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1.
比较了酚-氯仿法、煮沸法、试剂盒法3种基因组DNA提取方法对WSSV DNA提取效率、纯度及病毒检测结果的影响.结果表明,3种方法的DNA提取效率平均值分别为101.5、372.6、21.5 ng/μl;OD260/OD280范围分别是1.979～2.175(平均值为2.070)、1.699～1.932(平均值为1.796)、1.784～2.075(平均值为1.951);OIE巢式PCR阳性率分别为60%、50%、70%;TaqMan定量PCR检测的病毒阳性率均为100%,病毒拷贝含量分别为916.0～2.23×106、63.3～1.78×106、479.7～2.70×106Copies/μl DNA. 相似文献
2.
为了建立一种能在临床上快速、准确检测杂交鳢弹状病毒(HSHRV)的TaqMan实时荧光定量PCR方法,利用PCR技术扩增HSHRV-C1207 G蛋白的全长序列,构建重组质粒,作为荧光定量PCR的标准品,根据HSHRV-C1207 G蛋白的保守序列,设计合成了一对能特异性扩增143 bp片段的引物和TaqMan探针,以标准品为模板建立HSHRV的TaqMan实时荧光定量PCR检测方法,并对该方法的灵敏度、可重复性和特异性进行评价。结果显示:建立的荧光定量PCR检测方法标准曲线有较好的线性关系,相关系数(R2)为0.999,斜率为-3.290;荧光定量PCR最低可以检测到10个病毒核酸分子拷贝,而传统PCR方法最低可检测到1×103个拷贝;38个平行样品重复性实验组内变异系数为0.84%;对其他6种水产养殖常见病毒均无扩增反应。应用该方法对采集的21份患病鳢样品进行检测,其中18份为阳性,与细胞分离和电镜观察结果相同;以传统PCR方法检测同样的样品,仅13份为阳性。本研究建立的TaqMan实时荧光定量PCR方法灵敏度高、特异性强,能较好的用于临床HSHRV的检测,对病毒病原定量检测与杂交鳢弹状病毒病的快速诊断具有重要意义。 相似文献
3.
根据GenBank中对虾传染性皮下和造血器官坏死病毒(IHHNV)保守基因序列(AF218226),设计合成了1对引物和1条TaqMan探针,建立了检测IHHNV的荧光定量PCR技术.将建立的荧光定量PCR检测方法与常规PCR对比.结果显示,所建立的荧光定量PCR方法灵敏度可达2个拷贝,比常规PCR灵敏度高1 000倍.对保存的15份经常规PCR检测为IHHNV阳性的DNA样品进行荧光定量PCR检测,结果都为阳性,检测的病毒含量为2.15×107～4.21×104拷贝/μL.用该方法对不同浓度的样品进行了重复检测,表明该方法具有良好的重复性,可满足IHHNV的临床诊断需要. 相似文献
4.
鳜(Siniperca chuatsi)传染性脾肾坏死病毒(infectious spleen and kidney necrosis virus,ISKNV)是鳜暴发性传染病的主要病原,给鳜养殖业造成了严重的经济损失,因此快速、灵敏的检测方法对鳜养殖业的发展具有非常重要的意义.根据鳜ISKNV主要衣壳蛋白(MCP)基因序列设计了2对引物,利用巢式PCR方法对病鱼脾肾组织进行扩增,建立了ISKNV快速特异的巢式PCR检测方法.应用该方法对含MCP基因的质粒进行倍比稀释后检测扩增的灵敏度可达到5 fg;巢式PCR检测的灵敏度是一步法PCR的104倍以上. 相似文献
5.
