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1.
旨在利用长纯合片段(runs of homozygosity,ROH)信息评估不同绵羊群体的近交情况,并鉴定与绵羊经济性状相关的基因。本研究基于Illumina Ovine SNP50芯片对来自10个绵羊群体共440个个体进行全基因组ROH检测,统计ROH在不同绵羊群体中的数目、长度及频率,根据ROH计算基因组近交系数(F_(ROH)),并对高频ROH区域进行基因注释。结果,在10个绵羊群体中共检测到25 920个ROH片段,不同绵羊群体ROH的数目、长度、频率及分布存在明显差异。ROH平均数目的变化范围从10.17个(苏尼特羊)到95.99个(杜泊羊),平均长度的变化范围从2.04 Mb(四川藏羊)到4.71 Mb(罗布羊),平均F_(ROH)的变化范围从0.010(苏尼特羊)到0.172(杜泊羊)。引进品种的(杜泊羊和德美羊)平均F_(ROH)明显高于地方品种。在地方绵羊群体中,西藏藏羊(0.085)具有最高的平均F_(ROH)。在高频ROH区域鉴定到26个与绵羊经济性状相关的基因,如与生长发育相关的基因NCAPG、LCORL、PRKAA2、FAIM2和HYDIN,与脂肪代谢相关的基因LEPR、WNT10B和NCKAP5L,与肉质及胴体性状相关的基因CDIPT、CAPN3和FGF9。基于ROH评估的近交情况可为绵羊种群育种和保种提供参考依据,鉴定到的候选基因可以作为绵羊标记辅助选择重要的基因。 相似文献
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旨在利用基因组长纯合片段(runs of homozygosity, ROH)信息评估河南省不同中国荷斯坦牛群体的全基因组近交水平，并通过ROH检测鉴定基因组ROH富集区域，筛选与奶牛经济性状相关的候选基因。本研究基于GGP Bovine 150K芯片对来自河南省7个牧场900头荷斯坦牛进行全基因组ROH检测，统计ROH在荷斯坦群体中的数目、长度及频率，根据ROH计算基因组近交系数(FROH),并对高频ROH区域进行基因注释。结果表明，在全部900个体中共检测出55 908个ROH片段，平均长度4.23 Mb。7个牧场平均近交系数(FROH)的变化范围从0.082(H7)到0.123(H2),平均FROH为0.106。在ROH的高频区域内共鉴定到79个与奶牛经济性状相关的基因，如与牛体型、体高有关的基因AKAP3、C5H12orf4、FGF6,与胴体及繁殖性状相关的基因CAPN3,与妊娠维持和胎儿生长直接相关的基因CHST14,影响牛奶蛋白质组成的基因IL5RA,参与调节胎儿卵泡生成的基因FGF10。其中，在14号染色体... 相似文献
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【目的】试验旨在揭示终端父本皮特兰猪与杜洛克猪在人工选择作用下重要经济性状呈现出表型趋同的基因组变化特征。【方法】利用376头皮特兰猪、451头杜洛克猪品系Ⅰ、841头杜洛克猪品系Ⅱ和497头杜洛克猪品系Ⅲ群体的50K SNP芯片数据,以100 kb窗口、50 kb步长计算综合单倍型评分(iHS)和等位基因频率差(△AF),分别取前5%作为猪群体内、群体间的基因组选择信号候选区域;利用bedtools分别对iHS、△AF按照左右200 kb进行合并,每2个群体间合并后的iHS、△AF统计量的重叠区域定义为性状趋同区域,并挖掘该区域与猪重要经济性状相关的平行选择信号。【结果】iHS结果显示,在皮特兰猪和杜洛克猪4个群体内共检测到5 112个选择信号候选区域,总长约487.51 Mb。基于△AF方法,于皮特兰猪和杜洛克猪每2个群体间共检测到9 579个选择信号显著区域,总长约913.50 Mb。基于合并后的iHS和△AF,共检测到52个性状趋同区域,总长约4.67 Mb,注释到88个与猪的繁殖、胴体和肉质等性状相关的平行选择候选基因。【结论】皮特兰猪和杜洛克猪群体间存在性状趋同的基因组选择区域有52个,平行选择信号主要涉及猪的繁殖、胴体及肉质等重要经济性状,这与瘦肉型猪种相同的育种方向相关,这些关键基因的发现可为后续商业猪品种遗传改良提供参考。 相似文献
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旨在通过分析娄门鸭保种群体的遗传多样性和群体结构来评估保种效果。本研究在娄门鸭保种群中随机选择同一世代163只90日龄的健康个体(39公，124母)，翅静脉采血后提取基因组DNA，利用简化基因组测序技术检测全基因组范围内的单核苷酸多态性(SNPs); 利用R软件计算个体水平的多态信息含量(PIC)、固定指数(Fix-index)、香农信息指数(SHI)、基因多样性指数(Nei)、有效等位基因数(Ne)以及本研究自创的相对多态信息含量(rPIC)等6个遗传多样性指标，并比较分析了不同染色体水平的遗传多样性指标; 同时利用admixture软件分析群体遗传结构，gcta软件分析群体主成分和个体间的亲缘关系，并分析连续性纯合片段(runs of homozygosity，ROH)以及基因组近交系数FROH，评估保种效果。