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近年来,高通量测序技术的规模化应用及生物信息技术的普及,极大地推动了家畜基因组学的发展,实现了分子育种标记全基因组水平的快速、精准定位,为全基因组选择育种奠定了重要基础。数千年来的驯化和选择,形成了用途多样的山羊品种,如乳用、皮用、绒用及肉用等,为人类提供了丰富的生产和生活资料。国内外学者采用高通量测序技术对山羊的遗传多样性及生产性能的遗传机制进行了研究,以期找到与山羊种质特性相关的基因,从而为山羊的遗传改良提供新的标记。作者对近五年来基于高通量测序技术研究山羊的遗传多样性和产绒、产奶、繁殖等生产性状的研究进展进行了综述,以期为评估山羊优良种质特性和与生产性状相关的优异基因定位的工作提供参考。 相似文献
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高通量测序技术以及全基因组深度测序技术的快速发展,加速了检测技术的更新步伐。文章对高通量测序技术的发展及在微生物检测领域应用进行综述,并对高通量测序技术检测猪病的实践应用进行了分析。 相似文献
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瘤胃微生物被称为反刍动物的“隐藏器官”,与宿主营养物质的获取和生理健康的维持密切相关;目前宏基因组测序发现瘤胃中超过5 800个基因组,然而超过90%的微生物尚未被培养,处于“生物信息黑箱”[1]中。培养组学是一种采用多种培养条件,结合高通量测序技术鉴定菌种的培养方法。高通量、并行化的培养组学技术在瘤胃微生物中的应用,为在菌株水平上研究重点菌株功能及其与宿主互作关系提供了新的视角。然而,目前培养组学运用于瘤胃微生物的研究仍然较少,尚处于起步阶段。本文从瘤胃微生物特点、培养组学技术及其在瘤胃微生物培养中的应用现状、面临挑战等方面进行综述,为不断优化、规范化培养组学研究方案、拓展瘤胃可培养菌株资源、加快瘤胃生物信息黑箱的破解提供思考。 相似文献
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为揭示鱼粉原料构成,保证鱼粉质量,本研究应用高通量测序技术对来源于不同国家的5例进口鱼粉样品进行测序,并基于COI基因及其丰度对鱼粉鱼源性成分构成进行分析。提取鱼粉样品DNA后应用鱼类通用COI基因扩增引物进行PCR扩增,得到鱼类混合COI基因序列产物,将扩增产物送测序公司进行高通量测序,将COI基因测序数据与鱼类相关数据库进行比对,通过比对结果进行鱼粉的物种源性成分分析。结果显示,成功获得了5例鱼粉样品中原料鱼成分,其中白鱼粉原料鱼主要成分为鳕鱼;而红鱼粉原料鱼成分较为多样,涉及鲱鱼、竹刀鱼等。通过Python对数据进行统计分析,绘制PCR扩增后鱼类COI基因丰度图,进一步直观提示鱼粉样品中原料的成分构成。本研究结果表明,高通量测序技术可应用于鱼粉质量评估,有助于快速了解鱼粉构成,对其质量及用途进行指导,同时,提示该技术可进一步应用于鱼粉掺杂掺假及致病微生物的监测工作中,对保障鱼粉产品质量、维护正常市场秩序具有重要意义。 相似文献
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蜂胶具有抗微生物、抗氧化、调节免疫、抗癌等多种功能，近15年来国内外对蜂胶在食品、畜禽饲养及畜禽疾病防治上进行了广泛研究，取得可喜的成果。本文综述蜂胶在食品及畜禽上的应用研究进展概况。 相似文献
