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1.
几种主要禽疫病诊断基因芯片的制备及初步应用 总被引：5，自引：2，他引：5
进行了几种主要禽疫病诊断基因芯片制备及其初步应用研究。试验分别设计和克隆鉴定了NDV、IBV、AIV和IBDV的靶基因重组质粒。以克隆的靶基因重组质粒为模板。分别进行PCR扩增制备靶基因并纯化，以基因芯片点样仪将制备的靶基因点制在氨基化的基片上，经干燥、水合、紫外线交联和洗涤后，成功制备了NDV-IBV-AIV-IBDV诊断基因芯片。试验应用CY3荧光标记制备的探针进行芯片的检验，结果表明制备的NDV-IBV-AIV-IBDV诊断基因芯片质量好，可对NDV、IBV、AIV和IBDV进行诊断检测，具有检测灵敏性好，特异性高和芯片可重复检测的优点。试验对30个临床样品进行初步应用检测，结果表明该诊断基因芯片技术与RT—PCR检测技术检出率基本一致，并具有同步诊断检测多种疫病的优点。 相似文献
2.
应用基因芯片技术检测禽重要疫病的研究——I．4种禽病检测基因芯片靶基因的克隆及鉴定 总被引：3，自引：3，他引：0
对NDV、IBV、AIV和IBDV等病原进行了分子生物学特征分析，以RT-PCR分别扩增制备NDV、IBV、IBDV和AIV的靶基因，分别命名为ND1、ND2、ND3、ND4、ND5、IB1、IB2、IB3、IB4、AI1、A12和IBD1。并分别对制备的靶基因进行了克隆和鉴定分析，经BamHⅠ酶切、PCR和核酸序列测定鉴定分析表明，除T／WZ重组质粒外，T／ND1（F48E9），T／ND2（LaSota），T／ND3（LaSota），T／ND4（F48E9），T／ND5（LaSota），T／ND5（F48E9），T／IB1（SM），T／IB1（M41），T／IB2（SM），T／IB3（M41），T／WZ，T／AI1，T／AI2，T／IBD1等14个重组质粒，均是其病原的特异性基因。该批靶基因的成功克隆和鉴定为禽疫病检测基因芯片的构建和制备提供了确实可靠的靶基因材料，是禽类疫病基因检测芯片构建和制备的关键技术之一。 相似文献
3.
区分禽流感病毒亚型诊断基因芯片的构建 总被引：1，自引：0，他引：1
制备了可同时区分AIVH5、H7、H9血凝素亚型及N1、N2神经氨酸酶亚型的基因诊断芯片。试验以重组质粒为模板,进行PCR扩增,然后用异丙醇沉淀法进行纯化,制备探针及内参基因。将探针及内参基因用点样缓冲液稀释到0.3μg/μL后用芯片点样仪将其点制到醛基化基片上,样点中心间距450μm,样点直径220μm。将点好的基片在室温干燥24h以上,后经65℃再水合10s、80℃干燥、65mj紫外线交联照射25min后,再用封闭液封闭,95℃变性处理,成功构建了能区分禽流感血凝素H5,H7,H9亚型及神经氨酸酶N1,N2亚型的检测基因芯片。在PCR扩增中标记待检样品,对制备的检测芯片进行质量检验,结果表明,制备的区分禽流感病毒亚型基因芯片可区分AIV部分亚型。 相似文献
4.
对NDV、IBV、AIV和IBDV等病原进行了分子生物学特征分析,以RT-PCR分别扩增制备NDV、IBV、IBDV和AIV的靶基因,分别命名为ND1、ND2、ND3、ND4、ND5、IB1、IB2、IB3、IB4、AI1、AI2和IBD1.并分别对制备的靶基因进行了克隆和鉴定分析,经BamHⅠ酶切、PCR和核酸序列测定鉴定分析表明,除T/WZ重组质粒外,T/ND1(F48E9),T/ND2(LaSota),T/ND3(LaSota),T/ND4(F48E9),T/ND5(LaSota),T/ND5(F48E9),T/IB1(SM),T/IB1(M41),T/IB2(SM),T/IB3(M41),T/WZ,T/AI1,T/AI2,T/IBD1等14个重组质粒,均是其病原的特异性基因.该批靶基因的成功克隆和鉴定为禽疫病检测基因芯片的构建和制备提供了确实可靠的靶基因材料,是禽类疫病基因检测芯片构建和制备的关键技术之一. 相似文献
5.