结果显示，163只娄门鸭个体共检测到622 205个SNPs位点，质控过滤后得到374 455个高质量SNPs位点，其中50.70%的位点分布在NC_040046、NC_040047、NC_040048和NC_040049四个染色体中。娄门鸭群体PIC、Nei、Ne、SHI和rPIC指标值分别为0.154 1、0.192 9、1.336、0.296 9和0.410 9，对于SNPs而言，该群体38.80%的SNPs位点属于高度多态性位点，遗传多样性较为丰富; Fix-index值为0.320 8，说明娄门鸭群体出现了分化，这与遗传结构、PCA和亲缘关系分析将娄门鸭群体划分为3个群体的结果一致。PIC、Nei、Ne和SHI四个指标分别在不同染色体上的分布规律均一致，且4个指标两两相关性均达到0.97以上，而Fix-index与其他4个指标的相关性较低，在0.23以下，说明可以选择Fix-index以及PIC等少数指标来评估娄门鸭群体的遗传多样性。163只娄门鸭个体共检测到2 966条ROH，ROH片段长度主要集中在0~2 Mb区间; 基于ROH得到的基因组近交系数FROH在公、母鸭中分别为0.027 5和0.043 3，说明娄门鸭保种群近交程度较低; 具体到染色体水平，NC_040068、NC_040074染色体的FROH值分别达到0.352 4和0.319 3。结果提示，娄门鸭保种群的遗传多样性较丰富，群体基因组近交系数较低，但个别染色体的近交系数较高，且群体出现了部分分化。后续保种中可以将遗传结构分析得到的3个分化的亚群个体之间进行适当的非随机交配，消除目前的群体分化现象，并重点监测染色体近交系数较高的基因组区域，避免个别染色体近交系数上升过快。 相似文献
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【目的】 在分子水平上探讨大围山微型鸡的遗传进化。【方法】 以大围山微型鸡与其他18个地方鸡品种及2个国外引进品种为研究对象,每个品种选取公鸡10只,母鸡20只,采血,提取全基因组DNA,进行简化基因组测序(RAD-Seq),鉴定21个品种基因组SNP,计算大围山微型鸡遗传统计量,分析遗传多样性和遗传结构、筛选受选择基因并进行功能富集分析。【结果】 在大围山微型鸡群体中鉴定出331 892个SNPs。大围山微型鸡的平均杂合度(Ho)为0.219、核苷酸多样度(Pi)为0.245,近交系数(Fis)为0.107,与其他18个地方鸡种相比遗传多样性呈中度多态。聚类分析发现,大围山微型鸡与瓢鸡、茶花鸡和藏鸡聚为一类,亲缘关系较近,且与瓢鸡的群体分化指数(Fst)最低(0.0929),亲缘关系最近,与河南斗鸡的Fst最高(0.2179),亲缘关系最远。共筛选出200个受选择基因。GO分析结果显示,这些受选择基因主要富集在运动、刺激应答、信号传导等生物学过程;KEGG分析结果表明,这些受选择基因主要富集在代谢、肌动蛋白细胞骨架的调节、MAPK等信号通路。【结论】 大围山微型鸡遗传多样性呈中度多态,与瓢鸡亲缘关系最近,本研究筛选出了200个受到选择的基因,这些基因在代谢、信号传导、颅骨发育等多个方面发挥作用。 相似文献
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旨在对中国地方鸡品种的遗传多样性与种群结构进行分析。本研究使用Affymetrix Axiom 600K高密度鸡基因分型芯片对来自8个品种的157只地方鸡及233只商品鸡进行基因分型,以品种作为分组来计算各分组的观测杂合度、期望杂合度、次等位基因频率、近交系数及核苷酸多样性分析地方鸡群体的遗传多样性,利用进化树、主成分分析、群体结构、MDS等方法分析鸡群体的群体结构,基于状态同源(IBS)和群体分化系数(Fst)分析种群内部与种群之间的亲缘关系,利用长纯合片段(runs of homozygosity, ROH)估算得到基于ROH的近交系数。结果表明,各群体的观测杂合度均高于期望杂合度,次等位基因频率在0.175～0.236之间,近交系数在0.018～0.205之间,核苷酸多样性在0～6×10-4之间,进化树与主成分分析表明品种间出现了明显的群体分化,地方鸡群体与商品鸡群的MDS分析发现我国地方鸡与商业肉鸡品种的遗传距离较近;IBS遗传距离在0.092 9～0.319 9之间;各品种成对Fst分析表明,群体间呈现中高分化程度(0.09～0.22);此次分析共得到了... 相似文献
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为了研究高强度人工选育下杜洛克猪群的近交情况和鉴定与经济性状相关的基因,本研究采用“中芯一号”50K SNP芯片对96头杜洛克猪进行全基因组检测。利用全基因组单核苷酸多态性(Single Nucleotide Polymorphisms,SNP)数据,计算多态信息含量(Polymorphism Information Content,PIC)、基于SNP分子信息的近交系数(FGRM);统计长纯合片段(Runs of Homozygosity,ROH)长度、数量及分布,计算基于ROH的近交系数(FROH)、在高频ROH区域鉴定候选功能基因。结果显示：多态信息含量为0.27,最小等位基因频率(Minor Allele Frequency,MAF)为0.26,平均观察杂合度(Observed Heterozygosity,Ho)为0.35,平均期望杂合度(Expected Heterozygosity,He)为0.34,FHOM为0.023,FGRM为-0.023。共检测到ROH3151个,平均长度4.08Mb,FROH＿tatol为0.059。在... 相似文献