为优化当前白斑综合征病毒( WSSV)定量检测方法,实验结合当前WSSV诊断与定量方法应用的实际,试图通过设计两对普通PCR引物来建立一种实用的WSSV绝对定量方法,并利用此方法进一步探明WSSV在脊尾白虾体内的增殖规律及致病性.首先根据WSSV的囊膜蛋白VP28基因序列设计了两对特异引物(F1,R1)和(RF2,RR2),分别用于标准品质粒的构建和扩增子的扩增,以开展SYBR Green染料法定量检测WSSV的研究;随后利用该定量检测方法分析了WSSV在脊尾白虾体内的组织分布及感染规律.研究结果显示:(1)以定量引物RF2和RR2建立的SYBR Green绝对定量检测方法具有敏感度高、特异性强、定量范围广且准确等特点;(2)WSSV能感染脊尾白虾鳃、肝胰腺、肌肉、头胸甲下结缔组织、胃及肠等组织,其中头胸甲下结缔组织病毒含量最高(1.1×107 copies/μg),其次是鳃组织(4.1×106copies/μg);正常脊尾白虾感染WSSV,首先经过一个约48 h潜伏期,而后开始大量增殖并造成部分虾死亡,死亡率约为20％. 相似文献
6.
针对鲤疱疹病毒Ⅱ型(Cyprinid herpesvirus 2,CyHV-2)DNA解旋酶基因编码区序列设计特异性引物,利用PCR技术扩增出长度为1446 bp的基因编码区片段,克隆到pMD19T载体上,构建重组质粒.经PCR鉴定与测序分析确认正确后,以10倍梯度稀释重组质粒,作为标准模板进行TaqMan real-time PCR扩增,制作标准曲线,建立了鲤疱疹病毒Ⅱ型的荧光定量PCR检测方法.检测结果显示,标准曲线的相关系数(R2)达到0.9991,斜率为-3.412;对初始模板定量检测的范围为1×101～1×107 copies/μL;特异性试验结果表明,该方法可特异性地检测出鲤疱疹病毒Ⅱ型,而对大鲵虹彩病毒(GSIV)、锦鲤疱疹病毒(KHV)以及空白对照无检测信号.取江苏射阳和宝应两地疑似患病鲫组织核酸作为模板进行荧光定量PCR,结果表明反应体系中的病毒量分别为6.89×104 copies/μL和3.02×102 copies/μL.本研究建立的鲤疱疹病毒Ⅱ型TaqMan实时荧光定量PCR方法灵敏度高、特异性强,对因鲤疱疹病毒Ⅱ感染引起的养殖鲫造血器官坏死症的诊断与病毒病原定量检测有重要意义. 相似文献
7.
设计了一对引物用于PCR检测对虾白斑综合征病毒，PCR扩增过程中用尿嘧啶-DNA糖基酶(UNG)防遗留污染。使用UNG时，该对引物的适宜dUTP和Mg^2 浓度分别为0．4mmol／L和2．0mmol／L；UNG存在时，PCR检测WSSV DNA的最低量为1pg，UNG的使用使PCR的检测灵敏度降低了1个数量级；进行正常PCR扩增前，0．5U UNG可消除至少10ng含dU的WSSV DNA的PCR扩增产物。 相似文献
8.
根据无乳链球菌(Streptococcus agalactiae)cfb基因序列,设计、合成2对引物,优化扩增条件,建立了快速高灵敏度鉴别无乳链球菌的巢式PCR方法。结果显示:使用该方法对罗非鱼(Oreochromis mossambicus)血液样品进行检测,可检测到活菌浓度为8.7×104CFU/m L的无乳链球菌。对采自广西地区受无乳链球菌感染的19份罗非鱼样品进行检测,18份可获得目的片段,扩增到的序列均为无乳链球菌cfb基因序列,检测准确度达到94.7%。 相似文献
9.
根据Genbank中对虾白斑病由白斑综合征病毒（WSSV）和传染性皮下及造血器官坏死病毒（IHHNV）的基因序列，设计了两对能分别检测WSSV和IHHNV保守片段基因的特异性引物，而且这两对引物在同一反应体系中可以同时对WSSV和IHHNV的DNA模板进行多重PCR扩增，得到大小分别为110bp（WSSV）和356bp（IHHNV）的扩增条带。对影响PCR反应的主要因素Mg“浓度和退火温度进行了优化，证明当Mg^2＋浓度为2．0～4．0mmd，退火温度为57～59℃时可获得最佳的扩增和检测效果。特异性试验结果表明，这两对引物检测WSSV和IHHNV具有很好的特异性，对其它对虾常见病原的PCR扩增结果均为阴性。敏感性测定结果表明，该反应体系最低能检测100pg的WSSV和IHHNV的DNA模板。临床检测表明，所建立的双重PCR方法可以适用于WSSV和IHHNV的同时检测和鉴别。 相似文献
10.