猪传染性胃肠炎病毒检测基因芯片的构建 总被引：6，自引：0，他引：6
采用PCR扩增制备TGEV的靶基因并进行纯化,对基因芯片的最佳靶基因点样质量浓度、探针质量浓度、杂交温度、杂交时间进行筛选,选择构建检测芯片的最适靶基因,进行基因芯片探针最佳标记方法试验.结果表明,质粒PCR扩增和采用异丙醇沉淀纯化的靶基因质量好,基因芯片最佳靶基因点样质量浓度为200mg/L,最佳探针质量浓度为3 000 μg/L,预杂交时间为1 h,杂交时间为3～6 h,杂交温度为48℃,以S、S3、sM、M、N、ORF7、POL等7个靶基因为构建TGEV检测芯片的最适靶基因,确定了多重PCR扩增标记TGEV探钟的最佳体系,Cy3-dCTP标记浓度为2.5 μmol/L,构建的TGEV检测芯片与标记的混合探针杂交效果好. 相似文献
6.
对伪狂犬病病毒（PRV）、猪细小病毒（PPV）和流行性乙型脑炎病毒（JEV）检测基因芯片的制备及该芯片的检测技术进行了研究。选定靶基因最佳点样质量浓度为200 mg/L,用基因芯片点样仪将其点制在氨基化基片上,经干燥、水合、紫外线交联和洗涤后,成功制备了PRV-PPV-JEV检测基因芯片。以CY3荧光素标记的dCTP经PCR扩增制备探针,对芯片的质量进行了评价。结果表明,制备的芯片质量好,探针最佳使用质量浓度为3 000μg/L,芯片系统检测灵敏度可达3μg/L。该芯片可同时检测PRV、PPV和JEV,其灵敏度高、特异性强,芯片可重复使用,室温下至少可保存4个月。 相似文献
7.
《畜牧兽医学报》2018,(12)
本研究旨在利用金标银染显色技术,构建同时检测禽白血病病毒(ALV)、鸡马立克病病毒(MDV)、传染性法氏囊病毒(IBDV)、新城疫病毒(NDV)、禽流感病毒(AIV)、鸡传染性喉气管炎病毒(ILTV)的可视化基因芯片。利用T-A法分别克隆得到ALV-env、MDV-meq、IBDV-vp_2基因,并利用本实验室已保存的AIV-np、NDV-f、ILTV-tk基因序列,设计寡核苷酸探针,制备ALV-MDV-IBDV-AIV-NDV-ILTV基因芯片阵列。引入生物素标记的引物进行PCR扩增,并与芯片进行杂交银染显色,肉眼观察检测结果,并对芯片的特异性、敏感性、稳定性进行评价,以及临床初步验证。成功克隆ALV-env、MDV-meq及IBDV-vp_2共3个靶基因,测序鉴定其正确性。发现寡核苷酸探针最优使用浓度为50μmol·L~(-1),40℃条件下杂交2 h,Nanogold-Streptavidin链霉亲和素溶液的质量浓度为4μg·mL~(-1),银染5 min,可见明显的检测信号。特异性试验显示,ALV、MDV、IBDV、NDV、AIV、ILTV之间无交叉反应,且以鸡传染性支气管炎病毒为模板制备的PCR扩增标记不与ALV-MDV-IBDV-AIV-NDV-ILTV芯片杂交。芯片检测的灵敏度为1 pg·μL~(-1)。芯片在常温条件下保存60 d,在4℃条件下保存75 d仍可进行有效检测。临床病料检测结果与PCR检测结果一致。本研究成功构建同时检测ALV、MDV、IBDV、NDV、AIV和ILTV的金标银染可视化基因芯片,并确定其最佳反应条件,为临床标准化应用奠定了基础。 相似文献
8.
《中国兽医学报》2016,(9):1469-1475
对猪瘟病毒(CSFV)、猪繁殖与呼吸障碍综合征病毒(PRRSV)和猪流行性乙型脑炎病毒(JEV)联合共检基因芯片的初步应用进行了研究。选用夹缝针,BaiOR点样缓冲液,确定靶基因质量浓度为200mg/L,各样点中心间距300μm,样点直径100μm,在相对湿度为50%~60%、8~30℃条件下用晶芯?SmartArrayerTM48点样仪在氨基化基片上接触式点样,成功制备了CSFV-PRRSV-JEV检测基因芯片。将标记后的探针基因与PRRSV-CSFV-JEV基因芯片经预杂交、杂交、洗涤干燥后,用晶芯?LuxScanTM10K微阵列芯片扫描仪扫描观察结果。结果表明:制备的芯片特异性强,检测灵敏度可达0.295μg/L,4℃条件下可保存120d;用制备的芯片对临床67份疑似繁殖障碍性疾病的病料进行检测,与RT-PCR检测结果符合率均在94%以上,为猪繁殖障碍性疾病的检测提供了理想的检测方法。 相似文献
9.