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试验通过对天祝白牦牛和甘南牦牛DRB3基因外显子2部分CDS序列进行分析,获得其准确单倍型,通过直接测序与聚合酶链式扩增阻碍突变系统(ARMS)扩增法获得干净的单链,对高度杂合的双链进行分型。结果发现65个SNPs,1个密码子的插入缺失,获得30个单倍型,其中有7个单倍型是首次发现,应该是天祝白牦牛和甘南牦牛特有的单倍型。通过对已知牛属所有DRB3基因外显子2单倍型与本研究发现的单倍型进行分析发现天祝白牦牛和甘南牦牛分享普通牛和瘤牛单倍型,可能有普通黄牛和瘤牛的遗传背景,且DRB3基因外显子2的4、25、30、53、59、62、63、66、78氨基酸位点受到了正选择的影响,主要发生在天祝白牦牛群体里,这与天祝白牦牛长期选育白毛有一定的关系。 相似文献
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为了检测高原地区4个不同地方牦牛品种IGF-1基因第1外显子和第2外显子的多态性,采用PCR-SSCP分析了牦牛IGF-1基因在天祝白牦牛、甘南牦牛、青海高原牦牛及培育品种大通牦牛4个品种中的遗传多态性。结果表明:牦牛IGF-1基因的第1外显子不存在遗传多态性;第2外显子在4个品种中检测到了AA、AB和BB基因型,而且A等位基因为4个牦牛群体的优势等位基因,分布较高。在4个品种中,天祝白牦牛AA基因型频率最高,达到0.8559,而大通牦牛、甘南牦牛和青海高原牦牛则相对较低,分别为0.8333、0.6970和0.5689。大通牦牛和天祝白牦牛,青海高原牦牛和甘南牦牛基因和基因型相近,其它牦牛群体之间基因和基因型存在差异。 相似文献
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为探究青海省互助白牦牛与甘肃省天祝白牦牛间的父系遗传差异,试验使用5个Y-SNPs标记(SRY4、USP9Y、UTY19、AMELY3和OFD1Y10)和1个Y-STR标记(INRA189)对32头互助白牦牛和34头天祝白牦牛进行PCR扩增、测序和分型分析,使用BioEdit 7.2.5、Arlequin 3.11和Network 10.1等软件综合分析2个白牦牛品种(群体)的父系遗传多样性、群体结构、分化状况及遗传背景。结果表明：在2个白牦牛品种(群体)中共确定了5种Y染色体单倍型。其中,在互助白牦牛中共确定了4种Y染色体单倍型,即H1Y1、H10Y1、H11Y2和H12Y2;在天祝白牦牛中共确定了5种Y染色体单倍型,即H1Y1、H10Y1、H11Y2、H12Y2和H13Y2。互助白牦牛和天祝白牦牛Y染色体单倍型多样度分别为0.750 0±0.034 9和0.688 1±0.061 4。2个白牦牛品种(群体)间的固定分化指数值为0.018 6,无显著遗传分化(P>0.05)。2个白牦牛品种(群体)均由Y1、Y2两个父系支系(单倍型组)组成,天祝白牦牛以Y1支系(单倍型组,59%... 相似文献
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In this study,CDS sequence of DRB3 gene exon 2 in Tianzhu White yak and Gannan yak were analyzed,a clean single chain was obtained to get the accurate haplotype by direct sequencing and amplification refractory mutation system (ARMS) method,the double chain of high heterozygosity was typed.The results showed that 65 SNPs and a codon insertion and deletion were discovered,all together separated to 30 haplotypes,in which seven haplotypes were found firstly,it should be peculiar to Tianzhu White yak and Gannan yak.Compared with published bovine DRB3 gene exon 2 haplotypes,the analysis results showed Tianzhu White yak and Gannan