根据对虾白斑综合征病毒(WSSV)基因保守序列,利用PrimerExplorer V4设计合成4套环介导等温扩增(Loop mediated isothermal amplification,LAMP)特异性引物,每套引物包含两条内引物(FIP和BIP)、两条外引物(F3和B3)和一条环引物(LF或LB)。利用钙黄绿素作为检测指示剂,建立了可视化WSSV的环介导等温扩增(LAMP)快速检测方法。以构建的pMD18-WSSV重组质粒为标准模板进行10倍梯度稀释,测定LAMP对WSSV核酸的最低检测限,4套引物组分别建立LAMP方法均在63℃恒温条件反应60 min,结果显示WSSV-2、WSSV-3和WSSV-4的最低检测限分别为2.25～0.225、2.25～0.225和225～22.5 copies/μL。本研究建立的LAMP方法在1 h内即可完成检测,操作简单,无需复杂仪器,肉眼可直接观察检测结果,适用水产养殖的现场检测,为WSSV早期感染的快速检测提供了方法。 相似文献
11.
以仿刺参幼参(Apostichopus japonicus)为研究对象, 采用发酵法培养生物絮团, 在室内塑料水槽中进行为期30 d的幼参培育实验。选择蔗糖作为碳源, 并设置饵料替代(0、10%、15%和20%共计4个梯度)和换水频次 (3 d/次和7 d/次两种)正交实验, 分析其对幼参生长、成活及其体内消化酶、免疫性酶活性和可溶性蛋白含量的影响, 为生物絮团培育幼参技术确定最佳投饵量和换水频次等参数提供依据。结果表明, 实验期间处理组淀粉酶(AMS)活性总体均高于对照组, 生物絮团可以提高幼参淀粉酶活性; 第15天时, 每3 d换水1次并替代15%饵料的处理组幼参体壁中超氧化物歧化酶(SOD, 32.9 U/mg prot)及碱性磷酸酶(AKP, 146.8 U/g prot)活性高于其他3组和对照组(P<0.05); 而每7 d换水1次且替代20%饵料组SOD(35.3 U/mg prot)及AKP酶活性(158.8 U/g prot)均明显高于对照组(P< 0.05)。第30天时, 每7 d换水1次且替代10%饵料组幼参淀粉酶和SOD活性均比15 d有所升高, 尤其AKP活性明显升高; 其特定生长率(4.12 %/d)与成活率(98.9%)均最高。每7 d换水1次且替代15%饵料组体壁中可溶性蛋白含量(10.9 mg/g)最高, 均明显高于对照组(P <0.05); 但与替代10%饵料组(9.3 mg/g)差异不显著。而每3 d换水1次且替代20%饵料组幼参成活率(91.8%)最低, 其可溶性蛋白含量与其他3组和对照组差异不显著(P>0.05)。适当降低换水频次和减少投饵量适于生物絮团系统中幼参的生长、存活与可溶性蛋白质积累。 相似文献
12.
根据渤海湾近岸海域1987、2005及2007―2011年的Landsat TM遥感数据和最近有关的海洋大型底栖生物生态学研究成果,采用多尺度分割和最邻近分类的方法,使用e Cognition、ENVI、Arc GIS软件,分析报道了渤海湾近岸海域大型底栖动物的物种数目及其组成、丰度、生物量、多样性指数变化等与岸线、滩涂、近岸浅海变化等栖息环境变化的关系。结果表明,岸线长度、占用滩涂和近岸浅海面积与软体动物和甲壳动物种类数量所占比例以及大型底栖动物总物种数、香农–威纳指数、丰富度指数、均匀度指数呈负相关关系;岸线长度、占用滩涂和近岸浅海面积与多毛类种类数量所占比例以及大型底栖动物总丰度、总生物量呈正相关关系。由此可见,渤海湾近海栖息地环境变化对大型底栖动物群落结构的变化有一定的影响。 相似文献
13.