根据大肠杆菌、沙门菌、无乳链球菌和鸡毒霉形体的gyrA基因序列，设计了通用引物和ll条寡核苷酸探针；利用点样仪将探针点在基片上，制成寡核苷酸芯片；采用PCR荧光标记靶基因，与芯片杂交，用荧光扫描仪检测信号；同时以PCR一测序法进行gyrA基因突变的检测。结果，PCR反应体系能特异性地扩增出靶基因；寡核苷酸芯片能同时检测不同病原菌GyrA第83、87位发生的突变，芯片检测结果与测序结果较为一致。结果表明，使用寡核苷酸芯片技术检测病原菌耐氟喹诺酮类基因突变是可行的；研究结果为基因芯片技术应用于兽医临床耐药性检测提供了基础。 相似文献
10.
根据GenBank已发表的鸡传染性支气管炎病毒（Infectious bronchitis virus，IBV）793／BS1基因序列，设计1对引物，扩增891bp特异性核酸片段，建立了检测IBV793／B的RT—PCR方法。特异性试验结果表明，IBV793／B能扩增出891bp的核酸片段，而IBVM41H120H52毒株以及新城疫病毒（NDV）、禽流感病毒（AIV）、传染性法氏囊病病毒（IBDV）均无特异性条带出现。敏感性试验结果表明，该方法的最低检出量为10pg的模板。上述结果表明，本试验所建立的RT—PCR方法敏感性高、特异性强。利用建立的RT—PCR方法对从山东省分离的8株疑似鸡IBV793／B进行检测，结果7株为阳性。该方法的建立为IBV793／B的诊断及流行病学调查提供了可靠的方法。 相似文献
11.
鸭新城疫病毒和流感病毒多重RT-PCR鉴别诊断技术的建立和应用 总被引：1，自引：3，他引：1
对同样以引起鸭产蛋下降为主要特征的鸭流感病毒（AIV）分离株和鸭新城疫病毒（NDV）YH99V分离株，通过设计特异性引物和优化体系反应条件，建立了一种早期快速鉴别诊断鸭AIV和鸭NDV的单项RT—PCR方法和多重RT—PCR方法，AIV的扩增片段大小为483bp，NDV的扩增片段为310bp，电泳快速，易于区分。敏感性试验表明，该方法比HA敏感100倍以上；对AIV、YH99V、IBV、IBDV及正常鸡胚尿囊液的混合液检测显示，多重RT—PCR法具有很强的特异性。对鸭病毒性产蛋下降征侯群送检病料的检测证明，该方法能有效鉴别AIv和／或NDV单独感染或混合感染，阳性检出率明显高于HA方法。 相似文献
12.
《中国兽医学报》2016,(10):1701-1705
为了快速检测临床样品中新城疫病毒(NDV)和鸡传染性支气管炎病毒(IBV)的混合感染,根据NDV的F基因和IBV的N基因保守序列分别设计了2对特异性引物,优化双重RT-PCR反应条件,建立了可同时检测NDV和IBV的快速双重反转录PCR(RT-PCR)诊断方法。敏感性试验表明,此方法对NDV和IBV的RNA最小检出量分别为0.014 3和0.013 6ng;NDV的扩增片段大小为459bp,IBV的扩增片段为282bp。对其他病毒如IBDV、AIV和EDSV的检测结果均为阴性,表明此方法具有较好的特异性。对58份临床疑似样品进行检测,NDV和IBV的阳性率分别为44.82%和31.03%,NDV和IBV混合感染率为20.68%,表明本研究建立的NDV与IBV双重RT-PCR检测方法,可用于临床发病病料中NDV和IBV混合感染的快速鉴别诊断。 相似文献
13.