yak shared haplotypes of cattle (Bos taurus) and zebu (Bos indicus),which meaned they might crossed with cattle (Bos taurus) and zebu (Bos indicus).PAML analysis showed that 4,25,30,53,59,62,63,66,78 amino acid sites were affected by positive selection,and mainly occurred in Tianzhu yak,it had a certain relation with breeding history of Tianzhu White yak. 相似文献
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Tomasz Szmatoła Igor Jasielczuk Ewelina Semik-Gurgul Magdalena Szyndler-Nędza Tadeusz Blicharski Karolina Szulc Ewa Skrzypczak Artur Gurgul 《Zeitschrift für Tierzüchtung und Züchtungsbiologie》2020,137(6):571-580
Runs of homozygosity (ROH) are continuous segments of the genome that arose as a result of inbreeding, resulting in the inheritance of identical haplotypes from both parents who shared a common ancestor. In the present study, we performed a detailed characterization and comparison of ROH in four pig breeds, including intensively selected Polish Landrace as well as native unselected animals of Puławska and two Złotnicka breeds (White and Spotted). We used a medium-density PorcineSNP60 BeadChip assay (Illumina) and cgaTOH software to detect ROH covering a minimum of 30 adjacent SNPs and maintaining a size over 1 Mb. By analysing ROH distribution and frequency across the genome, we also identified genomic regions with high ROH frequency (so-called “ROH hotspots”). The obtained results showed that the analysed conserved breeds were characterized by a higher ROH span and higher ROH-based inbreeding coefficients (FROH), which likely result from past population bottlenecks, increasing the overall inbreeding level within these populations. The analysis of ROH distribution across the genomes revealed the presence of both shared and breed-specific ROH hotspots. These hotspots, presumably representing genome regions under selection, overlapped with a variety of genes associated with processes connected with immune system functioning, reproduction, glucose homeostasis and metabolism. The genome regions with ROH hotspots overlapping in all analysed populations, located on SSC4 (51.9–55.9 Mb) and 13 (92.6–97.8 Mb), covered thirty-one different genes, including MMP16, SLC7A13, ATP6V0D2, CNGB3, WWiP1, RiMDN1 and CPNE3. These genes are primarily associated with biological regulation and metabolism, processes that could be responsible for the variety of the selected production and functional features. 相似文献
