型流感病毒,PB2、PB1、PA、NP、NA和NS可能来自北美三重配H1N2亚型SIV,M基因可能来自H1N1/2009。以10~6EID_(50)SIV GX238株病毒鼻腔感染BALB/c小鼠后记录小鼠的体质量变化及死亡情况,感染后第3 d检测小鼠各脏器病毒复制情况。结果显示,感染组小鼠体质量与PBS对照组小鼠相比有明显下降趋势,感染小鼠40%死亡;在小鼠肺脏和鼻甲中病毒滴度分别达6.3 Log_(10)EID_(50)/mL、4.8 Log_(10)EID_(50)/mL,表明该病毒对小鼠表现出中等的致病力。本研究结果表明输入型SIV持续对我国猪群造成威胁,凸显了在世界范围内开展猪流感监测的必要性。 相似文献
15.
为分离流感病毒,本研究将疑似甲型流感患者的咽喉拭子接种SPF鸡胚尿囊腔,经检测收获的鸡胚尿囊液具有血凝活性.采用流感病毒通用引物进行PCR扩增出8个基因节段,经测序与GenBank中登录的序列比对后确定该病毒株为2009年爆发的甲型H1N1流感病毒,并命名为A/Harbin/LM/2009 (H1N1),简称LM株.由于LM分离株在鸡胚中增殖能力比较弱,为提高其在鸡胚中的增殖能力,我们利用反向遗传技术将LM株的HA和NA基因与高增殖特性的人流感病毒细胞高产株PR8的另外6个节段进行“6+2”重配,获得拯救病毒,但该重配病毒血凝价并未显著提高.为进一步鉴定影响病毒增殖能力的基因,本研究将LM株所有节段以“7+1”的方式逐一与PR8的7个片段搭配构成完整的流感病毒基因组,分别得到8个重配病毒.结果显示分离株的PB1、PA、HA基因显著降低了重配病毒在鸡胚细胞中的增殖能力. 相似文献
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为了解禽流感病毒(AIV)在广西中越边境地区的流行情况,本研究在该地区活禽市场开展禽流感病原监测。监测过程中分离鉴定出1株H1N6亚型禽流感病毒,命名为A/Duck/Guangxi/F01/2016(H1N6),对其HA和NA基因进行序列测定,并与GenBank中下载的相关参考序列进行比对和遗传进化分析。结果显示,分离株HA基因与A/sparrow/Guangxi/GXs-1/2012(H1N2)的核苷酸同源性最高(96.9%),NA基因与A/Pavo cristatus/Jiangxi/JA1/2016(H5N6)的核苷酸同源性最高(98.2%)。HA基因裂解位点氨基酸序列为PSIQSR↓GLF,符合低致病性禽流感病毒分子特征;与部分N6亚型禽流感病毒一样,分离株NA基因有11个氨基酸缺失。此外,本研究还对分离毒株的受体亲和性进行了测定,结果显示该病毒优先结合唾液酸α-2,3-Gal受体。本研究结果表明A/Duck/Guangxi/F01/2016(H1N6)是一株重组低致病性禽流感病毒。 相似文献
17.