SYBR GreenⅠ荧光RT—PCR方法检测禽流感病毒 总被引：1，自引：0，他引：1
为建立检测禽流感病毒（AIV）的SYBR Green Ⅰ荧光RT-PCR方法，根据AIV的M基因保守区的核苷酸序列设计引物。用4株不同亚型的AIV感染MDCK细胞，收集感染6、12、24、48、72h的病毒。另外采取169份鸡的泄殖腔拭子和咽喉拭子。对上述样品的M基因进行检测，试图建立快速检测AIV的SYBR GreenⅠ荧光RT—PCR方法，并与普通RT—PCR方法和传统的病毒滴定方法进行比较。结果表明：此次建立的检测AIV的SYBR GreenⅠ荧光RT-PCR方法能检测到感染MDCK细胞后72h的AIV，对169份泄殖腔拭子和咽喉拭子中的AIV检出率为5．33％（9／169），而普通RT—PCR方法检出率为6．51％（11／169），病毒滴定检出率为5．62（9／160）。对其他病毒（NDV、IBDV、IBV、VA）则未检测到，且整个检测过程只需4h，表明该方法特异、准确、快速。 相似文献
14.
基因芯片方法检测6种动物源性人兽共患病病原 总被引：1，自引：0，他引：1
为了建立可同时检测H5亚型禽流感病毒、狂犬病病毒、猪链球菌2型、炭疽芽孢杆菌、沙门氏菌、大肠杆菌O157的基因芯片检测方法,本实验根据GenBank中上述6种病原的基因序列,设计并合成了特异性的引物和探针.采用点样法制备杂交芯片,将上述病原扩增产物混合后与芯片杂交.杂交结果显示,针对本试验中6种人兽共患传染病所设计的寡核苷酸探针可特异性识别靶基因,与其他常见病原体之间没有交叉反应.检测的灵敏度在1.38×10-5pg/μL～151 pg/μL之间.将建立的基因芯片检测方法对临床样品进行检测,结果与荧光PCR方法一致. 相似文献
15.
《中国兽医学报》2019,(6):1085-1090
根据GenBank中禽流感病毒(AIV)的HA基因和新城疫病毒(NDV)的F基因序列保守性,分别设计2条序列相邻的特异性探针,标记于不同大小的拟南芥TOC1基因片段两端,作为报告基因,建立了AIV和NDV双重环介导间接PCR鉴别方法,AIV和NDV扩增片段大小分别为200,270 bp。结果表明,所建立的方法对AIV和NDV核酸样品可扩增出特异性目的片段,而传染性法氏囊病病毒(IBDV)、传染性支气管炎病毒(IBV)、鸡痘病毒(FPV)和鸡马立克病病毒(MDV)的核酸样品未见明显扩增;对AIV和NDV核酸样品检测的最低极限质量浓度分别为25.0,12.5μg/L;该方法特异性好、灵敏度高,2种病原同时检测不影响检测特异性和灵敏性。97份临床样本检测结果表明,环介导间接PCR对AIV和NDV的检出率分别为15.5%和27.8%,分别高于常规PCR的12.4%和23.7%,接近于SybrGreen实时PCR的15.5%和28.9%;Kappa一致性检验显示,环介导间接PCR、SybrGreen实时PCR 2种方法对AIV和NDV检测的结果高度符合,Kappa值分别为κ=0.92和κ=0.87。本试验成功建立了AIV/NDV双重环介导间接PCR检测方法,适用于临床上2种病原的快速鉴别诊断。 相似文献
16.