研究了不同NaCl盐度(0、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12)和NaHCO3碱度(0 mmol/L、10.00 mmol/L、15.85 mmol/L、25.12 mmol/L、39.81 mmol/L、63.10 mmol/L)对松浦镜鲤(Cynipus carpio)、方正鲫(Carassius auratus gibelio)和大鳞鲃(Barbus capito)精子活力及其受精率的影响。结果表明: 1) 在盐度为4时, 方正鲫和大鳞鲃精子的激烈运动时间、快速运动时间和寿命最长, 方正鲫分别为(90.11±9.03) s、(126.34±13.90) s和(154.27±11.36) s; 大鳞鲃分别为(48.91±1.43) s、(62.19±4.28) s和(90.68±4.46) s。在盐度为5时松浦镜鲤精子的激烈运动时间、快速运动时间和寿命最长, 分别为(72.44±9.42) s、(102.16±8.82) s和(206.99±6.65) s。2) 当盐度达到8以上时, 3种鱼的精子激活将受到抑制; 盐度大于10时, 方正鲫和大鳞鲃精子死亡; 盐度大于11时, 松浦镜鲤精子死亡。3) 在碱度为15.83 mmol/L时, 3种鱼的精子激烈运动时间、快速运动时间和寿命均最长, 且显著高于其他碱度条件下的精子活力(P<0.05)。4) 在盐度为1时, 方正鲫和大鳞鲃受精率达到最高分别为63.0%和68.0%, 在盐度为3时, 松浦镜鲤受精率达到最高为72.3%, 当盐度大于3时, 受精率开始呈明显下降趋势。碱度为10.00 mmol/L时, 3种鱼的受精率均最高, 分别为75.4%、54.0%和66.0%。本实验旨在通过测定不同NaCl盐度、NaHCO3碱度条件下3种鱼类精子的活力和受精率所受的影响, 为北方地区碳酸型盐碱水域的渔业开发利用提供基础资料。 相似文献
14.
首先在凡纳滨对虾(Litopenaeus vannamei)转录组测序的基础上, 应用RT-PCR方法获得了凡纳滨对虾泛素交联酶E2 (UE2)基因的开放阅读框序列。该序列长为447 bp, 编码148个氨基酸, 理论相对分子量为16.84 kD, 等电点为4.90。同源性比对和系统进化分析显示, 不同物种的UE2基因具有较高的同源性, 其中凡纳滨对虾与中国明对虾(Fenneropenaeus chinensis)的同源性最高并聚为一支。半定量RT-PCR分析表明, UE2基因在所检测的组织中均有表达; 实时定量PCR分析表明, UE2基因在肝胰腺和肠中的表达量最高, 在心脏、鳃、胃和肌肉组织中的表达量略低, 在血淋巴中的表达量最低。原核表达分析结果显示, PCR®T7/NT-Topo TA-UE2表达载体在1.0 mmol/L IPTG、37℃诱导3 h条件下可获得纯度较高的分子量约17 kD的蛋白。利用亲和层析的方法将蛋白进行纯化用以制备抗体。研究结果将为深入研究UE2基因在对虾白斑综合症病毒侵染过程中的作用机制奠定基础。 相似文献
15.