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【目的】 检测牦牛结缔组织生长因子（CTGF）和G蛋白调节诱导神经突增生家族亚型因子3（Gprin3）基因的单核苷酸多态性（SNP），并分析多态位点与牦牛体尺性状的关联性。【方法】 以西藏的斯布牦牛、帕里牦牛、类乌齐牦牛、申扎牦牛及四川的麦洼牦牛5个类群260头个体为研究对象，利用基因池筛选技术检测CTGF、Gprin3基因SNP位点，分析其多态信息含量、有效等位基因数、纯合度及杂合度等指标，利用最小二乘线性模型分析不同基因型与牦牛体尺性状的关联性。【结果】 牦牛CTGF基因存在3个SNPs位点，分别为T1537A、C2195T和C2421T，均位于内含子区，其中T1537A位点在斯布牦牛和麦洼牦牛中均处于Hardy-Weinberg平衡状态，而在帕里牦牛、类乌齐牦牛和申扎牦牛中均偏离Hardy-Weinberg平衡状态，该位点与牦牛体高呈显著相关（P<0.05）；C2195T位点在5个牦牛类群中均处于Hardy-Weinberg平衡状态，且处于中度多态（0.25<PIC<0.5）；C2421T位点在5个牦牛类群中均处于Hardy-Weinberg平衡状态，该位点与牦牛体重、体斜长、胸围、管围和前肢长均呈显著相关（P<0.05）。牦牛Gprin3基因共发现4个SNPs，分别为G310C、C414T、C1100T和G1213A，其中G310C、C414T及C1100T位点在5个牦牛类群中均处于Hardy-Weinberg平衡状态；G1213A位点在类乌齐牦牛中偏离Hardy-Weinberg平衡状态，在其余4个类群中均处于Hardy-Weinberg平衡状态；G310C位点在5个牦牛类群中均处于低度多态（PIC<0.25），C414T和C1100T位点在类乌齐牦牛、斯布牦牛中均处于中度多态，G1213A位点在类乌齐牦牛中处于中度多态，在其余牦牛类群中为低度多态；C414T位点与牦牛体重、体高、体斜长和胸围均呈显著相关，而在斯布牦牛和申扎牦牛中C1100T位点与其胸围和前肢长均呈显著相关（P<0.05）。【结论】 牦牛CTGF和Gprin3基因具有丰富的多态性，CTGF基因T1537A、C2421T位点及Gprin3基因C414T、C1100T位点均与牦牛体尺性状有关，可作为影响生长发育性状的候选基因及基因座用于牦牛定向选育。 相似文献
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牦牛品种的AFLP分析及其遗传多样性研究 总被引：1，自引：1，他引：0
采用AFLP分子标记技术对麦洼牦牛、九龙牦牛、大通牦牛和天祝白牦牛进行了遗传多样性分析,结果表明:7个AFLP引物组合共获得156个片段,其中98个为多态性标记,标记多态频率为34.8%~54.65%,平均每对引物可获得17.57条带。九龙牦牛、麦洼牦牛、大通牦牛、天祝白牦牛的Shannon遗传多样性指数分别为0.268、0.251、0.160、0.130,九龙牦牛最大,麦洼牦牛次之,天祝白牦牛最小。用Rogers遗传距离公式分析得到4个牦牛品种间的遗传距离DR,天祝白牦牛与九龙牦牛遗传距离最大(0.028 2),天祝白牦牛与大通牦牛的距离最小(0.025 3)。根据DR值,将4个牦牛品种聚为两大类,九龙牦牛聚为一类,其它3个牦牛品种聚为一类。 相似文献
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【目的】获得牦牛(Bos grunniens)皱胃全长转录组数据库,深入挖掘牦牛皱胃功能基因。【方法】采用PacBio Sequel高通量测序系统,使用单分子实时(single molecular real time, SMRT)测序技术对成年牦牛皱胃全长转录组进行测序,对原始数据进行质控和去冗余分析,再比对参考基因组获取过滤后的非重复序列(Unigenes),使用多种生物信息软件对牦牛皱胃全长转录本数据进行功能注释、转录因子注释、编码区预测、简单重复序列(simple sequence repeats, SSR)分析及可变剪接分析。【结果】通过测序共获得14 467 420条子序列,平均子序列长度为3 344.23 bp,质控得到循环一致性序列(CCS)有296 840条,全长非嵌合(FLNC)序列有277 402条,过滤和去冗余后对比参考基因组最终获得8 556条Unigenes。通过与NR、Swiss-Prot、KEGG、KOG、eggNOG、GO和Pfam数据库比对,对Unigenes进行注释,其中NR数据库注释了8 544条Unigenes; Swiss-Prot数据库注释了... 相似文献