《中国预防兽医学报》2017,(12)
为研究猪流感病毒(Swine influenza virus,SIV)A/swine/Dezhou/37/2015(H1N1)株的遗传进化和致病力,本研究对该分离株的8个基因节段进行了遗传进化分析,并接种小鼠观察临床表现及检测其肺脏的病理变化情况。结果显示:分离株HA基因的裂解位点为PSIQSR↓G,无多个连续碱性氨基酸插入,为低致病性SIV;HA、M、NA节段处于欧洲类禽H1N1分支;NP、PA、PB1、PB2节段处于2009甲型H1N1分支;NS节段处于北美三源重排分支;对小鼠致病力研究显示该毒株可感染小鼠并引起其肺脏组织病理学变化,但对小鼠无致死性。以上结果表明该分离株为一株低致病性的新型三源重排SIV。本研究为山东地区SIV的流行特点及变异情况提供了实验依据。 相似文献
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从猪流感疑似病例中分离鉴定猪流感病毒,并对病毒进行全基因组测序及其序列的分析。采用鼻棉拭子法从猪流感疑似病猪的鼻中收集病样,制成病毒悬液,经SPF鸡胚增殖培养和纯化。采用红细胞凝集、血凝抑制和神经氨酸酶抑制试验进行病毒亚型的判定,并作电镜观察。运用RT-PCR法扩增病毒的8个基因片段,分别克隆到pMD18-T载体,进行全基因组测序及序列分析。结果表明,获得1株猪流感病毒,经血凝、血凝抑制和神经氨酸酶抑制试验,判定为H3N2亚型,命名为A/swine/Chongqing/CQ/3/2011(H3N2),简称SIV CQ3。基因组序列比较分析显示,SIV CQ3 8个节段与不同时间的猪流感广东分离株(H3N2亚型)相应基因的核苷酸相似性最高,可能来源于H3N2亚型SIV。然而NP、HA和NA基因编码氨基酸序列与参考毒株A/New York/392/2004(H3N2)的相似性比较低,分别达95%、89%和90%;而血凝素(HA)裂解位点处的氨基酸序列为P-E-K-Q-T-R↓G,与参考毒株的一致,不具有高致病分子特征。此外,HA和NA的糖基化位点、受体结合位点处氨基酸存在一定程度的差异。最后,系统进化树分析显示NP、HA基因位于SIV群,与A/swine/Guangdong/2006/(H3N2)处于同一分支;而NA基因与禽流感(A/duck/Ontario/2000/AJ697881)和猪流感位于同一个进化单元,表明这株H3N2亚型流感病毒在不断的发生演变。 相似文献
19.
通过鸡胚接种分离到3株猪流感病毒,经HI、RT-PCR鉴定,其中GXHZ株为H1N2亚型毒株,GXLZ、GXXY株为H3N2亚型毒株,并对分离株进行EID50测定及GXHZ株的猪体攻毒试验。所扩增分离到3株SIV病毒NA基因与A/Sw/Hainan/1/2005(H1N2)的核苷酸和氨基酸序列同源性最高。3株SIV分离株的NA基因在氨基端胞浆尾区均由K6→R6,在非极性跨膜区均由V20→M20。系统发育分析表明本试验所分离的3个SIV毒株与H1N2亚型毒株亲缘性最相近,且来源于猪源H1N2亚型流感病毒。从时间上也发现,3个分离株的NA基因与1996年以后获得的H3N2毒株亲缘关系很近,都隶属于一个亚分支。 相似文献
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本研究由疑似猪流感病料样品中分离一株病毒,通过HA、HI、电镜观察、生物学特性测定及全基因序列测定表明,分离病毒株为H3N2亚型人流感病毒和H1N1亚型古典猪流感病毒(SIV)的重组体,命名为A/Swine/Fujian/F2/07(H3N2).该分离株含有8个基因片段,共13 442 bp,与GenBank中登录的H3N2亚型人流感病毒、H1N1亚型古典SIV和H3N2亚型SIV进行比较分析显示:分离株的HA、NS、NA基因与H3N2亚型人流感病毒株的同源性分别为84.7 ％～98.1％、94.4 ％～99.5％和88.6 ％～97.6％;与H3N2亚型SIV的核苷酸同源性分别为87.7％～98.5％、82.5 ％～99.9％和87.6 ％～98.4％;M基因与H3N2亚型人流感病毒和SIV的同源性均在90.1％以下,而与H1N1亚型古典SIV的同源性在97.6％以上.基因型分析表明分离株的PB2、PBI、PA、HA、NP、NA和NS基因片段来源于1975年～1982年的人流感病毒,而M基因来源于H1N1亚型古典SIV,充分证明猪作为流感病毒“混合器”的作用. 相似文献