采用间接ELISA法研究菌浓度、孵育时间、温度、pH、阳离子及碳源等因子对嗜水气单胞菌(Aeromonas hydrophila)黏附鳗鲡(Anguilla anguilla)表皮黏液的影响。结果表明, 改良后的间接ELISA法的检测灵敏度约为9.92×104 CFU, 细菌的黏附量随菌浓度的升高而逐渐增大并符合饱和黏附动力学方程: y=0.135ln(x)-0.936(R2= 0.986); 嗜水气单胞菌黏附鳗鲡表皮黏液的最佳条件为: 温度20~28℃, pH 6.2~6.6, NaCl、MgCl2质量浓度分别为15~25 g/L和3 g/L, 孵育时间为150 min。碳源对嗜水气单胞菌的黏附作用有不同程度的影响, 葡萄糖和麦芽糖能显著提高嗜水气单胞菌的黏附量(P<0. 05), 果糖则显著降低嗜水气单胞菌的黏附量(P<0. 05)。以上结果说明, 嗜水气单胞菌对鳗鲡表皮黏液具有较强的黏附作用, 且其黏附作用具有可控性。 相似文献
16.
为探明泗礁沙滩碎波带仔稚鱼种类组成及其对碎波带的利用模式,于2010年7月至2011年8月每月大潮期间,在泗礁沙滩8个站位点水深0.5~1.5 m处,两人沿海岸平行方向步行拖曳小型拖网(1 m×4 m,网目1 mm)采集仔稚鱼样本。周年采集仔稚鱼1 762尾,隶属于28科46种,其中海洋性鱼类29种,河口性鱼类14种,洄游性鱼类2种,淡水性鱼类1种。体长10~30 mm的仔稚鱼占总渔获量的87.05%;后弯曲期仔鱼和稚鱼分别占总渔获量的24.57%和68.27%。鳀(Engraulis japonicus)为优势种,占总渔获量的55.68%。种类数及单位捕捞努力渔获量(CPUE)春夏季较高而秋冬较低,种类数和CPUE峰值分别出现在2010年8月和2011年5月。站点间的种类数和CPUE变化表明,仔稚鱼偏好栖息于封闭型沙滩碎波带。前10位主要种对碎波带的利用分3种类型:鳀、中国花鲈(Lateolabrax maculatus)、鮻(Liza haematocheila)和棘头梅童鱼(Collichthys lucidus)利用碎波带作为保育场;中华侧带小公鱼(Stolephorus chinensis)、鲻(Mugil cephalus)、细鳞鯻(Terapon jarbua)和弓斑东方鲀(Takifugu ocellatus)连续数月利用碎波带作为暂时栖息地;相模虾虎鱼(Sagamia geneionema)和鲬(Platycephalus indicus)则在单月进入碎波带栖息。因此在进行海滩和港湾开发和利用时,应重视对沙滩破碎带仔稚鱼栖息地的保护。 相似文献
17.
利用含3×103、6×102、2×102copies/mL的对虾白斑综合征病毒(white spot syndromevirus,WSSV)粗提液和PBS液人工注射感染携带病毒量约1×105copies/g的斑节对虾,通过实时定量PCR法、显微镜观察法研究了感染后斑节对虾发病死亡率、肌肉内WSSV含量及总血淋巴细胞数和不同种类血细胞的比例组成变化。结果表明,3种浓度下斑节对虾累积死亡率分别为93.33%±2.89%、56.67%±5.77%和45.00%±5.00%,对照组没有发生死亡。注射3×103copies/mL的浓度组,在注射后30 min时,对虾肌肉内的病毒含量达到最低值(3.54×104copies/g),而后持续上升至48 h时达到最高值(3.12×108copies/g)后再次下降;另两个感染组,在注射后1 h时,肌肉内病毒含量达到最低值(分别为1.11×105、9.54×104copies/g),在感染后6 h时出现一个次高值(分别为1.58×105、1.11×105copies/g),而后又降低,在48 h时达到最高值(分别为1.48×107、5.46×106copies/g)后下降;对照组对虾肌肉内病毒含量没有出现显著变化。不同感染浓度组,斑节对虾总血淋巴细胞数波动幅度和出现峰值的时间不同,特别是注射3×103copies/mL组,对虾总血淋巴细胞数在12和48 h时出现极低值(分别为3.48×106、4.05×106/mL);3个感染组除个别时间点外,对虾总血淋巴细胞数的变化规律与肌肉中WSSV的扩增规律成负相关。4个处理组,半颗粒细胞比例在感染初期呈现明显上升的趋势,后期比例虽有起伏但均维持在较高水平;颗粒细胞和透明细胞比例在感染初期均呈现明显下降的趋势,中期均略有上升,但后期颗粒细胞比例显著低于初期,而透明细胞比例则与初期无显著性差异。 相似文献
18.