猪伪狂犬病、猪细小病毒病和猪流行性乙型脑炎检测基因芯片的制备及检测方法研究 总被引：1，自引：0，他引：1
对猪伪狂犬病(Pseudorabies virus,PRV)、猪细小病毒病(Porcine parvovirus,PPV)和猪流行性乙型脑炎(Japanese encephalitis virus,JEV)检测基因芯片的制备及该芯片的检测方法进行了研究。试验克隆和鉴定了16个芯片靶基因,经筛选,取其中13个靶基因PRV gB、gG、TK和gE;PPV NS2、NS3、VP1和VP2以及JEV C、PrM/M、E、NS1和NS5制备PRV、PPV和JEV检测基因芯片,基因芯片点样系统SpotArrayTM 24将靶基因点样于氨基化玻片表面,靶基因最佳点样浓度为200 ng/μL,探针扩增标记反应体系中,Cy3-dCTP使用终浓度为2.5μmol/L,芯片杂交温度可在44℃～60℃之间任意选择。以PRRSV、CSFV、PCV1、PCV2、TGEV、HPS、PAP、E.coli和S.pp菌毒株DNA或CDNA为模板标记制备的探针均不与PRV、PPV、和JEV检测基因芯片杂交,芯片检测的灵敏度为3 pg/μL,芯片批间重复性好,同一张芯片可进行至少10次的重复杂交。该方法对8株PRV、5株PPV和JEV SA14-14-2单独或混合样品检测均为阳性,可区分伪狂犬病病毒野毒和基因缺失疫苗毒,对20份临床样品单独或混合感染的检出率分别为:单独感染PRV检出率15%(3/20),PPV 5%(1/20),JEV 0%(0/20);PRV和PPV混合感染检出率15%(3/20),PRV和JEV混合感染检出率5%(1/20),JEV和PPV混合感染检出率5%(1/20),三者混合感染的检出率5%(1/20)。与PRV、PPV和JEV多重PCR检测方法比较,芯片检测的灵敏度大大提高,同时可区分PRV野毒和基因缺失疫苗毒,对20份临床样品的检出率一致。 相似文献
17.
鸡传染性支气管炎病毒的快速检测 总被引：4，自引：0，他引：4
本试验建立了一种快速检测鸡传染性支气管炎病毒的通用性PCR方法。通过对纯化后IBV核蛋白基因进行的直接PCR及套式PCR扩增表明，两次PCR产物的大小为0.7kb和0.5kb，与实际设计相符。而对照的NDV主IBDV的PCR扩增产物均为阴性。用IBV HB（华北）株感染SPF鸡后，应用我们所建立的PCR方法去检测不同时期所采集的肾脏、气管、盲肠扁桃体、肺脏和肝脏中的IBV，在SPF鸡感染IBV后的21天仍然能够检测到IBV的基因组，Southern blot杂交试验证明了我们获得的PCR产物为IBV的核蛋白基因。对30份自然感染病料的检测表明，本实验所建立的PCR方法检测阳性数为15份，阳性率为50％（15／30）；鸡胚接种检测的阳性数为17份，阳性率为56．7％（17／30）；IFA检测的阳性数11 ，阳性率为36．7％（11／30）。PVR检测法与鸡胚接种方法的阳性符合率为93．3％（14／15），统计学分析表明，P＞0．05，差异不显著，而PCR检测法与IFA的阳性符合率为60％（9／15）。结果证明本实验所建立的PCR检测方法具有敏感、特异、快速等特点，适用于不同来源及不同血清型IBV的检测。 相似文献
18.
根据GenBank上蓝舌病病毒(BTV)、O型口蹄疫病毒(FMDV)、山羊痘病毒(GPV)、绵羊痘病毒(SPPV)和牛病毒性腹泻病毒(BVDV)等5种病毒的特异性保守序列,分别设计多重荧光标记引物和相应寡核苷酸探针.使用芯片点样液稀释各探针至终浓度30μmol/L,点样制备11×11阵列芯片.核酸杂交后,建立并优化基因芯片检测方法.结果显示,使用470 mL/L甲酰胺杂交液,42℃摇转杂交4h为最佳基因芯片杂交条件.建立的基因芯片检测方法与伪狂犬病病毒(PRV)、猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)、禽流感病毒(AIV)和新城疫病毒(NDV)等无交叉反应,检测敏感性可达20拷贝病毒核酸.制备的基因芯片稳定,保存6个月可用.对151份临床样品进行基因芯片和商业化PCR试剂盒平行检测,两者的符合率为100％. 相似文献
19.
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一步法多重RT-PCR检测新城疫、禽流感、传染性支气管炎病毒试验的研究 总被引：6，自引：0，他引：6
为了提高检测鸡肉中新城疫病毒（Newcastle disease virus,NDV)，禽流感病毒(Avian influenza virus,AIV)，传染性支气管炎病毒（Avian infectious bronchitis virus,IBV)的效率和敏感性，利用引物设计软件Primer Primer5.0设计了NDV的F基因片段，AIV的M基因片段，IBV的M基因片段的引物，在以前一步法RT-PCR扩增各种病毒RNA的基础上，进行了两种病毒和三种病毒的一步法多重RT-PCR的试验。结果确定了两种病毒的一步法多种RT-PCR的试验条件。三种病毒的一步法多重RT-PCR的试验条件基本确立，本试验初步建立了检测NDV，AIV，IBV一步法多重RT-PCR技术。 相似文献