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消化道微生物在宿主营养与免疫方面发挥重要作用。随着测序技术的进步，微生物研究越来越依赖高通量测序结果的解读。然而受测序读长的限制，将较短的DNA片段(Read)组装(Assemble)成较长的叠连群(Contig)或序列骨架(Scaffold)已成为解读宏基因组数据的必经操作。但每条contig承载的信息量仍然太少，不足以支撑微生物功能的深入研究。分箱(Binning)技术能从混合样本中区分出来自同一微生物的序列，获得较完整的微生物基因组，被越来越多地应用于微生物研究中。反刍动物依赖瘤胃微生物消化分解饲粮供能，且瘤胃微生物的组成更为复杂多样，因此，本文综述了分箱技术的优势与功能及其在反刍动物研究中的应用，为进一步应用分箱技术研究反刍动物消化道微生物提供参考依据。 相似文献
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为揭示鱼粉原料构成,保证鱼粉质量,本研究应用高通量测序技术对来源于不同国家的5例进口鱼粉样品进行测序,并基于COI基因及其丰度对鱼粉鱼源性成分构成进行分析。提取鱼粉样品DNA后应用鱼类通用COI基因扩增引物进行PCR扩增,得到鱼类混合COI基因序列产物,将扩增产物送测序公司进行高通量测序,将COI基因测序数据与鱼类相关数据库进行比对,通过比对结果进行鱼粉的物种源性成分分析。结果显示,成功获得了5例鱼粉样品中原料鱼成分,其中白鱼粉原料鱼主要成分为鳕鱼;而红鱼粉原料鱼成分较为多样,涉及鲱鱼、竹刀鱼等。通过Python对数据进行统计分析,绘制PCR扩增后鱼类COI基因丰度图,进一步直观提示鱼粉样品中原料的成分构成。本研究结果表明,高通量测序技术可应用于鱼粉质量评估,有助于快速了解鱼粉构成,对其质量及用途进行指导,同时,提示该技术可进一步应用于鱼粉掺杂掺假及致病微生物的监测工作中,对保障鱼粉产品质量、维护正常市场秩序具有重要意义。 相似文献
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高通量测序技术在动物肠道微生物研究中发挥着重要作用。从3株(9个样品)无特定病原体(SPF)鸭子中收集的粪便样品放置在培养箱中培养。利用Illumina HiSeq2500平台,通过16S rRNA测序的不同区域来分析鸭肠道细菌区系。结果表明,70周龄SPF鸭的肠道微生物丰度最高的三个门是厚壁菌门、变形杆菌门和拟杆菌门,丰度最高的三个目为梭菌目、乳杆菌目和气单胞菌目,丰度最高的三个属为拟杆菌属、丛孢菌属和肠球菌属。此外,3株鸭菌株具有不同的微生物组成,但这些差异不显著。采用高通量测序方法对鸭肠道菌群进行分析,以进一步了解SPF鸭肠道菌群的分布和生物学特性,最终有利于SPF鸭的纯化。 相似文献
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《国外畜牧学(猪与禽)》2020,(6)
旨在利用高通量测序技术分析晋汾白猪和马身猪生长早期粪便微生物的多样性特征及其可能的成因。本研究以马身猪和晋汾白猪为研究对象,采用16SrRNA高通量测序技术,对仔猪初生(1日龄)、断奶(28日龄)和保育后期(70日龄)三个关键的生长发育阶段的粪便微生物多样性进行研究。结果表明:本次测序所得的操作分类单元分属25个门、43个纲、91个目、163个科和470个属的微生物。多样性分析表明,生长在相同环境之下的晋汾白猪和马身猪在不同的生长阶段粪便微生物的组成具有相似之处,初生(1日龄)时容易受到母体及周围环境的影响,假单胞菌和志贺菌属等有害菌属的细菌含量较高,乳酸杆菌的数量随着仔猪年龄的增长而逐渐增加,在断奶(28日龄)和保育末期(70日龄)时粪便微生物菌群的多样性更为相似;在保育末期,两个猪种的仔猪肠道中普雷沃氏菌和毛螺菌科NK4A136等有助于动物消化代谢的细菌更为丰富。本研究的结果可为仔猪肠道微生物定植以及演替的变化规律提供理论参考。 相似文献