设置低、中、高3个初始养殖密度(1 g/L、4 g/L、8 g/L),进行40 d的养殖实验,研究慢性拥挤胁迫对子二代中华鲟(Acipenser sinensis Gray)幼鱼生长、摄食及行为的影响.研究表明,慢性拥挤胁迫对子二代中华鲟的生长和摄食有显著影响,体质量、体质量特定生长率、体长特定生长率、日增重随着养殖密度的升高显著降低(P<0.05),实验结束时,高密度组肥满度显著低于中、低密度组(P<0.05);各实验组的摄食率随着养殖密度的升高而降低,饵料系数随着养殖密度的升高而升高(P<0.05).慢性拥挤胁迫对子二代中华鲟的行为也有显著的影响,随着养殖密度的增大,表现为呼吸频率、摆尾频率和游动速度显著加快等应急行为.研究结果表明高养殖密度对中华鲟的生长、摄食和行为存在显著的负面作用,不利于中华鲟幼鱼生长发育. 相似文献
19.
根据半滑舌鳎(Cynoglossus semilaevis Güther)类胰岛素生长因子-Ⅰ(IGF-I)基因的cDNA序列, 设计引物扩增编码IGF-I成熟肽序列, 此序列由210个碱基组成, 包括B-C-A-D 4个功能域。利用PCR方法将扩增片段克隆到原核表达载体pET-28a上, 得到重组质粒, 将重组质粒导入到大肠杆菌BL21( DE3)后经IPTG诱导产生N端含6个组氨酸的融合蛋白。以SDS-PAGE电泳检测和SigmaScan软件分析获得的多肽, 结果表明: IGF-I融合蛋白大小为11.4 kD, IPTG诱导3 h时目的蛋白表达量最高, 占细菌总蛋白的58.5%, 1 L菌液表达目的蛋白40.7 mg, 主要以包涵体形式存在。利用Western-blotting方法验证融合蛋白可特异性的被6×His抗体识别。诱导表达后的菌液沉淀经6 mol/L盐酸胍变性、Ni2+离子亲和柱纯化和尿素梯度复性, 获得大小为11.4 kD的纯化蛋白。细胞增殖实验表明, IGF-I融合蛋白可显著促进乳腺癌细胞MDA231细胞的增殖, 具有生物学活性。本研究通过原核表达技术获得了体外重组的具有生物活性的半滑舌鳎IGF-I融合蛋白, 结果可为半滑舌鳎生长调控技术研究提供基础资料。 相似文献
20.
在新近报道大鲵蛙病毒(Andriasda vidianus ranaviurs,ADRV)基因组的基础上,我们对ADRV 6R进行了克隆、原核表达及其产物的分离,这是一个经生物信息分析表明与病毒感染相关的功能基因。先经PCR扩增长到711 bp的ADRV6R,构建含扩增片段的克隆质粒p MD18-T-6R。再构建原核表达质粒p ET-32a-6R,进行测序,并与水生动物蛙病毒相关基因同源序列进行比对,该扩增片段与预期一致,其编码分子量约为27 k D、含236个氨基酸的蛋白,与水产动物病毒US22蛋白家族(US22 family protein)成员有很高的同源性。然后对p ET-32a-6R进行转化、诱导表达,并利用Ni-NTA His-Bind亲和层析及不同浓度咪唑洗脱液对表达产物进行分离、电泳分析,结果显示,获得与预测分子量相符的45 k D融合蛋白(27 k D目的蛋白与18 k D His标签)。这为后续制备抗体、并开展大鲵蛙病毒与宿主的相互作用研究提供了有用的实验材料。 相似文献
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